Doctorat en philosophie et lettres / info:eu-repo/semantics/nonPublished

(in English): The diploma's thesis deals with the natural theme in the work of Argentine poet Alfonsina Storni. The first part briefly outlines her biography. Following theoretical chapter presents several literary movements of which the writer is considered to be part of: modernism, postmodernism and avant-garde. Among others the work refers to the distinctive position of the author in the Hispano-american poetry. The main part consists of the analyses of several poems of Alfonsina Storni, chosen from her work according to the selected topics. Primarily, the element of the sea, the earth and the sky are being analyzed, after that the elements of fauna and flora are interpreted. The analyses are oriented not only on the content and meaning of the poems but also on the formal part in which the shift of author's style is noticeable. The final part of the thesis briefly introduces other topics which are related with the author's writing. The whole work is based primarily on the author's works, followed by theoretical studies related to the era and also on two biographies and several interpretations of the particular works. Since there has not been yet published any translation of Alfonsina's Storni work, an attachment of this thesis consists of translations of several selected poems.

This dissertation Far East Motifs in the Works of Selected Authors at the Turn of the 19th and 20th Century deals with works written by Julius Zeyer, Jiří Karásek ze Lvovic and Josef (Joe) Hloucha. The thesis analyses selected works from the viewpoint of typical motifs and themes. It pursues to depict different authorial images of Far East and to find out why are these authors so fascinated by this region. Some motifs are characteristic for all the authors: love; art and beauty; fairy tale and dream. Spirituality is characteristic for Julius Zeyer - his "renewed pictures" direct the reader to think about the values that are worth searching - regardless where or when we live. Jiří Karásek ze Lvovic uses Far East surrounding to run away from monotonous reality. In his play Dream of the Empire of Beauty he wants to create a symbol depicting his own soul. His typical motifs are secret and individuality. Hloucha's Far East image is based on real facts. Cognitive function is many times more significant than aesthetic. His typical motif is Europeanism. Among others he is the only one who confronts the Asian surrounding with the European. In his works he often uses the techniques of lowbrow literature - especially love novel - that possibly caused his enormous popularity among female readers of his time....

Les protéines Hox sont des facteurs de transcription à homéodomaine, dont les propriétés de liaison à l’ADN contrastent avec leur spécificité fonctionnelle in vivo. Ils interagissent avec les cofacteurs PBC (Extradenticle (Exd) chez la drosophile) formant des complexes multimériques dont la spécificité fonctionnelle est accrue. Cette interaction repose sur le motif l’hexapeptide (HX), conservé dans la plupart des protéines Hox. Récemment, nous avons identifié le domaine UbdA (UA), spécifique aux protéines Hox de classe centrale Ultrabithorax (Ubx) et AbdominalA (Abd-A), comme un nouveau motif d'interaction avec la protéine Exd. Des analyses in vivo de la contribution de l’HX et de UbdA dans l’activité des protéines Ubx et Abd-A ont indiqué que les protéines Ubx et Abd-A partagent des fonctions (Exd dépendantes et indépendantes), qui ne sont pas médiées par une utilisation identique des motifs protéiques HX et UA.L’objectif de ces travaux est d’analyser les mécanismes moléculaires qui sous-tendent une utilisation ciblée/sélective des motifs protéiques HX et UA de Ubx et de Abd-A en absence du cofacteur connu Exd. Pour cela, des lignées cellulaires S2 DRSC exprimant les protéines Ubx sauvages et mutantes sur les motifs HX et UA, ont été générées et analysées par des expériences de ChIP-Seq. Nos données comparées à celles obtenues précédemment dans l’équipe pour la protéine Abd-A posent les bases permettant d’appréhender la contribution fonctionnelle et l’utilisation sélective des motifs protéiques HX et UA, au-delà de leurs fonctions dans la médiation de l'interaction avec le cofacteur Exd. / Hox proteins are homeodomain-containing transcription factors, whose poor DNA-binding properties contrast with their functional specificity in vivo. They interact with PBC cofactors (Extradenticle (Exd) in Drosophila), forming multimeric complexes with increased functional specificity. This interaction involve a conserved motif called the hexapeptide (HX), found in most Hox proteins. Recently, we the UbdA domain (UA), specific to the central class Hox proteins Ultrabithorax (Ubx) and Abdominal-A (Abd-A), as a novel interaction motif with the Exd protein. In vivo analysis of the HX and UA contributions to Ubx and Abd-A protein activity indicated Ubx and Abd-A shared functions (Exd dependent or independent) do not necessarily rely on a similar use of the HX or UA protein motifs. The aim of this work was to investigate the molecular mechanisms underlying the targeted/selective use of the HX and UA protein motifs in Ubx and Abd-A in the absence of the usual Hox Exd cofactor. For this, S2 DSRC cell lines stably expressing the Ubx protein, as well as HX or UA variants have been generated and analysed by ChiP-Seq experiments. Our data, compared to those previously obtained for Abd-A in the laboratory, set bases for apprehending the functional contribution and selective use of the HX and UA protein motifs, outside their established function in mediating interaction with the Exd cofactor.

Le Web des données offre un environnement de partage et de diffusion des données, selon un cadre particulier qui permet une exploitation des données tant par l’humain que par la machine. Pour cela, le framework RDF propose de formater les données en phrases élémentaires de la forme (sujet, relation, objet) , appelées triplets. Les bases du Web des données, dites bases RDF, sont des ensembles de triplets. Dans une base RDF, l’ontologie – données structurelles – organise la description des données factuelles. Le nombre et la taille des bases du Web des données n’a pas cessé de croître depuis sa création en 2001. Cette croissance s’est même accélérée depuis l’apparition du mouvement du Linked Data en 2008 qui encourage le partage et l’interconnexion de bases publiquement accessibles sur Internet. Ces bases couvrent des domaines variés tels que les données encyclopédiques (e.g. Wikipédia), gouvernementales ou bibliographiques. L’utilisation et la mise à jour des données dans ces bases sont faits par des communautés d’utilisateurs liés par un domaine d’intérêt commun. Cette exploitation communautaire se fait avec le soutien d’outils insuffisamment matures pour diagnostiquer le contenu d’une base ou pour interroger ensemble les bases du Web des données. Notre thèse propose trois méthodes pour encadrer le développement, tant factuel qu’ontologique, et pour améliorer l’interrogation des bases du Web des données. Nous proposons d’abord une méthode pour évaluer la qualité des modifications des données factuelles lors d’une mise à jour par un contributeur. Nous proposons ensuite une méthode pour faciliter l’examen de la base par la mise en évidence de groupes de données factuelles en conflit avec l’ontologie. L’expert qui guide l’évolution de cette base peut ainsi modifier l’ontologie ou les données. Nous proposons enfin une méthode d’interrogation dans un environnement distribué qui interroge uniquement les bases susceptibles de fournir une réponse. / The web of data is a mean to share and broadcast data user-readable data as well as machine-readable data. This is possible thanks to rdf which propose the formatting of data into short sentences (subject, relation, object) called triples. Bases from the web of data, called rdf bases, are sets of triples. In a rdf base, the ontology – structural data – organize the description of factual data. Since the web of datacreation in 2001, the number and sizes of rdf bases have been constantly rising. This increase has accelerated since the apparition of linked data, which promote the sharing and interlinking of publicly available bases by user communities. The exploitation – interrogation and edition – by theses communities is made without adequateSolution to evaluate the quality of new data, check the current state of the bases or query together a set of bases. This thesis proposes three methods to help the expansion at factual and ontological level and the querying of bases from the web ofData. We propose a method designed to help an expert to check factual data in conflict with the ontology. Finally we propose a method for distributed querying limiting the sending of queries to bases that may contain answers.

Philosophiae Doctor - PhD / The study is about the rock engravings on the wonderstone hills just outside Ottosdal, North West province, about 70km northwest of Klerksdorp. Wonderstone is remarkable rock that is smooth, shiny and very easy to mark. The wonderstone occurs only on two adjacent farms, Gestoptefontein and Driekuil, and thus the rock art on the wonderstone outcrops is referred to as the Gestoptefontein- Driekuil complex (GDC). This rock art is now the only remaining trace of what must once have been a much larger complex of engravings. Sadly, much of the rock art has been destroyed in the course of mining activities, with very few records. The largest remaining outcrop is still threatened by potential mining activities. The study attempts to bring this disastrous and unacceptable situation to the attention of the public and the heritage authorities, who have so far failed to respond to applications to grant the sites protection. It therefore has two main aims: to locate and record as much of the rock art as possible and to understand the significance of the outcrops in the lives of the people who made them. Based on the rock art itself, as well as what little historical evidence is available, it is argued that the rock art was made by Khoe-San people during the performance of important ceremonies and other activities. The rock art has two main components: engravings of referential motifs and a gestural, or performative, element. The referential motifs depict a range of things: anthropomorphs and zoomorphs, decorative designs, items of clothing, as well as ornaments and decorations. The gestural markings were made by rubbing, cutting and hammering the soft wonderstone, probably in the course of a range of activities that people carried out on the outcrops. One of the main findings of the study is that the GDC was a place that was of particular significance to women. This is suggested by the large number of engravings of items that are closely associated with Khoe-San women – depictions of aprons, ornaments, and decorations. These play a prominent role in the initiation practices of many Khoe-San groups. Initiates emerging from ritual isolation after their first menstruation are given new clothes; they are also loaned ornaments and jewellery. This reincorporation into society as a ‘new person’ has been described by some Khoe-San women as one of the high points of their lives. Oral traditions from the area indicate that the wonderstone outcrops were believed to have special properties; the study incorporates these traditions to argue that the wonderstone outcrops were associated with the presence of a great water snake that lay on the rocks and also lived in the pools of water in the nearby Driekuil Spruit. People therefore came to the outcrops to perform rites of reincorporation. One of these ceremonies may have been performing rites of association with the great snake; such practices may have included the use of rock dust as an ingredient for body paint. / South Africa

Cette thèse en bioinformatique étudie l'intérêt de rechercher des motifs dans des séquences génomiques à l'aide de grammaires. Depuis les années 80, à l'initiative notamment de David Searls, des travaux ont montré qu'en théorie, des grammaires de haut niveau offrent suffisamment d'expressivité pour permettre la description de motifs biologiques complexes, notamment par le biais d'une nouvelle classe de grammaire dédiée à la biologie : les grammaires à variables de chaîne (SVG, String Variable Grammar). Ce formalisme a donné lieu à Logol, qui est un langage grammatical et un outil d'analyse développé dans l'équipe Dyliss où a lieu cette thèse. Logol est un langage conçu pour être suffisamment flexible pour se plier à une large gamme de motifs qu'il est possible de rencontrer en biologie. Le fait que les grammaires restent inutilisée pour la reconnaissance de motifs pose question. Le formalisme grammatical est-il vraiment pertinent pour modéliser des motifs biologiques ? Cette thèse tente de répondre à cette question à travers une démarche exploratoire. Ainsi, nous étudions la pertinence d'utiliser les modèles grammaticaux, via Logol, sur six applications différentes de reconnaissance de motifs sur des génomes. Au travers de la résolution concrète de problématiques biologiques, nous avons mis en évidence certaines caractéristiques des modèles grammaticaux. Une de leurs limites est que leur utilisation présente un coût en termes de performance. Un de leurs atouts est que leur expressivité couvre un large spectre des motifs biologiques, contrairement aux méthodes alternatives, et d'ailleurs certains motifs modélisés par les grammaires n'ont pas d'autres alternatives existantes. Il s'avère en particulier que pour certains motifs complexes, tels que ceux alliant séquence et structure, l'approche grammaticale est la plus adaptée. Pour finir, l'une des conclusions de cette thèse est qu'il n'y a pas réellement de compétition entre les différentes approches, mais plutôt qu'il y a tout à gagner d'une coopération fructueuse. / This thesis studies the interest to look for patterns in genomic sequences using grammars. Since the 80s, work has shown that, in theory, high level grammars offer enough expressivity to allow the description of complex biological patterns. In particular David Searls has proposed a new grammar dedicated to biology: string variable grammar (SVG). This formalism has resulted in Logol, a grammatical language and an analysis tool developed by Dyliss team where this thesis is taking place. Logol is a language designed to be flexible enough to express a wide range of biological patterns. The fact that the grammars remain unknown to model biological patterns raises questions. Is the grammatical formalism really relevant to the recognition of biological patterns? This thesis attempts to answer this question through an exploratory approach. We study the relevance of using the grammatical patterns, by using Logol on six different applications of genomic pattern matching. Through the practical resolution of biological problems, we have highlighted some features of grammatical patterns. First, the use of grammatical models presents a cost in terms of performance. Second the expressiveness of grammatical models covers a broad spectrum of biological patterns, unlike the others alternatives, and some patterns modeled by grammars have no other alternative solutions. It also turns out that for some complex patterns, such as those combining sequence and structure, the grammatical approach is the most suitable. Finally, a thesis conclusion is that there was no real competition between different approaches, but rather everything to gain from successful cooperation.

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La compréhension des écoulements multiphasiques en milieu poreux revêt une importance capitale dans de nombreuses applications industrielles et environnementales, à des échelles spatiales et temporelles variées. Par conséquent, la présente étude propose une modélisation des écoulements multiphasiques en milieu poreux par le biais de la méthode Volume de Fluide, et présente des simulations de digitations de Saffman-Taylor, motivées par l'analyse d'expériences de balayage dans des blocs de grès de Bentheimer quasi bidimensionnels initialement saturés en huile extra-lourde par de l'eau. Le code Gerris, permettant des calculs parallèles efficaces à l'aide d'un maillage de type octree, est utilisé. Des tests de précision et de rapidité de calcul sont réalisés à l'aide de divers niveaux de raffinement, ainsi qu'une comparaison avec des simulations de référence dans la littérature. Des simulations 3D dans des milieux réels numérisés sont réalisés avec des résultats encourageants. Même s'il n'est pas encore possible d'atteindre des nombres capillaires réalistes, des écoulements dans des domaines cubiques de 1 mm de côté sont simulés, avec un temps de calcul raisonnable. Des simulations 2D de digitations visqueuses avec injection centrale ou latérale sont également présentées, basées sur la loi de Darcy. L'aspect fractal des digitations est étudié aussi bien à l'aide de la dimension fractale que de la variation de l'aire des motifs obtenus par rapport à leur périmètre. Enfin, des balayages à l'aide de polymères suivant des balayages à l'eau dans un processus en deux temps sont simulés à partir d'une modélisation darcéenne. / Understanding multiphase flow in porous media is of tremendous importance for many industrial and environmental applications at various spatial and temporal scales. The present study consequently focuses on modelling multiphase flows by the Volume-of-Fluid method in porous media and shows simulations of Saffman-Taylor fingering motivated by the analysis of waterflooding experiments of extra-heavy oils in quasi-2D square slab geometries of Bentheimer sandstone. The Gerris code which allows efficient parallel computations with octree mesh refinement is used. It is tested for accuracy and computational speed using several levels of refinement and comparing to reference simulations in the literature. Simulations of real rocks are realised in three dimensions with very promising results. Though it is not yet possible to attain realistic capillary numbers, it is possible to simulate flows in domains of physical size up to 1 mm3 in reasonable CPU time. 2D simulations of viscous fingering with both central and lateral injection are also presented in this study, based on Darcy's law. The fractal aspect of this fingering is studied by considering both its fractal dimension and the variation of the area of the resulting pattern with respect to its arclength. Finally, polymer flooding following waterflooding in a two-step process is simulated with Darcy modelling.

Cette thèse porte sur la famille des nombres dits multizêtas, et sur les relations qu'ils vérifient.Le premier chapitre est une introduction générale au domaine et se donne pour objectif de présenter brièvement les différents cadres dans lesquels s'inscrivent les résultats des trois autres chapitres, et d'énoncer ces résultats.Dans le chapitre 2, on étudie les relations linéaires entre zêtas simples et zêtas doubles, en établissant un lien rigoureux entre ces relations, les relations linéaires entre crochets de Poisson d'éléments de profondeur 1 de l'algèbre de Lie libre à deux générateurs, et l'espace des formes modulaires. Il s'agit en grande partie d'algèbre linéaire élémentaire sur des matrices définies explicitement.Le résultat principal du chapitre 3 a trait à une algèbre de Lie de dérivations déduite de l'étude de la catégorie des motifs elliptiques mixtes introduite par Hain et Matsumoto. Il démontre l'existence de relations linéaires observées par Pollack dans cette algèbre et provenant elles aussi des formes modulaires. Les démonstrations consistent majoritairement à adapter des techniques introduites par Ecalle à l'étude des propriétés de certains polynômes non commutatifs.Le quatrième et dernier chapitre propose une construction d'une algèbre de multizêtas elliptiques formels, en analogie avec les travaux de Hain et Matsumoto sur les motifs elliptiques mixtes et d'Enriquez sur les associateurs elliptiques. Celle-ci se place dans le formalisme écallien des moules ; on prouve deux résultats partiels qui corroborent la validité de cette dernière construction. / This thesis deals with the family of numbers called multiple zeta values, and on the relations they satisfy. The first chapter is a general introduction to the field and has the goal of briefly presenting the different settings into which the results of the three other chapters fit, and stating these results. In chapter 2, we study the linear relations between simple and double zeta values, establishing a rigorous connection between these relations, the linear relations between Poisson bracket of depth 1 elements of the free Lie algebra on two generators, and the space of modular forms. The proofs consist mainly in performing elementary linear algebra on explicitly defined matrices. The main result of chapter 3 involves a Lie algebra of derivations derived from the study of the category of mixed elliptic motives introduced by Hain and Matsumoto. We prove the existence of linear relations observed by Pollack in this algebra and which also come from modular forms. The bulk of the proofs rely on applying techniques introduced by Ecalle to the study of the properties of certain non-commutative polynomials. The fourth and last chapter proposes a construction of an elliptic formal multizeta algebra, in analogy with work by Hain and Matsumoto on mixed elliptic motives and Enriquez on elliptic associators. The latter falls within the écallian formalism of moulds, we prove two partial results which support the validity of said construction.