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Indiana University-Purdue University Indianapolis (IUPUI) / The basic Helix-Loop-Helix (bHLH) transcription factors Hand1 and Hand2 play critical roles in the development of multiple organ systems during embryogenesis. The dynamic expression patterns of these two factors within developing tissues obfuscates their respective unique and redundant organogenic functions. To define cell lineages potentially dependent upon Hand gene expression, we generated a mutant allele in which the coding region of Hand1 is replaced by Cre recombinase. Subsequent Cre-mediated activation of β-galactosidase or eYFP reporter alleles enabled lineage trace analyses that clearly define the fate of Hand1-expressing cells. Comparisons between Hand1 expression and Hand1-lineage greatly refine our understanding of its dynamic spatio-temporal expression domains and raise the possibility of novel Hand1 functions in structures not thought to be Hand1-dependent. To genetically examine functional overlap between Hand1 and Hand2, we conditionally deleted Hand2 from Hand1-expressing cells. Hand2 conditional knockout mice die midgestation and exhibit cardiovascular and limb defects. Moreover, Hand2 lineage-restricted deletion from the proepicardial organ results in defective epicardialization and failure to form coronary arteries. Together, these novel data demonstrate a hierarchal relationship whereby transient Hand1 expression within the septum transversum defines epicardial precursors that depend upon subsequent Hand2 function.

In this thesis a novel approach in generating 3D IGP is applied using shape grammar, an effective pattern generation method. The particular emphasis here is to generate the motifs (repeat unit) in 3D using parameterization, which can then be manipulated within 3D space to construct architectural structures. Three unique distinctive shape grammar algorithms were developed in 3D; Parameterized Shape Grammar (PSG), Auto-Parameterized Shape Grammar (APSG) and Volumetric Shell Shape Grammar (VSSG). Firstly, the PSG generates the motifs in 3D. It allows one to use a single changeable regular 3D polygon, and forms a motif by given grammar rules including, Euclidean transformations and Boolean operations. Next, APSG was used to construct the architectural structures that manipulates the motif by automating the grammar rules. The APSG forms a wall, a column, a self-similarity star and a dome, the main features of Islamic architecture. However, applying Euclidean transformations to create non-Euclidean surfaces resulted in gaps and or overlaps which does not form a perfect tessellation. This is improved upon by the VSSM, which integrates two key methods, shell mapping and coherent point drift, to map an aesthetically accurate 3D IGM on a given surface. This work has successfully presented methods for creating complex intricate 3D Islamic Geometric Motifs (IGM), and provided an efficient mapping technique to form visually appealing decorated structures. / Partially funded by the Centre of Visual Computing (CVC)

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La présente thèse de doctorat vise l’étude de trois romans hispano-américains contemporains consacrés à la représentation de l’imaginaire suscité autour de la figure de Christophe Colomb et de son projet : L’Harpe et l’ombre (1979) d’Alejo Carpentier, Les chiens du paradis (1983) d’Abel Posse et Veille de l’amiral (1992) d’Augusto Roa Bastos. Rattachée aux réflexions sur le « Nouveau roman hispano-américain » et à la notion de postmodernité, mon étude prétend offrir une approche originale aux trois fictions, en démontrant la particularité de choisir Christophe Colomb à ce moment précis de l’Histoire, c’est-à-dire, aux alentours de la date symbolique de 1992 et des commémorations du Cinquième Centenaire de la « Découverte ». À partir d’une perspective sociocritique — basée sur les écrits de Pierre Bourdieu, Pierre. V. Zima, Claude Duchet et Edmond Cros — mon travail démontre comment le personnage de Christophe Colomb ainsi que son entreprise de découverte agissent comme catalyseurs chez les trois romanciers, qui réélaborent les voyages et la vie de l’Amiral avec l’intention de transposer dans leurs récits leurs propres existences, leurs conjectures sur l’écriture de la fiction en Amérique hispanique ainsi que leurs versions historiques originales. Mon approche critique se justifie par le désir d’offrir une analyse textuelle détaillée des trois œuvres intégrantes de mon corpus —qui a été escamotée par plusieurs chercheurs, dû à un consensus implicite chez eux de définir les caractéristiques du «nouveau» phénomène du roman historique hispano-américain de la fin du XXe siècle, et à la nécessité de souligner la perspective postmoderne des dites fictions. / This dissertation reviews imaginary representations in three Spanish American novels dedicated to the figure of Christopher Colombus and his travel project: Alejo Carpentier’s The Harp and the Shadow (1979), Abel Posse’s The Dogs of Paradise (1983) and Augusto Roa Bastos’s Vigil of the Admiral (1992). Pertaining to the reflections on the New Historical Novel in Spanish America and the notion of postmodernism, my work aims to offer an original way to approach these works, one which is more centred on demonstrating the particular task of choosing Colombus at that specific time of History, that is, near the symbolic year 1992 and the “Discovery of America” 500 years’ commemoration. From a sociocritical approach —based on works of Pierre Bourdieu, Pierre V. Zima, Claude Duchet, and Edmond Cros— my analysis demonstrates how Columbus and his enterprise of discovery act as catalysts on the three writers, who reproduce their own version of the Admiral’s travels and life, with the intention of transposing the tales of their individual existences in the plot, of speculating about writing fiction in Hispanic America, and of reinventing original historiographies. My analytical orientation is due to the desire for a larger dissection of the three texts that constitute my corpus, which had been put aside by researchers, due to a consensus on defining the common characteristics of the “new” phenomena of the historical novel at the end of twentieth century and on underlining the postmodern angle of those fictions. / La presente tesis de doctorado realiza el estudio de tres novelas hispanoamericanas contemporáneas dedicadas a la representación del imaginario colombino: El arpa y la sombra (1979) de Alejo Carpentier, Los perros del paraíso (1983) de Abel Posse y Vigilia del Almirante (1992) de Augusto Roa Bastos. Vinculado a las reflexiones sobre la “Nueva novela histórica hispanoamericana” y a la noción de posmodernidad, mi estudio pretende ofrecer una aproximación original a esas tres ficciones, al demostrar la particularidad de elegir a Cristóbal Colón en este momento específico de la Historia, esto es, alrededor de la fecha simbólica de 1992 y la conmemoración del Quinto Centenario del “Descubrimiento”. A partir de una perspectiva sociocrítica —basada en obras de Pierre Bourdieu, Pierre V. Zima, Claude Duchet y Edmond Cros— mi trabajo demuestra cómo la figura de Cristóbal Colón y su empresa descubridora actúan como catalizadores en los tres novelistas, que reelaboran los viajes y la vida del Almirante con la intención de plasmar en sus narraciones sus propias existencias, sus conjeturas sobre el acto de escribir ficción en Hispanoamérica y sus versiones históricas originales. Mi metodología crítica se debe al deseo de ofrecer un análisis textual detallado de las tres obras integrantes de mi corpus —el cual ha sido escamoteado por muchos investigadores, debido a un consenso implícito en ellos de definir las características del “nuevo” fenómeno de la novela histórica hispanoamericana hacia finales del siglo XX y de subrayar la perspectiva posmoderna de esas ficciones—.

Dans le présent mémoire, nous démontrons que les Amazones, dont les auteurs anciens ont abondamment traité tout au long de l’Antiquité, ne peuvent être réduites aux termes « Barbares », « femmes » et « guerrières ». En effet, une étude des sources anciennes montre que leur représentation se situe systématiquement aux limites entre ces trois catégories et leur parfait opposé. De ce fait, elles ne peuvent appartenir pleinement à aucun de ces groupes. Les historiens les ont décrites avec des mœurs barbares, comme leur alimentation ou leur place en tant que femmes dans la société, mais les noms et les dieux des Amazones sont résolument grecs. De plus, bien qu’elles remplissent les mêmes rôles que les monstres dans les cycles héroïques, les Amazones possèdent des caractéristiques propres aux héros et font l’objet, dans certains textes, d’un traitement similaire aux héros qu’elles affrontent. Elles sont ainsi à la fois Barbares et Grecques, femmes et hommes, ennemis et héroïnes.

En nous appuyant sur un corpus composé de Silo de Hugh Howey, de la série Divergent de Veronica Roth et finalement de la série The 100 de Morgan Kass, nous analyserons la reconstruction d’une société après l’impact d’un cataclysme ayant de nombreuses conséquences : la chute d’un monde tel que connu jusqu’alors, l’isolation, la perte de structures et la décimation de la majorité de la population. Les œuvres choisies mettent en scène des sociétés déjà reconstruites, où l’apocalypse s’est produite il y a plusieurs générations. Les choix de sociétés mises en place devient alors significatif d’une volonté de mettre de l’avant un certain type de réorganisation postérieure au cataclysme. Nous nous intéresserons donc à cette reconstruction en observant d’abord les éléments qui indiquent ce qu’était la vie sur Terre avant l’apocalypse ; l’apparence et l’état de la Terre avant la catastrophe, mais aussi le type de sociétés établies dans ce monde futuriste. Nous analyserons également le choix des catastrophes en nous questionnant sur les causes et les impacts des cataclysmes choisis (attaque nucléaire, arme biologique, bombardements, etc.). Par la suite, nous nous attarderons à l’instauration et au fonctionnement des sociétés établies dans les différents domaines (politique, économique, judiciaire). Dans notre dernier chapitre, nous nous questionnerons sur les sources de conflits qui viennent troubler le statu quo traduit par l’immobilisme de la société, notamment en ce qui a trait aux événements entourant l’apocalypse (par exemple, les causes du cataclysme sont souvent gardées sous silence par les dirigeants). Finalement, nous interpréterons les thèmes récurrents que partagent les œuvres du corpus.

Genome-wide studies of diseases and chronic conditions frequently fail to uncover marked or consistent differences in RNA or protein concentrations. However, the developing field of kinetic proteomics has made promising discoveries in differences in the turnover rate of these same proteins, even when concentrations were not necessarily different. The situation can theoretically be modeled mathematically using bifurcation equations, but uncovering the proper form of these is difficult. To this end, we developed TWIG, a method for characterizing bifurcations that leverages information geometry to identify drivers of complex systems. Using this, we characterized the bifurcation and stability properties of all 132 possible 3- and 22,662 possible 4-node subgraphs (motifs) of protein-protein interaction networks. Analyzing millions of real world protein networks indicates that natural selection has little preference for motifs that are stable per se, but a great preference for motifs who have parameter regions that are exclusively stable, rather than poorly constrained mixtures of stability and instability. We apply this knowledge to mice on calorie restricted (CR) diets, demonstrating that changes in their protein turnover rates do indeed make their protein networks more stable, explaining why CR is the most robust way known to extend lifespan.