La présence de micro-organismes pathogènes dans les produits alimentaires représente un risque important de santé publique. La réglementation régit leur contrôle en imposant, dans la majorité des cas, la recherche d’une faible quantité de ces bactéries. Les méthodes de détection de référence sont simples à mettre en œuvre mais chronophages et nécessitent un temps d’analyse de plusieurs jours. Aussi, un des enjeux majeurs dans le domaine du contrôle alimentaire, est la mise au point de méthodes sensibles et rapides pour la détection d’un ou plusieurs pathogènes dans des matrices alimentaires. Ces nouvelles technologies ont pour but de réduire le nombre de toxi-infections alimentaires tout en augmentant la durée de commercialisation des produits et en limitant les impacts économiques négatifs pour les industries (longues périodes de stockage, rappels de lot, etc.).Dans ce contexte, nous nous sommes intéressés à la mise au point d’une méthode alternative aux méthodes de références, basée sur un biocapteur présentant une transduction de type résonance des plasmons de surface (SPR). Cette technologie présente de multiples avantages : simplicité de mise en œuvre, analyse en temps réel, absence de marquage, etc. Des preuves de concept de son utilisation, pour la détection de bactéries pathogènes ont été présentées dans la littérature, utilisant principalement des récepteurs de type anticorps.Au cours des travaux présentés dans cette thèse nous nous sommes intéressés à la détection de bactéries pathogènes alimentaires majeures en termes de prévalence ou de gravité de l’infection, qu’elles soient Gram positif ou Gram négatif. La production d’anticorps performants a également été optimisée pour obtenir des anticorps polyclonaux sensibles et spécifiques de plusieurs genres bactériens. Les cinétiques de croissance bactérienne ont été analysées par SPR afin d’identifier les principaux phénomènes impactant la détection. Des techniques en haute résolution ont permis une meilleure compréhension des événements se produisant à la surface du biocapteur. Ces études ont menés à l’obtention d’un système permettant la détection multiplexe d’un faible inoculum de bactéries pathogènes dans des matrices alimentaires (salade et poudre de lait infantile) en moins de 24h. / The presence of pathogenic micro-organisms in foodstuff is a major concern for health safety. Regulations impose, in most cases, the research of low levels of these bacteria. Although reference methods are simple, they are time-consuming and can require several days before obtaining results. This is why one of the major challenges in food hygiene science is the development of sensitive and rapid methods, for the detection of one or more pathogens. These new technologies aim to decrease the occurrence of foodborne infections, while improving both the shelf life of food products and industrial production costs (long storage times, recalls …).In this context, the development of an alternative method has been carried out in this work, using a biosensor with a transduction based on surface plasmon resonance (SPR). Such optical technology offers multiple benefits: ease-of-use, real-time analysis, label-free process… Proofs of concept for the use of this technology in basic conditions, for the detection of model bacteria, have been described in the literature, mostly using antibodies as receptors, but the full operation in "real" conditions encountered in industrial facilities still has to be tested and optimizedThis manuscript thus describes the detection of foodborne pathogenic bacteria playing a major role in terms of prevalence and/or severity of the caused infection, whether Gram positive or negative. The production of efficient antibodies was optimized, resulting in polyclonal antibodies sensitive and specific for multiple bacterial genera. Dynamics of bacterial growths were analysed by SPR in an effort to identify the main factors having an impact on the detection. High resolution SPR was used for a better understanding of reactions occurring at the surface of the biosensor. These studies lead to the development of a system capable of multiplex detection of low bacterial inoculum in food samples (lettuce and powdered infant formula) within less than 24 hours.

Les flux d’information suivent aujourd’hui des chemins complexes: la propagation des informations, impliquant éditeurs on-line, chaînes d’information en continu et réseaux sociaux, emprunte alors des chemins croisés, susceptibles d’agir sur le contenu et sa perception. Ce projet de thèse étudie l’adaptation des mesures de graphes classiques aux graphes multiplexes en relation avec le domaine étudié, propose de construire des visualisations à partir de plusieurs représentations graphiques des réseaux, et de les combiner (visualisations multi-vues synchronisées, représentations hybrides, etc.). L’accent est mis sur les modes d’interaction permettant de prendre en compte l’aspect multiplexe (multicouche) des réseaux. Ces représentations et manipulations interactives s’appuient aussi sur le calcul d’indicateurs propres aux réseaux multiplexes. Ce travail est basé sur deux jeux de données principaux: l’un est une archive de 12 ans de l’émission japonaise publique quotidienne NHK News 7, de 2001 à 2013. L’autre recense les participants aux émissions de télévision/radio françaises entre 2010 et 2015. Deux systèmes de visualisation s’appuyant sur une interface Web ont été développés pour analyser des réseaux multiplexes, que nous appelons «Visual Cloud» et «Laputa». Dans le Visual Cloud, nous définissons formellement une notion de similitude entre les concepts et les groupes de concepts que nous nommons possibilité de co-occurrence (CP). Conformément à cette définition, nous proposons un algorithme de classification hiérarchique. Nous regroupons les couches dans le réseau multiplexe de documents, et intégrons cette hiérarchie dans un nuage de mots interactif. Nous améliorons les algorithmes traditionnels de disposition de mise en forme de nuages de mots de sorte à préserver les contraintes sur la hiérarchie de concepts. Le système Laputa est destiné à l’analyse complexe de réseaux temporels denses et multidimensionnels. Pour ce faire, il associe un graphe à une segmentation. La segmentation par communauté, par attribut, ou encore par tranche temporelle, forme des vues de ce graphe. Afin d’associer ces vues avec le tout global, nous utilisons des diagrammes de Sankey pour révéler l’évolution des communautés (diagrammes que nous avons augmentés avec un zoom sémantique). Cette thèse nous permet ainsi de parcourir trois aspects (3V) des plus intéressants de la donnée et du BigData appliqués aux archives multimédia: Le Volume de nos données dans l’immensité des archives, nous atteignons des ordres de grandeurs qui ne sont pas praticables pour la visualisation et l’exploitation des liens. La Vélocité à cause de la nature temporelle de nos données (par définition). La Variété qui est un corollaire de la richesse des données multimédia et de tout ce que l’on peut souhaiter vouloir y investiguer. Ce que l’on peut retenir de cette thèse c’est que la traduction de ces trois défis a pris dans tous les cas une réponse sous la forme d’une analyse de réseaux multiplexes. Nous retrouvons toujours ces structures au coeur de notre travail, que ce soit de manière plus discrète dans les critères pour filtrer les arêtes par l’algorithme Simmelian backbone, que ce soit par la superposition de tranches temporelles, ou bien que ce soit beaucoup plus directement dans la combinaison d’indices sémantiques visuels et textuels pour laquelle nous extrayons les hiérarchies permettant notre visualisation. / Nowadays, information follows complex paths: information propagation involving on-line editors, 24-hour news providers and social medias following entangled paths acting on information content and perception. This thesis studies the adaptation of classical graph measurements to multiplex graphs, to build visualizations from several graphical representations of the networks, and to combine them (synchronized multi-view visualizations, hybrid representations, etc.). Emphasis is placed on the modes of interaction allowing to take in hand the multiplex nature (multilayer) of the networks. These representations and interactive manipulations are also based on the calculation of indicators specific to multiplex networks. The work is based on two main datasets: one is a 12-year archive of the Japanese public daily broadcast NHK News 7, from 2001 to 2013. Another lists the participants in the French TV/radio shows between 2010 and 2015. Two visualization systems based on a Web interface have been developed for multiplex network analysis, which we call "Visual Cloud" and "Laputa". In the Visual Cloud, we formally define a notion of similarity between concepts and groups of concepts that we call co-occurrence possibility (CP). According to this definition, we propose a hierarchical classification algorithm. We aggregate the layers in a multiplex network of documents, and integrate that hierarchy into an interactive word cloud. Here we improve the traditional word cloud layout algorithms so as to preserve the constraints on the concept hierarchy. The Laputa system is intended for the complex analysis of dense and multidimensional temporal networks. To do this, it associates a graph with a segmentation. The segmentation by communities, by attributes, or by time slices, forms views of this graph. In order to associate these views with the global whole, we use Sankey diagrams to reveal the evolution of the communities (diagrams that we have increased with a semantic zoom). This thesis allows us to browse three aspects of the most interesting aspects of the data miming and BigData applied to multimedia archives: The Volume since our archives are immense and reach orders of magnitude that are usually not practicable for the visualization; Velocity, because of the temporal nature of our data (by definition). The Variety that is a corollary of the richness of multimedia data and of all that one may wish to want to investigate. What we can retain from this thesis is that we met each of these three challenges by taking an answer in the form of a multiplex network analysis. These structures are always at the heart of our work, whether in the criteria for filtering edges using the Simmelian backbone algorithm, or in the superposition of time slices in the complex networks, or much more directly in the combinations of visual and textual semantic indices for which we extract hierarchies allowing our visualization.

La connaissance de la diversité génétique de R. solanacearum autant que la connaissance du déterminisme génétique de la résistance sont importantes pour établir une stratégie de lutte contre cette bactérie ubiquiste. Elles permettent de choisir et d'orienter des méthodes de lutte et le développement d'outils de contrôle de quarantaine adaptés. Dans un contexte scientifique de plus en plus tourné en génétique par l'approche plante modèle et dans lequel les Solanacées occupent la place de plante pionnière d'une part, et d'autre part par l'émergence de contournement des résistances liées à la grande diversité génotypique et phénotypique de R. solanacearum (au point où on parle ici de complexe d'espèce), l'objectif de cette thèse est de contribuer à établir les bases d'un programme d'amélioration des Solanacées contre cette phytobactériose majeure au Cameroun. En recourant à une approche moléculaire, notamment la méthode de caractérisation phylophasique qui décrit la diversité génétique des souches de R. solanacearum en quatre phylotypes et séquevars, nous avons révélé l'existence de trois phylotypes dans ce pays d'Afrique dont la diversité agro-climatique lui vaut le surnom d'" Afrique en miniature ". Ces phylotopes sont le I (Asiaticum), II (Americanum) et III (Africanum). Les souches du phylotype III du Cameroun se sont révélées génétiquement distinctes des souches africaines de référence originaires du Zimbabwe et de l'Océan Indien. Les souches isolées sur pomme de terre dans les hauts plateaux de l'Ouest du Cameroun se classent dans les deux phylotypes, à savoir le II (r3-bv2) et le III. Ces souches du phylotype II et III des hauts plateaux de l'Ouest infectent aussi bien la pomme de terre que la tomate, et pourraient constituer une menace économique pour ces cultures dans cette région. Dans cette étude, les souches du phylotype I émergent en zone forestière humide comme une contrainte majeure à la culture des Solanacées. Ce constat a orienté le choix d'une souche de ce phylotype (CMR143) dans les travaux de la cartographie génétique de la résistance chez le piment. Pour ce faire, deux géniteurs de résistance différents CM334 et PM687 ont été considérés. Ces études génétiques ont montré une forte héritabilité de la résistance au flétrissement bactérien chez le piment. La détection de QTL par analyse de variance (ANOVA), par cartographie d'intervalle, simple (SIM) et composite (CIM), ont révélé l'existence de 3 à 6 QTLs et d'interactions digéniques dans le contrôle de la résistance du piment au flétrissement bactérien. Ces résultats confirment le caractère oligogénique de la résistance du piment au flétrissement bactérien. En mettant ensemble ces QTLs et ces interactions digéniques, 47 à 64 % de la variance phénotypique sont expliqués selon le caractère de résistance considéré. Par ailleurs, il est montré que la résistance du piment au flétrissement bactérien est fortement associée à la limitation de l'envahissement de la tige par la bactérie. De plus, cette étude a mis en évidence le caractère phylotype-spécifique de la résistance, car seulement 33% de facteurs génétiques contribuent au contrôle du flétrissement bactérien lors de tests avec le phylotype 2. La localisation de ces derniers permet de conclure en validant partiellement l'hypothèse de synténie entre la tomate et le piment.

Cette étude prend pour objet les salles de cinéma et la relation des spectateurs avec elles. Pour pouvoir embrasser toutes les facettes de la salle de cinéma à l’ère de la multiplication des écrans, le travail s’insère pleinement dans une perspective socio-économique qui articule méthodes quantitatives et qualitatives et s’organise en trois grandes parties. La première décrit les lignes générales de l’expérience cinématographique avec ses écrans et ses sites, la deuxième aborde directement le contexte du paysage cinématographique en Turquie, et la troisième partie s’attache à décrire la place des spectateurs dans ce contexte particulier. Il essaye de construire, à la manière d’un puzzle, le portrait du spectateur-type en Turquie, tout en espérant que ce portrait sera révélateur pour comprendre le spectateur actuel. Les observations par immersion faites dans le cadre de cette étude témoignent de l’existence d’une ligne commune qui traverse tous les types de salles, que ce soit des multiplexes, des salles de quartier ou des espaces de visionnement alternatifs, et de la continuation de l’expérience en salle à domicile. / The object of this research is the movie theaters and the relationship of the audience with them. To embrace all aspects of the movie theaters in the era of proliferation of screens, the study which follows up a socio-economic perspective articulating quantitative and qualitative methods is organized into three parts. The first part describes the general lines of the cinematic experience with its screens and sites, the second directly addresses the context of the film industry in Turkey, and the third sets out to analyze the place of the movie spectators in this particular context. It thus tries to build up like a jigsaw puzzle, a portrait of the typical spectator in Turkey, hoping that this portrait would be relevant to understand today’s audience. The field observations made within the framework of this study demonstrate the existence of a common line cutting across all types of movie theaters, whether it be multiplexes, neighborhood cinemas or alternative screening areas, and illustrate the continuation of the theater experience at home.

La détection d’antigènes à large échelle s’avère être un enjeu majeur dans le secteur de la production alimentaire. Le défi persistant encore à ce jour est la détection spécifique et quantitative des protéines allergènes dans les produits commercialisés, comestibles, cosmétiques ou autres. La technique la plus répandue en industrie pour la détection de matériel biologique spécifique est le test enzyme-linked immunosorbent Assay (ELISA). ELISA permet un dosage de diverses protéines au sein d’un échantillon, mais ne détecte qu’un seul antigène à la fois, ce qui est couteux et peu efficace. La hausse des réactions allergiques notées chez la population de divers pays demande à ce qu’une technique plus efficace et moins couteuse soit développée. Dans le cadre de ce mémoire, une méthode alternative au test ELISA pour la détection d’allergènes de noix sera présentée. Cette nouvelle méthode appelée RIISA (Raman imaging immunosorbent assay), fait intervenir les propriétés de diffusion Raman de nanostructures de carbone, tel que les nanotubes et les nanocornes de carbone, pour les adapter comme sonde optique. L’objectif de ce travail est d’adapter cette méthode pour la détection triplex, permettant la reconnaissance RIISA entre trois couples d’antigène-anticorps, soit d’amande, de cachou et de noisette. Les sondes sont fonctionnalisées d’anticorps permettant la reconnaissance avec la protéine et comportent aussi un colorant encapsulé dans la cavité interne, ce qui permet la différenciation des couples. Le système de détection est couplé à l’imagerie Raman pour permettre une sensibilité plus aigüe du système. Un phénomène de réaction croisée entre les anticorps et les antigènes empêche toutefois de réaliser une détection en triplex. La preuve de concept sera donc démontrée en utilisant les trois monoplexes, et ce, avec divers colorants mettant en évidence la polyvalence du système de détection présenté. / Large scale antigen detection is a major issue in the food production sector. The challenge that still persists nowadays is the specific and quantitative detection of allergenic protein products on the market, whether edible, cosmetic or otherwise. The most widely used technique in the industry for the specific biological detection of allergens is the Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). This assay detects various proteins in a simple sample. The ELISA test can detect only one allergen at a time and its quantitative detection is limited. In addition, the increase in allergic reactions observed in the population of various countries require a more efficient and less expensive technique to be developed. As part of this master’s thesis, an alternative method to the ELISA assay to detect nut allergens will be presented. This assay, called Raman imaging immunosorbent assay (RIISA), uses carbon nanostructure based nanoprobes consisting of carbon nanotubes and nanohorns. The objective is to develop a triplex detection system using RIISA, that selectively recognizes between three antigen-antibody pairs, namely almond, cashew, and hazelnut. The dye encapsulated nanoprobes are functionalized with antibodies recognizing the protein and for simultaneously differentiating the couples. The presented detection system is coupled with Raman imaging and allows a more acute sensitivity of the system. However, cross reactions between the antibodies and the antigens prevent the triplex detection. The proof of concept will be demonstrated using the three monoplex couples with various dyes that highlight the versatility of the developed system.

Les travaux présentés dans cette thèse font suite à celle de Melle LE GOFF. Ils se concentrent sur la technologie HIFI brevetée et développée pendant ses travaux. Une première partie du travail présenté dans ce manuscrit concerne le test HIFI Blood 96™ et plus particulièrement les améliorations et les évolutions apportées au test afin d'en faire un véritable outil de génotypage, multiparamétrique et haut-débit pouvant être installé dans les banques de sang dans le but de constituer des inventaires de sang génotypé de façon étendue, participant ainsi à améliorer la sécurité transfusionnelle. Il permet de caractériser 96 échantillons sur 15 polymorphismes (divisés en deux panels) associés aux groupes sanguins en approximativement 4h30. Cette plateforme a fait l'objet d'une étude de validation à moyenne échelle sur 583 donneurs pour le panel 1 et 190 donneurs pour le panel 2. La deuxième partie des travaux décrit l'adaptation de la technologie HIFI appliquée au diagnostic des pathologies respiratoires, avec le développement d'une autre plateforme, ReSynPlex, en partenariat avec 3 équipes de recherche de Grenoble / The work reported in this thesis follows the one undertaken by Ms LE GOFF. It is focused on HIFI technology, which is patented and developed during her thesis. The first part of this work concerns the HIFI Blood 96™ test, and particularly the improvements and developments adduced to the test to make it a real diagnostic tool, multiparametric and high-throughput which can be implemented in blood banks in order to constitute negative antigen inventories, thus contributing to improve blood safety. It allows to characterize 96 samples on 15 polymorphisms (divided in two panels) associated to blood group systems in approximately 4.5 hours. A mesoscale validation study has been conducted on 583 samples for panel 1 and 190 samples for panel 2. The second part of this work describes the adaptation of HIFI technology applied to diagnosis of respiratory tract infections, with the development of another platform, ReSynPlex, in partnership with 3 research teams in Grenoble