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Aplicação de marcadores microssatélites na caracterização de recursos genéticos de Tabebuia roseo-alba conservados ex situ no banco de Germoplasma da floresta da USP de Ribeirão Preto / Application of microsatellite markers in the genetic resources characterization of Tabebuia roseo-alba conserved ex situ at the Germplasm Bank of the USP Forest in Ribeirão Preto State of Sao Paulo, Brazil

Martinez, Marcelo Luís Lombardi 04 December 2008 (has links)
O interior do Estado de São Paulo, anteriormente ocupado por matas semidecíduas e cerrado, hoje está praticamente tomado por diferentes culturas ou pastagens, restando apenas algumas pequenas manchas de cerrado e de mata, apontando para uma drástica perda do rico patrimônio genético florestal. A região de Ribeirão Preto é uma das mais devastadas do Estado de São Paulo, principalmente nas regiões próximas aos mananciais e indústrias de cana-de-açúcar e suas matas encontram-se hoje totalmente fragmentadas e reduzidas a 2 % de sua área original. Ante a urgência de se resgatar as espécies arbóreas nativas da flora regional, foi implantado o Projeto Floresta USP, no campus da USP de Ribeirão Preto, sendo 30 ha de reflorestamento heterogêneo e 45 ha correspondem ao Banco de Germoplasma (BG-USP/RP). Tabebuia roseo-alba (ipê-branco; Bignoniaceae) é uma das 44 espécies presentes nesse Banco pelo fato de ser pouco observada em condições naturais, necessitando de estudos que visem o entendimento da sua diversidade genética nos remanescentes florestais e no próprio BG-USP/RP para a adoção correta das estratégias de manejo e conservação. Os marcadores microssatélites são indiscutivelmente os mais indicados para este tipo de estudo, em razão de seu elevado conteúdo informativo, sua robustez analítica, transferibilidade e facilidade de obtenção de dados genéticos via PCR. Este estudo teve por objetivos analisar a diversidade genética de matrizes e progênies de T. roseo-alba e verificar a maternidade dessas progênies conservadas no BG-USP/RP, utilizando 10 pares de primers SSR transferidos de Tabebuia aurea. O DNA foi extraído de folhas de todos os indivíduos, as condições de amplificação e separação por eletroforese vertical em géis de poliacrilamida padronizadas e os géis corados com nitrato de prata. A partir dos dados gerados foram estimados parâmetros genéticos de diversidade com auxílio dos programas GDA 1.0, FSTAT 2.9.3, Cervus 3.0 e Structure 2.2.3. Houve um sucesso de 90% na amplificação das regiões microssatélites para os 10 locos SSR analisados, mas foram empregados neste estudo apenas 8 locos SSR, que estão em equilíbrio de ligação e apresentaram um valor médio de PIC altamente informativo (0,745). Nas matrizes e progênies do Banco analisadas foi observada uma alta riqueza alélica (85 e 96 alelos), e uma elevada diversidade genética (0,746 e 0,775), respectivamente, sendo que a heterozigosidade média observada foi menor que a esperada, evidenciando um déficit de heterozigotos. O índice de fixação para as matrizes de T. roseo-alba foi alto (Fis =0,638) e significativamente diferente de zero (P<0,05), sugerindo a atuação de algum fator gerador de endogamia como cruzamentos entre indivíduos aparentados, auto-fecundação, efeito Wahlund e a presença de alelos nulos segregando nestes locos. Adicionalmente, as progênies também apresentaram um alto valor de Fis (0,696), indicando que o sistema de cruzamento de T. roseo-alba deve ser o principal fator pelo alto coeficiente de endogamia. A análise conjunta dos locos tanto nas matrizes como nas progênies apresentou altas probabilidades de exclusão de paternidade, confirmando que esta bateria de locos tem alto potencial para estudos de análise de paternidade/maternidade em T. roseo-alba. Análises de maternidade mostraram que apenas 62 % das progênies de T. roseo-alba do BG-USP/RP têm sua origem materna identificada, mas o fornecimento de sementes para programas de reflorestamento não ficará comprometido uma vez que foram transferidos 95,3 % dos alelos das matrizes para as progênies do BG-USP/RP, contribuindo para a conservação ex situ desta importante espécie florestal. / The State of Sao Paulo, originally covered with semideciduous forests and Brazilian savannah (Cerrado), is nowadays almost completely covered with different cultures or pastures. Therefore only some small forests and Brazilian savannah fragments remain, pointing to a drastic loss of the rich forest genetic patrimony. The Region of Ribeirão Preto is one of the most devastated areas within the State of Sao Paulo. Especially areas that are located next to water sources and sugar cane plantations are affected. The original forests have nearly totally been fragmented and their actual extension has been reduced to about 2% of the original zone. The USP Forest Project has been implanted at the Sao Paulo University in Ribeirao Preto given the urgency to rescue the native forest species of the regional flora. There are 30 ha of heterogeneous reforestation and 45 ha that belong to the Germplasm Bank (BG-USP/RP). Tabebuia roseo-alba (White Tabebuia tree; Bignoniaceae) is one of the 44 species conserved at this Bank due to the fact that it is nowadays rarely encountered in the natural environment. There is na exigence of studies that aim at the agreement of its genetic diversity in the forest remnants and at the BG-USP/RP for the correct adoption of management and conservation strategies. Microsatellite markers are unquestionably indicated for this type of study because of their high information content, analytical robustness, transferability and easiness of genetic data attainment via PCR. This study aimed to analyze the genetic diversity of mother trees and their progeny individuals of T. roseo-alba and verify the maternity of these progeny individuals conserved at the BG-USP/RP, using 10 primer pairs SSR transferred from Tabebuia aurea. DNA was extracted from fresh leaves of all samples, the amplification and electrophoresis conditions were standardized and the polyacrilamyde gels stained with silver nitrate. Genetic parameters were estimated using the programs GDA 1.0, FSTAT 2.9.3, Cervus 3.0 and Structure 2.2.3. There was a 90% success in the amplification of the microsatellite regions for 10 loci SSR, but 8 loci SSR had been used in this study. These loci are in linkage equilibrium and presented an average PIC value highly informative (0.745). A high allelic richness was observed for the mother trees (85 alleles) and the progeny individuals at the Bank (96 alleles) and also a high genetic diversity (0.746 e 0.775, respectively), being that the Ho average was smaller than the He average, evidencing a heterozigote deficit. The fixation index for the mother trees of T. roseo-alba was high (Fis =0.638) and significantly different from zero (P < 0.05)), suggesting the performance of some factor that caused endogamy such as crossings between related individuals, self-fertilization, the Wahlund effect and the null alleles presence segregating in these loci. Additionally, the progeny individuals also presented a high Fis value (0.696), indicating that the T. roseo-alba mating system might be the main factor for the high endogamy coefficient. The joint analysis of these loci in the mother trees and progeny individuals presented high paternity exclusion probabilities, confirming that this loci battery has a high potential for paternity/maternity analysis studies in T. roseo-alba. Maternity analyses showed that only 62 % of the T. roseo-alba progeny individuals at the BG-USP/RP have their maternal origin identified. The supplying with T. roseo-alba seeds for reforestation programs will not be endangered because 95.3 % of the mother tree alleles have been transferred to the progeny individuals at the BG-USP/RP, contributing to the ex situ conservation of this important forest species.
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Diversidade genética, sistema de reprodução, estrutura genética espacial e fluxo gênico em Tabebuia aurea (Silva Manso) Benth. & Hook. f. ex S. Moore no Cerrado / Genetic diversity, mating system, spatial genetic structure and gene flow in Tabebuia aurea (Silva Manso) Benth. & Hook. f. ex S. Moore in the Cerrado

Silva, Maria Carolina 14 February 2011 (has links)
O bioma Cerrado é considerado atualmente área crítica para a conservação mundial em decorrência do seu endemismo e da atual velocidade de devastação. Quanto mais fragmentadas e perturbadas as paisagens naturais, maiores são os desafios para a manutenção da sua variabilidade genética, que possui hoje um papel de destaque na definição das estratégias de conservação e manejo de populações naturais. Visando a propor recomendações para estratégias de conservação in situ com base em indicadores genéticos, este trabalho objetivou estudar, por meio de oito locos microssatélites nucleares, a diversidade genética, o sistema de reprodução, a estrutura genética espacial e o fluxo gênico de Tabebuia aurea (Bignoniaceae) em remanescentes de Cerrado do Estado de São Paulo e do Mato Grosso do Sul. Foram mapeadas oito populações de T. aurea representadas por 290 árvores adultas. Além disso, foram produzidas 750 progênies (25 plântulas de 30 matrizes), totalizando 1040 genotipagens. Os resultados indicaram que os adultos nem sempre detêm maior heterozigosidade que as progênies, e os índices de fixação de suas populações mostraram-se altos e significativos. Os locos analisados indicaram que existe estruturação da variabilidade genética intrapopulacional de T. aurea na maioria das populações. Apesar de haver semelhanças entre regiões e populações, não há um padrão espacial claro da variabilidade genética. Os correlogramas, entretanto, apoiaram a hipótese de dispersão de sementes espacialmente restrita. Detectou-se, no entanto, uma alta taxa de imigração de pólen nas populações de Assis (74%) e de Pedregulho (87%), e as distâncias de dispersão contemporânea de pólen variaram de 0 a 167m para Assis e de 0 a 7002m para Pedregulho, sugerindo intenso movimento de genes nas populações. De acordo com as estimativas das taxas de cruzamento, as populações apresentaram um sistema de reprodução de cruzamentos em Assis e Pedregulho ( m t = 0,997; m t = 1,000, respectivamente), indicando a presença de mecanismos de autoincompatibilidade para a espécie. Verificou-se que a divergência genética populacional não se distribuiu igualmente entre as populações e que ocorre o fenômeno de isolamento pela distância. Os tamanhos efetivos populacionais dos adultos indicaram que a maioria dos remanescentes estudados possui áreas de tamanhos inferiores às encontradas pelas estimativas de área mínima viável para a conservação. Apenas o Parque Estadual das Furnas do Bom Jesus, Pedregulho-SP, contém área suficiente para a conservação do potencial evolutivo das populações de T. aurea. Visando à coleta de sementes para estratégias de conservação, os resultados sugeriram que a coleta deve ser realizada em, no mínimo, 18 e 20 matrizes, para Assis e Pedregulho, respectivamente, para a retenção de tamanhos efetivos de 50. / The Cerrado biome is considered a critical area for worldwide conservation due to its endemism and the current devastation speed. The fragmented and disturbed natural landscapes are the biggest challenges for the maintenance of genetic variability, which today has a leading role in defining conservation and management strategies of natural populations. This work intends to propose recommendations for in situ conservation strategies based on genetic markers. With the help of eight nuclear microsatellite loci, the study will verify the genetic diversity, the breeding system, the spatial genetic structure and the gene flow of Tabebuia aurea (Bignoniaceae) in Cerrado remnants of the State of São Paulo and Mato Grosso do Sul. Eight populations of T. aurea with 290 adult trees were mapped. In addition, 750 progeny were produced (25 seedlings of 30 mother-trees), totaling 1040 genotyping. The results indicated that adult trees occasionally have higher heterozygosity than seedlings and the fixation index in the populations were high and significant. The loci analyzed indicated that most populations of T. aurea had structuring of the genetic variability. There are similarities between regions and populations, but there is no clear pattern of spatial genetic structure, although the correlogram supported the hypothesis of spatially restricted seed dispersal. In turn, high immigration rates of pollen were found on populations of Assis (74%) and Pedregulho (87%) and the distances of the pollen contemporary distribution had been variating between 0 and 167m to Assis and between 0 and 7002m to Pedregulho, what suggests an intense movement of genes in the populations. According to the outcrossing rates estimated, the populations showed an outcrossing breeding system in Assis and Pedregulho ( = 0.997, = 1.000, respectively), indicating the presence of self-incompatibility mechanisms in this species. It was found that the population genetic divergence was not equally distributed among the population, and so, isolation by distance phenomena may be occuring. The minimum viable area for conservation estimates of adults trees indicated that most part of the areas have sizes below of recommended. Only the State Park Furnas do Bom Jesus, Pedregulho, SP, contains sufficient area for the conservation of evolutionary potential of populations of T. aurea. The results suggest that the seed collected for conservation strategies, must come from a minimum of 18 and 20 mother-trees, respectively, from Assis and Pedregulho.
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Diversidade genética, sistema reprodutivo e fluxo de pólen em duas populações de Tabebuia roseo-alba (Ridl.) Sand.: implicações para a conservação / Genetic diversity, mating system and pollen flow in two populations of Tabebuia roseo-alba (Ridl.) Sand.: Implications for conservation

Feres, Juliana Massimino 20 March 2009 (has links)
Tabebuia roseo-alba (Ridl.) Sand. (ipê branco) é uma árvore semidecídua que floresce abundantemente entre os meses de Agosto e Setembro. Valiosa pela qualidade de sua madeira, bem como por sua capacidade de ornamentação, esta espécie tem sido largamente utilizada em reflorestamentos e arborização urbana. A fragmentação florestal reduz o tamanho da população reprodutiva, a densidade populacional e pode isolar populações e indivíduos em campos e pastagens. Dessa forma, entender seus efeitos é fundamental para providenciar recomendações para conservação in situ e ex situ de espécies florestais. Assim, os objetivos desse trabalho foram: transferir, padronizar e caracterizar marcadores moleculares microssatélites previamente desenvolvidos em Tabebuia aurea para Tabebuia roseo-alba; avaliar a diversidade e divergência genética, o sistema reprodutivo e o fluxo de pólen em duas populações de T. roseo-alba submetidas a diferentes condições de preservação localizadas em área urbana no município de Ribeirão Preto- SP e ambiente natural em Selvíria-MS. Para isso, sementes de polinização aberta derivadas de árvores matrizes procedentes das duas populações em estudo foram coletadas. Todas as amostras tiveram seu DNA extraído e amplificado com oito pares de microssatélites heterólogos. As análises mostraram que todos os locos avaliados apresentaram herança mendeliana simples e segregam independentes, sendo, portanto, adequados para estudos de sistema de cruzamento, estrutura genética de populações e análise de paternidade. Também foi constatado que as duas populações têm elevada diversidade genética (He variando de 0,743 a 0,835) sendo as amostras de Selvíria mais diversas. Os níveis de divergência genética entre as populações foram altos e com tendência a aumentar quando comparadas as gerações de progênies. A análise do sistema de cruzamento, permitiu afirmar que as populações estudadas são mistas ( m t Ribeirão Preto = 0,840 e m t Selvíria = 0,963) com maior probabilidade de aumento na autofecundação nas árvores isoladas da população urbana. Significantes desvios do cruzamento aleatório foram observados através do cruzamento entre parentes e cruzamentos correlacionados entre e dentro de frutos, indicando endogamia nas populações. O número efetivo de doadores de pólen foi muito baixo para um mesmo fruto (1,21 em Ribeirão Preto e 1,50 em Selvíria) e mais alto entre frutos de uma mesma árvore (8,20 em Ribeirão Preto e 9,8 em Selvíria). A distância média do fluxo de pólen acessada pela análise TWOGENER foi baixa nas duas populações tanto para o modelo normal (35,4m em Ribeirão Preto e 57,3m em Selvíria) quanto para o exponencial (39,9m em Ribeirão Preto e 64,6m em Selvíria). Como o conhecimento da endogamia, cruzamentos correlacionados, autofecundação e estrutura genética espacial são fatores chave na tomada de decisões para a coleta de sementes e o plantio das mudas, estes resultados podem auxiliar programas de restauração florestal e conservação da espécie. / Tabebuia roseo-alba (Ridl.) Sand (Guayacan blanco) is one semideciduous tree that blossoms massively between August and September. Valuable for the quality of its wood, as well as its ability to ornamentation, this species has been used in urban afforestation and reforestation. The forest fragmentation reduces the size of the reproductive population, population density and can isolate populations and individuals in fields and pastures. Thus, the knowledge of the fragmentation effects may be indispensable for successful tree species conservation, breeding and regeneration. So, the aims of this study were: transfer, standardize and characterize molecular markers microsatellites developed for Tabebuia aurea; assess the diversity and genetic divergence, the mating system and the flow of pollen in two populations of T. roseoalba in different preservation conditions in an urban area located in Ribeirao Preto- SP and in a natural environment from Selvíria-MS. Therefore, open-pollinated seeds derived from seed-trees coming from the two populations above were collected. All samples had their DNA extracted and amplified with eight pairs of heterologous microsatellites. The analysis showed that all assessed loci have simple Mendelian inheritance and independent segregation, and are, therefore, suitable for studies of mating system, genetic structure of populations and paternity analysis. It was also noted that the two populations have high genetic diversity (He ranging from 0.743 to 0.835) being Selvíria samples more diversified. The levels of genetic divergence among populations were high and with a tendency to increase when the generations of offspring were compared. The analysis of the mating system showed that the populations have a mixed-mating system ( m t Ribeirão Preto = 0.840 e m t Selvíria = 0.963) with an increasing of self-fertilization in isolated trees from the urban population. Significant deviations from random mating were observed through of mating among relatives and correlated matings among and within fruits, indicating inbreeding in the populations. The effective number of pollen donors was very low for the same fruit (1.21 in Ribeirão Preto and 1.50 in Selvíria) and higher among fruits of the same tree (8.20 in Ribeirão Preto and 9.8 in Selvíria ). The average distance of the pollen flow accessed by TWOGENER analysis was low in the two populations in both normal (35.4 m in Ribeirão Preto and 57.3 m in Selvíria) and exponential models (39.9 m in Ribeirão Preto and 64.6 m in Selvíria). As the knowledge of inbreeding, correlated matings, self-fertilization and spatial genetic structure are key factors to making decisions for the collection of seeds and planting seedlings, these results may help forest restoration programs and conservation of this species.
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Genômica populacional de Handroanthus serratifolius e Tabebuia aurea / Population genomics of Handroanthus serratifolius and Tabebuia aurea

Vieira, Lucas Donizetti 09 March 2018 (has links)
Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-04-09T14:42:24Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Donizetti Vieira - 2018.pdf: 2934046 bytes, checksum: 50730e1b6711826aafed66d22a56852f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-04-09T14:44:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Donizetti Vieira - 2018.pdf: 2934046 bytes, checksum: 50730e1b6711826aafed66d22a56852f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-09T14:44:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Donizetti Vieira - 2018.pdf: 2934046 bytes, checksum: 50730e1b6711826aafed66d22a56852f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-03-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Population genomics studies in Neotropical species are scarce, however, they are of great importance for the understanding of the neutral and adaptive variations, in order to develop strategies of management and conservation for the species. In this context our objective was to verify the role of natural selection in the distribution of populations diversity in Handroanthus serratifolius and Tabebuia aurea. Here, we study population genomics based in sequence capture using 24,751 pre-developed probes. For H serratifolius were sampled c. 64,000 SNPs in 144 individuals from 16 populations. For T aurea were sampled c. 18,000 SNPs in 48 individuals from 6 populations. Genetic differentiation was high (FST = 0.194, p <0.001) in H. serratifolius and intermediate (FST = 0.144, p <0.001) in T. aurea. The inbreeding coefficient was low in both species, however, in three populations of H. serratifolius it was intermediate or high. The genetic structure of populations presented two genetic groups for the populations sampled in the two species. H. serratifolius with high genetic differentiation and T. aurea with admixture in all populations. We did not find SNPs outliers in the distribution of FST values, due to the wide distribution of values found for the populations of the two species. In the search for correlation between environmental variables and changes in allelic frequency H. serratifolius presented only three SNPs, inside six genes and T. aurea presented 16 SNPs, inside 25 genes. The functional annotation of these genes showed relationship with molecular processes, transposable elements and one in T. aurea related to resistance to diseases. In conclusion, our data show a selection signal in H. serratifolius for only three loci with local adaptation signal. In T. aurea our data show a greater number of locos (16 locos) with local adaptation signal. / Estudos de genômica de populações em espécies Neotropicais são escassos, no entanto, apresentam grande importância para o entendimento das variações neutras e adaptativas, a fim de desenvolver estratégias de manejo e conservação das espécies. Nesse contexto nosso objetivo foi verificar o papel da seleção natural na distribuição da diversidade de populações de Handroanthus serratifolius e Tabebuia aurea. Aqui, nós estudamos a genômica de populações baseado em sequence capture utilizando 24.751 sondas previamente desenvolvidas. Para H serratifolius foram amostrados c. 64.000 SNPs em 144 indivíduos de 16 populações. Para T aurea foram amostrados c. 18.000 SNPs em 48 indivíduos de 6 populações. A diferenciação genética foi alta (FST = 0,194, p < 0,001) em H. serratifolius e intermediária (FST = 0,144, p < 0,001) em T. aurea. O coeficiente de endogamia foi baixo nas duas espécies, no entanto, em três populações de H. serratifolius foi intermediária ou alta. A estrutura genética das populações apresentou dois grupos genéticos para as populações amostradas nas duas espécies. H. serratifolius com alta diferenciação genética e T. aurea com mistura em todas as populações. Nós não encontramos SNPs outliers na distribuição de valores de FST, devido a ampla distribuição de valores encontrada para as populações das duas espécies. Na busca por correlação entre variáveis ambientais e mudanças na frequência alélica H. serratifolius apresentou apenas três SNPs, presentes em seis genes e T. aurea apresentou 16 SNPs, presentes em 25 genes. A anotação funcional desses genes mostrou relação com processos moleculares, elementos transponíveis e um em T. aurea ligado a resistência a doenças. Concluindo, nossos dados apresentam sinal de seleção em H. serratifolius para apenas três locos com sinal de adaptação local. Em T. aurea nossos dados mostram maior número de locos (16 locos) com sinal de adaptação local.
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Agricultura ecológica : do engajamento possível à retribuição esperada : um estudo dos agricultores ecologistas de Antônio Prado e Ipê-RS

Alves, Carla Freitas January 2004 (has links)
Nesta dissertação, analiso as lógicas de engajamento dos agricultores ecologistas na agricultura ecológica em Antônio Prado e Ipê, ambos municípios da Encosta Superior do Nordeste do Rio Grande do Sul, Brasil. Os diferentes graus de engajamento dos agricultores estão relacionados à heterogeneidade na estrutura e volume de capitais acumulados por esses agentes durante suas trajetórias e às distintas expectativas de retribuição com relação a este referencial de agricultura. O referencial foi construído ou socializado neste cenário, principalmente, pelos técnicos do Centro Ecológico, constituindo-se num conjunto de práticas agrícolas alternativas que pretendem viabilizar avanços sustentáveis na produção agrícola. Na busca destes “avanços”, a agricultura ecológica é construída sob uma dimensão simbólica, orientada “pela filosofia da preservação ambiental e da justiça social”, e uma dimensão econômica caracterizada pelo objetivo de viabilizar econômica e socialmente a agricultura familiar. Assim, os agricultores, ao se engajarem, fazem suas releituras do referencial e, pela socialização, vão incorporando os limites impostos as suas ações pelas representações dominantes (legítimas) da “prática” e pelas normas que vão se institucionalizando ao longo do tempo, resultando na estrutura objetiva do espaço de relações da agricultura ecológica na região. Essas releituras resultam em distintos graus de engajamento. As distintas tomadas de posições e estratégias desenvolvidas pelos agricultores ecologistas possibilitam a formação de uma hierarquia normativa neste espaço social, permitindo que alguns agricultores, devido às disposições incorporadas durante suas trajetórias e ao tipo de relação estabelecida com os técnicos, se tornem novos mediadores. / The purpose of this research is to analyze the logics of the commitment made by the organic farmers in Antônio Prado and Ipê, municipalities located in the “Encosta Superior do Nordeste” of Rio Grande do Sul State, Brazil. The different degrees of the farmers’ commitments are related to the heterogeneity of the structure and volume of capitals accumulated by these agents during their trajectory and to the different expectations of return in relation to this agricultural reference. The reference was built or socialized in this setting, mainly by the “Centro Ecológico” technicians, and is constituted of a set of alternative agricultural practices that intend to make viable sustainable advances in agricultural production. In search of these “advances”, organic farming is constructed under a symbolic dimension, orientated “by the philosophy of environmental preservation and social justice”, and an economical dimension represented by the aim of making viable family farming, both economically and socially. Thus the farmers, upon committing themselves, make their own interpretation of the reference and, through socialization, incorporate the limits imposed to their actions by the dominant representations ( legitimate) of the “practice” and by the standards that were set over time, resulting in the objective structure of the “space of relationships” of the organic farming in the region. These interpretations result in distinct degrees of commitment. The different positions made and strategies developed by the organic farmers allow for the formation of a standardizing hierarchy in this social space, allowing some farmers, due to the dispositions incorporated during their trajectory and to the kind of relationship established with the technicians, to become new mediators.
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Agricultura ecológica : do engajamento possível à retribuição esperada : um estudo dos agricultores ecologistas de Antônio Prado e Ipê-RS

Alves, Carla Freitas January 2004 (has links)
Nesta dissertação, analiso as lógicas de engajamento dos agricultores ecologistas na agricultura ecológica em Antônio Prado e Ipê, ambos municípios da Encosta Superior do Nordeste do Rio Grande do Sul, Brasil. Os diferentes graus de engajamento dos agricultores estão relacionados à heterogeneidade na estrutura e volume de capitais acumulados por esses agentes durante suas trajetórias e às distintas expectativas de retribuição com relação a este referencial de agricultura. O referencial foi construído ou socializado neste cenário, principalmente, pelos técnicos do Centro Ecológico, constituindo-se num conjunto de práticas agrícolas alternativas que pretendem viabilizar avanços sustentáveis na produção agrícola. Na busca destes “avanços”, a agricultura ecológica é construída sob uma dimensão simbólica, orientada “pela filosofia da preservação ambiental e da justiça social”, e uma dimensão econômica caracterizada pelo objetivo de viabilizar econômica e socialmente a agricultura familiar. Assim, os agricultores, ao se engajarem, fazem suas releituras do referencial e, pela socialização, vão incorporando os limites impostos as suas ações pelas representações dominantes (legítimas) da “prática” e pelas normas que vão se institucionalizando ao longo do tempo, resultando na estrutura objetiva do espaço de relações da agricultura ecológica na região. Essas releituras resultam em distintos graus de engajamento. As distintas tomadas de posições e estratégias desenvolvidas pelos agricultores ecologistas possibilitam a formação de uma hierarquia normativa neste espaço social, permitindo que alguns agricultores, devido às disposições incorporadas durante suas trajetórias e ao tipo de relação estabelecida com os técnicos, se tornem novos mediadores. / The purpose of this research is to analyze the logics of the commitment made by the organic farmers in Antônio Prado and Ipê, municipalities located in the “Encosta Superior do Nordeste” of Rio Grande do Sul State, Brazil. The different degrees of the farmers’ commitments are related to the heterogeneity of the structure and volume of capitals accumulated by these agents during their trajectory and to the different expectations of return in relation to this agricultural reference. The reference was built or socialized in this setting, mainly by the “Centro Ecológico” technicians, and is constituted of a set of alternative agricultural practices that intend to make viable sustainable advances in agricultural production. In search of these “advances”, organic farming is constructed under a symbolic dimension, orientated “by the philosophy of environmental preservation and social justice”, and an economical dimension represented by the aim of making viable family farming, both economically and socially. Thus the farmers, upon committing themselves, make their own interpretation of the reference and, through socialization, incorporate the limits imposed to their actions by the dominant representations ( legitimate) of the “practice” and by the standards that were set over time, resulting in the objective structure of the “space of relationships” of the organic farming in the region. These interpretations result in distinct degrees of commitment. The different positions made and strategies developed by the organic farmers allow for the formation of a standardizing hierarchy in this social space, allowing some farmers, due to the dispositions incorporated during their trajectory and to the kind of relationship established with the technicians, to become new mediators.
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Aplicação de marcadores microssatélites na caracterização de recursos genéticos de Tabebuia roseo-alba conservados ex situ no banco de Germoplasma da floresta da USP de Ribeirão Preto / Application of microsatellite markers in the genetic resources characterization of Tabebuia roseo-alba conserved ex situ at the Germplasm Bank of the USP Forest in Ribeirão Preto State of Sao Paulo, Brazil

Marcelo Luís Lombardi Martinez 04 December 2008 (has links)
O interior do Estado de São Paulo, anteriormente ocupado por matas semidecíduas e cerrado, hoje está praticamente tomado por diferentes culturas ou pastagens, restando apenas algumas pequenas manchas de cerrado e de mata, apontando para uma drástica perda do rico patrimônio genético florestal. A região de Ribeirão Preto é uma das mais devastadas do Estado de São Paulo, principalmente nas regiões próximas aos mananciais e indústrias de cana-de-açúcar e suas matas encontram-se hoje totalmente fragmentadas e reduzidas a 2 % de sua área original. Ante a urgência de se resgatar as espécies arbóreas nativas da flora regional, foi implantado o Projeto Floresta USP, no campus da USP de Ribeirão Preto, sendo 30 ha de reflorestamento heterogêneo e 45 ha correspondem ao Banco de Germoplasma (BG-USP/RP). Tabebuia roseo-alba (ipê-branco; Bignoniaceae) é uma das 44 espécies presentes nesse Banco pelo fato de ser pouco observada em condições naturais, necessitando de estudos que visem o entendimento da sua diversidade genética nos remanescentes florestais e no próprio BG-USP/RP para a adoção correta das estratégias de manejo e conservação. Os marcadores microssatélites são indiscutivelmente os mais indicados para este tipo de estudo, em razão de seu elevado conteúdo informativo, sua robustez analítica, transferibilidade e facilidade de obtenção de dados genéticos via PCR. Este estudo teve por objetivos analisar a diversidade genética de matrizes e progênies de T. roseo-alba e verificar a maternidade dessas progênies conservadas no BG-USP/RP, utilizando 10 pares de primers SSR transferidos de Tabebuia aurea. O DNA foi extraído de folhas de todos os indivíduos, as condições de amplificação e separação por eletroforese vertical em géis de poliacrilamida padronizadas e os géis corados com nitrato de prata. A partir dos dados gerados foram estimados parâmetros genéticos de diversidade com auxílio dos programas GDA 1.0, FSTAT 2.9.3, Cervus 3.0 e Structure 2.2.3. Houve um sucesso de 90% na amplificação das regiões microssatélites para os 10 locos SSR analisados, mas foram empregados neste estudo apenas 8 locos SSR, que estão em equilíbrio de ligação e apresentaram um valor médio de PIC altamente informativo (0,745). Nas matrizes e progênies do Banco analisadas foi observada uma alta riqueza alélica (85 e 96 alelos), e uma elevada diversidade genética (0,746 e 0,775), respectivamente, sendo que a heterozigosidade média observada foi menor que a esperada, evidenciando um déficit de heterozigotos. O índice de fixação para as matrizes de T. roseo-alba foi alto (Fis =0,638) e significativamente diferente de zero (P<0,05), sugerindo a atuação de algum fator gerador de endogamia como cruzamentos entre indivíduos aparentados, auto-fecundação, efeito Wahlund e a presença de alelos nulos segregando nestes locos. Adicionalmente, as progênies também apresentaram um alto valor de Fis (0,696), indicando que o sistema de cruzamento de T. roseo-alba deve ser o principal fator pelo alto coeficiente de endogamia. A análise conjunta dos locos tanto nas matrizes como nas progênies apresentou altas probabilidades de exclusão de paternidade, confirmando que esta bateria de locos tem alto potencial para estudos de análise de paternidade/maternidade em T. roseo-alba. Análises de maternidade mostraram que apenas 62 % das progênies de T. roseo-alba do BG-USP/RP têm sua origem materna identificada, mas o fornecimento de sementes para programas de reflorestamento não ficará comprometido uma vez que foram transferidos 95,3 % dos alelos das matrizes para as progênies do BG-USP/RP, contribuindo para a conservação ex situ desta importante espécie florestal. / The State of Sao Paulo, originally covered with semideciduous forests and Brazilian savannah (Cerrado), is nowadays almost completely covered with different cultures or pastures. Therefore only some small forests and Brazilian savannah fragments remain, pointing to a drastic loss of the rich forest genetic patrimony. The Region of Ribeirão Preto is one of the most devastated areas within the State of Sao Paulo. Especially areas that are located next to water sources and sugar cane plantations are affected. The original forests have nearly totally been fragmented and their actual extension has been reduced to about 2% of the original zone. The USP Forest Project has been implanted at the Sao Paulo University in Ribeirao Preto given the urgency to rescue the native forest species of the regional flora. There are 30 ha of heterogeneous reforestation and 45 ha that belong to the Germplasm Bank (BG-USP/RP). Tabebuia roseo-alba (White Tabebuia tree; Bignoniaceae) is one of the 44 species conserved at this Bank due to the fact that it is nowadays rarely encountered in the natural environment. There is na exigence of studies that aim at the agreement of its genetic diversity in the forest remnants and at the BG-USP/RP for the correct adoption of management and conservation strategies. Microsatellite markers are unquestionably indicated for this type of study because of their high information content, analytical robustness, transferability and easiness of genetic data attainment via PCR. This study aimed to analyze the genetic diversity of mother trees and their progeny individuals of T. roseo-alba and verify the maternity of these progeny individuals conserved at the BG-USP/RP, using 10 primer pairs SSR transferred from Tabebuia aurea. DNA was extracted from fresh leaves of all samples, the amplification and electrophoresis conditions were standardized and the polyacrilamyde gels stained with silver nitrate. Genetic parameters were estimated using the programs GDA 1.0, FSTAT 2.9.3, Cervus 3.0 and Structure 2.2.3. There was a 90% success in the amplification of the microsatellite regions for 10 loci SSR, but 8 loci SSR had been used in this study. These loci are in linkage equilibrium and presented an average PIC value highly informative (0.745). A high allelic richness was observed for the mother trees (85 alleles) and the progeny individuals at the Bank (96 alleles) and also a high genetic diversity (0.746 e 0.775, respectively), being that the Ho average was smaller than the He average, evidencing a heterozigote deficit. The fixation index for the mother trees of T. roseo-alba was high (Fis =0.638) and significantly different from zero (P < 0.05)), suggesting the performance of some factor that caused endogamy such as crossings between related individuals, self-fertilization, the Wahlund effect and the null alleles presence segregating in these loci. Additionally, the progeny individuals also presented a high Fis value (0.696), indicating that the T. roseo-alba mating system might be the main factor for the high endogamy coefficient. The joint analysis of these loci in the mother trees and progeny individuals presented high paternity exclusion probabilities, confirming that this loci battery has a high potential for paternity/maternity analysis studies in T. roseo-alba. Maternity analyses showed that only 62 % of the T. roseo-alba progeny individuals at the BG-USP/RP have their maternal origin identified. The supplying with T. roseo-alba seeds for reforestation programs will not be endangered because 95.3 % of the mother tree alleles have been transferred to the progeny individuals at the BG-USP/RP, contributing to the ex situ conservation of this important forest species.
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Agricultura ecológica : do engajamento possível à retribuição esperada : um estudo dos agricultores ecologistas de Antônio Prado e Ipê-RS

Alves, Carla Freitas January 2004 (has links)
Nesta dissertação, analiso as lógicas de engajamento dos agricultores ecologistas na agricultura ecológica em Antônio Prado e Ipê, ambos municípios da Encosta Superior do Nordeste do Rio Grande do Sul, Brasil. Os diferentes graus de engajamento dos agricultores estão relacionados à heterogeneidade na estrutura e volume de capitais acumulados por esses agentes durante suas trajetórias e às distintas expectativas de retribuição com relação a este referencial de agricultura. O referencial foi construído ou socializado neste cenário, principalmente, pelos técnicos do Centro Ecológico, constituindo-se num conjunto de práticas agrícolas alternativas que pretendem viabilizar avanços sustentáveis na produção agrícola. Na busca destes “avanços”, a agricultura ecológica é construída sob uma dimensão simbólica, orientada “pela filosofia da preservação ambiental e da justiça social”, e uma dimensão econômica caracterizada pelo objetivo de viabilizar econômica e socialmente a agricultura familiar. Assim, os agricultores, ao se engajarem, fazem suas releituras do referencial e, pela socialização, vão incorporando os limites impostos as suas ações pelas representações dominantes (legítimas) da “prática” e pelas normas que vão se institucionalizando ao longo do tempo, resultando na estrutura objetiva do espaço de relações da agricultura ecológica na região. Essas releituras resultam em distintos graus de engajamento. As distintas tomadas de posições e estratégias desenvolvidas pelos agricultores ecologistas possibilitam a formação de uma hierarquia normativa neste espaço social, permitindo que alguns agricultores, devido às disposições incorporadas durante suas trajetórias e ao tipo de relação estabelecida com os técnicos, se tornem novos mediadores. / The purpose of this research is to analyze the logics of the commitment made by the organic farmers in Antônio Prado and Ipê, municipalities located in the “Encosta Superior do Nordeste” of Rio Grande do Sul State, Brazil. The different degrees of the farmers’ commitments are related to the heterogeneity of the structure and volume of capitals accumulated by these agents during their trajectory and to the different expectations of return in relation to this agricultural reference. The reference was built or socialized in this setting, mainly by the “Centro Ecológico” technicians, and is constituted of a set of alternative agricultural practices that intend to make viable sustainable advances in agricultural production. In search of these “advances”, organic farming is constructed under a symbolic dimension, orientated “by the philosophy of environmental preservation and social justice”, and an economical dimension represented by the aim of making viable family farming, both economically and socially. Thus the farmers, upon committing themselves, make their own interpretation of the reference and, through socialization, incorporate the limits imposed to their actions by the dominant representations ( legitimate) of the “practice” and by the standards that were set over time, resulting in the objective structure of the “space of relationships” of the organic farming in the region. These interpretations result in distinct degrees of commitment. The different positions made and strategies developed by the organic farmers allow for the formation of a standardizing hierarchy in this social space, allowing some farmers, due to the dispositions incorporated during their trajectory and to the kind of relationship established with the technicians, to become new mediators.
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Diversidade genética, sistema de reprodução, estrutura genética espacial e fluxo gênico em Tabebuia aurea (Silva Manso) Benth. & Hook. f. ex S. Moore no Cerrado / Genetic diversity, mating system, spatial genetic structure and gene flow in Tabebuia aurea (Silva Manso) Benth. & Hook. f. ex S. Moore in the Cerrado

Maria Carolina Silva 14 February 2011 (has links)
O bioma Cerrado é considerado atualmente área crítica para a conservação mundial em decorrência do seu endemismo e da atual velocidade de devastação. Quanto mais fragmentadas e perturbadas as paisagens naturais, maiores são os desafios para a manutenção da sua variabilidade genética, que possui hoje um papel de destaque na definição das estratégias de conservação e manejo de populações naturais. Visando a propor recomendações para estratégias de conservação in situ com base em indicadores genéticos, este trabalho objetivou estudar, por meio de oito locos microssatélites nucleares, a diversidade genética, o sistema de reprodução, a estrutura genética espacial e o fluxo gênico de Tabebuia aurea (Bignoniaceae) em remanescentes de Cerrado do Estado de São Paulo e do Mato Grosso do Sul. Foram mapeadas oito populações de T. aurea representadas por 290 árvores adultas. Além disso, foram produzidas 750 progênies (25 plântulas de 30 matrizes), totalizando 1040 genotipagens. Os resultados indicaram que os adultos nem sempre detêm maior heterozigosidade que as progênies, e os índices de fixação de suas populações mostraram-se altos e significativos. Os locos analisados indicaram que existe estruturação da variabilidade genética intrapopulacional de T. aurea na maioria das populações. Apesar de haver semelhanças entre regiões e populações, não há um padrão espacial claro da variabilidade genética. Os correlogramas, entretanto, apoiaram a hipótese de dispersão de sementes espacialmente restrita. Detectou-se, no entanto, uma alta taxa de imigração de pólen nas populações de Assis (74%) e de Pedregulho (87%), e as distâncias de dispersão contemporânea de pólen variaram de 0 a 167m para Assis e de 0 a 7002m para Pedregulho, sugerindo intenso movimento de genes nas populações. De acordo com as estimativas das taxas de cruzamento, as populações apresentaram um sistema de reprodução de cruzamentos em Assis e Pedregulho ( m t = 0,997; m t = 1,000, respectivamente), indicando a presença de mecanismos de autoincompatibilidade para a espécie. Verificou-se que a divergência genética populacional não se distribuiu igualmente entre as populações e que ocorre o fenômeno de isolamento pela distância. Os tamanhos efetivos populacionais dos adultos indicaram que a maioria dos remanescentes estudados possui áreas de tamanhos inferiores às encontradas pelas estimativas de área mínima viável para a conservação. Apenas o Parque Estadual das Furnas do Bom Jesus, Pedregulho-SP, contém área suficiente para a conservação do potencial evolutivo das populações de T. aurea. Visando à coleta de sementes para estratégias de conservação, os resultados sugeriram que a coleta deve ser realizada em, no mínimo, 18 e 20 matrizes, para Assis e Pedregulho, respectivamente, para a retenção de tamanhos efetivos de 50. / The Cerrado biome is considered a critical area for worldwide conservation due to its endemism and the current devastation speed. The fragmented and disturbed natural landscapes are the biggest challenges for the maintenance of genetic variability, which today has a leading role in defining conservation and management strategies of natural populations. This work intends to propose recommendations for in situ conservation strategies based on genetic markers. With the help of eight nuclear microsatellite loci, the study will verify the genetic diversity, the breeding system, the spatial genetic structure and the gene flow of Tabebuia aurea (Bignoniaceae) in Cerrado remnants of the State of São Paulo and Mato Grosso do Sul. Eight populations of T. aurea with 290 adult trees were mapped. In addition, 750 progeny were produced (25 seedlings of 30 mother-trees), totaling 1040 genotyping. The results indicated that adult trees occasionally have higher heterozygosity than seedlings and the fixation index in the populations were high and significant. The loci analyzed indicated that most populations of T. aurea had structuring of the genetic variability. There are similarities between regions and populations, but there is no clear pattern of spatial genetic structure, although the correlogram supported the hypothesis of spatially restricted seed dispersal. In turn, high immigration rates of pollen were found on populations of Assis (74%) and Pedregulho (87%) and the distances of the pollen contemporary distribution had been variating between 0 and 167m to Assis and between 0 and 7002m to Pedregulho, what suggests an intense movement of genes in the populations. According to the outcrossing rates estimated, the populations showed an outcrossing breeding system in Assis and Pedregulho ( = 0.997, = 1.000, respectively), indicating the presence of self-incompatibility mechanisms in this species. It was found that the population genetic divergence was not equally distributed among the population, and so, isolation by distance phenomena may be occuring. The minimum viable area for conservation estimates of adults trees indicated that most part of the areas have sizes below of recommended. Only the State Park Furnas do Bom Jesus, Pedregulho, SP, contains sufficient area for the conservation of evolutionary potential of populations of T. aurea. The results suggest that the seed collected for conservation strategies, must come from a minimum of 18 and 20 mother-trees, respectively, from Assis and Pedregulho.
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Diversidade genética, sistema reprodutivo e fluxo de pólen em duas populações de Tabebuia roseo-alba (Ridl.) Sand.: implicações para a conservação / Genetic diversity, mating system and pollen flow in two populations of Tabebuia roseo-alba (Ridl.) Sand.: Implications for conservation

Juliana Massimino Feres 20 March 2009 (has links)
Tabebuia roseo-alba (Ridl.) Sand. (ipê branco) é uma árvore semidecídua que floresce abundantemente entre os meses de Agosto e Setembro. Valiosa pela qualidade de sua madeira, bem como por sua capacidade de ornamentação, esta espécie tem sido largamente utilizada em reflorestamentos e arborização urbana. A fragmentação florestal reduz o tamanho da população reprodutiva, a densidade populacional e pode isolar populações e indivíduos em campos e pastagens. Dessa forma, entender seus efeitos é fundamental para providenciar recomendações para conservação in situ e ex situ de espécies florestais. Assim, os objetivos desse trabalho foram: transferir, padronizar e caracterizar marcadores moleculares microssatélites previamente desenvolvidos em Tabebuia aurea para Tabebuia roseo-alba; avaliar a diversidade e divergência genética, o sistema reprodutivo e o fluxo de pólen em duas populações de T. roseo-alba submetidas a diferentes condições de preservação localizadas em área urbana no município de Ribeirão Preto- SP e ambiente natural em Selvíria-MS. Para isso, sementes de polinização aberta derivadas de árvores matrizes procedentes das duas populações em estudo foram coletadas. Todas as amostras tiveram seu DNA extraído e amplificado com oito pares de microssatélites heterólogos. As análises mostraram que todos os locos avaliados apresentaram herança mendeliana simples e segregam independentes, sendo, portanto, adequados para estudos de sistema de cruzamento, estrutura genética de populações e análise de paternidade. Também foi constatado que as duas populações têm elevada diversidade genética (He variando de 0,743 a 0,835) sendo as amostras de Selvíria mais diversas. Os níveis de divergência genética entre as populações foram altos e com tendência a aumentar quando comparadas as gerações de progênies. A análise do sistema de cruzamento, permitiu afirmar que as populações estudadas são mistas ( m t Ribeirão Preto = 0,840 e m t Selvíria = 0,963) com maior probabilidade de aumento na autofecundação nas árvores isoladas da população urbana. Significantes desvios do cruzamento aleatório foram observados através do cruzamento entre parentes e cruzamentos correlacionados entre e dentro de frutos, indicando endogamia nas populações. O número efetivo de doadores de pólen foi muito baixo para um mesmo fruto (1,21 em Ribeirão Preto e 1,50 em Selvíria) e mais alto entre frutos de uma mesma árvore (8,20 em Ribeirão Preto e 9,8 em Selvíria). A distância média do fluxo de pólen acessada pela análise TWOGENER foi baixa nas duas populações tanto para o modelo normal (35,4m em Ribeirão Preto e 57,3m em Selvíria) quanto para o exponencial (39,9m em Ribeirão Preto e 64,6m em Selvíria). Como o conhecimento da endogamia, cruzamentos correlacionados, autofecundação e estrutura genética espacial são fatores chave na tomada de decisões para a coleta de sementes e o plantio das mudas, estes resultados podem auxiliar programas de restauração florestal e conservação da espécie. / Tabebuia roseo-alba (Ridl.) Sand (Guayacan blanco) is one semideciduous tree that blossoms massively between August and September. Valuable for the quality of its wood, as well as its ability to ornamentation, this species has been used in urban afforestation and reforestation. The forest fragmentation reduces the size of the reproductive population, population density and can isolate populations and individuals in fields and pastures. Thus, the knowledge of the fragmentation effects may be indispensable for successful tree species conservation, breeding and regeneration. So, the aims of this study were: transfer, standardize and characterize molecular markers microsatellites developed for Tabebuia aurea; assess the diversity and genetic divergence, the mating system and the flow of pollen in two populations of T. roseoalba in different preservation conditions in an urban area located in Ribeirao Preto- SP and in a natural environment from Selvíria-MS. Therefore, open-pollinated seeds derived from seed-trees coming from the two populations above were collected. All samples had their DNA extracted and amplified with eight pairs of heterologous microsatellites. The analysis showed that all assessed loci have simple Mendelian inheritance and independent segregation, and are, therefore, suitable for studies of mating system, genetic structure of populations and paternity analysis. It was also noted that the two populations have high genetic diversity (He ranging from 0.743 to 0.835) being Selvíria samples more diversified. The levels of genetic divergence among populations were high and with a tendency to increase when the generations of offspring were compared. The analysis of the mating system showed that the populations have a mixed-mating system ( m t Ribeirão Preto = 0.840 e m t Selvíria = 0.963) with an increasing of self-fertilization in isolated trees from the urban population. Significant deviations from random mating were observed through of mating among relatives and correlated matings among and within fruits, indicating inbreeding in the populations. The effective number of pollen donors was very low for the same fruit (1.21 in Ribeirão Preto and 1.50 in Selvíria) and higher among fruits of the same tree (8.20 in Ribeirão Preto and 9.8 in Selvíria ). The average distance of the pollen flow accessed by TWOGENER analysis was low in the two populations in both normal (35.4 m in Ribeirão Preto and 57.3 m in Selvíria) and exponential models (39.9 m in Ribeirão Preto and 64.6 m in Selvíria). As the knowledge of inbreeding, correlated matings, self-fertilization and spatial genetic structure are key factors to making decisions for the collection of seeds and planting seedlings, these results may help forest restoration programs and conservation of this species.

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