Introdução: As Infecções no trato urinário (ITU) estão entre as doenças infecciosas mais comumente diagnosticadas e são responsáveis por uma grande proporção do consumo de agentes antimicrobianos, sendo a Escherichia coli o microorganismo mais freqüentemente envolvido. Os antimicrobianos utilizados no tratamento das ITU sofrem concentração no processo de eliminação, ocasionando altos níveis de antimicrobiano na urina. No entanto, os testes que avaliam a susceptibilidade aos antimicrobianos são baseados em concentrações séricas. Assim, é de interesse a padronização de um teste que utilize níveis urinários (discos de alta potência) dos antimicrobianos frente aos uropatógenos. Objetivo: padronizar teste de susceptibilidade aos antimicrobianos para E. coli de ITU, com concentrações de antimicrobianos atingidas na urina. Métodos: foram utilizados 204 isolados bacterianos resistentes a pelo menos um dos seguintes antimicrobianos: ampicilina, cefalotina, ciprofloxacino, gentamicina, sulfametoxazol-trimetoprima(cotrimoxazol) para os quais foi determinada a MIC através de diluição em agar. Através da análise das MIC obtidas e das concentrações que os antimicrobianos atingem na urina, foram estabelecidas as concentrações dos discos de alta concentração. As seguintes concentrações de disco foram utilizadas: ampicilina (500, 400, 300 μg), cefalotina (200, 100 μg) e ciprofloxacino (200, 150 μg). Resultados: a ampicilina apresentou MIC ≥ 512μg/mL para cerca de 50% dos isolados. Dos discos testados, o de 500 μg mostrou melhor coeficiente de correlação de Spearman (rs: -0,659) e foi escolhido para a determinação do ponto de corte através de curva ROC (receiver operating characteristic). Pela curva, um diâmetro de halo de 9 mm separaria as amostras resistentes (R) das susceptíveis (S) a altos níveis de ampicilina com 100% de sensibilidade e especificidade de 50%. A cefalotina apresentou MIC inferior a 256μg/mL para 78% dos isolados sendo que o “rs” para os discos de 100 e 200 μg foi o mesmo: -0,744. Pela curva ROC, halos de 17mm (disco de 200μg) e 13mm (disco de 100μg) discriminariam amostras R de S com 100% de sensibilidade e 96,9% de especificidade. O ciprofloxacino apresentou MIC ≤ 128 μg/mL para mais de 50% dos isolados, sendo que o “rs” foi melhor com o disco de 200μg (rs:-0,916). Um halo de 21mm separaria as amostras S e R com 100% de sensibilidade e 78,9% de especificidade. Para o cotrimoxazol, 95% das amostras se mostraram resistentes a altos níveis e os testes com disco de alta potência não foram realizados. Para a gentamicina o baixo nº de amostras (n=22) prejudicou a análise, mas cerca de 63% dos isolados seriam susceptíveis a altos níveis. Conclusão: O presente estudo demonstrou que o uso de discos de alta concentração pode ser útil para avaliar a susceptibilidade de isolados urinários. Isto tem importância em laboratórios clínicos onde, embora haja dificuldade na realização da MIC, testes de disco-difusão estão incorporados na rotina. / Introduction: The urinary tract infections (UTI) are among the most common infectious diseases and are responsible for a high antimicrobial usage. The Escherichia coli is the main microorganism involved in UTI. The antimicrobials used for treatment of UTI concentrate in the urinary tract and this leads to high levels of them in the urine. However, the susceptibility tests are based on the serum levels of the antimicrobials. Therefore, it is of interest to develop a test which correlates the urinary levels of antibiotics (discs with high levels) with the uropathogens. Objective: to propose a susceptibility test of E. coli from UTI using doses of the antimicrobials reached in the urine. Methods: a total of 204 clinical isolates of E.coli resistant, according to conventional antimicrobial susceptibility test to, at least, one of the following antimicrobials: ampicillin, cefalotin, ciprofloxacin, gentamicin and trimetoprima- sulfametoxazol. The MIC was determined by the agar dilution technique. According to the results of the MICs and the urinary levels of the antimicrobials it was possible to establish the concentration of the high potency discs. The following concentration of discs were used: ampicilina (500, 400, 300 μg), cefalotin (200, 100 μg) and ciprofloxacin (200, 150 μg). Results: ampicillin presented MIC ≥ 512μg/mL for around 50% of E. coli isolates. The disc containing 500 μg of ampicillin displayed the best coeficient of correlation (rs: -0,659) and it was chosen to establish diameter breakpoint according to the ROC curve. A diameter of 9 mm would discriminate high level ampicillin resistant isolates with 100% and 50% of sensitivity and specificity, respectively. Cefalotin presented MIC below 256 μg/mL for 78% of E. coli isolates. Its “rs” for discs containing 100 and 200μg was the same: - 0,744. According to the ROC curve zone diameters of 17mm (disk of 200μg) e 13mm (disk of 100μg) were able to discriminate isolates resistant with 100% and 96.9% of sensitivity and specificity, respectively. Ciprofloxacin presented MIC ≤ 128 μg/mL for more than 50% of isolates and the best “rs” was achieved with the 200μg (r:-0,916) disk. A zone diameter of 21mm would discriminate susceptible isolates with 100% and 78.9% of sensitivity and specificity. respectively. A total of 95% of E. coli isolates proved to be resistant to high levels of cotrimoxazole and, therefore, tests with high potency disks were not performed. Due to the small numbers of isolates resistant to gentamycin (n=22) we were not able to perform further analysis although 63% of E coli isolates proved to be susceptible to high levels of this antimicrobial. Conclusion: This study indicated that the susceptibility test with disks containing high levels of antimicrobials may be useful to evaluate the susceptibility of urinary tract isolates This may be of importance as the clinical laboratory may not be able to perform the MIC test for routine isolates.

Vancomicina é o antimicrobiano de escolha no tratamento de bacteremias causadas por estafilococos resistentes à meticilina. No entanto, estudos recentes têm reportado que a vancomicina apresenta atividade reduzida contra Staphylococcus aureus resistentes à meticilina com concentrações inibitórias mínimas (CIMs) próximas do limite do ponto de corte de suscetibilidade, conforme critérios do CLSI, indicando falha terapêutica. Entretanto, existem poucos estudos à respeito dos Staphylococcus sp. coagulase negativa resistentes à meticilina (SCoNRM). Ademais, para determinação da CIM, deveria ser utilizado o método de referência microdiluição em caldo (MDC), mas a maioria dos laboratórios clínicos utiliza a técnica de Etest ou sistemas automatizados. Alguns estudos com S. aureus demonstraram discrepâncias entre MDC e Etest, contudo não existem dados referentes aos SCoN. Os objetivos deste estudo foram avaliar a correlação entre as CIMs de vancomicina determinadas pelas técnicas de MDC e Etest em 130 SCoNRM isolados de hemocultura, bem como verificar a relação entre valores de CIM e falha terapêutica entre pacientes com bacteremia por SCoNRM tratados com este antimicrobiano. A maioria dos resultados de CIM por MDC (98,5%) foram ≤1,0 mg/mL, enquanto o Etest apresentou 72,3% de CIM ≥ 1,5 mg/mL. As CIMs de vancomicina obtidas por Etest foram, em geral, uma a duas diluições maiores do que as CIMs obtidas por MDC. Os resultados indicam que a técnica de Etest gera valores de CIM consistentemente maiores do que os obtidos por MDC nos SCoNRM. Apenas 37 (28,5%) dos 130 pacientes com hemocultura positiva para SCoNRM apresentaram dados clínicos compatíveis com bacteremia. A maioria dos pacientes com bacteremia comprovada (n=24) apresentaram CIMs de vancomicina ≥1,5 mg/mL, sendo que 13 pacientes (35,1%) obtiveram CIM < 1,5 mg/mL. Este estudo não observou relação estatisticamente significativa entre valores de CIM de vancomicina que pudessem ser associados com falha terapêutica em pacientes com bacteremia por SCoNRM. / Vancomycin is the first-line therapy for methicillin-resistant staphylococci bacteremia. However, recent studies have reported that vancomycin demonstrates reduced activity against methicillin-resistant Staphylococcus aureus bacteremia, with vancomycin MICs at the high end of the CLSI susceptibility range indicating treatment failure. There is, however, little data considering methicillin-resistant coagulase-negative staphylococci (MRCoNS) bacteremia. Besides, the reference method that should be used for MIC determination is the broth microdilution (BMD), but many clinical laboratories use the commercial Etest technique or automated systems. Some reports have showed a growing number of vancomycin MIC discrepancies between BMD and Etest method for S. aureus, but there are no studies about CoNS. The aims of this study were to evaluated the correlation between the vancomycin MIC determined by the Etest and the BMD method for a total of 130 MRCoNS bloodstream isolates as well as to examine the relationship between vancomycin MICs and failure among patients with MRCoNS bacteremia treated with vancomycin. The vast majority (98.5%) of MIC results by BMD were ≤1.0 mg/mL in contrast to MIC by Etest which majority (72.3%) was ≥1.5 mg/mL. The vancomycin MICs obtained by the Etest for the same isolates were, in general, one to twofold higher than those obtained by the BMD method. The results indicate that the Etest provides vancomycin MIC values consistently higher than those obtained by BMD method for MRCoNS. Only 37 (28.5%) out of the 130 patients with a positive MRCoNS bloodstream culture met the eligibility criteria to be considered bacteremic. The majority of these patients (n = 24, 64.9%) presented vancomycin MIC ≥ 1.5 mg/mL, in opposite to 13 patients (35.1%) with MIC < 1.5 mg/mL. This study did not observe any statistical significative relationship between vancomycin MIC and treatment failure.

L'industrie pétrolière et gazière subie d’importantes pertes économiques en raison de problèmes liés à la corrosion. Parmi ces problèmes, la corrosion induite par les micro-organismes (biocorrosion) fait toujours l’objet de recherche, le mécanisme le plus souvent évoqué et documenté étant lié aux bactéries sulfato-réductrices (BSR). Cependant certaines études ont montré que la biocorrosion pouvait se produire même en absence de BSR dans l'environnement corrosif ; le principal objectif de la thèse était donc de fournir un nouvel éclairage sur la corrosion anaérobie de l'acier au carbone en proposant des mécanismes différents de ceux impliquant les BSR. En premier lieu, l’influence d'une souche électro-active, G. sulfurreducens, sur la protection/corrosion de l'acier C1145 a été étudiée. Lorsque des espèces phosphate sont présentes dans le milieu, la bactérie favorise la formation d’une couche de Fer/Phosphate qui ensuite protège le matériau. En présence d’ammonium, les vitesses de corrosion sont plus élevées mais les bactéries réduisent la dissolution du métal. En deuxième partie, des échantillons de terrain issus des opérations de nettoyage des pipelines des systèmes d’injection ont été analysés d’un point de vue microbiologique et électrochimique. L’analyse moléculaire et l’identification de la communauté bactérienne montre la présence d'espèces sulfurogènes autre que les BSR. Ces bactéries peuvent stimuler la corrosion des métaux par la production d'acides organiques, de CO2 et de différentes espèces soufrées telles que H2S. De surcroît, il a été prouvé que le consortium contenu dans les échantillons de terrain accélérait la corrosion de l'acier au carbone, principalement par la production d'espèces sulfures. / The oil and gas industry is impacted by important economic losses due to corrosion problem. As part of this problem, microbially influenced corrosion (MIC) is still a subject of research. The most often evoked and well acknowledge MIC mechanism is linked to sulphate reducing bacteria (SRB). However, some studies have shown that MIC can occur even when SRB is not present in the corroding environment; in this framework, the main objective of the thesis is to provide new insights on corrosion of carbon steel caused by other mechanisms different to those described with SRB. First, the influence of an electroactive strain, G. sulfurreducens (an iron reducing bacteria, IRB) on the corrosion/protection of steel C1145 was studied. When phosphate species are present in the medium, bacteria promote the formation of an iron phosphate layer (vivianite) that afterwards protects the material. In presence of NH4+, corrosion rates are higher but bacteria decrease the dissolution of the material. In the second part, field samples from pigging operations performed in water injection pipelines were analysed from microbiological and electrochemical corrosion points of view. Molecular analysis and identification of the biofilm community show the presence of sulfidogenic species besides SRB. These bacteria can stimulate metal corrosion through production of organic acids, CO2 and different sulphur species such as H2S. Moreover, it was proved that the consortium contained in field samples accelerated corrosion of carbon steel mainly by production of sulphide species.

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA15MA176.pdf: 1054714 bytes, checksum: 2d3299e450871e4e4ade3ebea0deb419 (MD5) Previous issue date: 2015-07-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Staphylococcus aureus is the major causative agent of bovine mastitis, the main disease affecting dairy cattle. The use of antibiotics is highly relevant for the control of mastitis cases in the properties, and the beta-lactam antibiotics (especially penicillin) and tetracycline are commonly used in animal and human health. Therefore, study of resistance is very important. For this test were selected 90 S. aureus isolated from subclinical mastitis to the characterization of ampicillin, penicillin and tetracycline through the disk diffusion test. Phenotypic characterization of the three antibiotics was determined by the minimum inhibitory concentration using the E-Test® and production of beta-lactamase by cefinase discs. Five resistance genes, blaZ, tet(K), tet(L), tet(M), tet(O) were investigated in all samples. PCR products were sequenced to confirm the results. The resistance was observed in 71%, 77% and 72% of the samples to ampicillin, penicillin and tetracycline, respectively. The MIC90 of the three antibiotics were 2 &#956;g/mL (ampicillin), 1 &#956;g/mL (penicillin), 64 &#956;g/mL (tetracycline). Eighty six percent of beta-lactamase producing samples were identified. Of the 90 samples investigated, 97% amplified blaZ, 84% tet(K), 9% tet(L) and 2% tet(O) 1% tet(M). Four samples showed together tet(L) and tet(K), one sample showed tet(K), tet(M) and tet(O) and 80 samples showed blaZ together with at least one tet gene. The results suggest high resistance rate for the three antimicrobials in the S. aureus samples and high values of MIC50 and MIC90. The blaZ and tet(K) genes investigated were widespread in the herds studied. More studies about phenotypic and molecular character of antimicrobial resistance in S. aureus should be done to provide appropriated control and therapeutic measures / Staphylococcus aureus é o principal agente causador de mastite bovina, principal doença que acomete bovinos leiteiros. O uso de antimicrobianos é de grande relevância para o controle dos casos de mastite nas propriedades, e os antimicrobianos betalactâmicos (principalmente penicilina) e tetraciclina são comumente usados em saúde animal e humana. Dessa forma, o estudo da resistência a esses princípios ativos é de grande importância. Neste trabalho, para caracterizar a resistência à ampicilina, penicilina e tetraciclina foram selecionadas através do teste de disco-difusão 90 amostras de S. aureus isoladas de mastite subclínica resistentes à penicilina ou/e ampicilina ou/e tetraciclina. A caracterização fenotípica aos três antimicrobianos foi determinada pela concentração inibitória mínima - método de E-TEST® - e produção de betalactamase através de discos de cefinase. Foram pesquisadas em todas as amostras cinco genes de resistência, blaZ, tet(K), tet(L), tet(M) e tet(O). Os produtos de PCR foram sequenciados para confirmação dos resultados. Foi observada a resistência em 71 %, 77 % e 72 % das amostras à ampicilina, penicilina e tetraciclina, respectivamente. A MIC90 dos três antimicrobianos foram 2 &#956;g/mL (ampicilina), 1 &#956;g/mL (penicilina), 64 &#956;g/mL (tetraciclina). Foram identificadas 86 % de amostras produtoras de betalactamase. Do total, 97 % amplificaram blaZ, 84 % tet(K), 9 % tet(L), 2 % tet(M), 1 % tet(O). Quatro amostras apresentaram conjuntamente tet(K) e tet(L), uma amostra apresentou tet(K), tet(M) e tet(O) e 80 amostras apresentaram blaZ juntamente com pelo menos um dos genes tet estudados. Os resultados da CIM apontam para um alto índice de resistência dos isolados de S. aureus para os três antimicrobianos e altos valores de CIM50 e CIM90. Os genes blaZ e tet(K) encontram-se amplamente disseminados nos rebanhos estudados. Mais estudos sobre o caráter fenotípico e molecular da resistência aos antimicrobianos em S. aureus devem ser realizados para estabelecer medidas de controle e terapêuticas adequadas

Vancomicina é o antimicrobiano de escolha no tratamento de bacteremias causadas por estafilococos resistentes à meticilina. No entanto, estudos recentes têm reportado que a vancomicina apresenta atividade reduzida contra Staphylococcus aureus resistentes à meticilina com concentrações inibitórias mínimas (CIMs) próximas do limite do ponto de corte de suscetibilidade, conforme critérios do CLSI, indicando falha terapêutica. Entretanto, existem poucos estudos à respeito dos Staphylococcus sp. coagulase negativa resistentes à meticilina (SCoNRM). Ademais, para determinação da CIM, deveria ser utilizado o método de referência microdiluição em caldo (MDC), mas a maioria dos laboratórios clínicos utiliza a técnica de Etest ou sistemas automatizados. Alguns estudos com S. aureus demonstraram discrepâncias entre MDC e Etest, contudo não existem dados referentes aos SCoN. Os objetivos deste estudo foram avaliar a correlação entre as CIMs de vancomicina determinadas pelas técnicas de MDC e Etest em 130 SCoNRM isolados de hemocultura, bem como verificar a relação entre valores de CIM e falha terapêutica entre pacientes com bacteremia por SCoNRM tratados com este antimicrobiano. A maioria dos resultados de CIM por MDC (98,5%) foram ≤1,0 mg/mL, enquanto o Etest apresentou 72,3% de CIM ≥ 1,5 mg/mL. As CIMs de vancomicina obtidas por Etest foram, em geral, uma a duas diluições maiores do que as CIMs obtidas por MDC. Os resultados indicam que a técnica de Etest gera valores de CIM consistentemente maiores do que os obtidos por MDC nos SCoNRM. Apenas 37 (28,5%) dos 130 pacientes com hemocultura positiva para SCoNRM apresentaram dados clínicos compatíveis com bacteremia. A maioria dos pacientes com bacteremia comprovada (n=24) apresentaram CIMs de vancomicina ≥1,5 mg/mL, sendo que 13 pacientes (35,1%) obtiveram CIM < 1,5 mg/mL. Este estudo não observou relação estatisticamente significativa entre valores de CIM de vancomicina que pudessem ser associados com falha terapêutica em pacientes com bacteremia por SCoNRM. / Vancomycin is the first-line therapy for methicillin-resistant staphylococci bacteremia. However, recent studies have reported that vancomycin demonstrates reduced activity against methicillin-resistant Staphylococcus aureus bacteremia, with vancomycin MICs at the high end of the CLSI susceptibility range indicating treatment failure. There is, however, little data considering methicillin-resistant coagulase-negative staphylococci (MRCoNS) bacteremia. Besides, the reference method that should be used for MIC determination is the broth microdilution (BMD), but many clinical laboratories use the commercial Etest technique or automated systems. Some reports have showed a growing number of vancomycin MIC discrepancies between BMD and Etest method for S. aureus, but there are no studies about CoNS. The aims of this study were to evaluated the correlation between the vancomycin MIC determined by the Etest and the BMD method for a total of 130 MRCoNS bloodstream isolates as well as to examine the relationship between vancomycin MICs and failure among patients with MRCoNS bacteremia treated with vancomycin. The vast majority (98.5%) of MIC results by BMD were ≤1.0 mg/mL in contrast to MIC by Etest which majority (72.3%) was ≥1.5 mg/mL. The vancomycin MICs obtained by the Etest for the same isolates were, in general, one to twofold higher than those obtained by the BMD method. The results indicate that the Etest provides vancomycin MIC values consistently higher than those obtained by BMD method for MRCoNS. Only 37 (28.5%) out of the 130 patients with a positive MRCoNS bloodstream culture met the eligibility criteria to be considered bacteremic. The majority of these patients (n = 24, 64.9%) presented vancomycin MIC ≥ 1.5 mg/mL, in opposite to 13 patients (35.1%) with MIC < 1.5 mg/mL. This study did not observe any statistical significative relationship between vancomycin MIC and treatment failure.

Introdução: As Infecções no trato urinário (ITU) estão entre as doenças infecciosas mais comumente diagnosticadas e são responsáveis por uma grande proporção do consumo de agentes antimicrobianos, sendo a Escherichia coli o microorganismo mais freqüentemente envolvido. Os antimicrobianos utilizados no tratamento das ITU sofrem concentração no processo de eliminação, ocasionando altos níveis de antimicrobiano na urina. No entanto, os testes que avaliam a susceptibilidade aos antimicrobianos são baseados em concentrações séricas. Assim, é de interesse a padronização de um teste que utilize níveis urinários (discos de alta potência) dos antimicrobianos frente aos uropatógenos. Objetivo: padronizar teste de susceptibilidade aos antimicrobianos para E. coli de ITU, com concentrações de antimicrobianos atingidas na urina. Métodos: foram utilizados 204 isolados bacterianos resistentes a pelo menos um dos seguintes antimicrobianos: ampicilina, cefalotina, ciprofloxacino, gentamicina, sulfametoxazol-trimetoprima(cotrimoxazol) para os quais foi determinada a MIC através de diluição em agar. Através da análise das MIC obtidas e das concentrações que os antimicrobianos atingem na urina, foram estabelecidas as concentrações dos discos de alta concentração. As seguintes concentrações de disco foram utilizadas: ampicilina (500, 400, 300 μg), cefalotina (200, 100 μg) e ciprofloxacino (200, 150 μg). Resultados: a ampicilina apresentou MIC ≥ 512μg/mL para cerca de 50% dos isolados. Dos discos testados, o de 500 μg mostrou melhor coeficiente de correlação de Spearman (rs: -0,659) e foi escolhido para a determinação do ponto de corte através de curva ROC (receiver operating characteristic). Pela curva, um diâmetro de halo de 9 mm separaria as amostras resistentes (R) das susceptíveis (S) a altos níveis de ampicilina com 100% de sensibilidade e especificidade de 50%. A cefalotina apresentou MIC inferior a 256μg/mL para 78% dos isolados sendo que o “rs” para os discos de 100 e 200 μg foi o mesmo: -0,744. Pela curva ROC, halos de 17mm (disco de 200μg) e 13mm (disco de 100μg) discriminariam amostras R de S com 100% de sensibilidade e 96,9% de especificidade. O ciprofloxacino apresentou MIC ≤ 128 μg/mL para mais de 50% dos isolados, sendo que o “rs” foi melhor com o disco de 200μg (rs:-0,916). Um halo de 21mm separaria as amostras S e R com 100% de sensibilidade e 78,9% de especificidade. Para o cotrimoxazol, 95% das amostras se mostraram resistentes a altos níveis e os testes com disco de alta potência não foram realizados. Para a gentamicina o baixo nº de amostras (n=22) prejudicou a análise, mas cerca de 63% dos isolados seriam susceptíveis a altos níveis. Conclusão: O presente estudo demonstrou que o uso de discos de alta concentração pode ser útil para avaliar a susceptibilidade de isolados urinários. Isto tem importância em laboratórios clínicos onde, embora haja dificuldade na realização da MIC, testes de disco-difusão estão incorporados na rotina. / Introduction: The urinary tract infections (UTI) are among the most common infectious diseases and are responsible for a high antimicrobial usage. The Escherichia coli is the main microorganism involved in UTI. The antimicrobials used for treatment of UTI concentrate in the urinary tract and this leads to high levels of them in the urine. However, the susceptibility tests are based on the serum levels of the antimicrobials. Therefore, it is of interest to develop a test which correlates the urinary levels of antibiotics (discs with high levels) with the uropathogens. Objective: to propose a susceptibility test of E. coli from UTI using doses of the antimicrobials reached in the urine. Methods: a total of 204 clinical isolates of E.coli resistant, according to conventional antimicrobial susceptibility test to, at least, one of the following antimicrobials: ampicillin, cefalotin, ciprofloxacin, gentamicin and trimetoprima- sulfametoxazol. The MIC was determined by the agar dilution technique. According to the results of the MICs and the urinary levels of the antimicrobials it was possible to establish the concentration of the high potency discs. The following concentration of discs were used: ampicilina (500, 400, 300 μg), cefalotin (200, 100 μg) and ciprofloxacin (200, 150 μg). Results: ampicillin presented MIC ≥ 512μg/mL for around 50% of E. coli isolates. The disc containing 500 μg of ampicillin displayed the best coeficient of correlation (rs: -0,659) and it was chosen to establish diameter breakpoint according to the ROC curve. A diameter of 9 mm would discriminate high level ampicillin resistant isolates with 100% and 50% of sensitivity and specificity, respectively. Cefalotin presented MIC below 256 μg/mL for 78% of E. coli isolates. Its “rs” for discs containing 100 and 200μg was the same: - 0,744. According to the ROC curve zone diameters of 17mm (disk of 200μg) e 13mm (disk of 100μg) were able to discriminate isolates resistant with 100% and 96.9% of sensitivity and specificity, respectively. Ciprofloxacin presented MIC ≤ 128 μg/mL for more than 50% of isolates and the best “rs” was achieved with the 200μg (r:-0,916) disk. A zone diameter of 21mm would discriminate susceptible isolates with 100% and 78.9% of sensitivity and specificity. respectively. A total of 95% of E. coli isolates proved to be resistant to high levels of cotrimoxazole and, therefore, tests with high potency disks were not performed. Due to the small numbers of isolates resistant to gentamycin (n=22) we were not able to perform further analysis although 63% of E coli isolates proved to be susceptible to high levels of this antimicrobial. Conclusion: This study indicated that the susceptibility test with disks containing high levels of antimicrobials may be useful to evaluate the susceptibility of urinary tract isolates This may be of importance as the clinical laboratory may not be able to perform the MIC test for routine isolates.

Dentre as espécies conhecidas do gênero Arcobacter, as espécies A. butzleri, A. cryaerophilus e A. skirrowii são consideradas potecialmente zoonóticas, podendo ser transmitidas por alimentos de origem animal. O presente estudo teve como objetivos isolar e caracterizar fenotipica e genotipicamente cepas de Arcobacter spp. provenientes de carcaças de suínos e amostras de ambiente de abatedouro localizado no Estado de São Paulo. As cepas isoladas foram submetidas a reação em cadeia pela polimerase para a identificação e detecção de um grupo de genes de virulência. A concentração inibitória mínima frente a nove antimicrobianos usados para o controle da infecção pelo agente foi determinada e as cepas foram analisadas através do PFGE e pelo AFLP. Dentre as 30 carcaças avaliadas, 25 foram positivas para o agente e 70 cepas foram selecionadas e identificadas como Arcobacter spp. As espécies isoladas foram A. butzleri (n=61), A. cryaerophilus (n=7) e A. skirrowii (n=2). A frequência dos possíveis genes de virulência encontrada variou de 71,4% a 100% para os genes tlyA, pldA, cj1349, ciaB, cadF e mviN. Não foram detectados os genes hecA, hecB e irgA. O perfil de virulência ciaB/ cj1349/ mviN/ cadF/ pldA/ tlyA foi o mais frequente e detectado em 66% das cepas. Todas as cepas foram sensíveis à gentamicina e tetraciclina e 77,1% foram multirresistentes, dentre estas o perfil mais frequente foi de resistência a azitromicina/ florfenicol/ ácido nalidíxico/ telitromicina/ clindamicina Houve grande diversidade genotípica entre as cepas através do PFGE e do AFLP, e ambas a técnicas apresentaram o mesmo poder discriminatório na análise das cepas isoladas. / Among the known species of the genus Arcobacter, the species A. butzleri, A. cryaerophilus and A. skirrowii are considered potentially zoonotic and can be transmitted by food of animal origin. This study aimed to isolate and characterize phenotypically and genotypically strains of Arcobacter spp from swine carcasses and slaughterhouse environment samples located in the State of São Paulo. The isolated strains were subjected to polymerase chain reaction for identification and detection of a group of putative virulence genes. The minimum inhibitory concentration was determined against nine antimicrobials indicated for the control of infection by the agent and the strains were analyzed by PFGE and by AFLP. Among the 30 carcasses evaluated, 25 were positive for the agent and 70 strains were selected and identified as Arcobacter spp. The isolated species were A. butzleri (n = 61), A. cryaerophilus (n = 7) and A. skirrowii (n = 2). The frequency of virulence genes found ranged from 71.4 % to 100 % for genes tlyA , pldA , cj1349 , ciaB , cadF and mviN . The genes hecA, hecB and irgA were not detected. The virulence profile ciaB/ cj1349/ mviN/ cadF/ pldA/ tlyA was the most frequent and detected in 66 % of the strains. All strains were susceptible to gentamicin and tetracycline and 77.1% were multirresistant, among these the most common profile of resistance was azithromycin/ florfenicol/ nalidixic acid/ telithromycin/ clindamycin There were large genotypic diversity among strains by PFGE and AFLP and both techniques showed the same discriminatory power in the analysis of the isolated strains.

Introdução: As Infecções no trato urinário (ITU) estão entre as doenças infecciosas mais comumente diagnosticadas e são responsáveis por uma grande proporção do consumo de agentes antimicrobianos, sendo a Escherichia coli o microorganismo mais freqüentemente envolvido. Os antimicrobianos utilizados no tratamento das ITU sofrem concentração no processo de eliminação, ocasionando altos níveis de antimicrobiano na urina. No entanto, os testes que avaliam a susceptibilidade aos antimicrobianos são baseados em concentrações séricas. Assim, é de interesse a padronização de um teste que utilize níveis urinários (discos de alta potência) dos antimicrobianos frente aos uropatógenos. Objetivo: padronizar teste de susceptibilidade aos antimicrobianos para E. coli de ITU, com concentrações de antimicrobianos atingidas na urina. Métodos: foram utilizados 204 isolados bacterianos resistentes a pelo menos um dos seguintes antimicrobianos: ampicilina, cefalotina, ciprofloxacino, gentamicina, sulfametoxazol-trimetoprima(cotrimoxazol) para os quais foi determinada a MIC através de diluição em agar. Através da análise das MIC obtidas e das concentrações que os antimicrobianos atingem na urina, foram estabelecidas as concentrações dos discos de alta concentração. As seguintes concentrações de disco foram utilizadas: ampicilina (500, 400, 300 μg), cefalotina (200, 100 μg) e ciprofloxacino (200, 150 μg). Resultados: a ampicilina apresentou MIC ≥ 512μg/mL para cerca de 50% dos isolados. Dos discos testados, o de 500 μg mostrou melhor coeficiente de correlação de Spearman (rs: -0,659) e foi escolhido para a determinação do ponto de corte através de curva ROC (receiver operating characteristic). Pela curva, um diâmetro de halo de 9 mm separaria as amostras resistentes (R) das susceptíveis (S) a altos níveis de ampicilina com 100% de sensibilidade e especificidade de 50%. A cefalotina apresentou MIC inferior a 256μg/mL para 78% dos isolados sendo que o “rs” para os discos de 100 e 200 μg foi o mesmo: -0,744. Pela curva ROC, halos de 17mm (disco de 200μg) e 13mm (disco de 100μg) discriminariam amostras R de S com 100% de sensibilidade e 96,9% de especificidade. O ciprofloxacino apresentou MIC ≤ 128 μg/mL para mais de 50% dos isolados, sendo que o “rs” foi melhor com o disco de 200μg (rs:-0,916). Um halo de 21mm separaria as amostras S e R com 100% de sensibilidade e 78,9% de especificidade. Para o cotrimoxazol, 95% das amostras se mostraram resistentes a altos níveis e os testes com disco de alta potência não foram realizados. Para a gentamicina o baixo nº de amostras (n=22) prejudicou a análise, mas cerca de 63% dos isolados seriam susceptíveis a altos níveis. Conclusão: O presente estudo demonstrou que o uso de discos de alta concentração pode ser útil para avaliar a susceptibilidade de isolados urinários. Isto tem importância em laboratórios clínicos onde, embora haja dificuldade na realização da MIC, testes de disco-difusão estão incorporados na rotina. / Introduction: The urinary tract infections (UTI) are among the most common infectious diseases and are responsible for a high antimicrobial usage. The Escherichia coli is the main microorganism involved in UTI. The antimicrobials used for treatment of UTI concentrate in the urinary tract and this leads to high levels of them in the urine. However, the susceptibility tests are based on the serum levels of the antimicrobials. Therefore, it is of interest to develop a test which correlates the urinary levels of antibiotics (discs with high levels) with the uropathogens. Objective: to propose a susceptibility test of E. coli from UTI using doses of the antimicrobials reached in the urine. Methods: a total of 204 clinical isolates of E.coli resistant, according to conventional antimicrobial susceptibility test to, at least, one of the following antimicrobials: ampicillin, cefalotin, ciprofloxacin, gentamicin and trimetoprima- sulfametoxazol. The MIC was determined by the agar dilution technique. According to the results of the MICs and the urinary levels of the antimicrobials it was possible to establish the concentration of the high potency discs. The following concentration of discs were used: ampicilina (500, 400, 300 μg), cefalotin (200, 100 μg) and ciprofloxacin (200, 150 μg). Results: ampicillin presented MIC ≥ 512μg/mL for around 50% of E. coli isolates. The disc containing 500 μg of ampicillin displayed the best coeficient of correlation (rs: -0,659) and it was chosen to establish diameter breakpoint according to the ROC curve. A diameter of 9 mm would discriminate high level ampicillin resistant isolates with 100% and 50% of sensitivity and specificity, respectively. Cefalotin presented MIC below 256 μg/mL for 78% of E. coli isolates. Its “rs” for discs containing 100 and 200μg was the same: - 0,744. According to the ROC curve zone diameters of 17mm (disk of 200μg) e 13mm (disk of 100μg) were able to discriminate isolates resistant with 100% and 96.9% of sensitivity and specificity, respectively. Ciprofloxacin presented MIC ≤ 128 μg/mL for more than 50% of isolates and the best “rs” was achieved with the 200μg (r:-0,916) disk. A zone diameter of 21mm would discriminate susceptible isolates with 100% and 78.9% of sensitivity and specificity. respectively. A total of 95% of E. coli isolates proved to be resistant to high levels of cotrimoxazole and, therefore, tests with high potency disks were not performed. Due to the small numbers of isolates resistant to gentamycin (n=22) we were not able to perform further analysis although 63% of E coli isolates proved to be susceptible to high levels of this antimicrobial. Conclusion: This study indicated that the susceptibility test with disks containing high levels of antimicrobials may be useful to evaluate the susceptibility of urinary tract isolates This may be of importance as the clinical laboratory may not be able to perform the MIC test for routine isolates.

Vancomicina é o antimicrobiano de escolha no tratamento de bacteremias causadas por estafilococos resistentes à meticilina. No entanto, estudos recentes têm reportado que a vancomicina apresenta atividade reduzida contra Staphylococcus aureus resistentes à meticilina com concentrações inibitórias mínimas (CIMs) próximas do limite do ponto de corte de suscetibilidade, conforme critérios do CLSI, indicando falha terapêutica. Entretanto, existem poucos estudos à respeito dos Staphylococcus sp. coagulase negativa resistentes à meticilina (SCoNRM). Ademais, para determinação da CIM, deveria ser utilizado o método de referência microdiluição em caldo (MDC), mas a maioria dos laboratórios clínicos utiliza a técnica de Etest ou sistemas automatizados. Alguns estudos com S. aureus demonstraram discrepâncias entre MDC e Etest, contudo não existem dados referentes aos SCoN. Os objetivos deste estudo foram avaliar a correlação entre as CIMs de vancomicina determinadas pelas técnicas de MDC e Etest em 130 SCoNRM isolados de hemocultura, bem como verificar a relação entre valores de CIM e falha terapêutica entre pacientes com bacteremia por SCoNRM tratados com este antimicrobiano. A maioria dos resultados de CIM por MDC (98,5%) foram ≤1,0 mg/mL, enquanto o Etest apresentou 72,3% de CIM ≥ 1,5 mg/mL. As CIMs de vancomicina obtidas por Etest foram, em geral, uma a duas diluições maiores do que as CIMs obtidas por MDC. Os resultados indicam que a técnica de Etest gera valores de CIM consistentemente maiores do que os obtidos por MDC nos SCoNRM. Apenas 37 (28,5%) dos 130 pacientes com hemocultura positiva para SCoNRM apresentaram dados clínicos compatíveis com bacteremia. A maioria dos pacientes com bacteremia comprovada (n=24) apresentaram CIMs de vancomicina ≥1,5 mg/mL, sendo que 13 pacientes (35,1%) obtiveram CIM < 1,5 mg/mL. Este estudo não observou relação estatisticamente significativa entre valores de CIM de vancomicina que pudessem ser associados com falha terapêutica em pacientes com bacteremia por SCoNRM. / Vancomycin is the first-line therapy for methicillin-resistant staphylococci bacteremia. However, recent studies have reported that vancomycin demonstrates reduced activity against methicillin-resistant Staphylococcus aureus bacteremia, with vancomycin MICs at the high end of the CLSI susceptibility range indicating treatment failure. There is, however, little data considering methicillin-resistant coagulase-negative staphylococci (MRCoNS) bacteremia. Besides, the reference method that should be used for MIC determination is the broth microdilution (BMD), but many clinical laboratories use the commercial Etest technique or automated systems. Some reports have showed a growing number of vancomycin MIC discrepancies between BMD and Etest method for S. aureus, but there are no studies about CoNS. The aims of this study were to evaluated the correlation between the vancomycin MIC determined by the Etest and the BMD method for a total of 130 MRCoNS bloodstream isolates as well as to examine the relationship between vancomycin MICs and failure among patients with MRCoNS bacteremia treated with vancomycin. The vast majority (98.5%) of MIC results by BMD were ≤1.0 mg/mL in contrast to MIC by Etest which majority (72.3%) was ≥1.5 mg/mL. The vancomycin MICs obtained by the Etest for the same isolates were, in general, one to twofold higher than those obtained by the BMD method. The results indicate that the Etest provides vancomycin MIC values consistently higher than those obtained by BMD method for MRCoNS. Only 37 (28.5%) out of the 130 patients with a positive MRCoNS bloodstream culture met the eligibility criteria to be considered bacteremic. The majority of these patients (n = 24, 64.9%) presented vancomycin MIC ≥ 1.5 mg/mL, in opposite to 13 patients (35.1%) with MIC < 1.5 mg/mL. This study did not observe any statistical significative relationship between vancomycin MIC and treatment failure.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-07-22T12:40:38Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação - Nataliane Marques de Vasconcelos.pdf: 1186432 bytes, checksum: 7aaaefe15061c83ecc86656db0d731f1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-22T12:40:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação - Nataliane Marques de Vasconcelos.pdf: 1186432 bytes, checksum: 7aaaefe15061c83ecc86656db0d731f1 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / CNPq / A resistência microbiológica aos antibióticos constitui uma série problemas de saúde pública por dificultar o tratamento das infecções. As actinobactérias são fontes importantes para a descobertas de novas moléculas com atividades biológicas. A este grupo, o gênero Streptomyces possuem dentre outros, dois grupos de enzimas multimoduladoras conhecidas como policetídeo sintase (PKS) e peptídeo sintase não ribossomal (NRPS), genes relacionados com a produção de metabólitos secundários. O presente trabalho teve como objetivo investigar o potencial in vitro de metabólitos bioativos produzidos por Actinobactérias isoladas do bioma Caatinga com atividade contra diferentes isolados clínicos de Candida spp. Após ensaio primário das 45 actinobactérias apenas a linhagem PR- 32 apresentou atividade contra Candida spp, com halos de até 20 mm no meio ISP2. Posteriormente, essa linhagem foi cultivada em seis diferentes meios de cultura sendo observada melhor produção do metabólito secundário no meio 400 em 48 horas (h) de fermentação. A determinação da concentração mínima inibitória (CMI) foi determinada a partir do extrato etanólico da biomassa de PR- 32 em pH 7.0 e foi evidenciada uma CMI entre 31,25 μg/mL a 3,9 μg/mL para as leveduras testadas. A cinética de morte reforçou o resultado da CMI e mostrou que no período de 4-8 h o extrato inibiu as cepas de Candida spp. A caracterização da actinobactéria foi identificada por metodologias clássicas e pela pesquisa do gene 16S rRNA como Streptomyces sp. PR- 32. Os resultados desta caracterização sugerem uma possível espécie nova, contudo outras análises ainda precisam ser realizadas. Foi evidenciada a presença do gene nrps com aproximadamente 750 kb. Diante destes resultados podemos concluir que Streptomyces sp. PR- 32 é um isolado promissor para produção de compostos antifúngicos, sendo possível sugerir que a atividade biológica deste metabólito secundário é regulado por peptídeo sintase não ribossomal (NRPS). / The microbial resistance to antibiotics is a series of public health problems for hindering the treatment of infections. The actinomycetes are important sources for new molecules with biological activities discovered. In this group, the genus Streptomyces have among others, multimoduladoras two groups of enzymes known as polyketide synthase (PKS) and non-ribosomal peptide synthase (NRPS), genes involved in production of secondary metabolites. This study aimed to investigate the potential in vitro bioactive metabolites produced by isolated Actinobacteria biome Caatinga with activity against different clinical isolates of Candida spp. After screening of actinomycetes in 45 primary test only the PR- 32 strain showed activity against Candida spp, with halos of up to 20 mm in the middle ISP2. Subsequently, this strain was grown in six different culture media is best seen in secondary metabolite production means 400 at 48 h of fermentation. The determination of the minimum inhibitory concentration (MIC) was determined from the ethanolic extract of the biomass of PR- 32 at pH 7.0 and one MIC was observed between 31.25 mg / mL 3.9 mg / mL for yeast tested. The kinetics of death reinforced the result of CMI and showed that in the 4-8 hour period the extract inhibited the strains of Candida spp. The characterization of actinobacteria was identified by classical methods and research 16S rRNA gene as Streptomyces sp. PR- 32. The results of this characterization suggests a possible new species, but other tests that must be performed. the presence of the NRPS gene of approximately 750 kb was observed. From these results we conclude that Streptomyces sp. PR- 32 is a promising isolated to produce antifungal compounds, it is possible to suggest that the biological activity of this secondary metabolite is regulated by peptide synthase not ribosomal (NRPS).