One of the most profound open questions in biology is how the genetic code developed. The blueprints for proteins are encoded by triplets of nucleic acids, which in turn require proteins for interpretation and replication. The mere existence of this self-referencing system is a chicken-and-egg dilemma. Aminoacyl-tRNA synthetases are key players in the transfer of genetic information and reflect the earliest episode of life. These enzymes are responsible for loading tRNA molecules with the correct amino acid. Two protein superfamilies of aminoacyl-tRNA synthetases emerged, each responsible for ten amino acids. Despite sequence and structure similarity, the delicate balance between these superfamilies is manifested in two structural motifs, which were identified in the context of this thesis: the Backbone Brackets and the Arginine Tweezers. Both motifs realize constant ligand recognition and can be found in almost all protein structures of aminoacyl-tRNA synthetases. In this thesis, I thoroughly characterized Backbone Brackets and Arginine Tweezers. The specific characteristics of these motifs require high-precision methods for their detection and analysis. However, existing algorithms do not feature an adequate computational representation of structural motifs at the atom level and the support of isofunctional residue mutations. In order to address these limitations, I designed the Fit3D algorithm for template-based and template-free detection of structural motifs. I show that proper computational representation of structural motifs is crucial and improves accuracy up to 26% for a benchmark dataset. Fit3D is a general-purpose tool for structural motif detection in high-resolution protein structure data. In conjunction with the accelerating progress in experimental methods, the demand for such tools will increase rapidly over the next years. I applied Fit3D to structures of aminoacyl-tRNA synthetases to investigate whether Backbone Brackets and Arginine Tweezers are universal building blocks for ligand recognition, and to quantify structural changes upon ligand binding. While the Arginine Tweezers motif is exclusively found in aminoacyl-tRNA synthetases and paralogs, the Backbone Brackets seem to be a general pattern to recognize functional groups of certain ligands. The results show subtle differences in side chain orientation for one structural motif and a backbone shift for the other. This suggests a structural rearrangement to be a general mechanism in some aminoacyl-tRNA synthetases. The detailed level of these analyses would not have been possible without high-precision structural motif detection with Fit3D. The results emphasize the importance of structural motifs, which consist of only a few residues, for the global function of the enzyme. Furthermore, the stunning conservation of the structural motifs located in the core domains of aminoacyl-tRNA synthetases suggests their presence in the earliest predecessors of these enzymes. Both motifs might have played a fundamental role in shaping the genetic code as we know it.

Peter L. Berger's conception of agency in his earliest writings (c.1954-1960) is logically and empirically inadequate. At the root of this inadequacy is an idealism that prevents him from providing a compelling account of actual empirical agency. Chapter 1 asserts that Berger's earlier works warrant analysis. Chapter 2 discusses Berger's earliest influences, particularly Max Weber and The Swedish Lund School of motif research. Chapter 3 identifies a unique commitment to Christian Humanism at the base of Berger's conception of agency. Chapter 4 clarifies how Berger's Christian humanism interacts with his Weberian, and Parsonian-inspired functional analysis of the American religious establishment. The thesis concludes (Chapter 5) by identifying more specifically how and why Berger's Christian humanism undermines his attempt to empirically ground human agency.

Pharmaceutical solids tend to exist in different physical forms termed as polymorphs. Issues about pharmaceutical systems are mainly concerned with the active ingredient's physico-chemical stability and bioavailability. The main aim of this study is to investigate the non-bonded interactions in pharmaceutical solids that govern the physical pharmaceutics performance of such materials and through the use of structural techniques and correlation of these results with crystal structural database to establish the presence of physical motifs in selected systems. Structural motifs were identified by the use of single crystal and crystal packing analysis on diverse range of pharma-relevant materials including chalcones, cryptolepines, biguanides and xanthines. These selected systems were validated using functional group and molecular analysis and correlating them to the Cambridge Structural Database. Crystallization studies are done on these selected systems as well as exploiting those using synthetic analogues. A total of 51 crystal structures were investigated including 16 new structure determinations. Addition synthesis of new xanthines to investigate novel intermolecular patterns was also undertaken. The understanding and exploitation of intermolecular interactions involving hydrogen bonds and coordination complexation during packing can be used in the design and synthesis of solid state molecular structures with desired physical and chemical properties.

Ce mémoire est composé de deux sections, une de création et l’autre de réflexion. La première consiste d’un roman de fantaisie satirique, Incompetent Gods (écrit en anglais) et la deuxième d’un essai à propos de ce genre. Incompetent Gods - Dans une dimension parallèle, créée par les dieux écœurés de l’athéisme régnant dans la nôtre, immortels et mortels vivent ensemble en cacophonie. Leurs relations sont étroitement surveillées par la compagnie Dieux Inc. qui emploie et contrôle la plupart des divinités. Son PDG, la reine Louhi Pohjola, court un grave danger car Goblin et son souverain-fifre Japhet essaient de se débarrasser d’elle afin de conquérir le monde. Ce récit satirique, en utilisant la transvalorisation de mythes anciens, la parodie de lieux communs présents en fantaisie, la transposition de dieux dans un contexte corporatif et des jeux de langage, se veut une critique de notre société, de nos valeurs et de nos utopies. Effets de miroirs. De la satire en fantaisie - Cet essai présente une étude littéraire de l’œuvre de Terry Pratchett, un des géniteurs de la fantaisie satirique contemporaine, suivie d’une réflexion sur le processus de création. Cela dans le but de répondre à deux questions : comment se moquer d’une chose alors qu’on en évoque une autre? Et comment créer un effet de reconnaissance entre le merveilleux et le réel? Idéalement, ceci permettra d’offrir une nouvelle perspective sur ce genre si mal apprécié. / This thesis is made up of two parts. The first one, Incompetent Gods, is a short satirical fantasy novel written in English. The second part consists of an essay about the genre. Incompetent Gods - In a parallel world, created by the gods sickened with the atheism in our dimension, mortals and immortals live together in cacophony. Their relations are monitored by Gods Inc., a huge multinational that employs and controls most divinities. Its CEO, Queen Louhi Pohjola, is in grave danger, for in order to conquer the world, Goblin and his side-king Japhet are doing all they can to get rid of her. By devaluing old myths, parodying the clichés of fantasy, transposing gods into a corporate context and playing with language, this satirical fable aims to critique our society, our values and our utopias. Effets de miroirs. De la satire en fantaisie - This essay (in French) presents a literary study of the works of Terry Pratchett, one of the most famed authors of contemporary satirical fantasy, and a reflection on the creative process that answers two questions: how to ridicule one thing while evoking another? And how to create a mirror of reality through the use of fantasy? Ideally, this will give new insights into this badly perceived genre.

L'ironie se rencontre dans la réécriture du Berger extravagant de Charles Sorel comme une figure de double pensée. À la fois critique des romans ± fabuleux ¿ et promotion de la fiction romanesque, Y Anti-roman se construit selon un plan contradictoire, voire paradoxal, où la plupart des énoncés rencontrent une double signification. Conséquence des bouleversements liés à la constitution du champ littéraire parisien des années 1620-1630 (par exemple le procès de Théophile de Viau ou la montée du purisme de l'Académie), l'ironie de Y Anti-roman n'est pas uniquement orientée vers la dévalorisation ou la célébration de l'imaginaire du roman pastoral ; elle met aussi en scène plusieurs discours qui ont marqué le premier XVIIe siècle, tels que l'apologétique chrétienne du jésuite François Garasse ou l'effritement graduel de l'humanisme des commentateurs renaissants, aboutissant au finale à une critique des Fables et des conceptions gnoséologiques qui s'y rattachent. À l'aide de l'ironie et de ses définitions historiques, ce mémoire explore les avenues et les échecs d'un "roman-commentaire" qui gardera une place de choix dans l'histoire moderne du genre romanesque.

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Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2019 / La présente étude propose d'approcher la pratique sculpturale de l'artiste américain Brian Dettmer. Désarticulés, scellés avant d'être soigneusement découpés, les livres qui constituent la matrice de son travail échangent leur aspect traditionnel contre des formes inusitées n'ayant de cesse de subvertir les propriétés structurelles et esthétiques de l'objet. Résolument délinquants, ces ouvrages altérés, encore aujourd'hui marqués de l'empreinte du premier codex, voient leur caractère survivant ouvrir à un questionnement sur le rapport que nous entretenons avec le livre à l'ère du numérique. Une relation conflictuelle, oscillante, qui sous-tend la démarche de Dettmer dont le discours, indissociable de sa pratique, porte à considérer la forme livresque tel le symptôme de changements socioculturels profonds. Tressant anthropologie, philosophie et sociologie, l'enjeu de cette recherche multidisciplinaire est de mettre au jour les chemins de pensée empruntés par l'artiste pour instaurer un dialogue entre l'objet-livre et l'environnement informationnel dématérialisé qui lui disputerait son statut de gardien de la connaissance. C'est donc par une attention accordée aux propos de Dettmer, à la matérialité de ses sculptures et aux effets épistémologiques qu'elles induisent que notre analyse tente de donner corps à cette rencontre entre deux dispositifs du savoir. / This study focuses on the sculptural practice of Brian Dettmer. Disarticulated, sealed prior to being carefully carved, the books at the center of the artist’s practice forego their traditional aspect and take on strange forms that relentlessly subvert the structural and esthetical proprieties of the object itself. Definitely delinquent while still bearing to this day the imprint of the first codex, these altered objects, through the survival of their fundamental quality, question the relationship we have with books in the digital age. Conflictual, oscillating, this relationship underlies the process of the artist, whose own discourse, always tightly related to his practice, sees in the book format a symptom of deep sociocultural changes. Drawing from anthropology, philosophy and sociology, this multidisciplinary study intends on revealing the pathof thought used by Dettmer in his effort to establish a dialogue between the “object-book” and the dematerialized informational environment, the latter contending the former’s claim to the guardianship of knowledge. Through a careful consideration of the artist’s commentaries, the materiality of his sculptures and the epistemological effects they induce, our study ultimately explores the encounter between these two different devices of knowledge.

Ce mémoire porte sur la signification et le fonctionnement du lieu dans Un dimanche au cachot, de Patrick Chamoiseau. Le roman s’organise en effet autour d’une figure spatiale : la ruine d’un cachot. La fusion de l’espace et du temps, l’entremêlement des trames narratives, l’écriture en palimpseste et la métaphorisation sont autant de moyens qui participent à l’élaboration d’une poétique chamoisienne du lieu. À partir de la notion de chronotope, de Bakhtine, la présente étude s’efforce de démontrer que le cachot constitue le centre organisateur des différents éléments du livre : personnages, présence de l’Histoire, style, structure narrative et postures énonciatives, ainsi qu’une métaphore de l’écriture et l’incarnation du roman lui-même.

À l'époque où le christianisme se développe, la mythologie gréco-romaine imprégnait ou inspirait toutes les sphères de la culture, soit la littérature, l'architecture, la musique et même le langage. Alors considéré comme un élément du bagage culturel commun qui représentait certains concepts, le mythe gréco-romain fut employé par plusieurs auteurs et plusieurs orateurs afin de toucher l'auditoire et de faire comprendre leur point de vue. Nous croyons que les premiers auteurs chrétiens n'échappaient pas à son influence. Notre mémoire présente donc le portrait d'un personnage mythologique, Hercule, afin de voir comment et dans quel but les auteurs chrétiens entre le IIe et le IVe siècle utilisaient le mythe gréco-romain. Cette recherche permet d'établir les façons dont les auteurs chrétiens ont utilisé la mythologie : à travers le cas d'Hercule, il ressort clairement que l'assimilation des personnages mythologiques est complexe et que les auteurs chrétiens utilisent souvent la mythologie de façon ponctuelle, n'étant pas ni de fervents adversaires, ni partisans d'un syncrétisme pacifique.

Ce mémoire a pour corpus les essais parus dans Liberté entre mars 1980 et février 1986, période pendant laquelle François Ricard assumait la direction de la revue. Il veut mesurer la place de l’ironie dans la revue et circonscrire ses formes diverses en se penchant principalement sur les textes de Ricard lui-même, d’André Belleau et d’Yvon Rivard, mais également la mettre en relation avec l’indépendantisme québécois. En quoi une conception de l’indépendance partagée dans la revue migre-t-elle de la chose au mot ? Nous tenterons de comprendre le rôle d’une culture globalisante de l’ironie dans ce déplacement. Si les travaux critiques englobant la question de l’essai québécois des années 1980 ont souvent noté un repli sur l’intime propre à cette décennie, le Québec demeure, à Liberté, une pierre angulaire du discours essayistique. L’ironie peut-elle émerger comme compromis entre un désir de se défaire d’« une question nationale obsessionnelle et indépassable » et le besoin, toujours existant, de revendiquer une forme d’indépendance, dorénavant plus littéraire que politique ?