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Utilização de técnicas multivariadas na análise da divergência genética via modelo AMMI com reamostragem \"bootstrap\" / Use of multivariate techniques in the analysis of genetic diversity through ammi model with bootstrap resampling

Faria, Priscila Neves 01 October 2012 (has links)
Em estudos de divergência genética por métodos multivariados, a distância euclidiana é a medida de distância mais amplamente utilizada e essa distância é a mais recomendada quando as unidades de cálculos são escores de componentes principais, como é o caso da análise AMMI (additive main effects and multiplicative interaction analysis). Tal análise permite a obtenção de estimativas mais precisas das respostas genotípicas e possibilita a análise da divergência genética por métodos aglomerativos. A análise dos modelos AMMI combina, num único modelo, componentes aditivos para os efeitos principais (genótipos e ambientes) e componentes multiplicativos para os efeitos da interação genótipos × ambientes. Os melhoristas de plantas compreendem que a interação genótipos × ambientes é de suma importância para a obtenção de variedades superiores e as estimativas de dissimilaridade atendem aos objetivos do melhorista, por quantificarem e informarem sobre o grau de semelhança ou de diferença entre pares de indivíduos. Entretanto, quando o número de indivíduos é grande, torna-se inviável o reconhecimento de grupos homogêneos pelo exame visual das estimativas de distância. Portanto, é importante proceder à análise de agrupamentos, obter dendrogramas por meio de métodos hierárquicos e posteriormente, analisar os grupos formados. A fim de determinar e classificar os grupos formados na clusterização hierárquica foram utilizados comandos específicos do programa computacional R que desenha no dendrograma os retângulos de cada grupo e os numera. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi analisar a divergência genética via modelo AMMI, utilizando-se de técnicas multivariadas e reamostragem \"bootstrap\". / In studies of genetic diversity using multivariate approaches, the Euclidean distance is the most common measure used. This method is recommended when data are scores of principal components, such as in AMMI analysis (additive main effects and multiplicative interaction analysis). The AMMI method allows obtaining more precise estimates for genotypic results and also permits the use of genetic diversity analysis by using agglomerative approaches. Furthermore, this method combines additive components for the main effects (genotypes and environments) and multiplicative components for genotypes x environment interaction effects in a unique model. Plant breeders understand the importance of genotype and environment interaction to obtain superior varieties and the dissimilarity estimation meets breeders\" objectives since it quantifies and determines the similarity or the divergence between pairs of individuals. However, when the number of individuals is large it is unfeasible to recognize the group homogeneity by using a visual analysis of the distances estimation. Therefore, is important to use cluster analysis to obtain dendograms based on hierarchical methods and then analyze the groups obtained. In order to determine and classify the obtained groups from hierarchical cluster analysis specifics commands in the R software were used which shows in the dendrogram rectangles and numbers for each group. In this way, the objective of this work was to analyze the genetic divergence through AMMI model, by using multivariate approaches and \"bootstrap\" resampling.
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Estresse térmico sobre a predição de valores genéticos para características de produção e qualidade do leite de vacas Holandesas / Heat stress on breeding value prediction for production traits and milk quality of Holstein cows

Salvian, Mayara 16 December 2015 (has links)
A raça Holandesa apresenta alto rendimento na produção de leite, por isto, diversos países têm optado pela importação de sêmen para substituir as raças leiteiras locais. Esta estratégia seria eficaz se o sêmen importado fosse utilizado nas mesmas circunstâncias em que foram selecionados. Caso exista interação genótipo ambiente significativa, é esperada uma nova classificação dos touros, porém se o efeito da interação genótipo ambiente não é levada em consideração, os valores genéticos preditos (EBVs) podem ser tendenciosos, reduzindo a resposta de seleção. Diante disso, os objetivos deste trabalho foram comparar modelos de diferentes ordens de ajuste por meio de funções polinomiais de Legendre, utilizando modelos de regressão aleatória e estimar os coeficientes de herdabilidade para os teores de gordura, proteína, ácido graxo saturado, ácido graxo insaturado, e produção de leite. Além de estimar o valor genético dos animais, sob a interferência do estresse térmico. Foram utilizadas informações fenotípicas coletadas mensalmente ao longo da lactação e modelos com polinômios ortogonais de Legendre de primeira a sexta ordem, para verificar a interferência de estresse térmico, foram utilizadas informações de temperatura e umidade do dia de coleta. Os modelos que melhor se ajustaram foram os de primeira e segunda ordem. As estimativas de herdabilidade variaram de 0,02 a 0,52 para teor de gordura; de 0,03 a 0,63 para teor de proteína; de 0,05 a 0,63 para ácido graxo saturado; de 0,019 a 0,364 para ácido graxo insaturado e de 0,133 a 0,390 para produção de leite nos diferentes modelos estudados. As estimativas de valores genéticos variaram de -0,5 a 0,5 em ambiente sem estresse térmico e de -0,2 a 0,2 em ambiente com estresse térmico para o teor de gordura; de -0,4 a 0,4 para ambiente sem estresse térmico e de -0,2 a 0,2 em ambiente com estresse térmico para o teor de proteína; de -0,3 a 0,3 em ambiente sem estresse térmico e de -0,2 a 0,2 em ambiente com estresse térmico para ácido graxo saturado; de -0,1 a 0,1 em ambiente sem estresse térmico e de -0,1 a 0,1 em ambiente com estresse térmico para ácido graxo insaturado e de - 6 a 6 em ambiente sem estresse térmico e de -2 e 2 em ambiente com estresse térmico para produção de leite. De acordo com os resultados, as herdabilidades indicam que o teor de gordura, proteína, ácido graxo saturado produção de leite podem ser utilizados como critério de seleção. Com o uso de informações de temperatura e umidade do ar, foi possível verificar a presença de interação genótipo ambiente para teor de gordura, proteína, ácido graxo saturado e produção de leite aos 205 dias em lactação. / Due to the high milk production of Holstein cattle, many countries have chosen to import semen to replace local dairy breeds. This strategy would be effective if these semen was used in the same circumstances in which they were selected. However, if there is significant genotype environment interaction, it is expected a new bulls ranking, but if the effect of genotype environment interaction is not considered, the estimated breeding values (EBVs) may be tendentious, reducing the selection response. The objectives of this study were estimate breeding value under heat stress and heritability coefficients, and also to compare models of different adjustment orders through Legendre polynomials, using random regression models for fat, protein, saturated fatty acid, unsaturated fatty acid and milk production. There were used phenotypic information collected monthly through the lactation period and Legendre orthogonal polynomials models from the first to sixth order. To verify the interference of heat stress, there was used temperature and humidity information on the day of the evaluation was performed. The first and second order models were the ones that better fitted. Heritability estimates were from 0.02 to 0.52 for fat; 0.03 to 0.63 for protein; 0.05 to 0.63 for saturated fatty acid; 0.019 to 0.364 for unsaturated fatty acid and 0.133 to 0.390 for milk production on the different models tested. Estimates of the genetic value were from -0.5 to 0.5 on environment without heat stress and -0.2 to 0.2 on environment with heat stress for fat; -0.4 to 0.4 on environment without heat stress and -0.2 to 0.2 on environment with heat stress for protein; -0.3 to 0.3 on environment without heat stress and -0.2 to 0.2 on environment with heat stress for saturated fatty acid; -0.1 to 0.1 on environment without heat stress and of -0.8 to 0.8 on environment with heat stress for unsaturated fatty acid; -6 to 6 on environment without heat stress and -2 to 2 on environment with heat stress for milk production. The heritability indicates that the fat, protein, saturated fatty acid and milk production can be used as selection criteria. With the use of temperature and humidity information, it was possible to verify the presence of genotype environment interaction for fat, protein, saturated fatty acid and milk production at 205 days in milk.
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Interação genótipos-ambientes e parâmetros de adaptabilidade e estabilidade para características de crescimento em bovinos de corte compostos no Brasil / Genotype-environmental interactions and adaptability and stability parameters for growth traits in composite beef cattle in Brazil.

Cintra, Daniele Campos 13 April 2007 (has links)
Dados de 111.101 pesos a desmama ajustado aos 205 dias de idade (PES205), 50.860 pesos ajustados aos 390 dias (PES390) e 47.462 ganhos de peso até 185 dias após a desmama (GP185) foram analisados para avaliar a interação genótipos-ambientes e estimar parâmetros de adaptabilidade para sete combinações genotípicas de bovinos cruzados para corte, criados em três diferentes ambientes do Brasil. A interação genótipos-ambientes foi fonte de variação significativa (P<0,01) para todas as características avaliadas. As decomposições das somas de quadrados das interações genótipos-ambientes, para cada variável estudada, foram realizadas pelo método de regressão. Foram verificados por meios dos coeficientes angulares que, para PES205, os animais de composição genotípica 7 foram considerados como de adaptabilidade ampla. Os genótipos 2, 3 e 6 foram considerados de adaptabilidade específica a ambientes favoráveis e as composições genotípicas 1, 4 e 5 foram classificadas como de adaptabilidades específicas a ambientes desfavoráveis. Para PES390, os animais considerados como de adaptabilidade ampla foram os de composições genotípicas 1 e 3. Os de combinações genotípicas 2, 6 e 7 foram considerados de adaptabilidade específica a ambientes favoráveis e os genótipos 4 e 5 foram classificados como animais com adaptabilidade específica a ambientes desfavoráveis. Para GP185, verificou-se que os animais considerados como de adaptabilidade ampla foram os de composição genotípica 4 e 5, enquanto que as combinações genotípicas 1, 2 e 3 foram considerados de adaptabilidade específica a ambientes favoráveis e as composições genotípicas 6 e 7 foram classificados como de adaptabilidades específicas a ambientes desfavoráveis. / Data from 111,101 weaning weight adjusted to 205 days (WW), 50,860 yearling weight adjusted to 390 days (YW) and 47,462 weight gain from weaning to yearling (WG) were analyzed to evaluated the genotype-environmental interactions and estimates adaptability parameters for seven genotype combinations of crossbreed beef cattle, raised in three environment of the Brazil.. The genotypeenvironmental interation effect was significative (P<0.01) for all de traits analyzed. The sum squares decompositions of genotype-environmental interations, were accomplishment by regression method for each trait analyzed. Were verified, through the slopes of the regression lines that, for WW, the animals considered as wide adaptability were genotype composition 7. The genotype compositions 2, 3 and 6 were considered of specific adaptability for favorable environments, and genotype compositions 1, 4 and 5 were classified as combinations with specific adaptability for unfavorable environments. For YW, the animals considered as wide adaptability were genotypes compositions 1 and 3. The genotype compositions 2, 6 and 7 were considered of specific adaptability for favorable environments and genotype compositions 4 and 5 were classified as combinations with specific adaptability for unfavorable environments. For WG, the animals with genotype composition 4 and 5 were considered as wide adaptability, while the genotype compositions 1, 2 and 3 were considered of specific adaptability for favorable environments and genotype compositions 6 and 7 were classified as combinations with specific adaptability for unfavorable environments.
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Seleção de linhagens experimentais de soja para adaptabilidade e estabilidade fenotípica. / Selection of soybean experimental lines for phenotypic adaptability and stability.

Rocha, Maurisrael de Moura 25 March 2002 (has links)
O objetivo desta pesquisa foi avaliar a magnitude da interação genótipos x ambientes (G x E) e a sua conseqüência na adaptabilidade e na estabilidade fenotípica de 100 linhagens experimentais de soja pertencentes a quatro ciclos de maturação (28 precoces, 38 semiprecoces, 27 intermediárias e sete semitardias), através de três metodologias que quantificam a adaptabilidade e/ou estabilidade fenotípica (ecovalência, regressão linear de Eberhart & Russel e AMMI ou "Additive Main effects and Multiplicative Interaction"), com ênfase nas produtividades de grãos e óleo. Os experimentos foram conduzidos em três localidades (Anhembi, Areão e ESALQ) do município de Piracicaba, Estado de São Paulo, Brasil (540 m de altitude, 22 o 42' de latitude sul e 47 o 39' de longitude oeste), em cultivo de verão (semeadura em novembro), nos anos agrícolas de 1996/97, 1997/98, 1998/99 e 1999/00. Em cada local foram avaliados quatro experimentos, correspondentes a quatro ciclos de maturação (CM). O delineamento utilizado foi o de blocos ao acaso com duas repetições estratificadas em conjuntos experimentais e quatro testemunhas comuns por conjunto. A parcela experimental foi representada por quatro fileiras de 5 metros de comprimento, espaçadas de 0,5 metro, sendo utilizadas para a tomada de dados apenas os 4 metros centrais das duas fileiras intermediárias da parcela. Os ambientes corresponderam à combinação de ano e local, totalizando 12 ambientes por CM. Os caracteres avaliados foram: número de dias para a maturidade (NDM), altura de planta na maturidade (APM), acamamento (Ac), valor agronômico (VA), produtividade de grãos (PG), porcentagem de óleo nas sementes (%OL) e produtividade de óleo (PO). Para a análise de adaptabilidade e estabilidade fenotípica utilizou-se apenas os caracteres PG, %OL e PO. Os resultados mostraram que o efeito de ambientes foi mais importante do que o efeito da interação genótipos (G) x ambientes (E), e este, mais importante do que o efeito de genótipos (linhagens). A magnitude da interação G x E, para a PG e PO, foi maior do que para a %OL, indicando que este último caráter foi mais estável. As linhagens precoces (LP) e semiprecoces LSP) foram mais adaptadas, mas exibiram interações G x E mais complexas e foram mais instáveis do que as intermediárias (LI) e semitardias (LST). As LI associaram alta adaptabilidade com estabilidade média para PG e PO, ao contrário¶ das LP, LSP e LST, nas quais a alta adaptabilidade esteve sempre associada com baixa estabilidade. Os anos agrícolas associados com os locais Anhembi e ESALQ foram mais favoráveis que os ambientes relacionados com o local Areão, mas estes apresentaram maior previsibilidade. A seleção de linhagens com média e previsibilidade altas foi mais difícil para a %OL do que para PG e PO, em decorrência das correlações negativas entre as médias e os parâmetros de estabilidade; a utilização desses parâmetros em conjunto mostrou-se mais eficiente na seleção simultânea para adaptabilidade e estabilidade. As metodologias foram similares quanto ao ordenamento das linhagens; no entanto, diferiram quanto à precisão, explicação, informação sobre a interação G x E e adaptabilidade das linhagens. O método da ecovalência pode ser utilizado para selecionar para estabilidade e, quando associado com a média, também para adaptabilidade, sempre que o melhorista não esteja interessado em obter informações adicionais sobre recomendações de linhagens para ambientes específicos. A regressão linear de Eberhart & Russel foi mais influenciada pelos efeitos ambientais do que pelos efeitos da interação G x E, não explicando satisfatoriamente o comportamento das linhagens. O padrão adjacente à interação G x E foi baixo e a presença de ruídos (efeitos aleatórios causados por fatores micro-ambientais) foi alta, evidenciando que apenas parte da variação total observada para a interação G x E foi importante para explicar o comportamento das linhagens. A interpretação gráfica da análise AMMI pelos biplots AMMI1 e AMMI2, para modelos que incluem mais de dois eixos, foi eficiente em explicar a estabilidade das linhagens e ambientes, mas a adaptabilidade foi melhor compreendida com o auxílio das médias preditas para linhagens e ambientes pelo modelo selecionado. O método AMMI foi mais eficiente do que os métodos da ecovalência e da regressão linear de Eberhart & Russel, pois permitiu analisar com mais detalhes os efeitos da interação G x E, ganhando precisão e melhorando o processo de seleção. As linhagens que reuniram maior adaptabilidade com estabilidade para PG e PO dentro de cada CM foram: USP 94-1086 (precoce), USP 93-2316 (semiprecoce), USP 93-5243 (intermediária) e USP 93-5684 (semitardia). / The objective of this research was to evaluate the magnitude of the genotype-environment interaction (G x E) and its consequence on the phenotypic adaptability and stability of one hundred soybean experimental lines belonging to four maturity cycles (28 early, 38 semi-early, 27 intermediate, and seven semi-late), through three methodologies that quantify the phenotypic adaptability and/or stability (ecovalence, linear regression of Eberhart & Russel and AMMI or "Additive Main effects and Multiplicative Interaction"), with emphasis in the seed and oil yield. The experiments were carried out at three localities (Anhembi, Areão and ESALQ) of the Piracicaba county, State of São Paulo, Brazil (540 m of altitude, 22 o 42' South latitude, and 47 o 38' West longitude), during the summer crop season (sowing in november) in the agricultural years of 1996/97, 1997/98, 1998/99, and 1999/00. For each locality and maturity cycle, a randomized complete block experiment was designed, with two replications stratified in experimental sets and four common checks in each set. The experimental plot corresponded to four rows 5.0 m x 0.5 m, where the four central meters of the two intermediate rows were evaluated. Each environment corresponded to a combination of locality and year, totalizing 12 environments by maturity cycle. The traits number of days to maturity (NDM), plant height at maturity (APM), lodging (Ac), agronomic value (VA), seed yield (PG), oil percentage in the seeds (%OL), and oil yield (PO) were evaluated. For the phenotypic adaptability and stability analysis it was only used the characters PG, %OL, and PO. The results showed that the effect of environment was more important than the effect of G x E interaction, and this one more important than the genotype effect (lines). The magnitude of the G x E interaction for PG and PO showed larger than for %OL, indicating that this was more stable. The early and semi-early lines were more adapted, but exhibited G x E interactions more complex and were more ustable than the intermediate and semi-late lines. The intermediate lines associated high adaptability with medium stability for PG and PO, unlike the early, semi-early, and semil-ate lines, for which the high adaptability was always associated with low stability. The agricultural year associated with the Anhembi and ESALQ localities were more favorable than the environments related with Areão locality, but those showed larger predictability. The selection of lines with high means and predictability went more difficult for %OL than for PG and PO, due to the negative correlations between the means and the stability parameters; the combined use of those parameters was shown more efficient in the selection for adaptability and stability. The methodologies were similar with relationship to the ranking of the lines; however, they differed for the precision, explanation, information on the G x E interaction and on adaptability of the lines. The ecovalence method can be used to select for stability and, when associated with the mean, also for adaptability, whenever the breeder is not interested in obtaining additional information on recommendation lines for specific environments. The linear regression of Eberhart & Russel was more influenced by the environmental effects than the effect of G x E interaction, and it did not explain satisfactorily the performance of the lines. The pattern adjacent to G x E interaction was low and the high presence of noises (random variation caused by microenvironments factors), evidencing that only part of the variation observed for the G x E interaction was important to explain the line performance. The graphic interpretation of the AMMI analysis by biplots AMMI1 and AMMI2, for model that includes more than two axes, was efficient in explaining the stability of the lines and environments, but the adaptability was better understood with the aid of means predicted by the selected model for lines and environments. The AMMI method was more efficient than the ecovalence and linear regression of Eberhart & Russel methods, because allowed to analyze with more details the effects of G x E interaction, gaining precision and improving the selection process. The lines that gathered larger adaptability with stability for PG and PO, inside of each maturity cycle, were: USP 94-1086 (early), USP 93-2316 (semi-early), USP 93-5243 (intermediate), and USP 93-5684 (semi-late).
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Adaptabilidade e estabilidade fenotípica de clones de cana-de-açúcar em dois ciclos produtivos /

Regis, Jiuli Ani Vilas Boas January 2016 (has links)
Orientador: João Antonio da Costa Andrade / Resumo: Na fase final de um programa de melhoramento, especificamente na recomendação de cultivares, o conhecimento da interação genótipos x ambientes (GxA) é essencial, porque analisa a existência de desempenho diferencial de genótipos em diferentes ambientes. Os efeitos da interação genótipos x ambientes sobre a adaptabilidade e estabilidade são de grande importância, visto que cada genótipo possui uma capacidade inerente de responder às mudanças ambientais. Dentre as estratégias usadas para identificar cultivares com baixos níveis de interação genótipos x ambientes, está a seleção de genótipos com alta adaptabilidade e estabilidade. O objetivo deste trabalho foi identificar clones de cana-de-açúcar produtivos, com boa estabilidade e adaptabilidade, considerando dois ciclos produtivos. Vinte e cinco clones precoces mais cinco testemunhas foram avaliados em 24 ambientes, em delineamento de blocos ao acaso, com três repetições. Para verificação da adaptabilidade e estabilidade foi utilizado o método de regressão bissegmentada e os métodos multivariados AMMI e GGE biplot. Os clones avaliados não apresentam os parâmetros ideais, como preconizado pelo método da regressão bissegmentada. De acordo com as três abordagens utilizadas, que são complementares nas informações desejadas, os clones mais promissores em termos de estabilidade e adaptabilidade geral são G13, G12 e G5. / Mestre
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BLUP via modelos de normas de reação na avaliação da interação genótipos x ambientes em plantas / BLUP via reaction norms models in the evaluation of genotype by environment interaction in plants

Alves, Rodrigo Silva 20 July 2016 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-02-09T11:38:11Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 302438 bytes, checksum: f0d89d64f7244b95e3c301ca0a417de9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-09T11:38:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 302438 bytes, checksum: f0d89d64f7244b95e3c301ca0a417de9 (MD5) Previous issue date: 2016-07-20 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / A interação genótipos x ambientes é caracterizada pelo comportamento diferencial dos genótipos frente à variação ambiental. Essa interação pode se expressar de diferentes formas e com diferentes intensidades e é de fundamental importância nas avaliações genéticas. Dentre as formas de se avaliar a interação genótipos x ambientes as abordagens via modelos mistos REML/BLUP são mencionadas como vantajosas no melhoramento vegetal. Além disso, modelos de normas de reação são amplamente utilizados na avaliação da interação genótipos x ambientes no melhoramento animal, mas não no melhoramento vegetal. O presente estudo teve como objetivo verificar a aplicabilidade de modelos de normas de reação (regressão aleatória) via REML/BLUP na avaliação da interação genótipos x ambientes em plantas. Foram avaliados dados reais de diâmetro à altura do peito (DAP) e penetração do Pilodyn (PP) de 215 genótipos de Eucalyptus repetidos em quatro ambientes. De maneira geral, o modelo mais adequado de normas de reação é próximo ao modelo de simetria composta ou de efeitos genotípicos mais interação genótipos x ambientes ( ). Para ambos os caracteres, o modelo mais adequado de normas de reação foi o cúbico. O modelo cúbico de normas de reação sobre o modelo de simetria composta ( ) apresenta a vantagem de interpolação para níveis ambientais não experimentados. Curvas de valores genotípicos em função do gradiente ambiental foram geradas. Essas curvas preveem o comportamento dos genótipos em cada nível ambiental. Os modelos de normas de reação podem ser aplicados de forma eficiente no melhoramento de plantas. / The genotype by environment interaction is characterized by the differential genotypes behavior faced to environmental variation. This interaction can be expressed in different forms and with different intensities and it has fundamental importance in genetic evaluations. Among the forms to evaluate the genotype by environment interaction via mixed models REML/BLUP approaches have been mentioned as advantageous in plant breeding. In addition, reaction norms models are widely used to evaluate the genotype by environment interaction in animal breeding, but not in plant breeding. This study aimed to verify the applicability of reaction norms models (random regression) via REML/BLUP to evaluate the genotype by environment interaction in plants. Were evaluated real data of diameter at breast height (DBH) and Pilodyn penetration (PP) of 215 Eucalyptus genotypes repeated in four environments. In general, the most appropriate reaction norms model is near to the compound symmetry model or genetic effects added to genotype by environment interaction ( ). For the both traits, the most appropriate reaction norms model was the cubic. The cubic model of reaction norm on compound symmetry model ( ) take advantage on interpolation to untested environment levels. Genetic values curves in function of environmental gradient were generated. Its curves predict the genotypes behavior in each environmental level. The reaction norms models can be applied efficiently in plant breeding.
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Seleção de progênies de soja para produção de grãos com uso de modelos mistos / Selection of soybean progeny for grain yield with the use of mixed models

Volpato, Leonardo 15 July 2016 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-02-10T17:52:19Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 625763 bytes, checksum: b017f1992b435fae7a15804eb90f2b89 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-10T17:52:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 625763 bytes, checksum: b017f1992b435fae7a15804eb90f2b89 (MD5) Previous issue date: 2016-07-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / As informações de populações e de progênies obtidas por meio do método Bulk Dentro de Progênies (BDP) devem serem consideradas para a prática da seleção, visto que, a probabilidade de obtenção de progênies superiores dentro de populações superiores, é elevada. Assim, o método de seleção BLUP- SIPPPG (BLUP associado ao esquema BDP e ao índice de seleção usando os efeitos de genitores, populações, progênies e gerações) foi desenvolvido com o intuito de abarcar todos os efeitos da estrutura global do programa de melhoramento de espécies autógamas. Contudo, a seleção de progênies em gerações iniciais do programa de melhoramento reflete no uso do método com restrições de informações. Neste sentido, objetivou-se com este trabalho avaliar os efeitos entre populações e progênies endogâmicas que compõem o índice BLUP- SIPPPG, por meio das informações de populações F 3 e de progênies F 2:3 via índice denominado BLUP-SIPP (Selection Index with Populations and Progenies) para a seleção de progênies de soja (Capítulo I); incluir as informações de gerações das populações F 2 nas análises via índice denominado de BLUP-SIPPG (Selection Index with Populations, Progenies and Generations), e ainda, comparar a eficiência da acurácia de seleção das progênies entre ambos os índices apresentados (Capítulo II). Para isso, três populações F 2 ’s, oriundas de três híbridos F 1 ’s resultantes de cruzamentos entre os progenitores TMG 123 RR, M7211 RR, UFVS Citrino RR, UFVS Turqueza RR e M7908 RR, foram avaliadas em casa de vegetação, utilizando o delineamento experimental em blocos ao acaso (DBC) com três repetições. Cada planta F 2 foi colhida separadamente originando 204 progênies F 2:3 , as quais foram plantadas em dois locais, utilizando para cada local o delineamento experimental de blocos incompletos desbalanceados, com três repetições e nove testemunhas adicionais. Avaliou-se as características frequentistas do programa de melhoramento genético da soja, com o intuito de selecionar as progênies com maiores produtividades de grãos. Os dados foram submetidos à análise, via software Selegen–REML/BLUP. Assim concluiu-se que: i) A adoção do método BLUP-SIPP favoreceu a estimação dos parâmetros genético e ambientais, além do entendimento da distribuição da variância genotípica entre e dentro de populações F 3 ; ii) a variação da população apresentou contribuição majoritária para a variância fenotípica total, na avaliação de progênies de soja F 2:3 nos dois índices utilizados; iii) os métodos BLUP-SIPP e BLUP- SIPPG contribuíram para a predição de valores genotípicos mais acurados; iv) a inclusão do efeito da geração de população F 2 , via modelo BLUP-SIPPG, não implicou em aumento dos valores das acurácias seletivas para progênie, refletindo em ausência de ganhos com a seleção quando adotou-se o modelo BLUP-SIPP. / The progeny and populations information obtained by the bulk method within progenies should be considered for selection practice, since the probability of obtaining superior progenies within upper populations is high. Thus, the BLUP- SIPPPG selection method (BLUP associated with the bulk method within progenies scheme and the selection index using the effects of parents, populations, progenies and generations effects) was developed in order to encompass all the effects of the global structure of the plant breeding program autogamous species. However, the selection of progenies in early generations of the breeding program reflects the use of the method with information restriction. In this sense, the objective of this work was to evaluate the effects between populations and inbred progenies that make up the index BLUP- SIPPPG, through information F 3 populations and progenies F 2:3 via index called BLUP-SIPP (Selection Index with Populations and Progeny effects) for selection F 2:3 soybean progenies (Chapter I); to include information of generations F 2 populations in the analysis via index called BLUP-SIPPG (Selection Index with Populations, Progeny and Generations effects), and further, to compare the efficiency of the progeny selection accuracy from both presented indexes (Chapter II). For that, three F 2 's populations, from three F 1 's hybrids resulting from crosses between parent TMG 123 RR, M7211 RR, UFVS Citrine RR, UFVS Turqueza RR and M7908 RR were evaluated in a greenhouse, using the experimental design in random blocks (DBC) with three replications. Each F 2 plant was harvested separately giving 204 F 2:3 progenies, which were planted in two locations using for each location the experimental design of incomplete unbalanced blocks, with three replications and nine additional witnesses. We evaluated the frequentist characteristics of the breeding program of soybeans, in order to select the progenies with higher grain yield. The data were analyzed via Selegen-REML / BLUP software. Thus it was concluded that: i) the adoption of BLUP-SIPP method favored the estimate of genetic and environmental parameters, beyond the understanding of the distribution of genotypic variance within and between F 3 populations; ii) the variation of the population showed a major contribution to the total phenotypic variance in the F 2:3 progenies evaluation in the two used indexes; iii) the BLUP-SIPP and BLUP-SIPPG methods contributed to a more accurate prediction of genotypic values; iv) the inclusion of the effect of generation F 2 population, via BLUP-SIPPG model did not result in increased values of accuracies selective for progeny, reflecting the absence of earnings from the selection when it was adopted the BLUP-SIPP model.
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Capacidade de combinação de cultivares de milho em diferentes condições ecogeográficas / Capacity of combination to cultivate of maize in deferent’s conditions ecogeographical

Deitos, Adilson 13 February 2004 (has links)
Submitted by Cleber Casali (clebercasali@ufv.br) on 2017-06-01T17:09:45Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 249280 bytes, checksum: a4a30f4a4853b11e61aaa2647d870870 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-01T17:09:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 249280 bytes, checksum: a4a30f4a4853b11e61aaa2647d870870 (MD5) Previous issue date: 2004-02-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O objetivo geral deste trabalho foi avaliar a capacidade de combinação de cultivares de milho em diferentes condições ecogeográficas (Cerrado, Zona da Mata e transição entre estas) e identificar a importância da seleção de genitores para otimizar a interação genótipo X ambiente. Foram selecionados como genitores seis cultivares comerciais de milho com produtividade acima de 9 t/ha e avaliada a capacidade de combinação. Para isto, foram obtidas 15 combinações híbridas utilizando o esquema de dialelo completo. Os ensaios foram conduzidos nos anos agrícolas de 2002/2003, na Estação Experimental do Aeroporto, Viçosa-MG (Zona da Mata), Estação Experimental CEPET, Capinópolis-MG (Cerrado) e CEDAF, Florestal-MG (Transição). Instalaram-se os ensaios nos meses de outubro, novembro e dezembro. Os 25 cultivares (15 combinações híbridas e os 10 testemunhas) apresentaram efeitos significativos pelo teste de F (P < 0,05), evidenciando que os mesmos apresentam comportamentos agronômicos diferenciados. O desdobramento de cultivares X ambientes, as combinações híbridas X ambientes e as testemunhas X ambientes detectaram significâncias de F (P < 0,05) para produtividade de ivgrãos de planta e espiga, estande final e nú mero de espigas. Entre os seis cultivares avaliados, o AG 1051, com base na média para CGC, apresentou-se como o mais indicado para os três ambientes testados. As maiores estimativas de CGC de produtividade de grãos foram, para Viçosa, AG1051 e AL25; para Capinópolis, D170 e AG4051; e para Florestal, AG1051 e AG4051. Destacou- se, na média para os três ambientes, a combinação AG4051 X AL30 e, especificamente para Viçosa, AL30 X AG1051; para Capinópolis, AG4051 X D170; e para Florestal, AL30 X D170. Portanto, é possível aumentar a produção de milho das diferentes regiões com a capitalização de interação genótipo X ambiente e conseqüente seleção e recombinação de cultivares para microrregiões. Desta forma, ficou evidenciado que produtividades superiores podem ser obtidas com híbridos desenvolvidos para um ambiente específico. Ficou evidenciado neste estudo que a capacidade de combinação está diretamente relacionada com o ambiente e que a magnitude e significância destas e suas interações com os ambientes são indicativos de variabilidade genética dos cultivares que poderão ser utilizados no melhoramento para produção de híbridos. Fica evidente pelo estudo apresentado que o melhorista deve testar suas combinações híbridas em locais que sejam representativos ao qual o plantio do cultivar será recomendado, com o intuito de otimizar a interação genótipo X ambiente. / The overall objective of this work was to evaluate the combination capacity of cultivar of maize in contrasting econographicals (thick, Zona da Mata de Minas Gerais State and transition between them) and identify the importance of the selection of the genitors to optimize the interaction genotype x environment. Six had been selected as genitors to cultivate commercial of maize with productivity above 9+/ha and evaluated the combination capacity. For such 15 hybrid combinations had been gotten using the complete diallel crosses. The assays had been lead in the agricultural years of 2002/2003, in the Experimental Station of the Airport, Viçosa-MG (Zona da Mata), Experimental Station CEPET, Capinópolis-MG (open pasture) and CEDAF, Florestal-MG (transition). The November months of and December had been installed the assays in. The 25 cultivars, 15 hybrid combinations and testimonials presented significant effects for the test of F (P < 0.05) showing that the same ones present differentiated agronomic behavior. The unfolding of Cultivars x Environments (C xA); Hybrid Combination X (HE x) and Witness X Environment (Test X) had detected significances of F (P < 0.05) for productivity viof grains, plant heights, final stand and number of ears having shown that the treatments present differentiated behavior. Therefore, it is possible to increase the production of maize of the different regions with the capitalization of interaction genotype environment and consequence election and recombination of cultivars in micro regions. Of this form he was evidenced that superior productivities can be gotten with hybrids developed for a specific environment. Between the six to cultivate evaluated GAC 1051 was presented in the average for C.G.C. as the most indicated for three tested environments. Between the hybrids combinations evaluated AG4051 x AL30 it got the best performance in the average, revealing apt to the culture in places with similar edafoclimatics conditions to tested environments.
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Estabilidade de produção de grãos e correlações entre caracteres agronômicos de genótipos de soja no cerrado de Minas Gerais / Estability of grains production and correlations between agronomic characters of soy in the ‘cerrado’ of Minas Gerais

Ampessan, Juliano 28 February 2003 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-01T18:19:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 503176 bytes, checksum: 99d1e5f152888fe2ecccb2135a534d94 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-01T18:19:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 503176 bytes, checksum: 99d1e5f152888fe2ecccb2135a534d94 (MD5) Previous issue date: 2003-02-28 / No presente estudo, avaliou-se os genótipos de soja do Programa de Melhoramento Genético de Soja da Universidade Federal de Viçosa dos ensaios intermediários (EIV) e finais (EFI), de ciclo medio/semitardio e tardio, nos anos agrícolas de 1998/99 e 1999/00, quanto a sua adaptabilidade e estabilidade utilizando os métodos Tradicional, EBERHART e RUSSELL (1966), LIN e BINNS (1988) e ANNICCHIARICO (1992). Também foram estabelecidas as correlações genotípicas, fenotípicas e ambientais entre os caracteres números de dias para floração, números de dias para maturação, altura de planta, altura de inserção da primeira vagem, acamamento de planta, produção de grãos e qualidade visual das sementes. Os experimentos foram instalados nas localidades de Capinópolis, Tupaciguara, Rio Paranaíba, Uberlândia, Paracatu e Florestal. Nos ensaios intermediário para genótipos de ciclo medio/semitardio no ano agrícola de 1998/99 foram recomendados, como mais adaptados e estáveis, os genótipos UFV97-46322588, UFV97- 46322603 pelos métodos Tradicional e de EBERHART e RUSSELL (1966), respectivamente e o genótipo UFV97-46322605 pelos métodos de LIN e BINNS (1988) e ANNICCHIARICO (1992) . Já no ano agrícola de 1999/00, ainda com genótipos de ciclo medio/semitardio, os genótipos UFV98- UV16N58, pelo método Tradicional e IAC12NRC3-18 pelos métodos de LIN e BINNS (1988) e ANNICCHIARICO (1992) . No ensaio final para genótipos de ciclo medio/semitardio do ano agrícola de 1998/99 o genótipo UFV94- 334268 foi recomendado pelos métodos de EBERHART e RUSSELL (1966), LIN e BINNS (1988) e ANNICCHIARICO (1992) como de adaptabilidade geral. No ensaio final para genótipos de ciclo medio/semitardio do ano agrícola de 1999/00 o genótipo UFV96-570835 também foi recomendado como mais estável por três metodologias adotadas, a Tradicional, LIN e BINNS (1988) e ANNICCHIARICO (1992).Os genótipos de ciclo tardio, do ensaio intermediário realizado no ano agrícola 1998/99, recomendado pelo método Tradicional e de EBERHART e RUSSELL (1966) foi UFV97- 506971C e pela metodologia de LIN e BINNS (1988) e ANNICCHIARICO (1992) foi UFV98-607887. O genótipo CAC-1, de ciclo tardio do ensaio intermediário realizado em 1999/00, foi recomendado devido a sua adaptabilidade e estabilidade pelos métodos Tradicional e de LIN e BINNS (1988). Nos ensaios finais de genótipos de ciclo tardio os genótipos UFV96- 570835 (ano agrícola 1998/99) e UFV96-607887 (1999/00) foram recomendados por todas as metodologias. Foram detectadas correlações genotípicas positivas de elevada magnitude os caracteres altura de planta e dias para Íloração, entre dias para maturação, altura da primeira vagem e acamamento, entre dias para floração, dias para maturação e altura da primeira vagem e entre stand e produção. Já os caracteres altura da primeira vagem e produção se correlacionaram negativamente. / In this study, it was evaluated the soy genotypes of the soy genetic breeding program from the Federal University of Viçosa of the intermediate assays and final, of a medium/semi-late and late, in the agricultural years of 1998/99 and 1999/2000, about its adaptability and estability using the traditional methods, EBERHART and RUSSEL (1966), LIN and BINNS (1988) and ANNICCHIARICO (1992). Genotipical ,fenotipical and ambiental correlations were also estabilished among the number of days characters for the flowering, number of days for maturation, hight of the plant, hight of the first husk insertion, place the plants in layers, grains production and visual quality of the seeds. The experiments were installed in the following locations: Capinópolis, Tupaciguara, Rio Paranaíba, Uberlândia, Paracatu and Florestal. In the intermediate essays for the genotypes with a medium/semi-late cicle in the agricultural year of 1998/99, the genotypes UFV97-46322588, UFV97- 46322603 were recomended, as the most adaptable and estables, by the Traditional and the EBERHART and RUSSEL (1966) methods, respectively, and the genotype UFV97-46322605 by the LIN and BINNS (1988) and ANNICCHIARICO (1992) methods. In the agricultural year of 1999/2000, still with the medium/semi-late cicle genotypes, the UFV98-UV16N58 genotypes, by the traditional method and IAC12NRC3-18 by the LIN and BINNS (1988) and ANNICCHIARICO (1992) methods. The final essay for the medium/semi-late cicle genotypes of the agricultural year of 1998/99, the genotype UF V94-334268 was recomended by the EBERHART and RUSSEL (1966) , LIN and BINNS (1988) and ANNICCHIARICO (1992) methods, as of a general adaptability. In the final essay for the medium/semi-late cicle of the agricultural year of 1999/00, the genotype UFV-570835 was also recomended as the most estable by three adopted methodologies, the traditional, LIN and BINNS (1988) and ANNICCHIARICO (1992). The late cicle genotypes, from the intermediate essay accomplished in the agricultural year of 1998/99, recomended by the traditional method and EBERHART and RUSSEL (1966) was UFV97-506971C and by the methodology of LIN and BINNS (1988)and ANNICCHIARICO (1992) was UFV98-607887. The CAC] genotype, of a late cicle of the intermediate essay accomplished in 1999/2000, was recomended due to its adaptability and estability by the traditional methods and LIN and BINNS (1988). In the final late cicle genotypes essays, the genotypes UFV96-570835 (agricultural year of 1998/99) and UFV96-607887 (1999/2000) were recomended by all the methodologies. Positive genotipical correlations of a high magnitude were detected, the plant hi ght and the flowering days characters, among days for the maturation, the hight of the first husk and layers, among days for the flowering for maturation, the hight of the first husk and between stand and production. The hight of the first husk and production characters correlated negatively. / Dissertação importada do Alexandria, sem Lattes.
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Estratificação ambiental, adaptabilidade e estabilidade de linhagens de feijão / Interaction genotypes for environment in the evaluation of common bean lines

Oliveira, Glauco Vieira de 20 February 2004 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T11:41:27Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 690798 bytes, checksum: 0c1623c2de4b3721eeb8c07e149bd940 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T11:41:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 690798 bytes, checksum: 0c1623c2de4b3721eeb8c07e149bd940 (MD5) Previous issue date: 2004-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Dois ensaios de valor de cultivo e uso (VCU), um com feijão do grupo preto e outro do grupo carioca, foram conduzidos nas safras das “águas”, da “seca” e do “inverno”, nos municípios de Viçosa, Ponte Nova, Coimbra, Leopoldina, Florestal e Capinópolis, em Minas Gerais, nos anos de 2002 e 2003, com o objetivo de avaliar a interação genótipos por ambientes e investigar a eficiência de diferentes métodos para a obtenção de estimativas dos parâmetros adaptabilidade e estabilidade de 20 linhagens avaliadas em 14 ambientes (combinação de safras, anos e locais), bem como a estratificação dos ambientes, com base na produtividade de grãos. As linhagens, de diferentes instituições de origem, incluídas nestes ensaios apresentaram expressiva variabilidade genética, bem como os ambientes de cada ensaio apresentaram variação suficiente para discriminar o potencial destas linhagens, que também apresentaram comportamento diferenciado ao longo dos ambientes em função da ocorrência de interação genótipos por ambientes. Tanto a performance, em relação à produtividade, de algumas linhagens do tipo preto quanto carioca apresentou relação inversa às suas sensibilidades à ferrugem. Os subgrupos formados pela estratificação ambiental, baseada no algoritmo proposto por Lin (1982), apresentaram, em sua maioria, ambientes referentes à safra de inverno, indicando, neste caso, pequeno efeito de locais sobre o comportamento das linhagens nesta safra. A decomposição da interação nas suas frações componentes simples e complexa, pela metodologia de CRUZ e CASTOLDI (1991), não foi eficiente em aprimorar o agrupamento com base no método tradicional de estratificação. A metodologia de estratificação ambiental de MURAKAMI (2001) foi mais eficiente em apontar a similaridade entre os ambientes do que aquela baseada no princípio de interação genótipos x ambientes não significativa, indicando seu potencial neste tipo de estudo. Para a recomendação de cultivares destacou-se o método de CARNEIRO (1998), baseado no trapézio quadrático ponderado pelo CV, em razão da unicidade do parâmetro MAEC, que englobou os conceitos de adaptação, adaptabilidade e estabilidade. Além da recomendação das linhagens para o grupo de ambientes em avaliação, o método permitiu avaliar o comportamento das linhagens em estudo. As linhagens Ouro negro e VI 5700P, de grãos pretos, e OP-NS-331, VI 4899C e VI 0669C, de grãos carioca, apresentaram adaptabilidade geral. Linhagens Valente e VP1, de grãos pretos, e OP-S-82, VC2 e OP-S-16, de grãos carioca, apresentaram adaptabilidade específica às condições favoráveis, ou seja, responsivas à melhoria das condições ambientais. Já para adaptabilidade específica às condições desfavoráveis destacaram-se as linhagens VI 5500P e VP5, de grãos pretos, e VC4, VC5 e VI 4599C, de grãos carioca, sendo, portanto, mais indicadas para os pequenos agricultores. / Two studies of cultivation value and use (VCU), using black and carioca beans were carried in different sowing times: "waters", "drought" and "winter", in farm zone of the cities: Viçosa, Ponte Nova, Coimbra, Leopoldina, Florestal and Capinópolis, in Minas Gerais State, during years 2002 and 2003. The objective was evaluate genotypes x environment interaction and investigate the efficiency of different methods to estimate parameters of adaptability and stability of 20 lines evalueted in 14 ambients (combination of sowing times, years and places), as well as environmental stratification, based in grains yield. The lines from different origin, used in these experiments presented genetic variability, as well as the environmental component of each experiments, presented enough variation to discriminate the lines potential. The lines also presented behavior differentiated along the environmental as function of genotypes x environments interaction. Performance related to the productivity, of some lines of black bean as carioca beans presented inverse relationship to their sensibilities to rust. Subgroups formed by the environmental stratification, based on the algorithm proposed by Lin (1982), presented majority ambient regarding the winter sowing dates, indicating, in this case, little effect of places on lines behavior in this harvest. The decomposition of interaction in their components fractions simple and complex, by CRUZ and CASTOLDI (1991), methodology was not efficient to improve grouping based in traditional method of stratification. The methodology of environmental stratification proposed by MURAKAMI (2001) was more efficient to showing similarity among environments than the methodology based in the principle of genotypes x environments interaction no significant, indicating in potential for use in studies like this. For cultivate recommendation stood out the CARNEIRO (1998) methods, based on the quadratic trapezium meditated by CV, in reason of unique parameter MAEC, that included the adaptation, adaptability and stability concepts. Besides, the recommendation of the lines for group of environments evaluates, the method allowed to evaluate the behavior of lines studied. Lines Ouro Negro and VI 5700P, of black grains, and OP-NS-331, VI 4899C and VI 0669C of carioca grains, presented general adaptability. Lines Valente and VP1, of black grains, and OP-S-82, VC2 and OP-S-16, of carioca grains, presented specific adaptability to favorable conditions, in other words, responsiveness to improvement environmental conditions. To specific adaptability in unfavorable conditions pointed out lines VI 5500P and VP5, of black grains, and VC4, VC5 and VI 4599C, of carioca grains, being, therefore, more suitable for smaller farmers.

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