Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-25Bitstream added on 2014-06-13T18:43:21Z : No. of bitstreams: 1 lopes_fr_dr_sjrp.pdf: 1411366 bytes, checksum: ca55952aff87e294af96683898e3b1e3 (MD5) / Elementos de transposição (TEs) são entidades genéticas que podem ter profundos impactos, estrutural, funcional, intra e interespecíficos na evolução dos genomas. A contribuição dos TEs para formação de novas seqüências codificadoras de proteínas é de particular interesse porque sua inserção em exons pode alterar a seqüência protéica influenciando diretamente o fenótipo. Além disso, o estudo das condições que provocam a ativação de TEs, e os mecanismos que os regulam, justifica o interesse de se identificar TEs expressos em tecidos ou condições específicas. Este estudo foca tais questões usando um modelo vegetal: C. arabica, única espécie híbrida e poliplóide do seu gênero, derivada de uma hibridização recente e natural entre C. canephora e C. eugenioides. As análises foram realizadas por meio de uma variedade de abordagens: 1) análises computacionais usando uma combinação de RepeatMasker, tBLASTx e diversas bibliotecas de TEs referência estocadas no Repbase; 2) análises de expressão baseadas em macroarranjos de DNA; e 3) avaliação do número de cópias e distribuição cromossomal de TEs ativos por Hibridização in situ fluorescente (FISH). Foram identificados 180 unigenes com fragmentos de TEs nas três espécies de café. Em uma primeira análise, com base em unigenes selecionados, foi possível sugerir 26 putativas proteínas com inserção de cassetes de TEs, demonstrando uma provável contribuição para a variabilidade do repertório protéico hospedeiro. Por outro lado, 327 ESTs similares a TEs expressos foram identificadas com uma possível abundância diferencial para duas famílias de Ty3/Gypsy (dea1 e Retrosat) identificadas em apenas duas bibliotecas de C. canephora (sementes e pericarpo). Análises de expressão mostraram que muitos dos mRNAs quiméricos e TEs ativos apresentam baixa expressão... / Transposable elements (TEs) are genetic entities that can have profound structural, intra, interspecific impacts in evolution of the genomes. The contribution of the TEs in the protein coding region is of particular interest because insertions of TE into exons can alter the protein sequence influencing directly the phenotype. Moreover, the analysis of the conditions that cause the TE activation and the mechanisms that regulate them justify the interest of identifying expressed TEs in tissues or specific conditions. This study focus such subjects using the plant model: C. arabica, unique hybrid species and polyploidy of their genus, derived of a recent and natural hybridization between C. canephora and C. eugenioides. The analyses were performed by a variety of approaches: 1) computational analyses using a combination of RepeatMasker, tBLASTx e several libraries of reference TEs stored in Repbase; 2) expression analysis based in macroarrays; and 3) evaluation of copy number e chromosomal distribution of expressed TEs by Fluorescent in situ hybridization (FISH). 180 unigenes containing TE fragments were identified in the three Coffea species. Based in selected unigenes, it was possible to identify 26 putative proteins harboring TE-cassettes, demonstrating a probable contribution for the host protein repertory variability. In addition, 327 ESTs similar to expressed TEs were identified with a probable differential abundance for two families of Ty3/Gypsy (dea1 and Retrosat) identified only in two cDNA libraries from C. canephora (seeds and pericarp). Our expression analyses showed that most of the chimerical mRNAs and expressed TEs has low or null expression. On the other hand, several transcripts had their expression reestablished in cell culture treated with Cycloheximide, a drug that permit the accumulation of transcripts previously silenced by reverting a mechanisms... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-05-27Bitstream added on 2014-06-13T19:24:08Z : No. of bitstreams: 1 boava_lp_dr_botfca.pdf: 797736 bytes, checksum: e071c6dcec50150765e3dc348b53a937 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A ferrugem causada por Puccinia psidii é uma das principais doenças do eucalipto no Brasil, provocando prejuízos em viveiros e no campo. Ataca plantas jovens com menos de dois anos de idade, sempre em órgãos tenros como primórdios foliares e terminais de galhos. A resistência genética é apontada como a melhor opção para o controle da doença, mesmo em genótipos suscetíveis é possível ativar os mecanismos de resistência por meio de tratamento com agentes bióticos ou abióticos, sendo conhecida como ‘indução de resistência’. Com o objetivo de estudar os mecanismos bioquímicos e moleculares envolvidos no processo de defesa do eucalipto contra P. psidii, quatro ensaios foram executados com mudas de dois genótipos híbridos (Eucalyptus grandis x E. urophylla) denominados VR e C0. No primeiro ensaio, mudas foram tratadas com Acibenzolar-S-metil (ASM), Agro-Mos, Saccharomyces cerevisiae, Dipel, Ecolife40 e Crop-set, cinco dias antes da inoculação com o patógeno. A severidade da doença foi estimada 15 dias após a inoculação por meio de comparação com uma escala de notas. Nos tratamentos mais eficientes analisou-se a atividade das enzimas quitinase e peroxidase, 48 horas após inoculação (h.a.i). No segundo ensaio as mudas foram tratadas com ASM cinco dias antes da inoculação e a atividade de peroxidase e quitinase foi determinada 0, 24, 72 e 96 h.a.i nas folhas em diferentes estágios de desenvolvimento (1º, 2º e 4º pares). No terceiro ensaio a ação dos indutores ASM e S. cerevisiae, aplicados cinco dias antes da inoculação, foi correlacionada com possíveis alterações bioquímicas nas plantas. A atividade de quitinase, peroxidase, fenilalanina amônialiase (FAL) e polifenoloxidase em folhas do 1º e 2º pares coletadas em 5 períodos 0, 24, 48, 72 e 96 h.a.i. foi determinada. Finalmente, no quarto ensaio foi analisado o padrão de expressão gênica... / Common bacterial blight of snap bean (CBCSB), caused by Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli responsible for expressive culture damage and reduction of seeds production and quality. The environmental impact of the indiscriminate use of pesticides has lead to search alternative methods of plant pathogens control. Resistance inducers have been efficiently successful on several plant pathogens control. Thus, this study aimed to evaluate the potential of alcohol extracts of Lippia alba (Melissa), Lippia sidoides (pepper-rosmarin), Mikania glomerata (guaco), Equisetum sp. (horsetail) and Hedera helix (English Ivy), essential oils of Rosmarinus officinalis (rosemary) and Cinnamomum zeylanicum (cinnamon) and, pyraclostrobin and acibenzolar-S-metil on the control of common bacterial blight in snap beans, Bragança cultivar. These products were used in the following assays: in vitro bactericidal activity (except for acibenzolar-S-metil), in vivo activity of greenhouse-cultivated plants treated with products and the area under the disease progress curve (AUPDC) was calculated; activity of poliphenoloxidases, peroxidases and total soluble proteins in treated anduntreated bean leaves, infected and non-infected leave collected in different stages (0, 3, 5, 8 and 10 days after sprinkling with alcohol extracts, essential oils, acibenzolar-S-metil and pyraclostrobin). Results showed in vitro activity against X. axonopodis pv. phaseoli for L. alba and L. sidoides extracts, and essential oils while pyraclostrobin did not show any in vitro activity effect. L. Alba alcohol extract, pyraclostrobin and acibenzolar-S-methy showed the lowest AUPDC values compared to control treatment. The highest poliphenoloxidases, peroxidases and total soluble proteins values were observed in plant leaflets sprinkled with these products which probably are related to resistance induction. Essential oils did not show difference on AUPDC nor protein induction.

Orientador: Claudia Marcia Aparecida Carareto / Banca: Marie-Anne Van Sluys / Banca: Elgion Lucio da Silva Loreto / Banca: Ivan de Godoy Maia / Banca: Maria Elisabete Jorge Amaral / Resumo: Elementos de transposição (TEs) são entidades genéticas que podem ter profundos impactos, estrutural, funcional, intra e interespecíficos na evolução dos genomas. A contribuição dos TEs para formação de novas seqüências codificadoras de proteínas é de particular interesse porque sua inserção em exons pode alterar a seqüência protéica influenciando diretamente o fenótipo. Além disso, o estudo das condições que provocam a ativação de TEs, e os mecanismos que os regulam, justifica o interesse de se identificar TEs expressos em tecidos ou condições específicas. Este estudo foca tais questões usando um modelo vegetal: C. arabica, única espécie híbrida e poliplóide do seu gênero, derivada de uma hibridização recente e natural entre C. canephora e C. eugenioides. As análises foram realizadas por meio de uma variedade de abordagens: 1) análises computacionais usando uma combinação de RepeatMasker, tBLASTx e diversas bibliotecas de TEs referência estocadas no Repbase; 2) análises de expressão baseadas em macroarranjos de DNA; e 3) avaliação do número de cópias e distribuição cromossomal de TEs ativos por Hibridização in situ fluorescente (FISH). Foram identificados 180 unigenes com fragmentos de TEs nas três espécies de café. Em uma primeira análise, com base em unigenes selecionados, foi possível sugerir 26 putativas proteínas com inserção de cassetes de TEs, demonstrando uma provável contribuição para a variabilidade do repertório protéico hospedeiro. Por outro lado, 327 ESTs similares a TEs expressos foram identificadas com uma possível abundância diferencial para duas famílias de Ty3/Gypsy (dea1 e Retrosat) identificadas em apenas duas bibliotecas de C. canephora (sementes e pericarpo). Análises de expressão mostraram que muitos dos mRNAs quiméricos e TEs ativos apresentam baixa expressão... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Transposable elements (TEs) are genetic entities that can have profound structural, intra, interspecific impacts in evolution of the genomes. The contribution of the TEs in the protein coding region is of particular interest because insertions of TE into exons can alter the protein sequence influencing directly the phenotype. Moreover, the analysis of the conditions that cause the TE activation and the mechanisms that regulate them justify the interest of identifying expressed TEs in tissues or specific conditions. This study focus such subjects using the plant model: C. arabica, unique hybrid species and polyploidy of their genus, derived of a recent and natural hybridization between C. canephora and C. eugenioides. The analyses were performed by a variety of approaches: 1) computational analyses using a combination of RepeatMasker, tBLASTx e several libraries of reference TEs stored in Repbase; 2) expression analysis based in macroarrays; and 3) evaluation of copy number e chromosomal distribution of expressed TEs by Fluorescent in situ hybridization (FISH). 180 unigenes containing TE fragments were identified in the three Coffea species. Based in selected unigenes, it was possible to identify 26 putative proteins harboring TE-cassettes, demonstrating a probable contribution for the host protein repertory variability. In addition, 327 ESTs similar to expressed TEs were identified with a probable differential abundance for two families of Ty3/Gypsy (dea1 and Retrosat) identified only in two cDNA libraries from C. canephora (seeds and pericarp). Our expression analyses showed that most of the chimerical mRNAs and expressed TEs has low or null expression. On the other hand, several transcripts had their expression reestablished in cell culture treated with Cycloheximide, a drug that permit the accumulation of transcripts previously silenced by reverting a mechanisms... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Edson Luiz Furtado / Banca: Marcelo Luiz de Laia / Banca: Marcos Antonio Machado / Banca: Mariangela Cristofani Yali / Banca: Sylvia Dias Guzzo / Resumo: A ferrugem causada por Puccinia psidii é uma das principais doenças do eucalipto no Brasil, provocando prejuízos em viveiros e no campo. Ataca plantas jovens com menos de dois anos de idade, sempre em órgãos tenros como primórdios foliares e terminais de galhos. A resistência genética é apontada como a melhor opção para o controle da doença, mesmo em genótipos suscetíveis é possível ativar os mecanismos de resistência por meio de tratamento com agentes bióticos ou abióticos, sendo conhecida como 'indução de resistência'. Com o objetivo de estudar os mecanismos bioquímicos e moleculares envolvidos no processo de defesa do eucalipto contra P. psidii, quatro ensaios foram executados com mudas de dois genótipos híbridos (Eucalyptus grandis x E. urophylla) denominados VR e C0. No primeiro ensaio, mudas foram tratadas com Acibenzolar-S-metil (ASM), Agro-Mos, Saccharomyces cerevisiae, Dipel, Ecolife40 e Crop-set, cinco dias antes da inoculação com o patógeno. A severidade da doença foi estimada 15 dias após a inoculação por meio de comparação com uma escala de notas. Nos tratamentos mais eficientes analisou-se a atividade das enzimas quitinase e peroxidase, 48 horas após inoculação (h.a.i). No segundo ensaio as mudas foram tratadas com ASM cinco dias antes da inoculação e a atividade de peroxidase e quitinase foi determinada 0, 24, 72 e 96 h.a.i nas folhas em diferentes estágios de desenvolvimento (1º, 2º e 4º pares). No terceiro ensaio a ação dos indutores ASM e S. cerevisiae, aplicados cinco dias antes da inoculação, foi correlacionada com possíveis alterações bioquímicas nas plantas. A atividade de quitinase, peroxidase, fenilalanina amônialiase (FAL) e polifenoloxidase em folhas do 1º e 2º pares coletadas em 5 períodos 0, 24, 48, 72 e 96 h.a.i. foi determinada. Finalmente, no quarto ensaio foi analisado o padrão de expressão gênica... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Common bacterial blight of snap bean (CBCSB), caused by Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli responsible for expressive culture damage and reduction of seeds production and quality. The environmental impact of the indiscriminate use of pesticides has lead to search alternative methods of plant pathogens control. Resistance inducers have been efficiently successful on several plant pathogens control. Thus, this study aimed to evaluate the potential of alcohol extracts of Lippia alba (Melissa), Lippia sidoides (pepper-rosmarin), Mikania glomerata (guaco), Equisetum sp. (horsetail) and Hedera helix (English Ivy), essential oils of Rosmarinus officinalis (rosemary) and Cinnamomum zeylanicum (cinnamon) and, pyraclostrobin and acibenzolar-S-metil on the control of common bacterial blight in snap beans, Bragança cultivar. These products were used in the following assays: in vitro bactericidal activity (except for acibenzolar-S-metil), in vivo activity of greenhouse-cultivated plants treated with products and the area under the disease progress curve (AUPDC) was calculated; activity of poliphenoloxidases, peroxidases and total soluble proteins in treated anduntreated bean leaves, infected and non-infected leave collected in different stages (0, 3, 5, 8 and 10 days after sprinkling with alcohol extracts, essential oils, acibenzolar-S-metil and pyraclostrobin). Results showed in vitro activity against X. axonopodis pv. phaseoli for L. alba and L. sidoides extracts, and essential oils while pyraclostrobin did not show any in vitro activity effect. L. Alba alcohol extract, pyraclostrobin and acibenzolar-S-methy showed the lowest AUPDC values compared to control treatment. The highest poliphenoloxidases, peroxidases and total soluble proteins values were observed in plant leaflets sprinkled with these products which probably are related to resistance induction. Essential oils did not show difference on AUPDC nor protein induction. / Doutor