Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

L’étude des organismes vivants, la biologie, s’étend sur de nombreux domaines et notamment s’applique à comprendre le fonctionnement des êtres vivants. Les organismes les plus complexes comme les êtres Humains possèdent plusieurs niveaux d’organisation : ils sont constitués successivement d’organes, de tissus, de cellules, de biomolécules. On trouve plusieurs types de biomolécules dont les protéines, qui sont comme des minuscules outils qui permettent aux cellules de vivre et d’interagir avec leur environnement. Pour cela, les protéines doivent entrer en contact les unes avec les autres de manière très précise et déterminée. Cette thèse teste l’existence de forces électrodynamiques de longue portée qui leur permettraient d’interagir de manière rapide et guidée, via l’étude de l’absorption ou l’émission de ce type d’onde par des protéines, puis la diffusion de ces protéines en solution pour observer leur comportement. / The study of living organisms, biology, extends over many fields and in particular, applies to understanding the functioning of living beings. The most complex organisms, such as human beings, have several levels of organization: they are made up successively of organs, tissues, cells, and biomolecules. There are several types of biomolecules including proteins, which are like tiny tools that allow cells to live and interact with their environment. To do this, proteins must come into contact with each other in a very precise and determined way. This thesis tests the existence of long-range electrodynamic forces which would allow them to interact in a rapid and guided way, by studying the absorption or emission of this type of wave by proteins, then the diffusion of these proteins in solution to observe their behavior.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

L'objet de ce travail est l'élaboration d'une méthode permettant d'obtenir<br />des informations géodynamiques à partir des variations à longues périodes<br />du mouvement du satellite artificiel. Les phénomènes à courtes périodes<br />sont parfois difficiles à modéliser précisément, et sont toujours<br />à l'origine de difficultés numériques lors de l'intégration du sytème différentiel du mouvement sur de longues périodes de temps. C'est pourquoi nous proposons d'étudier directement la partie du mouvement ne contenant pas de variations à courtes périodes (périodes inférieures à 1 jour).<br /> Dans l'évolution des variables qui décrivent le mouvement du satellite, il est possible de séparer artificiellement les variations à courtes périodes et les variations à longues périodes (y compris les variations séculaires). Ces dernières décrivent un mouvement fictif que nous désignons par mouvement moyen centré. Nous donnons un algorithme permettant de construire le système différentiel décrivant le mouvement moyen centré par transformation analytique du système initial. Pour la plupart des perturbations, nous avons pu utiliser le formalisme hamiltonien et la théorie des transformations canoniques par méthode de Lie. Nous avons ainsi traité les perturbations dues au potentiel terrestre, à un troisième corps (Lune, Soleil, planétes), aux marées terrestres et océaniques. Cela a nécessité des calculs algébriques très volumineux que nous avons réalisés à l'aide d'un manipulateur de séries.<br />Le système différentiel moyen obtenu peut être intégré numériquement avec un très grand pas de calcul (environ 12 heures au lieu de quelques minutes pour le sytème initial). Le temps de calcul est ainsi divisé par un facteur supérieur à 10 (le gain diffère selon les perturbations) et les erreurs numériques sont insignifiantes. Des calculs précis sur des arcs continus de plusieurs dizaines d'années deviennent alors beaucoup plus accessibles. Les résultats issus de l'intégration peuvent être comparés à des observations<br />convenablement prétraitées. Des observations simulées nous ont permis<br />de valider la méthode.

Au cours de la période des longues années soixante, le Royaume-Uni fut traversé par un cycle de contestation lors duquel différents groupes de militants firent valoir un large éventail de revendications. Un certain nombre de similarités peut être observé dans leurs idéologies, leurs tactiques et leurs symboles, comme par exemple leur volonté de lutter pour leur « libération » de « l’oppression » impérialiste, paternaliste, raciste, sexiste, homophobe ou même de délivrer les animaux de la domination humaine. Ces similitudes suscitent logiquement de nombreuses questions, notamment les suivantes : comment expliquer ces parallèles ? Quels sont les liens qui ont rendu possible la diffusion de ces éléments ? Dans quelle mesure la diffusion a-t-elle contribué à l’évolution de la contestation dans les longues années soixante au Royaume-Uni ? Afin d’y répondre, cette thèse s’efforcera d’analyser séparément les différents mouvements sociaux de la période, en accordant une importance particulière à leurs interactions et à leurs rôles au sein du cycle. En fournissant un modèle aux groupes de militants qui l’adaptent ensuite à leur propre cause, les processus de diffusion viennent nourrir et amplifier la dynamique protestataire. Il ne s’agit donc pas d’un simple phénomène de mimétisme, mais d’un procédé créatif témoignant d’activités complexes de construction du sens. Le choix de la source d’inspiration est également très significatif, d’autant plus que celle-ci peut se situer dans un autre pays ou une autre époque. Ainsi, il conviendra de démontrer que la diffusion peut opérer de manière diachronique au sein d’un même territoire, comme de manière synchronique lorsque les militants jettent leur dévolu sur un mouvement aux revendications différentes ou ayant lieu à l’étranger. / During the Long Sixties, the United Kingdom witnessed the rise of a protest cycle allowing various groups of activists to press for a wide array of claims. A number of similarities can be observed in their ideologies, tactics and symbols, such as their willingness to fight for their “liberation” from “oppression”, be it imperialist, paternalistic, racist, sexist, homophobic or even to free animals from human domination. These analogies raise a number of questions, notably: how can these parallels be explained? What are the links that enabled the diffusion of these elements? To what extent did diffusion processes contribute to the evolution of protest during the Long Sixties in the United Kingdom? To answer these questions, this thesis will analyse the social movements of the period separately, whilst paying particular attention to their interactions with one another and their role within the protest cycle. By providing other groups of activists with a model that they can adapt to their own cause, diffusion processes can swell and escalate the dynamics of contention. Hence, they differ from pure mimicry; they show how meaning is carefully constructed through creative adaptations. The choice of a particular source of inspiration is also very significant, especially when it can be traced back to another era or country. Therefore, it will be demonstrated that diffusion can occur both diachronically within national boundaries or synchronically between movements making different claims or taking place in a different country.

Etude physique des ondes longues. Origine du système de Saint Venant. Résolution numérique par une methode de différences finies dans le cas unidimensionnel et pour un domaine parabolique. Traitement numérique du cas bidimensionnel en utilisant une methode d'éléments finis pour les variables d'espace et de différences finies, pour la variable temps. Problème d'un fluide visqueux : établissement de l'existence et de l'unicité de la solution. Etude théorique du probleme des ondes longues semi-linéarisées dans un fluide parfait.

<b>Résumé:</b> Dans le but de décrire la rotation résonante rigide de Mercure, différents modèles de rotation résonante de type 3 : 2 à deux et trois dimensions, moyennisés sur les courtes périodes et exprimés en formalisme hamiltonien sont proposés. Dans le premier modèle, l'axe de rotation de Mercure est confondu avec son plus petit axe d'inertie et la planète n'est soumise à l'action d'aucune force autre que celle de la gravitation. Le couplage de ces 2 degrés de liberté est mis en évidence. Un modèle à 3 degrés de liberté tenant compte de la dissociation de l'axe du moment angulaire et de l'axe de figure est ensuite présenté. Dans ces deux modèles, le développement du potentiel est limité à l'ordre 2 en excentricité. Afin d'estimer l'erreur commise par ce choix de troncature, les Hamiltoniens sont développés à des ordres plus élevés; les nouveaux termes ainsi obtenus sont considérés comme des perturbations et traités à l'aide de la théorie de Lie. L'influence des autres planètes du Système Solaire est enfin étudiée en incluant, dans un premier temps, une précession constante du noeud ascendant et du péricentre dans notre modèle de base et, dans un second temps, en considérant que l'inclinaison et l'excentricité sont des fonctions lentes du temps permettant l'utilisation de la théorie de l'invariant adiabatique étendue à 2 degrés de liberté. Une étude des équilibres et des périodes propres de chaque modèle est réalisée.// <b>Abstract:</b> In the aim to describe the Mercury's rigid resonant rotation, different 3: 2 spin-orbit resonant rotation models with two and three dimensions , averaged on the short periods and expressed in Hamiltonian formalism is proposed. In the first model, Mercury's rotation axis and its smallest axis of inertia aren't distinct and no force except the gravitation one acts on the planet. The coupling between these 2 degrees of freedom is underlined. A 3 degrees of freedom model taking into account the dissociation of the angular momentum axis from the figure axis is aftewards presented. In these two models, the potential devellopment is limited to the second order in eccentricity. In order to estimate the error due to this troncature choice, the Hamiltonians are devellopped up to higher orders; the new terms so obtained are considered as perturbations et treated thanks to Lie theory. The influence of the other planets of the Solar System is finally studied by including, in a first time, a constant precession of the ascending node and of the pericenter in our basis model and, in a second time, by considering that the inclination and the excentricity are slow functions of time allowing the use of the adiabatique invariant extended to 2 degrees of freedom. A study of the equilibria and of the proper periods of each model is realized.

Bien que les champignons soient régulièrement utilisés comme modèle d'étude des systèmes eucaryotes, leurs relations phylogénétiques soulèvent encore des questions controversées. Parmi celles-ci, la classification des zygomycètes reste inconsistante. Ils sont potentiellement paraphylétiques, i.e. regroupent de lignées fongiques non directement affiliées. La position phylogénétique du genre Schizosaccharomyces est aussi controversée: appartient-il aux Taphrinomycotina (précédemment connus comme archiascomycetes) comme prédit par l'analyse de gènes nucléaires, ou est-il plutôt relié aux Saccharomycotina (levures bourgeonnantes) tel que le suggère la phylogénie mitochondriale? Une autre question concerne la position phylogénétique des nucléariides, un groupe d'eucaryotes amiboïdes que l'on suppose étroitement relié aux champignons. Des analyses multi-gènes réalisées antérieurement n'ont pu conclure, étant donné le choix d'un nombre réduit de taxons et l'utilisation de six gènes nucléaires seulement. Nous avons abordé ces questions par le biais d'inférences phylogénétiques et tests statistiques appliqués à des assemblages de données phylogénomiques nucléaires et mitochondriales. D'après nos résultats, les zygomycètes sont paraphylétiques (Chapitre 2) bien que le signal phylogénétique issu du jeu de données mitochondriales disponibles est insuffisant pour résoudre l'ordre de cet embranchement avec une confiance statistique significative. Dans le Chapitre 3, nous montrons à l'aide d'un jeu de données nucléaires important (plus de cent protéines) et avec supports statistiques concluants, que le genre Schizosaccharomyces appartient aux Taphrinomycotina. De plus, nous démontrons que le regroupement conflictuel des Schizosaccharomyces avec les Saccharomycotina, venant des données mitochondriales, est le résultat d'un type d'erreur phylogénétique connu: l'attraction des longues branches (ALB), un artéfact menant au regroupement d'espèces dont le taux d'évolution rapide n'est pas représentatif de leur véritable position dans l'arbre phylogénétique. Dans le Chapitre 4, en utilisant encore un important jeu de données nucléaires, nous démontrons avec support statistique significatif que les nucleariides constituent le groupe lié de plus près aux champignons. Nous confirmons aussi la paraphylie des zygomycètes traditionnels tel que suggéré précédemment, avec support statistique significatif, bien que ne pouvant placer tous les membres du groupe avec confiance. Nos résultats remettent en cause des aspects d'une récente reclassification taxonomique des zygomycètes et de leurs voisins, les chytridiomycètes. Contrer ou minimiser les artéfacts phylogénétiques telle l'attraction des longues branches (ALB) constitue une question récurrente majeure. Dans ce sens, nous avons développé une nouvelle méthode (Chapitre 5) qui identifie et élimine dans une séquence les sites présentant une grande variation du taux d'évolution (sites fortement hétérotaches - sites HH); ces sites sont connus comme contribuant significativement au phénomène d'ALB. Notre méthode est basée sur un test de rapport de vraisemblance (likelihood ratio test, LRT). Deux jeux de données publiés précédemment sont utilisés pour démontrer que le retrait graduel des sites HH chez les espèces à évolution accélérée (sensibles à l'ALB) augmente significativement le support pour la topologie « vraie » attendue, et ce, de façon plus efficace comparée à d'autres méthodes publiées de retrait de sites de séquences. Néanmoins, et de façon générale, la manipulation de données préalable à l'analyse est loin d’être idéale. Les développements futurs devront viser l'intégration de l'identification et la pondération des sites HH au processus d'inférence phylogénétique lui-même. / Despite the popularity of fungi as eukaryotic model systems, several questions on their phylogenetic relationships continue to be controversial. These include the classification of zygomycetes that are potentially paraphyletic, i.e. a combination of several not directly related fungal lineages. The phylogenetic position of Schizosaccharomyces species has also been controversial: do they belong to Taphrinomycotina (previously known as archiascomycetes) as predicted by analyses with nuclear genes, or are they instead related to Saccharomycotina (budding yeast) as in mitochondrial phylogenies? Another question concerns the precise phylogenetic position of nucleariids, a group of amoeboid eukaryotes that are believed to be close relatives of Fungi. Previously conducted multi-gene analyses have been inconclusive, because of limited taxon sampling and the use of only six nuclear genes. We have addressed these issues by assembling phylogenomic nuclear and mitochondrial datasets for phylogenetic inference and statistical testing. According to our results zygomycetes appear to be paraphyletic (Chapter 2), but the phylogenetic signal in the available mitochondrial dataset is insufficient for resolving their branching order with statistical confidence. In Chapter 3 we show with a large nuclear dataset (more than 100 proteins) and conclusive supports that Schizosaccharomyces species are part of Taphrinomycotina. We further demonstrate that the conflicting grouping of Schizosaccharomyces with budding yeasts, obtained with mitochondrial sequences, results from a phylogenetic error known as long-branch attraction (LBA, a common artifact that leads to the regrouping of species with high evolutionary rates irrespective of their true phylogenetic positions). In Chapter 4, using again a large nuclear dataset we demonstrate with significant statistical support that nucleariids are the closest known relatives of Fungi. We also confirm paraphyly of traditional zygomycetes as previously suggested, with significant support, but without placing all members of this group with confidence. Our results question aspects of a recent taxonomical reclassification of zygomycetes and their chytridiomycete neighbors (a group of zoospore-producing Fungi). Overcoming or minimizing phylogenetic artifacts such as LBA has been among our most recurring questions. We have therefore developed a new method (Chapter 5) that identifies and eliminates sequence sites with highly uneven evolutionary rates (highly heterotachous sites, or HH sites) that are known to contribute significantly to LBA. Our method is based on a likelihood ratio test (LRT). Two previously published datasets are used to demonstrate that gradual removal of HH sites in fast-evolving species (suspected for LBA) significantly increases the support for the expected ‘true’ topology, in a more effective way than comparable, published methods of sequence site removal. Yet in general, data manipulation prior to analysis is far from ideal. Future development should aim at integration of HH site identification and weighting into the phylogenetic inference process itself.

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Cette thèse a pour but de progresser sur des points essentiels concernant le réalisme de la représentation de la formation et du trajet des masses d'eau en Mer Méditerranée, ainsi que de leur variabilité. A cet effet, plusieurs modèles océaniques régionaux de la Méditerranée, de résolutions horizontales différentes, sont développés et utilisés. Une configuration réaliste permettant de représenter la variabilité interannuelle des conditions aux limites de ces modèles (atmosphère, océan Atlantique, fleuves, mer Noire) est utilisée pour réaliser des simulations à long terme des 50 dernières années en Méditerranée. Deux événements rares, caractérisant la variabilité décennale en Méditerranée, sont étudiés : l'Eastern Mediterranean Transient (EMT) et la Western Mediterranean Transition (WMT). L'EMT est la période, au début des années 1990, pendant laquelle le site principal de formation d'eau dense dans le bassin oriental méditerranéen est passé du sous-bassin Adriatique au sous-bassin Egée. La capacité des simulations à long terme à reproduire la séquence d'événements composant l'EMT est tout d'abord démontrée. Parmi les éléments de préconditionnement et de déclenchement de l'EMT suggérés dans la littérature, nous montrons que les facteurs essentiels sont les flux hivernaux intenses au-dessus du sous-bassin Egée pendant les hivers 1992 et 1993. Le réalisme de la formation et de la propagation de l'eau crétoise profonde (Cretan Deep Water, CDW) pendant l'EMT est ensuite analysé dans les simulations de référence et de sensibilité. La propagation de la CDW au fond de la Méditerranée orientale n'est reproduite qu'avec des conditions atmosphériques modifiées. La WMT a commencé à l'hiver 2005 dans le Golfe du Lion, pendant lequel a été formé un volume très important d'eau profonde ouest-méditerranéenne (Western Mediterranean Deep Water, WMDW), caractérisée par une température et une salinité inhabituellement élevées. Les simulations reproduisent l'intensité de la convection profonde dans le Golfe du Lion pendant l'hiver 2005, qui est est due à la forte perte de flottabilité en surface. Elles indiquent également que des tourbillons cycloniques profonds, d'une centaine de kilomètres de diamètre, sont responsables du transport rapide de la nouvelle WMDW vers le Sud. Puis, les simulations à long terme permettent de replacer la WMT dans la variabilité décennale de la Méditerranée nord-occidentale. Elles montrent que l'EMT a potentiellement doublé le volume de nouvelle WMDW formé en 2005 dans le Golfe du Lion, mais qu'il n'est pas responsable de la température et de la salinité élevées de la nouvelle WMDW. Ces caractéristiques inhabituelles sont dues à l'absence de convection intense dans le Golfe du Lion pendant les années 1990, ce qui a favorisé l'accumulation de sel et de chaleur dans la Méditerranée nord-occidentale.