published_or_final_version / abstract / Anatomy / Doctoral / Doctor of Philosophy

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Ce manuscrit est consacré à l'étude de la morphologie et des propriétés physiques de deux fluides complexes : les ferrofluides et les mousses liquides. Dans un premier temps, nous abordons la structuration dans un système formé d'un ferrofluide et l'influence d'un champ magnétique sur le motif adopté. Ensuite, nous étudions les propriétés de mousses liquides magnétiques, en particulier la façon dont elles peuvent être pilotées par un champ magnétique. Puis nous considérons des expériences permettant d'étudier localement la rhéologie de fluides complexes. Enfin, nous étudions la mécanique des mousses liquide à l'échelle de le bulle : vibration d'un film de savon et élasticité d'une jonction entre films de savon.

The chloride/proton antiporter ClC-5 is primarily expressed in the kidney where it aids in re-absorption of proteins from the glomerular filtrate. Functional disruption of ClC-5 causes Dent’s Disease – a renal condition characterized by proteinuria and kidney failure in a third of all cases. The majority of disease-causing mutations translate into premature truncations of the carboxy-terminal (Ct) region of ClC-5 and are predicted to disrupt the protein-protein interactions mediated by this domain. In this thesis, direct ATP binding to the two cystathionine β-synthase (CBS) domains of ClC-5 was demonstrated. ATP binding enhanced the global compactness of the ClC-5 Ct region likely through a clamping motion of the CBS domains around the nucleotide. Along with ATP, the sodium proton exchange regulatory factor 2 (NHERF2) also binds ClC-5; however, the molecular mechanism behind this interaction was unknown as ClC-5 lacked the PDZ binding motif traditionally localized at the Ct end of bait proteins. Here, we also identified a class I PDZ binding motif (657-660; TSII) within the internal sequence of ClC-5. Despite the buried position of this motif in the Ct peptide’s X-ray crystal structure (PDB: 2J9L), the high propensity of this region for dynamic flexibility prompted us to test whether it could mediate NHERF2 interactions. In support of this hypothesis, we demonstrated that the motif is transiently available to interact directly with NHERF2 in vivo and to enable an enhancement in receptor-mediated endocytosis in mammalian cells. Collectively, these results gave further evidence that the intracellular Ct region of ClC-5 serves as a hub to mediate interactions essential for its maturation, stability, and trafficking in renal epithelium, as well as providing further insights into the molecular basis of Dent’s Disease.

La présente recherche traite des conflits d’aménagement pouvant être décelés dans les cuisines domiciliaires modernes. L’ajout d’objets mécanisés au rituel alimentaire quotidien a su changer la dynamique du lieu. En effet, l’architecture des cuisines modernes en Occident présente de grandes contradictions. Basées sur des standards architecturaux, les cuisines modulaires ne reflètent pas la variété et l’unicité des aliments auxquels les cuisines sont dédiées. Les cuisines devraient être le miroir de la vivacité naturelle des aliments et des échanges humains que la nourriture génère à travers le plaisir et le partage. Dans l’espoir de proposer des outils afin de rééquilibrer la dynamique de cette pièce, un cadre théorique basé sur les théories architecturales de l’architecte et mathématicien anglais Christopher Alexander a été établi. Supportant la présente recherche, ces théories architecturales s’inspirent de la structure et de la composition des choses de la nature et des monuments anciens afin d’établir des balises d’aménagement simples et équilibrées (qualité de vie, patterns, configuration des événements, configurations de l’espace, ...). Ces théories ont aidé à concevoir une formule d’ateliers participatifs qui visent à outiller les occupants, qui sont très souvent des non-professionnels du domaine de l’architecture et du design. Ces ateliers proposent un cheminement bien encadré qui permet aux participants de retravailler leur espace de cuisine respectif selon leurs goûts et leurs besoins. En fournissant un plan de l’étage où se situe la cuisine, quelques crayons, règles et autres matériel de dessin, les participants ont pour tâche de réaménager leur cuisine en un espace de cuisine idéal. La deuxième étape, qui elle se réalise en équipe avec tous les occupants participants de la demeure, consiste à réduire l’ampleur des changements afin d’arriver à un résultat réaliste. L’enthousiasme noté tout au long de ce processus a ainsi permis de confirmer que les non-professionnels du domaine de l’architecture et du design peuvent développer un intérêt marqué pour l’amélioration de leurs interactions quotidiennes, avec l’espace et entre les occupants, lorsque bien accompagnés dans cette tâche. Grâce aux propos et aux plans recueillis durant les séances d’ateliers participatifs ainsi qu’à l’analyse de ces données, une série d’interprétations ont émergé. Les données ont notamment démontrées l’influence positive de l’utilisation des patterns d’Alexander. L’analyse permet, en outre, de noter les tendances d’aménagement ayant émergé de l’utilisation des patterns dans les espaces de cuisine : définitivement, les cuisines se sont transformées en espace de vie partagé et polyvalent. Finalement, la présente recherche se conclut grâce à une série de recommandations qui traitent de la structure des cuisines, des ateliers participatifs et des patterns. Tout d’abord, l’impact de ces notions sur les espaces retravaillés par les participants est impressionnant. Les espaces sont bien organisés, vastes et, surtout, reflètent les occupants qui y vivent au quotidien. De plus, ayant démontré la facilité d’utilisation et la polyvalence des patterns, il a été jugé que certains aspects devraient être améliorés tels que l’actualisation de certains patterns, le prolongement du processus d’ateliers, le perfectionnement de la méthode et la diffusion des résultats. / This research focuses on design and architectural conflicts found in modern kitchens. The addition of mechanized objects in the daily food ritual has completely changed the overall dynamic of this space. As a matter of fact, the Occidental architecture of modern kitchens is filled with unsolved contradictions. Based on architectural standards, modular or fitted kitchens do not reflect fresh food’s variety and uniqueness to which they should be dedicated. Kitchens should be the mirror of the innate liveliness of fresh foods and of the pleasure offered by communal meals through human interactions and gustative discoveries. In the hopes of proposing useful tools in order to reestablish a balanced dynamic in these spaces, a theoretical framework was establishedbased on Christopher Alexander’s architectural theories. Alexander is a reknown English mathematician and architect. Supportive of the present research, his theories were inspired by the study of structural and compositionnal qualities of things derived from nature and ancients monuments in order to establish simple and balanced design recommendations (quality of life, patterns, configurations of events, configurations of space, …). These theories helped in planning participatory workshops that have as main objective the empowerment of householders and occupants in their planning of a renovation process. Moreover, as, most of the time, these occupants are non-professionals in the field of architecture and design the workshops have to be quite inuitive. These workshops propose a well supervised process which allows participants to redesign their kitchen space according to their tastes and needs. Working directly on the plan of the floor on which their kitchen is located, participants have as first task to transform the actual kitchen area in their ideal kitchen. The second step of this participatory process is accomplished in teams of participating members; during this step, participants are asked to reduce the importance of planned changes in order to propose a more realistic result. The noted enthusiasm throughout the participatory process has confirmed that non-professionals can develop a high interest for the overall improvement of their daily interactions whether it is with the space or amongst occupants. Thanks to the narratives and drawing material collected during the participatory workshops and to the data analysis, a series of interesting interpretations have emerged. For instance, the data showed the positive influence linked to the use of Alexander’s patterns. Moreover, the analysis underlined the design tendencies that emerged from the use of the patterns in kitchen spaces : definitely, kitchens were transformed in shared and versatile living spaces. Finally, the present research concludes with a series of recommandations linked to various aspects of this research: the structure and organisation of kitchens, participatory workshops and patterns. First, the impact of the use of these architectural notions on spaces is very impressive and was successful. Spaces are well organized, vast, and, most importantly, reflect their daily inhabitants. Moreover, having established the patterns’ versatility and usefullness, some details were noted as to be improved. For exemple, the modernization of some patterns, the time-length of the participatory process, the maximizing of the overall method and the future distribution of the results.

Au cours de ces dernières années, le problème de la recherche de requêtes fréquentes dans les bases de données est un problème qui a suscité de nombreuses recherches. En effet, beaucoup de motifs intéressants comme les règles d'association, des dépendances fonctionnelles exactes ou approximatives, des dépendances fonctionnelles conditionnelles exactes ou approximatives peuvent être découverts simplement, contrairement au méthodes classiques qui requièrent plusieurs transformations de la base pour extraire de tels motifs.Cependant, le problème de la recherche de requêtes fréquentes dans les bases de données relationnelles est un problème difficile car, d'une part l'espace de recherche est très grand (puisque égal à l'ensemble de toutes les requêtes pouvant être posées sur une base de données), et d'autre part, savoir si deux requêtes sont équivalentes (donc engendrant les calculs de support redondants) est un problème NP-Complet.Dans cette thèse, nous portons notre attention sur les requêtes de type projection-selection-jointure, et nous supposons que la base de données est définie selon un schéma étoile. Sous ces hypothèses, nous définissons une relation de pré-ordre (≼) entre les requêtes et nous montrons que :1. La mesure de support est anti-monotone par rapport à ≼, et2. En définissant, q ≡ q′ si et seulement si q ≼ q′ et q′ ≼ q, alors toutes les requêtes d'une même classe d'équivalence ont même support.Les principales contributions de cette thèse sont, d'une part d'étudier formellement les propriétés du pré-ordre et de la relation d'équivalence ci-dessus, et d'autre part, de proposer un algorithme par niveau de type Apriori pour rechercher l'ensemble des requêtes fréquentes d'une base de données définie sur un schéma étoile. De plus, cet algorithme a été implémenté et les expérimentations que nous avons réalisées montrent que, selon notre approche, le temps de calcul des requêtes fréquentes dans une base de données définie sur un schéma étoile reste acceptable, y compris dans le cas de grandes tables de faits. / The problem of mining frequent queries in a database has motivated many research efforts during the last two decades. This is so because many interesting patterns, such as association rules, exact or approximative functional dependencies and exact or approximative conditional functional dependencies can be easily retrieved, which is not possible using standard techniques.However, the problem mining frequent queries in a relational database is not easy because, on the one hand, the size of the search space is huge (because encompassing all possible queries that can be addressed to a given database), and on the other hand, testing whether two queries are equivalent (which entails redundant support computations) is NP-Complete.In this thesis, we focus on projection-selection-join queries, assuming that the database is defined over a star schema. In this setting, we define a pre-ordering (≼) between queries and we prove the following basic properties:1. The support measure is anti-monotonic with respect to ≼, and2. Defining q ≡ q′ if and only if q ≼ q′ and q′ ≼ q, all equivalent queries have the same support.The main contributions of the thesis are, on the one hand to formally sudy properties of the pre-ordering and the equivalence relation mentioned above, and on the other hand, to prose a levewise, Apriori like algorithm for the computation of all frequent queries in a relational database defined over a star schema. Moreover, this algorithm has been implemented and the reported experiments show that, in our approach, runtime is acceptable, even in the case of large fact tables.

Les ARN non codants (ARNnc) sont des transcrits d'ARN qui ne sont pas traduits en protéines et qui pourtant ont des fonctions clés et variées dans la cellule telles que la régulation des gènes, la transcription et la traduction. Parmi les nombreuses catégories d'ARNnc qui ont été découvertes, on trouve des ARN bien connus tels que les ARN ribosomiques (ARNr), les ARN de transfert (ARNt), les snoARN et les microARN (miARN). Les fonctions des ARNnc sont étroitement liées à leurs structures d’où l’importance de développer des outils de prédiction de structure et des méthodes de recherche de nouveaux ARNnc. Les progrès technologiques ont mis à la disposition des chercheurs des informations abondantes sur les séquences d'ARN. Ces informations sont accessibles dans des bases de données telles que Rfam, qui fournit des alignements et des informations structurelles sur de nombreuses familles d'ARNnc. Dans ce travail, nous avons récupéré toutes les séquences des structures secondaires annotées dans Rfam, telles que les boucles en épingle à cheveux, les boucles internes, les renflements « bulge », etc. dans toutes les familles d'ARNnc. Une base de données locale, RNAstem, a été créée pour faciliter la manipulation et la compilation des données sur les motifs de structure secondaire. Nous avons analysé toutes les boucles terminales et internes ainsi que les « bulges » et nous avons calculé un score d’abondance qui nous a permis d’étudier la fréquence de ces motifs. Tout en minimisant le biais de la surreprésentation de certaines classes d’ARN telles que l’ARN ribosomal, l’analyse des scores a permis de caractériser les motifs rares pour chacune des catégories d’ARN en plus de confirmer des motifs communs comme les boucles de type GNRA ou UNCG. Nous avons identifié des motifs abondants qui n’ont pas été étudiés auparavant tels que la « tetraloop » UUUU. En analysant le contenu de ces motifs en nucléotides, nous avons remarqué que ces régions simples brins contiennent beaucoup plus de nucléotides A et U. Enfin, nous avons exploré la possibilité d’utiliser ces scores pour la conception d’un filtre qui permettrait d’accélérer la recherche de nouveaux ARN non-codants. Nous avons développé un système de scores, RNAscore, qui permet d’évaluer un ARN en se basant sur son contenu en motifs et nous avons testé son applicabilité avec différents types de contrôles. / Noncoding RNAs (ncRNAs) are RNA transcripts that are not translated into proteins yet they play important functional roles in the cell including gene regulation, transcription and translation. Among the many categories of ncRNAs that were discovered, we find the well-known ribosomal RNA (rRNA), transfer RNA (tRNA), snoRNA and microRNAs (miRNA). The functions of ncRNAs are tightly linked to their structural features. Thus, understanding and predicting RNA structure as well as developing methods to search for new ncRNAs help to gain insight into these molecules. Technological advances have made available abundant sequence information accessible in databases such as Rfam, which provides alignments and structural information of many ncRNA families. In this research project, we retrieved the information from the Rfam database about the sequences of all secondary structures such as hairpin loops, internal loops, bulges, etc. in all RNA families. A local database, RNAstem, was created to facilitate the use and manipulation of information about secondary structure motifs. We analyzed hairpin loops, bulges and internal loops using the compiled data about the frequencies of occurrence of each loop or bulge and calculated a frequency score. The frequency score is aimed to be an indicator for the abundance of a specific secondary structure motif. While minimizing the bias caused by the high redundancy of some RNA classes as ribosomal RNAs, the frequency score allowed us to identify the rare motifs in each category as well as the common ones. Our findings about the abundant motifs confirm what is already known from previous studies (ex. abundant GNRA or UNCG tetraloops). We found very large gaps between the most abundant and rare RNA structural features. Moreover, we discovered that "A" and "U" dominate single stranded RNA regions, whether they are bulges or loops. We further explored the possibility of using this data to improve current prediction tools for ncRNAs by applying a filter to new candidates. We developed a score system, RNAscore, that evaluates RNAs depending on their motif contents and we tested the program with many different controls.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

and keywords The thesis discusses the depiction of selected plant species in Roman and Early Christian art and further shortly deals with most considerable elements of vegetable ornaments and its development. The diploma work turns to symbolic meaning of the plants in connection with a religion and mythic tradition. First and second chapter pursue the depiction of herbs and trees (bushes) on mosaics, frescoes and relief-sculpture. In the third part the attention is paid to the significant elements of vegetable ornament: palmette, rosette and acanthus. Sometimes representations of plants from older period are mentioned for the sake of better explanation of their symbolic context (ancient Egypt, Greece). The thesis gathers information from writings of antique authors, in chapters dealing with Christian period from Bible and apocrypha, as well as from modern works related to the problematic. An objective of the thesis is to cover the differences in symbolic meanings of plants after an oncoming of Christianity, to determine, whether those plants were depicted onwards and in which context.

L’objectif de cette thèse était d’une part d’identifier les motifs d’abandon chez les handballeuses et les basketteuses syriennes et de tester d’autre part trois modèles théoriques qui expliquent l’abandon sportif. Une première étude (N = 402) s’est attachée à identifier les motifs d’abandon chez ces joueuses. Les résultats ont montré que les joueuses estiment que certains motifs (e.g., tomber enceinte, avoir un mari qui ne permet plus à sa femme de faire du sport) sont très importants pour abandonner le sport. Les motifs d’abandon sont fonction du type et du niveau des joueuses ainsi que de l’âge et du niveau d’expérience. Une deuxième étude (N = 328) a testé le modèle de l’abandon sportif de Sarrazin et al., (2002) afin d’expliquer comment le climat perçu de l’entraîneur conduit à l’abandon sportif chez ces joueuses. Les résultats ont rapporté un soutien important pour ce modèle et pour la chaîne causale du modèle hiérarchique de Vallerand (1997). Ils ont montré que l’impact du climat motivationnel de l’entraîneur sur la motivation est médié par les perceptions de compétence, d’affiliation et d’autonomie des joueuses. De plus, la motivation est corrélée aux intentions d’abandonner qui prédisent l’abandon sportif chez ces joueuses. Une troisième étude (N = 237) a testé le modèle de l’engagement sportif de Guillet et al., (2002). Les résultats n’ont pas pu appuyer ce modèle. Par contre, une version modifiée a été validée. Dans celle-ci, les résultats ont montré d’une part qu’il y a trois antécédents qui prédisent l’engagement des joueuses (i.e, les contraintes sociales, l’attrait pour d’autres activités et les bénéfices perçue). D’autre part, l’engagement est relié négativement au comportement d’abandon chez les joueuses. Une quatrième étude (N = 328) s’est focalisée sur le lien entre l’identité de genre des joueuses et leur persévérance dans les activités pratiquées. Les résultats ont montré que les joueuses typées Androgynes et Masculines ont persisté beaucoup plus dans leurs activités masculines que celles typées Féminines. Finalement, une cinquième étude (N = 328) a testé une version simplifiée du modèle d’Eccles et al., (1983) proposée par Guillet et al., (2006). Les résultats ont soutenu partiellement ce modèle en montrant que l’influence de la masculinité sur les intentions d’abandonner est médiée par les valeurs de l’activité et l’habilité perçue. Ces dernières ne jouent cependant pas un rôle médiateur entre la féminité et les intentions d’abandonner. Les intentions d’abandonner prédisent l’abandon réel chez ces joueuses. En conclusion, si les motifs d’abandon donnent une idée sur les raisons qui conduisent probablement à l’abandon, les modèles théoriques reflètent une meilleure explication à l’abandon réel. / The objective of this thesis was on the one hand to identify the motives for dropout handballers and the basketballers Syrian women and to test on the other hand three theoretical models which explain the dropout of sport. A first study (N = 402) attempted to identify the reasons for dropout for these players. The results showed that the players estimate that certain reasons (e.g., to get pregnant, to have a husband which does not make it possible to his wife any more to make sport) are very important to give up sport. Some reasons are in function of the type and level of players as well as the age and level of experience. A second study (N = 328) tested the model of dropout of Sarrazin and al., (2002) in order to explain how the perceived climate of the coach led to sport dropout for these players. The results reported strong support for this model and the causal chain of Vallerand’s hierarchical model (1997). They showed that the impact of the motivational climate of the coach on the motivation is mediated by perceptions of competence, affiliation and autonomy of the players. Furthermore, the motivation is correlated with intentions to give up that predict dropout for these players. A third study (N = 237) tried to test the model of dropout of Guillet and al., (2002). The results could not support this model. However, a modified version was validated. In this one, the results showed on the one hand that there are three antecedents which predict the involvement of the players (i.e, social constraints, the attraction for other activities and benefit perceived). On the other hand, the involvement is negatively related to dropout behavior of the players. A fourth study (N = 328) was focused on the link between gender identity of the players and their perseverance in their activities. The results showed that Androgynous and Masculine-typed players have persisted in their masculine activities much more than Feminine-typed. Finally, a fifth study (N = 328) tested a simplified version of Eccles model and al., (1983), suggested by Guillet and al., (2006). The results supported partially this model by showing that the influence of masculinity on the intentions to give up is mediated by the activity values and perceived ability. However, these variables do not play a mediating role between femininity and the intentions to give up. The intentions to give up predict the real dropout for these players. In summary, if the motives for dropout give an idea about the likely reasons that lead to give up sport, the theoretical models reflect a better explication for real dropout.