<p>The study is about the rock engravings on the wonderstone hills just outside Ottosdal, North West province, about 70km northwest of Klerksdorp. Wonderstone is remarkable rock that is&nbsp / smooth, shiny and very easy to mark. The wonderstone occurs only on two adjacent farms, Gestoptefontein and Driekuil, and thus the rock art on the wonderstone outcrops is referred to as the Gestoptefontein- Driekuil complex (GDC). This rock art is now the only remaining trace of what must once have been a much larger complex of engravings. Sadly, much of the rock art has been destroyed in the course of mining activities, with very few records. The largest remaining outcrop is still threatened by potential mining activities. The study attempts to bring this disastrous and unacceptable situation to the attention of the public and the heritage authorities, who have so far failed to respond to applications to grant the sites protection. It therefore has two main aims: to&nbsp / locate and record as much of the rock art as possible and to understand the significance of the outcrops in the lives of the people who made them. Based on the rock art itself, as well as what little historical evidence is available, it is argued that the rock art was made by Khoe-San people during the performance of important ceremonies and other activities. The rock art has two main components: engravings of referential motifs and a gestural, or performative, element. The referential motifs depict a range of things: anthropomorphs and zoomorphs, decorative designs, items of clothing, as well as ornaments and decorations. The gestural markings were made by rubbing, cutting and hammering the soft wonderstone, probably in the course of a range of activities that people carried out on the outcrops. One of the main findings of the study is that the GDC was a place that was of particular significance to women. This is suggested by the large number of engravings of items that are closely associated with Khoe-San women &ndash / depictions of aprons, ornaments, and decorations. These play a prominent role in the initiation practices of many Khoe-San groups. Initiates emerging from ritual isolation after their first menstruation are given new clothes / they are also loaned ornaments and jewellery. This reincorporation into society as a &lsquo / new person&rsquo / has been described by some Khoe-San women as one of the high points of their lives. Oral traditions from the area indicate that the wonderstone outcrops were believed to have&nbsp / special properties / the study incorporates these traditions to argue that the wonderstone outcrops were associated with the presence of a great water snake that lay on the rocks and also lived in&nbsp / the pools of water in the nearby Driekuil Spruit. People therefore came to the outcrops to perform rites of reincorporation. One of these ceremonies may have been performing rites of association&nbsp / with the great snake / such practices may have included the use of rock dust as an ingredient for body paint.</p>

Les films minces sont abondamment utilisés pour protéger ou fonctionnaliser les surfaces. Les contraintes mécaniques peuvent cependant entraîner la ruine de ces structures par la propagation de fissures ou leur décollement. Nous présentons deux systèmes expérimentaux qui amènent à s'interroger sur les limites de validité des critères de stabilité communément admis. Pour une couche de sol- gel présentant une énergie d'adhésion modérée avec son substrat de silicium, nous observons la propagation de fissures dans des films réputés stables. Les motifs de propagation sont étonnement réguliers (en forme de spirales ou d'allées de croissants). Nous caractérisons expérimentalement cette propagation. Nous mettons en évidence un nouveau mode de propagation de fissure où la délamination et la fissure transverse collaborent. Nous montrons l'existence d'une taille d'interaction robuste entre fissures indépendantes du chargement et des énergies de rupture. Nous proposons un modèle simple permettant de prédire les conditions de propagation et la sélection des motifs. Nous caractérisons enfin la dynamique de propagation de telles fissures. Dans un second système expérimental motivé par les applications en électronique flexible, nous nous intéressons à des films nanométriques d'oxyde de zinc déposés sur des substrats de polymère. La rigidité du substrat est alors faible devant celle de la couche. Nous décrivons la fragmentation du film et proposons une extension d'un modèle de couche élastique sur fondation élasto-plastique. Enfin, nous nous intéressons à la compression et à la fragmentation d'un multicouche comportant une fine épaisseur d'argent.

Parmi les techniques utilisées en fouille de données, la recherche de motifs séquentiels permet d'extraire des connaissances sur le comportement des données. Les principaux travaux de recherche autour des motifs s'intéressent à la définition d'algorithmes efficaces pour « passer à l'échelle » et manipuler un espace de recherche volumineux. Même si ces dernières années nous nous sommes également intéressés au facteur temps pour l'extraction de motifs, les travaux présentés dans ce mémoire se focalisent plus particulièrement sur de nouvelles extensions proposées aux motifs afin d'offrir des connaissances correspondant aux attentes du décideur. Tout d'abord nous proposons une représentation des données « classiques » (i.e. booléennes) en développant les définitions de motifs séquentiels que nous avons choisis comme format de description des comportements extraits. Nous répondons ensuite, au travers de l'approche ISE, à la question suivante : comment utiliser une connaissance extraite au préalable pour optimiser la phase d'extraction lorsque de nouvelles données arrivent ? Nous proposons également une représentation moins stricte des comportements et définissons les méthodes d'extraction associées (approche approximative) : SpeedyFuzzy, MiniFuzzy et TotallyFuzzy. Via une composante floue, nous montrons que de nouveaux motifs plus informatifs peuvent être extraits. Nous poursuivons l'utilisation de l'approche approximative pour prendre en compte des contraintes temporelles dans des motifs : GETC. Cette approche complète nos précédents travaux consistant à intégrer très tôt les contraintes dans le processus d'extraction et ainsi optimiser leur prise en compte : GTC.<br />Lorsque les données manipulées deviennent plus complexes, nous montrons que les motifs s'avèrent être également une représentation adaptée. Nous nous attachons à décrire certaines de nos propositions sur deux types de données complexes : (1) pour les documents textuels, nous proposons une approche de classification supervisée SPAC et (2) pour les données multidimensionnelles, nous présentons deux nouvelles techniques permettant de prendre en compte différentes dimensions d'analyse, M2SP, et la hiérarchie disponible sur les dimensions : HYPE.

L'anthropologie nous permet, dans ses avancées récentes, de mieux comprendre la complexité du monde symbolique de l'Antiquité. Virgile et son Enéide nous proposent un exemple de cette complexité, et nos analyses s'efforceront d'appréhender la grande épopée romaine comme récit donnant à voir de façon cryptée une série de cartes, de routes et de chemins symboliques, tendant à définir des itinéraires initiatiques. Nous repérerons plus particulièrement deux réseaux.D'abord, un processus initiatique établissant une carte de la progression d'Enée au milieu de la faune et de la flore.Ensuite, et en correspondance avec ce niveau terrestre, nous établirons une correspondance avec une carte céleste, ce qui mettra en évidence deux aires zodiacales servant un projet spirituel d'Enée.A partir de ces matériaux, et en élargissant notre analyse, nous tenterons de poser le problème de la représentation dans une perspective symbolique.

Au cours de ces dernières années, le problème de la recherche de requêtes fréquentes dans les bases de données est un problème qui a suscité de nombreuses recherches. En effet, beaucoup de motifs intéressants comme les règles d'association, des dépendances fonction- nelles exactes ou approximatives, des dépendances fonctionnelles conditionnelles exactes ou approximatives peuvent être découverts simplement, contrairement au méthodes clas- siques qui requièrent plusieurs transformations de la base pour extraire de tels motifs. Cependant, le problème de la recherche de requêtes fréquentes dans les bases de données relationnelles est un problème difficile car, d'une part l'espace de recherche est très grand (puisque égal à l'ensemble de toutes les requêtes pouvant être posées sur une base de données), et d'autre part, savoir si deux requêtes sont équivalentes (donc engendrant les calculs de support redondants) est un problème NP-Complet. Dans cette thèse, nous portons notre attention sur les requêtes de type Projection- Selection-Jointure (PSJ), et nous supposons que la base de données est définie selon un schéma étoile. Sous ces hypothèses, nous définissons une relation de pré-ordre (≤) entre les requêtes et nous montrons que : 1. La mesure de support est anti-monotone par rapport à ≤, et 2. En définissant, q ≡ q′ si et seulement si q ≤ q′ et q′ ≤ q, alors toutes les requêtes d'une même classe d'équivalence ont même support. Les principales contributions de cette thèse sont, d'une part d'étudier formellement les propriétés du pré-ordre et de la relation d'équivalence ci-dessus, et d'autre part, de pro- poser un algorithme par niveau de type Apriori pour rechercher l'ensemble des requêtes fréquentes d'une base de données définie sur un schéma étoile. De plus, cet algorithme a été implémenté et les expérimentations que nous avons réalisées montrent que, selon notre approche, le temps de calcul des requêtes fréquentes dans une base de données définie sur un schéma étoile reste acceptable, y compris dans le cas de grandes tables de faits.

L'extraction de motifs ayant une signification biologique, et notamment l'identification de sites de régulation de la synthèse protéique dans les séquences primaires d'ADN est un des enjeux de la recherche en bioinformatique. Une anomalie dans cette régulation peut avoir de graves conséquences sur la santé d'un organisme. Aussi, l'extraction de ces sites permet de mieux comprendre le fonctionnement cellulaire et de soigner certaines pathologies.<br /><br />Les difficultés posées par ce problème sont le manque d'informations sur les motifs à extraire, ainsi que le volume important des données à traiter. Deux algorithmes polynomiaux -- l'un déterministe et l'autre probabiliste -- permettant de le traiter ont été conçus. Dans ce contexte, nous avons introduit une nouvelle famille de fonctions de score et étudié leurs propriétés statistiques. Nous avons également caractérisé le langage reconnu par la structure d'index appelée "Oracle", et proposé une amélioration la rendant plus efficace.

L'ostéoporose est une maladie osseuse caractérisée par une perte importante de la masse osseuse et des altérations de la microarchitecture du tissu osseux. Aujourd'hui, en routine clinique, le diagnostic de l'ostéoporose est basé principalement sur une mesure de la densité minérale osseuse qui n'est pas suffisante, car elle doit être accompagnée par une analyse de la qualité de la microarchitecture osseuse. Les travaux présentés dans cette thèse concernent la caractérisation des images de radiographies osseuses pour le diagnostic précoce de l'ostéoporose. Pour ce faire, afin de mieux caractériser la texture osseuse sur radiographie, nous avons introduit une nouvelle technique de prétraitement des données pour réduire les redondances et éliminer le bruit issu des capteurs d'acquisition. Pour la caractérisation, nous avons proposé une nouvelle technique d'analyse inspirée des motifs binaires locaux (Local Binary Patterns, LBP). Le nouveau descripteur, appelé 1DLBP (One Dimensional Local Binary Patterns) s'applique de manière unidimensionnelle. Pour tester l'efficacité de notre approche, nous avons réalisé deux études cliniques où le nouveau descripteur LBP1D est comparé à la méthode classique, LBP afin de classifier des patients ostéoporotiques et des sujets sains. Les pourcentages de classification obtenus ont été améliorés de 72% avec la méthode classique LBP à 91% avec le nouveau descripteur 1DLBP.

The chloride/proton antiporter ClC-5 is primarily expressed in the kidney where it aids in re-absorption of proteins from the glomerular filtrate. Functional disruption of ClC-5 causes Dent’s Disease – a renal condition characterized by proteinuria and kidney failure in a third of all cases. The majority of disease-causing mutations translate into premature truncations of the carboxy-terminal (Ct) region of ClC-5 and are predicted to disrupt the protein-protein interactions mediated by this domain. In this thesis, direct ATP binding to the two cystathionine β-synthase (CBS) domains of ClC-5 was demonstrated. ATP binding enhanced the global compactness of the ClC-5 Ct region likely through a clamping motion of the CBS domains around the nucleotide. Along with ATP, the sodium proton exchange regulatory factor 2 (NHERF2) also binds ClC-5; however, the molecular mechanism behind this interaction was unknown as ClC-5 lacked the PDZ binding motif traditionally localized at the Ct end of bait proteins. Here, we also identified a class I PDZ binding motif (657-660; TSII) within the internal sequence of ClC-5. Despite the buried position of this motif in the Ct peptide’s X-ray crystal structure (PDB: 2J9L), the high propensity of this region for dynamic flexibility prompted us to test whether it could mediate NHERF2 interactions. In support of this hypothesis, we demonstrated that the motif is transiently available to interact directly with NHERF2 in vivo and to enable an enhancement in receptor-mediated endocytosis in mammalian cells. Collectively, these results gave further evidence that the intracellular Ct region of ClC-5 serves as a hub to mediate interactions essential for its maturation, stability, and trafficking in renal epithelium, as well as providing further insights into the molecular basis of Dent’s Disease.

A major obstacle to the development of dengue virus (DENV) vaccines has been the need to immunise concurrently against each of the four DENV serotypes in order to avoid sensitising recipients to developing severe DENV infections. A problem already encountered with live attenuated tetravalent DENV vaccines has been the difficulty in eliciting adequate immune responses against all four DENV serotypes in human hosts. This could have been due to variations in the antigenicity and/or the replication rates of the four DENV serotypes. Non-replicating DNA vaccines avoid the issue of different replication rates. Currently, only DENV-1 and DENV-2 DNA vaccines have been evaluated. In this study, a number of DNA vaccines for each of the four DENV serotypes were developed and their immunogenicity was evaluated in outbred mice. These vaccines included DNA vaccines encoding the DENV prM-E protein genes derived from the four DENV serotypes (pVAX-DEN1, -DEN2, -DEN3 and -DEN4), and DNA vaccines encoding DENV prM and hybrid-E protein genes derived from multiple DENV serotypes. The hybrid-E protein genes were constructed by substituting either domains I and II, domain III, and/or the stem-anchor region from the E protein of one DENV serotype with the corresponding region from another DENV serotype. A number of superior DNA vaccines against each of the four DENV serotypes were identified based on their ability to elicit high titres (≥40, FFURNT50) of neutralising antibodies against the corresponding DENV in mice. The superior DNA vaccines against DENV-1 were pVAX-DEN1, pVAX-C2M2E211, pVAX-C2M2E122 and pVAX-C2M1E122. The superior DNA vaccine against DENV-2 was pVAX-C2M1E122 and the superior DNA vaccines against DENV-3 were pVAX-DEN3 and pVAX-C2M3E344. The superior DNA vaccines against DENV-4 were pVAX-C2M3E344, pVAX-C2M4E434 and pVAX-C2M4E433. Each of these DNA vaccines could provide effective protection against infection by the corresponding DENV serotypes. This is the first study to describe the development of DNA vaccines against DENV-3 and DENV-4. However, mice immunised with a tetravalent DENV DNA vaccine, composed of a DNA vaccine encoding the prM-E protein genes from each of the four DENV serotypes (pVAX-DEN1-4), elicited high titres of neutralising antibodies against DENV-1 and DENV-3 only. Nevertheless, the results from this study suggested that a tetravalent DENV DNA vaccine, composed of pVAX-DEN1, pVAX-C2M1E122, pVAX-DEN3 and pVAX-C2M4E434, may provide effective concurrent protection against infection by each of the four DENV serotypes. In addition, mice immunised with pVAX-C2M1E122, which encoded a hybrid-E protein gene derived from DENV-1 and DENV-2, elicited high titres of anti-DENV-1 and anti-DENV-2 neutralising antibodies, and mice immunised with pVAX-C2M3E344, which encoded a hybrid-E protein gene derived from DENV-3 and DENV-4, elicited high titres of anti-DENV-3 and anti-DENV-4 neutralising antibodies. This result suggested that the co-immunisation of these two hybrid-E DNA vaccines also may provide effective concurrent protection against infection by each of the four DENV serotypes. Extracellular E proteins, believed to be in the form of recombinant subviral particles (RSPs), were recovered from the tissue culture supernatant of all DNA vaccine-transfected mammalian cells by ultracentrifugation, except for cells transfected with the pVAX-C2M2E122 hybrid-E DNA vaccine. Western blotting with the monoclonal antibody 4G2 (flavivirus cross-reactive) demonstrated that the extracellular E proteins expressed by the DNA vaccines were synthesized and cleaved in a manner similar to that of native DENV E proteins. In addition, mammalian cells transfected with pVAX-DEN1, pVAX-DEN2 or pVAX-DEN3 secreted higher amounts of extracellular E proteins than cells transfected with pVAX-DEN4. The amount of extracellular E protein secreted by pVAX-DEN4-transfected cells increased when the c-region of the prM/E signal peptidase cleavage site was made more polar. In contrast, decreasing the polarity of the c-region of the C/prM signal peptidase cleavage site of pVAX-DEN4 resulted in no detectable extracellular E proteins from pVAX-DEN4-transfected cells. This result suggested that the amount of extracellular E proteins secreted by cells transfected with DNA expressing the DENV prM-E protein genes may be dependent of the efficiency of C/prM and prM/E protein cleavages by host-derived signal peptidases. Mice immunised with the mutated pVAX-DEN4, which was capable of expressing large amounts of extracellular E proteins in vitro, produced significantly higher concentrations of Th1-type anti-DENV-4 antibodies than mice immunised with the unmodified pVAX-DEN4, but failed to produce detectable levels of anti-DENV-4 neutralising antibodies. In contrast, increasing the ratio of CpG-S to CpG-N motifs in the pVAX-DEN2 DNA vaccine by incorporating either an additional CpG-S motif, or an antibiotic resistance gene with a high ratio of CpG-S to CpG-N motifs, resulted in a significant increase in both the concentration of Th1-type anti-DENV-2 antibodies and the titres of anti-DENV-2 neutralising antibodies in immunised mice. This result suggested that increasing the amount of CpG-S motifs in DENV DNA vaccines may present an simple and effective approach to increasing the immunogenicity of the DENV DNA vaccines.

Thesis (Ph. D.) -- University of Texas Southwestern Medical Center at Dallas, 2005. / Vita. Bibliography: 123-135.