Thesis (Ph. D.) -- University of Texas Southwestern Medical Center at Dallas, 2001. / Vita. Bibliography: 108-125.

Thesis (Ph. D.) -- University of Texas Southwestern Medical Center at Dallas, 2003. / Vita. Bibliography: References located at the end of each chapter.

Thesis (M.S.) -- University of Texas Southwestern Medical Center at Dallas, 2003. / Vita. Bibliography: 45-48.

Le sujet de thèse porte sur la maîtrise et la mesure des formes neuronales, “maîtrise” du fait de l’emploi de micropatterns adhésifs permettant un contrôle des formes cellulaires en deux dimensions, “mesure” du fait de notre volonté d’accéder au volume ainsi qu’à la masse sèche de la cellule par l’emploi de deux techniques complémentaires faisant appel à l’interférométrie ou à des mesures de fluorescence en espace confiné.La question biologique au cœur de cette thèse est celle de la régulation par le neurone de diverses caractéristiques morphologiques comme sa longueur, son volume en lien avec l’établissement de la polarité axo-dendritique. Ces aspects sont développés et approfondis au cours de cette thèse des points de vue expérimentaux mais aussi théoriques (coll. Nir Gov, Institut Weizmann).Ce sujet de thèse multidisciplinaire porte ainsi des aspects de biologie et d’instrumentation physique. / The thesis deals with the control and the measurement of neuronal shapes, "control" by using adhesive micropatterns allowing to constrain cells shape in two dimensions, "measurement" by using either interferometry or fluorescence measurements in confined spaces to gain knowledge on cell dry mass and volume.The biological question at the heart of this thesis is the regulation by the neuron of its various morphological characteristics such as length, volume, in association with the establishment of the axo-dendritic polarity. These aspects are developed and deepened in the course of this thesis on experimental but also theoretical (coll. Nir Gov, Weizmann Institute) point of views.This multidisciplinary thesis topic thus builds on biological aspects and physical instrumentation.

La conception des systèmes multimédia embarqués présente de nombreux défis comme la croissante complexité du logiciel et du matériel sous-jacent, ou les pressions liées aux délais de mise en marche. L'optimisation du processus de débogage et validation du logiciel peut aider à réduire sensiblement le temps de développement. Parmi les outils de débogage de systèmes embarqués, un puissant outil largement utilise est l'analyse de traces d'exécution. Cependant, l'évolution des techniques de traçage dans les systèmes embarqués se traduit par des traces d'exécution avec une grande quantité d'information, à tel point que leur analyse manuelle devient ingérable. Dans ce cas, les techniques de recherche de motifs peuvent aider en trouvant des motifs intéressants dans de grandes quantités d'information. Concrètement, dans cette thèse, nous nous intéressons à la découverte de comportements périodiques sur des applications multimédia. Donc, les contributions de cette thèse concernent l'analyse des traces d'exécution d'applications multimédia en utilisant des techniques de recherche de motifs périodiques fréquents. Concernant la recherche de motifs périodiques, nous proposons une définition de motif périodique adaptée aux caractéristiques de la programmation parallèle. Nous proposons ensuite une représentation condensée de l'ensemble de motifs périodiques fréquents, appelée Core Periodic Concepts (CPC), en adoptant une approche basée sur les relations triadiques. De plus, nous définissons quelques propriétés de connexion entre ces motifs, ce qui nous permet de mettre en oeuvre un algorithme efficace de recherche de CPC, appelé PerMiner. Pour montrer l'efficacité et le passage à l'échelle de PerMiner, nous réalisons une analyse rigoureuse qui montre que PerMiner est au moins deux ordres de grandeur plus rapide que l'état de l'art. En plus, nous réalisons un analyse de l'efficacité de PerMiner sur une trace d'exécution d'une application multimédia réelle en présentant l'accélération accompli par la version parallèle de l'algorithme. Concernant les systèmes embarqués, nous proposons un premier pas vers une méthodologie qui explique comment utiliser notre approche dans l'analyse de traces d'exécution d'applications multimédia. Avant d'appliquer la recherche de motifs fréquents, les traces d'exécution doivent être traitées, et pour cela nous proposons plusieurs techniques de pré-traitement des traces. En plus, pour le post-traitement des motifs périodiques, nous proposons deux outils : un outil qui trouve des pairs de motifs en compétition ; et un outil de visualisation de CPC, appelé CPCViewer. Finalement, nous montrons que notre approche peut aider dans le débogage des applications multimédia à travers deux études de cas sur des traces d'exécution d'applications multimédia réelles. / Increasing complexity in both the software and the underlying hardware, and ever tighter time-to-market pressures are some of the key challenges faced when designing multimedia embedded systems. Optimizing software debugging and validation phases can help to reduce development time significantly. A powerful tool used extensively when debugging embedded systems is the analysis of execution traces. However, evolution in embedded system tracing techniques leads to execution traces with a huge amount of information, making manual trace analysis unmanageable. In such situations, pattern mining techniques can help by automatically discovering interesting patterns in large amounts of data. Concretely, in this thesis, we are interested in discovering periodic behaviors in multimedia applications. Therefore, the contributions of this thesis are focused on the definition of periodic pattern mining techniques for the analysis of multimedia applications execution traces. Regarding periodic pattern mining contributions, we propose a definition of periodic pattern adapted to the characteristics of concurrent software. We then propose a condensed representation of the set of frequent periodic patterns, called core periodic concepts (CPC), by adopting an approach originated in triadic concept approach. Moreover, we define certain connectivity properties of these patterns that allow us to implement an efficient CPC mining algorithm, called PerMiner. Then, we perform a thorough analysis to show the efficiency and scalability of PerMiner algorithm. We show that PerMiner algorithm is at least two orders of magnitude faster than the state of the art. Moreover, we evaluate the efficiency of PerMiner algorithm over a real multimedia application trace and also present the speedup achieved by a parallel version of the algorithm. Then, regarding embedded systems contributions, we propose a first step towards a methodology which aims at giving the first guidelines of how to use our approach in the analysis of multimedia applications execution traces. Besides, we propose several ways of preprocessing execution traces and a competitors finder tool to postprocess the mining results. Moreover, we present a CPC visualization tool, called CPCViewer, that facilitates the analysis of a set of CPCs. Finally, we show that our approach can help in debugging multimedia applications through the study of two use cases over real multimedia application execution traces.

L’ostéoporose est une maladie osseuse caractérisée par une perte importante de la masse osseuse et des altérations de la microarchitecture du tissu osseux. Aujourd’hui, en routine clinique, le diagnostic de l’ostéoporose est basé principalement sur une mesure de la densité minérale osseuse qui n’est pas suffisante, car elle doit être accompagnée par une analyse de la qualité de la microarchitecture osseuse. Les travaux présentés dans cette thèse concernent la caractérisation des images de radiographies osseuses pour le diagnostic précoce de l’ostéoporose. Pour ce faire, afin de mieux caractériser la texture osseuse sur radiographie, nous avons introduit une nouvelle technique de prétraitement des données pour réduire les redondances et éliminer le bruit issu des capteurs d’acquisition. Pour la caractérisation, nous avons proposé une nouvelle technique d’analyse inspirée des motifs binaires locaux (Local Binary Patterns, LBP). Le nouveau descripteur, appelé 1DLBP (One Dimensional Local Binary Patterns) s’applique de manière unidimensionnelle. Pour tester l’efficacité de notre approche, nous avons réalisé deux études cliniques où le nouveau descripteur LBP1D est comparé à la méthode classique, LBP afin de classifier des patients ostéoporotiques et des sujets sains. Les pourcentages de classification obtenus ont été améliorés de 72% avec la méthode classique LBP à 91% avec le nouveau descripteur 1DLBP. / Osteoporosis is characterized by a significant loss of bone mass and alterations in the microarchitecture of bone tissue. Actually, in clinical routine the diagnosis of osteoporosis is based mainly on measurement of bone mineral density. It turned out that this is not sufficient, it must be accompanied by an analysis of the microarchitecture of the bone to increase the efficiency of diagnosis. This thesis deals with the characterization of images of bone radiographs for the early diagnosis of osteoporosis. To do this, in order to better characterize the texture of bone radiography, we have introduced a new technique for data preprocessing to reduce redundancy and decrease the effect of the noise resulted by the acquisition sensors. For characterization, we propose a new analysis method inspired from the local binary patterns (LBP). The new descriptor called 1DLBP (One Dimensional Local Binary Patterns) applies in one-dimensionally manner. To evaluate the effectiveness of our approach, we conducted two clinical studies where the new descriptor (1DLBP) is compared with the conventional method (LBP) to classify osteoporotic patients and healthy subjects. The classification scores obtained were enhanced by 72% with the conventional LBP descriptor to 91% with 1DLBP descriptor.

La mucoviscidose est une maladie héréditaire monogénique grave en rapport avec une mutation du gène codant pour la protéine CFTR et dont la morbidité est due principalement aux atteintes pulmonaires. La greffe pulmonaire développée depuis quelques années semble être la seule thérapie curative efficace. Toutefois, la rareté des greffons disponibles, justifie de développer d’autres thérapies comme la thérapie génique. Les pseudovirions de papillomavirus sont capables de transférer des gènes dans de nombreuses lignées cellulaires. Cependant, le tropisme naturel des papillomavirus est l’épithélium malpighien et ces pseudovirions sont peu efficaces pour les cellules de l’épithélium pulmonaire. Afin de modifier le tropisme de nos pseudocapsides de papillomavirus, la première étape de mon travail a été d’identifier de nouveaux motifs de ciblage pulmonaire. La technique de phage display a permis l’identification des motifs PHPNRAQ et VDRLQQK par sélection sur les cellules épithéliales bronchique IB3-1 et S9. / Cystic fibrosis is an autosomal recessive genetic disorder caused by mutations in the gene encoding the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) protein. Lung transplantation developed in recent years is the only effective curative treatment. However, due to the limitation in organ donors, it is necessary to develop other therapies such as gene therapy. Papillomavirus pseudovirions have the potential to deliver genes into different cells. However, the natural tropism of HPV is directed to the cervical epithelial cells and these pseudovirions have low transduction efficacy in pulmonary epithelial cells. The purpose of this thesis was to retarget and optimize the HPV-16 pseudovirions tropism to airway cells by insertion of short amino acid sequences within the major capsid protein L1.

Following diploma thesis is focused on decorative motifs of Achaemenid small-scale art. Borders of the Achaemenid Empire stretched from the river Indus to Bulgaria and from Egypt to the Black sea. It was associated with dynasty of Persian kings, who ruled over the empire between 559 - 331 BC. During its existence a characteristic art with its own style and iconography was formed. The main aim of the thesis is to present iconographical analysis of decorative motives appearing in Achaemenid small-scale art. Due to the vast range of decorative motives thesis is focused only on motives of animals. The analysis is conducted on diverse spectrum of objects included in studied collection. It consists of 397 objects namely jewellery, plaques, bracteates, toreutics, coins, stamp and cylinder seals and their impressions, horse-harness strap dividers, weapons, scabbards and scabbard tips and small scale sculpture. These objects are decorated with total of 822 animal motives, which are sorted into six chapters. The introduction is followed by second chapter, in which beasts of prey are described. Here belongs lion, dog, fox, leopard and other beasts of prey without more specific interpretation. Next chapter includes motives of wild animals where ibexes, gazelles, deer and wild boars. In the following chapter...

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This thesis analyses the short stories from Uma Terra Só (1984) and intends to verify how the motifs related to the bordering space are manifested in this book, considering them from the perspective of making of characters, fictional space, narrative voice and, mainly, of the subject matter. The culture, the language, the literature, the frontier man, the history of both sides of the border line which passes by Rio Grande do Sul state and Uruguay are elements which attest a limit, however, they do not demarcate it in a precise and clear-cut way. On the contrary, such aspects configure this territory as a cultural continuum . This work aims at studying this conception of the physical and social space as well as its evident relation with the aesthetic project which we find in the so called puebleros short stories by Aldyr Schlee. / Esta dissertação analisa os contos de Uma Terra Só (1984) e busca verificar como os motivos relacionados ao espaço fimbrio manifestam-se no corpus em estudo, tomando-os, na obra, pela via da construção de personagens, do espaço ficcional, do narrador e, principalmente, da temática. A cultura, a língua, a literatura, o homem fronteiriço, a história dos dois lados da linha divisória que perpassa o Rio Grande do Sul e o Uruguai são elementos que atestam um limite sem, no entanto, demarcá-lo de modo nítido e firme. Pelo contrário, tais aspectos configuram esse território como um continuum cultural . Busca-se estudar essa forma de conceber o espaço físico e social e a sua evidente relação com o projeto estético que localizamos nos cognominados contos puebleros de Aldyr Garcia Schlee.

Doctorat en philosophie et lettres / info:eu-repo/semantics/nonPublished