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Pathological Mechanisms of Sarcomere Mutations in the Disease Hypertrophic Cardiomyopathy : A Review

Bohman, Lova January 2021 (has links)
Hypertrophic cardiomyopathy is a heart disease that is characterized by an enlarged heart muscle. Mutations to sarcomere proteins in the muscle fibers give rise to the disease, and this review aims to compile the mechanisms by which the mutations cause the disease phenotype. β-myosin heavy chain mutants affect the thick filament structure and contraction velocity of the muscle. Mutations to the myosin-binding protein C produces truncated proteins with decreased expression in the cells. Troponin T mutants cause myofibrillar disarray, alters affinity to α-tropomyosin, and are linked to a higher risk of sudden death. Troponin I is an unpredictable mutant that needs to be further researched but is thought to cause regulatory problems. Mutations to α-tropomyosin and the regulatory myosin light chain both affect the Ca2+-affinity of the proteins and leads to contractile problems. Hypercontractility as a result of the mutations seems to be the primary cause of the disease. Hypertrophic cardiomyopathy is linked to sudden death, and factors such as a family history of sudden death, multiple simultaneous mutations, unexplained syncope, non-sustained ventricular tachycardia, abnormal blood pressure response and extreme hypertrophy (>30 mm) heightens the risk of a sudden death. An increased knowledge about the disease will aid in the mission to better the treatments for the affected, but further investigation of pathological pathways needs to be performed.
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Tropomyosin Phosphorylation in Cardiac Health and Disease

Sheikh, Hajer Nisar 11 August 2009 (has links)
No description available.
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"Cardiomiopatia hipertrófica: importância dos eventos arrítmicos em pacientes com risco de morte súbita" / Hypertrophic cardiomyopathy: sudden cardiac death in high risk patients and the role of arrhythmias

Medeiros, Paulo de Tarso Jorge 10 December 2004 (has links)
Vinte e seis pacientes com cardiomiopatia hipertrófica e fatores de risco de morte súbita, foram submetidos a implante de cardioversor-desfibrilador implantável de dupla-câmara, com seguimento médio de 19 meses. Observou-se quatro choques em arritmias letais, 4 pacientes apresentaram TVNS e 5 taquiarritmias supraventriculares. Ocorreu um óbito.Conclusões: Observamos: TPSV em 19,2%; TVNS em 15,4% e TVS/FV em 15,4%. Nenhuma variável clínica ou demográfica, discriminou o comportamento clínico ou funcional pós-implante de CDI; a recorrência de síncope pós implante de CDI, não se associou à presença de eventos arrítmicos e a hipertrofia maior que 30 mm se associou à choque precoce do CDI (p=0,003). / During 19 months of average follow-up period, we followed 26 patients with hypertrophic cardiomyopathy and high risk for sudden death, all treated by dual chamber implantable cardioverter-defibrillator. 4 patients had received appropriate ICD discharge, 4 patients with NSVT and 5 supraventricular arrhythmias. One death had occurred. Conclusions: we observed: supraventricular arrhythmias in 19,2%; NSVT in 15,4% and VT/VF in 15,4%. The clinical or demographic outcomes did not suggest any clinical or functional results after ICD implantation; syncope may occur after ICD implantation and no arrhythmias recordered by intracardiac electrograms and left-ventricular-wall thickness greater than 30 mm is associated with early ICD shocks (p=0,003).
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Aplicação do sequenciamento de nova geração no diagnóstico molecular de cardiomiopatia hipertrófica / Application of next-generation sequencing in the molecular diagnostics of hypertrophic cardiomyopathy

Oliveira, Théo Gremen Mimary de 13 July 2015 (has links)
Introdução: A cardiomiopatia hipertrófica (CH) é uma doença cardíaca estrutural primária, caracterizada por hipertrofia do ventrículo esquerdo, sem dilatação, geralmente assimétrica e predominantemente septal. Na população geral a prevalência estimada da CH é de 0,2% (1:500), correspondendo a 0,5% de todas as cardiopatias. Atualmente estão descritas mais de 1400 mutações associadas à CH em 20 genes relacionados com os miofilamentos do sarcômero, o disco-Z e o transporte de cálcio, sendo que os três mais associados são os genes MYH7, MYBPC3 e TNNT2, responsáveis por 50% do casos com diagnóstico molecular positivo no Brasil. Dessa forma, o advento de novas tecnologias de sequenciamento de DNA de alta performance promete revolucionar o diagnóstico molecular, tornando mais rápida e barata a identificação de alterações genéticas, impactando positivamente na custo-efetividade do manejo diagnóstico e terapêutico de pacientes e famílias com o diagnóstico de CH. Materiais e Métodos: Noventa e uma amostras de uma casuística de pacientes não relacionados, portadores de CH com diagnóstico molecular prévio para os 3 genes mais associados (19 positivas e 72 negativas) foram utilizadas juntamente com uma amostra referência do HapMap (NA12878) na validação de um pipeline proposto para a identificação de alterações genéticas em um painel com 74 genes associados à cardiomiopatias hereditárias, utilizando a plataforma Ion Torrent PGM. A etapa de chamada de variantes foi testada em dois limiares diferentes de cobertura de sequenciamento (30x e 10x) e três limiares de frequência de alelo variante (35%, 25% e 20%). A amostra NA12878 foi utilizada na aferição de valores de reprodutibilidade intra e inter-ensaio. As amostras da casuística de CH com diagnóstico molecular prévio negativo foram utilizadas na análise de ganho diagnóstico. Eram consideradas alterações potencialmente patogênicas aquelas que apresentassem associação prévia com CH ou classificação deletéria em dois de três algoritmos de predição de impacto funcional (PROVEAN, SIFT, PolyPhen2) e MAF<0,01, se disponível. Resultados: A plataforma de sequenciamento utilizada apresentou desempenho aceitável, gerando em média 165,9 ±13,1 Mb, com um valor médio de 146,9 ± 11,54 Mb acima de PhredQ>=20, por amostra. O valor médio de cobertura de sequenciamento por amostra foi de 250 ± 23,94x, com 95,2% das regiões alvo cobertas pelo menos 10x. A sensibilidade máxima observada para SNVs foi de 96,7% enquanto que para InDels foi 28,5%. Os valores de reprodutibilidade inter e intra-ensaio de 89,5% e 87,3%, respectivamente. Das 72 amostras negativas, 35 puderam ser reclassificadas como positivas, sendo que os dois genes com mais ocorrências de alterações genéticas foram FLNC e TRIM63, ambos já relacionados com CH. Vinte e duas amostras foram reclassificadas como inconclusivas e 15 permaneceram negativas. O ganho diagnóstico foi de 21,5%. Conclusões: A plataforma Ion Torrent PGM apresenta potencial no sequenciamento de genes relacionados à cardiomiopatias hereditárias e o pipeline validado mostrou valores analíticos praticáveis em uma rotina diagnóstica. A utilização do painel genético ampliado se mostrou viável na detecção de alterações genéticas, propiciando uma boa margem de ganho diagnóstico em comparação com o sequenciamento apenas dos três genes mais associados à CH / Introduction: Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) is a primary cardiac disease, mainly characterized by unexplained left ventricle hypertrophy, in the absence of dilatation, usually asymmetric and predominantly septal. The estimated prevalence is 1:500 individuals in the general population, corresponding for 0.5% of all cardiac diseases. Up to now, more than 1400 mutations are associated with HCM in 20 genes related with sarcomeric myofibrils, Z-disc and calcium homeostasis, wherein the 3 most associated genes are MYH7, MYBPC3 and TNNT2, accounting for 50% of cases with positive molecular diagnostics in Brazil. Thus, the advent of new high throughput DNA sequencing technologies promise to revolutionize the use of molecular diagnostics, turning the identification of genetic mutations in a fast and cheap practice, increasing the cost-effectiveness of diagnostic and treatment of patients and families with HCM. Materials and Methods: Ninety one samples from an HCM casuistic of unrelated individuals with previous molecular diagnostics for the three most HCM-associated genes (19 positives and 72 negatives) were processed along with a reference HapMap sample (NA12878) in the validation process of a pipeline proposed for the detection of genetic alterations in a genetic panel composed of 74 genes associated with inherited cardiomyopathies, using Ion Torrent PGM platform. The variant call step was tested for two cutoffs of sequencing coverage (30x and 10x) and three cutoffs of variant allele frequency (35%, 25% and 20%). The sample NA12878 was used in the assessment of intra and inter-assay reproducibility. Negative samples from the HCM casuistic were used in the assessment of diagnostic yield. Variants were considered potentially pathogenic if previously described as associated with HCM or if presenting a deleterious score in at least two of three impact prediction algorithms tested (PROVEAN, SIFT and PolyPhen-2) and MAF < 0.01, if available. Results: The chosen next-generation sequencing platform presented an acceptable performance, with a mean throughput of 165,9 ±13,1 Mb, with a mean value of 146,9 ± 11,54 Mb above PhredQ >= 20. Mean sequencing coverage was 250 ± 23,94x, wherein 95.2% of target bases were covered at least 10x. Maximum achieved sensitivity for SNVs was 96.7% while for InDels was 28.5%. Both values of inter and intra-assay reproducibility were 89.5% and 87.3%, respectively. Of all 72 negative samples, 35 were reclassified as positive with the two most frequently mutated genes being FLNC and TRIM63, both already associated with HCM. Twenty two samples were reclassified as inconclusive and 15 remained negatives. Diagnostic yield was 21.5%. Conclusions: Ion Torrent PGM platform presented a feasible potential for the sequencing of inherited cardiomyopathies-associated genes and the designed pipeline presented reliable analytical values for diagnostic use. The expanded panel proved to be a good strategy for the detection of genetic alteration providing a good value of diagnostic yield in comparison with the sequencing of the three most HCM-associated genes alone
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Efeitos hemodinâmicos agudos da pressão positiva contínua na via aérea (CPAP) em indivíduos com cardiomiopatia hipertrófica / Acute hemodynamic effects of continuous positive airway pressure (CPAP) in individuals with hypertrophic cardiomyopathy

Nerbass, Flávia Baggio 13 March 2015 (has links)
Introdução: Apneia obstrutiva do sono (AOS) é uma doença comum em pacientes com cardiomiopatia hipertrófica (CMH) e está associada de forma independente a piora nos seus parâmetros cardíacos. O tratamento da AOS com CPAP (continuous positive airway pressure) é considerado benéfico em pacientes sem CMH. Contudo, o CPAP pode agudamente piorar o desempenho cardíaco em pacientes com CMH e obstrução na via de saída do ventrículo esquerdo (VSVE). Métodos: Foram estudados 26 pacientes com CMH, estáveis, divididos em 12 não-obstrutivos (CMHN-Obst) e 14 obstrutivos (CMHObst), de acordo com seu gradiente de VSVE menor ou maior que 30mmHg, respectivamente. Pacientes foram continuamente monitorados pela pressão arterial (PA) batimento-a-batimento e eletrocardiograma, em vigília e posição supina. Um ecocardiograma bidimensional foi realizado durante o repouso (Basal) a após 20 minutos de CPAP nas pressões de 1,5cmH2O e 10cmH2O, que foram aplicadas em ordem randomizada, interpostas por 10 minutos de intervalo sem CPAP. Em outra data os pacientes foram submetidos a uma polissonografia completa para diagnóstico de AOS. Resultados: Variáveis hemodinâmicas como PA, débito cardíaco, volume sistólico, frequência cardíaca, fração de ejeção do ventrículo esquerdo e gradiente de VSVE permaneceram estáveis ao longo do estudo em ambos os grupos. Em pacientes não-obstrutivos, o CPAP em 10cmH2O reduziu área do átrio direito, a complacência do ventrículo esquerdo, bem como o relaxamento de ambos os ventrículos. Nos pacientes obstrutivos, o CPAP em 10cmH2O provocou efeitos similares no coração direito e também elevou as pressões na artéria pulmonar. No coração esquerdo, houve uma redução na área e volume do átrio esquerdo, com aumento nas áreas e volumes do jato e frações regurgitantes. A polissonografia completa demonstrou que a AOS (índice de apneia e hipopneia >= 15 eventos/hora) estava presente em 58% dos pacientes. Conclusões: O CPAP se mostrou uma alternativa segura para tratar AOS em pacientes com CMH, pois não alterou agudamente a hemodinâmica. Contudo, provocou algumas alterações na dinâmica cardíaca de pacientes obstrutivos, que devem ser considerados com cautela / Background: Obstructive sleep apnea (OSA) is a common disease and is independently associated with a worse in cardiac parameters among patients with hypertrophic cardiomyopathy (HCM). The treatment of OSA with CPAP (Continuous positive airway pressure) is beneficial among patients without CMH. However, CPAP may acutely impair cardiac performance in patients with HCM and left ventricular outflow tract (LVOT) obstruction. Methods: We studied 26 stable HCM patients divided in 12 nonobstructive-HCM and 14 obstructive-HCM according to their LVOT pressure gradient lower or higher than 30 mmHg, respectively. Patients were continuously monitored by beatto- beat blood pressure (BP) and electrocardiogram in the supine position while awake. A 2-dimensional echocardiography was performed at resting (Baseline) and after 20 minutes of nasal CPAP at 1.5cmH2O and 10cmH2O, that was applied in a random order interposed by 10 minutes without CPAP. In another day all patients underwent full Polysomnography for OSA diagnosis. Results: Hemodynamic variables such as BP, cardiac output, stroke volume, heart rate, left ventricular ejection fraction and LVOT gradient did not change along the study period in both groups. CPAP at 10cmH2O in nonobstructive-HCM patients decreased right atrial area, left ventricular compliance, right and left ventricular relaxation. In obstructive-HCM patients, CPAP at 10cmH2O promoted similar effects in the right heart, and also raised pulmonary artery pressure. In the left heart, there was a decrease in left atrial area and volume with increased area and volume of both, regurgitant jet and regurgitant fraction. Full Polysomnography showed that OSA (apneahypopnea index >=15 events/h) was present in 58% of HCM patients. Conclusions: CPAP showed to be safe to treat OSA and did not acutely change hemodynamics in patients with HCM. However, CPAP may acutely impair cardiac dynamics in obstructive-HCM patients and this finding should be carefully considered
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Efeitos hemodinâmicos agudos da pressão positiva contínua na via aérea (CPAP) em indivíduos com cardiomiopatia hipertrófica / Acute hemodynamic effects of continuous positive airway pressure (CPAP) in individuals with hypertrophic cardiomyopathy

Flávia Baggio Nerbass 13 March 2015 (has links)
Introdução: Apneia obstrutiva do sono (AOS) é uma doença comum em pacientes com cardiomiopatia hipertrófica (CMH) e está associada de forma independente a piora nos seus parâmetros cardíacos. O tratamento da AOS com CPAP (continuous positive airway pressure) é considerado benéfico em pacientes sem CMH. Contudo, o CPAP pode agudamente piorar o desempenho cardíaco em pacientes com CMH e obstrução na via de saída do ventrículo esquerdo (VSVE). Métodos: Foram estudados 26 pacientes com CMH, estáveis, divididos em 12 não-obstrutivos (CMHN-Obst) e 14 obstrutivos (CMHObst), de acordo com seu gradiente de VSVE menor ou maior que 30mmHg, respectivamente. Pacientes foram continuamente monitorados pela pressão arterial (PA) batimento-a-batimento e eletrocardiograma, em vigília e posição supina. Um ecocardiograma bidimensional foi realizado durante o repouso (Basal) a após 20 minutos de CPAP nas pressões de 1,5cmH2O e 10cmH2O, que foram aplicadas em ordem randomizada, interpostas por 10 minutos de intervalo sem CPAP. Em outra data os pacientes foram submetidos a uma polissonografia completa para diagnóstico de AOS. Resultados: Variáveis hemodinâmicas como PA, débito cardíaco, volume sistólico, frequência cardíaca, fração de ejeção do ventrículo esquerdo e gradiente de VSVE permaneceram estáveis ao longo do estudo em ambos os grupos. Em pacientes não-obstrutivos, o CPAP em 10cmH2O reduziu área do átrio direito, a complacência do ventrículo esquerdo, bem como o relaxamento de ambos os ventrículos. Nos pacientes obstrutivos, o CPAP em 10cmH2O provocou efeitos similares no coração direito e também elevou as pressões na artéria pulmonar. No coração esquerdo, houve uma redução na área e volume do átrio esquerdo, com aumento nas áreas e volumes do jato e frações regurgitantes. A polissonografia completa demonstrou que a AOS (índice de apneia e hipopneia >= 15 eventos/hora) estava presente em 58% dos pacientes. Conclusões: O CPAP se mostrou uma alternativa segura para tratar AOS em pacientes com CMH, pois não alterou agudamente a hemodinâmica. Contudo, provocou algumas alterações na dinâmica cardíaca de pacientes obstrutivos, que devem ser considerados com cautela / Background: Obstructive sleep apnea (OSA) is a common disease and is independently associated with a worse in cardiac parameters among patients with hypertrophic cardiomyopathy (HCM). The treatment of OSA with CPAP (Continuous positive airway pressure) is beneficial among patients without CMH. However, CPAP may acutely impair cardiac performance in patients with HCM and left ventricular outflow tract (LVOT) obstruction. Methods: We studied 26 stable HCM patients divided in 12 nonobstructive-HCM and 14 obstructive-HCM according to their LVOT pressure gradient lower or higher than 30 mmHg, respectively. Patients were continuously monitored by beatto- beat blood pressure (BP) and electrocardiogram in the supine position while awake. A 2-dimensional echocardiography was performed at resting (Baseline) and after 20 minutes of nasal CPAP at 1.5cmH2O and 10cmH2O, that was applied in a random order interposed by 10 minutes without CPAP. In another day all patients underwent full Polysomnography for OSA diagnosis. Results: Hemodynamic variables such as BP, cardiac output, stroke volume, heart rate, left ventricular ejection fraction and LVOT gradient did not change along the study period in both groups. CPAP at 10cmH2O in nonobstructive-HCM patients decreased right atrial area, left ventricular compliance, right and left ventricular relaxation. In obstructive-HCM patients, CPAP at 10cmH2O promoted similar effects in the right heart, and also raised pulmonary artery pressure. In the left heart, there was a decrease in left atrial area and volume with increased area and volume of both, regurgitant jet and regurgitant fraction. Full Polysomnography showed that OSA (apneahypopnea index >=15 events/h) was present in 58% of HCM patients. Conclusions: CPAP showed to be safe to treat OSA and did not acutely change hemodynamics in patients with HCM. However, CPAP may acutely impair cardiac dynamics in obstructive-HCM patients and this finding should be carefully considered
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Análise exômica em pacientes portadores de cardiomiopatia hipertrófica / Exomic analysis in patients with cardiomyopathy hypertrophic

Castro, Lara Reinel de 23 September 2015 (has links)
A cardiomiopatia hipertrófica (CMH) é uma doença geneticamente determinada, caracterizada por hipertrofia ventricular primária, com prevalência estimada de 0.2% na população geral. Qualquer portador tem 50% de chance de transmitir esta doença para seus filhos, o que torna cada vez mais relevante a importância do estudo genético dos indivíduos acometidos e de seus familiares. Já foram descritas diversas mutações genéticas causadoras de CMH, a maioria em genes que codificam proteínas do sarcômero, e algumas mutações mais raras em genes não sarcoméricos. O objetivo desse estudo é sequenciar as regiões exônicas de genes candidatos, incluindo os principais envolvidos na hipertrofia miocárdica, utilizando o sequenciamento de nova geração (Generation Sequencing); testar a aplicabilidade e viabilidade deste sistema para identificar mutações já confirmadas e propor as prováveis novas mutações causadoras de CMH. Métodos e resultados: 66 pacientes não aparentados portadores de CMH foram estudados e submetidos à coleta de sangue para obtenção do DNA para analisar as regiões exômicas de 82 genes candidatos, utilizando a plataforma MiSeq (Illumina). Identificou-se 99 mutações provavelmente patogênicas em 54 pacientes incluídos no estudo (81,8%) relacionadas ou não a CMH, e distribuídas em 42 genes diferentes. Destas mutações 27 já haviam sido publicadas, sendo que 17 delas descritas como causadoras de CMH. Em 28 pacientes (42,4%) identificou-se mutação nos três principais genes sarcoméricos relacionados à CMH (MYH7, MYBPC3, TNNT2). Encontrou-se também um grande número de variantes não sonôminas de efeito clínico incerto e algumas mutações relacionadas a outras enfermidades. Conclusão: a análise da sequencia dos exônos de genes candidatos, demonstrou ser uma técnica promissora para o diagnóstico genético de CMH de forma mais rápida e sensível. A quantidade de dados gerados é o um fator limitante até o momento, principalmente em doenças geneticamente complexas com envolvimento de diversos genes e com sistema de bioinformática limitado. / Hypertrophic Cardiomyopathy (HCM) is a genetically determined disease, estimated prevalence of 0.2% in the general population. Any of its carriers has 50% likelihood to pass it on to their children, and that makes the genetic study of these individuals and their relatives even more relevant. There have been several studies describing genetic mutations that cause HCM - the vast majority in genes responsible for sarcomere protein coding - and other rarer mutations in non-sarcomeric genes. The aim of this research is study exonic areas of specific genes, including the most important ones related to myocardial hypertrophy, identifying the genetic mutations that have already been documented, and possible new pathogenic mutations, using the high throughput DNA sequencing (NGS); testing the pplicability and viability to identify HCM-causing mutations. Methods and results: 66 unrelated patients with CM were studied and subject to blood sample in order to extract their genomic DNA to analyze exomic regions of 82 candidates genes, using the high throughput sequencing technology on MiSeg (Illumina) platform. In this study we identified 99 possible damaging mutations in 54 patients (81.8%) that could be related or not to HCM, and distributed in 42 different genes. 27 of this variants have already been published, and 17 of them have been described as HCM causes. 42,4% of the patients (28 individuals) have genetic mutations in the three main sarcomeric genes related to HCM (MYH7, MYBPC3, TNNT2). We also identified a large number of non-synonymous variants of uncertain clinical significance and some mutations related to other diseases. Conclusion: The exome analysis in candidates genes using NGS has demonstrated to be promising for the genetic diagnosis of HCM, in a short time with sensivity. The amount of data obtained in a short period of time is the main limiting factor, especially for genetically complex diseases that involve multiple genes.
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Aplicação do sequenciamento de nova geração no diagnóstico molecular de cardiomiopatia hipertrófica / Application of next-generation sequencing in the molecular diagnostics of hypertrophic cardiomyopathy

Théo Gremen Mimary de Oliveira 13 July 2015 (has links)
Introdução: A cardiomiopatia hipertrófica (CH) é uma doença cardíaca estrutural primária, caracterizada por hipertrofia do ventrículo esquerdo, sem dilatação, geralmente assimétrica e predominantemente septal. Na população geral a prevalência estimada da CH é de 0,2% (1:500), correspondendo a 0,5% de todas as cardiopatias. Atualmente estão descritas mais de 1400 mutações associadas à CH em 20 genes relacionados com os miofilamentos do sarcômero, o disco-Z e o transporte de cálcio, sendo que os três mais associados são os genes MYH7, MYBPC3 e TNNT2, responsáveis por 50% do casos com diagnóstico molecular positivo no Brasil. Dessa forma, o advento de novas tecnologias de sequenciamento de DNA de alta performance promete revolucionar o diagnóstico molecular, tornando mais rápida e barata a identificação de alterações genéticas, impactando positivamente na custo-efetividade do manejo diagnóstico e terapêutico de pacientes e famílias com o diagnóstico de CH. Materiais e Métodos: Noventa e uma amostras de uma casuística de pacientes não relacionados, portadores de CH com diagnóstico molecular prévio para os 3 genes mais associados (19 positivas e 72 negativas) foram utilizadas juntamente com uma amostra referência do HapMap (NA12878) na validação de um pipeline proposto para a identificação de alterações genéticas em um painel com 74 genes associados à cardiomiopatias hereditárias, utilizando a plataforma Ion Torrent PGM. A etapa de chamada de variantes foi testada em dois limiares diferentes de cobertura de sequenciamento (30x e 10x) e três limiares de frequência de alelo variante (35%, 25% e 20%). A amostra NA12878 foi utilizada na aferição de valores de reprodutibilidade intra e inter-ensaio. As amostras da casuística de CH com diagnóstico molecular prévio negativo foram utilizadas na análise de ganho diagnóstico. Eram consideradas alterações potencialmente patogênicas aquelas que apresentassem associação prévia com CH ou classificação deletéria em dois de três algoritmos de predição de impacto funcional (PROVEAN, SIFT, PolyPhen2) e MAF<0,01, se disponível. Resultados: A plataforma de sequenciamento utilizada apresentou desempenho aceitável, gerando em média 165,9 ±13,1 Mb, com um valor médio de 146,9 ± 11,54 Mb acima de PhredQ>=20, por amostra. O valor médio de cobertura de sequenciamento por amostra foi de 250 ± 23,94x, com 95,2% das regiões alvo cobertas pelo menos 10x. A sensibilidade máxima observada para SNVs foi de 96,7% enquanto que para InDels foi 28,5%. Os valores de reprodutibilidade inter e intra-ensaio de 89,5% e 87,3%, respectivamente. Das 72 amostras negativas, 35 puderam ser reclassificadas como positivas, sendo que os dois genes com mais ocorrências de alterações genéticas foram FLNC e TRIM63, ambos já relacionados com CH. Vinte e duas amostras foram reclassificadas como inconclusivas e 15 permaneceram negativas. O ganho diagnóstico foi de 21,5%. Conclusões: A plataforma Ion Torrent PGM apresenta potencial no sequenciamento de genes relacionados à cardiomiopatias hereditárias e o pipeline validado mostrou valores analíticos praticáveis em uma rotina diagnóstica. A utilização do painel genético ampliado se mostrou viável na detecção de alterações genéticas, propiciando uma boa margem de ganho diagnóstico em comparação com o sequenciamento apenas dos três genes mais associados à CH / Introduction: Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) is a primary cardiac disease, mainly characterized by unexplained left ventricle hypertrophy, in the absence of dilatation, usually asymmetric and predominantly septal. The estimated prevalence is 1:500 individuals in the general population, corresponding for 0.5% of all cardiac diseases. Up to now, more than 1400 mutations are associated with HCM in 20 genes related with sarcomeric myofibrils, Z-disc and calcium homeostasis, wherein the 3 most associated genes are MYH7, MYBPC3 and TNNT2, accounting for 50% of cases with positive molecular diagnostics in Brazil. Thus, the advent of new high throughput DNA sequencing technologies promise to revolutionize the use of molecular diagnostics, turning the identification of genetic mutations in a fast and cheap practice, increasing the cost-effectiveness of diagnostic and treatment of patients and families with HCM. Materials and Methods: Ninety one samples from an HCM casuistic of unrelated individuals with previous molecular diagnostics for the three most HCM-associated genes (19 positives and 72 negatives) were processed along with a reference HapMap sample (NA12878) in the validation process of a pipeline proposed for the detection of genetic alterations in a genetic panel composed of 74 genes associated with inherited cardiomyopathies, using Ion Torrent PGM platform. The variant call step was tested for two cutoffs of sequencing coverage (30x and 10x) and three cutoffs of variant allele frequency (35%, 25% and 20%). The sample NA12878 was used in the assessment of intra and inter-assay reproducibility. Negative samples from the HCM casuistic were used in the assessment of diagnostic yield. Variants were considered potentially pathogenic if previously described as associated with HCM or if presenting a deleterious score in at least two of three impact prediction algorithms tested (PROVEAN, SIFT and PolyPhen-2) and MAF < 0.01, if available. Results: The chosen next-generation sequencing platform presented an acceptable performance, with a mean throughput of 165,9 ±13,1 Mb, with a mean value of 146,9 ± 11,54 Mb above PhredQ >= 20. Mean sequencing coverage was 250 ± 23,94x, wherein 95.2% of target bases were covered at least 10x. Maximum achieved sensitivity for SNVs was 96.7% while for InDels was 28.5%. Both values of inter and intra-assay reproducibility were 89.5% and 87.3%, respectively. Of all 72 negative samples, 35 were reclassified as positive with the two most frequently mutated genes being FLNC and TRIM63, both already associated with HCM. Twenty two samples were reclassified as inconclusive and 15 remained negatives. Diagnostic yield was 21.5%. Conclusions: Ion Torrent PGM platform presented a feasible potential for the sequencing of inherited cardiomyopathies-associated genes and the designed pipeline presented reliable analytical values for diagnostic use. The expanded panel proved to be a good strategy for the detection of genetic alteration providing a good value of diagnostic yield in comparison with the sequencing of the three most HCM-associated genes alone
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Análise exômica em pacientes portadores de cardiomiopatia hipertrófica / Exomic analysis in patients with cardiomyopathy hypertrophic

Lara Reinel de Castro 23 September 2015 (has links)
A cardiomiopatia hipertrófica (CMH) é uma doença geneticamente determinada, caracterizada por hipertrofia ventricular primária, com prevalência estimada de 0.2% na população geral. Qualquer portador tem 50% de chance de transmitir esta doença para seus filhos, o que torna cada vez mais relevante a importância do estudo genético dos indivíduos acometidos e de seus familiares. Já foram descritas diversas mutações genéticas causadoras de CMH, a maioria em genes que codificam proteínas do sarcômero, e algumas mutações mais raras em genes não sarcoméricos. O objetivo desse estudo é sequenciar as regiões exônicas de genes candidatos, incluindo os principais envolvidos na hipertrofia miocárdica, utilizando o sequenciamento de nova geração (Generation Sequencing); testar a aplicabilidade e viabilidade deste sistema para identificar mutações já confirmadas e propor as prováveis novas mutações causadoras de CMH. Métodos e resultados: 66 pacientes não aparentados portadores de CMH foram estudados e submetidos à coleta de sangue para obtenção do DNA para analisar as regiões exômicas de 82 genes candidatos, utilizando a plataforma MiSeq (Illumina). Identificou-se 99 mutações provavelmente patogênicas em 54 pacientes incluídos no estudo (81,8%) relacionadas ou não a CMH, e distribuídas em 42 genes diferentes. Destas mutações 27 já haviam sido publicadas, sendo que 17 delas descritas como causadoras de CMH. Em 28 pacientes (42,4%) identificou-se mutação nos três principais genes sarcoméricos relacionados à CMH (MYH7, MYBPC3, TNNT2). Encontrou-se também um grande número de variantes não sonôminas de efeito clínico incerto e algumas mutações relacionadas a outras enfermidades. Conclusão: a análise da sequencia dos exônos de genes candidatos, demonstrou ser uma técnica promissora para o diagnóstico genético de CMH de forma mais rápida e sensível. A quantidade de dados gerados é o um fator limitante até o momento, principalmente em doenças geneticamente complexas com envolvimento de diversos genes e com sistema de bioinformática limitado. / Hypertrophic Cardiomyopathy (HCM) is a genetically determined disease, estimated prevalence of 0.2% in the general population. Any of its carriers has 50% likelihood to pass it on to their children, and that makes the genetic study of these individuals and their relatives even more relevant. There have been several studies describing genetic mutations that cause HCM - the vast majority in genes responsible for sarcomere protein coding - and other rarer mutations in non-sarcomeric genes. The aim of this research is study exonic areas of specific genes, including the most important ones related to myocardial hypertrophy, identifying the genetic mutations that have already been documented, and possible new pathogenic mutations, using the high throughput DNA sequencing (NGS); testing the pplicability and viability to identify HCM-causing mutations. Methods and results: 66 unrelated patients with CM were studied and subject to blood sample in order to extract their genomic DNA to analyze exomic regions of 82 candidates genes, using the high throughput sequencing technology on MiSeg (Illumina) platform. In this study we identified 99 possible damaging mutations in 54 patients (81.8%) that could be related or not to HCM, and distributed in 42 different genes. 27 of this variants have already been published, and 17 of them have been described as HCM causes. 42,4% of the patients (28 individuals) have genetic mutations in the three main sarcomeric genes related to HCM (MYH7, MYBPC3, TNNT2). We also identified a large number of non-synonymous variants of uncertain clinical significance and some mutations related to other diseases. Conclusion: The exome analysis in candidates genes using NGS has demonstrated to be promising for the genetic diagnosis of HCM, in a short time with sensivity. The amount of data obtained in a short period of time is the main limiting factor, especially for genetically complex diseases that involve multiple genes.
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"Cardiomiopatia hipertrófica: importância dos eventos arrítmicos em pacientes com risco de morte súbita" / Hypertrophic cardiomyopathy: sudden cardiac death in high risk patients and the role of arrhythmias

Paulo de Tarso Jorge Medeiros 10 December 2004 (has links)
Vinte e seis pacientes com cardiomiopatia hipertrófica e fatores de risco de morte súbita, foram submetidos a implante de cardioversor-desfibrilador implantável de dupla-câmara, com seguimento médio de 19 meses. Observou-se quatro choques em arritmias letais, 4 pacientes apresentaram TVNS e 5 taquiarritmias supraventriculares. Ocorreu um óbito.Conclusões: Observamos: TPSV em 19,2%; TVNS em 15,4% e TVS/FV em 15,4%. Nenhuma variável clínica ou demográfica, discriminou o comportamento clínico ou funcional pós-implante de CDI; a recorrência de síncope pós implante de CDI, não se associou à presença de eventos arrítmicos e a hipertrofia maior que 30 mm se associou à choque precoce do CDI (p=0,003). / During 19 months of average follow-up period, we followed 26 patients with hypertrophic cardiomyopathy and high risk for sudden death, all treated by dual chamber implantable cardioverter-defibrillator. 4 patients had received appropriate ICD discharge, 4 patients with NSVT and 5 supraventricular arrhythmias. One death had occurred. Conclusions: we observed: supraventricular arrhythmias in 19,2%; NSVT in 15,4% and VT/VF in 15,4%. The clinical or demographic outcomes did not suggest any clinical or functional results after ICD implantation; syncope may occur after ICD implantation and no arrhythmias recordered by intracardiac electrograms and left-ventricular-wall thickness greater than 30 mm is associated with early ICD shocks (p=0,003).

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