Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-08-01T18:23:08Z No. of bitstreams: 1 Milena Soares dos Santos Análise da composição clonal dos Streptococcus pneumoniae não susceptíveis a penicilina....pdf: 2536157 bytes, checksum: ee1fe922b8d1366faa0d4a8bea4d3b9f (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-01T18:23:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Milena Soares dos Santos Análise da composição clonal dos Streptococcus pneumoniae não susceptíveis a penicilina....pdf: 2536157 bytes, checksum: ee1fe922b8d1366faa0d4a8bea4d3b9f (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / O Streptococcus pneumoniae permanece como principal causa de doenças infecciosas que conduzem a elevada morbi-mortalidade em todas as faixas etárias, principalmente nas crianças. Desde a década de 1990, a resistência antimicrobiana deste microrganismo tem aumentado mundialmente, representando mais de 30% de resistência à penicilina em todos os isolados de doença pneumocócica invasiva em algumas áreas geográficas. Neste estudo, relatamos os casos identificados através de uma vigilância ativa para a meningite bacteriana em Salvador, Bahia, no período de janeiro de 1996 a dezembro de 2007. Para avaliar o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos dos isolados dos pacientes com meningite por S.pneumoniae, utilizamos a microdiluição em caldo e isolados com CIM de penicilina ≥ 0.125μg/mL foram considerados como não-susceptíveis à penicilina (PNSP). A diversidade clonal foi estudada por Box-A PCR, PFGE e MLST e a distribuição de pili foi investigada em 133 amostras, selecionadas de forma aleatória em cada grupo clonal, através das técnicas de PCR e seqüenciamento do gene rlrA. Um total de 748 pacientes com meningite por S.pneumoniae foi identificado durante os 12 anos de vigilância. Foram encontrados 135 (19%) isolados de S. pneumoniae não-susceptíveis à penicilina sendo que destes, 85 (63%) eram crianças <5 anos de idade e 28 (20,7%) dos pacientes apresentavam alguma doença precedendo a meningite. A incidência média anual de PNSP foi estimada em 2,47 por 100.000 habitantes para todas as faixas etárias, 1,69 casos/100.000 habitantes para crianças menores de 5 anos e 1,37 casos/100.000 habitantes para crianças menores de 1 ano. A taxa de letalidade obtida para todas as idades foi de 39,2%. Os sorotipos mais prevalentes entre os isolados de PNSP foram: 14 (46,7%; 63/135) 23F (17,8%; 24/135), 6B (14,8%; 20/135), 19F (8,1%; 11/135) e 19A (4,4%; 6 / 135). Os isolados do sorotipo 14 foram identificados como o grupo clonal predominante 32,6% (44/135) e foram caracterizados como ST66 e como ST156 com alta resistência à ceftriaxona. Os outros sorotipos apresentaram maior diversidade clonal e novos STs foram encontrados, entre outros sorogrupos. Foram detectados 22% (29/133) de isolados portadores de pili, independente de composição clonal ou perfil de resistência. Baseada na vacina pneumocócica conjugada 10-valente, prevista para ser implementada no Brasil este ano, esperamos 89% de proteção contra PNSP em crianças menores de 5 anos de idade. As alterações previstas na população pneumocócica, ao longo dos anos após a implementação desta vacina, ressaltam a importância do monitoramento através de vigilância ativa. / Streptococcus pneumoniae remains an important cause of infectious diseases leading to high morbidity and mortality in all age groups, especially in children. Since the 1990s, resistance of this organism to penicillin has emerged worldwide accounting for >30% of all invasive pneumococcal isolates in some geographic areas. In this study, active surveillance for bacterial meningitis was performed from January 1996 to December 2007. Antimicrobial susceptibility testing used broth microdilution and isolates with penicillin MIC ≥ 0.125μg/mL were considered penicillin non-susceptible. Clonal diversity was studied by Box-A PCR, PFGE and MLST and pili detection was determinated by PCR and sequencing of rlrA gene. A total of 748 patients with pneumococcal meningitis were identified during 12 years of surveillance. We found 135 (19%) S. pneumoniae isolates to be penicillin-nonsusceptible, which 85 (63%) were children < 5 years age and 28 (20.7%) patients had previous acute illness. The annual incidence of PNSP was estimated to 2.47 per 100,000 for all age groups, 1.69 cases/100.000 population for children younger than 5 years, and 1.37 cases/100.000 inhabitants for children under 1 year. The case-fatality rate obtained for all ages was 39.2%. The most prevalent serotypes PNSP isolates were among the 14 (46.7%; 63/135), 23F (17.8%; 24/135), 6B (14.8%; 20/135), 19F (8.1%; 11/135) and 19A (4.4%; 6/135). Serotype 14 isolates were identified as the predominant clonal group [32.6% (44/135)] and were characterized as ST66 and as ST156 with high resistance to ceftriaxone. The other serotypes were more diverse and new ST´s were found among others serogroups. We detected 22% (29/133) of pili positive among the isolates, independently of clonal patterns or susceptibility profile. Based on 10-valent pneumococcal vaccine, which will be implemented in Brazil in 2010, we expect 89% protection against PNSP in children < 5 years of age. Changes in the pneumococcal population over the coming years following implementation of this vaccine should be monitoring throughout active surveillance.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-09-18T13:52:18Z No. of bitstreams: 1 Eder Silva dos Anjos. Caracterização...2013.pdf: 1214899 bytes, checksum: 285b9e9fed3b500c66d7173ea5a7c440 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-18T13:52:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Eder Silva dos Anjos. Caracterização...2013.pdf: 1214899 bytes, checksum: 285b9e9fed3b500c66d7173ea5a7c440 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / O advento das vacinas pneumocócicas conjugadas veio contribuir de forma decisiva para a redução da incidência dos casos de doença invasiva por S. pneumoniae em vários países do mundo. Em contrapartida, tem-se verificado um aumento de casos decorrentes de sorotipos não vacinais, que escapam da vacina e reduzem o seu efeito a partir da expansão de clones pré-existentes com consequente substituição de sorotipos e/ou do fenômeno de troca capsular (capsular switching). No Brasil, a vacina conjugada 10-valente (PCV10) foi introduzida no calendário nacional de imunização a partir de 2010. Este estudo teve como objetivo caracterizar através de técnicas fenotípicas e moleculares os sorotipos não-vacinais (SNVT) de S.pneumoniae, isolados de pacientes com meningite nos períodos anterior (janeiro/2008 - junho/2010) e posterior (julho/2010 - dezembro/2012) à implementação da vacina pneumocócica conjugada 10-valente (PCV10), na cidade de Salvador, Bahia. Os isolados de S. pneumoniae foram identificados através de métodos microbiológicos clássicos e a determinação do tipo capsular foi realizada através da técnica de Multiplex-PCR e/ou reação de Quellung. A sensibilidade a oito antimicrobianos foi realizada através da técnica de microdiluição em caldo e a caracterização genotípica por intermédio das técnicas de PFGE e MLST. Foram identificados 170 casos de meningite pneumocócica durante a vigilância epidemiológica realizada no Hospital Couto Maia, em Salvador, com 148 apresentando cultura positiva para S. pneumoniae a partir do líquor e/ou hemocultura. A incidência da meningite pneumocócica reduziu de 0,9/100.000 habitantes (2008) para 0,36/100.000 habitantes (2012). No período pré-vacinal, os SNVT mais frequentes foram: 3 (n=6; 12%), 19A (n=4; 8%), 6A (n=4, 8%); no período pós-vacinal os SNVT 12F (n=6; 22,2%), 10A (n=3; 11,1%), 15B (n=2; 7,4%) e 18B (n=2; 7,4%) foram os mais frequentes. Cerca de 78% dos isolados apresentaram resistência a um ou mais antibióticos. A não susceptibilidade à penicilina foi encontrada nos sorotipos 19A (3 isolados), 9N (1 isolado) e 12F (1 isolado). Por PFGE, foi observada uma grande diversidade genética com a maioria (66,2%) dos isolados pertencendo a grupos não clonais. O grupo clonal X foi composto por dois isolados do sorotipo 19A (ST2878), do período pré-vacinal, não susceptível à penicilina. A técnica de MLST realizada em 26 isolados permitiu a identificação de quatro novos STs e apresença de STs (ST180, ST193 e ST218) genotipicamente semelhantes aos clones mundiais Netherlands3-31, Greece21-30 e Denmark12F-34. É necessária a continuidade da vigilância epidemiológica da meningite pneumocócica, visando avaliar os efeitos benéficos da vacinação e a dinâmica da distribuição de sorotipos em nossa região. / The licensure and subsequent widespread use of pneumococcal conjugate vaccines have contributed for the reduction in the overall incidence of invasive pneumococcal disease worldwide. However, the emergence of Streptococcus pneumoniae nonvaccine serotypes (SNVT), which escape from the vaccine by the expansion of pre-existing clones following serotype replacement and/or by capsular switching is a matter of concern. In 2010, Brazil introduced the 10-valent conjugate pneumococcal vaccine (PCV10) into its routine National Immunization Program. Our aim was to characterize the phenotypic and genotypic profile of S. pneumoniae non-vacine serotypes (SNVT) isolated from patients with meningitis before (January 2008 – June 2010) and after (July 2010 – December 2012) the introduction of PCV10 in Salvador, Bahia. The pneumococcal isolates were identified by classical microbiological methods and submitted to capsular deduction by multiplex-PCR and/or Quellung reaction. The antimicrobial susceptibility was performed the broth microdilution method. The genotypic profile was assessed by PFGE and MLST. We identified 170 cases of pneumococcal meningitis during the epidemiological surveillance at the Hospital Couto Maia, in Salvador, with 148 showing positive culture for S. pneumoniae from the cerebrospinal fluid and/or blood culture. The incidence of pneumococcal meningitis decreased from 0.9/100.000 (2008) to 0.36/100.000 inhabitants (2012). In the pre-vaccine period the most frequent SNVT were: 3 (n=6, 12%), 19A (n=4, 8%), 6A (n=4, 8%). In the post-vaccine period, the SNVT 12F (n=6, 22.2%), 10A (n=3, 11.1%), 15B (n=2, 7.4%) and 18B (n=2, 7.4%) were the most prevalent. About 78% of the isolates were resistant to one or more antibiotics. The non-susceptibility to penicillin was found among serotypes 19A (3 isolates), 9N (1 isolate) and 12F (1 isolate). By PFGE, a wide genetic diversity was found with the majority of the isolates (66.2%) belonging to non-clonal groups. The clonal group X comprised two isolates of the serotype 19A (ST2878) from the pre-vaccine period presenting non-susceptibilty to penicillin. MLST assay performed in 26 isolates allowed the identification of four new STs and the presence of STs (ST180, ST193 and ST218) with genotipic similarities of the worldwide clones Netherlands3-31, Greece21-30 and Denmark12F-34. Continued surveillance studies are necessary to evaluate the benefits of vaccination and the serotype dynamics in our region

Introdução: Dados sobre a relação entre a farmacocinética do fluconazol (FCZ) e anfotericina B (AMB) no líquido cefalorraquidiano (LCR) e a hipertensão intracraniana (HIC) não se encontram disponíveis na literatura. Objetivos: Avaliar a influência da pressão intracraniana na concentração dos antifúngicos AMB e FCZ no LCR de pacientes com meningite criptococócica internados no Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA), no período de 1 ano. Métodos: Foram estudados 15 pacientes com meningite criptococócica durante os primeiros 14 dias de tratamento com AmB (1 mg/kg/dia) e FCZ (800 mg/dia). As amostras de LCR foram obtidas por meio de punções lombares de rotina realizadas nos dias 1, 7 e 14 da terapia antifúngica, respectivamente. Os valores das pressões intracranianas de abertura foram obtidos no momento de cada punção lombar. Os níveis de AmB e FCZ no LCR foram medidos pela metodologia de cromatografia líquida de alta performance (HPLC). A concentração inibitória mínima (CIM) para AmB, FCZ, voriconazol (VRZ) e flucitosina (5-FC) de cada isolado de Cryptococcus sp. foi realizada de acordo com o as normas descritas no documento M27-A3, do CLSI, publicado em 2008. Resultados: Entre os 15 pacientes incluídos no estudo, C. gattii foi isolado do LCR de 2 pacientes e C. neoformans foi isolado do LCR de 13 pacientes apresentaram. A condição de imunossupressão encontrada foi a AIDS, seguida de transplante de órgão sólido. Nove pacientes apresentaram cultura negativa de LCR no 14º dia de terapia antifúngica. Os níveis de AmB no LCR foram indetectáveis para a maioria das amostras de LCR durante os 14 dias de terapia antifúngica. Os níveis de FCZ no LCR aumentaram progressivamente do dia 1 ao dia 14 de terapia. Seis pacientes apresentaram HIC no dia 1, com variação da pressão de abertura entre 100 mmH2O e 650 mmH2O no respectivo dia. A pressão intracraniana não interferiu nas concentrações de FCZ no LCR. Não observamos correlação entre a HIC e as concentrações de AMB e FCZ no LCR de acordo com a correlação de Spearman (Spearman p= 0.122). Conclusão: São necessários mais estudos para avaliar o papel da HIC na eficácia terapêutica de diferentes agentes antifúngicos em pacientes com meningite criptococócica. / Introduction: Data considering the relationship between pharmacokinetics of fluconazole (FCZ) and amphotericin B (BPA) in cerebrospinal fluid (CSF) and intracranial hypertension (IH) are not available in the literature. Objectives: To evaluate the influence of intracranial pressure on the concentration of the antifungals AMB and FCZ in the CSF of patients with cryptococcal meningitis admitted at the Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA), within a period of one year. Methods: Fifteen patients with cryptococcal meningitis were studied during the first 14 days of treatment with AmB (1 mg / kg / day) and FCZ (800 mg / day). CSF samples were obtained by means of routine lumbar punctures performed on days 1, 7 and 14 of antifungal therapy, respectively. The values of intracranial opening pressures were obtained at the time of each lumbar puncture. The levels of AmB and FCZ in the CSF were measured by high performance liquid chromatography (HPLC) methodology. The minimum inhibitory concentration (MIC) for AmB, FCZ, voriconazole (VRZ) and flucytosine (5-FC) of each isolate of Cryptococcus sp. was performed according to CLSI guideline M27-A3, published in 2008. Results: Among the 15 patients included in the study, C. gattii was isolated from the CSF of 2 patients and C. neoformans was isolated from the CSF of 13 patients presented. The immunosuppressive condition found was AIDS, followed by solid organ transplantation. Nine patients presented negative CSF culture on the 14th day of antifungal therapy. AmB levels in the CSF were undetectable for most of the CSF samples during the 14 days of antifungal therapy. CSF FCZ levels increased progressively from day 1 to day 14 of therapy. Six patients presented IH on day 1, with variation of the opening pressure between 100 mmH2O and 650 mmH2O on the respective day. Intracranial pressure did not interfere with CSF on FCZ concentrations. We did not observe a correlation between IH and the concentrations of AMB and FCZ in the CSF according to the Spearman correlation (Spearman p = 0.122). Conclusion: Further studies are needed to evaluate the role of IH in the therapeutic efficacy of different antifungal agents in patients with cryptococcal meningitis.

Introdução: A meningoencefalite criptocócica é uma doença oportunista causada pelo fungo encapsulado Cryptococcus sp. O quadro clínico é inespecífico e pode compreender cefaléia, febre e alteração do estado mental. A terapia recomendada é a combinação de anfotericina B e flucitosina por 14 dias (fase de indução), seguida de uma fase de consolidação com fluconazol. Os fatores associados a pior prognóstico incluem: alteração do estado mental, idade mais avançada e evidências de alta carga fúngica em líquor inicial. Estudos de coorte de pacientes com criptococose são escassos no Brasil. Objetivos: Identificar o perfil clínico-epidemiológico e fatores prognósticos de uma coorte de indivíduos com meningoencefalite criptocócica no Hospital de Clínicas de Porto Alegre, hospital terciário localizado na região sul do Brasil. Métodos: Estudo de coorte retrospectivo compreendido entre o período de janeiro de 2008 a outubro de 2015. Foram analisados as características clínico-epidemiológicas e os fatores associados à mortalidade dos pacientes internados com meningite criptocócica. Resultados: Foram identificados 79 pacientes com meningite criptocócica. A idade média dos pacientes foi 39,3±12,9 anos, variando de 5 a 67 anos. A maioria dos pacientes foi do sexo masculino (56,96%). A condição mais associada foi a infecção por HIV em 82,3% (n=65), sendo que 52,3% estavam em uso de terapia antirretroviral. A contagem mediana de linfócitos T CD4 foi de 34 céls/mm³. Cryptococcus neoformans correspondeu a 96,2% dos isolados em pacientes com meningite criptocócica. As manifestações clínicas mais comuns foram cefaléia, febre e alteração do estado mental. A pressão de abertura na punção lombar inicial variou de 30 a 130 cmH₂O. Achados em exame de imagem incluíram hidrocefalia e hipodensidades. Dilatação dos espaços de Virchow-Robin foram encontrados em apenas 2 pacientes (2,5%). A maioria dos pacientes dos pacientes (80%) recebeu anfotericina B e flucitosina como terapia de indução. A análise multivariada demonstrou que os fatores de pior prognóstico incluíram idade ≥ 50 anos, antígeno criptocócico no líquor ≥1:1000, proteínas ≥60 mg/dL em líquor de controle e admissão em unidade de terapia intensiva (UTI). Os fatores associados independentemente a mortalidade em 30 e 60 dias incluíram a presença de alteração do estado mental, déficit motor, antígeno criptocócico no líquor ≥1:1000 e admissão em UTI. A mortalidade geral, em 30 e 60 dias foi 41,9% 19,1% e 24,4%, respectivamente. 7 Conclusões: Em um hospital terciário no sul do Brasil, a criptococose meníngea ocorre predominantemente em adultos infectados pelo HIV. Na presença de febre, cefaléia e alteração do estado mental, os clínicos devem considerar um diagnóstico de criptococose meníngea para adultos infectados pelo HIV. Apesar do adequado tratamento antifúngico e do manejo da hipertensão intracraniana, a mortalidade foi alta. Os fatores de risco independentes para a mortalidade incluíram pacientes admitidos em UTI com estado mental alterado, proteína do líquor de controle elevada, títulos de antígeno criptocócico elevados no sangue e no líquor. / Background: Cryptococcal meningoencephalitis is an opportunistic disease caused by the encapsulated fungus Cryptococcus sp. Clinical findings are unspecific and may comprise headache, fever and altered mental status. The current recommended treatment is the combination of amphotericin B and flucytosine for 14 days (induction phase), followed by a consolidation period with fluconazole. Risk factors associated with death include: altered mental status, older age and evidence of high fungal burden at initial CSF examination. However, cohort studies are scant in Brazil. Objectives: Identification of clinical and epidemiological characteristics, and risk factors associated with mortality in a cohort of patients with cryptococcal meningoencephalitis admitted at a reference hospital in Brazil. Methods: A retrospective cohort study was conducted from January 2008 to October 2015 in a tertiary care hospital in Southern Brazil. Clinical and epidemiological characteristics, and risk factors associated with mortality were evaluated in patients with cryptococcal meningitis admitted to the hospital. Results: Seventy nine patients were identified. Mean age was 39,3±12,9 years. The age of the patients ranged from 5 to 67 years. Most of the patients were males (56,9%). The most common underlying condition was HIV infection 82,3% (n=65), and 52,3% of them were taking highly active antiretroviral therapy. The median CD4 count was 34 cells/mm³. Cryptococcus neoformans was the most common isolate (96%) identified in patients with cryptococcal meningitis. The most common clinical manifestations included headache, fever, and altered mental status. Initial opening intracranial pressures varied from 30 to 130 cm H20. CNS imaging abnormalities include hydrocephalus, and hypodensities. Widened Virchow- Robin spaces were described in only 2 patients (2.5%). The majority of the patients (80%) received amphotericin B, and flucytosine as induction therapy. Risk factors associated with mortality included age ≥ 50 years, CSF cryptococcal antigen ≥1:1000, CSF proteins ≥60 mg/dL in control lumbar puncture and ICU admission. Risk factors independently associated with death at 30 and 60 days included altered mental status, motor deficit, CSF cryptococcal antigen ≥1:1000 and ICU admission. Overall, 30 and 60-day mortalities were 41,9% 19,1% e 24,4%, respectively. Conclusions: In a terciary care hospital in Southern Brazil, meningeal cryptococcosis occurs predominantly in HIV infected individuals. In the presence of fever, headache and altered mental status, clinicians should consider a diagnosis of meningeal cryptococcosis for HIV 9 infected adults. Despite adequate antifungal treatment and management of intracranial hypertension, mortality was high. Independeted risk factors for mortality included patients admitted to ICU with altered mental status, elevated CSF protein, high blood and CSF cryptococcal antigen titers

Submitted by Maria Creuza Silva (mariakreuza@yahoo.com.br) on 2015-04-06T20:00:22Z No. of bitstreams: 1 Diss MP Aline Anne Ferreira de Deus. 2014.pdf: 810710 bytes, checksum: 5f1bcca1296d9baed6027ba01718f921 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Creuza Silva (mariakreuza@yahoo.com.br) on 2015-11-23T18:51:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Diss MP Aline Anne Ferreira de Deus. 2014.pdf: 810710 bytes, checksum: 5f1bcca1296d9baed6027ba01718f921 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-23T18:51:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Diss MP Aline Anne Ferreira de Deus. 2014.pdf: 810710 bytes, checksum: 5f1bcca1296d9baed6027ba01718f921 (MD5) / A gravidade da gravidade da doença meningocócica (DM) e seu seu seu potencial para causar surtos e epidemias conferem a esta infecção a condição importante problema de Saúde Pública, demandando esforços para a sua prevenção e controle. No Brasil, a vacina meningocócica C Conjugada (Men C) foi introduzida no Programa Nacional introduzida no Programa Nacional de Imunização em 2010. Esse estudo avaliou o impacto dessa vacina, na Bahia, de 2010 a 2014. Foi realizada análise da tendência temporal da incidência de DM, no período de 1980 a 2013, mediante Regressão Polinomial.O impacto da vacina Men C foi avaliado pela Redução Relativa do Risco/RRR para menores de 5 anos em 2010, menores de 1 ano em 2010-2013 e para uma coorte retrospectiva (2010 a 2014) de crianças que, em 2010, tinham menos de 1 ano idade e que receberam a 2ª dose da vacina neste ano. As fontes de dados de foram Sistemas Nacionais de Informação em Saúde, Bancos Paralelos da Vigilância Epidemiológica, Laboratório Central/Bahia, e IBGE. A tendência da incidência DM C foi decrescente....

Submitted by Maria Creuza Silva (mariakreuza@yahoo.com.br) on 2015-11-23T18:48:37Z No. of bitstreams: 1 DISS MP. ALINE ANNE DEUS. 2014.pdf: 810710 bytes, checksum: e3c5ad456ef4cebefbb13391294485e8 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Creuza Silva (mariakreuza@yahoo.com.br) on 2015-11-23T18:49:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISS MP. ALINE ANNE DEUS. 2014.pdf: 810710 bytes, checksum: e3c5ad456ef4cebefbb13391294485e8 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-23T18:49:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISS MP. ALINE ANNE DEUS. 2014.pdf: 810710 bytes, checksum: e3c5ad456ef4cebefbb13391294485e8 (MD5) / A gravidade da doença meningocócica (DM)e seu potencial para causar surtos e epidemias conferem a esta infecção a condição de importante problema de Saúde Pública, demandando esforços para sua prevenção e controle. No Brasil, vacina meningocócica C Conjugada Men C) foi introduzida no Programa Nacional no Programa Nacional Imunização em 2010. Esse estudo avaliou o impacto dessa vacina, na Bahia, de 2010 a 2014...

Neisseria meningitidis (Nm) is one of the major causes of bacterial meningitis in the African meningitis belt (AMB). This organism is part of the genus Neisseria, which includes ten human restricted species, mostly harmless commensals of the nasopharynx; however, Nm is capable of causing invasive meningococcal disease. The transition from carriage to pathogenic state remains perplexing, and strict virulece factors have yet to be identified. It has been hypothesised that non-pathogenic Neisseria (NPN) carried asymptomatically in the oroopharynx could play a role in modulating carriage of Nm, and therefore, its likelihood of invasion. In chapter 3, the diversity of the genus was characterised within a collection of 46 034 nasopharyngeal samples obtained across the AMB: five different species were identified, with Nm and NPNs displaying inversely related risk factors fo carriage. Chapter 5 presents the whole genome sequence (WGS) analysis of 107 Neisseria isolates unclassified by other methods. This higher genetic resolution, complemented with the use of a novel speciation approach, revealed seven novel Neisseria species, mostly collected in African countries. The invasive potential may also be due to the presence of particular genetic factors in the meningococcal genome. Chapter 4 presents the WGS comparison of 23 carried and invasive serogroup A Nm collected in Chad during the 2011 meningitis epidemic. Isolates from both phenotypic groups were found to be part of the same bacterial populations; however, discrete clusters were identified, associated with distinct age groups. These results indicate that genomic analyses are essential to appropriately study Neisseria diversity, and that lower resolution methods have greatly underestimated the diversity of the genus in Africa. The identification of Nm clusters associated with certain niches and of the differences in carriage risk factors suggests that variation in the environment, including the presence of NPNs, may be key in modulating carriage of Nm.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Financiadora de Estudos e Projetos / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnológico / Nesta tese foram estudadas várias rotas para obtenção &#945; e o-quinona metídios, e foram obtidas 30 substâncias inéditas. A rota via condensação aldólica com a &#946;-lapachona (4a) produziu as seguintes o-quinonas metídios contendo grupos puxadores de elétrons (ex. carbonilas): 2,2-dimetil-6-(1-metil-2-oxo-propilideno)-2,3,4,6-tetraidro-benzo[h]cromen-5-ona (67); 2,2-dimetil-6-(2-oxo-butilideno)-2,3,4,6-tetraidro-benzo[h]cromen-5-ona (68); 2,2-Dimetil-6-(1-carboxi etil-3-oxo-2-butirideno) 2,3,4,6-tetraidro-benzo [h]cromen-5-ona (69a) e 2,2-Dimetil-6-(1-carboxi etil-3-oxo-4-butirideno) 2,3,4,6-tetraidro-benzo [h]cromen-5-ona (69b). Em continuidade aos estudos foi desenvolvida uma síntese em uma etapa de 1-diazo-1H,2H-naftaleno-2-onas a partir de 1,2-naftoquinonas p-toluenossulfonil hidrazina em metanol a temperatura ambiente. Por este procedimento foram produzidas as seguintes substâncias: 6-diazo-2,2-dimetil-2,3,4,6-tetraidro-benzo [h] cromen-5-ona (70); 5-diazo-3-diidro-2,2-dimetil-4-oxa-2H,3H-nafto[1,2-b]furano (71); 1-diazo-2-oxa-1H,2H-naftaleno (73); 1,2-dicloro-3-Oxo-4-diazo-3,4-diidro-naftaleno (75); 1-metoxi-4-diazo-3-oxa-1H,2H-naftaleno (76); ácido 6-diazo-2,2-dimetil-oxa-2,3,4,6-5-tetraidro-2H-benzo[h]cromeno-3-sulfônico (78); 2,2-dimetil-3-hidroxi-6-diazo-5-oxa-2,3,4,6-tetraidro-2H-benzo[h] cromene-5-ona (80); 4-diazo-3-oxa-1-sulfonato-1H,2H-naftolato de sódio (82). A diazo lapachona 70 foi testada contra o Trypanossoma cruzi obtendo-se um valor de ED50/24 h = 4961,1 864,3 m que quando comparado com o valor de ED50/24 h do cristal violeta, mostrou-se que esta substância é inativa (ED50, cristal violeta/ ED50, de 70 = 0,1). As diazo lapachonas 70 e 71 foram testadas contra vários tipos de bactérias patogênicas e da mesma forma mostraram-se inativas. Os testes de atividades biológicas com 70 e 71 indicaram que a substituição de uma das carbonilas do sistema o-naftoquinonônico por um grupo diazo reduziu as suas capacidade de gerarem espécies reativas de oxigênio no interior dos microorganismos testados. / Several synthetic routes for preparing o-quinone methides were studied. By using an aldolic condensation route with &#946;-lapachone (4a), it was possible to obtain the following o-quinone methides having electron withdrawing group (e.g. carbonyls): 2,2-dimethyl-6-(1-methyl-2-oxo-propylidene)-2,3,4,6-tetrahydro-benzo[H]chromen-5-one (67); 2,2-dimethyl-6-(2-oxo-butylidene)-2,3,4,6-tetrahydro-benzo[H]chromen-5-one (68); 2,2-Dimetil-6-(1-carboxi etil-3-oxo-2-butirideno) 2,3,4,6-tetraidro-benzo [H]cromen-5-ona (69a) e 2,2-Dimetil-6-(1-carboxi etil-3-oxo-4-butirideno) 2,3,4,6-tetraidro-benzo [H]cromen-5-ona (69b).In continuation of these studies, a new regiospecific one-step synthesis of 1-diazo-1H,2H-naphthalen-2-ones, from 1,2-naphthoquinones and p-toluenesulfonylhydrazine in methanol solution at room temperature, was developed. By using this procedures several new substances were prepared: 6-diazo-2,2-dimethyl-2,3,4,6-tetrahydro-benzo[h]chromen-5-one (70); 5-diazo-3-dihydro-2,2-dimethyl-4-oxa-2H,3H-naphthto[1,2-b]furan (71); 1-diazo-2-oxa-1H,2H-naphthalen (73); 1,2-dichloro-3-oxo-4-diazo-3,4-dihydro-naphthalen (75); 1-methoxi-4-diazo-3-oxa-1H,2H-naphthalen (76); 6-diazo-2,2-dimethyl-oxa-2,3,4,6-5-tetrahydro-2H-benzo[h]chromen-3-sulfonic acid (78); 2,2-dimethyl-3-hydroxi-6-diazo-5-oxa-2,3,4,6-tetrahydro-2H-benzo[h]chromen-5-one (80); sodium 4-diazo-3-oxa-1-sulfonate-1H,2H-naphtholate (82). The diazo &#946;-lapachone (70) was tested against Trypanossoma cruzi yielding a value of ED50/24 h = 4961,1 864,3 m, which compared with crystal violet (ED50, crystal violet/ ED50, de 70 = 0,1) indicated that 70 is inactive. The diazo &#946;-lapachones 70 and 71 were also tested against several type of phatogenic bacteria, but as before they were inactive.The preliminary biological tests with 70 and 71 indicated that the substitution of one of the carbonyl of the o-naphthoquinone moieties by a diazo group reduced the ability of the o-quinones to generate radical oxygen species (ROS) in side the microorganisms tested.

Introdução: Dados sobre a relação entre a farmacocinética do fluconazol (FCZ) e anfotericina B (AMB) no líquido cefalorraquidiano (LCR) e a hipertensão intracraniana (HIC) não se encontram disponíveis na literatura. Objetivos: Avaliar a influência da pressão intracraniana na concentração dos antifúngicos AMB e FCZ no LCR de pacientes com meningite criptococócica internados no Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA), no período de 1 ano. Métodos: Foram estudados 15 pacientes com meningite criptococócica durante os primeiros 14 dias de tratamento com AmB (1 mg/kg/dia) e FCZ (800 mg/dia). As amostras de LCR foram obtidas por meio de punções lombares de rotina realizadas nos dias 1, 7 e 14 da terapia antifúngica, respectivamente. Os valores das pressões intracranianas de abertura foram obtidos no momento de cada punção lombar. Os níveis de AmB e FCZ no LCR foram medidos pela metodologia de cromatografia líquida de alta performance (HPLC). A concentração inibitória mínima (CIM) para AmB, FCZ, voriconazol (VRZ) e flucitosina (5-FC) de cada isolado de Cryptococcus sp. foi realizada de acordo com o as normas descritas no documento M27-A3, do CLSI, publicado em 2008. Resultados: Entre os 15 pacientes incluídos no estudo, C. gattii foi isolado do LCR de 2 pacientes e C. neoformans foi isolado do LCR de 13 pacientes apresentaram. A condição de imunossupressão encontrada foi a AIDS, seguida de transplante de órgão sólido. Nove pacientes apresentaram cultura negativa de LCR no 14º dia de terapia antifúngica. Os níveis de AmB no LCR foram indetectáveis para a maioria das amostras de LCR durante os 14 dias de terapia antifúngica. Os níveis de FCZ no LCR aumentaram progressivamente do dia 1 ao dia 14 de terapia. Seis pacientes apresentaram HIC no dia 1, com variação da pressão de abertura entre 100 mmH2O e 650 mmH2O no respectivo dia. A pressão intracraniana não interferiu nas concentrações de FCZ no LCR. Não observamos correlação entre a HIC e as concentrações de AMB e FCZ no LCR de acordo com a correlação de Spearman (Spearman p= 0.122). Conclusão: São necessários mais estudos para avaliar o papel da HIC na eficácia terapêutica de diferentes agentes antifúngicos em pacientes com meningite criptococócica. / Introduction: Data considering the relationship between pharmacokinetics of fluconazole (FCZ) and amphotericin B (BPA) in cerebrospinal fluid (CSF) and intracranial hypertension (IH) are not available in the literature. Objectives: To evaluate the influence of intracranial pressure on the concentration of the antifungals AMB and FCZ in the CSF of patients with cryptococcal meningitis admitted at the Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA), within a period of one year. Methods: Fifteen patients with cryptococcal meningitis were studied during the first 14 days of treatment with AmB (1 mg / kg / day) and FCZ (800 mg / day). CSF samples were obtained by means of routine lumbar punctures performed on days 1, 7 and 14 of antifungal therapy, respectively. The values of intracranial opening pressures were obtained at the time of each lumbar puncture. The levels of AmB and FCZ in the CSF were measured by high performance liquid chromatography (HPLC) methodology. The minimum inhibitory concentration (MIC) for AmB, FCZ, voriconazole (VRZ) and flucytosine (5-FC) of each isolate of Cryptococcus sp. was performed according to CLSI guideline M27-A3, published in 2008. Results: Among the 15 patients included in the study, C. gattii was isolated from the CSF of 2 patients and C. neoformans was isolated from the CSF of 13 patients presented. The immunosuppressive condition found was AIDS, followed by solid organ transplantation. Nine patients presented negative CSF culture on the 14th day of antifungal therapy. AmB levels in the CSF were undetectable for most of the CSF samples during the 14 days of antifungal therapy. CSF FCZ levels increased progressively from day 1 to day 14 of therapy. Six patients presented IH on day 1, with variation of the opening pressure between 100 mmH2O and 650 mmH2O on the respective day. Intracranial pressure did not interfere with CSF on FCZ concentrations. We did not observe a correlation between IH and the concentrations of AMB and FCZ in the CSF according to the Spearman correlation (Spearman p = 0.122). Conclusion: Further studies are needed to evaluate the role of IH in the therapeutic efficacy of different antifungal agents in patients with cryptococcal meningitis.

Introdução: A meningoencefalite criptocócica é uma doença oportunista causada pelo fungo encapsulado Cryptococcus sp. O quadro clínico é inespecífico e pode compreender cefaléia, febre e alteração do estado mental. A terapia recomendada é a combinação de anfotericina B e flucitosina por 14 dias (fase de indução), seguida de uma fase de consolidação com fluconazol. Os fatores associados a pior prognóstico incluem: alteração do estado mental, idade mais avançada e evidências de alta carga fúngica em líquor inicial. Estudos de coorte de pacientes com criptococose são escassos no Brasil. Objetivos: Identificar o perfil clínico-epidemiológico e fatores prognósticos de uma coorte de indivíduos com meningoencefalite criptocócica no Hospital de Clínicas de Porto Alegre, hospital terciário localizado na região sul do Brasil. Métodos: Estudo de coorte retrospectivo compreendido entre o período de janeiro de 2008 a outubro de 2015. Foram analisados as características clínico-epidemiológicas e os fatores associados à mortalidade dos pacientes internados com meningite criptocócica. Resultados: Foram identificados 79 pacientes com meningite criptocócica. A idade média dos pacientes foi 39,3±12,9 anos, variando de 5 a 67 anos. A maioria dos pacientes foi do sexo masculino (56,96%). A condição mais associada foi a infecção por HIV em 82,3% (n=65), sendo que 52,3% estavam em uso de terapia antirretroviral. A contagem mediana de linfócitos T CD4 foi de 34 céls/mm³. Cryptococcus neoformans correspondeu a 96,2% dos isolados em pacientes com meningite criptocócica. As manifestações clínicas mais comuns foram cefaléia, febre e alteração do estado mental. A pressão de abertura na punção lombar inicial variou de 30 a 130 cmH₂O. Achados em exame de imagem incluíram hidrocefalia e hipodensidades. Dilatação dos espaços de Virchow-Robin foram encontrados em apenas 2 pacientes (2,5%). A maioria dos pacientes dos pacientes (80%) recebeu anfotericina B e flucitosina como terapia de indução. A análise multivariada demonstrou que os fatores de pior prognóstico incluíram idade ≥ 50 anos, antígeno criptocócico no líquor ≥1:1000, proteínas ≥60 mg/dL em líquor de controle e admissão em unidade de terapia intensiva (UTI). Os fatores associados independentemente a mortalidade em 30 e 60 dias incluíram a presença de alteração do estado mental, déficit motor, antígeno criptocócico no líquor ≥1:1000 e admissão em UTI. A mortalidade geral, em 30 e 60 dias foi 41,9% 19,1% e 24,4%, respectivamente. 7 Conclusões: Em um hospital terciário no sul do Brasil, a criptococose meníngea ocorre predominantemente em adultos infectados pelo HIV. Na presença de febre, cefaléia e alteração do estado mental, os clínicos devem considerar um diagnóstico de criptococose meníngea para adultos infectados pelo HIV. Apesar do adequado tratamento antifúngico e do manejo da hipertensão intracraniana, a mortalidade foi alta. Os fatores de risco independentes para a mortalidade incluíram pacientes admitidos em UTI com estado mental alterado, proteína do líquor de controle elevada, títulos de antígeno criptocócico elevados no sangue e no líquor. / Background: Cryptococcal meningoencephalitis is an opportunistic disease caused by the encapsulated fungus Cryptococcus sp. Clinical findings are unspecific and may comprise headache, fever and altered mental status. The current recommended treatment is the combination of amphotericin B and flucytosine for 14 days (induction phase), followed by a consolidation period with fluconazole. Risk factors associated with death include: altered mental status, older age and evidence of high fungal burden at initial CSF examination. However, cohort studies are scant in Brazil. Objectives: Identification of clinical and epidemiological characteristics, and risk factors associated with mortality in a cohort of patients with cryptococcal meningoencephalitis admitted at a reference hospital in Brazil. Methods: A retrospective cohort study was conducted from January 2008 to October 2015 in a tertiary care hospital in Southern Brazil. Clinical and epidemiological characteristics, and risk factors associated with mortality were evaluated in patients with cryptococcal meningitis admitted to the hospital. Results: Seventy nine patients were identified. Mean age was 39,3±12,9 years. The age of the patients ranged from 5 to 67 years. Most of the patients were males (56,9%). The most common underlying condition was HIV infection 82,3% (n=65), and 52,3% of them were taking highly active antiretroviral therapy. The median CD4 count was 34 cells/mm³. Cryptococcus neoformans was the most common isolate (96%) identified in patients with cryptococcal meningitis. The most common clinical manifestations included headache, fever, and altered mental status. Initial opening intracranial pressures varied from 30 to 130 cm H20. CNS imaging abnormalities include hydrocephalus, and hypodensities. Widened Virchow- Robin spaces were described in only 2 patients (2.5%). The majority of the patients (80%) received amphotericin B, and flucytosine as induction therapy. Risk factors associated with mortality included age ≥ 50 years, CSF cryptococcal antigen ≥1:1000, CSF proteins ≥60 mg/dL in control lumbar puncture and ICU admission. Risk factors independently associated with death at 30 and 60 days included altered mental status, motor deficit, CSF cryptococcal antigen ≥1:1000 and ICU admission. Overall, 30 and 60-day mortalities were 41,9% 19,1% e 24,4%, respectively. Conclusions: In a terciary care hospital in Southern Brazil, meningeal cryptococcosis occurs predominantly in HIV infected individuals. In the presence of fever, headache and altered mental status, clinicians should consider a diagnosis of meningeal cryptococcosis for HIV 9 infected adults. Despite adequate antifungal treatment and management of intracranial hypertension, mortality was high. Independeted risk factors for mortality included patients admitted to ICU with altered mental status, elevated CSF protein, high blood and CSF cryptococcal antigen titers