L’intérêt des artistes pour les biotechnologies remonte aux années 1990. De nombreux travaux universitaires se sont penchés depuis sur ces interactions entre art et biotechnologie. En regardant de plus près les œuvres conçues à l’aide des biotechnologies, on s’aperçoit de leur importance dans l’œuvre. Comment l’utilisation des nouvelles technologies révèle-t-elle une évolution de l'appréhension artistique du vivant ? Ouvrir la réflexion au vivant, c’est-à-dire êtres humains, animaux et végétaux, permet de rendre compte d’une tentative de dépasser l’anthropocentrisme, tout en soulignant la dépendance des autres vivants envers l’espèce humaine. Les œuvres sont autant de scénarios qui, s’ils ne sont pas nécessairement pertinents sur le plan scientifique, permettent d’évoquer les enjeux des avancées technologiques. L’envie de dépasser les limites humaines, les rêves d’hybridation entre humain et machine, et le refus de la mort viennent alimenter l’imaginaire artistique. A travers une sélection d'œuvres d'Art Orienté objet, de Wim Delvoye, d’Eduardo Kac, d’ORLAN, et de Stelarc, trois grandes thématiques structurent cette réflexion : la mort (et la vie), le sexe et l'hybridation. Les œuvres y sont analysées sur le plan formel, matériel, et conceptuel. Les éléments d’analyse soulignent l'importance des notions de flux, de médium, et de reproduction dans l'interaction entre art et biotechnologie. L’hybridation des connaissances, des matériaux, des pratiques, des formes, visible dans les œuvres, participe-t-elle à une nouvelle vision de l’être vivant ? / Artists's interests in biotechnologies date back from the 90's. Since then, numerous academic works focused on these interactions between art and biotechnology. By taking a closer look on works of arts conceived through the use of biotechnologies, we realize their impact in the work. How the use of new technologies demonstrates an evolution of the artistic perception of the living ? Opening the reflection on the living, understood as human beings, animals and plants, allows to take notice of an attempt to go beyond anthropomorphism while emphasizing the connection/dependency between the other living beings and the human specie. The works of art are as many scenarios which, if not necessary relevant on a scientific level, allow to think about the issues raised by technologic developments. The wish to go beyond human limits, dreams of hybridization between human and machine, and the refusal of death feed the artistic imaginary. Through as selection of works from Art Orienté objet, Wim Delvoye, Eduardo Kac, ORLAN and Stelarc, three big themes will be at the core of this reflection: death (and life), sex, and hybridization. The works will be analyzed through a formal, material and conceptual perspective. These elements allow us to emphasize the notion of flow in the interaction between art and biotechnology. Is the hybridization of knowledge, material, practices, shapes, which is visible in the aforementioned works, part of the new vision of the living being?

Ma thèse s'inscrit dans le cadre de l'étude de l'impact des changements environnementaux sur la biodiversité marine, à une échelle intra-spécifique et inter-spécifique. Les modèles choisis sont des Octocoralliaires méditerranéens (corail rouge; Corallium rubrum, et gorgones Paramuricea clavata et Eunicella cavolini). Mieux comprendre les conséquences génétiques des fluctuations passées sur les organismes permet d'appréhender les conséquences génétiques à venir des changements environnementaux en cours. Durant ma thèse, nous avons donc étudié par une approche de phylogéographie comparée l'évolution de ces espèces : plusieurs marqueurs de séquences ont été utilisés afin de tenter de détecter des changements démographiques passés et de reconstituer l'histoire évolutive de ces espèces. L'étude du complexe d'espèces du genre Eunicella a mis en évidence que des limites d'espèces floues entre E. cavolini et E. singularis liés à de possibles flux de gènes entre elles. Par ailleurs, l'impact du changement climatique en cours a été étudié en conditions expérimentales. En aquarium, les résultats obtenus sur E. cavolini ont permis de détecter des phénomènes d'adaptation en présence de flux de gènes. En complément, l'étude de la phénologie de deux espèces, P. clavata et E. cavolini, a été initiée et suggère la possibilité de maintien de niveaux comparables d'effort reproducteur entre différents régimes thermiques. A travers diverses collaborations, cette thèse a permis à la fois de développer de nouveaux modèles mais aussi de réaliser une approche intégrative de l'étude de l'adaptation des Octocoralliaires de Méditerranée face au changement climatique passé et en cours. / My PhD thesis is in the context of the study of the impact of environmental changes on marine biodiversity, with an intra-specific and inter-specific level. Selected models are Mediterranean octocorals (red coral Corallium rubrum and gorgonians Paramuricea clavata and Eunicella cavolini). Better understanding the genetic consequences of these past fluctuations on organisms will help us understanding the potential future consequences of current climate change. During my PhD, we studied the evolution of these species through comparative phylogeography: several nuclear loci were used to try to detect past demographic changes and to reconstruct the evolutionary history of these species. The study of the Eunicella spp. species complex showed that genetic boundaries between E. cavolini and E. singularis were not clear with potential gene flow between them. Moreover, the impact of ongoing climate change has been studied in experimental conditions. In aquariums, the results obtained on E. cavolini have revealed adaptive processes in the presence of gene flow. Through various collaborations, this thesis has allowed both to develop new models but also to achieve an integrative approach of the study of the adaptation of Mediterranean octocorals facing past and ongoing climate change.

Les parois des cellules végétales sont des structures formées de divers polymères polysaccharidiques et de nombreuses protéines. Ces structures possèdent un fort dynamisme assuré par l'action spécifique des protéines pariétales (CWP). Parmi ces CWP, se situent les peroxydases de classe III (CIII Prx) formant une famille multigénique de 73 membres chez la plante modèle Arabidospis thaliana. Les CIII Prxs assurent de nombreux rôles dans le développement et les interactions avec l'environnement mais seuls de rares études ont pu attribuer une fonction précise à un membre individuel de la famille. Ceci est probablement du à la faible spécificité de ces enzymes in vitro et à la possible redondance fonctionnelle obligeant à considérer des études in situ-in vivo et l'utilisation de mutants multiples. Dans ce contexte, le premier objectif de cette thèse était d'établir un atlas d'expression spatiotemporelle par hybridation in situ (HIS) utilisant le développement de la graine d'A. thaliana comme modèle. Ce travail s'est appuyé sur une étude de micro-transcriptomique récemment publiée, permettant d'établir des comparaisons avec nos résultats d'HIS. Ils ont montré une complémentarité entre les deux approches et permis (1) d'établir des seuils de valeurs de transcriptomiques compatibles avec la sensibilité de l'HIS et (2) de définir des candidats d'intérêt présentant des profils d'expression spatiotemporelle suggérant des fonctions précises. Le deuxième objectif de cette thèse a été de caractériser fonctionnellement l'un de ces candidats (AtPRX36). Nous avons pu démontrer le rôle de cette protéine dans le contrôle du relargage du mucilage polysaccharidique lors de l'imbibition de la graine. Nos résultats suggèrent que l'ancrage localisé de cette protéine est assuré par un microdomaine pectique d'homogalacturonane globalement méthylestérifié formé par l'action d'un inhibiteur de une pectine méthylestérase (PMEI6), et permet un rôle d'AtPRX36 dans le relâchement polarisé de la paroi au niveau de ce microdomaine délimitant la zone de rupture des graines lors de l'imbibition. / Plant cell walls are complex structures, mainly composed of a large number of polysaccharides and proteins. The cell wall (CW) is a highly dynamic compartment which is remodeled by specific cell wall proteins (CWP). Among these CWP, the plant specific class III peroxidases (CIII Prxs) are a multigenic family of 73 members in Arabidopsis thaliana. CIII Prxs are involved in plant development but also in the interaction of the plant with its environment. However, only a few studies describing the exact function of individual members of this multigenic family have been published. This can be due to the weak in vitro substrate specificity of these enzymes and their possible functional redundancy, forcing to characterize their function in situ-in vivo and the use of multiple mutants. In this context, the first goal of my thesis was to establish the fine cellular spatio-temporal expression atlas of CIII Prxs throughout the seed development of Arabidopsis thaliana with an in situ hybridization (ISH) approach. This expression work (ISH) was partially permitted thanks to a recent published micro-transcriptomic study which allowed to compare both expression results (ISH vs micro-transcriptomic). This comparison showed that both techniques are complementary and it allowed to; (1) set a threshold for the ISH detection limit based on micro-transcriptomic expression values, and (2) to define specific spatio-temporal expression pattern that helps to select CIII Prx candidates for functional study. The second objective was to characterize the function of one of these CIII Prxs candidates (AtPRX36). We were able to determine the role of AtPRX36 during mucilage extrusion of imbibed seeds.Our results suggest that AtPRX36 is anchored within a globally methylesterified pectins CW micro-domain, putatively formed by the action of a pectin methylesterase inhibitor (PMEI6). This CW micro-domain is needed for the CW loosening action of AtPRX36 to permit CW polarized rupture during seed imbibition.

L’état Viable Non Cultivable (VNC) a été observé et décrit chez de nombreuses espèces bactériennes. Mais cet état métabolique a également été suggéré chez certaines cellules eucaryotes, et notamment chez les levures du vin comme Brettanomyces. L’état VNC chez cette levure a donc été étudié afin d’en déterminer les conditions d’entrée et de sortie, ainsi que les modifications morphologiques et métaboliques associées à cet état VNC. Une addition de sulfite (0,8 mg/L de SO2 moléculaire) induit un état VNC chez Brettanomyces, et une inactivation de ce sulfite par modification du pH du milieu permet une sortie de l’état VNC de la levure par un regain de cultivabilité. Dans les conditions VNC, la taille moyenne des cellules de Brettanomyces a été déterminée comme diminuée de 22% comparée à leur taille en condition contrôle. Ensuite, la capacité des cellules à produire des phénols volatils, éléments de contamination des vins, est conservée même lorsque les cellules sont en état Viable Non Cultivable. De plus, l’étude comparative des protéomes entre cellules de Brettanomyces témoin et cellules en état VNC montre une modification du métabolisme avec une diminution de la synthèse d’ATP compensée par une augmentation des protéines impliquées dans d’autres voies métaboliques de production d’énergie. Cette étude met donc en évidence pour la première fois l’existence de l’état VNC chez une espèce eucaryote et montre des points communs avec l’état VNC chez les cellules procaryotes. L’existence de cet état VNC chez Brettanomyces peut également engendrer des erreurs de détection. Un nouvel outil de détection par hybridation in situ et lecture par cytométrie en flux a donc été mis en place. Cette méthode permet ainsi la mise en évidence des cellules de Brettanomyces présentes en vin de façon efficace et rapide. / The viable but not culturable (VBNC) state has been studied in detail in bacteria. It has been suggested that the VBNC state also exists in eukaryote cells, such as wine yeasts, including Brettanomyces in particular. We investigated the VBNC state in this yeast, focusing on the conditions for entry and exit, and the morphological and metabolic modifications associated with this state. We added sulfite (0.8 mg.L-1 molecular SO2) to induce the VBNC state. Increasing the pH of the medium inactivated the sulfite, allowing the cells to exit from the VBNC state and to become culturable again. In these conditions, we found that Brettanomyces VBNC cells were smaller than culturable cells, and that spoilage by volatile phenols could persist during VBNC state. Furthermore, according to our proteome comparison, it seems that the blockade of ATP synthesis was compensated by an increase in energy-producing metabolism pathway. This study provides the first insight into the VBNC state in eukaryote cells, showing common trend to the VBNC state of prokaryotic cells. The existence of VBNC state in Brettanomyces cells can also provoke errors of detection. A new tool of detection by fluorescence in situ hybridization and reading by flow cyometry was thus set up. This method allows the revealing of Brettanomyces cells presence in wine in an efficient and fast way.

La France entretient avec son voisin anglais, entre le milieu du XVIe siècle et le début des années 1640, deséchanges constants, tant d’un point de vue politique que culturel. Malgré les troubles religieux et les guerres qui agitentl’Europe occidentale durant cette période, en dépit également des barrières linguistiques, un grand nombre devoyageurs, de diplomates, d’intellectuels et d’écrivains n’hésitent pas à traverser les frontières. Ces passeurs quittent laFrance pour se rendre de l’autre côté de la Manche : ils y apprennent éventuellement la langue anglaise, effectuent desmissions diverses et surtout ils se font les acteurs de la relation culturelle entre les deux pays. Imprimés et traductions detextes religieux, scientifiques ou littéraires, mais aussi troupes théâtrales circulent ainsi de l’Angleterre vers la France,empruntant parfois des détours inattendus. L’étude s’attache dans un premier temps à passer en revue ces différentstypes de contacts et de transferts culturels, en particulier en ce qui concerne l’influence de la littérature anglaise sur lethéâtre français.Cette influence se manifeste par ailleurs à travers des conceptions et des pratiques hybrides du théâtre.Poétiques du mélange, du métissage et de l’hybridation formelle et générique sont caractéristiques du théâtre anglais dela période élisabéthaine et jacobéenne. Des auteurs comme Marlowe, Greene, Shakespeare ou Webster expérimentent eneffet des formules dramatiques qui invitent à reconsidérer et relativiser les catégories poétiques traditionnelles. Si latragédie, la comédie ou la tragi-comédie ne sont pas absentes en tant que dénominations génériques, elles sont lessupports et les instruments de combinaisons et de mélanges multiples et variés. Ce faisant, les différentes modalités dumélange et de l’hybridation dans le théâtre anglais permettent de jeter un regard différent sur la production dramatiqueen France entre la fin du XVIe siècle et le début du XVIIe siècle. En effet, les pièces composées pendant cette périodelongtemps méconnue du théâtre français, attestent d’une hybridité aussi marquée que celle des pièces anglaises, et ellestémoignent de la grande diversité des formes et des genres dramatiques. Ce théâtre, qui ne se conforme pas encore auxcatégories critiques et aux principes dramatiques formulés par les théoriciens et commentateurs d’Aristote, secaractérise par son irrégularité, la porosité de ses catégories génériques et par un souci de s’adapter aux contraintes de lavie théâtrale.L’étude s’attache dans un dernier temps à poser les prémisses d’une analyse plus approfondie des liensorganiques entre le théâtre médiéval et populaire et le théâtre français à l’aube du XVIIe siècle. Ainsi, ce que nousappelons « théâtre monstre », parce qu’il a partie liée avec la figure politique, symbolique et esthétique du monstre etses différentes déclinaisons, nous permet de rapprocher, en France et en Angleterre, des pièces qui se caractérisent parleur a-normalité, leur ludisme et leur métathéâtralité, loin de la tradition aristotélicienne et de ses contraintes. Noussommes amené ainsi à considérer le théâtre français selon sa diversité géographique et linguistique, ainsi que du pointde vue de ses continuités historiques. / France maintains with its English neighbor, between the mid-sixteenth century and the early 1640’s, constantrelationships, both political and cultural. Despite the religious troubles and the wars shaking the western Europe duringthis period, despite linguistic barriers, many travelers, diplomats, intellectuals and writers cross the frontiers. Thesecultural travelers leave France to go abroad, to the other side of the Channel : they eventually learn the Englishlanguage, carry out various missions and, above all, they become the actors of the cultural relationship between the twocountries.This influence is also evident through conceptions and hybrid practices of theater. Poetics of mixing, of formaland generic hybridizations are characteristic of the English theater during the Elizabethan and Jacobean period. Authorslike Marlowe, Greene, Shakespeare and Webster experiment new dramatic formulas that invite us to reconsider andrelativize the traditional poetic categories. Tragedy, comedy or tragicomedy are not absent as generic designations, butthey are the medias and instruments of combinations, and of multiple and various blends. Thus, the different ways ofmixing and mingling in the English theater make possible a different look at the dramatic production in France duringthe late XVIth and early 17th century. Indeed, the plays written during this long unrecognized period of the Frenchtheater, show a hybridity as marked as in the English plays and they reflect the great diversity of forms and dramaticgenres. This theater, which does not conform to the critical categories and dramatic principles formulated by theoristsand commentators of Aristotle, is characterized by its irregularity, the porosity of its generic categories and by a desireto adapt to the constraints of the theatrical life.Finally, the study focuses on the premises of a more thorough analysis of organic links between the medievaland popular theater and the French theater at the dawn of the 17th century. Thus, what we call « monster theater »,because of its bounds with the political, symbolic and aesthetic figure of the monster and its various configurations,allows us to compare, in France and England, plays that are characterized by their ab-normality, their playful dimensionand their metatheatrality, far away from the Aristotelian tradition and its constraints. In this way, we are led to considerthe French theater according to its geographical and linguistic diversity, but also from the perspective of its historicalcontinuities.

Le craton archéen de l’In Ouzzal représente une succession d'événements intrusifs et métamorphiques depuis l’Eburnéen qui en font un marqueur important des processus géodynamiques à travers les temps géologiques. La région d’Ihouhaouene située au N-W du terrane de l’In Ouzzal en Algérie est unique de par la présence d’intrusions protérozoïques de carbonatites associées à des roches alcalines saturées. Ces carbonatites intracontinentales comptent parmi les plus anciennes et inhabituelles de par leurs diversités et la présence de minéraux à terres rares. Les carbonatites sont pegmatitiques ou bréchiques avec des fragments de syénite. Elles sont des calciocarbonatites composées de calcite (>50 vol.%), apatite, clinopyroxène et wollastonite et sont associées à des syénites rouges ou blanches présentes sous forme massive. Les syénites sont composées d’alternance de niveaux clairs de feldspaths alcalins rouges ou de wollastonites associées aux feldspaths blancs et de niveaux sombres d’apatites et de clinopyroxènes. Les carbonatites et syénites forment une suite cogénétique caractérisée par une augmentation en SiO2 et une diminution en CaO et CO2. Les carbonatites ont des compositions en silice comprises entre 5 et 35 pds.%, 28 et 53 pds.% CaO et 11 à 36 pds.% CO2. Les syénites montrent une forte teneur en K2O (12 pds.%) et des teneurs très faibles en Na2O (1 pds.%). Les carbonatites et syénites sont riches en éléments incompatibles avec des teneurs en REE supérieures à 7000 fois les chondrites et 1000 fois les chondrites dans les syénites, respectivement, et de fortes teneurs en U, Sr et Th. Les éléments en trace dans les minéraux magmatiques (apatite et pyroxène) mettent en évidence des processus complexes à l’origine de ces roches impliquant plusieurs étapes de cristallisation fractionnée et d’immiscibilité à partir d’un magma mélilititique riche en CO2. Les minéraux des carbonatites riches en silice et des syénites blanches ont des signatures géochimiques similaires et se caractérisent par des rapports élevés en Nb/Ta typiques de magmas riches en carbonate par immiscibilité. Les syénites rouges ont des caractéristiques de liquides silicatés évolués par différentiation. Les minéraux des carbonatites pauvres en silice ont des rapports Nb/Ta très variables, sub-chondritiques (<10), indiquant une cristallisation à partir de liquides très évolués et la présence de magmas carbonatitiques tardifs. Les apatites, en particuliers, enregistrent divers épisodes magmatiques et également supergènes. Elles présentent dans certaines roches une redistribution et un enrichissement en terres rares variables qui se caractérisent par des exsolutions de britholite dans les carbonatites riches en silice et monazite dans les carbonatites pauvres en silice. Ces exsolutions traduisent des rééquilibrations locales sub-solidus avec des fluides tardi-magmatiques de composition riche en Cl-Th-REE pour l’exsolution de la britholite et S-Ca-P-CO2 pour les inclusions de monazite. L’apatite et le zircon présents dans ces roches alcalines et carbonatites, ont permis de déterminer l’âge de mise en place du complexe magmatique de Ihouahouene à 2100 Ma syn-métamorphique et de confirmer l’âge panafricain de son exhumation. L’étude pétrologique, géochimique et géochronologique des carbonatites et syénites d’Ihouhaouene a permis de mettre en évidence l’origine magmatique de ces roches et de définir les interactions fluides-roches supergènes à l’origine des enrichissements en REE. Les carbonatites et syénites d’Ihouahouene proviennent d’un faible taux de fusion partielle d’un manteau Précambrien riche en CO2. Plusieurs étapes de cristallisation fractionnée et d'immiscibilité ont permis la genèse de ces roches hybrides, piégées le long de grandes zones de cisaillement durant la période de transition Archéen /Eburnéen dans un régime extensif à l’In Ouzzal caractérisé par un environnement granulitique d’ultra-haute-température. / The In Ouzzal Archaean craton represents a succession of intrusive and metamorphic events since Eburnean, and an important marker of geodynamic processes through geological time. The Ihouhaouene area located in the N-W of In Ouzzal terrane in Algeria is unique by the presence of Proterozoic carbonatite intrusions associated with silica-saturated alkaline rocks. These intracontinental carbonatites are among the oldest and exceptional because of their diversity and the presence of unusual rare earth minerals. Carbonatites are pegmatitic or brecciated with fragments of syenite. They are calciocarbonatites with calcite (> 50 vol.%), apatite, clinopyroxene and wollastonite and are associated with red or white syenites in massive outcrops. Syenites are composed of alternating light levels of red alkaline feldspar or wollastonite associated with white feldspar and dark levels of apatite and clinopyroxene. Carbonatites and syenites form a cogenetic suite characterized by an increase in silica and decrease in calcium and CO2 content. The carbonatites have silica content ranging from 5 to 35 wt.%, 28 to 53 wt.% CaO, and 11 to 36 wt.% CO2. Syenites have high K2O (12 wt.%) and low Na2O content (1 wt.%). Carbonatites and syenites have high incompatible element concentrations with high REE content (7000*chondrites and 1000*chondrites, respectively) and high U, Pb, Sr and Th content. Trace elements (eg. Rare Earths, Nb-Ta, Zr-Hf) in magmatic minerals (apatite-pyroxene) of carbonatites and syenites reveal complex magmatic processes at the origin of these rocks involving several stages of fractional crystallization and immiscibility from a CO2-rich melilititic magma. Silica-rich carbonatites and white syenites are characterized by high Nb/Ta, Y/Zr and Rb/Sr ratios, typical of carbonate-rich magmas by immiscibility. The red syenites have characteristics of immiscible differentiated silicate melt. Silica-poor carbonatite minerals have variable subchondritic Nb/Ta (<10) indicating crystallization from highly evolved liquids and the presence of late carbonatitic magmas. Apatites, in particular, record various magmatic and supergene processes. They present, in some rocks, redistribution and enrichment in rare earth elements, which are characterized by exsolutions of britholite in silica-rich carbonatites and monazite-quartz-calcite inclusions in silica-poor carbonatites. These minerals reflect local sub-solidus re-equilibration with late-magmatic fluids rich in Cl-Th-REE for the exsolution of britholite and S-Ca-P-CO2 for monazite inclusions. The apatite and zircon present in these alkaline and carbonatite rocks, allow determination of the syn-metamorphic crystallization age of the Ihouahouene magmatic complex at 2100 Ma and confirm the pan-African age of its exhumation. The petrological, geochemical and geochronological study of Ihouhaouene carbonatites and syenites highlights the magmatic origin of these rocks and constrains the fluid-rock interactions at sub-solidus conditions leading to REE-enrichment. The carbonatites and syenites result from a low partial melting rate of a CO2-rich Precambrian mantle. Several fractional crystallization and immiscibility stages allowed the genesis of these hybrid magmas, trapped along large shear-zones during the Archean/Eburnean transition period in the In Ouzzal terrane, characterized by extensive deformation in ultra-high-temperature granulitic environment.

Les hautes montagnes des Andes du Nord abritent un écosystème de type tropical alpin connu localement sous le nom de páramo. En dépit de conditions climatiques stressantes, ces habitats totalisent 10 à 20% de la richesse de la flore Andine et contiennent les radiations de plantes alpines les plus rapides au monde. Les Espeletiinae (Asteraceae; Heliantheae), endémique de ces habitats et figurant parmi ces exemples majeurs de diversification andine, ont su profiter des avantages écologiques fournit par la formation des páramos, en développant une remarquable diversité morphologique et écologique en moins de 3 Ma pour faire face aux nombreux stress abiotiques présents dans ces écosystèmes. Ce complexe de +/- 135 espèces inclut des formes de vie arborescentes ramifiées, des rosettes acaules naines, et des rosettes caulescentes aussi bien sessiles que géantes, constituant une adaptation emblématiques des milieux tropicaux alpins. Ces plantes sont également caractérisées par une distribution d'espèces diversifiée au niveau du páramo dans des milieux humides, des prairies alpines ouvertes ou des pentes rocailleuses à partir de la limite supérieur des forets andines vers 2500m d'altitude jusqu'aux bords des glaciers à environ 4600m. Cette forte diversité morphologique et écologique observée, associée à de forts taux de sympatrie entre ces espèces, a conduit à l’hypothèse d’une radiation adaptative des Espeletiinae dans les páramos. Or les reconstructions phylogénétiques préalablement effectuées, permettant de tester cette origine évolutive, s’avèrent peu résolues en raison de l’évolution très récente du complexe couplées à l’utilisation de marqueurs phylogénétiques traditionnels ou encore en raison de nombreux événements d’hybridation observés pouvant biaiser les reconstructions phylogénétiques. Aujourd’hui, l’avènement des nouvelles technologies de séquençage offre de nouvelles perspectives en phylogénomique. Si bien qu’au travers de ce travail de thèse, l’utilisation de fragments génomiques aléatoires (par méthode de shotgun-sequencing) et ciblés (par méthode de ddRAD-sequencing) a permis de reconstruire pour la première fois des phylogénies robustes et d’étudier les événements d’hybridations à l’intérieur du complexe, apportant ainsi de nouvelles réponses quant à l’évolution de ces taxons dans les páramos. / The high-elevations ecosystems in the Northern Andes, known as paramos, exhibit an exceptional diversity of species accounting for 10 to 20% of Andean flora's richness and contain the fastest alpine plant radiation in the world. The Espeletiinae (Asteraceae, Heliantheae), endemic to these habitats and among these major examples of Andean diversification, took advantage of the ecological benefits provided by the uplift of the páramos, by developing a remarkable morphological and ecological diversity in less than 3 Ma to cope with the abiotic stresses of these ecosystems. This complex of +/- 135 species includes branched tree life forms, dwarf rosettes, and caulescent as well sessile as giant rosettes, constituting an emblematic adaptation of tropical alpine environments. These plants are also diversified in páramo, in wetlands, open alpine meadows or rocky slopes from the upper limit of the Andean forests at 2500m altitude to the edges of the glaciers at 4600m. Such morphological and ecological diversity, in association with high sympatric rates between these species, led to the hypothesis of an adaptive radiation of Espeletiinae. However, the first phylogenetic reconstructions, testing this evolutionary origin, failed to depict any relationships between these species because of the very recent evolution of the complex, the use of traditional phylogenetic markers and/or the widely hybridization events, which could skew the phylogenetic signal. Today, the advent of new sequencing technologies offers new perspectives in phylogenomics. As a result of this thesis work, the use of random (shotgun-sequencing) and targeted genomic fragments (by ddRAD-sequencing method) made it possible to reconstruct for the first time robust phylogenies and to study the hybridization events inside this complex, bringing new answers to the evolution of these plants in the páramos.

Les mécanismes génétiques sous-jacents au phénomène d'hybridation sont encore très peu connus, en dépit de leurs importantes implications dans les processus de spéciation, d'évolution adaptative et d'innovation agronomique. Dans cette thèse, la réponse transcriptomique des hybrides d'omble de fontaine (Salvelinus fontinalis) ainsi que les mécanismes responsables des différences des niveaux de transcrits et de la taille ont été étudiés. Dans un premier objectif, les niveaux de transcrits de 16006 ESTs entre les populations parentales (Laval, Rupert et domestique) et leurs hybrides ont été étudiés par biopuces. Les résultats révèlent de nombreux transcrits différentiellement exprimés entre les populations parentales, reflétant la réponse adaptative à leur environnement spécifique et la sélection directionnelle pour la population domestique. De plus, le niveau de transcrits est transmis de façon majoritairement additive ou hautement non-additive selon les croisements hybrides. Toutefois, la proportion de transcrits avec un niveau d'expression non-additif varie selon les croisements. Les résultats suggèrent que l'hétérosis et la dépression de croisement dépendent de la distance génétique entre les populations parentales et sont liés aux proportions de dominance et sur/sous-dominance de l'expression des gènes. En plus de l'effet direct de l'expression du génome, les effets parentaux représentent une importante source de variations chez les hybrides. Ainsi, le second objectif était de mesurer ces effets en comparant les niveaux de transcrits des croisements hybrides réciproques à l'aide des biopuces. Les résultats confirment que les effets parentaux agissent sur le transcriptome des hybrides de façon différentielle au cours du développement. L'importance de ces effets dépend de la distance génétique entre les populations parentales. Enfin, plusieurs mécanismes peuvent affecter le niveau de transcrits, notamment une différence dans les éléments régulateurs agissant en cis ou en trans. Le troisième objectif était de détecter les variations dans les éléments régulateurs agissant en cis entre les croisements hybrides pour plusieurs gènes par technique de séquençage à haut débit. Cette expérience a permis d'associer certains polymorphismes de séquences à la variation de taille entre individus. Les résultats de cette thèse montrent ainsi le rôle essentiel des différences d'architecture génétique, et notamment le rôle des différences d'architecture génétique de l'expression de gènes, dans les différences transcriptomique et phénotypique entre hybrides.

La combinaison du conte de fées et du roman policier peut sembler surprenante lorsqu’on pense aux écarts entre les deux genres et aux nombreuses règles qui les régissent. Pourtant, plusieurs auteurs ont entrepris de les combiner pour offrir des textes qui ont la particularité de reprendre des personnages et des histoires de contes de fées tout en les inscrivant dans le genre policier. C’est aux conséquences de cette hybridation transfictionnelle que ce mémoire entend s’intéresser. Plus précisément, il montre la manière dont la lecture policière est affectée par la présence au sein de l’enquête d’éléments provenant de récits merveilleux célèbres. Dans un premier temps, par une observation détaillée de l’hybridation, nous dégageons le rôle joué par chacun des genres impliqués afin de vérifier notre hypothèse selon laquelle les textes étudiés se situent davantage du côté du roman policier que de celui du conte de fées et proposent ainsi un contrat de lecture policier. Nous proposons ensuite une description de la lecture attendue par le roman policier classique avant de nous intéresser à la manière dont le caractère énigmatique du lien transfictionnel redéfinit le jeu policier dans les textes à l’étude et cherche de cette manière à accentuer la vigilance du lecteur face à l’acte de lecture qu’il est en train d’effectuer. Nous nous attardons finalement à la dimension métafictionnelle du jeu policier qui, couplé à la reprise d’éléments diégétiques des contes de fées, mène, dans les oeuvres du corpus, à un effort de dévoilement du processus de création transfictionnelle et de sa réception. / The combination of fairy tale and detective fiction may seem surprising when one thinks about the differences between the two genres, each one being structured by an important number of rules. However, several writers have undertaken to combine them and offer texts that fit characters and plot elements from fairy tales into the detective genre. This study intends to focus on the consequences of this transfictional combination. More specifically, it shows how the reading contract of the detective genre is affected by the presence of elements from famous magical stories within the investigation. First, by a detailed observation of the amalgamation process, we highlight the role played by each genre involved in order to verify our hypothesis that the texts studied are meant to be read as detective stories and thus propose the particular reading contract associated with it. We then offer a description of the reading act expected by the detective novel, described as a game, before focusing on the way in which the enigmatic nature of the transfictional link redefines the game that is being played in the texts under study and seeks this way to accentuate the reader's vigilance about the reading they are doing. Finally, we focus on the metafictional dimension of the game which, coupled with the recycling of diegetic elements from fairy tales, leads to an effort to unveil the process of transfictional creation and its reception.

Alors que les technologies de séquençage à très haut débit ont permis de réaliser d’importants progrès pour documenter l’architecture génomique de la spéciation, les mécanismes moléculaires responsables de l’isolement reproducteur demeurent nébuleux. L’objectif principal de cette thèse est d’apporter un nouvel éclairage sur les bases moléculaires de l’isolement reproducteur dans un système d’espèces naissantes : le Grand Corégone. En particulier, l’approche était d’examiner les mécanismes associés à la stabilité du génome et à sa dérégulation dans un contexte de divergence et d’hybridation. Par une méthode de transcriptomique, nous avons documenté une profonde dérégulation à l’échelle du transcriptome chez les hybrides entre les formes naine et normale du Grand Corégone, incluant la dérépression des éléments transposables et des transcrits non-codants. Par la suite, nous avons observé que les hybrides montrent des signes importants de déstabilisation de la méiose et de la mitose, malgré l’absence de changement de caryotype entre les formes parentales. Finalement, nous avons observé un polymorphisme sub-chromosomique importants chez trois paires de Grand Corégones sympatriques, principalement associé à la période d’allopatrie. Ces travaux montrent que des changements importants à l’échelle du génome entier surviennent tôt au cours du processus de divergence, et sont susceptibles de conduire à de profonds dérèglements chez les hybrides. Enfin, cette thèse montre qu’une approche dite intégrative favorise une meilleure compréhension des mécanismes liés à la divergence et à la spéciation. / While high throughput sequencing has led to significant progress towards the understanding of the genomic architecture of speciation, molecular mechanisms responsible for reproductive isolation remain unclear. The main objective of this thesis is to contribute to elucidate the molecular basis of reproductive isolation in a nascent species complex : the Lake Whitefish. In particular, the approach was to examine the mechanisms associated with genome stability and instability in a context of divergence and hybridization. Using transcriptomics, we documented a profound deregulation at the transcriptome scale in hybrids between dwarf and normal Lake Whitefish, including transposable element and non-coding RNA derepression. Then, we found that hybrids show significant signs of meiosis and mitosis breakdown, despite the absence of karyotype changes between parental forms. Finally, we observed conspicuous sub-chromosomal polymorphism in three sympatric Lake Whitefish species pairs, mainly associated with earlier allopatry. This work shows that genome-scale reorganization occurs early during divergence, and may lead to profound dysregulation in hybrids. This thesis also shows that integrative biology promotes a better understanding of the mechanisms linked to divergence and speciation.