La transcription du gène lactoferrine conduit à deux isoformes : une sécrétée, la lactoferrine (Lf) et une intracellulaire, la delta lactoferrine (∆Lf). La Lf est dotée de nombreuses propriétés parmi lesquelles des activités immunomodulatrice et anticancéreuse. La ∆Lf possède une activité anticancéreuse via son activité transcriptionnelle. Ce sont des suppresseurs de tumeur potentiels dont l’expression est sous-régulée dans le cas de cancer. Elles sont considérées comme des marqueurs sains car leur expression est corrélée à un facteur de bon pronostic dans le cancer du sein. Au cours de la thèse, j’ai développé la PCR quantitative Taqman afin de distinguer les deux isoformes et étudié leur expression dans le cas de cancer et dans un contexte inflammatoire. Puis j’ai étudié le protéome de cellules HEK-293 exprimant la ∆Lf par électrophorèse 2-D et spectrométrie de masse. J’ai ainsi mis en évidence une nouvelle cible de l’activité transcriptionnelle de la ∆Lf, DcpS, enzyme clé de la maturation des ARNm. En parallèle, ces travaux ont montré une régulation de la stabilité et de l’activité transcriptionnelle de la ∆Lf par la O-GlcNAcylation. Enfin, j’ai étudié les effets différentiels des isoformes de la Lf dans les cellules de glande mammaire cancéreuse MDA-MB-231 via une approche protéomique basée sur le SILAC et la spectrométrie de masse, en collaboration avec l’équipe du Dr. Monsarrat (IPBS, Toulouse). 5030 protéines ont pu être identifiées et quantifiées. Ces travaux ont permis d’identifier le gène SelH en tant que cible de l’activité transcriptionnelle de la Lf et de la ∆Lf, suggérant que la Lf sécrétée possède également un rôle de facteur de transcription. / Transcription of the lactoferrin gene results in the production of two isoforms: a secreted lactoferrin (Lf) and intracellular delta-lactoferrin (ΔLf). Lf has numerous functions including immunomodulatory and antitumoral activities. We showed that ΔLf is a transcription factor, the only activity it shares with Lf being its anticancer activity. Lf and ΔLf are potential tumor suppressors whose expression is downregulated in the case of cancer. They may be considered as healthy markers, the expression of which is correlated with a good prognosis in breast cancer. During my PhD thesis, We developed quantitative Taqman PCR assay to evaluate the level of expression of the transcripts of the two Lf isoforms in case of cancer or in an inflammatory context. We then studied the proteome profile of ΔLf-expressing cells using 2-D electrophoresis and mass spectrometry analyses. Our data established that DcpS, a key enzyme in mRNA decay, is a new target of ΔLf transcriptional activity. In parallel, we demonstrated that Lf stability and transcriptional activity are regulated by O-GlcNAcylation. Finally, We compare the differential effects of the two antitumoral isoforms on the cancerous mammary gland MDA-MB-231 cell line. We used a high-throughput proteomic approach (Stable Isotope Labelling with Amino acids in Cell culture, SILAC) coupled to mass spectrometry to carry out highly accurate quantitative and systematic proteome profiling in collaboration with the team of Dr. Monsarrat (IPBS, Toulouse). Our study allowed the identification of SelH, a thioredoxin like protein, as a target of both Lf and ΔLf transcriptional activity and suggested that secreted Lf acts as a transcription factor.

Les récentes avancées en biologie des systèmes et en biologie synthétique contribuent déjà au fleurissement d'applications en ingénierie métabolique visant une bioproduction renouvelable de composés chimiques. Nous pouvons entrevoir un futur où des microbes serait conçus à la carte afin de valoriser n'importe quelle source de carbone en n'importe quel composé d'intérêt. Si la route est longue avant l'accomplissement d'un tel objectif, son parcours devrait en être grandement facilité par l'exploitation de méthodes d'ingénierie déjà éprouvées dans d'autres disciplines. On s'attend entre autre à ce que l'utilisation de logiciels de Conception Assistée par Ordinateur (CAO) diminue le temps et l’expertise nécessaires à la construction de voies métaboliques n'existant pas dans la nature. La première partie de cette thèse est dédiée à notre méthode de prédiction de voies métaboliques et à ses implémentations. Nous décrivons tout particulièrement RetroPath2.0, un outil de prédiction de réseaux de réactions mettant l'accent sur les applications de rétrosynthèse, et qui est construit pour être facilement extensible par la communauté. Dans la seconde partie, nous détaillons l'intérêt des biosenseurs intracellulaires pour l'ingénierie métabolique et introduisons SensiPath; une application web qui exploite un outil de prédiction de réactions pour concevoir des circuits métaboliques permettant la biodétection de composés pour lesquels aucun biosenseur direct n'est connu. Dans l'ensemble, cette thèse propose que les outils de bioCAO devraient permettre de révéler la créativité de leurs utilisateurs et encourager l'exploration de nouvelles applications. / Advances in systems and synthetic biology are fueling our ability to develop successful metabolic engineering applications for the sustainable production of bio-based chemicals. We can envision a future in which designer cells could be engineered to transform any carbon source into any target compound. This daunting task will be achieved by leveraging methods that proved themselves in other engineering disciplines. Among those, the use of Computer Aided Design(CAD) softwares is expected to reduce the amount of time and expert knowledge needed to design de novo metabolic pathways. The first part of this thesis is dedicated to our pathway prediction algorithm and its CAD implementations. Most notably, we will present RetroPath2.0, a versatile reaction network prediction framework focused on retrosynthesis that is built to be easily extensible by the community. In the second part, we will highlight the interest of intracellular biosensors for metabolic engineering and introduce SensiPath, a web application that uses a reaction prediction engine to design biosensing circuits for compounds for which no direct biosensors are known. Altogether, this thesis proposes that bioCAD tools should focus on empowering users’ creativity and encourage them to explore original applications.

Contexte : La dysfonction des muscles squelettiques en hypertension artérielle pulmonaire (HTAP) contribue de manière significative à l'intolérance à l'effort. Cependant, les mécanismes sous-jacents restent incertains. Le syndrome métabolique (SxM) et la résistance à l'insuline (RI) sont couramment observés en HTAP. La déposition ectopique de lipides au niveau des organes cibles, une caractéristique de la RI, a été associée à une dysfonction mitochondriale, une lipotoxicité cardiaque et une altération de la fonction musculaire. Cependant, l'impact du SxM sur la fonction cardiaque et musculaire et sur l'intolérance à l'effort en HTAP demeure incertain. Objectifs : Nous cherchons à explorer les différences entre les profils métaboliques de patients atteints d'HTAP et de patients témoins ainsi qu'à déterminer si le SxM en HTAP est associé à une teneur plus élevée en lipides ectopiques au niveau du muscle squelettique, du foie et du cœur. Nous souhaitons déterminer si le SxM et ces accumulations lipidiques sont associés à une diminution de la force et l'endurance musculaire ainsi qu'une altération de la fonction cardiaque, entraînant une réduction de la capacité à l'exercice en HTAP. Méthodes : Dix-huit sujets HTAP et 12 sujets témoins ont fait l'objet d'une évaluation du profil métabolique. Le contenu lipidique cardiaque, musculaire et hépatique, le volume de tissu adipeux sous-cutané et viscéral et la fonction cardiaque ont été évalués par imagerie par résonance magnétique. L'état fonctionnel a été évalué par mesure de la force et l'endurance du quadriceps, de la pratique d'activité physique et par un test à l'effort. Enfin, une exploration du protéome plasmatique à des fins de comparaison entre les patients atteints d'HTAP avec et sans SxM a été réalisée. Résultats : Sept (39 %) patients atteints d'HTAP présentaient le SxM contre 1 (8 %) témoin (p = 0,07). Parmi les patients atteints d'HTAP, le SxM était sans surprise associé à un indice de masse corporelle, une glycémie à jeun, un taux de triglycérides et un tour de taille plus élevés ainsi qu'à la RI (tous p<0.05). Les volumes de tissu adipeux viscéral, sous-cutané et cardiaque, ainsi que la fraction de graisse hépatique et de la cuisse étaient plus élevés chez les patients atteints du SxM (tous p<0,05). Le SxM était associé à une classe fonctionnelle plus altérée, une capacité à l'effort et un niveau de pratique d'activité physique inférieurs. Contrairement à notre hypothèse, les patients avec et sans SxM présentaient une hémodynamie pulmonaire et une fonction musculaire et cardiaque comparables. Des analyses exploratoires de la protéomique ont suggéré que les voies impliquées en HTAP seraient semblables à celles observées au sein de la population générale présentant le SxM. Conclusion : Le SxM est courant chez les patients HTAP. Sa présence est associée à un état fonctionnel et une capacité à l'effort réduites qui ne s'expliquent pas pour autant par une altération de la fonction cardiaque ou musculaire. De plus, ces patients présentent des caractéristiques cliniques, d'imagerie et biochimiques similaires à celles observées chez les sujets atteints de SxM au sein de la population générale. Ces résultats suggèrent que le SxM peut représenter une comorbidité fréquente dans l'HTAP plutôt que d'être lié à des mécanismes intrinsèquement liés à la progression de l'HTAP. / Background: Skeletal muscle dysfunction in pulmonary arterial hypertension (PAH) significantly contributes to exercise intolerance. However, underlying mechanisms remain uncertain. In addition, metabolic syndrome (MetS) and insulin resistance (IR) are commonly observed in PAH. Ectopic lipid deposition in target organs, a feature of IR, has been associated with mitochondrial dysfunction, cardiac lipotoxicity and impaired skeletal muscle function in the general population. However, the impact of MetS on cardiac and skeletal muscle function and exercise intolerance in PAH remains elusive. Objectives: We aim to explore differences between metabolic profiles in patients affected by PAH and control participants as well as to document whether MetS in PAH would be associated with higher skeletal muscle, hepatic and cardiac ectopic lipid content. We also aim to determine whether ectopic lipid deposition is associated with decreased skeletal muscle strength and endurance as well as cardiac function, resulting in lower exercise capacity in PAH. Methods: Eighteen PAH and 12 controls subjects underwent comprehensive metabolic profile. Cardiac, visceral and skeletal muscle lipid content as well as cardiac function were assessed using magnetic resonance imaging. Subjects' functional status was assessed using skeletal muscle function measures, cardiopulmonary exercise testing and physical activity measurement. Finally, comparisons in blood sample proteome between PAH patients with and without MetS were explored. Results: Overall, 7 (39%) PAH patients presented MetS compared to 1 (8%) control (p=0.07). Amongst PAH patients, MetS was unsurprisingly associated with higher body mass index, fasting glucose, triglyceride levels and waist circumference together with IR (all p<0.05). Visceral, subcutaneous and cardiac adipose tissue volumes, as well as hepatic and thigh fat fraction were also increased in patients with MetS (all p<0.05). MetS was also associated with more impaired functional class, lower exercise capacity and daily life activity. Contrary to our hypothesis, however, patients with and without MetS had comparable quadriceps muscle and cardiac function and pulmonary hemodynamics. Exploratory proteomic analyzes suggested that pathways involved are consistent with those observed in MetS within the general population. Conclusion: MetS is common amongst PAH patients and is associated with poorer functional status and exercise capacity in PAH, which are not explained by impaired cardiac or skeletal muscle function. Moreover, these patients display clinical, imaging and biochemical features similar to those observed in subjects with MetS within the general population. These findings suggest that MetS may represent a frequent comorbidity in PAH rather than being related to mechanisms intrinsically related to PAH progression.

La fibrillation auriculaire (FA) est une pathologie très répandue qui affectera au sein de la population occidentale, une personne sur quatre au cours de sa vie. À partir d'extraits d'appendices auriculaires chez des patients, nous avons mesuré les niveaux d'expression de gènes et des protéines de communication intercellulaire des connexines (Cx) 40 et 43 et de marqueurs inflammatoires (TNF-a, 1TL-Ip\ IL-6, IL-8 et le Nf-icb) par PCR en temps réel, par immunobuvardage de type Western et par immunoessai de type sandwich à l'aide d'un système Bio-Plex®. Les résultats quantitatifs ont été confrontés aux données cliniques afin d'identifier des corrélations entre les résultats et certaines conditions pathologiques comme le syndrome métabolique (SM), le diabète de type II (DU) et la FA post-opératoire (FAPO). Notre étude n'a pas démontré de relation entre la FAPO et l'expression des marqueurs inflammatoires et des protéines de communication intercellulaire. Une sous-expression de la Cx40 chez les individus atteints de SM et de DU et une surexpression de IL-1P chez le groupe de DU ont été observées. La FAPO est une pathologie complexe qui émerge d'une combinaison de variables physiologiques mais aussi opératoires souvent imprévisibles.

La ménopause est associée à un risque cardiovasculaire accru et à une susceptibilité à la dépression, lesquels peuvent être contrés par l’exercice régulier. Cependant, les femmes n’adhèrent pas suffisamment aux recommandations en activité physique ni aux interventions proposées en salle d’entraînement. Les réponses affectives à l’effort déterminent la participation à l’activité physique. L’exercice réalisé dans un environnement extérieur naturel est connu pour induire des émotions positives et favoriser le choix d’une intensité supérieure comparativement à la même séance réalisée à l’intérieur. Conséquemment, un entraînement en plein air pourrait favoriser l’adhésion à l’exercice et générer des bénéfices métaboliques supérieurs à la pratique d’exercice en salle. Les objectifs de ce mémoire étaient de comparer les effets d’un entraînement en plein air et en salle sur les réponses affectives, l’adhésion à l’exercice, le choix d’intensité ainsi que les adaptations physiologiques tout au long d’un programme d’exercice de 12 semaines. Méthodes : 23 femmes ménopausées en santé ont été recrutées et randomisées dans l’un des deux groupes suivants : 1) Entraînement extérieur, 2) Entraînement intérieur. Elles ont toutes participé, à raison de 3x/semaine, à un entraînement mixte et identique mis à part l’environnement d’exercice. Avant et après l’intervention, des mesures métaboliques et de condition physique ont été réalisées et compilées. À chaque semaine pendant l’entraînement, les mesures affectives, perceptuelles et d’intensité d’exercice étaient compilées. L’adhésion à l’intervention a été mesurée à chaque séance. Résultats : Le groupe extérieur a adhéré au programme de façon significativement supérieure au groupe intérieur. Les participantes de ce groupe ont présenté une valence affective ainsi qu’une tranquillité améliorée à l’exercice. Elles ont maintenu leur engagement positif à travers les semaines, augmenté leur niveau d’activité physique et diminué leurs symptômes dépressifs au terme de l’intervention. Par contre, les participantes du groupe intérieur ont sélectionné une intensité d’exercice similaire tout au long du programme alors que le groupe extérieur a opté pour une intensité significativement décroissante au fil des semaines. Par conséquent, le groupe intérieur a amélioré l’IMC, la circonférence de taille et la capacité aérobie. À l’opposé, l’entraînement en plein air a induit une diminution significative de la pression artérielle et une amélioration de la force et et de l’endurance musculaire. Conclusion : L’entraînement en plein air améliore les réponses affectives et l’adhésion à un comportement actif. L’entraînement en salle favorise le choix d’une intensité plus élevée et mène à des améliorations métaboliques légèrement supérieures, du moins à court terme. Les effets à plus long terme de l’entraînement extérieur, lequel semble promouvoir le comportement actif, méritent de plus amples investigations.

Le syndrome métabolique (SM) augmente le risque de diabète et de maladies cardiovasculaires. Les composantes de cet état sont l’obésité, l’hypertension, le profil lipidique, la résistance à l’insuline, l’inflammation et l’atteinte hépatique. L’accumulation excessive de la masse grasse, surtout abdominale, entraîne une inflammation systémique de faible niveau. En effet, le tissu adipeux secrète des adipokines (leptine, visfatine, IL-6 et TNF-a) qui sont impliquées dans l’inflammation. Notre but a été d’étudier : 1) les associations de l’évolution de 5 ans de l’indice de masse corporelle (IMC) et de la leptine circulante avec les facteurs du SM et 2) l’expression de certaines adipokines dans les lymphocytes. Pour ces études, la cohorte STANISLAS a été un outil parfait (recueil des données sur les facteurs du SM, bio-banques : lymphocytes, sérum, plasma, ADN). L’étude longitudinale a démontré que certains de facteurs du SM évoluent ensemble au fil du temps et que ces groupes de facteurs sont liés à l’IMC en fonction du sexe. Ensuite, nous avons constaté des associations de la leptine avec des facteurs de risque du SM, différentes en fonction du sexe, indépendamment de la masse grasse. Enfin, nous avons détecté l’ARNm de nos adipokines et sa quantification a démontré des associations de la visfatine avec l’IMC et l’expression du TNF-a, et de la leptine avec la pression artérielle. L’ensemble de nos résultats souligne le rôle-médiateur de la leptine et l’impact du sexe sur les actions de cette hormone et ouvre de nouvelles perspectives pour étudier les adipokines dans le contexte de l’inflammation, en proposant un modèle d’étude : les lymphocytes. / The metabolic syndrome (MS) raises the risk for developing diabetes and cardiovascular disease. The components of this state are obesity, hypertension, disturbed lipid profile, insulin resistance, inflammation and hepatic steatosis. The excessive accumulation of fat mass, particularly in the abdomen, leads to low-grade systemic inflammation. Indeed, the adipose tissue produces adipokines such as leptin, visfatin, IL-6 and TNF-a that are implicated in the inflammatory processes. Our goal was to study: 1) the associations between 5 year-changes of the body mass index (BMI) and circulating leptin concentrations with the factors of the MS and 2) the expression of some adipokines in the lymphocytes. The STANISLAS cohort has enabled us to fulfil our research work (collection of a great number of data concerning MS factors, bio-banks: lymphocytes, serum, plasma, DNA). The longitudinal study on BMI changes and the factors associated with MS has shown that some of these factors evolve together (clusters) and that these groups of factors are associated with BMI changes in a sex dependent manner. We described also, associations of circulating leptin with MS factors, dependent to sex and independently of fat mass. Finally, we were able to detect and quantify mRNA of adipokines in lymphocytes. The quantification of the mRNA has shown associations of visfatin with BMI and gene expression of TNF-a and of leptin with blood pressure. The results obtained by this research work underline the mediating role of leptin and the impact of sex on the actions of this hormone and offers new perspectives for studying adipokines in the context of inflammation, by proposing a new model: PBMCs.

L’ovoproduit est une matrice biologique complexe, constituée de protéines, lipoprotéines, lipides et de nombreux micronutriments (vitamines, minéraux, etc.). Cependant, une fois cassé et homogénéisé l'ovoproduit entier liquide perd une bonne part de ses propriétés de conservation, devenant ainsi pour certaines bactéries un excellent milieu de croissance. Ce développement bactérien non maîtrisé provoque en plus des risques sanitaires, des altérations biochimiques modifiant fortement les qualités organoleptiques de l’ovoproduit. On se propose dans cette thèse d’étudier les mécanismes biochimiques impliqués par des approches de métabolomique combinées (profilage métabolique par GC-MS et prise d’empreinte métabolique par GC-MS et RMN). Cette approche permettra de décrire et de comprendre de façon intégrée certains mécanismes jusqu’alors peu ou pas caractérisés et d'identifier in fine des marqueurs précoces de ces altérations microbiologiques. / Egg products are complexes biological matrix constituted of proteins, lipoproteins, lipids and many micronutrient (vitamins, mineral, etc…). However, once broken and mixed, the liquid egg product looses a great deal of its keeping properties, thus becoming an excellent growth media for many bacteria. This uncontrolled bacterial development induces, beside the involved health risks, biochemical alterations which modify the product’s organoleptic qualities. This manuscript aims to study the involved biochemical mechanisms using combined metabolomics approaches (Metabolic profiling by GC-MS and metabolic fingerprinting by GC-MS and NMR). This approach will allow the description and understanding of certain mechanisms which characterization was previously absent or limited. It will also allow the identification of early prediction biomarkers of these biological alterations.

Deinococcus geothermalis est un organisme non-model intéressant pour les bio-productions de part sa résistance extrême et ses capacités de fermentation partant de diverses sources de carbone. Cependant les outils d’ingénierie permettant une fine maîtrise des voix métaboliques restent limités pour cet organisme. Le but de ce travail de thèse, est d’essayer de surpasser cet obstacle à travers l’observation des motifs génétiques et de leur organisation. L’analyses de ces motifs a été menée via deux approches. La première est l’étude de l’impact de la position dans le génome sur l’expression d’une cassette reportrice. Grâce à une collection de 150 souches, nous avons observé que l’expression est plus forte au niveau de l’origine de réplication que du terminus. Une autre observation concerne la présence de zone de forte expression réparties symétriquement le long du chromosome. La seconde approche est l’analyse des motifs génétiques en cas de stress grace outil GREAT:SCAN:patterns. Ces motifs sont fortement liés régulation de l’expression des gènes et sont des points intéressant pour l’ingénierie du génome. En analysant les résultats de différentes conditions de stress ainsi que les régulons décrits dans la littérature, nous avons pu observer que des stress voisins partagent les mêmes motifs et que ces motifs semblent conservés chez des organismes distants. Ces deux approches ont permis de déterminer des positions d’insertion dans le génome intéressantes pour l’ingénierie métabolique. / Deinococcus geothermalis is a non-model organism of high interest for bio-manufacturing since it shows a extreme resistance and good capacities for fermentation process on different carbon sources. However the engineering tools are limited to finely tuned metabolic pathways for bio-productions. This PhD work aims at contributing to overcome this obstacle through a whole-genome approach to the issue of understanding the genomic organization of D. geothermalis and defined interesting genomic locations. The whole-genome approach is based on the existence of genome-scale patterns that were analyzed in two different ways. A first approach consisted of studying the influence of the genome location on the expression of a reporter cassette. On a library of over 150 strains, the expression is higher near the origin of replication than near the terminus, a common observation. However, other hot spots of expression along the genome additionally appeared with a symmetric distribution about the origin of replication. The second approach consisted of analyzing the genomic patterns under stress through the in-house GREAT:SCAN:patterns software. These patterns interrelate with gene expression regulation and are an interesting key for genome engineering. Testing different stress conditions and considering the matching regulons as described in the literature, it appeared that related stresses share genomic patterns. Moreover these patterns tend to be conserved between distant organisms. These two approaches lead to define interesting genome loci for inserting genes encoding the enzymes of a pathway, with a view to metabolic engineering.

Objectif : Évaluer l’association entre l’activité estimée du stéaryle-CoA désaturase (SCD) et le syndrome métabolique (MetS) chez une population adulte de la Polynésie française. Méthode : Étude transversale (2006-2007) de 178 adultes vivants en zone urbaine (Papeete, île de Tahiti, archipel de la Société) et rurale (Tubuai, île de Tubuai, archipel des Australes). L’activité estimée de la SCD a été calculée par le ratio produit/précurseur d’acides gras mesurés dans la membrane des érythrocytes (SCD = C16:1n-7/C16:0). Le MetS a été défini selon les critères du NIH (National Institutes of Health, États-Unis). L’analyse de covariance a été utilisée pour comparer la composition en acide gras sanguin et l’activité estimée de la SCD selon la présence de MetS et de différents critères du MetS. La régression logistique multiple a été utilisée afin d’évaluer l’association entre l’activité estimée de la SCD en quartiles et le risque de MetS. Résultats : La prévalence de surpoids était de 87 % (dont 59 % d’obèses) et celle du MetS de 32 %. Les niveaux du précurseur du C16:1n-7, l’acide palmitoléique (C16:0), entre les participants avec et sans MetS étaient similaires. Le niveau d’activité estimée de la SCD était plus élevé chez les participants avec MetS, plus particulièrement chez ceux avec une hypertriglycéridémie. Une activité estimée de la SCD plus élevée était associée positivement à un risque plus élevé de MetS (Ptendance=0,04). Conclusion : Les résultats de notre étude suggèrent qu’une augmentation de l’activité estimée de la SCD est associée positivement au risque de MetS chez la population adulte de la Polynésie française. Une étude longitudinale serait requise afin de confirmer cette association. / Objective: To evaluate the association between estimated activity of stearoyl-CoA desaturase (SCD) and metabolic syndrome (MetS) in an adult population of French Polynesia. Method: A cross-sectional study (2006-2007) of 178 adults living in urban (Papeete, Tahiti, Society Archipelago) and rural areas (Tubuai, Island of Tubuai, Austral’s archipelago). We calculated the ratio of product/precursor of erythrocyte fatty acids to estimate the activity of desaturase (SCD = C16:1n-7/C16:0). MetS was defined according to the criteria of the U.S. NIH (National Institutes of Health). The covariance analysis was used to compare the blood fatty acid composition and the estimated activity of SCD based on the presence of MetS and different criteria of MetS. Multiple logistic regression was used to assess the association between estimated SCD activity in quartiles and MetS. Results: Prevalence of overweight was 87% (with 59% obese) and that of MetS 32%. The level of C16:1n-7 precursor, palmitic acid (C16:0), was similar between subject with and without MetS. The estimated SCD activity was higher in participants with MetS, especially those with hypertriglyceridemia. A higher estimated activity of SCD was positively associated with MetS risk of (Ptrend =0.04). Conclusion: The results of our study suggest that the estimated SCD activity is positively associated with risk of MetS in the adult population of French Polynesia. A longitudinal study would be required to confirm this association.

La mise en évidence de l'association entre désordres métaboliques et état dysbiotique remet aujourd'hui en cause la définition et les modes de traitement traditionnels du syndrome métabolique. Or, la composition et l'activité du microbiote intestinal étant grandement déterminées par l'alimentation, les aliments riches en fibres et composés phytochimiques, réputés pour leur action prébiotique, représentent un levier majeur pour traiter les désordres métaboliques et en prévenir le développement. La consommation de framboises a démontré des effets positifs sur les désordres métaboliques, associés dans certaines études à la modulation du microbiote intestinal. En outre, la variabilité interindividuelle constitue un obstacle majeur à l'identification des effets des interventions nutritionnelles et des mécanismes qui les sous-tendent. Ce projet avait pour objectif principal d'évaluer l'impact de la consommation de framboises sur les paramètres du syndrome métabolique, en recourant notamment à des outils omiques pour circonscrire avec davantage de précision ces effets selon les individus. Dans le cadre d'un essai randomisé contrôlé à deux bras parallèles, 28 participants présentant des désordres métaboliques consommèrent 280 g de framboises par jour pendant 8 semaines, tandis que 28 autres maintinrent leur diète habituelle. L'intervention n'a pas démontré d'effet majeur sur les paramètres du syndrome métabolique. Néanmoins, l'application d'une méthode de discrimination fondée sur la variation du transcriptome sanguin a permis d'identifier des sujets « répondeurs » et « non-répondeurs », qui se distinguaient notamment par des signatures microbiennes différentes en amont de l'intervention. Une étude exploratoire a également été menée sur une dimension spécifique de la réponse à l'intervention : les sujets ont été stratifiés en fonction de la variation de leur taux plasmatique d'oxyde de triméthylamine en réponse à la consommation de framboises et leurs signatures microbiennes ont été analysées. Il s'ensuit que les outils omiques, de par la visibilité des processus moléculaires qu'ils offrent, constituent un atout majeur dans la mise en œuvre de telles études d'intervention nutritionnelles, en facilitant la mise en évidence de leurs effets en dépit de la variabilité interindividuelle. / The discovery of the relationship between metabolic disorders and dysbiotic state calls into question both definition and treatment of the metabolic syndrome. However, since the composition and activity of the intestinal microbiota are largely determined by diet, foods rich in fibre and phytochemicals, known for their prebiotic action, represent a major lever for treating metabolic disorders and preventing their development. The consumption of raspberries has been associated with positive effects on metabolic disorders, associated in some studies with the modulation of the intestinal microbiota. In addition, inter-individual variability is a major obstacle in identifying the effects of nutritional interventions and the mechanisms underlying them. The main objective of this project was to assess the impact of raspberry consumption on the parameters of metabolic syndrome, in particular by using omics technologies to define these effects more precisely according to the individuals. In a two-arm parallel-group, randomized, controlled trial, 29 participants with metabolic disorders consumed 280 g of raspberries daily for 8 weeks, while 30 others maintained their usual diet. The intervention did not demonstrate major effects on metabolic syndrome parameters. Nevertheless, the application of a discrimination method based on the variation of whole blood transcriptome allowed to identify "responders" and "non-responders", whose microbial signatures prior to the intervention differed. An exploratory study was also conducted on a specific dimension of response to the intervention: subjects were stratified according to their changes in plasma trimethylamine N-oxide level in response to raspberry consumption and their microbial signatures were analysed. It follows that omics tools, through the visibility they offer on the molecular processes, constitute a major asset in the implementation of such nutritional intervention studies, by facilitating the highlighting of their effects despite inter-individual variability.