Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Gradução em Aquicultura. / Made available in DSpace on 2012-10-21T03:17:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 193214.pdf: 1071568 bytes, checksum: c5bd87cc2cd81b721de2f5b5485be007 (MD5) / Este trabalho teve como objetivo estudar a distribuição e abundância de ovos e larvas de peixes em três sub-áreas do alto rio Uruguai, num trecho de 250 Km, avaliando sua distribuição sazonal, espacial longitudinal, espacial lateral, temporal, vertical e horizontal. As coletas foram realizadas no período de outubro de 2001 a março de 2002, durante dois ciclos nictemerais (48 horas) com intervalos de 6 horas entre as amostragens. Foram feitas coletas de fundo e de superfície, em ambas as margens e no meio do rio, utilizando-se redes de plâncton do tipo cônico-cilíndricas de malha 0,5mm. Durante todo o período de amostragem foram coletados um total de 52.422 ovos e 2.958 larvas, sendo que as maiores ocorrências foram verificadas entre os meses de novembro a janeiro. Houve maior abundância de ovos e larvas na parte inferior do trecho amostrado. Em relação à distribuição espacial lateral, a maioria das sub-áreas amostradas não apresentou diferenças estatísticas na concentração de ovos e de larvas entre rio principal e tributário. Quanto a variação nictemeral, a maioria das sub-áreas apresentou as maiores concentrações de ovos e larvas no horário noturno (P<0,05). A distribuição do ictioplâncton numa seção transversal dos rios - margens e meio, superfície e fundo - apresentou-se semelhante na maioria das sub-áreas, não apresentando diferenças estatísticas quanto aos parâmetros analisados.

Orientador: Manoel Victor Franco Lemos / Banca: Lucia Maria Carareto Alves / Banca: Vitor Fernandes Oliveira da Miranda / Banca: Cristina Lacerda Soares Petrarolha Silva / Banca: Renato Pariz Maluta / Resumo: Aminopeptidases N (APNs) são uma classe de ectoenzimas presentes no intestino médio das larvas de lepidópteros, que participa no cenário do modo de ação das toxinas Bacillus thuringiensis (Bt). No presente trabalho, duas aminopeptidases (OnAPN5 e OnAPN6) foram clonadas a partir células do intestino de Ostrinia nubilalis, lepidópteros praga do milho dos climas temperados. As duas sequências foram identificadas como APNs pela da presença dos motivos HEXXH18(X)E e GAMEM, bem como o peptídeo sinal. As mesmas se agruparam corretamente quando analisadas com outras sequências de aminopeptidase em uma arvore fenogenética, Pode-se verificar a expressão em tempo real em diferentes tecidos (intestinal, adiposo e tegumento) da APN5 e APN6 e também de uma terceira aminopeptidase APN7 analisada nesta etapa do trabalho, onde APN7 apresentou expressão de 7,5 vezes mais no tegumento quando comparado com o intestino e de 4,9 vezes mais no tecido adiposo quando comparado com o intestino enquanto que a APN5 e APN6 apresentaram expressão relevante apenas no tecido do intestino. Estas identificações de APNs irão facilitar estudos para caracterizar interações de ligação com as toxinas Bt, proporcionando uma forma de compreender e evitar o desenvolvimento da resistência às proteínas Cry de B. thuringiensis. Estas informações são fundamentais para a elaboração de estratégias adequadas para o manejo da resistência de pragas e seu efetivo controle / Abstract: Aminopeptidases N (APNs) are a class of ectoenzymes present in the midgut of lepidopteran larvae, which participates in setting the mode of action of Bacillus thuringiensis toxin (Bt). In this work, two aminopeptidases (OnAPN5 and OnAPN6) were cloned from cells of the intestine Ostrinia nubilalis, Lepidoptera pests of temperate maize. The two sequences were identified as APNs for the presence of motifs HEXXH18 (X) and E GAMEM as well as the signal peptide. The same when analyzed correctly grouped with other aminopeptidase sequences in a tree fenogenética, can check in real time the expression in different tissues (gut, adipose tissue and carcass) from APN5 and APN6 and also a third aminopeptidase analyzed in this step APN7 work, where APN7 showed expression of 7.5 times the carcass when compared with the intestine and 4.9 times in adipose tissue when compared with the intestine while APN5 and APN6 relevant only showed expression in tissue of the intestine. These IDs APNs will facilitate studies to characterize binding interactions with Bt toxins, providing a way to understand and prevent the development of resistance to Cry proteins of B. thuringiensis. This information is fundamental to the development of appropriate strategies for managing pest resistance and its effective control / Doutor

Orientador : Prof. Dr. Antonio Ostrensky / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Zootecnia. Defesa: Curitiba, 02/2016 / Inclui referências : f. 22-25;47-50 / Resumo: O lambari Astyanax altiparanae Garutti e Britski (2000) vem ganhando a atenção de pesquisadores, pois apresentam características biológicas consideradas ideais para sua utilização como espécie modelo em ensaios laboratoriais. Neste trabalho, o desenvolvimento inicial da espécie foi acompanhado sob três diferentes temperaturas, 20, 25 e 30ºC. O monitoramento foi realizado desde o exato momento da eclosão das larvas, de modo a se caracterizar os efeitos dessas temperaturas no desenvolvimento e na sobrevivência larval e pós-larval. Foram acompanhadas individualmente, 48 larvas para cada temperatura testada. Essas, por sua vez, foram obtidas por métodos de reprodução artificial, aplicados já nas respectivas temperaturas testadas. Reprodutores foram selecionados com base nas características de maturação sexual, como ventre abaulado e poro urogenital avermelhado para as fêmeas, e textura áspera (presença de espículas) na nadadeira anal dos machos. Após a indução hormonal, os reprodutores foram inseridos em um tanque rede instalado dentro de um aquário, onde, foram monitoradas as horas-grau decorridas desde a indução até a liberação dos ovos. Os ovos fertilizados então foram retirados aleatoriamente do sistema e transferidos individualmente para placas de cultivo celular, posteriormente alojadas em estufas verticais, com temperatura controlada para cada tratamento. O acompanhamento ontogenético foi registrados em horas pós-eclosão (hpe) e dias pós-eclosão (dpe). A fase larval e pós-larval foi dividida em quatro estágios (I - Larval-vitelino, II - Pré-flexão, III - Flexão da Notocorda, IV - Pós-flexão). Foram mensurados diariamente o comprimento total (CT), altura do corpo (HC1), comprimento da cabeça (CC), altura da cabeça (HC2), diâmetro dos olhos (DO), comprimento do saco vitelínico (CV), altura do saco vitelínico (HV) e volume da reserva vitelínica (V). Como resultado, observou-se grande variação na ocorrência dos eventos de ontogenia em função da temperatura. Quanto maior a temperatura, mais rápidos os processos de desenvolvimento, porém, maiores foram as taxas de crescimento alométrico. Nenhum dos indivíduos cultivados a 20ºC e 30ºC completaram o desenvolvimento pós-larval, sobrevivendo apenas até o estágio de pré-flexão (20ºC) e de flexão da notocorda (30ºC). Apenas na temperatura de 25ºC foi possível obter sobreviventes até o estágio de pós-flexão da notocorda, indicando ser essa a temperatura mais indicada para a utilização do A. altiparanae em estudos laboratoriais. Durante o período de ontogenia diversas metamorfoses foram observadas. O primeiro estágio de ontogenia (larval vitelino) de A. altiparanae em temperatura de 25ºC estendeu-se durante as primeiras 26 horas pós-eclosão (hpe) e durante este período observou-se a pigmentação dos olhos, o surgimento do tubo digestório, abertura anal e os animais passaram a apresentar movimentação constante. Com o inflamento da bexiga natatória tem início o estágio de pré-flexão, que se estendeu por até 230 hpe. Durante este estágio, foi observada a transição entre a alimentação endógena e a exógena, sendo a reserva vitelínica totalmente absorvida após 74 hpe (com os animais atingindo 4,17 ± 0,36 mm de CT). Após esse período, teve início o estágio de flexão da notocorda e da estruturação da nadadeira caudal, ocorrida entre o 11º e 13º dpe. O último estágio de desenvolvimento larval (pós-flexão), foi observada a segmentação completa dos raios das nadadeiras e o início do aparecimento das escamas (animais com 5,97 ± 0,65 de CT). O desenvolvimento ontogenético larval de A. altiparanae foi concluído após 22 dpe. Palavras chave: espécie modelo, flexão da notocorda, lambari, ontogenia / Abstract: The tetra Astyanax altiparanae Garutti & Britski (2000) has gained the attention of researchers, since they have biological characteristics considered ideal for its use as a model species in laboratory tests. In this work, the initial development of the species was accompanied under three different temperatures, 20, 25 and 30ºC. The monitoring was carried out from the moment of hatching larvae in order to characterize the effects of temperature on development and larval survival and post-larval. They were individually monitored, 48 larvae for each tested temperature. These, in turn, were obtained by artificial breeding methods already applied in the respective temperatures tested. Players were selected based on the sexual maturation of features like bulging belly and pore reddish urogenital for females, and rough texture (presence of spikes) on the anal fin of males. After induction, the players were entered into a network tank installed inside an aquarium, where the time-elapsed degree from induction to the release of eggs were monitored. The fertilized eggs were then removed from the system at random and individually transferred to cell culture plates subsequently housed in vertical ovens with temperature control for each treatment. The ontogenetic monitoring was recorded in post-hatching hours (hpe) and post-hatching day (dpe). The larval and post-larval was divided into four stages (I - Larval-yolk II - Pre-bending, III - bending of the notochord, IV - Post-bending). daily were measured the total length (TL), body height (HC1), head length (CC), head height (HC2), hole diameter (OD), length of the yolk sac (CV), the yolk sac height (HV) and yolk reserve volume (V). As a result, there was great variation in the occurrence of events ontogeny as a function of temperature. The higher the temperature, the faster the development processes, however, were larger allometric growth rates. None of the individuals grown at 20ºC and 30ºC completed the post-larval development, surviving only to the pre-bending stage (20ºC) and bending of the notochord (30ºC). Only the temperature of 25ºC was possible to get survivors to post-bending stage of the notochord, indicating that this is the temperature most suitable for the use of A. altiparanae in laboratory studies. During ontogeny period several metamorphoses were observed. The first stage of ontogeny (yolk sac larvae) A. altiparanae at 25ºC is reached during the first 26 hours after hatching (hpe) and during this period was observed pigmentation of the eyes, the appearance of the digestive tract opening anal and animals began to show steady drive. With inflating the swim bladder starts the pre-bending stage, which lasted until 230 hpe. During this stage, the transition between endogenous and exogenous power was observed, the yolk reserve being completely absorbed after 74 hpe (with animals reaching 4.17 ± 0.36 mm CT). After that period, began the bending stage of the notochord and the structure of the caudal fin, which took place between 11 and 13 dpe. The last larval stage of development (after bending) was observed complete segmentation of the fin rays and early onset of scales (animals 5.97 ± 0.65 TC). The larval ontogeny of A. altiparanae was completed after 22 dpe. Keywords: bending of the notochord, model species, ontogeny, tetra

Orientador: Wagner Cotroni Valenti / Banca: Maria Célia Portella / Banca: Daniel Lemos / Banca: Helenice Pereira de Barros / Banca: Renata Biagi Garcia / Resumo: Foi estudada a alimentação de larvas de Macrobrachium amazonicum, tendo sido avaliados a ingestão de náuplios de Artemia em diferentes estágios larvais, a caracterização do consumo dos náuplios de Artemia nos períodos diurno e noturno; a substituição da Artemia por dieta inerte, e o impacto da coloração dos tanques de cultivo sobre o consumo de náuplios, sobrevivência e produtividade. No experimento 1 foi determinada a densidade de náuplios de Artemia (NA) para larvas de M. amazonicum. Foram testadas as concentrações 2, 4, 6, 8, 10 e 12 NA/mL. O consumo variou em função da densidade náuplios (p = 0,0001), dos estágios larvais (p = 0,0001) e foi verificada interação entre os dois fatores (p = 0,0001). O consumo não diferiu estatisticamente nos estágios II e IV em nenhuma densidade de náuplios. Os estágios III e VI-VII apresentaram consumo bem mais alto que os demais. Nos estágios V, VIII e IX o consumo de náuplios não diferiu entre as densidades 2 e 4 NA/mL, mas esse grupo diferiu significativamente nas densidades 10 e 12 NA/mL. As larvas nos estágios VI-VII não apresentaram saciedade, ou a disponibilidade foi inferior às suas necessidades. São necessários estudos futuros para verificar se as larvas de M. amazonicum apresentam saciedade ou "alimentação supérflua" (oportunista). No experimento 2, foi verificado o consumo de náuplios de Artemia nos períodos diurno e noturno. Seis tanques receberam a quantidade diária total de náuplios de Artemia (4 - 12 NA/ dia) às 20:00 h (ADSR) e os outros seis receberam a metade da quantidade anterior às 20:00 h e, às 8:00 h do dia seguinte, foi reposta a quantidade de náuplios consumida durante a noite (BDCR). Observou-se que as larvas se alimentam durante o dia e à noite, mas a maior taxa de ingestão ocorre no período diurno ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The feeding pattern of Macrobrachium amazonicum larvae was studied with analysis of: the ingestion of Artemia nauplii in different stages of larval development; characterization of the consumption of Artemia nauplii during diurnal and nocturnal periods; the substitution of Artemia with an inert diet; the impact of cultivation tank color on the consumption of nauplii, survival and productivity. In the first experiment, the density of Artemia nauplii (NA) to M amazonicum larvae was determined. Concentrations of 2, 4, 6, 8, 10 and 12 NA/mL were tested. Consumption varied in function of nauplii density (p = 0,0001), larval stage (p = 0,0001) and interaction between both factors was ascertained (p = 0,0001) No statistical difference in consumption was found for stages II and IV for any nauplii density. In stages V, VIII and IX nauplii consumption did not differ between densities 2 and 4 NA/mL but differed significantly in densities 10 and 12 NA/mL. Stage VI-VII larvae did not present satiety, or availability was inferior to their necessity. Further studies are necessary to verify whether M. amazonicum larvae demonstrate satiety or "superfluous feeding" (opportunistic). In the second experiment, diurnal and nocturnal consumption of Artemia nauplii was verified. Six tanks received the total quantity of Artemia nauplii daily (4 - 12 NA/day) at 20:00h. (ADSR) while another six tanks received half the previous quantity at 20:00h and at 8:00 the following day the quantity of nauplii consumed during the night (BDCR) was replaced. It was observed that the larvae fed both day and night, but presented a higher diurnal feeding rate. During the day, the feeding rate was similar for ADSR and BDCR, demonstrating that swimming behavior and visual perspicacity compensated the difference in nauplii density. At night the higher density on offer (ADSR) resulted in the ingestion of nauplii ...(Complete abstract, click electronic access below) / Doutor

Orientador: Laura Satiko Okada Nakaghi / Banca: Hugo Pereira Godinho / Banca: Alexandre Ninhaus Silveira / Resumo: O objetivo deste estudo foi caracterizar o desenvolvimento embrionário e larval do Zungaro jahu, peixe nativo do Brasil, conhecido popularmente como jaú, pertencente à ordem Siluriforme e ameaçado de extinção. As coletas foram realizadas na Usina Hidrelétrica Engenheiro Souza Dias - Jupiá (CESP - Castilho,SP). As amostras foram coletadas em tempos pré-determinados da extrusão até à absorção total do vitelo, e destinadas ao processamento para análise em microscopia de luz, eletrônica de varredura e transmissão. O desenvolvimento embrionário do Z. jahu foi dividido em 7 estágios: zigoto, clivagem, mórula, blástula, gástrula, organogênese e eclosão. Durante o período larval observou-se o desenvolvimento dos principais órgãos, dentre eles: órgãos do sistema digestório, coração, arcos branquiais, sistema nervoso/sensorial, tireóide, pronefro e bexiga gasosa. Os ovos na extrusão apresentaram diâmetro médio de 1,38±0,06 mm, e as larvas eclodidas 3,79±0,11 mm. Os ovócitos e ovos, após a fertilização, apresentaram formato discóide, coloração amarela e uma única micrópila. Aos 10 min pós-fertilização (mpf) houve diferenciação dos pólos animal e vegetativo. A formação da célula-ovo ocorreu aos 15 mpf. Dos 20 aos 75 mpf ocorreram sucessivas clivagens até a fase de mórula observada entre 90 e 105 mpf. Em seguida identificaram-se as fases de blástula e gástrula, com 120 e 180 mpf, respectivamente. O final da fase de gástrula, 360 mpf, caracterizou-se pela formação do tampão vitelino. A partir disso, iniciou-se a diferenciação das regiões cefálica e caudal, o alongamento do embrião, culminando na eclosão de larvas transparentes com pontos de pigmentação após 780 mpf. A absorção total do vitelo foi observada com 60 horas pós-eclosão (hpe) a uma temperatura média de 28,75±0,59 °C. ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to describe the early embrionary and larval development of Zungaro jahu, a Brazilian fish, commonly known as Jaú belonging to Siluriform Order and in danger of extinction. The collections were carried out at the Usina Hidrelétrica Engenheiro Souza Dias - Jupiá (CESP - Castilho/SP). The samples were collected in pre-established times at eggs extrusion until the yolk absorption and processed to analysis by light, scanning and transmission electron microscopy. Early embrionary development of Z. jahu was divided in seven stages: zygote, cleavage, morula, blastula, gastrula, organogenesis and hatching. During the larval period the main organs development was noted: digestive tract, heart, gills arches, nervous/sensorial systems, thyroid, kidney and swim bladder. The eggs dimensions in average diameters at extrusion were 1.38±0.06 mm and the larvae were 3.79±0.11 mm. The fertilized oocytes and eggs presented a discoid shape, yellowish colour and a single micropyle. At 10 minutes after fertilization (maf) there was the differentiation of animal and vegetative poles. The egg cell formation occurred at 15 maf. At 20 to 75 maf occurred successive cleavages until morula phase seen at 90 and 105 maf. Then blastula and the gastrula phases were identified at 120 and 180 maf, respectively. The end of gastrula phase at 360 maf was characterized by formation of the yolk plug. From this there was the differentiation of cephalic and caudal regions, embryo elongation, ending in the hatching of transparent larvae with pigmentation sites at 780 maf. The total yolk absorption was noted at 60 hours after hatching (hah) to an average temperature of 28.75±0.59 ºC. The newly hatched larvae presented a rudimentary digestive tract, developed eyes and first swimming movements. The mouth opening ...(Complete abstract click electronic access below) / Mestre

O termo proteoformas refere-se a todas as formas moleculares na qual variantes proteicas codificadas por um único gene podem ser encontradas, incluindo mudanças devido a variação genética, splicing alternativo e modificações cotraducionais e póstraducionais (MCTs e MPTs, respectivamente). Em Echinococcus granulosus, o agente causador da hidatidose cística, a caracterização de proteoformas ainda não foi sistematicamente abordada e pode revelar mecanimos moleculares relevantes para o estabelecimento do parasito nos hospedeiros intermediários. A caracterização tanto de proteoformas da frutose-bifosfato-aldolase (FBA) e enolase, potencialmente moonlighting, como de outras proteoformas expressas em frações subcelulares do estágio larval deste parasito foi realizada. Em relação às enzimas glicolíticas, várias evidências indicam a EgFBA1 e a EgEno1 como sendo proteínas moonlighting: (i) as localizações não usuais destas proteínas no tegumento de protoescólices e em produtos de excreção/secreção (ES) in vivo (líquido hidático) e in vitro; (ii) características estruturais destas proteínas, com destaque para a identificação de um sítio de ligação à F-actina na estrutura da EgFBA1; (iii) a habilidade destas proteínas de interagirem com várias proteínas não relacionadas à glicólise. Em relação ao repertório de proteínas expressas em frações subcelulares, frações nucleares e citosólicas de protoescólices de E. granulosus foram analisadas através de proteômica top down e bottom up. De modo geral, 525 proteínas foram identificadas, sendo 224 e 156 proteínas exclusivamente detectadas em frações nucleares e citosólicas, respectivamente. Além da identificação de proteínas, nossa abordagem de proteômica top down também permitiu a caracterização de MCTs e MPTs, destacando a excisão da metionina N-terminal e a acetilação N-terminal como modificações conservadas nas proteínas de E. granulosus. Nossos resultados representam as primeiras evidências de funções alternativas realizadas por enzimas glicolíticas em E. granulosus e sugerem que proteínas multifuncionais devem desempenhar papéis importantes na interação parasitohospedeiro. Os proteomas nuclear e citosólico de protoescólices também foram descritos, revelando novos aspectos da biologia do parasito, incluindo proteoformas com MCTs e MPTs, as quais devem desempenhar papéis críticos na regulação de processos celulares deste parasito. / The term proteoforms refers to all molecular forms in which the protein product of a single gene can be found, including changes due to genetic variation, alternatively spliced RNA transcripts and co-translational and post-translational modifications (CTMs and PTMs, respectively). In Echinococcus granulosus, the causative agent of hydatid disease, the characterization of proteoforms has never been systematically addressed and it may reveal molecular mechanisms underlying the parasite biology. Here, the characterization of fructose-bisphosphate aldolase (FBA) and enolase proteoforms, potentially moonlighting, and also, the identification and characterization of proteoforms expressed in subcellular fractions of E. granulosus larval stage were performed. In relation to the glycolytic enzymes, several evidences indicate EgFBA1 and EgEno1 as moonlighting proteins: (i) their unusual locations in protoscolex tegument and in in vivo (hydatid fluid) and in vitro excretory/secretory (ES) products; (ii) their structural features, highlighting the F-actin binding site in the EgFBA1 structure; (iii) their ability to interact with several proteins non-related to glycolysis. In relation to the repertoire of proteins expressed in subcellular fractions, nuclear and cytosolic fractions from E. granulosus protoscoleces were analyzed by top down and bottom up proteomics for protein identification and characterization. Altogether, 525 proteins were identified, with 224 and 156 proteins exclusively detected in nuclear and cytoplasmic fractions, respectively. Besides protein identification, our top down approach also provided CTMs and PTMs characterization, highlighting N-terminal methionine excision and N-terminal acetylation as conserved modifications in E. granulosus proteins. Overall, our results provided the first experimental evidences of alternative functions performed by glycolytic enzymes in E. granulosus and suggested that multifunctional proteins might play important roles in hostparasite interplay. We also provided the description of nuclear and cytosolic proteomes which revealed new aspects of parasite biology, highlighting proteoforms with CTMs and PTMS which might be playing critical roles in regulating cellular processes occurring in this parasite species.

O termo proteoformas refere-se a todas as formas moleculares na qual variantes proteicas codificadas por um único gene podem ser encontradas, incluindo mudanças devido a variação genética, splicing alternativo e modificações cotraducionais e póstraducionais (MCTs e MPTs, respectivamente). Em Echinococcus granulosus, o agente causador da hidatidose cística, a caracterização de proteoformas ainda não foi sistematicamente abordada e pode revelar mecanimos moleculares relevantes para o estabelecimento do parasito nos hospedeiros intermediários. A caracterização tanto de proteoformas da frutose-bifosfato-aldolase (FBA) e enolase, potencialmente moonlighting, como de outras proteoformas expressas em frações subcelulares do estágio larval deste parasito foi realizada. Em relação às enzimas glicolíticas, várias evidências indicam a EgFBA1 e a EgEno1 como sendo proteínas moonlighting: (i) as localizações não usuais destas proteínas no tegumento de protoescólices e em produtos de excreção/secreção (ES) in vivo (líquido hidático) e in vitro; (ii) características estruturais destas proteínas, com destaque para a identificação de um sítio de ligação à F-actina na estrutura da EgFBA1; (iii) a habilidade destas proteínas de interagirem com várias proteínas não relacionadas à glicólise. Em relação ao repertório de proteínas expressas em frações subcelulares, frações nucleares e citosólicas de protoescólices de E. granulosus foram analisadas através de proteômica top down e bottom up. De modo geral, 525 proteínas foram identificadas, sendo 224 e 156 proteínas exclusivamente detectadas em frações nucleares e citosólicas, respectivamente. Além da identificação de proteínas, nossa abordagem de proteômica top down também permitiu a caracterização de MCTs e MPTs, destacando a excisão da metionina N-terminal e a acetilação N-terminal como modificações conservadas nas proteínas de E. granulosus. Nossos resultados representam as primeiras evidências de funções alternativas realizadas por enzimas glicolíticas em E. granulosus e sugerem que proteínas multifuncionais devem desempenhar papéis importantes na interação parasitohospedeiro. Os proteomas nuclear e citosólico de protoescólices também foram descritos, revelando novos aspectos da biologia do parasito, incluindo proteoformas com MCTs e MPTs, as quais devem desempenhar papéis críticos na regulação de processos celulares deste parasito. / The term proteoforms refers to all molecular forms in which the protein product of a single gene can be found, including changes due to genetic variation, alternatively spliced RNA transcripts and co-translational and post-translational modifications (CTMs and PTMs, respectively). In Echinococcus granulosus, the causative agent of hydatid disease, the characterization of proteoforms has never been systematically addressed and it may reveal molecular mechanisms underlying the parasite biology. Here, the characterization of fructose-bisphosphate aldolase (FBA) and enolase proteoforms, potentially moonlighting, and also, the identification and characterization of proteoforms expressed in subcellular fractions of E. granulosus larval stage were performed. In relation to the glycolytic enzymes, several evidences indicate EgFBA1 and EgEno1 as moonlighting proteins: (i) their unusual locations in protoscolex tegument and in in vivo (hydatid fluid) and in vitro excretory/secretory (ES) products; (ii) their structural features, highlighting the F-actin binding site in the EgFBA1 structure; (iii) their ability to interact with several proteins non-related to glycolysis. In relation to the repertoire of proteins expressed in subcellular fractions, nuclear and cytosolic fractions from E. granulosus protoscoleces were analyzed by top down and bottom up proteomics for protein identification and characterization. Altogether, 525 proteins were identified, with 224 and 156 proteins exclusively detected in nuclear and cytoplasmic fractions, respectively. Besides protein identification, our top down approach also provided CTMs and PTMs characterization, highlighting N-terminal methionine excision and N-terminal acetylation as conserved modifications in E. granulosus proteins. Overall, our results provided the first experimental evidences of alternative functions performed by glycolytic enzymes in E. granulosus and suggested that multifunctional proteins might play important roles in hostparasite interplay. We also provided the description of nuclear and cytosolic proteomes which revealed new aspects of parasite biology, highlighting proteoforms with CTMs and PTMS which might be playing critical roles in regulating cellular processes occurring in this parasite species.

Submitted by Inácio de Oliveira Lima Neto (inacio.neto@inpa.gov.br) on 2018-10-01T14:15:53Z No. of bitstreams: 2 Gabrielle_ Jorge_ de_Melo.pdf: 13456496 bytes, checksum: a90317641899c1b7ad2615d20cece8a6 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-01T14:15:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Gabrielle_ Jorge_ de_Melo.pdf: 13456496 bytes, checksum: a90317641899c1b7ad2615d20cece8a6 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-05-30 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Despite the large volume of knowledge available on Coleoptera, Scirtidae is a family that still lacks taxonomic, biological and ecological studies. The objectives of this work were to obtain taxonomic and biological information on immatures and adults of Scirtidae, in the state of Amazonas. Three genera of this family (Contacyphon Gozis, Ora Clark and Scirtes Illiger) were recorded for the first time in the brazilian Amazon, and three species: Ora bivittata Pic, 1922, Ora depressa (Fabricuis, 1801) and Ora semibrunnea Pic, 1922. In addition, nine morphotypes (eight from Scirtes and one from Contacyphon) were identified, it was not possible to identify the species or to determine if these morphotypes represent new species for Science because the descriptions of the species are incomplete and because it is impossible to examine the species types of these genera. All morphotypes were described and, for the majority, larvae were associated with adults by breeding under laboratory conditions. Biological and habitat information of each species / morphotype were obtained; lasvas were collected in streams and temporary pools (associated with foliage), lakes (associated with macrophytes, submerged trunks and kinon) and phytotelmatas (bromeliads, wild-banana, bracts and fallen palm leaves). Information on the geographical distribution of the species was presented and maps of distribution of the species / morphotypes in the state of Amazonas were elaborated. Larva and pupae of O. semibrunnea were first described and biological information about this species with the first aquatic pupa record in the genus were presented. / Apesar do grande volume de conhecimento disponível sobre Coleoptera, Scirtidae ainda é uma família que carece de estudos taxonômicos, biológicos e ecológicos. Os objetivos deste trabalho foram obter informações taxonômicas e biológicas sobre imaturos e adultos de Scirtidae, no estado do Amazonas. Foram registrados pela primeira vez na Amazônia brasileira, três gêneros dessa família (Contacyphon Gozis, Ora Clark e Scirtes Illiger) e três espécies: Ora bivittata Pic, 1922, Ora depressa (Fabricuis, 1801) e Ora semibrunnea Pic, 1922. Adicionalmente, nove morfótipos (oito de Scirtes e um de Contacyphon) foram identificados, não foi possível identificar as espécies ou determinar se esses morfótipos representam novas espécies para a ciência pelo fato das descrições das espécies serem incompletas e pela impossibilidade de examinar os tipos de espécies desses gêneros. Todos os morfótipos foram descritos e, para a maioria, larva foi associada aos adultos por meio de criação em condições de laboratório. Informações biológicas e sobre o habitat de cada espécie/morfótipo foram obtidas; lasvas foram coletadas em igarapés e poças temporárias (associdas ao folhiço), lagos (associadas à macrófitas, troncos submersos e kínon) e fitotelmatas (bromélias, bananeiras-bravas-do-mato, brácteas e folhas de palmeira caídas). Informações sobre a distribuição geográfica das espécies foram apresentadas e mapas de distribuição das espécies/morfótipos no estado do Amazonas foram elaborados. Larva e pupa de O. semibrunnea foram descritas pela primeira vez e, informações biológicas sobre essa espécie, com o primeiro registro de pupa aquática no gênero, foram apresentadas.

This study doubles the known diversity of nemertean species in one region along the northeast Pacific coast by utilizing the often over-looked larval life-history stage. Prior to this work, the nemertean fauna in this region was believed to be well described; however, previous assessments were based on adult life-history stages only and significantly underestimated the real diversity. With this dissertation, we update what is known about nemertean diversity and expand upon this “life-history” approach to describe new species, identify and describe larval forms, and speculate on the phylogenetic relevance of nemertean larvae. A considerable amount of new diversity takes the form of cryptic species complexes, where existing descriptions include characteristics of several species. Micrura alaskensis, a common intertidal nemertean and an emerging model system for developmental studies, existed as a species complex consisting of five species. In this dissertation we designate a new genus, re-describe M. alaskensis, and describe four new species in this complex. In doing so we make accurate identification possible for future comparative research. The complete development of few nemertean species was known before this project began, thus few species could be identified as larvae. We have identified over 30 nemertean larvae using both embryological and DNA barcoding approaches in this work. Intriguingly, many wild-caught larvae could not be matched to species previously reported from this region and instead contribute to previously unknown diversity. This new diversity includes species previously reported only from distant geographic regions as well as species new to science. The first record of a hubrechtid on the west coast of North America and the identification of two new species in the currently monotypic genus Riserius were revealed in larval assessments. Aside from increasing known species-level diversity, we revealed novel larval types. Barcoding larvae allowed us to place larval morphotypes into a phylogenetic context and identify potentially useful larval synapomorphies for nemertean phylogenies. Our results emphasize the importance of a life-history approach to biodiversity assessments for all species with biphasic life-cycles. This dissertation includes published and unpublished co-authored material.

Orientador: Elizabeth Romagosa / Banca: Sérgio de Medeiros Ferraz / Banca: Sérgio Ricardo Batlouni / Resumo: Estudos para produção de formas jovens de peixes são fundamentais para o desenvolvimento da piscicultura e o manejo das populações naturais. Leporinus agassizii é apreciado nas distintas modalidades de pesca (comercial, artesanal, ornamental e esportiva), além de apresentar características desejáveis para a criação. Objetivou-se descrever o desenvolvimento embrionário e a densidade de estocagem de larvas do aracu-riscado, L. agassizii. Reprodutores foram submetidos a reprodução induzida por hipofisação, com a temperatura da água a 28,6 ± 0,7ºC, no Centro de Capacitação e Produção de Alevinos, pertencente ao Instituto Federal de Educação Ciência e Tecnologia, São Gabriel da Cachoeira, Amazonas, Brasil, no mês de setembro de 2014. Logo após a fertilização, os ovos foram mantidos em incubadoras (60L), com a temperatura média da água de 28,4 ± 0,7 ºC. Coletaram-se amostras de ovos em intervalos de 10 min, durante as primeiras três horas pós-fertilização (PF) e, posteriormente, em intervalos de 30min até a eclosão das larvas, para observação em estereomicroscópio equipado com câmera CMOS digital colorida, 10.0 MP e software para captura e análise de imagens (ISCapture). O efeito da densidade de estocagem de larvas do L. agassizii foi avaliado ao longo do 4º e 14º dias após a eclosão (DAE). Foram utilizadas 3600 larvas no 4º DAE, encontrando-se estas com o saco vitelínico totalmente absorvido, boca aberta e mantidas em jejum. As larvas foram submetidas às densidades de 5 (D5), 15 (D15) e 25 (D25) larvas.L-1, em caixas de polietileno (0,63 x 0,45 x 0,32 m), com 20 L de água. Utilizou-se um delineamento inteiramente casualizado com quatro repetições. As larvas foram alimentadas seis vezes ao dia, sendo cada refeição composta por náuplios de Artemia, na proporção 50 náuplios.larva-1 (4º ao 6º DAE), 100 (7º ao 9º DAE), 200 (10° ao 11º DAE) e 400 (12º ao 13º DAE) e por ração... / Abstract: Studies for the production of young fish shapes are key to the development of fish farming and the management of natural populations. Leporinus agassizii is appreciated in the different fishing methods (commercial, craft, ornamental and sports), and present desirable features for creation. This study aimed to describe the embryonic and larval stocking density of aracu-riscado, L. agassizii. Players underwent reproduction induced hypophysation, with the water temperature at 28.6±0.7 °C, the Centro de Capacitação e Produção de Alevinos belonging to the Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia, São Gabriel da Cachoeira, Amazonas, Brazil, in September 2014. After fertilization, the eggs were kept in incubators (60 Litre), with the average water temperature of 28.4±0.7 °C. Samples were collected 10 min intervals on eggs during the first three hours after fertilization (AF) and thereafter at intervals of 30 minutes until the outbreak of the larvae, for observation in stereo equipped with digital color CMOS camera, 10.0 MP and software to capture and analyze images (ISCapture). The effect of larval stocking density of L. agassizii was assessed over 4th and 14th days after hatching (DAH). 3600 larvae were used in the 4th DAH, meeting these with the yolk sac fully absorbed, mouth open and fasted. The effect of larval stocking density of L. agassizii was assessed over 4th and 14th (DAH). 3600 larvae were used in the 4th DAH, meeting these with the yolk sac fully absorbed, mouth open and fasted. The larvae were subjected to density of 5 (D5), 15 (D15) and 25 (D25) larvas.L-1, in polyethylene boxes (0.63 x 0.45 x 0.32 m) with 20 Litre of water. We used a completely randomized design with four replications. The larvae were fed six times a day, each meal consisting of Artemia in the proportion 50 náuplios.larva-1 (4th to 6th DAH), 100 (7th to 9th DAH), 200 (10th to 11th DAH) and 400 (12th to 13th DAH) and commercial diet ... / Mestre