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Genes, formas e sons revelam estágio incipiente de especiação alopátrica no anuro amazônico Allobates tapajos (Dendrobatidae)

Maia, Garbriela Farias 12 July 2016 (has links)
Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-06-19T13:07:43Z No. of bitstreams: 2 DissertaçãoFinal_GabrielaMaia.pdf: 1805210 bytes, checksum: 64dc18a71d2c15aadb86e18ca66e57ee (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-19T13:07:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DissertaçãoFinal_GabrielaMaia.pdf: 1805210 bytes, checksum: 64dc18a71d2c15aadb86e18ca66e57ee (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-07-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In the Amazon basin, the distribution of many vertebrate species is delimited by large rivers, which are frequently considered as biogeographical barriers strongly related to the origin and maintenance of the elevated biodiversity found in the region. However, few are the phylogeographical investigations evaluating the effect of such barriers on multiple classes of genotypic and phenotypic characters. To date, no multicharacter investigation has been dedicated to a study system involving the Tapajos River, which delimit areas of endemism in the biome. In this study we tested the effectiveness of this river barrier in the genetic, acoustic and morphological variability in populations of the frog Allobates tapajos (Dendrobatidae). For this, we sampled populations throughout the known distributional range of the species on both margins of the middle and lower sections of the river. We obtained fragments of mitochondrial (16S) and nuclear (RAG1) genes, as well as external morphometric measurements and advertisement call acoustic parameters of 48 individuals from six localities. While the nuclear marker was monomorphic across the geographic distribution of A. tapajos, the mitochondrial fragment revealed low genetic distances accompanied of high spatial structuring, with no haplotype sharing between opposite river margins. Cladogenetic events were concentrated on Pleistocene, epoch proposed to the establishment of the Tapajós river drainage. Acoustic parameters diverged between river margins, a pattern not observed in relation to the morphological markers analyzed. Additionally, there was no correlation in the variability pattern of the different classes of characters between them or in relation to linear geographic distance among populations. When taken together, the set of obtained results support the current specific status of the populations from both margins of the Tapajós River and reveal an early stage of an allopatric speciation process related to the transposition of this riverine barrier. / Na bacia Amazônica, a distribuição de muitas espécies de vertebrados terrestres é delimitada por grandes rios, os quais são frequentemente considerados barreiras biogeográficas fortemente relacionadas à origem e manutenção da alta biodiversidade encontrada na região. No entanto, são poucas as investigações filogeográficas que avaliam o efeito dessas barreiras em múltiplas classes de caracteres genotípicos e fenotípicos. Até o momento, nenhuma investigação multicaráter foi dedicada a um sistema de estudo envolvendo o Rio Tapajós, o qual delimita áreas de endemismo do bioma. Neste estudo testamos a atuação dessa barreira fluvial sobre a variabilidade genética, acústica e morfológica em populações do anuro Allobates tapajos (Dendrobatidae). Para isso, amostramos populações ao longo de toda a área de ocorrência conhecida da espécie em ambas as margens das porções média e baixa do rio. Foram obtidos fragmentos de genes mitocondrial (16S) e nuclear (RAG1), bem como medidas morfométricas externas e parâmetros acústicos do canto de anúncio a partir de 48 indivíduos provenientes de seis localidades. Enquanto o marcador nuclear se mostrou monomórfico ao longo da distribuição de A. tapajos, o fragmento mitocondrial revelou baixas distâncias genéticas acompanhadas de elevada estruturação espacial, com ausência de compartilhamento de haplótipos entre margens opostas do rio. Os eventos cladogenéticos estiveram concentrados no Pleistoceno, época proposta para o estabelecimento da drenagem do rio Tapajós. Houve divergência em parâmetros acústicos entre margens do rio, o que não foi observado em relação aos marcadores morfológicos analisados. Adicionalmente, não houve correlação entre o padrão de variabilidade das diferentes classes de caracteres entre si nem com a distância geográfica linear entre populações. Desse modo, o conjunto de resultados obtidos suporta o atual status específico das populações de ambas as margens do rio Tapajós e revela um estágio incipiente do processo de especiação em alopatria relacionado com a transposição dessa barreira fluvial.
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Caracterização estrutural dos locos CRISPR em cepas brasileiras de Yersinia pestis

FRANÇA, Camila Tenorio 08 August 2012 (has links)
Submitted by Chaylane Marques (chaylane.marques@ufpe.br) on 2015-03-13T18:44:16Z No. of bitstreams: 2 Dissert. Camila Tenorio França PPGCB.pdf: 5895108 bytes, checksum: daba019b5bd4acf2d9d72976ba7c959f (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T18:44:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissert. Camila Tenorio França PPGCB.pdf: 5895108 bytes, checksum: daba019b5bd4acf2d9d72976ba7c959f (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012-08-08 / CAPES / Yersinia pestis é o agente causador da peste, doença primária de roedores transmitida por pulgas, que pode afetar o homem e outros mamíferos. A subtipagem molecular das cepas de Y. pestis tem sido dificultada pela grande similaridade genética entre os isolados. A análise dos locos CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) trouxe avanços em estudos filogenéticos e tipagem de cepas de Y. pestis dos numerosos focos dos diversos países. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade intraespecífica em cepas brasileiras de Y. pestis através do estudo dos locos CRISPR. As três sequências CRISPR (YPa, YPb e YPc) reconhecidas da Y. pestis foram amplificadas nas 98 cepas analisadas, originadas de diferentes fontes, focos e momentos epidemiológicos. Os amplicons obtidos por PCR foram analisados em gel de agarose e sequenciados. O loco YPa se mostrou o mais polimórfico, apresentando seis alelos de 449 a 630 pares de base (pb), seguido pelo YPb, com quatro alelos de 271 a 392 pb. O loco YPc, monomórfico, apresentou apenas um alelo de 331 pb em toda as cepas. Foi observado que as repetições diretas (DRA) são compostas de 28 pb, separadas por sequências espaçadoras únicas de 32 ou 33 pb em todos os locos. Dos 137 espaçadores já conhecidos 18 foram encontrados nas cepas analisadas e, adicionalmente, 19 novos espaçadores foram observados, 15 no loco YPa e quatro no loco YPb. A análise da distribuição dos espaçadores definiu 20 perfis genotípicos, refletindo a diversidade intraespecífica das cepas brasileiras, e evidenciou uma correlação entre a presença de alguns conjuntos de sequências espaçadoras e os focos de origem das cepas. A maioria dos perfis é exclusiva de uma cepa de um foco, e alguns são dispersos em vários focos e períodos. As incorporações/perdas de motivos observadas nos locos YPa e YPb sugerem que estes estão ativos e a ausência de alterações no loco YPc sugere inatividade. Em conclusão, a análise dos locos CRISPR revelou heterogeneidade e identificou características genéticas exclusivas nas cepas brasileiras que podem ser atribuídas à microevolução da bactéria após sua introdução no país.
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Caracterização genética de cepas de Yersinia pestis

BARROS, Maria Paloma Silva de 14 September 2012 (has links)
Submitted by Luiz Felipe Barbosa (luiz.fbabreu2@ufpe.br) on 2015-03-13T13:00:52Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Maria Paloma Silva de Barros_PPGG UFPE.pdf: 8103324 bytes, checksum: 8a69c263eb54cdd37eb3275985c8eb30 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T13:00:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Maria Paloma Silva de Barros_PPGG UFPE.pdf: 8103324 bytes, checksum: 8a69c263eb54cdd37eb3275985c8eb30 (MD5) Previous issue date: 2012-09-14 / A peste é uma doença que permanece enraizada em inúmeros focos naturais por todo o mundo. Embora o Brasil passe por um período de silenciamento epidemiológico, anticorpos antipestosos são detectados nas atividades de vigilância, sugerindo que estes focos permanecem ativos. A Yersinia pestis, agente causador da peste, apresenta uma história evolutiva recente e é considerada uma espécie, geneticamente, muito homogênea. Diante da necessidade de estudos mais aprofundados sobre as características moleculares e evolutivas dos isolados de Y. pestis dos focos do Brasil, realizamos neste trabalho uma caracterização de cepas da coleção biológica (Fiocruz-CYP) de Yersinia, provenientes de cinco focos de peste do Brasil, com a finalidade de compreender a adaptação da bactéria no ambiente. Realizamos a padronização e a análise de macrorestrição (PFGE) em 22 cepas de Y. pestis, 17 de um surto ocorrido em 1986 e cinco isoladas da atividade de vigilância. O PFGE não separou os isolados da rotina e do surto, entretanto foi capaz de revelar diversidade genética entre as cepas. As técnicas MLVA e CRISPR também foram utilizadas na genotipagem das cepas de Y. pestis. Doze locos VNTR (MLVA) analisados em 37 cepas, pertencentes a dois eventos epidemiológicos distintos, permitiram observar a separação dos grupos por evento e estabelecer uma relação epidemiológica. Três locos CRISPR (YPa, YPb e YPc) foram analisados em 146 cepas, apenas dois (YPa e YPb) se mostraram polimórficos. A análise desta região permitiu realizar uma caracterização intraespecífica e microevolutiva dos isolados de peste dos focos brasileiros. O MLVA e o CRISPR demonstraram uma melhor relação entre os dados epidemiológicos e moleculares, enquanto o PFGE apenas diferenciou os isolados de Y. pestis. Os dados gerados pelas três técnicas estudadas permitiram confirmar que houve apenas a entrada de um clone de Y. pestis no Brasil e observar que alguns processos adaptativos foram necessários para sua interiorização e fixação nos focos do país.
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Caracterização Genética de cepas de Yersinia pestis

BARROS, Maria Paloma Silva de 14 September 2012 (has links)
Submitted by Caroline Falcao (caroline.rfalcao@ufpe.br) on 2017-04-10T17:45:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Tese-MariaPalomaBarros.pdf: 8071319 bytes, checksum: 0b3f7f14ac7d15cf16b3a5e185a6f89d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-10T17:45:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Tese-MariaPalomaBarros.pdf: 8071319 bytes, checksum: 0b3f7f14ac7d15cf16b3a5e185a6f89d (MD5) Previous issue date: 2012-09-14 / A peste é uma doença que permanece enraizada em inúmeros focos naturais por todo o mundo. Embora o Brasil passe por um período de silenciamento epidemiológico, anticorpos antipestosos são detectados nas atividades de vigilância, sugerindo que estes focos permanecem ativos. A Yersinia pestis, agente causador da peste, apresenta uma história evolutiva recente e é considerada uma espécie, geneticamente, muito homogênea. Diante da necessidade de estudos mais aprofundados sobre as características moleculares e evolutivas dos isolados de Y. pestis dos focos do Brasil, realizamos neste trabalho uma caracterização de cepas da coleção biológica (Fiocruz-CYP) de Yersinia, provenientes de cinco focos de peste do Brasil, com a finalidade de compreender a adaptação da bactéria no ambiente. Realizamos a padronização e a análise de macrorestrição (PFGE) em 22 cepas de Y. pestis, 17 de um surto ocorrido em 1986 e cinco isoladas da atividade de vigilância. O PFGE não separou os isolados da rotina e do surto, entretanto foi capaz de revelar diversidade genética entre as cepas. As técnicas MLVA e CRISPR também foram utilizadas na genotipagem das cepas de Y. pestis. Doze locos VNTR (MLVA) analisados em 37 cepas, pertencentes a dois eventos epidemiológicos distintos, permitiram observar a separação dos grupos por evento e estabelecer uma relação epidemiológica. Três locos CRISPR (YPa, YPb e YPc) foram analisados em 146 cepas, apenas dois (YPa e YPb) se mostraram polimórficos. A análise desta região permitiu realizar uma caracterização intraespecífica e microevolutiva dos isolados de peste dos focos brasileiros. O MLVA e o CRISPR demonstraram uma melhor relação entre os dados epidemiológicos e moleculares, enquanto o PFGE apenas diferenciou os isolados de Y. pestis. Os dados gerados pelas três técnicas estudadas permitiram confirmar que houve apenas a entrada de um clone de Y. pestis no Brasil e observar que alguns processos adaptativos foram necessários para sua interiorização e fixação nos focos do país. / Plague disease remains present in numerous natural foci worldwide. Although Brazil goes through a period of epidemiological silence antiplague antibodies are detected in the surveillance activities, suggesting that Brazilians foci remain active. Yersinia pestis, causative agent of plague, has a recent evolutionary history and is considered a very genetically homogeneous species. Given the need for further studies on the molecular and evolutionary characteristics of the isolates of Y. pestis of the Brazilian plague areas, we perform in this work a characterization of strains biological collection (Fiocruz-CYP) of Yersinia, from five outbreaks of plague in Brazil, with the aim of understanding the adaptation of bacteria to the environment. We carried out the standardization and macrorestriction analysis (PFGE) in 22 Y. pestis strains, 17 from an outbreak occurred in 1986 and five from surveillance activity. PFGE did not separate the isolates from surveillance and from outbreak, but it was able to reveal genetic diversity among strains. MLVA and CRISPR techniques were also used in genotyping Y. pestis strains. Analysis of 12 VNTR loci (MLVA) in 37 Y. pestisstrains, of two different epidemiological events, allowed observing the separation of groups establish an epidemiological link among the isolates. Three CRISPR loci (YPa, YPb and YPc) were analyzed in 146 Y. pestis strains, only two loci (YPa and YPb) were polymorphic. The analysis of this region allowed an intraspecific characterization and microevolutionary of the plague isolates in the Brazilian foci. The CRISPR and MLVA showed a better relationship between the epidemiological and molecular data, while PFGE differ only the Y. pestis strains. The data generated by the three techniques studied confirmed that there was only one entry clone Y. pestis in Brazil and observed that some adaptive processes were necessary for its internalization and fixation of these foci in our country.
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Diversidade craniana humana e suas implicações evolutivas / Human cranial diversity and their evolutionary implications

Bernardo, Danilo Vicensotto 29 October 2012 (has links)
As últimas décadas têm apresentado um crescente número de contribuições para o entendimento sobre quando e onde ocorreu o surgimento do Homo sapiens. Modelos baseados nessas evidências, geralmente, sugerem que a gênese dos humanos modernos ocorreu na África, há cerca de 200.000 anos antes do presente, de onde migraram para as outras partes do mundo. Análises da diversidade genética de populações atuais corroboram esse cenário, ao sugerir que, a partir de uma origem única, a espécie foi, gradativamente, perdendo variabilidade à medida que as populações divergiram, espacial e temporalmente, umas das outras e de suas ancestrais africanas. No que se refere especificamente à morfologia craniana, diversos autores sugerem a existência deste mesmo padrão de decréscimo da variabilidade em função do distanciamento em relação a África, embora seja, também, reconhecida entre os especialistas a partição da diversidade craniana humana entre dois padrões fundamentais: um representado pela morfologia similar àquela que caracterizou os primeiros Homo sapiens, antes que o processo de raciação, no sentido de diversificação, tivesse ocorrido, representado pela denominada \"morfologia generalizada\"; e outro representado pelas demais variações morfológicas, correspondendo às populações já diversificadas fora da África, denominada \"morfologia especializada\". Nesse sentido, o entendimento dos processos evolutivos envolvidos nos eventos de diferenciação morfológica gera bastante controvérsia entre os especialistas. Embora a maioria das informações já obtidas aponte para o fato de que a morfologia craniana evoluiu, majoritariamente, por processos estocásticos, algumas evidências sugerem que, ao menos em condições ambientais extremas, algumas regiões anatômicas cranianas específicas tenham uma parcela de sua variabilidade morfológica fixada por seleção natural. Nesse contexto, o objetivo primordial desta pesquisa é caracterizar a evolução da variação craniana humana, abordada a partir de dois tópicos centrais: 1) A investigação da composição, padrão de ocorrência, distribuição e estruturação da diversidade morfológica craniana humana; e, 2) A análise do contexto evolutivo da variação observada no crânio humano, em função de suas características de integração, modularidade e estase evolutiva investigadas a partir da exploração de seus padrões de variância e covariância. Para tanto, foram utilizadas as características métricas cranianas (24 variáveis do protocolo Howells) de 9.287 indivíduos, distribuídos em 161 populações autóctones de dispersão mundial. Apenas indivíduos morfologicamente íntegros constituíram o banco de dados, eliminando qualquer efeito devido à ocorrência de \"missing values\". Informações adicionais às séries presentes no banco de dados foram utilizadas para uma melhor caracterização geográfica e cronológica dessas populações, e que possibilitou o cálculo das distâncias geográficas entre elas e a estratificação dos dados sob diferentes critérios. Bancos de dados complementares, compostos por marcadores moleculares (mtDNA e microssatélites) também foram utilizados para a análise exploratória comparativa de questões específicas. Os resultados obtidos para as análises da composição, distribuição e estruturação da diversidade craniana humana mostram que grupos populacionais particulares, normalmente associados à alguma região geográfica específica, apresentam padrões de diversificação diversos daqueles observados para todas as populações analisadas de maneira conjunta, o que sugere a ocorrência de respostas evolutivas específicas associadas às condições particulares, como seleção, por exemplo. Em relação às investigações do contexto evolutivo da variação observada, inferida pelos padrões de correlação, covariância e modularidade investigados em diferentes agrupamentos populacionais, os resultados gerados demonstraram que, de maneira geral, os padrões de variância/covariância e a magnitude dos padrões de correlação entre os caracteres apresentam-se de maneira estável, com raras exceções ao estado de estase evolutiva predominante. Em suma, os resultados obtidos através das diferentes estratégias empregadas nesta tese reforçam a ideia de que a evolução da morfologia craniana é melhor explicada por um modelo que assuma a ocorrência de diferentes ditames evolutivos, como deriva genética e seleção natural, por exemplo, que, devido ao recente processo de diversificação da espécie apresentam, de maneira generalizada, em estado de estase / The last decades have seen a growing number of contributions to the understanding of when and where was the emergence of Homo sapiens. Models based on this evidence generally suggests that the genesis of modern humans occurred in Africa some 200,000 years before present, where migrated to other parts of the world. Analysis of genetic diversity of current populations corroborate this scenario, suggesting that, from a single source, the species was gradually losing variability as the populations diverged, spatially and temporally, from each other and from their African ancestors. With regard specifically to the cranial morphology, several authors suggest the existence of this same pattern of decreasing variability as a function of distance from Africa, although it is also recognized among experts partition the human cranial diversity between two fundamental patterns: one represented by morphology similar to that characterized the first Homo sapiens before the process raciação in the sense diversifying, occurred, represented by the so-called \"general morphology\" and the other represented by other morphological variations, corresponding to the populations already been diversified Africa, called \"specialized morphology.\" In this sense, understanding the evolutionary processes involved in the events of morphological differentiation generates a lot of controversy among experts. Although most of the information already obtained point to the fact that the cranial morphology evolved mostly by stochastic processes, some evidence suggests that, at least in extreme environmental conditions, some cranial specific anatomical regions have a portion of their morphological variability determined by natural selection. In this context, the primary objective of this research is to characterize the evolution of human cranial variation, approached from two themes: 1) The investigation of the composition, pattern of occurrence, distribution and structuring of human cranial morphological diversity, and, 2) analysis of the context of evolutionary change observed in the human skull, due to its characteristics of integration, modularity and evolutionary stasis investigated from the exploitation of their patterns of variance and covariance. For this, we used the metric cranial characteristics (24 variables protocol Howells) of 9287 individuals distributed in 161 indigenous peoples worldwide dispersion. Only morphologically intact individuals constituted the database, eliminating any effect due to the occurrence of \"missing values\". Additional information on these series in the database were used to better characterize geographic and chronological these populations, and that allowed the calculation of geographical distances between them and the stratification of the data under different criteria. Databases additional compounds by molecular markers (mtDNA and microsatellites) were also used for exploratory comparative analysis of specific issues. The results for the analyzes of the composition, structure and distribution of human cranial diversity show that particular population groups, usually associated with a specific geographic region, provide diversification patterns different from those observed for all populations analyzed jointly, suggesting the occurrence of specific evolutionary responses associated with particular conditions, such as selection, for example. Regarding investigations of evolutionary context of the variation observed, inferred by patterns of correlation, covariance and modularity investigated in different population groups, the results generated showed that, in general, the patterns of variance / covariance and magnitude of correlation patterns between characters are presented in a stable manner, with rare exceptions the state of evolutionary stasis predominant. In summary, the results obtained through the different strategies employed in this thesis reinforce the idea that the evolution of cranial morphology is best explained by a model that assumes the occurrence of different evolutionary dictates, as genetic drift and natural selection, for example, that due to the recent process of diversification of species present in a generalized way, in a state of stasis
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Diversidade craniana humana e suas implicações evolutivas / Human cranial diversity and their evolutionary implications

Danilo Vicensotto Bernardo 29 October 2012 (has links)
As últimas décadas têm apresentado um crescente número de contribuições para o entendimento sobre quando e onde ocorreu o surgimento do Homo sapiens. Modelos baseados nessas evidências, geralmente, sugerem que a gênese dos humanos modernos ocorreu na África, há cerca de 200.000 anos antes do presente, de onde migraram para as outras partes do mundo. Análises da diversidade genética de populações atuais corroboram esse cenário, ao sugerir que, a partir de uma origem única, a espécie foi, gradativamente, perdendo variabilidade à medida que as populações divergiram, espacial e temporalmente, umas das outras e de suas ancestrais africanas. No que se refere especificamente à morfologia craniana, diversos autores sugerem a existência deste mesmo padrão de decréscimo da variabilidade em função do distanciamento em relação a África, embora seja, também, reconhecida entre os especialistas a partição da diversidade craniana humana entre dois padrões fundamentais: um representado pela morfologia similar àquela que caracterizou os primeiros Homo sapiens, antes que o processo de raciação, no sentido de diversificação, tivesse ocorrido, representado pela denominada \"morfologia generalizada\"; e outro representado pelas demais variações morfológicas, correspondendo às populações já diversificadas fora da África, denominada \"morfologia especializada\". Nesse sentido, o entendimento dos processos evolutivos envolvidos nos eventos de diferenciação morfológica gera bastante controvérsia entre os especialistas. Embora a maioria das informações já obtidas aponte para o fato de que a morfologia craniana evoluiu, majoritariamente, por processos estocásticos, algumas evidências sugerem que, ao menos em condições ambientais extremas, algumas regiões anatômicas cranianas específicas tenham uma parcela de sua variabilidade morfológica fixada por seleção natural. Nesse contexto, o objetivo primordial desta pesquisa é caracterizar a evolução da variação craniana humana, abordada a partir de dois tópicos centrais: 1) A investigação da composição, padrão de ocorrência, distribuição e estruturação da diversidade morfológica craniana humana; e, 2) A análise do contexto evolutivo da variação observada no crânio humano, em função de suas características de integração, modularidade e estase evolutiva investigadas a partir da exploração de seus padrões de variância e covariância. Para tanto, foram utilizadas as características métricas cranianas (24 variáveis do protocolo Howells) de 9.287 indivíduos, distribuídos em 161 populações autóctones de dispersão mundial. Apenas indivíduos morfologicamente íntegros constituíram o banco de dados, eliminando qualquer efeito devido à ocorrência de \"missing values\". Informações adicionais às séries presentes no banco de dados foram utilizadas para uma melhor caracterização geográfica e cronológica dessas populações, e que possibilitou o cálculo das distâncias geográficas entre elas e a estratificação dos dados sob diferentes critérios. Bancos de dados complementares, compostos por marcadores moleculares (mtDNA e microssatélites) também foram utilizados para a análise exploratória comparativa de questões específicas. Os resultados obtidos para as análises da composição, distribuição e estruturação da diversidade craniana humana mostram que grupos populacionais particulares, normalmente associados à alguma região geográfica específica, apresentam padrões de diversificação diversos daqueles observados para todas as populações analisadas de maneira conjunta, o que sugere a ocorrência de respostas evolutivas específicas associadas às condições particulares, como seleção, por exemplo. Em relação às investigações do contexto evolutivo da variação observada, inferida pelos padrões de correlação, covariância e modularidade investigados em diferentes agrupamentos populacionais, os resultados gerados demonstraram que, de maneira geral, os padrões de variância/covariância e a magnitude dos padrões de correlação entre os caracteres apresentam-se de maneira estável, com raras exceções ao estado de estase evolutiva predominante. Em suma, os resultados obtidos através das diferentes estratégias empregadas nesta tese reforçam a ideia de que a evolução da morfologia craniana é melhor explicada por um modelo que assuma a ocorrência de diferentes ditames evolutivos, como deriva genética e seleção natural, por exemplo, que, devido ao recente processo de diversificação da espécie apresentam, de maneira generalizada, em estado de estase / The last decades have seen a growing number of contributions to the understanding of when and where was the emergence of Homo sapiens. Models based on this evidence generally suggests that the genesis of modern humans occurred in Africa some 200,000 years before present, where migrated to other parts of the world. Analysis of genetic diversity of current populations corroborate this scenario, suggesting that, from a single source, the species was gradually losing variability as the populations diverged, spatially and temporally, from each other and from their African ancestors. With regard specifically to the cranial morphology, several authors suggest the existence of this same pattern of decreasing variability as a function of distance from Africa, although it is also recognized among experts partition the human cranial diversity between two fundamental patterns: one represented by morphology similar to that characterized the first Homo sapiens before the process raciação in the sense diversifying, occurred, represented by the so-called \"general morphology\" and the other represented by other morphological variations, corresponding to the populations already been diversified Africa, called \"specialized morphology.\" In this sense, understanding the evolutionary processes involved in the events of morphological differentiation generates a lot of controversy among experts. Although most of the information already obtained point to the fact that the cranial morphology evolved mostly by stochastic processes, some evidence suggests that, at least in extreme environmental conditions, some cranial specific anatomical regions have a portion of their morphological variability determined by natural selection. In this context, the primary objective of this research is to characterize the evolution of human cranial variation, approached from two themes: 1) The investigation of the composition, pattern of occurrence, distribution and structuring of human cranial morphological diversity, and, 2) analysis of the context of evolutionary change observed in the human skull, due to its characteristics of integration, modularity and evolutionary stasis investigated from the exploitation of their patterns of variance and covariance. For this, we used the metric cranial characteristics (24 variables protocol Howells) of 9287 individuals distributed in 161 indigenous peoples worldwide dispersion. Only morphologically intact individuals constituted the database, eliminating any effect due to the occurrence of \"missing values\". Additional information on these series in the database were used to better characterize geographic and chronological these populations, and that allowed the calculation of geographical distances between them and the stratification of the data under different criteria. Databases additional compounds by molecular markers (mtDNA and microsatellites) were also used for exploratory comparative analysis of specific issues. The results for the analyzes of the composition, structure and distribution of human cranial diversity show that particular population groups, usually associated with a specific geographic region, provide diversification patterns different from those observed for all populations analyzed jointly, suggesting the occurrence of specific evolutionary responses associated with particular conditions, such as selection, for example. Regarding investigations of evolutionary context of the variation observed, inferred by patterns of correlation, covariance and modularity investigated in different population groups, the results generated showed that, in general, the patterns of variance / covariance and magnitude of correlation patterns between characters are presented in a stable manner, with rare exceptions the state of evolutionary stasis predominant. In summary, the results obtained through the different strategies employed in this thesis reinforce the idea that the evolution of cranial morphology is best explained by a model that assumes the occurrence of different evolutionary dictates, as genetic drift and natural selection, for example, that due to the recent process of diversification of species present in a generalized way, in a state of stasis
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Análises comparativas populacionais de Culex quinquefasciatus em dois locais do Estado de São Paulo. / Comparative populational analyses of Culex quinquefasciatus of two places of State of São Paulo.

Peruzin, Maria Cristina Jurcovichi 16 April 2009 (has links)
O mosquito Culex quinquefasciatus tem grande importância médica no mundo devido à sua habilidade como vetor de arboviroses e filarioses. O principal fator limitante dos métodos de controle populacional para Cx. quinquefasciatus é a microevolução dessa espécie, fenômeno que freqüentemente resulta em aumento da sua resistência a inseticidas e da sua tolerância à poluição. No Estado de São Paulo existem duas populações vivendo sob diferentes condições ambientais. Uma delas, próxima ao Rio Pinheiros (PIN), está sujeita à alta poluição e aplicações de piretróides e outra, em Pariquera-Açu (PAR), vive em local semi-rural na ausência de inseticidas. O objetivo deste trabalho foi investigar se essas populações provenientes de ambientes distintos possuem polimorfismos genéticomorfológicos e se a população PIN apresenta variações morfológicas ao longo do tempo. Os parâmetros utilizados nas comparações foram morfometria geométrica alar, análises do DNA ribossômico (DNAr) e de cromossomos politênicos. Não obtivemos sucesso na caracterização cariotípica devido a pouca nitidez das bandas e interbandas. A morfometria geométrica de 286 asas de PIN, amostras coletadas em 2004 (PIN04) e 2007 (PIN07), e 150 asas de PARI, amostras coletadas em 2008 demonstrou variações morfológicas. As duas populações PIN04 e PIN07 revelaram alto dimorfismo sexual de forma e tamanho, sendo asas de fêmeas maiores que asas de machos em ambas as populações. A assimetria bilateral não é significante para tamanho e é tênue para forma, sendo ligeiramente mais pronunciada em machos e em PIN07. Os espécimes de PIN07 são maiores e mais assimétricos que PARI, fenômenos possivelmente relacionados à maior disponibilidade de alimento e à contínua exposição a altos níveis de inseticida, respectivamente. Análises de DNAr revelaram padrões equivalentes para PIN07 e PARI. Em suma, supomos que o fluxo gênico entre as populações geográficas pode ter ocorrido até recentemente. Este estudo mostrou que é possível ocorrer variação de tamanho e forma de asas em Culicidae em um intervalo de tempo de três anos. O próximo passo poderia ser uma investigação aprofundada a respeito da relação entre variação geográfica-temporal e algumas de suas possíveis causas tais como poluição e inseticida. / The mosquito Culex quinquefasciatus has medical importance due to its ability of vectoring arboviruses and filariases. Microevolution resulting in insecticide resistance is a remarkable limiting factor for populational control of this species. In the State of São Paulo there are two populations under different environmental conditions. One, near Rio Pinheiros (PIN), is subjected to pollution and pyrethroids applications and another, in Pariquera-Açu (PAR), lives in a semi-rural place in the absence of insecticides. The objective of this work was to investigate if these populations from different environments have geneticmorphological polymorphisms and if PIN population exhibits morphological variations during the time. Parameters used in the comparisons were wing geometric morphometrics, ribosomal DNA (rDNA), and polytene chromosomes. Karyotypic characterization was unsuccessful due to the poor definition of bands and interbands. Morphometrical analyses of 286 wings of PIN, collected in 2004 (PIN04) and 2007 (PIN07), and 150 wings of PARI, collected in 2008, demonstrate morphological variations. The two populations PIN04 and PIN07 revealed strong intrapopulational sexual dimorphism concerning shape and size, being the wings of females larger than those of males in both populations. The wing asymmetry is non-significant for size and tenuous for shape, being slightly more conspicuous in males and in PIN07. The specimens of PIN07 are larger and more bilaterally asymmetric than PARI, possibly due to higher food availability and to continuous exposition to high level of insecticide, respectively. Analysis of rDNA revealed restriction patterns equivalent for PIN07 and PARI populations. Thus, one may suppose that gene flow may have occurred until recently. This study showed that it is possible to occur size and shape variation of wings in Culicidae in time intervals as short as three years. The next step would be to evaluate in depth the relationship between geographical-temporal variation and some of possible causes like pollution and insecticides.
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Análises comparativas populacionais de Culex quinquefasciatus em dois locais do Estado de São Paulo. / Comparative populational analyses of Culex quinquefasciatus of two places of State of São Paulo.

Maria Cristina Jurcovichi Peruzin 16 April 2009 (has links)
O mosquito Culex quinquefasciatus tem grande importância médica no mundo devido à sua habilidade como vetor de arboviroses e filarioses. O principal fator limitante dos métodos de controle populacional para Cx. quinquefasciatus é a microevolução dessa espécie, fenômeno que freqüentemente resulta em aumento da sua resistência a inseticidas e da sua tolerância à poluição. No Estado de São Paulo existem duas populações vivendo sob diferentes condições ambientais. Uma delas, próxima ao Rio Pinheiros (PIN), está sujeita à alta poluição e aplicações de piretróides e outra, em Pariquera-Açu (PAR), vive em local semi-rural na ausência de inseticidas. O objetivo deste trabalho foi investigar se essas populações provenientes de ambientes distintos possuem polimorfismos genéticomorfológicos e se a população PIN apresenta variações morfológicas ao longo do tempo. Os parâmetros utilizados nas comparações foram morfometria geométrica alar, análises do DNA ribossômico (DNAr) e de cromossomos politênicos. Não obtivemos sucesso na caracterização cariotípica devido a pouca nitidez das bandas e interbandas. A morfometria geométrica de 286 asas de PIN, amostras coletadas em 2004 (PIN04) e 2007 (PIN07), e 150 asas de PARI, amostras coletadas em 2008 demonstrou variações morfológicas. As duas populações PIN04 e PIN07 revelaram alto dimorfismo sexual de forma e tamanho, sendo asas de fêmeas maiores que asas de machos em ambas as populações. A assimetria bilateral não é significante para tamanho e é tênue para forma, sendo ligeiramente mais pronunciada em machos e em PIN07. Os espécimes de PIN07 são maiores e mais assimétricos que PARI, fenômenos possivelmente relacionados à maior disponibilidade de alimento e à contínua exposição a altos níveis de inseticida, respectivamente. Análises de DNAr revelaram padrões equivalentes para PIN07 e PARI. Em suma, supomos que o fluxo gênico entre as populações geográficas pode ter ocorrido até recentemente. Este estudo mostrou que é possível ocorrer variação de tamanho e forma de asas em Culicidae em um intervalo de tempo de três anos. O próximo passo poderia ser uma investigação aprofundada a respeito da relação entre variação geográfica-temporal e algumas de suas possíveis causas tais como poluição e inseticida. / The mosquito Culex quinquefasciatus has medical importance due to its ability of vectoring arboviruses and filariases. Microevolution resulting in insecticide resistance is a remarkable limiting factor for populational control of this species. In the State of São Paulo there are two populations under different environmental conditions. One, near Rio Pinheiros (PIN), is subjected to pollution and pyrethroids applications and another, in Pariquera-Açu (PAR), lives in a semi-rural place in the absence of insecticides. The objective of this work was to investigate if these populations from different environments have geneticmorphological polymorphisms and if PIN population exhibits morphological variations during the time. Parameters used in the comparisons were wing geometric morphometrics, ribosomal DNA (rDNA), and polytene chromosomes. Karyotypic characterization was unsuccessful due to the poor definition of bands and interbands. Morphometrical analyses of 286 wings of PIN, collected in 2004 (PIN04) and 2007 (PIN07), and 150 wings of PARI, collected in 2008, demonstrate morphological variations. The two populations PIN04 and PIN07 revealed strong intrapopulational sexual dimorphism concerning shape and size, being the wings of females larger than those of males in both populations. The wing asymmetry is non-significant for size and tenuous for shape, being slightly more conspicuous in males and in PIN07. The specimens of PIN07 are larger and more bilaterally asymmetric than PARI, possibly due to higher food availability and to continuous exposition to high level of insecticide, respectively. Analysis of rDNA revealed restriction patterns equivalent for PIN07 and PARI populations. Thus, one may suppose that gene flow may have occurred until recently. This study showed that it is possible to occur size and shape variation of wings in Culicidae in time intervals as short as three years. The next step would be to evaluate in depth the relationship between geographical-temporal variation and some of possible causes like pollution and insecticides.
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Caracterização molecular e morfológica de populações de Aedes aegypti (Diptera:Culicidae) no estado de São Paulo. / Molecular and morphological characterization of Aedes aegypti populations (Diptera: Culicidae) from State of São Paulo.

Vidal, Paloma Oliveira 17 November 2015 (has links)
O Estado de São Paulo apresenta uma das mais altas taxas de infecções por vírus dengue no Mundo, mas apesar dessa situação, poucos são os estudos dirigidos às populações do mosquito Aedes aegypti. O objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente e morfologicamente populações de Ae. aegypti localizadas em seis municípios (Santos, S.P., Campinas, São Carlos, Catanduva, S.J.R.P.) do Estado de São Paulo durante 2011 e 2012. Todos os marcadores biológicos indicaram estruturação populacional. Os oito loci microssatélites apontaram diferenciação genética moderada entre as populações (Fst= 0.04; p < 0,05) e os níveis de diversidade nucleotídica do gene COI (&pi; =0,0062) e do gene ND4 (&pi;=0,017) foram moderadamente altos. Duas linhagens geneticamente distintas foram encontradas no Estado. Ao longo dos meses que compreenderam o estudo, foram encontradas diferenças morfo-genéticas temporais entre as seis populações analisadas, possivelmente indicativas de microevolução. Os resultados obtidos podem ser úteis para compreendermos a dispersão deste mosquito vetor. / The State of São Paulo displays one of the highest rates of dengue infection in the world, but despite this fact, a few populational studies of Ae. aegypti have been undertaken. The aim of this study was to genetically and morphologically characterize Ae. aegypti populations from six locations in the São Paulo State (Santos, S.P., Campinas, São Carlos, Catanduva, S.J.R.P.) during 2011 and 2012. The phenetic and genetic analyses revealed that populations of Ae. aegypti are structured. Eight microsatellites loci were polymorphic and genetic differentiation among samples was moderate (Fst= 0.04; p < 0.05). Nucleotide diversities of COI (&pi; = 0.0062) and ND4 gene (&pi; = 0.017) were moderately high. Two lineages distinct genetically were found in the State. Over the months comprised by the study, we found the temporal genetics and morphologics differences among the six populations, a possibly indicative of microevolution of mosquitoes. The results of this study may be useful for understand the spread of this vector mosquitoes in the State of São Paulo.

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