Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-06T17:08:37Z No. of bitstreams: 1 Claudio Jose Dias Silva.pdf: 605492 bytes, checksum: c6b8e3cb1d0e465cdaab2051b9d3ea34 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T17:08:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Claudio Jose Dias Silva.pdf: 605492 bytes, checksum: c6b8e3cb1d0e465cdaab2051b9d3ea34 (MD5) Previous issue date: 2009-07-31 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The cajazeira (Spondias mombin L.) is distinguished by producing fruit of excellent taste and nutritional properties. Nevertheless, there are no commercial crops and places of occurrences of occurrence are suffering in deletions due to human action. This study aimed to evaluate the genetic diversity among plants Cajazeiras Bank of germplasm of the IPA by ISSR markers. The experiment was conducted at the Laboratório de Plant Biotecnologia Vegetal, Department of Agronomy, of the Federal Rural University of Pernambuco (UFRPE), in Recife-PE, with latitude of 8 10'52''S and longitude 34 ° 54'47'' W, from July 2007 to May 2009. Tender leaves were collected from twelve plants (Charuto, Djalma, Vianey-1, Vianey-2, Vianey-3, EAN-1, EAN-2, Casa Grande, Muribeca, IEE (Estação Experimental de Itapirema), Dr. Moacir e Limão) from Germplasm Bank of the Cajazeiras at the Experimental Station of the Agronomic Institute of Itambé Pernambuco (IPA) (7 ° 24'50 "S and 35 º 06'30" W) in the Municipality of Itambé, Pernambuco, Brazil. Genomic DNA was obtained according to the methodology proposed by Ferreira and Grattapaglia (1998), with modifications.For the amplification of DNA, 18 primers were used (2 UBC, UBC 808, UBC 810, UBC 812, UBC 813, UBC 820, UBC 827, UBC 834, UBC 849, UBC 855, UBC 860, UBC 866, UBC 868, UBC 881, UBC 884, UBC 885, UBC 887, UBC 888 and UBC 891). These amplifications generated 135 fragments, of which 105 polymorphic, ranging from 20 to 620pb. The UBC 834 was more informative, allowing the differentiation between the 12 accessions. The primers that prevails in the sequence of bases GA (2 UBC, UBC 810, UBC 812 and UBC 885) the highest number of amplified fragments and polymorphic fragments. In the construction of the dendrogram was the formation of four distinct groups, from an average similarity of 51.69%. Access Dr. Moacir, comes from Manaus-AM, was isolated from the other accessions, presenting a similarity of 27.45% with access EAN-1, the lowest found among the 12 accessions. Already between 1 and Vianey Vianey 2 there was a greater similarity among all accessions (73.21%). With these data we can see the viability of the use of ISSR markers to study genetic diversity in germplasm of Cajazeiras and high geneticdiversity among accessions of the bank. / A cajazeira (S. mombin L.) destaca-se por produzir frutos de excelente sabor e propriedades nutricionais. Apesar disso, não existem cultivos comerciais e as áreas de ocorrência vêm sofrendo constantes supressões devido à ação antrópica. Este trabalho objetivou avaliar a diversidade genética entre plantas de cajazeiras do banco de germoplasma do IPA, por meio de marcadores ISSR. O experimento foi conduzido no Laboratório de Biotecnologia Vegetal do Departamento de Agronomia, Área de Fitotecnia, da Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE), em Recife-PE, com latitude de 8º10’52’’S e longitude de 34º54’47’’W, no período de julho de 2007 a maio de 2009. Foram coletadas folhas tenras de doze plantas (Charuto, Djalma, Vianey-1, Vianey-2, Vianey-3, EAN-1, EAN-2, Casa Grande, Muribeca, IEE (Estação Experimental de Itapirema), Dr. Moacir e Limão) do Banco de Germoplasma de Cajazeiras instalado na Estação Experimental de Itambé do Instituto Agronômico de Pernambuco (IPA) (7º24’50”S e 35º06’30”W), no Município de Itambé, Pernambuco, Brasil. O DNA genômico foi obtido de acordo com a metodologia proposta por Ferreira e Grattapaglia (1998), com modificações. Para aamplificação do DNA, foram Utilizados 18 oligonucleotídeos (UBC 2, UBC 808, UBC 810, UBC 812, UBC 813, UBC 820, UBC 827, UBC 834, UBC 849, UBC 855, UBC 860, UBC 866, UBC 868, UBC 881, UBC 884, UBC 885, UBC 887, UBC 888 e UBC 891). Estas amplificações geraram 135 fragmentos, dos quais 105 polimórficos, variando de 20 a 620 pb. O UBC 834 mostrou-se mais informativo, possibilitando a diferenciação entre os 12 acessos. Os oligonucleotídeos em que prevalece a seqüência de bases GA (UBC 2, UBC 810, UBC 812 e UBC 885) amplificaram o maior número de fragmentos e de fragmentos polimórficos. Na construção do dendrograma houve a formação de quatro grandes grupos distintos, a partir de uma similaridade média de 51,69%. O acesso Dr. Moacir, oriundo de Manaus-AM, foi isolado dos demais acessos, apresentando uma similaridade de 27,45% com o acesso EAN-1, a menor encontrada entre os 12 acessos. Já entre Vianey 1 e Vianey 2 foi verificada a maior similaridade entre todos os acessos (73,21%). Com estes dados pode-se constatar a viabilidade do emprego de marcadores ISSR no estudo de diversidade genética em germoplasma de cajazeiras e a grande diversidade genética existente entre os acessos do banco.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-21T18:15:32Z No. of bitstreams: 1 Silvoklelo da Costa Silva.pdf: 1073501 bytes, checksum: 45a8440998a76cd876dc6505f469cdcc (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T18:15:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silvoklelo da Costa Silva.pdf: 1073501 bytes, checksum: 45a8440998a76cd876dc6505f469cdcc (MD5) Previous issue date: 2007-02-28 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The genus Arachis have been mainly objective of several studies due to your importance in the feeding and as forage.Your wild species present high genetic variability and find contained in nine taxonomic sections. Of these, the Heteranthae section stands out for being endemic of Brazil, especially in the Northest area and in stats of Goiás and Minas Gerais. Although dont't have very spread use, many of your species present potential for use as forage.being considered the plasticity in this genus, efforts shold be addressed seeking to intensify the employment of native species and your respective conservation in situ and ex situ, especially the one of the Heteranthae section by your potentiality and representative regional, because your players can come to serve as alternative for employment as forage and/ou of genes of agronomic interest.This way, the present work had for objective to analyze species of the Heteranthae section of the cytogenetic and molecular, beyon morphologic analyzes.Besed in cytogenetics data, was verified that all the accesses present chromosome number 2n=20, with metacentric (in the majority of the chromosomes) the submetacentric morphology. Arachis dardani, A. pusilla and A.interrupta present 18m+2sm and satellite type 2, whereas A.sylvestris and A.giacomettii present 16m+4sm and satellite type 10.Divergences in relation to the heterocromatic regions CMA had been detected between the species.A pusilla present the biggest number of rich blocks in GC localized in all the chromosomes of the complement.In accordance with the gotten data, the species are suggested that A.dardani and A. interrupta are most primitive with base moderate asymmetry and satellite type.Data related to the type of satellite of the A.interrupta are different of literature. In A. pusilla, the constitutive heterocromatin perishes to have sufferd recent modifications in its constitution.The molecular data generatad way ISSR congregated the species in three groups, being the tho first ones consisting by species of the section Heteranthae, whereas third it was represented by species of the section Arachis. Such infformation in accordance with is given of found taxonômica classification in literature.Already the morphologic analyses, based in vegetative and reproductive describers, make possible to group the majority of the acesses of the section Heteranthae as taxonomic classification,except for the species A. pusilla that it possibly presented fenologic divergences attributed to the ambient factors or the genetic variability intrinseca of this genotype. / O gênero Arachis tem sido alvo de diversos estudos devido à sua importância principalmente na alimentação humana e como forragem. Suas espécies silvestres apresentam alta variabilidade genética e se encontram agrupadas em nove seções taxonômicas.Destas, a seção Heteranthae destaca-se por ser endêmica do Brasil,ocorrendo especialmente na região Nordeste e nos Estados de Goiás e Minas Gerais.Embora não tenha uso muito difundido, muitas de suas espécies apresentam potencial para uso forrageiro. Considerando-se a plasticidade encontrada neste gênero, esforços devem ser direcionados visando potencializar o emprego das espécies nativas e sua respectiva conservação in situ e ex situ, em especial as da seção Heteranthae mediante sua potencialidade e representatividade regional, visto que seus representantes poderão vir a servir como alternativa para emprego como forragem e/ou de genes de interesse agronômico.O presente trebalho teve por objetivo analisar espécies do gênero Arachis, enfatizando a seção Heteranthae, via técnicas citogenéticas e moleculares, além de añálise morfológica. Com base nos dados citogenéticos, verificou-se que todos os acessos apresentaram número cromossômico diplóide 2=20 com morfologia metacêntrica (maioria dos cromossomos) a submetacêntrica.Arachis dardani,A. pusilla e A. interrupta apresentam fórmula cariotípica 18m+2sm e satélite tipo 2, enquanto que A. sylvestris e A. giacomettii possuem 16m+4sm e satélite tipo 10.Divergências em relação às regiões heterocromáticas CMA foram detectadas entre as espécies.A. pusilla apresentou o amior número de blocos ricos em GC localizados em todos os cromossomos do complemento. De acordo com os dados obtidos, sugeriu-se que as espécies A.dardani e A. interrupta são as mais primitivas com base na assimetria moderada e tipo de satélite. Dados relacionados ao tipo de satélite de A. interrupta divergem da literatura. Ao menos em A. pusilla, a heterocromatina constitutiva parece ter sofrido modificações recentes na sua constituição que, ao contrário das demais espécies, apresentou-se formando blocos pericentroméricos CMA em todo o complemento cromossômico. Os dados moleculares gerados via ISSR reuniu as espécies em três grupos, sendo os dois primeiros constituídos por espécies da seção Heteranthae, enquanto que o terceiro foi representado por espécies da seção Arachis. Tais informações estão de acordo com os dados de classificação taxonômica encontrada na literatura. As análises morfológicas, baseadas em descritores vegetativos e reprodutivos, possibilitaram agrupar a maioria dos acessos da seção Heteranthae conforme classificação taxonômica, exceto para a espécie A. pusilla que apresentou divergências fenológicas possivelmente atribuídas a fatores ambientais locais ou a variabilidade genética intrinseca deste genótipo.

The objective of this study is to elucidate the efficiency of enation-structure (at node) recognition method at pre-flowing stage and to understand the population genetic variation of the Mikania weeds in Taiwan. The plant materials collected by recognizing enation-structure symptom method from North, Central, South and East Taiwan and off-shore islands. Using PCR¡V sequencing marker techniques, the sequencing revealed that nrDNA ITS region could identify three Mikania weeds and the 97% similarity of phylogenetic relationship between M.cordata and M.micrantha are more closer than that between M.cordata and M.scandens, whose ITS sequence is obtained from GeneBank. However ,the sequences of chloroplast DNA of M.cordata and M.micrantha at trnL intron¡]436bp¡^or trnL-trnF IGS¡]345 bp¡^are almost the same and could not be used as molecular markers. The recognizing techniques of enation-structure was supported by the nrDNA ITS region and ISSR results at the end, thus the finding can be recommended to the Council of Agriculture in order to eliminate the weed and to reduce the impact on M.cordata, which is native in Taiwan. Moreover, the findings of ISSR analysis in the aspect of population genetic variation indicated that high genetic differentiation ¡]Gst>0.5¡^was found among the M. cordata and M.micrantha populations. Based on the Mantle test, there was no relationship between genetic distance and geographic distance in M.micrantha¡]r=0.0053,p=0.47¡^.This phenomenon revealed that populations of M.micrantha had complex population variability within the short-term invaded into Taiwan that might be resulted from the random dispersion of human activities. The population of M.micrantha was established by few individuals (founders) and grown rapidly in Taiwan, resulting in population differentiation via genetic drift. In contrast to M.micrantha ,there was relationship between genetic distance and geographic distance in M.cordata ¡]r=0.44,p=0.025¡¯¡^.It revealed that populations of M.cordata agreed to the concept of isolation by distance model, which might be evolved from the result of natural dispersion. In conclusion, the population structure of M.micrantha in Taiwan is stable , suggesting that control of Mikania population should be based on different populations where have large differentiation among them .

Gelasine Herb. (Tigridieae: Iridaceae) é composto por sete espécies nativas da América do Sul, sendo três delas encontradas no Rio Grande do Sul (Brasil): G. coerulea (Vell.) Ravenna, G. elongata (Graham) Ravenna e G. uruguaiensis Ravenna. São plantas bulbosas de folhas plicadas, flores perfeitas azuis ou roxas e compostas por dois conjuntos de tépalas desiguais. Gelasine elongata e G. coerulea encontram-se na lista de espécies ameaçadas para o RS, sendo a primeira delas ameaçada e a segunda criticamente ameaçada. Apesar de seu atual estado de vulnerabilidade, Gelasine é um gênero ainda pouco estudado, não havendo nenhuma informação quanto à variabilidade e diversidade genética. Os dados citogenéticos são também ainda escassos. Assim, a presente dissertação tem por objetivo caracterizar as três espécies de Gelasine ocorrentes no sul do Brasil quanto a aspectos moleculares, citogenéticos, além de compreender suas relações. Para a caracterização da diversidade genética foram usadas duas populações de G. coerulea e duas de G. elongata; não foi possível a utilização de G. uruguaiensis em função do número restrito de indivíduos. As amostras de DNA foram obtidas a partir de folhas das espécies mencionadas e empregada a técnica de ISSR (Inter Simple Sequence Repeat). Foram testados 44 primers para ISSR, destes, 12 apresentaram um bom padrão de amplificação que em conjunto geraram 91 loci. A quantidade de bandas por primer variou em média de 7,5. Este trabalho resultou em dados inéditos para o gênero Gelasine quanto à variabilidade genética inter e intra-populacional. Os resultados indicam que a variação genética intrapopulacional é muito baixa e que a maior diversidade encontrada para estas espécies ocorreu entre as populações. Não foi verificada correlação significativa com a distância geográfica entre as populações. Tais resultados indicam que o sistema reprodutivo, o método de dispersão de sementes e a presença de descendência clonal oriunda da divisão dos bulbos subterrâneos são fatores de grande influência na diversidade. Para caracterização citogenética das espécies foi empregada coloração convencional e bandeamento CMA/DAPI, e realizadas medidas cromossômicas. Foi também estimado o tamanho do genoma por citometria de fluxo a partir de folhas frescas das três espécies. As análises citogenéticas se mostraram bastante eficientes para a diferenciação das três espécies de Gelasine investigadas. Gelasine coerulea e G. uruguaiensis apresentam o mesmo número cromossômico básico e somático (2n = 2x = 14), não sendo encontrados citótipos poliploides. Ambas têm cariótipos relativamente simétricos, porém se mostram bastante distintas quanto ao tamanho dos cromossomos e seu padrão de bandeamento, com uma grande variação na ocorrência e distribuição de sequências de DNA repetitivo (bandas CMA/DAPI). O conteúdo de DNA também permite a clara diferenciação dessas espécies, tendo G. coerulea 2C = 11,30 pg e G. uruguaiensis 2C = 16,88 pg. Gelasine elongata possui número cromossômico básico diferente das anteriores (2n = 2x = 12) e cariótipo claramente bimodal. Os cromossomos têm menor tamanho, o que, consequentemente reflete no menor tamanho de genoma (2C = 3,45 pg). Além disso, o padrão de bandas CMA/DAPI é notadamente mais simples que das outras duas espécies, onde o maior par de cromossomos (par I) exibe as únicas bandas CMA+ presentes na região da constrição secundária. Os dados obtidos para G. elongata apontam para uma maior semelhança dessa espécie com outras duas do gênero Eleuthenine (2n = 2x = 12), o que reforça os dados filogenéticos existentes, onde G. elongata está separada de G. coerulea e agrupada no mesmo ramo de Eleutherine. Não foi observado heteromorfismo cromossômico para Gelasine elongata e nem para as outras duas espécies investigadas, embora tal situação tenha sido reportada para aquela espécie. Os dados obtidos para Gelasine com o uso dos fluorocromos CMA e DAPI, bem como os demais parâmetros citogenéticos investigados permitiram a clara diferenciação entre as espécies. Associados a uma abordagem filogenética, tais resultados auxiliam a compreensão das relações entre essas espécies e sua evolução. / Gelasine Herb. (Tigridieae: Iridaceae) comprises seven native species from South America, three of them are found in Rio Grande do Sul (Brasil): G. coerulea (Vell.) Ravenna, G. elongata (Graham) Ravenna and G. uruguaiensis Ravenna. These species are bulbous plants with plicate leaves and blue or violet perfect flowers which are composed of two unequal groups of tepals. Gelasine elongata and G. coerulea are included in the list of endangered species from RS, the first one is considered endangered and the latter, critically endangered. Notwithstanding its current vulnerability status, Gelasine is still a poorly studied genus and genetic variability and diversity information concerning its species are lacking. Cytogenetic data are also scarce. Thus the present dissertation aims to characterize the three Gelasine species occurring in Southern Brazil regarding its molecular and cytogenetic aspects in addition to understand their relationships. To characterize their genetic diversity, two populations of G. coerulea and two of G. elongata were used; it was not possible to investigate G. uruguaiensis due to its restricted number of individuals. DNA samples were obtained from leaves of the aforementioned species and ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) technique was employed. Fourty-four ISSR primers were tested, 12 of these presented good amplification pattern which generated a total of 97 loci. The number of bands per primer had an average of 7.5. The present study resulted in novelty data for Gelasine concerning its inter and intrapopulation genetic variability. The results indicate a very low intrapopulation genetic variation and most of the diversity found in these species occurred among their populations. No significant correlation was verified between geographical distances of populations. Such results indicate that reproductive system, seed dispersal mechanisms and presence of clonal descendants generated from divisions of subterranean bulbs are factors that greatly influence in diversity. For cytogenetic characterization of the species, conventional staining and CMA/DAPI banding were employed and chromosome measurements were made. Also, genome size was estimated through flow cytometry using fresh leaves from the three species. Cytogenetic analyses were very efficient to differentiate all investigated species of Gelasine. Gelasine coerulea and G. uruguaiensis have the same basic and somatic chromosome number (2n = 2x = 14); polyploid cytotypes were not found. Both species display fairly symmetric karyotypes, however they are very distinct with respect to chromosome sizes and banding patterns, with a great variation in the occurrence and distribution of repetitive DNA sequences (CMA/DAPI bands). DNA content also allows clear differentiation of these species; G. coerulea has 2C = 11,30 pg and G. uruguaiensis has 2C = 16,88 pg. Gelasine elongata has a different base chromosome number than both former species (2n = 2x = 12) and a clearly bimodal karyotype. Its chromosomes are smaller which, consequently, reflects on the smaller genome size (2C = 3,45 pg). Furthermore, its CMA/DAPI band pattern is markedly simpler than the ones from the other two species, where the largest chromosome pair (pair I) contains the only CMA+ bands present in the secondary constriction region. Data obtained from G. elongata points out a larger resemblance between this species and two others belonging to Eleuthenine (2n = 2x = 12), which supports the phylogenetic data where G. elongata is separate from G. coerulea and groups with Eleutherine. Chromosome heteromorphism was not observed in Gelasine elongata nor in the two other investigated species, even though it had been reported for the first one. Data obtained from Gelasine with the use of CMA and DAPI fluorochromes, along with the other cytogenetic parameters investigated, allowed clear differentiation between species. Allied to a phylogenetic approach, these results can bring better understanding to the relations between these species and their evolution.

Morphological plasticity of brown knapweed (Centaurea jacea L.) was examined. South bohemian populations of subsp. jacea were compared to plasticity in larger area. The plasticity of local population overlaps with both subspecies. The correlation between abiotical factors and determination characteristics were found. Molecular survey using ISSR method shows no difference between subspecies. The final resolution of subspecies existence will be questioned in following study.

LIMA, E. N. Diversidade genética de clones de aceroleira e reação à Lasiodiplodia theobromae. 2012. 81 f. Dissertação (Mestrado em Agronomia/Fitotecnia) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2012. / Submitted by Francisco Lacerda (lacerda@ufc.br) on 2014-07-02T19:34:39Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_enlima.pdf: 1227036 bytes, checksum: 1316c7d2fb1b61d1c496fbfe72e10254 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2014-07-02T20:13:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_enlima.pdf: 1227036 bytes, checksum: 1316c7d2fb1b61d1c496fbfe72e10254 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-02T20:13:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_enlima.pdf: 1227036 bytes, checksum: 1316c7d2fb1b61d1c496fbfe72e10254 (MD5) Previous issue date: 2012 / The knowledge about genetic variability and relationship among Indian cherry accessions is an important issue to maximize the use of genetic resources in a breeding program. The objectives of this study were to estimate the genetic diversity of 56 Indian cherry genotypes from the seed garden and clone collection of Embrapa Agroindústria Tropical using ISSR as molecular markers and to evaluate their reaction to infection by Lasiodiplodia theobromae. In order to evaluate genetic relationship among Indian cherry genotypes the genetic distance was calculated based on ISSR data. A distance matrix was obtained based on the Jaccard index of arithmetic complement which was used to construct a phylogram tree with all 56 acessions. The tree was constructed using the hierarchical method, the unweight pair-grouped (UPGMA) generated tree and the optimizing Tocher method. To identify resistant/susceptible genotypes to L. theobromae, it was developed a drill method of inoculation the fungus into the woody tissue of the plant stem. The work was carried out under greenhouse conditions with six genotypes. Disease occurrence was observed 15 days after inoculation by observing lesion presence and measuring lesion length. Data on the genetic diversity showed that three genotypes, numbered 36, 46 (Okinawa) and 47 (Barbados) were the most divergent among all 56 studied. Crossings between 36 (12/7/15) x 32 (68/1/15), 36 (12/7/15) x 31 (68/1/14), 47 (Barbados) x 2 (8/4/8), 47 (Barbados) x 23 (79/10/9), 46 (Okinawa) x 32 (68/1/15) and 46 (Okinawa) x 36 (12/7/15) may yield favorable genetic combinations allowing a transgressive genotype selection. In the search to identify potentially resistant genotypes, the accessions 13 (47/5/2), 32 (68/1/15) and 36 (12/7/15) attained high level resistance. As a conclusion, it was possible to estimate genetic variability and resistant genotypes to L. theobromae in the Indian cherry population. These results may provide valuable information for the breeding program in the near future. / O conhecimento da variabilidade e da relação genética entre diferentes acessos de aceroleira é importante para maximizar o uso dos recursos genéticos nos programas de melhoramento. Neste trabalho têm-se como objetivos avaliar a diversidade genética de 56 genótipos de aceroleira pertencentes ao Jardim de Sementes e ao Jardim Clonal da Embrapa Agroindústria Tropical por meio de marcadores moleculares ISSR, e avaliar a reação de genótipos de aceroleira à Lasiodiplodia theobromae. Para a avaliação da relação genética entre os genótipos de aceroleira foi calculada a distância genética entre estes tomando-se como base os dados obtidos por meio dos marcadores moleculares ISSR. Uma matriz de distância foi obtida com base no complemento aritmético do índice de Jaccard, a qual foi usada para a formação de um dendrograma onde os diferentes genótipos foram agrupados. Esse agrupamento foi realizado utilizando-se o método hierárquico, UPGMA e o método de otimização de Tocher. Na identificação de genótipos resistentes/suscetíveis à Lasiodiplodia theobromae, foi utilizado o método de inoculação (Furadeira). A avaliação foi realizada em casa de vegetação, contemplando a avaliação de seis genótipos diferentes. Aos 15 dias após a inoculação (DAI) foi procedida a avaliação externa dos sintomas e a medição do comprimento da lesão. Na avaliação da divergência genética através de marcadores moleculares observou-se que os genótipos 36 (12/7/15), 47 (Barbados) e 46 (Okinawa) foram os mais divergentes entre os 56 genótipos avaliados. Os cruzamentos entre os genótipos 36 (12/7/15) e 32 (68/1/15), 36 (12/7/15) e 31 (68/1/14), 47 (Barbados) e 2 (8/4/8), 47 (Barbados) e 23 (79/10/9), 46 (Okinawa) e 32 (68/1/15) e entre 46 (Okinawa) e 36 (12/7/15) podem resultar em combinações gênicas favoráveis permitindo a seleção de genótipos transgressivos. Buscando identificar clones resistentes os clones 13 (47/5/2), 32 (68/1/15) e 36 (12/7/15) mostraram mais resistentes ao fungo em avaliação. Portanto, foi possível identificar variabilidade genética entre os 56 genótipos de aceroleira, assim como genótipos resistentes à Lasiodiplodia theobromae. Essas informações poderão ser utilizadas em futuros trabalhos de melhoramento genético da cultura da aceroleira.

The spread of invasive plant species in natural habitats has become a worldwide problem with negative environmental and economic impacts. An increasing number of invasive organisms are responsible for adverse environmental and economic impacts worldwide, including species extinction, crop failures, reduced water supply, and damage to industrial infrastructures (KERCHER et al., 2007). Phalaris arundinacea L. is widespread throughout the world, except Antarctica and Greenland. Center of diversity of this genus is in the Mediterranean. Members of the genus Phalaris occurs in moist habitats from lower to alpine altitudes (ANDERSON, 1997). Phalaris has a plethora of uses. Its most frequent use is as the root wastewater treatment plants. Phalaris grown as feed for livestock and is also used as an ornamental grass. Phalaris have recently received a lot of attention as a new biomass source for the production of renewable energy in USA. In recent years there has been a massive spread of P. arundinacea across North America (currently occurs in 43 states) and Canada (ZEDLER & KERCHER, 2004). Phalaris represents a significant threat to its original wetland vegetation and is classified as a harmful agens in nine state of U.S. states (LAVERGNE & MOLOFSKY, 2004). It is believed that these aggressive population have European origin.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-05-08T23:59:12Z No. of bitstreams: 1 DanielFerreiraDaCosta_DISSERT.pdf: 447435 bytes, checksum: 3f684603b1cf2fc0e045701ddabedf68 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-05-09T00:09:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DanielFerreiraDaCosta_DISSERT.pdf: 447435 bytes, checksum: 3f684603b1cf2fc0e045701ddabedf68 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-09T00:09:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DanielFerreiraDaCosta_DISSERT.pdf: 447435 bytes, checksum: 3f684603b1cf2fc0e045701ddabedf68 (MD5) Previous issue date: 2014-12-15 / A esp?cie Hancornia speciosa Gomes ? nativa do Brasil com ampla distribui??o no territ?rio nacional. Seu fruto ? bastante apreciado pelas popula??es locais, sendo utilizado para fabrica??o de doces, sorvetes e polpas. O crescimento urbano e a expans?o agr?cola favoreceram ? fragmenta??o das ?reas florestais onde a esp?cie ocorre, com a consequente redu??o do tamanho populacional, podendo ocasionar s?rias implica??es para a manuten??o da esp?cie a longo prazo. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade gen?tica remanescente em sete popula??es de H. speciosa do estado do Rio Grande do Norte, ap?s selecionar marcadores de DNA entre repeti??es de sequ?ncias simples do genoma (ISSR). Na avalia??o da qualidade do DNA, o material gen?tico obtido a partir do caule apresentou pureza semelhante ao extra?do da folha, obtendo valores para a raz?o entre as absorv?ncias (A260/A280) de 1,46 para o caule e de 1,42 para a folha, ficando, ambos, um pouco abaixo do valor considerado ?timo que ? entre 1,5 e 2,5. O tecido caulinar apresentou DNA de qualidade para an?lises moleculares da esp?cie. Foram testados 19 primers ISSR onde seis foram selecionados (UBC 808, UBC 810, UBC 826, UBC 827, UBC 841, UBC 842) por apresentarem locos n?tidos, inequ?vocos e em maior n?mero, totalizando 63 locos, sendo que 30 (47,62%) apresentaram polimorfismo. O valor de PIC (conte?do de informa??es polim?rficas) para os primers selecionados atingiu a m?dia de 0,37, variando de 0,26 a 0,44, indicando que s?o ?teis para avaliar a diversidade gen?tica da esp?cie. Para o total das popula??es, o n?mero de locos polim?rficos foi de 57 (81,43%), com o n?mero total de alelos efetivos (Ne) 1,493. A diversidade gen?tica de Nei (He) foi de 0,287 e o ?ndice de Shannon (I) o valor de 0,429. Entre as popula??es o n?mero de locos polim?rficos foi considerado baixo, variando de 29 (41,43%) na popula??o Cotovelo, ? 33 (47,14%) em Maca?ba. Os ?ndices de diversidade He e I para cada popula??o variou respectivamente de 0,161 e 0,237 na popula??o Parque das Dunas ? 0,206 e 0,294 na popula??o Maca?ba. De acordo com a an?lise bayesiana os gen?tipos foram divididos em cinco grupos distintos (K = 5). Os padr?es observados para diversidade al?lica indicam a ocorr?ncia de gargalo gen?tico em todas as popula??es, de acordo com o modelo de passos de muta??o. O modelo de alelos infinitos revelou desequil?brio entre muta??o e deriva gen?tica apenas na popula??o Parque das Dunas. Os ?ndices de fluxo g?nico (Nm) revelaram troca de alelos entre todas as popula??es. Os resultados obtidos sugerem que a diversidade gen?tica est? distribu?da em diversas popula??es, sendo essencial a conserva??o das ?reas de sua ocorr?ncia para a manuten??o da diversidade gen?tica da esp?cie. / The Hancornia speciosa Gomes is a native of Brazil with wide distribution in the country. Its fruit is well appreciated by local people and is used for the manufacture of sweets, ice creams and pulps. Urban growth and agricultural expansion led to fragmentation forest areas where the species occurs, with a consequent reduction in population size, which can cause serious implications for the maintenance of long-term species. The objective of this study was to evaluate the remaining genetic diversity in seven populations of H. speciosa at Rio Grande do Norte state. In DNA's quality evaluation, the genetic material obtained from stems showed similar purity to the extracted sheet, obtaining values for the ratio between the absorbance (A260/A280) of 1.46 for the stem and 1.42 for the sheet, both were slightly below the value considered optimal which is between 1.5 and 2.5. The stem tissue showed DNA quality for molecular analyzes of the species. For the selection, 19 ISSR primers were tested, six of them were selected (UBC 808, UBC 810, UBC 826, UBC 827, UBC 841, UBC 842), for presenting clear locus, unambiguous and in great numbers, totaling 63 locus, and 30 (47.62%) showed polymorphism. The PIC value (polymorphic content information) for the selected primers averaged 0.37, ranging from 0.26 to 0.44, indicating that they are useful to evaluate the genetic diversity of the species. For the total population, the number of polymorphic locus was 57 (81.43%), with the total number of effective alleles (Ne) 1.493. The genetic diversity of Nei (He) was 0.287 and the Shannon index (I) was 0.429. Among populations the number of polymorphic locus was considered low, ranging from 29 (41.43%) in Cotovelo's population, to 33 (47.14%) in Maca?ba. The diversity indices He and I for each population ranged respectively 0.161 and 0.237 in Parque das Dunas's population to 0.206 and 0.294 in Maca?ba's population. According to the Bayesian analysis, the genotypes were divided into five groups (K = 5). The patterns observed in allelic diversity indicate the occurrence of bottleneck in all populations, according to the model of mutation steps. The infinite alleles model revealed imbalance between mutation and genetic drift only in the Parque das Dunas's population. The gene flow rates (Nm) revealed an exchange of alleles between all populations. The results suggest that genetic diversity is distributed among different populations, it is essential to conservation of areas of its occurrence to maintain the genetic diversity of the species.

Gelasine Herb. (Tigridieae: Iridaceae) é composto por sete espécies nativas da América do Sul, sendo três delas encontradas no Rio Grande do Sul (Brasil): G. coerulea (Vell.) Ravenna, G. elongata (Graham) Ravenna e G. uruguaiensis Ravenna. São plantas bulbosas de folhas plicadas, flores perfeitas azuis ou roxas e compostas por dois conjuntos de tépalas desiguais. Gelasine elongata e G. coerulea encontram-se na lista de espécies ameaçadas para o RS, sendo a primeira delas ameaçada e a segunda criticamente ameaçada. Apesar de seu atual estado de vulnerabilidade, Gelasine é um gênero ainda pouco estudado, não havendo nenhuma informação quanto à variabilidade e diversidade genética. Os dados citogenéticos são também ainda escassos. Assim, a presente dissertação tem por objetivo caracterizar as três espécies de Gelasine ocorrentes no sul do Brasil quanto a aspectos moleculares, citogenéticos, além de compreender suas relações. Para a caracterização da diversidade genética foram usadas duas populações de G. coerulea e duas de G. elongata; não foi possível a utilização de G. uruguaiensis em função do número restrito de indivíduos. As amostras de DNA foram obtidas a partir de folhas das espécies mencionadas e empregada a técnica de ISSR (Inter Simple Sequence Repeat). Foram testados 44 primers para ISSR, destes, 12 apresentaram um bom padrão de amplificação que em conjunto geraram 91 loci. A quantidade de bandas por primer variou em média de 7,5. Este trabalho resultou em dados inéditos para o gênero Gelasine quanto à variabilidade genética inter e intra-populacional. Os resultados indicam que a variação genética intrapopulacional é muito baixa e que a maior diversidade encontrada para estas espécies ocorreu entre as populações. Não foi verificada correlação significativa com a distância geográfica entre as populações. Tais resultados indicam que o sistema reprodutivo, o método de dispersão de sementes e a presença de descendência clonal oriunda da divisão dos bulbos subterrâneos são fatores de grande influência na diversidade. Para caracterização citogenética das espécies foi empregada coloração convencional e bandeamento CMA/DAPI, e realizadas medidas cromossômicas. Foi também estimado o tamanho do genoma por citometria de fluxo a partir de folhas frescas das três espécies. As análises citogenéticas se mostraram bastante eficientes para a diferenciação das três espécies de Gelasine investigadas. Gelasine coerulea e G. uruguaiensis apresentam o mesmo número cromossômico básico e somático (2n = 2x = 14), não sendo encontrados citótipos poliploides. Ambas têm cariótipos relativamente simétricos, porém se mostram bastante distintas quanto ao tamanho dos cromossomos e seu padrão de bandeamento, com uma grande variação na ocorrência e distribuição de sequências de DNA repetitivo (bandas CMA/DAPI). O conteúdo de DNA também permite a clara diferenciação dessas espécies, tendo G. coerulea 2C = 11,30 pg e G. uruguaiensis 2C = 16,88 pg. Gelasine elongata possui número cromossômico básico diferente das anteriores (2n = 2x = 12) e cariótipo claramente bimodal. Os cromossomos têm menor tamanho, o que, consequentemente reflete no menor tamanho de genoma (2C = 3,45 pg). Além disso, o padrão de bandas CMA/DAPI é notadamente mais simples que das outras duas espécies, onde o maior par de cromossomos (par I) exibe as únicas bandas CMA+ presentes na região da constrição secundária. Os dados obtidos para G. elongata apontam para uma maior semelhança dessa espécie com outras duas do gênero Eleuthenine (2n = 2x = 12), o que reforça os dados filogenéticos existentes, onde G. elongata está separada de G. coerulea e agrupada no mesmo ramo de Eleutherine. Não foi observado heteromorfismo cromossômico para Gelasine elongata e nem para as outras duas espécies investigadas, embora tal situação tenha sido reportada para aquela espécie. Os dados obtidos para Gelasine com o uso dos fluorocromos CMA e DAPI, bem como os demais parâmetros citogenéticos investigados permitiram a clara diferenciação entre as espécies. Associados a uma abordagem filogenética, tais resultados auxiliam a compreensão das relações entre essas espécies e sua evolução. / Gelasine Herb. (Tigridieae: Iridaceae) comprises seven native species from South America, three of them are found in Rio Grande do Sul (Brasil): G. coerulea (Vell.) Ravenna, G. elongata (Graham) Ravenna and G. uruguaiensis Ravenna. These species are bulbous plants with plicate leaves and blue or violet perfect flowers which are composed of two unequal groups of tepals. Gelasine elongata and G. coerulea are included in the list of endangered species from RS, the first one is considered endangered and the latter, critically endangered. Notwithstanding its current vulnerability status, Gelasine is still a poorly studied genus and genetic variability and diversity information concerning its species are lacking. Cytogenetic data are also scarce. Thus the present dissertation aims to characterize the three Gelasine species occurring in Southern Brazil regarding its molecular and cytogenetic aspects in addition to understand their relationships. To characterize their genetic diversity, two populations of G. coerulea and two of G. elongata were used; it was not possible to investigate G. uruguaiensis due to its restricted number of individuals. DNA samples were obtained from leaves of the aforementioned species and ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) technique was employed. Fourty-four ISSR primers were tested, 12 of these presented good amplification pattern which generated a total of 97 loci. The number of bands per primer had an average of 7.5. The present study resulted in novelty data for Gelasine concerning its inter and intrapopulation genetic variability. The results indicate a very low intrapopulation genetic variation and most of the diversity found in these species occurred among their populations. No significant correlation was verified between geographical distances of populations. Such results indicate that reproductive system, seed dispersal mechanisms and presence of clonal descendants generated from divisions of subterranean bulbs are factors that greatly influence in diversity. For cytogenetic characterization of the species, conventional staining and CMA/DAPI banding were employed and chromosome measurements were made. Also, genome size was estimated through flow cytometry using fresh leaves from the three species. Cytogenetic analyses were very efficient to differentiate all investigated species of Gelasine. Gelasine coerulea and G. uruguaiensis have the same basic and somatic chromosome number (2n = 2x = 14); polyploid cytotypes were not found. Both species display fairly symmetric karyotypes, however they are very distinct with respect to chromosome sizes and banding patterns, with a great variation in the occurrence and distribution of repetitive DNA sequences (CMA/DAPI bands). DNA content also allows clear differentiation of these species; G. coerulea has 2C = 11,30 pg and G. uruguaiensis has 2C = 16,88 pg. Gelasine elongata has a different base chromosome number than both former species (2n = 2x = 12) and a clearly bimodal karyotype. Its chromosomes are smaller which, consequently, reflects on the smaller genome size (2C = 3,45 pg). Furthermore, its CMA/DAPI band pattern is markedly simpler than the ones from the other two species, where the largest chromosome pair (pair I) contains the only CMA+ bands present in the secondary constriction region. Data obtained from G. elongata points out a larger resemblance between this species and two others belonging to Eleuthenine (2n = 2x = 12), which supports the phylogenetic data where G. elongata is separate from G. coerulea and groups with Eleutherine. Chromosome heteromorphism was not observed in Gelasine elongata nor in the two other investigated species, even though it had been reported for the first one. Data obtained from Gelasine with the use of CMA and DAPI fluorochromes, along with the other cytogenetic parameters investigated, allowed clear differentiation between species. Allied to a phylogenetic approach, these results can bring better understanding to the relations between these species and their evolution.

Gelasine Herb. (Tigridieae: Iridaceae) é composto por sete espécies nativas da América do Sul, sendo três delas encontradas no Rio Grande do Sul (Brasil): G. coerulea (Vell.) Ravenna, G. elongata (Graham) Ravenna e G. uruguaiensis Ravenna. São plantas bulbosas de folhas plicadas, flores perfeitas azuis ou roxas e compostas por dois conjuntos de tépalas desiguais. Gelasine elongata e G. coerulea encontram-se na lista de espécies ameaçadas para o RS, sendo a primeira delas ameaçada e a segunda criticamente ameaçada. Apesar de seu atual estado de vulnerabilidade, Gelasine é um gênero ainda pouco estudado, não havendo nenhuma informação quanto à variabilidade e diversidade genética. Os dados citogenéticos são também ainda escassos. Assim, a presente dissertação tem por objetivo caracterizar as três espécies de Gelasine ocorrentes no sul do Brasil quanto a aspectos moleculares, citogenéticos, além de compreender suas relações. Para a caracterização da diversidade genética foram usadas duas populações de G. coerulea e duas de G. elongata; não foi possível a utilização de G. uruguaiensis em função do número restrito de indivíduos. As amostras de DNA foram obtidas a partir de folhas das espécies mencionadas e empregada a técnica de ISSR (Inter Simple Sequence Repeat). Foram testados 44 primers para ISSR, destes, 12 apresentaram um bom padrão de amplificação que em conjunto geraram 91 loci. A quantidade de bandas por primer variou em média de 7,5. Este trabalho resultou em dados inéditos para o gênero Gelasine quanto à variabilidade genética inter e intra-populacional. Os resultados indicam que a variação genética intrapopulacional é muito baixa e que a maior diversidade encontrada para estas espécies ocorreu entre as populações. Não foi verificada correlação significativa com a distância geográfica entre as populações. Tais resultados indicam que o sistema reprodutivo, o método de dispersão de sementes e a presença de descendência clonal oriunda da divisão dos bulbos subterrâneos são fatores de grande influência na diversidade. Para caracterização citogenética das espécies foi empregada coloração convencional e bandeamento CMA/DAPI, e realizadas medidas cromossômicas. Foi também estimado o tamanho do genoma por citometria de fluxo a partir de folhas frescas das três espécies. As análises citogenéticas se mostraram bastante eficientes para a diferenciação das três espécies de Gelasine investigadas. Gelasine coerulea e G. uruguaiensis apresentam o mesmo número cromossômico básico e somático (2n = 2x = 14), não sendo encontrados citótipos poliploides. Ambas têm cariótipos relativamente simétricos, porém se mostram bastante distintas quanto ao tamanho dos cromossomos e seu padrão de bandeamento, com uma grande variação na ocorrência e distribuição de sequências de DNA repetitivo (bandas CMA/DAPI). O conteúdo de DNA também permite a clara diferenciação dessas espécies, tendo G. coerulea 2C = 11,30 pg e G. uruguaiensis 2C = 16,88 pg. Gelasine elongata possui número cromossômico básico diferente das anteriores (2n = 2x = 12) e cariótipo claramente bimodal. Os cromossomos têm menor tamanho, o que, consequentemente reflete no menor tamanho de genoma (2C = 3,45 pg). Além disso, o padrão de bandas CMA/DAPI é notadamente mais simples que das outras duas espécies, onde o maior par de cromossomos (par I) exibe as únicas bandas CMA+ presentes na região da constrição secundária. Os dados obtidos para G. elongata apontam para uma maior semelhança dessa espécie com outras duas do gênero Eleuthenine (2n = 2x = 12), o que reforça os dados filogenéticos existentes, onde G. elongata está separada de G. coerulea e agrupada no mesmo ramo de Eleutherine. Não foi observado heteromorfismo cromossômico para Gelasine elongata e nem para as outras duas espécies investigadas, embora tal situação tenha sido reportada para aquela espécie. Os dados obtidos para Gelasine com o uso dos fluorocromos CMA e DAPI, bem como os demais parâmetros citogenéticos investigados permitiram a clara diferenciação entre as espécies. Associados a uma abordagem filogenética, tais resultados auxiliam a compreensão das relações entre essas espécies e sua evolução. / Gelasine Herb. (Tigridieae: Iridaceae) comprises seven native species from South America, three of them are found in Rio Grande do Sul (Brasil): G. coerulea (Vell.) Ravenna, G. elongata (Graham) Ravenna and G. uruguaiensis Ravenna. These species are bulbous plants with plicate leaves and blue or violet perfect flowers which are composed of two unequal groups of tepals. Gelasine elongata and G. coerulea are included in the list of endangered species from RS, the first one is considered endangered and the latter, critically endangered. Notwithstanding its current vulnerability status, Gelasine is still a poorly studied genus and genetic variability and diversity information concerning its species are lacking. Cytogenetic data are also scarce. Thus the present dissertation aims to characterize the three Gelasine species occurring in Southern Brazil regarding its molecular and cytogenetic aspects in addition to understand their relationships. To characterize their genetic diversity, two populations of G. coerulea and two of G. elongata were used; it was not possible to investigate G. uruguaiensis due to its restricted number of individuals. DNA samples were obtained from leaves of the aforementioned species and ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) technique was employed. Fourty-four ISSR primers were tested, 12 of these presented good amplification pattern which generated a total of 97 loci. The number of bands per primer had an average of 7.5. The present study resulted in novelty data for Gelasine concerning its inter and intrapopulation genetic variability. The results indicate a very low intrapopulation genetic variation and most of the diversity found in these species occurred among their populations. No significant correlation was verified between geographical distances of populations. Such results indicate that reproductive system, seed dispersal mechanisms and presence of clonal descendants generated from divisions of subterranean bulbs are factors that greatly influence in diversity. For cytogenetic characterization of the species, conventional staining and CMA/DAPI banding were employed and chromosome measurements were made. Also, genome size was estimated through flow cytometry using fresh leaves from the three species. Cytogenetic analyses were very efficient to differentiate all investigated species of Gelasine. Gelasine coerulea and G. uruguaiensis have the same basic and somatic chromosome number (2n = 2x = 14); polyploid cytotypes were not found. Both species display fairly symmetric karyotypes, however they are very distinct with respect to chromosome sizes and banding patterns, with a great variation in the occurrence and distribution of repetitive DNA sequences (CMA/DAPI bands). DNA content also allows clear differentiation of these species; G. coerulea has 2C = 11,30 pg and G. uruguaiensis has 2C = 16,88 pg. Gelasine elongata has a different base chromosome number than both former species (2n = 2x = 12) and a clearly bimodal karyotype. Its chromosomes are smaller which, consequently, reflects on the smaller genome size (2C = 3,45 pg). Furthermore, its CMA/DAPI band pattern is markedly simpler than the ones from the other two species, where the largest chromosome pair (pair I) contains the only CMA+ bands present in the secondary constriction region. Data obtained from G. elongata points out a larger resemblance between this species and two others belonging to Eleuthenine (2n = 2x = 12), which supports the phylogenetic data where G. elongata is separate from G. coerulea and groups with Eleutherine. Chromosome heteromorphism was not observed in Gelasine elongata nor in the two other investigated species, even though it had been reported for the first one. Data obtained from Gelasine with the use of CMA and DAPI fluorochromes, along with the other cytogenetic parameters investigated, allowed clear differentiation between species. Allied to a phylogenetic approach, these results can bring better understanding to the relations between these species and their evolution.