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Développement d'approches protéomiques pour l'étude des interactions tique / Borrelia / peauBoeuf, Amandine 13 May 2013 (has links) (PDF)
La maladie de Lyme, ou borréliose de Lyme, est une infection bactérienne causée par le spirochète Borrelia burgdorferi sensu lato et transmise à l'hôte (homme, animal) par piqûre de tique du genre Ixodes. Cette maladie, caractérisée par un polymorphisme clinique important, est la maladie à transmission vectorielle la plus répandue dans l'hémisphère nord. Un traitement par antibiotiques permet une guérison rapide, mais si la maladie est diagnostiquée tardivement, certains symptômes persistent. Actuellement, aucun vaccin n'est commercialisé pour l'homme. Dans ce contexte, nous avons développé des approches protéomiques afin d'apporter de nouveaux éléments de compréhension du mécanisme d'interactions de la triade tique / bactérie / hôte. Ces travaux, visant particulièrement le développement de nouvelles stratégies vaccinales et diagnostiques, sont articulés autour de trois parties : - L'identification, suite à de nombreuses optimisations, d'une méthode d'analyse HPLC-UV et nanoLC-MS/MS, de protéines présentes dans des extraits de glandes salivaires de tiques et possédant une activité sur la réponse immunitaire innée cutanée. Ces développements ont mis en évidence une liste restreinte de protéines potentiellement bioactives. - La mise au point, sur un modèle murin, d'une méthode de détection d'une protéine de Borrelia burgdorferi, OspC, dans des biopsies cutanées par spectrométrie de masse ciblée LC-SRM. Cette étude a ouvert des perspectives quant au développement de nouveaux outils diagnostiques. - L'évaluation de la faisabilité de la détection de Borrelia burgdorferi directement à la surface de la peau par imagerie par spectrométrie de masse MALDI-MSI.
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Éco-épidémiologie de la maladie de Lyme dans le Sud-Ouest du Québec : étude des facteurs environnementaux associés à son établissement.Bouchard, Catherine 09 1900 (has links)
Depuis les années 90, les études réalisées au Canada ont permis d’identifier de nouvelles zones endémiques de l’agent de la maladie de Lyme, Borrelia burgdorferi, ou de sa tique vectrice, Ixodes scapularis. Ces régions représentent des zones privilégiées pour étudier le cycle de transmission dans son contexte environnemental. L’objectif principal de ce projet est d’étudier les relations spirochètes – tiques - hôtes et les facteurs environnementaux impliqués dans le cycle de transmission à partir des données du vecteur et de l’agent pathogène recueilli dans le Sud-Ouest du Québec de 2007 à 2008.
Tout d’abord sera décrite la saisonnalité des tiques et des associations entre le vecteur et les hôtes rongeurs capturés. En effet, l’identification de la saisonnalité spécifique à chaque stade de la tique I. scapularis permet d’établir quels seront les mois propices pour effectuer les futures collectes de tiques. La saisonnalité synchrone des tiques immatures en quête peut également être un indicateur de la nature ou des souches de B. burgdorferi retrouvées. L’association des tiques immatures à différentes espèces ou à différentes classes d’hôtes (c.-à-d. âge, sexe, statut reproductif) a également été explorée. Nos résultats montrent que les souris du genre Peromyscus, principalement les mâles adultes, contribuent significativement à la survie et au développement du complexe I. scapularis - B. burgdorferi. Les tamias et les écureuils contribuent aussi à la survie et au développement des populations de la tique I. scapularis.
Ensuite les associations entre le vecteur et les hôtes cervidés ont été examinées en tenant compte des facteurs environnementaux associés à leur niveau d’infestation. Ceci a permis d’évaluer l’utilisation des cerfs à titre de sentinelles pour le vecteur et les agents pathogènes. D’après nos résultats, bien qu’ils soient des sentinelles efficaces pour détecter Anaplasma phagocytophilum, les cerfs semblent des sentinelles inefficaces pour détecter les zones d’établissement du complexe I. scapularis-B. burgdorferi.
Enfin, une analyse de l’impact de la diversité des hôtes et de l’habitat sur l’abondance de la tique I. scapularis et la prévalence de B. burgdorferi a été effectuée et ce, en tenant compte d’autres facteurs environnementaux. Ces analyses ont permis de déterminer les facteurs critiques pour l’établissement du complexe I. scapularis – B. burgdorferi et d’explorer la contribution relative de diverses espèces d’hôtes. D’après nos études, la diversité de la communauté d’hôte et la diversité de l’habitat influencent le complexe I. scapularis - B. burgdorferi. De plus, le climat (la température et les précipitations) joue un rôle significatif dans l’établissement, la survie et le développement des populations d’I. scapularis.
Ce projet de recherche a permis d’explorer et d’identifier divers facteurs environnementaux biotiques et abiotiques influençant l’établissement du complexe I. scapularis - B. burgdorferi dans le Sud-Ouest du Québec. Ceux-ci pourraient être utilisés à titre d’indicateurs environnementaux du risque de la maladie de Lyme au Québec et possiblement ailleurs au Canada. / Since the 90s in Canada, studies have identified new endemic areas for the agent of Lyme disease, Borrelia burgdorferi and the tick vector, Ixodes scapularis. These newly endemic areas for complex I. scapularis - B. burgdorferi are prime areas to study the transmission cycle in its environmental context. The main objective of this project is to study the spirochete-tick-host relationships and environmental factors involved in the transmission cycle from the data of the vector and the pathogen collected in southwestern Quebec, 2007 to 2008.
First, a description of the seasonality of ticks and associations between the vector and captured rodent hosts was performed. The identification of specific seasonality at each stage of the tick I. scapularis establishes months conducive to make the future collections of ticks. Synchronous seasonality of questing immature ticks may also be an indicator of the nature or strain of B. burgdorferi found. In addition, the association of immature ticks in different species or different classes of hosts (i.e. age, sex, reproductive status) was explored. The Peromyscus mice and adult males in particular contributed significantly to the survival and development of complex I. scapularis-B. burgdorferi. Chipmunks and squirrels also contributed to the survival and development of I. scapularis populations.
Second, the associations between vector and examined deer was described taking into account the environmental factors associated with the level of infestation and the use of deer as sentinels for the vector and the pathogen was evaluated. According to our results, the deer are effective sentinels to detect Anaplasma phagocytophilum, but seem ineffective or imprecise to detect endemic areas for complex I. scapularis-B. burgdorferi.
Finally, an analysis of the impact of the host diversity and habitat on the abundance of I. scapularis and prevalence of B. burgdorferi considering other environmental factors was performed. These analyzes were used to determine the critical factors in the establishment of complex I. scapularis-B. burgorferi and explore the relative contribution of various host species. According to our studies, the diversity of the host community and habitat influences the complex I. scapularis-B. burgdorferi. On the other hand, the climate (temperature and precipitation) plays a significant role in the establishment, survival and development of the I. scapularis populations.
This study allowed us to explore and identify various biotic and abiotic environmental factors influencing the establishment of complex I. scapularis-B. burgdorferi in southwestern Quebec. These environmental factors could be used as environmental indicators of the risk of Lyme disease in Quebec and possibly elsewhere in Canada.
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Éco-épidémiologie de la maladie de Lyme dans le Sud-Ouest du Québec : étude des facteurs environnementaux associés à son établissementBouchard, Catherine 09 1900 (has links)
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Utilisation des outils phylogéographiques pour explorer la diversité génétique de Borrelia burgdorferi et le paysage génétique de la maladie de Lyme au CanadaMechai, Samir 04 1900 (has links)
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Estimer le risque associé aux maladies vectorielles dans un contexte d’émergence : cas de la maladie de Lyme et du virus du Nil occidental au QuébecRipoche, Marion 12 1900 (has links)
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Efficacité des isoxazolines pour traiter le réservoir principal de l’agent de la maladie de Lyme, la souris Peromyscus leucopusDimitri Masson, Gabrielle 04 1900 (has links)
La maladie de Lyme est émergente au Canada; le risque engendré par cette maladie vient en partie de la ténacité de son vecteur et des méthodes limitées pour réduire son abondance dans l’environnement. Actuellement, peu de moyens de prévention visent de manière efficace et sécuritaire le réservoir principal de la bactérie responsable de la maladie, la souris à patte blanche Peromyscus leucopus. L’objectif de ce projet était d’évaluer l’efficacité des isoxazolines, une nouvelle classe d’antiparasitaire, lorsqu’administré sous forme d’appâts oraux aux micromammifères résidents d’un site endémique pour la maladie de Lyme. Les appâts furent distribués lors de l’été 2018 et 2019, sur les terrains choisis du parc national des Mille-Îles, en Ontario. La capture de micromammifères, en terrain traité et non traité, nous permit d’évaluer l’infestation (nombre de tiques par souris) du réservoir Peromyscus alors que l’effet du traitement sur la densité de tiques dans l’environnement fut estimé par la technique de flanelle. L’impact de la molécule d’isoxazoline employée (sarolaner versus fluralaner), de la biodiversité et du type d’environnement (caractéristiques de la forêt, température, humidité) fut également évalué. Des modèles linéaires mixtes binomiale négative furent composés pour déterminer l’impact de chacune des variables mesurées et du traitement sur les variables dépendantes, soit le nombre de tiques sur les souris capturées et la densité de nymphes dans l’environnement. Après deux étés de traitement, les souris capturées sur les microsites traités furent significativement moins infestées que les souris capturées sur les microsites contrôles pour 3 des 5 sites étudiés. Par contre, aucune diminution significative du nombre de nymphes dans l’environnement ne fut observée, probablement dû à la courte durée du devis d’étude. La densité de nymphes dans l’environnement variait toutefois en fonction de l’année d’échantillonnage et était positivement corrélée avec la biodiversité au niveau du microsite. Le nombre de tiques sur Peromyscus spp. était associé au sexe (les mâles étant plus infesté) et à la taille de l’animal, au mois et à l’année de la capture, à une forte densité de larves dans l’environnement et au traitement effectué sur le microsite de capture. Le fluralaner se montra plus efficace à réduire l’infestation moyenne des rongeurs. Cette étude fut la première à étudier l’utilisation de saronaler oral chez le réservoir principal de l’agent de la maladie de Lyme en milieu naturel. L’effet du traitement chez les micromammifères est prometteur, mais son efficacité pour réduire la densité de tiques dans l’environnement reste à confirmer. / Lyme disease is the most common vector-borne disease in North America; the risk caused by the disease is partly due to its tick vector’s tenacity and limited number of approaches to reduce its abundance in the environment. Few existing methods efficiently and safely target the principal host for the bacteria, white-footed mice Peromyscus leucopus.The objective of this thesis was to evaluate the efficacy of a new family of antiparasitic drug, isoxazolines, when passively administered as an oral bait to micromammals in endemic site for Lyme disease. Oral baits were distributed during the summer of 2018 and 2019 on five selected sites in the Thousand Islands National Park. Density of ticks in the environment was estimated using drag sampling while small mammal trapping allowed biodiversity and infestation (number of ticks per mouse) to be assess. Impact of isoxazoline used (sarolaner or fluralaner), biodiversity and characteristics of environment (type of forests, temperature, humidity) were also evaluated. Linear mixed models were fitted to determine the impact of measured variables and treatment on infestation level and density of questing nymphs. Results show a significant reduction in tick load for mice captured on treatment plots compared to control plots for 3 out of 5 sites. However, we did not observe a significant reduction in the density of questing nymphs, probably due to the limited duration of the study. Density of nymphs followed interannual variation and was best explained by humidity levels at the time of sampling and plot-level host biodiversity. Peromyscus spp. infestation was linked to the sex (male being more infested) and body length of the mice, high density of questing larvae, year and month of capture and treatment applied to the microsite. Fluralaner showed to be more efficient at reducing mice average tick load. This study was the first to use oral sarolaner to treat the most important reservoir for the Lyme disease agent in the environment. Our protocol did not significantly reduce questing nymphs in the environment for the duration of this study but could potentially diminish Lyme disease human risk with long term use through reduced Peromyscus infestation.
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L’utilité des médias sociaux pour la surveillance épidémiologique : une étude de cas de Twitter pour la surveillance de la maladie de LymeLaison, Elda Kokoe Elolo 12 1900 (has links)
La maladie de Lyme est la maladie transmise par tiques la plus répandue dans l’hémisphère du Nord. Le système de surveillance des cas humains de la maladie de Lyme est basé sur un système passif des cas par les professionnels de santé qui présente plusieurs failles rendant la surveillance incomplète. Avec l’expansion de l’usage de l’internet et des réseaux sociaux, des chercheurs proposent l’utilisation des données provenant des réseaux sociaux comme outil de surveillance, cette approche est appelée l’infodémiologie. Cette approche a été testée dans plusieurs études avec succès. L’objectif de ce mémoire est de construire une base de données à partir des tweets auto-déclarés, des tweets classifiés et étiquetés comme un cas potentiel de Lyme ou non à l’aide des modèles de classificateurs basés sur des transformateurs comme, BERTweet, DistilBERT et ALBERT. Pour ce faire, un total de 20 000 tweets en anglais en lien avec la maladie de Lyme sans restriction géographique de 2010 à 2022 a été collecté avec la plateforme API twitter. Nous avons procédé au nettoyage la base de données. Ensuite les données nettoyées ont été classifiées en binaire comme cas potentiels ou non de la maladie de Lyme sur la base des symptômes de la maladie comme mots-clés. À l’aide des modèles de classification basés sur les transformateurs, la classification automatique des données est évaluée en premier sans, et ensuite avec des émojis convertis en mots.
Nous avons trouvé que les modèles de classification basés sur les transformateurs performent mieux que les modèles de classification classiques comme TF-IDF, Naive Bayes et autres ; surtout le modèle BERTweet a surpassé tous les modèles évalués avec un score F1 moyen de 89,3%, une précision de 97%, une exactitude de 90% et un rappel de 82,6%. Aussi l’incorporation des émojis dans notre base de données améliore la performance de tous les modèles d’au moins 5% mais BERTweet a une fois de plus le mieux performé avec une augmentation de tous les paramètres évalués. Les tweets en anglais sont majoritairement en provenance des États-Unis et pour contrecarrer cette prédominance, les futurs travaux devraient collecter des tweets de toutes langues en lien avec la maladie de Lyme surtout parce que les pays européens où la maladie de Lyme sont en émergence ne sont pas des pays anglophones. / Lyme disease is the most common tick-borne disease in the Northern Hemisphere. The surveillance system for human cases of Lyme disease has several flaws which make the surveillance incomplete. Nowadays with the extensive use of internet and social networks, researchers propose the use of data from social networks as a surveillance tool, this approach is called Infodemiology. This approach has been successfully tested in several studies.
The aim of this thesis is to build a database from self-reported tweets, capable of classifying a tweet as a potential case of Lyme or not using BERT transformer-based classifier models.
A total of 20,000 English tweets related to Lyme disease without geographical restriction from 2010 to 2022 were collected with twitter API. Then these data were cleaned and manually classified by binary classification as potential Lyme cases or not using as keywords the symptoms of Lyme disease; Also, emojis have been converted into words and integrated. Using classification models based on BERT transformers, the labeling of data as disease-related or non-disease-related is evaluated first without, and then with emojis.
Transformer-based classification models performed better than conventional classification models, especially the BERTweet model outperformed all evaluated models with an average F1 score of 89.3%, precision of 97%, accuracy of 90%, and recall of 82.6%. Also, the incorporation of emojis in our database improves the performance of all models by at least 5% but BERTweet once again performed best with an increase in all parameters evaluated. Tweets in English are mostly from the United States and to counteract this predominance, future work should collect tweets of all languages related to Lyme disease especially because the European countries where Lyme disease are emerging are not English-speaking countries.
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Évaluation d’une intervention «Une seule santé» pour réduire le risque de maladie de Lyme dans une municipalité endémiquePotes, Liliana 12 1900 (has links)
Une intervention préventive « Une seule santé » intégrant des composantes environnementales et communautaires pour la prévention et la réduction du risque de la maladie de Lyme a été réalisée dans une municipalité de la province du Québec, au Canada. La maladie de Lyme est la maladie vectorielle la plus fréquente en Amérique du Nord. Transmise à l’humain par la piqûre d’une tique infectée par la bactérie Borrelia burgdorferi, cette maladie se propage vers le nord du territoire canadien, par le déplacement des vecteurs et hôtes de la maladie influencés principalement par les changements climatiques. L’approche « Une seule santé » représente un moyen innovant pour faire face à la problématique. Cette approche repose sur l’idée que relier la santé humaine, animale et environnementale permet de mettre en œuvre des programmes plus efficaces qui apportent de meilleurs résultats pour améliorer la santé publique. Ce projet de maîtrise est une première étude d’évaluation d’une intervention « Une seule santé » qui utilise une approche participative et d'engagement communautaire.
Le premier objectif du projet était d’évaluer, à l’aide d’une étude transversale, si les niveaux de connaissances, d'attitudes et de pratiques concernant les tiques et la maladie de Lyme étaient différents entre les citoyens de Bromont qui ont participé ou non à l'intervention. La méthodologie utilisée était quantitative. Les résultats suggèrent qu’il y a une association positive entre la perception de l’efficacité des mesures préventives et l’adoption de ces mesures quand il y a une participation à l’intervention. Le deuxième objectif était l’évaluation de la mise en œuvre de l’intervention à partir de sept indicateurs de performance de qualité. La méthodologie utilisée était un devis mixte, principalement qualitative. Les résultats démontrent que la mise en œuvre de l’intervention intégrée, elle a été perçue comme pertinente, utile et originale par les résidents. L’approche participative et l’engagement communautaire utilisés pour l’intervention étaient considérés comme des bons moyens de responsabiliser les citoyens en matière de prévention. La participation de la communauté dans l’intervention a permis de cibler les besoins spécifiques des résidents de la région relatifs à la maladie de Lyme.
Le développement d’une intervention dans le contexte de la prévention de la santé en partenariat avec la municipalité, la communauté, les entités de recherche et la santé publique est bien apprécié. De plus, le projet a permis de documenter le travail en collaboration avec la municipalité et la communauté pour mieux planifier et développer les futures interventions adaptées à la population et à la problématique. / A "One Health" preventive intervention integrating environmental and community components for the prevention and risk reduction of Lyme disease was implemented in a municipality in the province of Quebec, Canada. Lyme disease is the most common vector-borne disease in North America. Transmitted to humans by the bite of a tick infected with the bacterium Borrelia burgdorferi, this disease is spreading northward in Canada, through the movement of vectors and hosts of the disease, mainly influenced by climate change. The "One Health" approach represents an innovative way to address this issue. This approach is based on the idea that linking human, animal, and environmental health allows for more effective programs that lead to better public health outcomes. This master's project is an initial evaluation study of a "One Health" intervention that uses a participatory and community engagement approach.
The first objective of the project was to assess, through a cross-sectional study, whether the levels of knowledge, attitudes and practices regarding ticks and Lyme disease differed between Bromont citizens who did and did not participate in the intervention. The methodology used was quantitative. The results suggest that there is a positive association with the perception of the effectiveness of preventive measures and the adoption of these measures when there is participation in the intervention. The second objective was to evaluate the implementation of the intervention using seven quality performance indicators. The methodology used was a mixed-methods, primarily qualitative. The results show that the implementation of the integrated intervention was perceived as relevant, useful, and original by the residents. The participatory approach and community engagement used in the intervention were considered good ways to empower citizens in prevention. Community involvement in the intervention helped to target the specific needs of residents related to Lyme disease.
The development of an intervention in the context of health prevention in partnership with the municipality, the community, research entities and public health is well appreciated. In addition, the project documented the collaborative work with the municipality and the community to better plan and develop future interventions adapted to the population and the issue.
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Mesurer et prédire l'adaptation aux changements climatiques dans les municipalités québécoises : développement et validation d'indices et mesure des déterminants psychosociaux de l'actionJacob, Johann 09 November 2022 (has links)
Alors que les entités municipales se trouvent devant la nécessité d'agir pour protéger leurs populations des impacts liés à différents aléas climatiques, l'évaluation des progrès réalisés en adaptation fait l'objet d'un intérêt grandissant. Or, faute d'approches permettant d'évaluer objectivement les progrès des efforts municipaux d'adaptation, il apparaît nécessaire, dans le développement d'indicateurs d'adaptation, d'accorder une grande importance aux aspects méthodologiques et psychométriques, telles la fidélité et la validité des instruments de mesure. Cette thèse poursuit donc deux objectifs généraux. Elle vise d'abord à développer et valider deux indices de mesure en vue de dresser un portrait de la situation actuelle en ce qui concerne les municipalités québécoises en matière de pratiques et comportements d'adaptation aux impacts des vagues de chaleur/inondations et à la maladie de Lyme. Elle vise ensuite à identifier les facteurs associés à l'adoption par les municipalités québécoises d'interventions d'adaptation relatives à ces trois aléas. La thèse repose sur trois articles. Le premier article illustre le processus d'élaboration et de validation, à l'aide d'analyses métrologiques, d'un indice d'adaptation aux vagues de chaleur et aux inondations à l'échelle des urbanistes et des aménagistes œuvrant au sein d'entités municipales québécoises. Le second article s'appuie sur la théorie du comportement planifié (TCP) ainsi que sur certains construits théoriques du modèle des croyances relatives à la santé afin de prédire l'adoption d'interventions préventives pour la maladie de Lyme à l'échelle des municipalités québécoises. Enfin, le troisième article identifie les facteurs psychosociaux de la TCP qui prédisent et expliquent le mieux l'adoption de comportements d'adaptation, cette fois à la chaleur et aux inondations, par les autorités municipales du Québec. Les indices développés permettent de jeter un premier regard multidimensionnel sur le niveau d'adaptation des municipalités québécoises. Les résultats montrent que de façon générale, les municipalités sont actives bien qu'elles soient moins souvent engagées dans des mesures structurantes d'adaptation - qui peuvent avoir des implications financières et stratégiques importantes pour l'organisation – que dans des mesures préparatoires à l'adaptation. Ces résultats suggèrent que les municipalités sont relativement nombreuses à adopter des actions d'adaptation, sans pour autant s'inscrire dans une démarche officielle d'adaptation, au sens d'un processus continu de gestion adaptative. Quant aux facteurs associés à l'adoption de mesures d'adaptation, les analyses ont montré que, contrairement aux normes sociales, les attitudes à l'égard de l'adoption de pratiques d'adaptation et les barrières perçues semblent représenter des prédicteurs importants de l'adaptation à l'échelle des municipalités québécoises. Les barrières perçues peuvent également modérer l'association entre l'intention d'agir et l'adoption de mesures d'adaptation, ce qui suggère que la force de l'association entre l'intention et la décision de passer à l'action se trouve réduite lorsque les responsables municipaux perçoivent des obstacles à l'action. Les résultats de cette thèse ont des implications importantes sur le plan du suivi et évaluation des progrès en matière d'adaptation, ainsi qu'en ce qui concerne la conception d'interventions visant à favoriser l'adoption de pratiques d'adaptation. / While municipal entities are faced with the need to act to protect their populations from the impacts related to various climate hazards, there is a growing interest in assessing the progress made in terms of adaptation. That said, given the lack of approaches for objectively assessing progress from municipal adaptation efforts, it appears necessary, when developing adaptation indicators, to attach great importance to the methodological and psychometric aspects, such as reliability and validity of the measurement instruments. Consequently, this thesis has two general objectives. The first is to develop and validate two measurement indices with a view to drawing a portrait of the current situation in Quebec municipalities regarding practices and behaviours for adapting to heat waves, floods and Lyme disease. The next objective is to identify the factors associated with Quebec municipalities' implementation of adaptation interventions related to these three hazards. The thesis is based on three articles. The first article illustrates the development and validation process, using metrological analyses, of an index of adaptation to heat waves and floods at the level of urbanists and urban planners working in Quebec's municipal entities. The second article rests on the theory of planned behaviour as well as on some theoretical constructs of the health belief model to predict the implementation of preventive interventions for Lyme disease across Quebec municipalities. Finally, the purpose of the third article is to identify the psychosocial factors of the theory of planned behaviour that best predict and explain the adoption of adaptation behaviours, this time to heat and floods, by Quebec's municipal authorities. The indices developed help provide a first multidimensional view of Québec municipalities' levels of adaptation. The results show that, generally, the municipalities are active, even though they are less frequently involved in structuring adaptation measures which may have significant financial and strategic implications for the organization than in the adoption of groundwork adaptation actions. These results suggest that a relatively large number of municipalities are carrying out adaptation actions, but not as part of an official adaptation process, in the sense of continuous adaptive management. As for the factors associated with the implementation of adaptation measures, the analyses showed that contrary to social norms, attitudes towards the adoption of adaptation practices and perceived barriers seem to represent important predictors of adaptation across Quebec municipalities. Perceived barriers may also moderate the association between the intention to act and the adoption of adaptation measures, which suggests that the strength of the association between the intention and the decision to take action is reduced when municipal officials perceive obstacles to the action. The results of this thesis have significant implications for the monitoring and evaluation of the progress made in terms of adaptation, as well for the designing of interventions intended to promote the implementation of adaptation practices.
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La surveillance sentinelle pour les maladies vectorielles : une étude de cas de la maladie de Lyme au Canada Sentinel surveillance for vector-borne disease : a case study of Lyme disease in CanadaGuillot, Camille 03 1900 (has links)
Les maladies vectorielles sont en processus d’émergence à travers le monde. Au Canada, la maladie de Lyme (ML) a été identifiée comme une maladie infectieuse émergente prioritaire. La surveillance, si elle est efficace, peut suivre le portrait d’une maladie en évolution afin d'informer les autorités de santé publique; toutefois, en raison de ressources limitées, elle doit être optimisée. La surveillance sentinelle permet de réduire les coûts, car un nombre limité d'unités statistiques sont mesurées de manière répétée dans le temps. Néanmoins, ces unités sentinelles doivent être représentatives du portrait épidémiologique de la maladie pour assurer l'efficacité du système de surveillance. Le premier objectif de cette thèse était d'évaluer la représentativité de la surveillance sentinelle pour décrire le risque de ML au Québec, Canada. Deux types de systèmes de surveillance active acarologique sont déjà en place au Québec : 1) un système sentinelle, où les sites de terrain sentinelles sont maintenus constants et visités à chaque saison de terrain, et 2) un système de surveillance basé sur le risque où les sites accessoires sont priorisés en fonction de leur profil de risque. Des mesures de danger acarologique, en termes d'estimations de la densité de nymphes, ont été dérivées des sites sentinelles entre 2015 et 2019 et comparées à celles obtenues dans les sites accessoires. Les mesures de danger acarologique dérivées des sites sentinelles ont également été corrélées avec le nombre de cas humains rapportés à l'échelle municipale pour déterminer si elles étaient représentatives du risque de ML pour la population humaine. Il a été démontré que le système de surveillance sentinelle était capable de suivre les tendances spatio-temporelles d’incidence de ML dans les populations humaines de la zone d'étude et fournissait un meilleur indicateur de l’incidence de ML par rapport au système de surveillance basé sur le risque. Cependant, bien que les modèles aient pu prédire le risque de maladie de Lyme, les sites sentinelles n'ayant pas été choisis selon une approche validée, on peut émettre l’hypothèse que l’utilisation d'une approche holistique standardisée pour la sélection de sites sentinelles pourrait optimiser le design spatial du système de surveillance. Le deuxième objectif de cette thèse était de développer une telle approche et de l'appliquer à une étude de cas : la surveillance acarologique sentinelle pour le risque de ML à travers le Canada. Une revue de la portée a été utilisée pour inventorier les initiatives précédentes de surveillance sentinelle pour les maladies vectorielles, et pour cataloguer les critères qui ont été utilisés pour sélectionner les emplacements des unités sentinelles dans la zone d'étude. Les articles pertinents ont ensuite été analysés à l'aide d'une revue du type réaliste afin de créer un outil décisionnel permettant de sélectionner des critères pertinents pour la planification du design spatial d'un système de surveillance sentinelle pour les maladies vectorielles. Enfin, l'outil a été utilisé lors de la création d'un nouveau réseau de surveillance sentinelle pour le risque de ML au Canada; les critères retenus ont été incorporés dans une analyse multi-critères spatiale afin de sélectionner les régions sentinelles pour le réseau de surveillance acarologique active. Dans l'ensemble, cette thèse a exploré la surveillance sentinelle pour les maladies vectorielles, et a développé et testé une approche pour optimiser et standardiser la planification du design spatial des systèmes de surveillance sentinelle pour les maladies vectorielles. Dans de futurs travaux, cette approche devrait être mise en œuvre, évaluée et validée pour d’autres maladies et contextes épidémiologiques. / Vector-borne diseases are emerging all over the globe. In Canada, Lyme disease (LD) has been identified as a priority emerging infectious disease. Public health surveillance, if effective, can track disease risk to inform public health authorities; however, due to finite resources, it must be optimized. Sentinel surveillance can cut costs, since a limited number of statistical units are measured repeatedly through time. Nonetheless, these sentinel units must be representative of the risk landscape to ensure an effective surveillance system. The first objective of this thesis was to evaluate the representativeness of sentinel tick surveillance for the risk of LD in Québec, Canada. Two types of tick-based active surveillance systems are already in place in Québec: 1) a sentinel system, where sentinel field sites are kept constant and visited every field season, and 2) a risk-based surveillance system where accessory sites are prioritized according to their risk profile. Acarological hazard measures, in the form of nymph density estimates, were derived from sentinel sites between 2015 and 2019 and compared with those obtained from accessory sites. Hazard measures derived from sentinel sites were also correlated with LD incidence at the municipal scale to see if they were representative of LD risk to human populations. It was shown that the sentinel tick-based surveillance system was able to follow spatiotemporal LD incidence trends in human populations across the study zone and provided a better indicator of LD incidence in comparison with the risk-based surveillance system. However, as sentinel sites were not chosen using a validated approach, it can be hypothesized that the spatial design for the system could be optimized through the development of a standardized, holistic approach for sentinel site selection. The second objective of this thesis was therefore to develop such an approach and apply it to a case example: sentinel surveillance of LD across Canada. A scoping review was used to inventory previous sentinel surveillance initiatives for vector-borne diseases, and catalogue criteria which had been used to select sentinel unit locations across the study zone. Relevant papers were subsequently analyzed using a realist-type review to create a decision tool to select relevant criteria for planning the spatial design of a sentinel surveillance system for vector-borne diseases. Finally, the tool was applied to guide the creation of a new sentinel tick-based surveillance network for LD risk in Canada; the retained criteria were incorporated into a spatial multi-criteria decision analysis to select sentinel regions for the active surveillance network. Overall, this thesis has explored sentinel surveillance for vector-borne disease and has developed and applied an approach to optimize and standardize spatial design planning for vector-borne sentinel surveillance systems. In future work, this approach should be implemented, evaluated, and validated for other types of diseases and epidemiological contexts.
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