Meticillinresistent Staphylococcus aureus (MRSA) tillhör multiresistenta bakterier genom mecA-genen vars produkt orsakar resistens mot β-laktamantibiotika. Screening av MRSA i sjukvården sker ofta med kromogena medier som CHROMagar MRSA (C-MRSA). Målet med screeningen är att minska risk för smittspridning när ökad risk för bärarskap av MRSA kan förväntas. Det gäller exempelvis efter utlandsresa till land med hög MRSA-förekomst eller vid arbete där MRSA finns. Den nuvarande MRSA-screeningmetoden baseras på anrikning i en selektiv buljong innan odling på C-MRSA och efterföljande artidentifiering, genotypning samt resistensbestämning. Examensarbetets syfte var att utvärdera en metod för detektion av MRSA som utesluter den nuvarande selektiva anrikningbuljongen för att minska det laborativa arbetet och förkorta svarstid och därmed öka kostnadseffektiviteten. Godkänt resultat skulle vara samma eller ökad sensitivitet och specificitet jämfört med ordinarie metod. Metoder som användes var laboratoriets ordinarie metod för MRSA-screening samt en direkt metod utan anrikningsbuljong där prover från 318 konsekutiva kliniska screeningprover analyserades. Huvudsakligen var provtyperna från svalg, näsa och perineum. Ytterligare användes odling av MRSA i mono- och multikultur där provmaterialet var tre referensstammar respektive 50 kliniska MRSA-isolat. Den direkta metoden visade en lägre sensitivitet jämfört med ordinarie metod då endast 42,1% detekterades. Känsligheten var ökad efter två dygns inkubering (80%) och specificiteten var 100% oberoende inkuberingstid. MRSA-odlingen i både mono- och multikultur på C-MRSA uppvisade högst sensitivitet vid högre koncentrationer MRSA och längre inkubationstid jämfört med ordinarie metod. Baserat från resultaten från arbetet bör anrikningsbuljongen inte exkluderas utan vidare justering av metoden, genom exempelvis förändring av inkubationstid eller provvolym på C-MRSA.

The manual differential count of leukocytes is a common analysis in the hematological laboratory. It is used for morphological assessment of the blood cells and can get valuable information according to diagnosis of hematological diseases. The microscopy assessment is dependent of a good staining result of the blood smear in order to get the best conditions to differentiate the different cell types and detect morphological or pathological findings.The aim of this study was to determine if it was possible to change the staining method without any compromises to the quality of the staining results. For this study 25 whole blood samples were collected, and blood smears was made and stained with four different staining protocols, including the one currently used in the routine practice at laboratoriemedicin Sundsvall. The samples were examined by three biomedical scientists and the staining quality of the cells was graded on a four-point scale. The statistical results with Friedmans and Wilcoxons signed-rank test showed differences between the methods on the nuclear and cytoplasm of lymphocytes and the nuclear of monocytes and neutrophils. The recommended staining protocol from the manufacturer was the method that had highest frequency of statistically significant differences compared to the other methods for those cell types. The differences were in favour for the other methods, and the current method showed the best performance. In conclusion it’s not recommended to continue the study with the manufacturer´s staining protocol, but its valuable to continue compare the best performed staining protocols.

Chromogranin A (CgA) and its cleavage product Catestatin (CST) are two very interesting proteins, especially due to their possible involvement in the development of type 1 diabetes. There are currently only a few primary antibodies against CgA and CST, and the ones that do exist are often only recommended for use on one method. Recently though, two new multifunctional antibodies were released, which are said to function on multiple methods. The aim of this project was to validate these two antibodies, one being the Chromogranin A Polyclonal Antibody (PA5-35071) from Thermo Fischer Scientific and the other being the Catestatin Polyclonal Antibody (289-MM-0288) from MediMabs. The methods of validation for these antibodies were western blot, flow cytometry, and immunofluorescent staining of frozen tissue. All study material were from mice and the tissues were chosen due to their established expression of CgA and CST. The results show that the antibodies are highly appropriate for use on flow cytometry and immunofluorescent staining of frozen tissue. The most appropriate concentration for the CgA-antibody was deemed as 1:25 for both flow cytometry and immunofluorescent staining. The most appropriate concentrations for the CST-antibody were deemed as 1:800 for flow cytometry and 1:1000 for immunofluorescent staining. However, the antibodies could not be validated for use on western blot. Further investigations are needed to determine if the antibodies are functional in western blot analysis or not. The validation performed here is an important first step in studying the involvement of these proteins in type 1 diabetes onset.

En blodtransfusion kan rädda liv men det kan också avsluta ett liv om fel blodtransfunderas. En oförenlighet mellan mottagaren och blodgivaren kan leda tillimmunisering eller hemolytiska transfusionsreaktioner (HTR) med dödlig utgång. Viktigast att ta hänsyn till är A- och B-antigenen inom AB0-systemet och D-antigenet inom Rh-systemet då dessa kan orsaka stor skada. På grund av en stor variation hos D-antigenet, i form av svagt uttryck eller skadade epitop kan individer med vissa av dessa varianter immuniseras om de erhåller RhD-positiva erytrocyter. För att minska risken för immunisering av mottagaren används därför olika reagenser för att detektera D-antigenet beroende på om individen är mottagare eller blodgivare. Syftet med studien var att utvärdera bestämning av RhD-antigen vidblodgivargruppering i en kolonn innehållande anti-D som påvisar kategori VI genom direktagglutinationsteknik (DA), samt att jämföra med befintlig metod för påvisandet avsvaga och partiella D med indirekt antiglobulintest (IAT). Tanken var att minska antaletmanuella analyser med IAT. Blodgivargruppering utfördes på helblod från 50 nyregistrerade blodgivare i AB0/D gelkort med DA-teknik. De RhD-negativa proverna analyserades med IAT för konfirmering av negativa resultat samt påvisning av RhD-varianter. Resultaten med det nya anti-D reagenset visade något starkare reaktioner än med det nuvarande reagenset. Detta kan antyda att fler skulle kunna bestämmas som RhD-positiva utan att IAT behöver utföras. Studien ger för lite underlag för några konkreta slutsatser. Avslutningsvis föreligger det ett intresse ur patientsäkerhetssynpunkt att utföra en meromfattande studie för att på djupet utvärdera bestämning av RhD-antigen meddirektagglutinationsteknik. / Blood transfusion can save lives, but if incompatible blood is transfused it could lead to immunization or fatal haemolytic transfusion reactions. The ABO and the Rh systems are considered the most clinically relevant systems. There are several variants of RhD antigen and individuals expressing some of these variants can be immunized if they receive RhD positive erythrocytes. Therefore, to reduce the risk of immunization, different reagents are used to detect the D-antigen depending on whether the individual is a recipient or a blood donor. The aim to this study was to evaluate RhD phenotyping in blood donors using a new anti-D reagent that detects partial D category VI with direct agglutination technique and to compare with the current method for detecting weak or partial D. Could the number of manual tests for the D variant with indirect antiglobulin test be reduced? Anticoagulated whole blood from 50 newly registered blood donors were grouped with the AB0/D gel card and D-negative samples was further analyzed with indirect antiglobulin test for confirmation of negative results and detection of RhD variant. Thereactions with the new anti-D showed stronger results than those from current anti-D. The results may indicate that with the new anti-D, more tests could be typed D positive, without indirect antiglobulin test. There is not enough data for proper conclusions,but there is an interest in a more comprehensive study to evaluate the D phenotyping with direct agglutination technique in the aspect of patient safety.

Colorectal cancer is one of the deadliest cancer forms because of late detection. Biomarkers can be used as an indication of cancer and plays of late a great role in cancer care, there are however currently no specific biomarkers that can be used for early detection of colorectal cancer. The genes AGBL1, DCPS, PHYKPL and RUNX1 have been suggested to be affected in colorectal cancer and the aim of this study was to investigate the expression of these in patients with colorectal cancer to understand more about the mechanisms involved in cancerogenesis. The gene expression in colorectal tumors and normal tissue was analysed by real-time PCR. Immunohistochemistry and western blot were used to analyse the expression of phosphorylated RUNX1 protein. The gene DCPS was downregulated by half and PHYKPL was downregulated about five times. RUNX1 was upregulated three times in the tumors, however, any active RUNX1-protein could not be detected in the tissue. Further studies are needed on these genes to fully understand their potential role in the disease and as prognostic markers.

The complement components C3 and C4 are part of the complement system. The complement system has many tasks to perform in the body and consists of several proteins that all have unique tasks. C3 and C4 are examined, for example, if a deficiency is suspected, in the presence of autoimmune diseases or in the case of recurring bacterial infections. When verifying the analysis and after analyzing of external controls, it has been shown that the reference range is falsely high, especially for C3. The study therefore aimed to verify the analysis of C3 and C4 on Atellica NEPH 630 and establish a correct reference range for respective analysis. The method was verified by evaluating the precision of the method and by comparing the concentration of C3 and C4 measured on Cobas 6000 module C500 with the concentration measured on Atellica NEP 630. In addition, the reference intervals provided by Siemens were evaluated using samples from blood donors and from other healthy individuals. The verification began by performing quality controls on three different levels before analysis of samples. The coefficient of variation was less than 5 % for all control levels for both complement analysis. Reference values ​​for C3 were not in alliance with the reference values ​​provided by Siemens. A new proposed range for C3 is 0.48- 1.37 g/L, while the recommended range can be used for C4.

I december 2019 i Wuhan, Kina, blev en grupp personer infekterade av det nya viruset SARS-CoV-2 som inducerade sjukdomen COVID-19. Sjukdomen påverkar lungfunktionen och studier har visat att långvarig påverkan på lungfunktionen kan förekomma. Syftet med den aktuella studien var att undersöka långvariga effekter av COVID-19 på diffusionskapaciteten i lungorna. Studier som undersökte diffusionskapaciteten, mätt med kolmonoxid (DLCO), hos patienter minst 30 dagar efter insjuknande i COVID-19 samlades in och analyserades. Resultatet visade att en stor del av deltagarna hade DLCO <80% av det förväntade värdet. Det visade även att diffusionskapaciteten kan vara nedsatt upp till sex månader efter utskrivning från sjukhus. Då COVID-19 är en ny sjukdom var den aktuella studien begränsad av antalet studier inom området. Framtida studier bör undersöka effekterna av COVID-19 på lungfunktionen under ett längre tidsspann. Slutsatsen i den här litteraturstudien var att COVID-19 påverkar diffusionskapaciteten i lungorna. Långvariga nedsättningar i diffusionskapaciteten har, än så länge, kunnat påvisas upp till sex månader efter sjukdom. Allvarligt insjuknande i COVID-19 ökar risken för långvariga DLCO -nedsättningar.

Duplexultraljud av arteria carotis communis (CCA) och arteria carotis interna (ICA) utförs med ultraljud kombinerat med doppler för att bedöma kärlväggar samt flöden och hastigheter. Lumendiametern i CCA (CLD) är en markör för sjukdomar som ateroskleros, hjärtinfarkt och stroke. Syftet med studien var att undersöka om kroppsposition vid duplexultraljud av CCA och ICA påverkar lumendiameter (LD) och flödeshastighet i artärerna samt om det fanns någon korrelation till ålder och längd. I resultatet inkluderades 32 deltagare, vilka undersöktes bilateralt sittande i 45o och liggandes plant. För analys av data användes paired sample T-test. En signifikant skillnad i CLD påvisades mellan liggande och sittande på både höger (P=0,001) och vänster sida (P=0,011). Ingen signifikant skillnad påvisades i LD i ICA eller i flödeshastighet. En positiv korrelation identifierades mellan ålder och skillnad i vänster CLD (r=0,385; p=0,029). Två signifikanta korrelationer till längd identifierades, en med LD i vänster ICA (r=-0,431; p=0,014) och en med flödeshastighet i höger CCA (r=0,371; p=0,037). Skillnader i artärernas uppbyggnad och struktur kan vara anledningen till att skillnad sågs mellan liggande och sittande i CCA men inte i ICA. Då resultatet visar en signifikant minskning av CLD vid sittande bör detta kunna påverka riskbedömning, diagnostisering och behandling.

Vitamin D är den sammanlagda koncentrationen för metaboliterna vitamin D2 och vitamin D3 och är en tillförlitlig indikator gällande vitamin D-statusen i kroppen. Den huvudsakliga källan till vitamin D är bildandet av metaboliten vitamin D3 i huden med hjälp av ultraviolett B-ljus och vitaminet har bland annat en viktig roll för skelettets utveckling. Koncentrationen kalcidiol (25(OH) vitamin D) kan bestämmas till exempel med hjälp av elektrokemiluminiscens med kompetitiv inbindning. Mätprincipen har flera likheter med kemiluminiscens med den huvudsakliga skillnaden att elektrisk spänning används för att starta reaktionen.   När en analys ska flyttas från ett instrument till ett annat är det viktigt att verifiera att de är överensstämmande gällande bland annat precision. Syftet med projektet var att genomföra en metodjämförelse för analys av kalcidiol i serum (S-Kalcidiol) mellan instrumenten IDS-iSYS och Cobas E801 samt att genomföra en jämförelse av kontroller från företagen Roche Diagnostics och ThermoFisher Scientific och utifrån de erhållna resultaten avgöra vilka som var mest lämpliga att använda vid analys med Cobas E801. Kontrollerna från Roche Diagnostics är optimerade för analysen, men det vore fördelaktigt att kunna använda kontrollerna från ThermoFisher Scientific eftersom de även kan användas för flera andra analyser. Metodjämförelsen gjordes med hjälp av en inomserie- och totalimprecisionsstudie med en låg och en hög kontrollnivå från företagen Roche Diagnostics och ThermoFisher Scientific samt en korrelationsstudie med 20 stycken patientprover bestående av serum.  Inomserie- och totalimprecisionen resulterade i att Cobas E801 hade likvärdig precision med IDS-iSYS. Gällande kontrollerna var endast kontrollerna från Roche Diagnostics inom acceptansintervallen och är därmed lämpligast att använda. Korrelationsstudien resulterade i determinationskoefficienten 0,942, vilket tyder på ett tydligt linjärt samband. Studien visar dock att Cobas E801 har en större spridning när koncentrationen kalcidiol överstiger 50 nmol/L.  Utifrån de erhållna resultaten kan en flytt av analysen från IDS-iSYS till Cobas E801 genomföras för att effektivisera arbetsflödet.

Fouchet är specialiserad färgningsmetod för att påvisa gallpigment i leverpreparat. Fouchet-reagens innehåller järnklorid som oxiderar gult bilirubin till grönt biliverdin i närvaro av triklorättiksyra och ger en klar grön färg på leverns gallpigment. Ökad mängd gallpigment kan ses vid sjukdom som exempelvis vid hepatocellulär cancer. Syftet med arbetet var att utifrån befintliga protokoll optimera infärgning av bindväv och gallpigment i levervävnad med hjälp av manuell histopatologisk infärgning med Fouchet. För att diagnostisera leversjukdomar där ökat gallpigment förekommer nyttjas infärgning med Fouchet vid avdelningen för Klinisk patologi i Region Kalmar län och infärgningen var i behov av optimering. Vävnad från tarm och lever användes. Metoden optimerades genom förändringar av inkubationstiden med Fouchet-reagens och van Gieson-lösning samt genom tillsats av ren pikrinsyra. Bedömningskriterierna bestod av infärgning av bindväv, muskler och gallpigment samt utvärdering av kontrast mellan bindväv, muskler och gallpigment. Bedömningen av den infärgade vävnaden gjordes av legitimerad patolog. Resultatet visade att den mest optimala färgningsmetoden var infärgning i elva minuter Fouchet följt av tre minuter ren pikrinsyra samt två minuter van Gieson. Infärgningen gav bäst bakgrundsfärg och klarast infärgning av grönt gallpigment. Slutsatsen var att den nya manuella infärgningen med Fouchet samt extra pikrinsyra utan sköljning i destillerat vatten visade ett så pass bra resultat att metoden har potential att ersätta det nuvarande infärgningssprotokollet (ursprungligt färgningsprotokoll) vid avdelningen för Klinisk patologi i Region Kalmar län. / Fouchet dye specializes in detecting bile pigments in the liver. Fouchet-reagent contains iron chloride, which oxidizes yellow bilirubin to green biliverdin in the presence of trichloroacetic acid and gives a clear green color to the liver bile pigment. Increased amounts of bile pigments can be obtained in diseases such as hepatocellular cancers. The work aimed to optimize the staining of connective tissue and bile pigments in liver tissue based on existing protocols with the help of manual histopathological staining with Fouchet. Staining with Fouchet is used at the Clinical Pathology in Kalmar to diagnose liver diseases with bile pigment. Tissue was taken from the intestine and liver. The method was optimized by changes of incubation times of tissues stained with Fouchet reagent, van Gieson solution, and the addition of pure picric acid. Assessment criteria consisted of staining of connective tissue, muscles, and bile pigments and evaluation of contrast between connective tissue, muscles, and bile pigments. The assessment of the stained tissue was made by a licensed pathologist. Optimal results were obtained with eleven minutes Fouchet followed by three minutes picric acid and two minutes van Gieson. The best-stained liver tissue was based on a consistent background color and evidence of green bile pigment staining. The conclusion was that the new manual staining with Fouchet and extra picric acid without rinsing in distilled water showed such good results that the method can potentially replace the current staining protocol at Clinical Pathology in Kalmar.