Orientador: Marcos Nogueira Eberlin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-21T22:37:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gozzo_FabioCesar_M.pdf: 2210136 bytes, checksum: da6c24da314306814984ee539b50636d (MD5) Previous issue date: 1996 / Mestrado

Orientador: Concetta Kascheres / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-20T02:03:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Atala_MerciaDelia_M.pdf: 3495079 bytes, checksum: 1a136e0b826a920cb0694583c891e44c (MD5) Previous issue date: 1985 / Mestrado

Made available in DSpace on 2019-03-30T00:18:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2018-01-04 / The antiphospholipid syndrome (APS) is characterized by thrombotic events and gestational loss of repetition and is considered the most common acquired thrombophilia. When it is not associated with any connective tissue disease it is said to be primary APS (PAPS). Although diferente mechanisms have been proposed to explain the state of hypercoagulability in APS, such as the induction of tissue factor expression by endothelial cells and monocytes, the precise pathogenesis of the disease remains unknown. In this study, using mass spectrometry, one of the most sensitive current proteomic techniques, allowing the large-scale study of the expression, location and structure profiles of different proteins of the organism, we evaluated on the plasma a pattern expressed protein of 14 patients with PAPS when compared to 17 controls, matched for age and sex. As a result, a pattern of 11 different proteins was detected in plasma from PAPS carriers over controls. Four proteins were related to pathophysiological mechanisms involved in the development of thrombosis: alpha-chain fibrinogen, gamma-chain fibrinogen, apolipoprotein C-III and ¿-1-glycoprotein-1. These proteins are functionally related to processes primarily associated with the induction of a pro-coagulant state, as well as autoimmune responses. The use of these proteins as biomarkers, may help the management of patients with PAPS, as it¿s a useful tool to identify the risk of developing thromboembolic complications. Future prospective studies should confirm these findings using a larger number of patients with APS. Keywords: mass spectrometry; biomarkers; antiphospholipid syndrome. / A síndrome antifosfolípide (SAF) é caracterizada por eventos trombóticos e perdas gestacionais de repetição e é considerada a trombofilia adquirida mais comum. Quando não está associada a alguma doença do tecido conectivo é dita como SAF primária (SAFP). Embora diferentes mecanismos tenham sido propostos para explicar o estado de hipercoagulabilidade na SAF, como a indução da expressão do fator tecidual por células endoteliais e monócitos, a fisiopatologia precisa da doença ainda não é totalmente conhecida. Nesse estudo, utilizando a espectrometria de massas, uma das técnicas proteômicas atuais mais sensíveis, que permite o estudo em grande escala dos perfis de expressão, localização e estrutura de diferentes proteínas do organismo, avaliamos o padrão de proteínas expressas no plasma de 14 pacientes portadores de SAFP comparados com o de 17 controles, pareados para idade e sexo. Como resultado, um padrão de 11 proteínas diferentes foi detectado no plasma de portadores de SAFP em relação aos controles. Quatro proteínas apresentaram relação com mecanismos fisiopatogênicos envolvidos no desenvolvimento da trombose: fibrinogênio de cadeia alfa, fibrinogênio de cadeia gama, apolipoproteína C-III e a ¿-1- glicoproteína-1. Essas proteínas estão relacionadas funcionalmente com processos principalmente associados à indução de um estado pró-coagulante, bem como respostas autoimunes. A utilização dessas proteínas como biomarcadores, pode auxiliar o manejo de pacientes com SAFP, por ser uma ferramenta útil para identificar o risco de desenvolver complicações tromboembólicas. Futuros estudos prospectivos devem confirmar esses achados utilizado um número maior de pacientes com SAFP. Palavras-chaves: espectrometria de massas; biomarcadores; síndrome antifosfolipídica.

Orientador: Marcos Nogueira Eberlin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-22T08:30:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sorrilha_AnaElisaPintoMoreira_D.pdf: 4964997 bytes, checksum: e6e5d82a2a945a5188490186d62f07cb (MD5) Previous issue date: 1996 / Doutorado

Orientador: Jaime Amaya-Farfan / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-22T16:20:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pereira_MaricildaRegina_M.pdf: 3754163 bytes, checksum: d14c3e491b3345639e10ce048b39050d (MD5) Previous issue date: 1997 / Resumo: O resumo poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: The abstract is available with the full electronic digital document / Mestrado / Mestre em Ciência da Nutrição

Orientadores: Anita Jocelyne Marsaioli / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-22T18:41:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Alves_PericlesBarreto_D.pdf: 8158372 bytes, checksum: 402660b32655d5b44d4e2146d3d78d07 (MD5) Previous issue date: 1997 / Doutorado

Orientador: Cesar Francisco Ciacco / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-26T10:50:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Francischi_MarciadeLourdesPereirade_D.pdf: 41883011 bytes, checksum: dd0b40eda0f7e0bd13e6ae2cc009e8cb (MD5) Previous issue date: 2000 / Resumo: O trigo duro (Triticum durum L.) tem sido usado na maioria dos países como a matéria-prima adequada para a elaboração de pastas alimentícias pois confere ao produto propriedades reológicas adequadas para o processo de extrusão e quando são submetidos ao cozimento, apresentam boas características de elasticidade, sendo resistentes à desintegração e à pegajosidade, retendo a textura firme. Essa característica do trigo duro, entretanto, está subordinada às condições de cultivo e fatores genéticos. Este trabalho teve como objetivo investigar as características tecnológicas de dez genótipos de trigo duro resultantes de germoplasmas provenientes do CIMMYT (Centro Internacional de Mejoramiento de Maiz y Trígo), México, introduzidos no Brasil pelo Instituto Agronômico de Campinas (LAC.). Esses genótipos foram cultivados, sob irrigação por aspersão, em solos corrigidos com calagem. Os dez genótipos foram avaliados em comparação com uma amostra comercial de trigo duro canadense (CWAD). Em uma primeira abordagem, realizou-se a caracterização fisico-química dos grãos através da determinação de peso hectolitro (kgIhL), dureza (kgm), vitreosidade e testes de sedimentação com dodecil sulfato de sódio (SDS). Além disso determinou-se a composição centesimal aproximada. Os resultados obtidos mostraram que para o peso hectolitro todos os genótipos superaram o valor de 80 kgIhL, considerado minimo para a classificação dos grãos de trigo duro canadense como grau n° 1; que a amostra comercial de trigo duro canadense (CWAD) obteve o menor valor para a dureza, enquanto que os genótipos 1, 2, 4, 7, 8 e 9 se destacaram; para a vitreosidade todos os genótipos apresentaram resultados acima de 750/0,com exceção do 11 (CWAD); para os testes de sedimentação os genótipos 4 e 7 apresentaram os menores volumes de sedimento, tanto pela metodologia AXFORD et al., (1978) quanto pela metodologia proposta pela AAC.C. (1995). Em relação à composição centesimal, os resultados mostraram que os maiores valores para proteínas foram os dos genótipos 7 (14,64%) e 8 (14,50%), enquanto que o 11 (CWAD) foi o menor (12,56%). O conteúdo de cinzas (1,43% a 1,88%) e o de lipídios (3,24 a 4,04%) foram semelhantes aos dados da literatura para trigos duros ¿Observação: O resumo, na íntegra poderá ser visualizado no texto completo da tese digital. / Abstract: Dunun wheat (Triticum durum L) has been used in most countries as the best raw material for pasta production due to its suitable rheological properties for extrusion. Pasta from durum wheat when submitted to cooking also shows good characteristics of elasticity being resistant to disintegration and stickiness, while keeping firm texture. However, this characteristic of durum wheat is dependent on agronomic practices and genetic factors. The purpose of this study was to investigate the technological characteristics of ten Brazilian durum wheats genotypes, imported from CIMMYT (Centro Internacional de Mejoramiento de Maiz y Trigo), México, and propagated in Brazil by the Agronomic Institute of Campinas. These genotypes were cultivated, under sprinkler irrigation, in acid-corrected soils. The ten genotypes were evaluated in relation to a commercial sample of Canadian wheat amber durum (CWAD). As a first approach, a physical-chemical evaluation of the grain was made by the determination of its density (kg/hL), hardness (kgm), vitreousness and sedimentation tests with sodium dodecylsulfate (SDS). The chemical compositionswere also determined Resuits showed that alI genotypes exceeded the density value of 80 kg/hL, considered as a minimum for grade n° 1 according to the Canadian system of durum wheat; that the commercial sample of Canadian wheat amber durum (CWAD) got the lowest value for hardness, while genotypes 1, 2, 4, 7, 8 e 9 had the highest hardness values; al1 genotypes reached results above 75% for vitreouness, except for sample 11 (CWAD); genotypes 4 and 7 showed the lowest sediment volume either by the AXFORD et al. (1978) methodology or by the methodology proposed by AAC.C. (1995). In relation to the chemical composition, the results showed that the highest values for proteins were found for genotypes 7 (14,64) and 8 (14,50%), while 11 (CWAD) had the lowest content (12,56%). The ash (1,43 to 1,88%) and lipids (3,24 to 4,04%) contents were similar to those found in the literature ...Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations. / Doutorado / Doutor em Ciência da Nutrição

Orientador : Marcos Nogueira Eberlin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-28T17:32:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Moraes_LuizAlbertoBeraldode_D.pdf: 6211691 bytes, checksum: 5e9788b7a69105913278bfdf2322919f (MD5) Previous issue date: 1999 / Doutorado

Orientador : Jose Camillo Novello / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-02T23:24:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Smolka_MarcusBustamante_D.pdf: 13169476 bytes, checksum: 534084d55f017b34ca272ac8bba62a9e (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: A bactéria Xy/ella fastidiosa é responsável por várias doenças de plantas economicamente importantes, incluindo a clorose variegada do citros (CVC). Apesar de seu genoma já estar completamente sequenciado, os estudos das proteínas expressas pela bactéria são quase inexistentes. Na presente tese, foi utilizada a eletroforese de duas dimensões em combinação com a espectrometria de massas para identificar os produtos de 142 diferentes genes da X. fastidiosa, incluindo proteínas secretadas e as relacionadas com adesão, que apresentam particular interesse para o estudo da patogenicidade. Análise comparativa do perfil protéico da bactéria crescida como colônias isoladas em meio sólido de cultura com o da bactéria formando biofilme em meio líquido de cultura indicou a expressão específica de uma cisteíno protease, uma lipase e uma isoforma da subunidade da fímbria do tipo IV na condição de formação de biofilme. Análise do índice de uso de códons específicos ("codon bias") das proteínas mais expressas no extrato celular total revelou uma distribuição de valores inesperadamente baixa, o que é proposto como sendo possível causa da natureza fastidiosa da X. fastidiosa. Um banco de dados disponibilizando as informações geradas foi construído e pode ser acessado pela intemet: URL: www.proteome.ibLunicamp.br. Os resultados representam um esforço inicial para a caracterização da expressão de proteínas na X. fastidiosa e devem ajudar a promover um maior entendimento dos mecanismos de sobrevivência, adesão e secreção, bem como viabilizar subsequentes estudos de análise diferencial do proteoma da X. fastidiosa em diversos modelos experimentais. Na segunda parte da tese é mostrado um novo método para análise quantitativa de proteomas por espectrometria de massas. A estratégia proposta se baseia em marcar duas amostras a serem comparadas com diferentes formas isotópicas do reagente ICA T ("Isotope Coded Afinity Tags"), comigrá-Ias num único gel 2DE e identificar e quantificar as proteínas por espectrometria de massas. Os resultados mostram que proteínas rotuladas com as formas isotopicamente pesada e normal do reagente ICA T comigram na mesma posição em géis 2DE. Quando as proteínas são subsequentemente digeridas e analisadas por espectrometria de massas, a razão da abundância relativa das proteínas em cada amostra pode ser determinada precisamente, baseando-se nas intensidades relativas do sinal espectro métrico dos peptídios contendo as diferenças isotópicas. Utilizando esta estratégia, foi possível realizar quantificações com precisão melhor que 20 % / Abstract: The bacteria Xy/ella fastidiosa is the causative agent of a number of economically important crop diseases, including citrus variegated chlorosis (CVC). Although its complete genome is already sequenced, X. fastidiosa is poorly characterized by biochemical approaches at the protein level. In the present work it was used two dimensional electrophoresis in combination with mass spectrometry to identify the products of 142 different X. fastidiosa genes, including secreted and adhesion related proteins that show particular interest for the study of pathogenesis. Comparative proteome analysis of the bacteria grown as isolated colonies on a solid culture medium and the bacteria forming biofilm on a liquid culture medium indicated the specific expression of a cysteine protease, a lipase and an isoform of the type IV fimbriae subunit in the biofilm forming condition. A codon usage analysis of the most expressed proteins from the whole cell extract revealed a low biased distribution, which we propose to be related with the slow growing nature of X. fastidiosa. A database of the X. fastidiosa proteome was developed and can be accessed via the intemet (URL: www.proteome.ibLunicamp.br). The results represent an initial effort to characterize protein expression in X. fastidiosa and should contribute for a better understanding of the survival, adhesion and secretion mechanisms. It also provides the basis for subsequent differential proteome analysis on various experimental models. The second part of the thesis presents a new method for quantitative proteome analysis using mass spectrometry. The proposed strategy is based on labelling two different samples to be compared with the different istopic forms of the ICA T (Isotope Coded Afinity Tags) reagent, combine and comigrate them in a single 2DE gel and identify and quantify the proteins by mass spectrometry. It is shown that proteins labeled with the isotopically heavy and normal forms of the reagent co-migrate in 2DE gels and that the ratio of protein abundance can be accurately determined from the rein active mass spectrometric signal intensities of the heavy and normal forms of labeled, cysteine containing peptides. 80th identification and accurate quantification (better than 20 %) are therefore achieved in a simple single-step analysis / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular

Orientadores: Nelci Fenalti Hoehr, Marcos Nogueira Eberlin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-07-31T20:26:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Haddad_Renato_M.pdf: 2878928 bytes, checksum: 3c7927df5757d0ad9406fa7ab2d70cfa (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: Neste projeto de pesquisa foi desenvolvido um novo método para determinação e quantificação da homocisteína em plasma, intermediária da síntese de cisteína, que é produzida no organismo a partir da metionina. Este novo método emprega a Espectrometria de Massa por Introdução via Membrana (MIMS). Utilizou-se uma sonda de membrana DIMP (Sonda de membrana com inserção direta) operando no método T&R¿MIMS (aprisionamento e liberação - Espectrometria de Massa por Introdução via Membrana) que amostra os compostos por um determinado período de tempo por adsorção em uma membrana de silicone, seguida de rápida dessorção através do aquecimento da membrana. A análise de homocisteína foi realizada com derivatização por esterificação, adicionando-se cloroformiato de etila, em solvente contendo piridina, etanol e água. Os experimentos foram realizados em um espectrometro de massas monoquadrupolar, operando em modo SIM (monitoramento de íons selecionados). Foi monitorado o íon de m/z 234 que corresponde ao fragmento [M-H]+ da homocisteína. Testes de linearidade mostraram um coeficiente de correlação de 0,998. O sistema se mostrou bastante reprodutível e um experimento no qual foram realizadas cinco repetições apresentou desvio de 2,5%. A recuperação foi de 97,4%, e limitre de detecção de 2?M o que demonstra que o método é viável para a análise de homocisteína / Abstract: This research work describes a new method for the identification and quantitative determination of homocysteine in plasm, an intermediate of the cystein synthesis, which is generated from methionine in the organism. This new method uses the Mass Spectrometry by Introduction via Membrane (MIMS). A membrane probe DIMP (Direct Introduction Membrane Probe) and the T&R-MIMS method (Trap and Release-Membrane Introduction Mass Spectrometry) were employed, which operates by sampling the target compounds through a given period of time by adsorption in a silicone membrane, followed by a fast desorption produced on heating the membrane. Homocysteine analysis was performed by its derivatization through an esterification reaction with ethyl chloroformiate in a mixture of pyridine, ethanol and water as the solvent. The experiments were performed in a Monoquadrupolar Mass Spectrometer, under a SIM (Selected Ions Monitoring) mode of operation. The m/z 234 ion, which corresponds to the homocysteine [M-H]+ fragment, was monitored. Linearity tests led to a correlation coefficient of 0.998. Five runs of a single experiment showed a deviation of 2.5%, indicating the employed method leads to very reproducible results. It was observed a 97.4% of recovering for the homocysteine, which demonstrates that the proposed method can be applied for its quantitative analysis / Mestrado / Patologia Clinica / Mestre em Ciências Médicas