Les tubercules andins oca (Oxalis tuberosa Molina), ulluco (Ullucus tuberosus Caldas) et mashua (Tropaeolum tuberosum Ruiz & Pav.) sont des espèces tubéreuses cultivées originaires des régions hautes des Andes, où elles revêtent une importance particulière aux niveaux alimentaire, agronomique, culturel et économique. La diversité génétique au sein de ces espèces est très grande, mais est menacée d'érosion génétique. Dans ce contexte, notre étude s'est basée sur des échantillons de oca, ulluco et mashua, maintenus dans des système de conservation in situ et ex situ au Pérou et en Bolivie, dans l'objectif de contribuer à la conservation efficace (in situ et ex situ) de ces espèces négligées. Cette étude a combiné les connaissances autochtones andines, ainsi que des données agronomiques, morphologiques et moléculaires. Nous avons montré que l'agriculture andine conserve une grande diversité au niveau inter-spécifique, mais aussi au niveau intra-spécifique, en terme de nombre de variétés locales. Nous avons également mis en évidence de la présence de variétés hétérogènes, la congruence entre les données moléculaires et morphologiques, et une structure génétique influencée par la provenance géographique. Enfin, nous avons compilé l'ensemble de nos résultats dans un modèle récapitulatif. Nous avons montré l'importance des caractéristiques intrinsèques de l'espèce (mode de reproduction), ainsi que les spécificités du système agricole andin (socioculturels, économiques et environnementales). Cette étude a contribué de manière significative à la compréhension de la diversité génétique et de la structure des tubercules andins.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:40:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1132396 bytes, checksum: 0b291e326e4243ffd6914eba9be519bb (MD5) Previous issue date: 2007-08-03 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / The Bank of Germplasm of Vegetables (BGH) of the Federal University of Viçosa, it maintains about 870 accesses of the gender Lycopersicon, many of them still no characterized. That culture is attacked by countless curses, where the flywhite (Bemisia tabaci) one of the most important is considered. Starting from 1994, it happened the introduction of a new biotype of B. tabaci in Brazil (biotype B), responsible for the spread of new begomovírus species in tomato. One of those new species, Tomato yellow spot virus (ToYSV), it causes severe symptoms and with high precocity in the tomato. Inside of this context, our work had as objectives: (1) to evaluate 96 tomato accesses (Lycopersicon esculentum Mill.) as the resistance to the gemivirus Tomato yellow spot virus and (2) to characterize the genetic variability starting from molecular data. The resistance to ToYSV was evaluated through a selection being inoculated the accesses through agroinoculação and he saw biobalística, using the isolated of ToYSV Bi2. As a result of that selection it was selected the accesses that manifested the largest resistance pattern and again inoculated. The accesses that showed as resistant they were selected again and inoculated the same conditions low, being planted 20 plants by accesses. It was evaluated her witnesses from the virus in a visual way to the 10, 20 and 30 days after inoculation. The visual evaluation was confirmed through PCR and hybridization. The accesses were fenotipados tends as base the percentage of infected plants confirmed by PCR and hybridization, of the total of inoculated plants. The molecular variability was characterized using molecular markers ISSR. The accesses were sowed in vegetation house and leaves of three plants by access were collected for extraction in bulk of DNA. Ten molecular markers anchored ISSR were used. The bands analyzed for each employed primer allowed the construction of the head office of binary data. The head office was used in I calculate it of the dissimilar using the complement of the coefficient of similarity of Jaccard. The head office was used in the accomplishment of the groupings by the method of optimization of Tocher and hierarchical UPGMA. Of the 96 accesses inoculated through agroinoculação, 31 accesses were selected classified as highly resistant (AR), being inoculated through biobalistica and selected among of them 4 accesses. The 4 selected accesses were inoculated again and as result he stood out the access BGH-224 that was classified as AR with only 10% of infected plants, and suitable as promising access for obtaining of you cultivate with resistance to ToYSV. The markers ISSR generated, together, 53 bands polymorphic of a total of 144 amplified. The primer 840 generated the largest number of bands polimórficas, with 18% (13 bands) of the 144 bands obtained by the 10 used primers. The size of the amplified fragments varied from 250 to 2000 pb. By the evaluation of the dendrogram obtained by the grouping method UPGMA and the grouping for the method Tocher, it was possible to differentiate the accesses. The access BGH- 980 was classified separately, being the most divergent of the tested accesses. They were classified in groups of 2 accesses the equal of accesses BGH- 674 and BGH-991, BGH-616 and BGH-970, that constitute duplicated accesses. The markers ISSR were useful in the characterization of the variability of the accesses of Lycopersicon esculentum, amplifying relatively high number of locos for primer, being enough to discriminate the appraised accesses. / O Banco de Germoplasma de Hortaliças (BGH) da Universidade Federal de Viçosa, mantém cerca de 870 acessos do gênero Lycopersicon, muitos deles ainda não caracterizados. Essa cultura é atacada por inúmeras pragas, onde a mosca-branca (Bemisia tabaci) é considerada uma das mais importantes. A partir de 1994, ocorreu a introdução de um novo biótipo de B. tabaci no Brasil (biótipo B), responsável pela disseminação de novas espécies de begomovírus em tomateiro. Uma dessas novas espécies, o Tomato yellow spot virus (ToYSV), causa sintomas severos e com alta precocidade no tomateiro. Dentro deste contexto, nosso trabalho teve como objetivos: (1) avaliar 96 acessos de tomateiro (Lycopersicon esculentum Mill.) quanto a resistência ao gemivirus Tomato yellow spot virus (ToYSV) e (2) caracterizar a variabilidade genética a partir de dados moleculares. A resistência ao ToYSV foi avaliada através de uma triagem, sendo inoculados os acessos via agroinoculação e via biobalística, empregando o isolado de ToYSV Bi2. Como resultado dessa triagem foi selecionado os acessos que manifestaram o maior padrão de resistência e foram novamente inoculados. Os acessos que se manifestaram como resistentes foram selecionados novamente e inoculados baixo as mesmas condições, sendo plantadas 20 plantas por acessos. Foi avaliada a presencia do vírus de modo visual aos 10, 20 e 30 dias após inoculação. Foi confirmada a avaliação visual via PCR e hibridização. Os acessos foram fenotipados tendo como base a porcentagem de plantas infectadas confirmadas por PCR e hibridização, do total de plantas inoculadas. A variabilidade molecular foi caracterizada empregando marcadores moleculares ISSR. Os acessos foram semeados em casa de vegetação e folhas de três plantas por acesso foram coletadas para extração em bulk do DNA. Dez marcadores moleculares ISSR ancorados foram empregados. As bandas analisadas para cada primer empregado permitiu a construção da matriz de dados binários. A matriz foi empregada no calculo da dissimilaridade utilizando o complemento do coeficiente de similaridade de Jaccard. A matriz foi empregada na realização dos agrupamentos pelo método de otimização de Tocher e hierárquico UPGMA. Dos 96 acessos inoculados via agroinoculação, foram seleccionados 31 acessos classificados como Altamente Resistente (AR), sendo inoculados via biobalística e selecionados dentre deles 4 acessos. Os 4 acessos selecionados foram inoculados novamente e como resultado destacou-se o acesso BGH-224 que foi classificado como AR, com apenas 10% de plantas infectadas, e indicado como acesso promissor para obtenção de cultivares com resistência ao ToYSV. Os marcadores ISSR geraram, em conjunto, 53 bandas polimórficas de um total de 144 amplificadas. O primer 840 gerou o maior número de bandas polimórficas, com 18 % (13 bandas) das 144 bandas obtidas pelos 10 primers empregados. O tamanho dos fragmentos amplificados variou de 250 a 2000 pb. Mediante a avaliação do dendrograma obtido pelo método de agrupamento UPGMA e o agrupamento pelo método Tocher, foi possível diferenciar os acessos. O acesso BGH-980 foi classificado isoladamente, sendo o mais divergente dos acessos testados. Foram classificados em grupos de 2 acessos os pares de acessos BGH-674 e BGH-991, BGH-616 e BGH-970, ainda que semelhantes não constituem acessos duplicados. Os marcadores ISSR foram úteis na caracterização da variabilidade dos acessos de Lycopersicon esculentum, amplificando número relativamente elevado de locos por primer, sendo suficiente para discriminar os acessos valiados.

O conhecimento da variabilidade e da relaÃÃo genÃtica entre diferentes acessos de aceroleira à importante para maximizar o uso dos recursos genÃticos nos programas de melhoramento. Neste trabalho tÃm-se como objetivos avaliar a diversidade genÃtica de 56 genÃtipos de aceroleira pertencentes ao Jardim de Sementes e ao Jardim Clonal da Embrapa AgroindÃstria Tropical por meio de marcadores moleculares ISSR, e avaliar a reaÃÃo de genÃtipos de aceroleira à Lasiodiplodia theobromae. Para a avaliaÃÃo da relaÃÃo genÃtica entre os genÃtipos de aceroleira foi calculada a distÃncia genÃtica entre estes tomando-se como base os dados obtidos por meio dos marcadores moleculares ISSR. Uma matriz de distÃncia foi obtida com base no complemento aritmÃtico do Ãndice de Jaccard, a qual foi usada para a formaÃÃo de um dendrograma onde os diferentes genÃtipos foram agrupados. Esse agrupamento foi realizado utilizando-se o mÃtodo hierÃrquico, UPGMA e o mÃtodo de otimizaÃÃo de Tocher. Na identificaÃÃo de genÃtipos resistentes/suscetÃveis à Lasiodiplodia theobromae, foi utilizado o mÃtodo de inoculaÃÃo (Furadeira). A avaliaÃÃo foi realizada em casa de vegetaÃÃo, contemplando a avaliaÃÃo de seis genÃtipos diferentes. Aos 15 dias apÃs a inoculaÃÃo (DAI) foi procedida a avaliaÃÃo externa dos sintomas e a mediÃÃo do comprimento da lesÃo. Na avaliaÃÃo da divergÃncia genÃtica atravÃs de marcadores moleculares observou-se que os genÃtipos 36 (12/7/15), 47 (Barbados) e 46 (Okinawa) foram os mais divergentes entre os 56 genÃtipos avaliados. Os cruzamentos entre os genÃtipos 36 (12/7/15) e 32 (68/1/15), 36 (12/7/15) e 31 (68/1/14), 47 (Barbados) e 2 (8/4/8), 47 (Barbados) e 23 (79/10/9), 46 (Okinawa) e 32 (68/1/15) e entre 46 (Okinawa) e 36 (12/7/15) podem resultar em combinaÃÃes gÃnicas favorÃveis permitindo a seleÃÃo de genÃtipos transgressivos. Buscando identificar clones resistentes os clones 13 (47/5/2), 32 (68/1/15) e 36 (12/7/15) mostraram mais resistentes ao fungo em avaliaÃÃo. Portanto, foi possÃvel identificar variabilidade genÃtica entre os 56 genÃtipos de aceroleira, assim como genÃtipos resistentes à Lasiodiplodia theobromae. Essas informaÃÃes poderÃo ser utilizadas em futuros trabalhos de melhoramento genÃtico da cultura da aceroleira. / The knowledge about genetic variability and relationship among Indian cherry accessions is an important issue to maximize the use of genetic resources in a breeding program. The objectives of this study were to estimate the genetic diversity of 56 Indian cherry genotypes from the seed garden and clone collection of Embrapa AgroindÃstria Tropical using ISSR as molecular markers and to evaluate their reaction to infection by Lasiodiplodia theobromae. In order to evaluate genetic relationship among Indian cherry genotypes the genetic distance was calculated based on ISSR data. A distance matrix was obtained based on the Jaccard index of arithmetic complement which was used to construct a phylogram tree with all 56 acessions. The tree was constructed using the hierarchical method, the unweight pair-grouped (UPGMA) generated tree and the optimizing Tocher method. To identify resistant/susceptible genotypes to L. theobromae, it was developed a drill method of inoculation the fungus into the woody tissue of the plant stem. The work was carried out under greenhouse conditions with six genotypes. Disease occurrence was observed 15 days after inoculation by observing lesion presence and measuring lesion length. Data on the genetic diversity showed that three genotypes, numbered 36, 46 (Okinawa) and 47 (Barbados) were the most divergent among all 56 studied. Crossings between 36 (12/7/15) x 32 (68/1/15), 36 (12/7/15) x 31 (68/1/14), 47 (Barbados) x 2 (8/4/8), 47 (Barbados) x 23 (79/10/9), 46 (Okinawa) x 32 (68/1/15) and 46 (Okinawa) x 36 (12/7/15) may yield favorable genetic combinations allowing a transgressive genotype selection. In the search to identify potentially resistant genotypes, the accessions 13 (47/5/2), 32 (68/1/15) and 36 (12/7/15) attained high level resistance. As a conclusion, it was possible to estimate genetic variability and resistant genotypes to L. theobromae in the Indian cherry population. These results may provide valuable information for the breeding program in the near future.

Originária da África, a orquídea terrestre Oeceoclades maculata (Lindl.) Lindl. é considerada uma espécie invasora com potencial de colonizar grandes áreas. A espécie se desenvolve tanto em ambientes secos quanto úmidos e está presente em áreas perturbadas e não perturbadas, sendo a única espécie do gênero presente no continente americano. Embora apresente um mecanismo passivo de autofertilização, estudos apontam para ocorrência de cruzamento entre populações brasileiras, indicando existência de variação na biologia reprodutiva da espécie através da sua extensão geográfica. Considerando a falta de informações de genética de populações da espécie, o objetivo do estudo foi avaliar a diversidade e a estrutura genética de populações brasileiras de O. maculata e obter informações sobre o sistema reprodutivo da espécie. Para tanto, foram utilizados 13 iniciadores ISSR para avaliar a diversidade genética de 152 indivíduos de O. maculata distribuídos em cinco populações naturais provenientes de três estados brasileiros (São Paulo, Mato Grosso e Paraná). As populações avaliadas apresentaram baixos índices de diversidade intrapopulacional, com estimativas do índice de Shannon (I) variando de 0,0094 a 0,1054 e estimativas de diversidade gênica de Nei (He) variando de 0,0054 a 0,0668. Entretanto, quando avaliadas em conjunto, as populações apresentaram estimativas de diversidade substancialmente mais altas (I = 0,3869; He = 0,2556). A análise de variância molecular (AMOVA) indicou que a maior parte da diversidade encontra-se entre as populações (?ST = 0,933). Tanto a análise de coordenadas principais (PCoA) quanto a análise de agrupamento utilizando o método Neighbor- Joining indicam a existência de cinco grupos distintos, sem mistura de indivíduos de diferentes populações num mesmo grupo. A análise bayesiana realizada pelo programa Structure corroborou com os resultados obtidos pelo dendrograma e pela PCoA. Contudo, observou-se certa subestruturação da população do Campus da ESALQ (SP), sugerindo falta de fluxo gênico mesmo entre distâncias muito pequenas. Não houve correlação significativa, estimada pelo teste de Mantel, entre as distâncias genéticas e geográficas dos espécimes dado que populações mais próximas geograficamente foram mais distantes geneticamente. Os resultados sugerem predominante autofertilização e reprodução vegetativa, entretanto não exclui a possibilidade de ocorrência de cruzamento. A distribuição da diversidade genética nas populações da orquídea invasora O. maculata pode ser compreendida como resultado da interação das suas várias possíveis estratégias reprodutivas com sua história de colonização que envolve possíveis gargalos genéticos, deriva genética, pressões de seleção e múltiplas introduções. / Originally from Africa, the terrestrial orchid Oeceoclades maculata (Lindl.) Lindl. is considered an invasive species with the potential to colonize large areas. The species grows both in dry and humid environments as it is present in disturbed and undisturbed areas, being the only species of the genus in American continent. Although presenting a passive mechanism of self-fertilization, studies point to the occurrence of cross-fertilization between Brazilian populations, indicating the existence of variation in the reproductive biology of the species across its geographic range. Considering the lack of information of population genetics of the species, the aim of the study was to evaluate the genetic diversity and structure of Brazilian populations of O. maculata and to obtain more information concerning the reproductive system of the species. Therefore, we used 13 ISSR primers to assess the genetic diversity of 152 individuals of O. maculata distributed in five natural populations from three Brazilian states (São Paulo, Mato Grosso and Paraná). The populations studied showed low diversity within populations, with estimates of the Shannon index (I) ranging from 0.0094 to 0.1054 and estimates of Nei\'s gene diversity (He) ranging from 0.0054 to 0.0668. However, when evaluated together, the populations showed substantially higher diversity estimates (I = 0.3869, He = 0.2556). The molecular analysis of variance (AMOVA) indicated that most of the diversity was found among populations (?ST = 0.933). Both principal coordinate analysis (PCoA) and the cluster analysis using Neighbor-Joining method indicate the existence of five distinct groups, without mixing of individuals from different populations in the same group. The Bayesian analysis performed by the program Structure corroborated the results obtained in the cluster analysis and PCoA. However, a substructure was observed for the Campus da ESALQ (SP) population, suggesting a lack of gene flow between even very small distances. No significant correlation estimated by the Mantel test between the genetic and geographic distances of specimens was found. The results suggest predominant self-fertilization and vegetative reproduction, however it does not exclude the possibility of outcrossing. The distribution of genetic diversity in populations of the invasive orchid O. maculata can be understood as the result of the interaction of several possible reproductive strategies with its history of colonization involving possible genetic bottlenecks, genetic drift, selection pressures and multiple introductions.

A batata-da-serra, Ipomoea serrana Sim.-Bianch. & L.V. Vasconcelos, é uma liana endêmica da Chapada Diamantina, Bahia, cuja raiz tuberosa e consumida por populações humanas ha muitos anos. Apesar da espécie, classificada como vulnerável pela IUCN (União Internacional para a Conservação da Natureza), estar submetida à pressão antrópica devido à exploração de raízes tuberosas, para uso na alimentação, são raros os estudos com a espécie, razão pela qual e de grande importância conhecer a diversidade e estrutura genética da espécie. Estudos sobre diversidade e estrutura genética a partir de marcadores moleculares são importantes por fornecerem dados sobre impactos da exploração antrópica sobre as populações, podendo oferecer subsídio para planos de manejo e conservação de espécie. Cinco populações da Chapada Diamantina, constituindo um total de 142 indivíduos, foram investigados com quatro iniciadores Inter Simple Sequence Repeats (ISSR), resultando em 34 bandas, das quais 25 foram polimórficas. A analise dos parâmetros genéticos mostrou que as populações apresentam variabilidade moderada, com 73,8% de bandas polimórficas, 0,264 de índice de diversidade de Nei e 0,389 de índice de Shannon (valores médios). A maior parte da variação ocorreu dentro das populações (77%), estimado pela analise de variância molecular (AMOVA), enquanto que a variação entre populações foi de 23%, o que corroborou os resultados de estruturação obtidos pelo programa Structure, analise de coordenadas principais (PCoA) e agrupamento estimado pelo método Neighbor-Joining, a partir do coeficiente de dissimilaridade de Jaccard. A analise Bayesiana separou os indivíduos em quatro grupos, sendo que as populações Andaraí e Capão foram alocadas em grupos distintos, enquanto as outras três populações compartilharam indivíduos distribuídos em outros dois grupos. Este estudo, por seu caráter pioneiro com relação aos marcadores moleculares, constituiu o primeiro passo para o conhecimento da diversidade genética da espécie. Estudos futuros poderão ampliar o conhecimento sobre a espécie podendo oferecer subsidio para a elaboração de um plano de manejo para esta espécie que tem sido explorada na região. / batata-da-serra, Ipomoea serrana Sim.-Bianchi. & L.V. Vasconcelos, is an endemic liana from the Chapada Diamantina, Bahia, whose tuberous roots have been consumed by human populations for many years. Although the species, classified as vulnerable by the IUCN (International Union for Conservation of Nature), is subject to anthropic pressure due to the exploration of tuberous roots for food consumption, few studies have been conducted on the species, which is why it is of great importance to know the diversity and genetic structure of the species. Studies on genetic diversity and structure with molecular markers are important for providing data on the impacts of anthropogenic exploitation and can be useful for the species management and conservation. Five populations of Chapada Diamantina, consisting a total of 142 individuals were studied with four ISSR primers, resulting in 34 bands, 25 of which were polymorphic. The genetic diversity analysis showed that populations have a moderate variability, with 73.8% of polymorphic bands, Nei\'s unbiased gene diversity (He) was 0.264; Shannon diversity index (I) was 0.389, average values. Most of the variation was within populations (77%), as estimated by the analysis of molecular variance (AMOVA), whereas the variation between populations was 23% of the total, which corroborated the results of program Structure, principal co-ordinate analysis (PcoA) and cluster analyses, using the Neighbor-Joining method, and the dissimilarity coefficient of Jaccard. The Bayesian analysis separated the individuals into four groups, with populations Andarai and Capao allocated into different groups, while the other three populations shared individuals in two other groups. Considering the pioneering characteristic of this study at the molecular level, it represents the first step towards the knowledge on the genetic diversity of the species. Future studies will increase the knowledge on the genetics of the species and may provide subsidy for the development of a management plan for a species that has been explored in the region.

A batata-da-serra, Ipomoea serrana Sim.-Bianch. & L.V. Vasconcelos, é uma liana endêmica da Chapada Diamantina, Bahia, cuja raiz tuberosa e consumida por populações humanas ha muitos anos. Apesar da espécie, classificada como vulnerável pela IUCN (União Internacional para a Conservação da Natureza), estar submetida à pressão antrópica devido à exploração de raízes tuberosas, para uso na alimentação, são raros os estudos com a espécie, razão pela qual e de grande importância conhecer a diversidade e estrutura genética da espécie. Estudos sobre diversidade e estrutura genética a partir de marcadores moleculares são importantes por fornecerem dados sobre impactos da exploração antrópica sobre as populações, podendo oferecer subsídio para planos de manejo e conservação de espécie. Cinco populações da Chapada Diamantina, constituindo um total de 142 indivíduos, foram investigados com quatro iniciadores Inter Simple Sequence Repeats (ISSR), resultando em 34 bandas, das quais 25 foram polimórficas. A analise dos parâmetros genéticos mostrou que as populações apresentam variabilidade moderada, com 73,8% de bandas polimórficas, 0,264 de índice de diversidade de Nei e 0,389 de índice de Shannon (valores médios). A maior parte da variação ocorreu dentro das populações (77%), estimado pela analise de variância molecular (AMOVA), enquanto que a variação entre populações foi de 23%, o que corroborou os resultados de estruturação obtidos pelo programa Structure, analise de coordenadas principais (PCoA) e agrupamento estimado pelo método Neighbor-Joining, a partir do coeficiente de dissimilaridade de Jaccard. A analise Bayesiana separou os indivíduos em quatro grupos, sendo que as populações Andaraí e Capão foram alocadas em grupos distintos, enquanto as outras três populações compartilharam indivíduos distribuídos em outros dois grupos. Este estudo, por seu caráter pioneiro com relação aos marcadores moleculares, constituiu o primeiro passo para o conhecimento da diversidade genética da espécie. Estudos futuros poderão ampliar o conhecimento sobre a espécie podendo oferecer subsidio para a elaboração de um plano de manejo para esta espécie que tem sido explorada na região. / batata-da-serra, Ipomoea serrana Sim.-Bianchi. & L.V. Vasconcelos, is an endemic liana from the Chapada Diamantina, Bahia, whose tuberous roots have been consumed by human populations for many years. Although the species, classified as vulnerable by the IUCN (International Union for Conservation of Nature), is subject to anthropic pressure due to the exploration of tuberous roots for food consumption, few studies have been conducted on the species, which is why it is of great importance to know the diversity and genetic structure of the species. Studies on genetic diversity and structure with molecular markers are important for providing data on the impacts of anthropogenic exploitation and can be useful for the species management and conservation. Five populations of Chapada Diamantina, consisting a total of 142 individuals were studied with four ISSR primers, resulting in 34 bands, 25 of which were polymorphic. The genetic diversity analysis showed that populations have a moderate variability, with 73.8% of polymorphic bands, Nei\'s unbiased gene diversity (He) was 0.264; Shannon diversity index (I) was 0.389, average values. Most of the variation was within populations (77%), as estimated by the analysis of molecular variance (AMOVA), whereas the variation between populations was 23% of the total, which corroborated the results of program Structure, principal co-ordinate analysis (PcoA) and cluster analyses, using the Neighbor-Joining method, and the dissimilarity coefficient of Jaccard. The Bayesian analysis separated the individuals into four groups, with populations Andarai and Capao allocated into different groups, while the other three populations shared individuals in two other groups. Considering the pioneering characteristic of this study at the molecular level, it represents the first step towards the knowledge on the genetic diversity of the species. Future studies will increase the knowledge on the genetics of the species and may provide subsidy for the development of a management plan for a species that has been explored in the region.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-10-21T01:01:09Z No. of bitstreams: 1 shaianysabrinalopesgomes.pdf: 8345225 bytes, checksum: 345de5fe2a909ceb0a04bbb96016c1ff (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-10-21T13:13:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 shaianysabrinalopesgomes.pdf: 8345225 bytes, checksum: 345de5fe2a909ceb0a04bbb96016c1ff (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-21T13:13:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 shaianysabrinalopesgomes.pdf: 8345225 bytes, checksum: 345de5fe2a909ceb0a04bbb96016c1ff (MD5) Previous issue date: 2017-03-22 / As orquídeas do complexo "Zygopetalum maculatum" (Kunth) Garay são típicas dos campos rupestres e de altitude do leste do Brasil. Atualmente são reconhecidas seis espécies para este grupo que, por compartilharem características morfológicas diagnósticas, são reconhecidas aqui como um complexo de espécies. De forma a contribuir para entender o padrão de variação fenotípica observado entre as populações e com isso tentar esclarecer a formação deste complexo, este trabalho caracterizou do ponto de vista genético ar 22 populações de "Z. maculatum", sendo 21 provenientes do Brasil e uma da Bolívia. As análises compreenderam estimativa da quantidade de DNA nuclear, determinação do número cromossômico, comportamento meiótico e diversidade genética identificada por marcadores do tipo ISSR. O conteúdo médio de DNA revelou três níveis de ploidia no complexo, 7,36 pg, 10,52 pg e 14,09 pg de DNA, sendo estes relacionados a números cromossômicos de 2n=48; 2n=72; 2n=96, respectivamente. Tal variação ocorreu entre e dentro das populações. Dados cariotípicos (morfometria, DNAr 5S e 45S) evidenciaram similaridade entre os três níveis de ploidia. A meiose mostrou-se irregular, com ocorrência de atraso e perda cromossômica, pontes, “cromossomos aderentes”, micronúcleos e assincronia em todos os níveis de ploidia. O dendrograma baseado em marcadores ISSR revelou tendência de agrupamento de indivíduos com o mesmo nível de ploidia e originados das mesmas regiões geográficas. Os resultados sugerem que as populações possuem baixos índices de diversidade genética entre indivíduos e que a maior diversidade encontra-se entre as populações. De forma geral, os resultados indicam que eventos de poliploidização estejam relacionados à diversificação e especiação de “Z. maculatum”, sendo um processo importante para explicar as variações morfológicas observadas dentro do complexo. / The orchids of the "Zygopetalum maculatum" (Kunth) Garay complex are typical of the “campos rupestres” of the east side of Brazil. Currently, six species are recognized for this group which, due to their morphological similarity, is recognized here as a species complex. In order to understand the phenotypic pattern observed among the populations and contribute to clarify the formation of this complex, this study characterized 22 populations of “Z. maculatum”, being 21 populations from Brazil and one population from Bolivia. The study included DNA amount estimation, determination of the chromosome number, meiotic behavior and genetic diversity estimation. The average of DNA content revealed three 2C values, 7.36 pg, 10.52 pg and 14.09 pg of DNA, which were associated to 2n = 48; 2n = 72 and 2n = 96 chromosomes, respectively. The variation was observed within and among populations. Karyotypic data (morphometry, 5S and 45S rDNA) showed similarity among all ploidy levels. Meiosis behavior was not regular being observed chromosome delay and loss, bridges, micronuclei, chromosomal stickiness and asynchrony. The dendrogram based on ISSR revealed similarity regarding the ploidy level and the geographical distribution of the individuals. The data also suggested low genetic diversity within populations being most of the diversity observed among populations. In general, the results indicate that polyploidization events are probably related to the Zygopetalum diversification and speciation, being an important process to explain the morphological variations observed within the complex.

Submitted by Jadson Francisco de Jesus SILVA (jadson@uefs.br) on 2018-02-21T21:35:29Z No. of bitstreams: 1 Disserta??o Pos banca Final.pdf: 10846078 bytes, checksum: 3a74cdd39783b17cdb4b6e3cc625186c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-21T21:35:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Disserta??o Pos banca Final.pdf: 10846078 bytes, checksum: 3a74cdd39783b17cdb4b6e3cc625186c (MD5) Previous issue date: 2017-09-29 / Funda??o de Amparo ? Pesquisa do Estado da Bahia - FAPEB / The genus Anomochloa Brongn. includes a single species, A. marantoidea Brongn., known as the earliest extant grass. It is a rare species from the Brazilian Atlantic rainforest, endemic to the southern Bahia. Only two populations were discovered so far, occurring out protected areas with few individuals registered, thus, A. marantoidea is considered critically threatened with extinction. The study of this species is highly important to understand evolutionary processes within Poaceae family. The present study aimed to increase the knowledge about its geographic range, to evaluate its potential areas of occurrence and to access its genetic diversity, detecting probable genetic threats as a result of its small population size. These data are essential for the development of conservation programs. Two new populations were recently discovered and the modeled ecological niche to A. marantoidea did not diverge from the expected geographical extent, denoting high climatic restriction and reasserting its rarity. The variables Index of Tree Cover and Rainfall are the main components that influence its restricted distribution. The levels of genetic diversity within the populations accessed by molecular markers indicate that A. marantoidea exhibits capacity for favorable response in short time and a conservation plan may be efficient to maintain its current genetic diversity. This diversity is correlated to the population size, for this reason, the propagules necessary for establishing new populations in climatically suitable sites must be originated from the largest populations. Genetic structure analysis suggests recent fragmentation and low gene flow among populations showing high levels of inbreeding. In this way, we recommend human mediated gene flow between the populations in order to mitigate the risks of inbreeding depression. It is hypothesized that the genetic differences among populations are caused mostly by random drift, resulting in populations with few individuals more genetically differentiated than the large ones. This implies that a minimum number of individuals (~100) is desirable to avoid the decrease of genetic diversity in populations. / O g?nero Anomochloa Brongn. inclui uma ?nica esp?cie, A. marantoidea Brongn., reconhecidamente a mais antiga entre as gram?neas viventes. ? uma esp?cie rara, end?mica da Mata Atl?ntica do sul do estado da Bahia com apenas duas popula??es conhecidas at? pouco tempo, ambas com poucos indiv?duos e nenhuma em ?rea protegida, sendo considerada criticamente amea?ada de extin??o. O conhecimento sobre essa esp?cie ? de suma import?ncia para compreender a evolu??o dentro da fam?lia, e assim, o presente trabalho visou ampliar o conhecimento acerca da extens?o da distribui??o geogr?fica da mesma e avaliar suas ?reas potenciais de ocorr?ncia, bem como conhecer os n?veis de diversidade e amea?as gen?ticas resultantes do pequeno tamanho populacional, dados essenciais para programas que visem sua conserva??o. Duas novas popula??es foram localizadas recentemente e o nicho ecol?gico modelado n?o divergiu da distribui??o esperada, indicando uma alta restri??o clim?tica e reafirmando a raridade da esp?cie. O ?ndice de cobertura vegetal e a precipita??o foram os principais requisitos ambientais a influenciar sua distribui??o t?o restrita. Os n?veis de diversidade gen?tica nas popula??es inferidos por marcadores moleculares indicam que a esp?cie tem capacidade para responder imediatamente bem em curto prazo e que um plano de conserva??o pode ser eficiente em manter a atual diversidade espec?fica. Esta diversidade se mostrou relacionada com tamanho populacional, assim, prop?gulos para o estabelecimento de novas popula??es em s?tios climaticamente adequados devem ser obtidos das maiores popula??es. An?lises de estrutura??o gen?tica sugerem fragmenta??o recente e indicam baixo fluxo g?nico entre as popula??es conhecidas da esp?cie, com consequentes altos n?veis de endogamia, por isso ? recomendado fluxo g?nico mediado por atividade humana entre as popula??es para evitar depress?o endog?mica. ? hipotetizado que diferen?as gen?ticas entre as popula??es s?o causadas majoritariamente por deriva aleat?ria, o que tornou popula??es com menos indiv?duos mais diferenciadas geneticamente daquela com o maior n?mero. Isso implica que um n?mero m?nimo de indiv?duos (~100) ? desej?vel para evitar redu??o na diversidade gen?tica das popula??es.

Submitted by Jadson Francisco de Jesus SILVA (jadson@uefs.br) on 2018-09-14T21:35:37Z No. of bitstreams: 1 LARISSA EMANUELLE - CARACTERIZA??O CITOGEN?TICA E MOLECULAR DE ACESSOS DE MARACUJ? DA CAATINGA (P.pdf: 1500343 bytes, checksum: fe0bb966270a60a1929a285b717b71db (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-14T21:35:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LARISSA EMANUELLE - CARACTERIZA??O CITOGEN?TICA E MOLECULAR DE ACESSOS DE MARACUJ? DA CAATINGA (P.pdf: 1500343 bytes, checksum: fe0bb966270a60a1929a285b717b71db (MD5) Previous issue date: 2018-02-28 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Passiflora cincinnata Mast. is a native species of Brazil with a wide geographic distribution, which can be exploited as a source of resistance to biotic and abiotic stresses, presenting good productivity, as well as high nutritional quality for human consumption, besides other uses. On the other hand, both molecular and cytogenetic characterization is an important step for the conservation and use of genotypes, considering the potential genetic diversity of the species. The objective of this work was to characterize the genetic diversity among the passion fruit of the caatinga (P. cincinnata), conserved in the active bank of passion fruit germplasm of Embrapa Semi?rido, using cytogenetic techniques of conventional analysis, double CMA3/DAPI staining and using molecular markers from type ISSR. The different ISSR molecular markers showed efficiency in detecting polymorphism, revealing intraspecific variability among the accessions. Diploid chromosome numbers 2n=18 were observed, being classified in the chromosomal group with basic number x=9. The double CMA/DAPI staining allowed the identification of four CMA positive bands, semi-reticulated interphase nuclei with presence of CMA+ blocks. The colorability of the pollen grains using acetic carmine and Alexander reactive allowed to estimate high pollen viability with values above 98% for both dyes analyzed, indicating the potential use of this species in breeding programs. / Passiflora cincinnata Mast. ? uma esp?cie nativa do Brasil com ampla distribui??o geogr?fica, que pode ser explorada como fonte de resist?ncia a estresses bi?ticos e abi?ticos, apresentando boa produtividade, bem como alta qualidade nutricional para a alimenta??o humana, al?m de outros usos. Por outro lado, a caracteriza??o tanto molecular como citogen?tica ? uma etapa importante para conserva??o e uso de gen?tipos, considerando a diversidade gen?tica potencial da esp?cie. O presente trabalho objetivou caracterizar a diversidade gen?tica entre acessos de maracuj? da caatinga (P. cincinnata) conservados no Banco Ativo de Germoplasma de maracuj? da Embrapa Semi?rido, utilizando t?cnicas citogen?ticas de an?lise convencional, dupla colora??o CMA3/DAPI e utilizando marcadores moleculares do tipo ISSR. Os diferentes marcadores moleculares ISSR mostraram efici?ncia na detec??o de polimorfismo, revelando variabilidade intraespec?fica entre os acessos. Foram observados n?meros cromoss?micos diploides 2n=18, sendo classificados no grupo cromoss?mico com n?mero b?sico x=9. A dupla colora??o CMA/DAPI, permitiu identificar quatro bandas CMA positivo, n?cleos interf?sicos semirreticulados com presen?a de blocos CMA+. A colorabilidade dos gr?os de p?len utilizando carmim ac?tico e reativo de Alexander permitiu estimar uma alta viabilidade pol?nica com valores acima de 98% para ambos os corantes analisados, indicando o uso potencial dessa esp?cie em programas de melhoramento.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-06T13:55:46Z No. of bitstreams: 1 Adonis Queiroz Mendes.pdf: 733535 bytes, checksum: 8e4443a12d61e85b86bc73c962211a12 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T13:55:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Adonis Queiroz Mendes.pdf: 733535 bytes, checksum: 8e4443a12d61e85b86bc73c962211a12 (MD5) Previous issue date: 2009-07-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In the genus Capsicum are inserted 32 species,predominantly originate from tropical and subtropical regions of America. Among the species of the genus is included Capsicum annuum L. containing the sweet peppers and some peppers. This study aimed to determine the genetic divergence using molecular marker of type ISSR and evaluate the ability general capacity (CGC) and specific capacity (CEC) of combination of linkages of sweet pepper. The experiment was conducted at the Department of Agronomy, Federal Rural University of Pernambuco (UFRPE), in Recife-PE, with latitude of 8 10'52''S and longitude 34 54'47''W between 20 July 2008 and 05 April 2009. Linkages were used HTV-1, HTV-8, HTV-9, HTV-10, HTV-11 and HTV-12, provided by the company Hortivale – Sementes do Vale LTDA, sown and whiting of around 20 days of sowing samples were collected for the first leaves to extract genomic DNA and the reactions of amplification with 21 primer’s of ISSR selected from a set produced by the University of Bristish Columbia, Vancouver, Canadá. After 30 days the seedlings were transplanted to pots with a capacity of five liters using coconut fiber as a substrate, fertirrigated daily with nutrient solution in greenhouse. During the flowering crosses were made in the morning is obeying the partial diallel among the six linkages resulted in fifteen experimental hybrids, where their fruits were harvested and seeds extracted manually. The six parents and the fifteen hybrids were evaluated in the greenhouse system similar to obtain the hybrids, using the experimental design of randomized blocks with four replications, where each experimental plot was composed of four pots with one plant each. The spacing between lines was 1.00 m and between plants in the same line of 0.5 m. The plants were conducted with only four stems and removed the lateral shoots up to the first fork and the flower thereof. The characteristics were observed and evaluated the following: total weight of fruit (PTF); total number of fruits (NTF), average weight of fruit (PMF); average fruit length (CMF); average fruit diameter (DMF); length/diameter ratio (RCD); average number of locules (NL); and average thickness of the pericarp (EP). Analysis of the ISSR the amplification of DNA fragments were 145, with an average of 6.9 per oligonucleotide fragments ranging from 300 to 1500 bp. Through the molecular data generated a dendrogram was, considering the average dissimilarity of 13.51%, which was the formation of three distinct groups. In the first group observed HTV-10, HTV-8, HTV-12 and HTV-11, already the second and third groups were formed by a genotype in each and they HTV-1 and HTV-9 respectively. The HTV-9 genotype was isolated from the others, presenting a dissimilarity of 20.31% with HTV-11, the most found among all genotypes. The small dissimilarity was found between HTV-8 and HTV-12 (4.92%) these materials are the most similar comparedwith other genotypes. In the study combining ability of the heritability obtained values between 48.4% and 91.4% for the features except the average number of locules has not submitted genetic variability. The ratios between CGC and CEC indicating that the actions of gene linkages studied favor the expression of additive genetic effects. With respect to the CGC, the linkage HTV-8 showed negative values for all characteristics evaluated, the linkages HTV-9 and HTV-10 showed highly positive for PTF. With respect to estimates of CEC, they were negative in all lines on the characteristics PTF, PMF, CMF and DMF. The hybrid HTV-8 x HTV-10 that stood out with higher PTF and PMF making promising potential as a hybrid business has, in addition to high CEC value for at least one of the parents with high value of GCC. The results obtained with molecular data showed some inconsistencies when compared to combinatorial analysis showing low accuracy, these materials, in the indication of possible superior hybrid combinations. / No gênero Capsicum estão inseridas 32 espécies, predominantemente são originárias das regiões tropicais e subtropicais da América. Dentre as espécies do referido gênero está Capsicum annuum L. que contêm os pimentões e algumas pimentas. Este trabalho teve como objetivo determinar a divergência genética utilizando marcador molecular do tipo ISSR e avaliar a capacidade geral e específica de combinação entre linhagens de pimentão. O experimento foi realizado no Departamento de Agronomia, Área de Fitotecnia, da Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE), em Recife-PE, com latitude de 8º10’52’’S e longitude de 34º54’47’’W entre 20 de Julho de 2008 e 05 de Abril de 2009. Foram utilizadas as linhagens HTV- 1, HTV-8, HTV-9, HTV-10, HTV-11 e HTV-12, cedidas pela empresa Hortivale – Sementes do Vale LTDA, semeadas em badejas de isopor e por volta dos 20 dias após o semeio se coletou amostras das primeiras folhas definitivas para extração do DNA genômico e as reações de amplificação utilizando 21 oligonucleotídeos de ISSR selecionados de um conjunto produzido pela University of Bristish Columbia, Vancouver, Canadá. Após 30 dias do semeio as mudas foram transplantadas para vasos com capacidade de cinco litros utilizando como substrato o pó de coco, fertirrigadas diariamente com solução nutritiva e mantidas em casa de vegetação. Durante o florescimento se realizou polinizações manuais no início da manhã obedecendo-se o esquema dialélico parcial entre as seis linhagens resultando em quinze híbridos experimentais, onde seus frutos foram colhidos e as sementes extraídas manualmente. Os seis genitores e as quinze combinações híbridas foram avaliados em cultivo protegido em sistema semelhante à obtenção dos híbridos, utilizando o delineamento experimental de blocos casualizados com quatro repetições, onde cada parcela experimental foi constituída por quatro vasos com uma planta cada. O espaçamento entre linhas foi de 1,0 m e entre plantas na mesma linha de 0,5 m. As plantas foram conduzidas com apenas quatro hastes e realizou-se a retirada dos brotos laterais até a primeira bifurcação bem como a flor desta. As características observadas e avaliadas foram as seguintes: peso total de frutos (PTF), número total de frutos (NTF), peso médio dos frutos (PMF), comprimento médio do fruto (CMF), diâmetro médio do fruto (DMF), relação comprimento/diâmetro do fruto (RCD), número de lóculos do fruto (NL) e espessura média do pericarpo (EP). Na análise de ISSR as amplificações tiveram 145 fragmentos de DNA, com uma média de 6,9 fragmento por oligonucleotídeo variando de 300 à 1500 pb. Através dos dados moleculares foi gerado um dendrograma, considerando a dissimilaridade média de 13,51%, onde houve a formação de três agrupamentos distintos. No primeiro grupo observamos HTV-10, HTV-8, HTV-12 e HTV-11, já o segundo e terceiro grupos foram formados por um genótipo em cadasendo eles HTV-1 e HTV-9 respectivamente. O genótipo HTV-9 foi isolado dos demais, apresentando uma dissimilaridade de 20,31% com o HTV-11, a maior encontrada entre todo os genótipos. A menor dissimilaridade foi verificada entre HTV-8 e HTV-12 (4,92%), sendo esses materiais mais próximos em relação aos outros genótipos. No estudo da capacidade combinatória a herdabilidade obteve valores entre 48,4% e 91,4% para a maioria das características com exceção do número de lóculos que não apresentou variabilidade genética. As razões entre os quadrados médios CGC com CEC mostraram valores superiores a 1,0 indicando que as ações gênicas das linhagens estudadas favorecem a manifestação de efeitos gênicos aditivos das características estudadas. Com relação apenas a CGC a linhagem HTV-8 apresentou valores negativos para todas as características avaliadas, já as linhagens HTV-9 e HTV-10 mostraram valores altamente positivos para PTF. Com relação as estimativas de CEC, estas foram negativas em todas as linhagens para as características PTF, PMF, CMF e DMF. O híbrido HTV-8 x HTV-10 se destacou para os caracteres PTF e PMF apresentando maior potencial tornando-o promissor como um híbrido comercial, que possui, além de alto valor para CEC, um dos genitores com alto valor positivo de CGC. As dissimilaridades obtidas com os dados moleculares apresentaram algumas incoerências quando comparados com a análise combinatória apresentando baixa precisão, nesses materiais, na indicação de possíveis combinações híbridas superiores.