Universiẗat, Diss., 2004--Tübingen.

Made available in DSpace on 2016-08-15T20:31:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CaioRMO_DISSERT.pdf: 4090638 bytes, checksum: b7507f10f52ebe87761d7eafda429ed0 (MD5) Previous issue date: 2010-08-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / EP24.15 (endopeptidase 24.15, EC.3.4.24.15) also know as thimet-oligopeptidase is a metal dependent peptidase involved in the metabolism of neuropeptides as well as MHC-I peptides and more recently important as regulator of protein/protein interactions. The aim of this work is to verify the tissue and cellular distribution of EP24.15 in the lymphoid tissues (thymus, spleen, lymph nods) by means of immunohistochemistry technique. The analysis revealed that EP24.15 is expressed throughout the studied organs, nevertheless the tissue distribuition showed some areas that contained several labeled cell and others devoid of labeling. The cytoplasmic labeling was more frequent if compared to nuclear one. Macrophage is the cell type more fequently labled. The results suggest that it can be involved in the MHC-I peptide metabolism as well as CTLs differentiation. / EP24.15 (endopeptidase 24.15, EC.3.4.24.15) também conhceida por thimet-oligopeptidase é uma metaloendopeptidase que está envolvida no metabolismo de neuropeptídeos, bem como na apresentação de antígenos via MHC-I e mais recentemente como um importante regulador das interações proteína/proteína. O objetivo do presente trabalho é verificar a distribuição tecidual e celular da EP24.15 nos tecidos linfóides (timo, baço e linfonodo) através da técnica de imunohistoquímica. A análise dos resultados revelou que a EP24.15 foi expressa em todos os órgãos estudados, no entanto a distribuição tecidual mostrou áreas com várias células marcadas e outras sem marcação. A distribuição citoplasmática foi mais frequente que a nucelar. O marcrófago foi o tipo celular mais frequentemente marcado. Os resultados sugerem que a enzima pode estar envolvida no metabolismo de peptídeos via MHC-I bem como na diferenciação de CTLs.

Submitted by ROBERTO PAULO CORREIA DE ARAÚJO (ppgorgsistem@ufba.br) on 2017-05-24T12:09:41Z No. of bitstreams: 1 THAIANA DE OLIVEIRA SACRAMENTO.pdf: 2144147 bytes, checksum: da22bfec1bea19a06b5a5c97d15831fa (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-24T12:09:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 THAIANA DE OLIVEIRA SACRAMENTO.pdf: 2144147 bytes, checksum: da22bfec1bea19a06b5a5c97d15831fa (MD5) / A esclerose múltipla é uma doença que afeta preferencialmente o sistema nervoso central de mulheres jovens, causando-lhes graus variáveis de incapacidades física e cognitiva. Etiologicamente associa fatores ambientais, biológicos, sócioeconômicos e genéticos, como por exemplo genes do MHC classe II, especialmente os alelos HLADRB1* 15. Seu diagnóstico é bastante difícil, mas níveis solúveis de IgG podem sugerir atividade da doença. Objetivo:Determinar a frequência dos alelos HLA DRB1* na população baiana em geral e em portadores de esclerose múltipla atendidos no centro de referência do CHUPES, UFBA, no período de outubro de 2014 a abril de 2015 e associá-las aos níveis séricos de IgG. Metodologia: Estudo do tipo caso-controle, aprovado pelo comitê de ética da Faculdade de medicina da Universidade Federal da Bahia (CAAE: 3517134.0.0000.5577), que envolveu uma amostra de conveniência composta por 197 indivíduos, cujos dados sócioclínico-demográficos foram coletados através de questionário desenvolvido para a pesquisa. A genotipagem dos alelos HLADRB1* foi realizada através da técnica “HLA-DR SSO Genotyping Test” e a determinação dos níveis séricos de IgG por nefelometria. Resultados: A análise quantitativa revelou um perfil genotípico do tipo HLA-DRB1*15 (20,5%) em mulheres (83,0%) das raças negra ou parda (75,0%), com faixa etária entre 30 e 39 anos (28,0%), que desenvolveram a forma surtorremissiva da doença (76,0%), nas fases mais avançadas da vida (55,0%), sem permanência de sequela clínica (70,0%) e que usavam algum tipo de Interferon (58,0%). O IgG sérico para o grupo de doentes alcançou valor médio de 1.410 ± 323 mg/dL, e nos controles, esta média foi de 1.532 ± 310 mg/dL. A análise qualitativa indicou maiores frequências, nas formas progressivas de esclerose múltipla dos grupos alélicos HLA-DRB1*12 (22,0%), e dos alelos HLA-DRB1*13 (12,6%) e HLA-DRB1*15 (22,0%) naqueles indivíduos com a forma surto-remissiva. Negros e pardos demonstraram maior prevalência do alelo HLA-DRB1*15 (24,0%), enquanto que nos brancos maior frequência do alelo HLA-DRB1*07 (20,0%) foi encontrada. Negros e pardos portadores da doença tenderam a apresentar maiores níveis séricos médios de IgG (25,4%). Conclusão: Houve forte associação entre as frequências alélicas encontradas e as variáveis raça/etnia e forma clínica da doença. Nesta população, os níveis séricos de IgG não parecem servir como marcadores de progressividade.

Made available in DSpace on 2016-04-04T12:35:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 bruno_nunes_ioc_mest_2014.pdf: 816582 bytes, checksum: df0c77d440b819eb23207534911162dd (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A hanseníase é uma doença infecciosa crônica causada pelo Mycobacterium leprae, um parasita intracelular obrigatório com tropismo para Macrófagos na pele e células de Schwann nos nervos periféricos. As manifestações clínicas da hanseníase correspondem ao tipo de resposta imune do hospedeiro ao patógeno para conferir suscetibilidade. Muitas doenças têm sido relacionadas com o sistema HLA devido à sua importância na resposta imune adaptativa. Diversos estudos genéticos, em diferentes populações, têm sido realizados com o propósito de associar o HLA-DRB1 com a ocorrência da hanseníase per se e suas formas clínicas. Porém, os trabalhos realizados com HLA classe I são limitados. O presente estudo teve como objetivo analisar possíveis associações entre os alelos e haplótipos HLA classe I, além do polimorfismo TNF -308G>A e a hanseníase per se. Dessa forma, um estudo de caso-controle foi realizado em uma população de 778 pacientes não relacionados, portadores de hanseníase e 661 controles residentes na mesma área geográfica do Rio de Janeiro. Inicialmente, foram identificadas as frequências alélicas e haplotípicas de HLA-A, HLA-B e HLA-C, assim como o polimorfismo TNF -308G>A, que foram comparadas entre os casos e controles. Posteriormente, foram identificadas as frequências dos haplótipos estendidos (HLA-A-B-C-DRB1-TNF -308G>A) e comparadas entre as duas populações do estudo Os resultados demonstraram uma associação entre os alelos HLA-A* 11 e HLA-A* 30 com a susceptibilidade à hanseníase (p= 0,009 e p= 0,017, respectivamente), enquanto os alelos HLA-A* 01, HLA-B27, HLA-B*50 e HLA-C*05 sugeriram uma associação com a resistência à doença (p= 0,029, p= 0,005, p= 0,002 e p= 0,039, respectivamente). As análises dos haplótipos revelaram associação significativa de HLA-A*11-B*15 (OR=6,15) e HLA-A*30-B*42-C*17 (OR=4,16) com a susceptibilidade à hanseníase, assim como o HLA-A*11-B*35-C*04 (OR=2,37), mas com perda de significância do teste quando corrigido para as covariáveis sexo e etnia (p=0,117). Por outro lado, os haplótipos HLA-A*01-C*06 (OR=0,34), HLA-B*27-C*02 (OR=0,10) e HLA-B*50-C*06 (OR=0,18) demonstraram associações significativas com a resistência à doença. Os resultados também mostraram que o genótipo GA do TNF -308 esteve associado com a proteção à hanseníase (OR=0,74), porém com o nível de significância considerado \201Cborderline\201D quando corigido (p=0.06). Em relação ao haplótipo estendido, o estudo indicou associação entre HLA-A*02-B*07- C*07-DRB1*15-TNF -308G (OR=4,66) e HLA-A*03-B*07-C*07-DRB1*15-TNF -308G (OR=4.72) e a suscetibilidade à hanseníase, porém com perda de nível de significância quando corrigido para as covariáveis sexo e etnia (p=0,077 e p=0,101, respectivamente). Muitas dessas associações já foram encontradas em outras populações, confirmando a importância desse sistema no desenvolvimento da doença / Leprosy is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae that is an obligate intracellular parasite with tropism for Macrophages in the skin and Schwann cells in the peripheral nervous system. Clinical manifestations of Leprosy correlate with the type of immune response from the susceptible host to the pathogen. The HLA system has been related to several diseases, due to its important role in the adaptive immune re sponse. Several genetic studies of different populations have been conducted to correlate suscep tibility or resistance of the HLA-DRB1to leprosy per se and its clinical forms, whereas HLA class I studie s are limited. This present study aimed to analyze the possible association between a lleles and haplotypes HLA class I and the TNF -308G>A polymorphism and leprosy per se. Therefore, we used a population-based case control study with 778 unrelated patients with leprosy and 661 controls from de same geographic area of Rio de Janeiro. First, HLA-A, HLA-B and HLA-C were evaluated, resulting in the allele and haplotype frequencies that were compared between ca ses and controls, as well as the TNF - 308G>A polymorphisms. Lastly, the extensive haploty pe frequencies (HLA-A-B-C-DRB1- TNF - 308G>A) were performed and compared between both po pulations. Our results suggested association of the HLA-A*11 and A*30 alleles and le prosy susceptibility (p=0.009 and p=0.017, respectively), whereas HLA-A*01; HLA-B*27; HLA-B*50 and HLA-C*05 appeared associated with resistance to leprosy (p=0.029; p=0.005; p=0.0 02 and p=0.039, respectively). Analyses of the haplotypes demonstrated significant association of HLA-A*30-B*15 (OR=6.15) and A*30-B*42- C*17 (OR=4.15) with susceptibility of leprosy, as w ell as the HLA-A*11-B*35-C*04 (OR=2.37), but did not significant level when adjusted for the covariates gender and ethnicity (p=0.117). In opposite, HLA-A*01-C*06 (OR=0.34), B*27-C*02 (OR=0. 10) and B*50-C*06 (OR=0.17) haplotypes demonstrated significant association wit h resistance to leprosy. Results also showed that the GA genotype of TNF -308 was associated to prote ction to leprosy (OR=0.74), but with the significance level considered “borderline” when adj usted (p=0.06). For the extensive haplotype, the study indicated association between HLA-A*02-B*07-C *07-DRB1*15- TNF -308G (OR=4.66) and HLA-A*03-B*07-C*07-DRB1*15- TNF -308G (OR=4.72) and susceptibility to leprosy, but with lost significance level when adjusted for the covar iates gender and ethnicity (p=0.077 and p=0.101, respectively). Many of these associations have alre ady been found in other populations with leprosy, which confirmed the importance of this sys tem in the disease development.

Made available in DSpace on 2016-04-15T12:58:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 luciene_silva_ioc_mest_2011.pdf: 1201743 bytes, checksum: d78d095464e3436c4b759e85bee366a4 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A malária é a doença parasitária que mais causa mortes em todo o mundo, representando um grave problema de saúde pública. Os mecanismos exatos envolvidos na patogênese e na produção de uma resposta imune eficaz ainda não foram bem esclarecidos. O sistema imune inato constitui a primeira linha de defesa do organismo contra infecções e as células NK são uma importante subpopulação de linfócitos atuantes na fase aguda da resposta imunológica na malária. O controle da ação das células NK se dá através de receptores de membrana, dentre os quais estão os receptores KIR que reconhecem moléculas HLA de classe I expressas pela maioria das células do organismo. Esses receptores, altamente polimórficos, desempenham função significante no controle da resposta imune inata e adaptativa de cada indivíduo. Dentro deste contexto, nosso trabalho caracterizou geneticamente a frequência dos receptores KIR e seus ligantes HLA-I de indivíduos (n=377) naturalmente expostos à malária (Porto Velho - RO), verificando uma possível associação entre a presença desses genes e a infecção. Após a extração de DNA, a genotipagem da população estudada foi realizada através da técnica PCRSSO e a leitura pelo equipamento Luminex. Observamos uma maior frequência dos genes KIR2DL1, 3DL1, 2DS4 e 2DL3 (>89% em todos), HLA-C1, -Bw4 e -C2 (>66% em todos) e os pares KIR2DL2_3/C1, KIR3DL1/Bw4 e KIR2DL1/C2 (>66% em todos) na população de Porto Velho, que é semelhante às de outras regiões brasileiras. Não observamos influência do perfil da distribuição gênica dos receptores KIR e de seus ligantes HLA (-A, -B e -C) na susceptibilidade a malária Caracterizamos 48 genótipos KIR, todos com distribuição cosmopolita. Os mais frequentes foram os genótipos 42/BAF-1 (30,8%) e 33/BAF-2 (15,2%). Nos indivíduos do grupo dos nativos de Porto Velho foram encontradas: uma maior variabilidade genotípica (43/48); uma maior frequência do genótipo 33/BAF-2 quando comparado aos migrantes (P<0,01); e um grande número de genótipos exclusivos desse grupo (27/43). Os indivíduos nativos portadores de genótipos exclusivos relataram um menor número de malárias anteriores e um maior tempo desde a última infecção, sugerindo que esses genótipos possam conferir uma maior proteção à malária. Nos indivíduos com malária e portadores de genótipos com maior gradiente de genes inibidores apresentavam maiores níveis plasmáticos de INF-\03B3 (r = 0,3328; P<0,013), sugerindo que a presença desses genótipos não esteja associada à produção desta citocina. Além disso, esses indivíduos apresentavam uma maior parasitemia (r = 0,3262; P = 0,001), sugerindo que a presença desses genes inibidores possa estar associada a um menor controle/eliminação dos parasitos. Observamos que a presença do par KIR2DS2_C1 estava associado a níveis de parasitemia mais elevados (P = 0,01), indicando que a presença desse par possa também estar associada a um menor controle/eliminação dos parasitos. Os dados obtidos nesse trabalho poderão contribuir para futuros estudos sobre o impacto funcional desses genes na regulação da resposta imune, na relação com a incidência e na evolução clínica da doença não só na malária como de outras doenças infecciosas / Malaria remains one of the most important parasitic disease that causes more deaths in the world, representing a serious public health problem. However, the mechanisms involved in the pathogenesis and /or production of an effective immune res ponse remain unclear. The innate immune system is the first line of defense against infection and NK cells are an important subpopulation of lymphocytes in the acute phase of active immune response in malaria. The control of the action of NK cells is via m embrane receptors, among which are the KIR receptors that recognize HLA class I molecules expressed by the majority of cells of the human body. These receptors, highly polymorphic, play a significant role in controlling innate and adaptive immune response of each individual. Within this context, our work characterized the genetic frequency of KIR receptors and their ligands HLA - I in subjects (n = 377) naturally exposed to malaria (Porto Velho - RO) and the association between the presence of these genes and infection. After DNA extraction, genotyping of the population was performed by PCR - SSO and Luminex equipment for reading. We observed a higher frequency of the genes KIR2DL1, 3DL1, 2DS4 and 2DL3 (> 89% in all), HLA - C1, - Bw4 and - C2 (> 66% in all) and pairs KIR2DL2_3/C1, KIR3DL1/Bw4 and KIR2DL1 / C2 (> 66% in all) in the population of Porto Velho, which is similar to other Brazilian regions. No influence in the profile of the gene distribution and its KIR ligands (HLA - A, - B and - C) and susceptibility to malar ia. We identified 48 KIR profile, all with a cosmopolitan distribution. The most frequent profile were 42/BAF - 1 (30.8%) and 33/BAF - 2 (15.2%). Individuals in the group of natives of Porto Velho presented a greater genotypic variability (43/48), a higher fr equency of genotype 33/BAF - 2 compared to migrants (P <0.01), and a large number of profile exclusive to that group (27/43). Individuals native presenting a exclusive profile reported less malarias in the past and longer time since the last infection, sugg esting that these profile may confer protection against malaria. In individuals with malaria and those carrying high gradient of gene inhibitors had higher plasma levels of INF - γ (r = 0.3328, P <0.013), suggesting that the presence of these profile are not associated with the production of this cytokine. In addition, these individuals had a higher parasitemia (r = 0.3262, P = 0.001), suggesting that the presence of inhibitors of these genes may be associated with a lower control / elimination of parasites. We observed that the presence of the pair KIR2DS2_C1 was associated with higher levels of parasitemia (P = 0.01), indicating that the presence of this pair could also be associated with lack of control / elimination of parasites. The data obtained in this work may contribute to future studies on the functional impact of these genes in regulating the immune response in relation to the incidence and clinical course of the disease not only in malaria as well as in other infectious diseases.

A asma é uma doença heterogênea caracterizada por um processo inflamatório crônico das vias aéreas inferiores que está associado ao desenvolvimento da hiperresponsividade brônquica e remodelamento da via aérea. Atualmente, a asma é considerada uma síndrome, ou ao menos uma doença com diversos fenótipos. Tradicionalmente, dois fenótipos são bem definidos pela clínica e exames subsidiários: asma alérgica e asma não alérgica. Eles são diferentes quanto á idade de início, apresentação clínica, história pessoal e familiar de atopia e resposta ao tratamento. Ao contrário da asma alérgica, cuja fisiopatologia está bem caracterizada, a etiologia e mecanismos envolvidos na asma não alérgica não estão bem elucidados. Algumas possibilidades incluem alergia desencadeada por antígenos desconhecidos (fungos), infecção persistente (Chlamydia trachomatis, Mycoplasma sp) e auto-imunidade. Estudos têm descrito em diferentes populações associações entre a asma e alelos/antígenos HLA classe I e II, mas os resultados têm sido inconclusivos. O objetivo deste estudo foi identificar possíveis associações do antígeno leucocitário humano (HLA) classe I (A, B, C) e II (DR, DQ, DP) em pacientes brasileiros com asma alérgica e não alérgica. Um total de 109 pacientes com o diagnóstico de asma (56 com asma alérgica e 53 com asma não alérgica) que estavam em acompanhamento no Serviço de Imunologia Clínica e Alergia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, e 297 controles (doadores falecidos de órgãos sólidos) tiveram seu sistema HLA classe I (A, B e C) e II (DR, DQ e DP) tipificado. Os pacientes também realizaram espirometria e coletaram sangue para a quantificação da imunoglobulina E (IgE) sérica total e nível sérico de eosinófilos. Além disso, foram avaliados quanto à IgE específica para aeroalergenos através do teste cutâneo de puntura e a pesquisa da IgE sérica específica (ImmunoCAP). O grupo com asma alérgica foi constituído por pacientes que apresentavam resultado positivo para a pesquisa da IgE específica em ambos teste cutâneo de puntura e na investigação in vitro. E o grupo com asma não alérgica apresentava resultados negativos nos dois testes. A comparação do HLA classe I nos grupos estudados identificou frequência significativamente maior do HLA-B*42 e HLA-C*17 no grupo com asma alérgica, enquanto o HLA-B*48 estava estatisticamente associado com o fenótipo não alérgico. Na análise do HLA classe II, o HLA-DPA1*03 e HLA-DPB1*105 apresentou associação com os pacientes com asma alérgica. Concluindo, o estudo observou diferentes associações dos alelos HLA classe I e II com asma alérgica e não alérgica na população brasileira, a qual é caracterizada pela diversidade de origens e miscigenação. Porém, a predisposição genética para asma é poligênica e novos estudos em grandes populações são necessários para confirmar a associação do HLA como fator protetor ou causador da doença / Asthma is a heterogeneous chronic inflammatory disease of lower airways associated with the development of bronchial hyperresponsiveness and airway remodeling. Currently, asthma is regarded as a syndrome or at least a disease with several phenotypes.Traditionally, two phenotypes of asthma have been defined according to clinical and laboratory features: allergic and non-allergic asthma. Each of them has distint age of onset, clinical presentation, personal and family history of allergy and response to therapy. In contrast to allergic asthma, which pathophysiology is well characterized, the etiology and mechanisms involved in non-allergic asthma remain unclear. Some possibilities include allergy triggered by unknow antigens (fungi), persistent infection (Chlamydia trachomatis, Mycoplasma sp) and autoimmunity. Studies have reported associations between asthma and HLA class I and II alleles/antigens in different populations, but the results have been inconclusive. The objective of this study was to identify possible associations of the human leukocyte antigens (HLA) class I (A, B and C) and II (DR, DQ and DP) in Brazilian patients with allergic and non-allergic asthma. A total of 109 patients with asthma (56 with allergic asthma and 53 with non-allergic asthma), who were being followed at the Service of Clinical Immunology and Allergy of the Hospital das Clínicas of the University of São Paulo Medical School, and 297 controls (deceased solid organ donors) had their HLA class I (A,B and C) and II (DR, DQ and DP) typing. Patients performed spirometry and had their blood drawn to measure total serum immunoglobulin E (IgE) levels and eosinophil count. Furthermore, they were assessed for specific IgE to aeroallergens with skin prick test and serum tests (ImmunoCAP). The allergic asthma group was composed of patient presenting positive results for specific IgE in both skin prick test and in vitro assay. And the non-allergic asthma group had negative results in both tests. There were significantly higher frequencies of HLA-B*42 and HLA-C*17 in the allergic asthma group, whereas the HLA-B*48 was associated with the non-allergic group. Regarding HLA class II analysis, HLA-DPA1*03 and HLA DPB1*105 were associated with allergic asthma patients. In conclusion, the study identified different associations of HLA class I and II with allergic and non-allergic asthma in the Brazilian population, which is characterized by diversity of origins and miscegenation. However, the genetic predisposition of asthma is polygenic and new studies on large populations are needed to confirm the role of HLA as a protective or predisposing factor of disease

Les papillomavirus humains (HPV) oncogènes sont les agents étiologiques des cancers du col utérin. S’il est établi que 30 à 60% des femmes sont infectées par un HPV oncogène, seul 1% des cas d’infection évoluera vers un cancer invasif, les autres se résolvant spontanément, ce qui autorise à penser qu’une vaccination adéquate pourrait permettre de maîtriser, voire de guérir, les lésions (pré)cancéreuses induites par ces virus. A ce titre, les cibles préférentielles sont les protéines virales E6 et E7. En effet, non seulement ces protéines sont à la base du processus de transformation cellulaire et leur présence est requise pour le maintien du phénotype transformé mais, de plus, elles contiennent des épitopes reconnus par les lymphocytes T auxiliaires et cytotoxiques. Nous avons choisi d’orienter nos recherches sur le virus HPV de type 16 car son incidence est majeure. De même, le taux élevé d’expression de la protéine E7 dans les tumeurs nous a conduit à la choisir comme cible. Notre travail a consisté en la construction de vecteurs plasmidiques codant pour des protéines HPV-16 E7 native ou de fusion. Les fusions ont été réalisées afin de modifier la nature de la protéine E7 afin de la cibler vers les voies de présentation en association avec les molécules du complexe majeur d’histocompatibilité de classe I ou de classe II (MHC-I ou MHC-II). Nous avons étudié et comparé les réponses induites par nos vecteurs afin de déterminer le vecteur le plus efficace. Nous avons ensuite étudié le mécanisme d’action de ce vecteur afin de déterminer les points clés de l’élaboration d’une réponse immune anti-HPV-16 E7. Nous avons ainsi déterminé que cibler la protéine HPV-16 E7 vers la voie du MHC-I (protéines de fusion avec l’ubiquitine; Ub) n’augmentait pas son immunogénicité. A l’inverse, le ciblage de cet antigène vers la voie du MHC-II (protéine de fusion avec la chaîne invariante; Ii) permet à une majorité de souris C57BL/6 de résister à l’injection d’une dose léthale de cellules tumorales syngéniques E7-positives. Nous avons également montré que l’injection du vecteur ciblant E7 vers la voie du MHC-II permet l’élimination de cellules présentant un épitope classe I H-2Db. Cette réponse est médiée par des lymphocytes T CD8+. Nous avons également montré que, si la présence des cellules T CD4+ n’est pas nécessaire pour l’élimination proprement dite de cellules E7-positives, la génération des effecteurs de cette élimination requiert la présence de lymphocytes T CD4+. Nos investigations nous ont permis d’émettre l’hypothèse de l’apparition d’une réponse par transfection directe d’APC et présentation d’épitopes par les voies classiques sur MHC-I et –II, le phénomène de cross-présentation semblant ne pas être impliqué dans la genèse de la réponse. Nos résultats suggèrent donc que c’est l’instabilité de E7 qui fait de cet antigène abondamment synthétisé un piètre inducteur de réponses cytotoxiques. En effet, l’ubiquitination N-terminale de E7 provoque sa dégradation rapide et pourrait empêcher sa sécrétion. Lorsque l’on tient compte de la nécessité de l’activation de cellules T auxiliaires dans l’élaboration des réponses anti-E7 enregistrées, cette dégradation pourrait permettre à E7 de ne pas être présenté sur MHC-II et donc de ne pas générer les cellules CD4+ requises pour la génération des cellules CD8+. Finalement, nous avons montré que cibler une protéine E7 délétée de son motif oncogénique majeur vers la voie du MHC-II menait à l’apparition de réponses cytotoxiques anti-E7 efficaces. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

The aetiology of autoimmune disease is a complex interplay between genetics, environment and immunological regulation. Our understanding of the genetic aspects of autoimmunity has increased with recent findings from Genome Wide Association Studies (GWAS). There is now a movement towards meta-analyses of GWA studies in order to increase the number of genetic loci detected. There are also efforts to detect common genetic risk factors amongst groups of diseases that potentially share common aetiopathogenic pathways. Animal models have formed the basis of many genetic discoveries and the domestic dog presents a spontaneous model for many diseases, including autoimmunity. Through man’s efforts to create specific breeds, the dog has acquired a genomic architecture consisting of long haplotype blocks and extensive linkage disequilibrium. This means that a GWAS can be conducted in dog breeds with fewer samples and fewer markers than an equivalent study in humans, reducing costs, cohort collection times, and data handling/storage considerations. Successful canine GWA studies are now starting to be published. Building upon this success, the findings from GWA studies in three canine autoimmune diseases (across six different breeds), with equivalent human pathologies, are presented. Dogs with diabetes mellitus (similar to latent autoimmune diabetes of adulthood in man), lymphocytic thyroiditis (similar to Hashimoto’s thyroiditis), and anal furunculosis (similar to perianal Crohn’s disease) were compared to control dogs to identify genetic susceptibility loci underlying disease. Follow-up genotyping of the top hits from the GWAS analyses were conducted to replicate findings and to better characterise the diseases across a number of dog breeds. Typing of MHC class II genes, important in the immune response, was also undertaken in canine diabetes mellitus and canine lymphocytic thyroiditis. In anal furunculosis, high-throughput, next-generation sequencing was utilised to identify novel mutations and fine-map associations at discovered loci. Several genes were identified in all of these canine autoimmune diseases, many with good candidate function. Some of these genes indicated common genetic susceptibility loci and pathways between canine autoimmune diseases. Breed-specific genetic effects underlying canine diabetes mellitus and canine lymphocytic thyroiditis were identified, which has implications for disease diagnosis and clinical management. Novel loci for investigation in the corresponding human disease studies have been identified and future work will begin to genetically link the conditions in dog and man.

Crosspresentation allows antigen presenting cells to present peptides from exogenously derived antigens onto MHC Class I for presentation to CD8+ T cells. Though this pathway shares key players with the Classical Class I and Class II pathways, several questions remain. A genomewide siRNA screen was performed to look for genes that selectively affected the crosspresentation or the Class II pathways. Among the genes identified in the screen was the Rab GTPase Rab39a. Rab39a was required for efficient crosspresentation but was dispensable for the presentation of endogenously expressed antigen. Both TAP-dependent and independent antigen required Rab39a for efficient presentation. Rab39a localized to late endosomes and phagosomes, though interestingly it was not required for the Class II pathway. Analysis of phagosomes from Rab39a KO or rescued cells has shown that in the presence of Rab39a, phagosomes were enriched for the open form of MHC Class I as well as TAP1, a member of the peptide loading complex. The enriched open form of MHC-I was peptide receptive, suggesting that it could contribute to crosspresentation. Phagosomes from Rab39a positive cells had reduced degradative capability and had increased levels of Sec22b, a SNARE protein reported to deliver ER-golgi sourced cargo to phagosomes. Furthermore, inhibition of ER-golgi transport via brefeldin A abolished the phenotype conferred by Rab39a. Thus, we hypothesize that Rab39a mediates the delivery of ER-golgi derived cargo to the antigen containing phagosome. This delivery allows peptide receptive MHC-I, as well as the peptide loading complex to reach the antigen, thereby facilitating crosspresentation.

Presentation of antigenic peptides on MHC-II molecules is essential for induction of tolerance to self and for effective immunity against foreign pathogens. The non- classical MHC-II molecule DO (HLA-DO in humans, H2-O in mice) functions in selection of MHC-II epitopes by competitively inhibiting the peptide exchange factor DM. Previous studies have suggested a role for DO in development of autoimmunity and in the immune response to retroviral infection, presumably via modulation of the MHC-II peptidome, but the precise effect of DO has been difficult to discern. Through characterization of the full spectrum of peptides from DO-sufficient and DO-deficient cells, we demonstrate that DO functions to broaden the diversity of peptide species presented on MHC-II. DO is regulated differently from other components of the MHC-II processing machinery, with expression limited to B cell and dendritic cell subsets, as well as thymic epithelial cells, suggesting a role for DO in mediating central tolerance. In a mouse model lacking DO, we show that selection of T regulatory cells (Tregs) is increased and that DO- deficient Tregs are more activated and exert greater suppressive capacity. Despite augmented Treg function, mice lacking DO display enhanced susceptibility to autoimmunity, with altered germinal center (GC) Tregs and B cells indicative of an aberrant GC reaction. These data suggest that DO expression serves to fine-tune the immunopeptidome in order to promote self-tolerance to a wide spectrum of epitopes and to select a Treg population with appropriate specificity for self- antigens.