La connaissance détaillée et le suivi de la végétation urbaine représentent un enjeu important, tant pour les scientifiques qui étudient les relations paysage-écosystème, que pour les gestionnaires qui sont chargés de l'entretien et de la gestion de la végétation. Le principal objectif de cette thèse est d'évaluer l'intérêt des images à THRS pour cartographier la végétation en ville. Plus précisément, elle vise à évaluer le potentiel des images THRS sur trois composantes : la résolution spatiale, la résolution spectrale et l'altimétrie. Pour cela, nous avons traité plusieurs types de données optiques THRS acquises sur la Ville de Rennes et le Site des Prairies Saint-Martin : des images 2D multispectrales et superspectrales, des images multispectrales 2,5D et des données 3D acquises par un LiDAR bi-spectral. Dans un premier temps, nous avons évalué l'intérêt d'utiliser des images THRS 2D multispectrales pour identifier et caractériser la végétation et des images THRS super spectrales afin d'identifier les espèces végétales. Dans un second temps, nous avons évalué l'apport de données multispectrales THRS 2,5D et 3D pour cartographier les formes de végétation en milieu urbain en utilisant des variables spectrales, contextuelles et de hauteur. Dans un troisième temps, avons cherché à évaluer l'impact, de l'intégration des informations sur la végétation dérivées de données de télédétection THRS dans deux modèles environnementaux, un permettant d'étudier la relation paysage-biodiversité, l'autre la relation paysage- îlot de chaleur urbain / Abstract: Detailed knowledge and monitoring of urban vegetation is an important issue, both for scientists studying landscape-ecosystems relationships, and for the managers who are in charge of the vegetation management. The main objective of this thesis is to evaluate the interest of THRS images to map urban vegetation. More specifically, it aims to evaluate the potential of THRS images on three components: spatial resolution, spectral resolution and altimetry. For this purpose, we processed several types of THRS optical data acquired on the City of Rennes and the Prairies Saint-Martin Site: multispectral and superspectral 2D images, 2.5D multispectral images and 3D data acquired with a bi-spectral LiDAR. Firstly, we assessed the interest of using 2D multispectral THRS images to identify and characterize vegetation and superspectral THRS images to discriminate plant species. Secondly, we assessed the contribution of THRS 2.5D and 3D multispectral data to map vegetation patterns in urban areas using spectral, contextual and height variables. Thirdly, we sought to evaluate the impact, of the integration of vegetation information derived from THRS remote sensing data into two environmental models, one to study the landscape-biodiversity relationship, the other to analyze the landscape- urban cool island relationship.

Résumé : La détection des bâtiments dans les images à très haute résolution spatiale (THRS) a plusieurs applications pratiques et représente un domaine de recherche scientifique intensive ces dernières années. Elle fait face à la complexité du milieu urbain et aux spécificités des images provenant des différents capteurs. La performance des méthodes existantes pour l’extraction des bâtiments n’est pas encore suffisante pour qu’elles soient généralisées à grande échelle (différents types de tissus urbains et capteurs). Les opérateurs morphologiques se sont montrés efficaces pour la détection des bâtiments dans les images panchromatiques (images en niveaux de gris) à très haute résolution spectrale (THRS). L’information spectrale issue des images multispectrales est jugée nécessaire pour l’amélioration de leur performance. L’extension des opérateurs morphologiques pour les images multispectrales exige l’adoption d’une stratégie qui permet le traitement des pixels sous forme de vecteurs, dont les composantes sont les valeurs dans les différentes bandes spectrales. Ce travail de recherche vise l’application de la transformation morphologique dite Hit-or-Miss (HMT) à des images multispectrales à THRS, afin de détecter des bâtiments. Pour répondre à la problématique de l’extension des opérateurs morphologiques pour les images multispectrales, nous proposons deux solutions. Comme une première solution nous avons généré des images en niveaux de gris à partir les bandes multispectrales. Dans ces nouvelles images les bâtiments potentiels sont rehaussés par rapport à l’arrière-plan. La HMT en niveaux de gris est alors appliquée à ces images afin de détecter les bâtiments. Pour rehausser les bâtiments nous avons proposé un nouvel indice, que nous avons appelé Spectral Similarity Ratio (SSR). Pour éviter de définir des configurations, des ensembles d’éléments structurants (ES), nécessaires pour l’application de la HMT, au préalable, nous avons utilisé l’érosion et la dilatation floues et poursuivi la réponse des pixels aux différentes valeurs des ES. La méthode est testée sur des extraits d’images représentant des quartiers de type résidentiel. Le taux moyen de reconnaissance obtenu pour les deux capteurs Ikonos et GeoEye est de 85 % et de 80 %, respectivement. Le taux moyen de bonne identification, quant à lui, est de 85 % et 84 % pour les images Ikonos et GeoEye, respectivement. Après certaines améliorations, la méthode a été appliquée sur des larges scènes Ikonos et WorldView-2, couvrant différents tissus urbains. Le taux moyen des bâtiments reconnus est de 82 %. Pour sa part, le taux de bonne identification est de 81 %. Dans la deuxième solution, nous adoptons une stratégie vectorielle pour appliquer la HMT directement sur les images multispectrales. La taille des ES de cette transformation morphologique est définie en utilisant la transformation dite chapeau haut-de-forme par reconstruction. Une étape de post-traitement inclut le filtrage de la végétation par l’indice de la végétation NDVI et la validation de la localisation des bâtiments par l’information d’ombre. La méthode est appliquée sur un espace urbain de type résidentiel. Des extraits d’images provenant des capteurs satellitaires Ikonos, GeoEye et WorldView 2 ont été traités. Le taux des bâtiments reconnus est relativement élevé pour tous les extraits - entre 85 % et 97 %. Le taux de bonne identification démontre des résultats entre 74 % et 88 %. Les résultats obtenus nous permettent de conclure que les objectifs de ce travail de recherche, à savoir, la proposition d’une technique pour l’estimation de la similarité spectrale entre les pixels formant le toit d’un bâtiment, l’intégration de l’information multispectrale dans la HMT dans le but de détecter les bâtiments, et la proposition d’une technique qui permet la définition semi-automatique des configurations bâtiment/voisinage dans les images multispectrales, ont été atteints. // Abstract : Detection of buildings in very high spatial resolution images (THRS) has various practical applications and is recently a subject of intensive scientific research. It faces the complexity of the urban environment and the variety of image characteristics depending on the type of the sensor. The performance of existing building extraction methods is not yet sufficient to be generalized to a large scale (different urban patterns and sensors). Morphological operators have been proven effective for the detection of buildings in panchromatic (greyscale) very high spectral resolution (VHSR) images. The spectral information of multispectral images is jugged efficient to improve the results of the detection. The extension of morphological operators to multispectral images is not straightforward. As pixels of multispectral images are pixels vectors the components of which are the intensity values in the different bands, a strategy to order vectors must be adopted. This research thesis focuses on the application of the morphological transformation called Hit-or-Miss (HMT) on multispectral VHSR images in order to detect buildings. To address the issue of the extension of morphological operators to multispectral images we have proposed two solutions. The first one employs generation of greyscale images from multispectral bands, where potential buildings are enhanced. The grayscale HMT is then applied to these images in order to detect buildings. To enhance potential building locations we have proposed the use of Spectral Similarity Ratio (SSR). To avoid the need to set multiple configurations of structuring elements (SE) necessary for the implementation of the HMT, we have used fuzzy erosion and fuzzy dilation and examined the pixel response to different values of SE. The method has been tested on image subsets taken over residential areas. The average rate of recognition for the two sensors, Ikonos and GeoEye, is 85% and 80%, respectively. The average rate of correct identification is 85% and 84%, for Ikonos and GeoEye subsets, respectively. Having made some improvements, we then applied the method to large scenes from Ikonos and WorldView-2 images covering different urban patterns. The average rate of recognized buildings is 82%. The rate of correct identification is 81%. As a second solution, we have proposed a new vector based strategy which allows the multispectral information to be integrated into the percent occupancy HMT (POHMT). Thus, the POHMT has been directly applied on multispectral images. The parameters for the POHMT have been defined using the morphological transformation dubbed top hat by reconstruction. A post-processing step included filtering the vegetation and validating building locations by proximity to shadow. The method has been applied to urban residential areas. Image subsets from Ikonos, GeoEye and WorldView2 have been processed. The rate of recognized buildings is relatively high for all subsets - between 85% and 97%. The rate of correct identification is between 74 % and 88 %. The results allow us to conclude that the objectives of this research, namely, suggesting a technique for estimating the spectral similarity between the pixels forming the roof of a building, the integration of multispectral information in the HMT in order to detect buildings and the proposition of a semiautomatic technique for the definition of the configurations building/neighbourhood in multispectral images, have been achieved.

R??sum?? : La d??tection des b??timents dans les images ?? tr??s haute r??solution spatiale (THRS) a plusieurs applications pratiques et repr??sente un domaine de recherche scientifique intensive ces derni??res ann??es. Elle fait face ?? la complexit?? du milieu urbain et aux sp??cificit??s des images provenant des diff??rents capteurs. La performance des m??thodes existantes pour l???extraction des b??timents n???est pas encore suffisante pour qu???elles soient g??n??ralis??es ?? grande ??chelle (diff??rents types de tissus urbains et capteurs). Les op??rateurs morphologiques se sont montr??s efficaces pour la d??tection des b??timents dans les images panchromatiques (images en niveaux de gris) ?? tr??s haute r??solution spectrale (THRS). L???information spectrale issue des images multispectrales est jug??e n??cessaire pour l???am??lioration de leur performance. L???extension des op??rateurs morphologiques pour les images multispectrales exige l???adoption d???une strat??gie qui permet le traitement des pixels sous forme de vecteurs, dont les composantes sont les valeurs dans les diff??rentes bandes spectrales. Ce travail de recherche vise l???application de la transformation morphologique dite Hit-or-Miss (HMT) ?? des images multispectrales ?? THRS, afin de d??tecter des b??timents. Pour r??pondre ?? la probl??matique de l???extension des op??rateurs morphologiques pour les images multispectrales, nous proposons deux solutions. Comme une premi??re solution nous avons g??n??r?? des images en niveaux de gris ?? partir les bandes multispectrales. Dans ces nouvelles images les b??timents potentiels sont rehauss??s par rapport ?? l???arri??re-plan. La HMT en niveaux de gris est alors appliqu??e ?? ces images afin de d??tecter les b??timents. Pour rehausser les b??timents nous avons propos?? un nouvel indice, que nous avons appel?? Spectral Similarity Ratio (SSR). Pour ??viter de d??finir des configurations, des ensembles d?????l??ments structurants (ES), n??cessaires pour l???application de la HMT, au pr??alable, nous avons utilis?? l?????rosion et la dilatation floues et poursuivi la r??ponse des pixels aux diff??rentes valeurs des ES. La m??thode est test??e sur des extraits d???images repr??sentant des quartiers de type r??sidentiel. Le taux moyen de reconnaissance obtenu pour les deux capteurs Ikonos et GeoEye est de 85 % et de 80 %, respectivement. Le taux moyen de bonne identification, quant ?? lui, est de 85 % et 84 % pour les images Ikonos et GeoEye, respectivement. Apr??s certaines am??liorations, la m??thode a ??t?? appliqu??e sur des larges sc??nes Ikonos et WorldView-2, couvrant diff??rents tissus urbains. Le taux moyen des b??timents reconnus est de 82 %. Pour sa part, le taux de bonne identification est de 81 %. Dans la deuxi??me solution, nous adoptons une strat??gie vectorielle pour appliquer la HMT directement sur les images multispectrales. La taille des ES de cette transformation morphologique est d??finie en utilisant la transformation dite chapeau haut-de-forme par reconstruction. Une ??tape de post-traitement inclut le filtrage de la v??g??tation par l???indice de la v??g??tation NDVI et la validation de la localisation des b??timents par l???information d???ombre. La m??thode est appliqu??e sur un espace urbain de type r??sidentiel. Des extraits d???images provenant des capteurs satellitaires Ikonos, GeoEye et WorldView 2 ont ??t?? trait??s. Le taux des b??timents reconnus est relativement ??lev?? pour tous les extraits - entre 85 % et 97 %. Le taux de bonne identification d??montre des r??sultats entre 74 % et 88 %. Les r??sultats obtenus nous permettent de conclure que les objectifs de ce travail de recherche, ?? savoir, la proposition d???une technique pour l???estimation de la similarit?? spectrale entre les pixels formant le toit d???un b??timent, l???int??gration de l???information multispectrale dans la HMT dans le but de d??tecter les b??timents, et la proposition d???une technique qui permet la d??finition semi-automatique des configurations b??timent/voisinage dans les images multispectrales, ont ??t?? atteints. // Abstract : Detection of buildings in very high spatial resolution images (THRS) has various practical applications and is recently a subject of intensive scientific research. It faces the complexity of the urban environment and the variety of image characteristics depending on the type of the sensor. The performance of existing building extraction methods is not yet sufficient to be generalized to a large scale (different urban patterns and sensors). Morphological operators have been proven effective for the detection of buildings in panchromatic (greyscale) very high spectral resolution (VHSR) images. The spectral information of multispectral images is jugged efficient to improve the results of the detection. The extension of morphological operators to multispectral images is not straightforward. As pixels of multispectral images are pixels vectors the components of which are the intensity values in the different bands, a strategy to order vectors must be adopted. This research thesis focuses on the application of the morphological transformation called Hit-or-Miss (HMT) on multispectral VHSR images in order to detect buildings. To address the issue of the extension of morphological operators to multispectral images we have proposed two solutions. The first one employs generation of greyscale images from multispectral bands, where potential buildings are enhanced. The grayscale HMT is then applied to these images in order to detect buildings. To enhance potential building locations we have proposed the use of Spectral Similarity Ratio (SSR). To avoid the need to set multiple configurations of structuring elements (SE) necessary for the implementation of the HMT, we have used fuzzy erosion and fuzzy dilation and examined the pixel response to different values of SE. The method has been tested on image subsets taken over residential areas. The average rate of recognition for the two sensors, Ikonos and GeoEye, is 85% and 80%, respectively. The average rate of correct identification is 85% and 84%, for Ikonos and GeoEye subsets, respectively. Having made some improvements, we then applied the method to large scenes from Ikonos and WorldView-2 images covering different urban patterns. The average rate of recognized buildings is 82%. The rate of correct identification is 81%. As a second solution, we have proposed a new vector based strategy which allows the multispectral information to be integrated into the percent occupancy HMT (POHMT). Thus, the POHMT has been directly applied on multispectral images. The parameters for the POHMT have been defined using the morphological transformation dubbed top hat by reconstruction. A post-processing step included filtering the vegetation and validating building locations by proximity to shadow. The method has been applied to urban residential areas. Image subsets from Ikonos, GeoEye and WorldView2 have been processed. The rate of recognized buildings is relatively high for all subsets - between 85% and 97%. The rate of correct identification is between 74 % and 88 %. The results allow us to conclude that the objectives of this research, namely, suggesting a technique for estimating the spectral similarity between the pixels forming the roof of a building, the integration of multispectral information in the HMT in order to detect buildings and the proposition of a semiautomatic technique for the definition of the configurations building/neighbourhood in multispectral images, have been achieved.

En imagerie couleur, un système d’acquisition capture une scène avec une haute résolution spatiale mais une résolution spectrale limitée. L’imagerie hyperspectrale permet d’acquérir la scène avec une grande résolution spectrale. Un système d’acquisition hyperspectrale est un ensemble complexe et il est difficile de l’utiliser pour acquérir des données dans une situation où les conditions d’imageries ne sont pas contrôlées. De plus, ces systèmes sont chers et souvent encombrants ou difficiles à manipuler. À cause de ces problèmes, l’utilisation de l’imagerie hyperspectrale n’a pas encore été beaucoup utilisée en vision assistée par ordinateur, et la plupart des systèmes de vision utilise l’imagerie couleur.L’imagerie multispectrale propose une solution intermédiaire, elle permet de capturer une information moins résolue selon la dimension spectrale, comparée à l’hyperspectrale, tout en préservant la résolution spatiale. Ces systèmes sont moins encombrants et moins difficiles à maitriser grâce aux récentes avancées technologiques, et arrivent sur le marché en tant que produits commerciaux. On peut citer les matrices de filtres spectraux (spectral filter arrays) qui permettent l’acquisition en temps réel d’images multispectrales grâce à l’utilisation d’unecaméra de complexité similaire à une caméra couleur. Jusqu’ici, les informations capturées par ces systèmes étaient considérées de la même manière que les imageurs hyperspectraux en champ proche, c’est à dire que pour utiliser l’information au mieux, les conditions d’acquisitions devaient être connues et le système calibré, en particulier pour l’éclairage de la scène et la dynamique de la scène.Afin d’élargir l’utilisation de l’imagerie multispectrale pour la vision par ordinateur dans des conditions générales, je propose dans cette thèse de développer les méthodes calculatoires en imagerie couleur (computational color imaging) et de les adapter aux systèmes d’imagerie multispectraux. Une caractéristique très puissante de l’imagerie couleur est de proposer un rendu constant des couleurs de la surface d’un objet à travers différentes conditions d’acquisition via l’utilisation d’algorithmes et divers traitements de l’information.Dans cette thèse, j’étends la notion de constance des couleurs et de balance des blancs de l’imagerie couleur à l’imagerie multispectrale. J’introduis le terme de constance de l’information spectrale (multispectral constancy).Je propose la construction d’un ensemble d’outils permettant la représentation constante de l’information spectrale à travers le changement d’éclairage. La validité de ces outils est évaluée à travers la reconstruction de la réflectance spectrale des objets lorsque l’éclairage change. Nous avons également acquis de nouvelles images hyperspectrales et multispectrales mises à disposition de la communauté.Ces outils et données permettront de favoriser la généralisation de l’utilisation de l’imagerie multispectrale en champ proche dans les applications classiques utilisant traditionnellement l’imagerie couleur et de sortir ce mode d’imagerie des laboratoires. L’avantage en vision par ordinateur est une meilleure analyse de la réflectance de la surface des objets et donc un avantage certain dans les tâches de classification et d’identification de matériaux. / A conventional color imaging system provides high resolution spatial information and low resolution spectral data. In contrast, a multispectral imaging system is able to provide both the spectral and spatial information of a scene in high resolution. A multispectral imaging system is complex and it is not easy to use it as a hand held device for acquisition of data in uncontrolled conditions. The use of multispectral imaging for computer vision applications has started recently but is not very efficient due to these limitations. Therefore, most of the computer vision systems still rely on traditional color imaging and the potential of multispectral imaging for these applications has yet to be explored.With the advancement in sensor technology, hand held multispectral imaging systems are coming in market. One such example is the snapshot multispectral filter array camera. So far, data acquisition from multispectral imaging systems require specific imaging conditions and their use is limited to a few applications including remote sensing and indoor systems. Knowledge of scene illumination during multispectral image acquisition is one of the important conditions. In color imaging, computational color constancy deals with this condition while the lack of such a framework for multispectral imaging is one of the major limitation in enabling the use of multispectral cameras in uncontrolled imaging environments.In this work, we extend some methods of computational color imaging and apply them to the multispectral imaging systems. A major advantage of color imaging is the ability of providing consistent color of objects and surfaces across varying imaging conditions. In this work, we extend the concept of color constancy and white balancing from color to multispectral images, and introduce the term multispectral constancy.The validity of proposed framework for consistent representation of multispectral images is demonstrated through spectral reconstruction of material surfaces from the acquired images. We have also presented a new hyperspectral reflectance images dataset in this work. The framework of multispectral constancy will make it one step closer for the use of multispectral imaging in computer vision applications, where the spectral information, as well as the spatial information of a surface will be able to provide distinctive useful features for material identification and classification tasks.

La sécurité est un problème important dans la transmission et le stockage de l'image, tandis que le cryptage est un moyen d'assurer la sécurité qui est requise dans de nombreuses applications (télévision par câble, la communication d'images militaires, systèmes d'imagerie confidentielle, etc.). Toutefois, à l'instar du message texte, les données images présentent des caractéristiques spéciales telles que la haute capacité, la redondance et la haute corrélation entre les pixels, et nécessite souvent une transmission et des traitements temps réel pour certaines applications. Construire un système rapide et efficace de cryptographie d'images suscite un intérêt considérable. C'est dans ce contexte qu’ont été menés ces travaux thèse qui portent sur l’élaboration d’un corrélateur optique en termes de cryptage/décryptage des données pour son implémentation dans un montage optique innovant. L’objectif de ces travaux est de réaliser un système optique de chiffrement sur la base d'exploitation de transformation optique et de générateurs chaotiques. L'idée originale des travaux consiste à exploiter la non-linéarité des systèmes chaotiques comme clés de chiffrement pour les systèmes optiques de chiffrement d'images multispectrales. Dans ces travaux de thèse, nous avons proposés et évalués plusieurs chiffrements d'images à base d’un système hyperchaotique et de transformées optiques (gyrator, Fourier, Baker , Arnold et Gerchberg- Saxton) à partir d’un processus de cryptage reposant sur une décomposition composants RVB et un encodage dans un flux dimensionnel d’images couleurs. L'originalité des solutions de chiffrement adoptée reposent sur l'exploitation de signaux réellement aléatoires à travers la mise en œuvre de générateurs hyperchaotiques pour la génération de données aléatoires sous forme images comme base de matrices de clés de chiffrement. En effet, ces générateurs présentent des propriétés et des caractéristiques fondamentales en termes de cryptage car il présente une non-linéarité, une imprédictibilité et une extrême sensibilité aux conditions initiales les rendant très intéressantes pour le développement de clés de chiffrement par flot. L’algorithme mis en œuvre permet d'extraire en temps réel les caractéristiques de texture dans les différentes bandes spectrales d'images en vue d’évaluer et de détecter les teneurs potentielles en information et dont les transmissions doivent être sécurisée via une transmission optique / Optical information security is one of the most important research directions in information science and technology, especially in the field of copyright protection, confidential information transmission/storage and military remote sensing. Since double random phase encoding technology (DRPE) was proposed, optical image encryption technology has become the main topic of optical information security and it has been developed and studied deeply. Optical encryption techniques offer the possibility of high-speed parallel processing of two dimension image data and hiding information in many different dimensions. In this context, much significant research and investigation on optical image encryption have been presented based on DRPE or further optical operation, such as digital holography, Fresnel transform, gyrator transform. Simultaneously, the encrypted image has been extended from single gray image to double image, color image and multi-image. However, the hyperspectral image, as a significant element in military and commercial remote sensing, has not been deeply researched in optical encryption area until now. This work extends the optical encryption technology from color image to hyperspectral image. For better comprehension of hyperspectral image encryption, this work begins with the introduction and analysis of the characteristics of hyperspectral cube. Subsequently, several kinds of encryption schemes for color image, including symmetric and asymmetric cryptosystem, are presented individually. Furthermore, the optical encryption algorithms for hyperspectral cube are designed for securing both the spatial and spectral information simultaneously. Some numerical simulations are given to validate the performance of the proposed encryption schemes. The corresponding attack experiment results demonstrate the capability and robustness of the approaches designed in this work. The research in this dissertation provides reference for the further practicality of hyperspectral image encryption

Le développement de méthodes de la détection en temps réel de cellules anormales (pouvant être considérées comme des cellules cancéreuses) par captures et traitements bio-images sont des axes de recherche importants dans le domaine biomédical car cela contribue à diagnostiquer un cancer. C’est dans ce contexte que se situe ces travaux de thèse. Plus précisément, les travaux présentés dans ce manuscrit, se focalise sur le développement de procédures de lecture, de détection et de classification automatiques de bio-images de cellules anormales considérées comme des cellules cancéreuses. Par conséquent, une première étape du travail à consister à déterminer une solution de détection, à partir d’images microscopiques multispectrales permettant une répétitivité d’images sur une gamme de longueurs d'ondes de certains types de bio-images anormales associées à différents stades ou évolutions de cellules cancéreuses. L’approche développée dans ces travaux repose sur l’exploitation d’une nouvelle méthode de segmentation basée sur l'intensité de la couleur et pouvant être appliquée sur des séquences d'objets dans une image en reformant de manière adaptative et itérative la localisation et la couverture de contours réels de cellules. Cette étape préalable de segmentation est primordiale et permet une classification des tissus anormaux en utilisant la méthode de réseau de neurones à convolution (CNN) appliqué sur les images microscopiques segmenté de type snake. L’approche permet d’obtenir de bas résultats comparativement à une approche basée sur d’autres méthodes de segmentation de la littérature. En effet, cette méthode de classification atteint des valeurs de performance de 100% pour la phase d’apprentissage et de 99.168 % pour les phases de test. Cette méthode est comparée à différents travaux antérieurs et basée sur différentes fonctionnalités d'extraction, et a prouvé son efficacité par rapport à ces autres méthodes. En terme de perspectives, les travaux futurs visent à valider notre approche sur des ensembles de données plus larges, et à explorer différentes architectures CNN selon différents critères d’optimisation / Development of methods for help diagnosis of the real time detection of abnormal cells (which can be considered as cancer cells) through bio-image processing and detection are most important research directions in information science and technology. Our work has been concerned by developing automatic reading procedures of the normal and abnormal bio-images tissues. Therefore, the first step of our work is to detect a certain type of abnormal bio-images associated to many types evolution of cancer within a Microscopic multispectral image, which is an image, repeated in many wavelengths. And using a new segmentation method that reforms itself in an iterative adaptive way to localize and cover the real cell contour, using some segmentation techniques. It is based on color intensity and can be applied on sequences of objects in the image. This work presents a classification of the abnormal tissues using the Convolution neural network (CNN), where it was applied on the microscopic images segmented using the snake method, which gives a high performance result with respect to the other segmentation methods. This classification method reaches high performance values, where it reaches 100% for training and 99.168% for testing. This method was compared to different papers that uses different feature extraction, and proved its high performance with respect to other methods. As a future work, we will aim to validate our approach on a larger datasets, and to explore different CNN architectures and the optimization of the hyper-parameters, in order to increase its performance, and it will be applied to relevant medical imaging tasks including computer-aided diagnosis

Les images de télédétection sont des images de la surface de la Terre acquises par des satellites ou des avions. Ces images sont de plus en plus disponibles et leur technologies évoluent rapidement. On peut observer une amélioration des capteurs existants, mais de nouveaux types de capteurs ont également vu le jour et ont montré des propriétés intéressantes pour le traitement d'images. Ainsi, les images multispectrales et radar sont devenues très classiques.La disponibilité de différents capteurs est très intéressante car elle permet de capturer une grande variété de propriétés des objets. Ces propriétés peuvent être exploitées pour extraire des informations plus riches sur les objets. Une des applications majeures de la télédétection est la détection de changements entre des images multi-temporelles (images de la même scène acquise à des instants différents). Détecter des changements entre des images acquises par des capteurs homogènes est un problème classique. Mais le problème de la détection de changements entre images acquises par des capteurs hétérogènes est un problème beaucoup plus difficile.Avoir des méthodes de détection de changements adaptées aux images issues de capteurs hétérogènes est nécessaire pour le traitement de catastrophes naturelles. Des bases de données constituées d'images optiques sont disponible, mais il est nécessaire d'avoir de bonnes conditions climatiques pour les acquérir. En revanche, les images radar sont accessibles rapidement quelles que soient les conditions climatiques et peuvent même être acquises de nuit. Ainsi, détecter des changements entre des images optiques et radar est un problème d'un grand intérêt en télédétection.L'intérêt de cette thèse est d'étudier des méthodes statistiques de détention de changements adaptés aux images issues de capteurs hétérogènes.Chapitre 1 rappelle ce qu'on entend par une image de télédétection et résume rapidement quelques méthodes de détection de changements disponibles dans la littérature. Les motivations à développer des méthodes de détection de changements adaptées aux images hétérogènes et les difficultés associiées sont présentés.Chapitre 2 étudie les propriétés statistiques des images en l'absence de changements. Un modèle de mélange de lois adapté aux ces images est introduit. La performance des méthodes classiques de détection de changements est également étudiée. Dans plusieurs cas, ce modèle permet d'expliquer certains défauts de certaines méthodes de la literature.Chapitre 3 étudie les propriétés des paramètres du modèle introduit au chapitre 2 en faisant l'hypothèse qu'ils appartiennent à une variété en l'absence de changements. Cette hypothèse est utilisée pour définir une mesure de similarité qui permet d'éviter les défauts des approches statistiques classiques. Une méthode permettant d'estimer cette mesure de similarité est présentée. Enfin, la stratégie de détection de changements basée sur cette mesure est validée à l'aide d'images synthétiques.Chapitre 4 étudie un algorithme Bayésien non-paramétrique (BNP) qui permet d'améliorer l'estimation de la variété introduite au chapitre 3, qui est basé sur un processus de restaurant Chinois (CRP) et un champs de Markov qui exploite la corrélation spatiale entre des pixels voisins de l'image. Une nouvelle loi a priori de Jeffrey pour le paramètre de concentration de ce CRP est définit. L'estimation des paramètres de ce nouveau modèle est effectuée à l'aide d'un échantillonneur de Gibbs de type "collapsed Gibbs sampler". La stratégie de détection de changement issue de ce modèle non-paramétrique est validée à l'aide d'images synthétiques.Le dernier chapitre est destiné à la validation des algorithmes de détection de changements développés sur des jeux d'images réelles montrant des résultats encourageant pour tous les cas d'étude. Le modèle BNP permet d'obtenir de meilleurs performances que le modèle paramétrique, mais ceci se fait au prix d'une complexité calculatoire plus importante. / Remote sensing images are images of the Earth surface acquired from satellites or air-borne equipment. These images are becoming widely available nowadays and its sensor technology is evolving fast. Classical sensors are improving in terms of resolution and noise level, while new kinds of sensors are proving to be useful. Multispectral image sensors are standard nowadays and synthetic aperture radar (SAR) images are very popular.The availability of different kind of sensors is very advantageous since it allows us to capture a wide variety of properties of the objects contained in a scene. These properties can be exploited to extract richer information about these objects. One of the main applications of remote sensing images is the detection of changes in multitemporal datasets (images of the same area acquired at different times). Change detection for images acquired by homogeneous sensors has been of interest for a long time. However the wide range of different sensors found in remote sensing makes the detection of changes in images acquired by heterogeneous sensors an interesting challenge.Accurate change detectors adapted to heterogeneous sensors are needed for the management of natural disasters. Databases of optical images are readily available for an extensive catalog of locations, but, good climate conditions and daylight are required to capture them. On the other hand, SAR images can be quickly captured, regardless of the weather conditions or the daytime. For these reasons, optical and SAR images are of specific interest for tracking natural disasters, by detecting the changes before and after the event.The main interest of this thesis is to study statistical approaches to detect changes in images acquired by heterogeneous sensors. Chapter 1 presents an introduction to remote sensing images. It also briefly reviews the different change detection methods proposed in the literature. Additionally, this chapter presents the motivation to detect changes between heterogeneous sensors and its difficulties.Chapter 2 studies the statistical properties of co-registered images in the absence of change, in particular for optical and SAR images. In this chapter a finite mixture model is proposed to describe the statistics of these images. The performance of classical statistical change detection methods is also studied by taking into account the proposed statistical model. In several situations it is found that these classical methods fail for change detection.Chapter 3 studies the properties of the parameters associated with the proposed statistical mixture model. We assume that the model parameters belong to a manifold in the absence of change, which is then used to construct a new similarity measure overcoming the limitations of classic statistical approaches. Furthermore, an approach to estimate the proposed similarity measure is described. Finally, the proposed change detection strategy is validated on synthetic images and compared with previous strategies.Chapter 4 studies Bayesian non parametric algorithm to improve the estimation of the proposed similarity measure. This algorithm is based on a Chinese restaurant process and a Markov random field taking advantage of the spatial correlations between adjacent pixels of the image. This chapter also defines a new Jeffreys prior for the concentration parameter of this Chinese restaurant process. The estimation of the different model parameters is conducted using a collapsed Gibbs sampler. The proposed strategy is validated on synthetic images and compared with the previously proposed strategy. Finally, Chapter 5 is dedicated to the validation of the proposed change detection framework on real datasets, where encouraging results are obtained in all cases. Including the Bayesian non parametric model into the change detection strategy improves change detection performance at the expenses of an increased computational cost.

Le développement de nouveaux capteurs multispectraux en imagerie astronomique permet l'acquisition de données d'une grande richesse. Néanmoins, la classification d'images multidimensionnelles se heurte souvent au phénomène de Hughes : l'augmentation de la dimensionnalité s'accompagne d'un accroissement du nombre de paramètres du modèle et donc inévitablement une baisse de précision de leur estimation entrainant une dégradation de la qualité de la segmentation. Il est donc impératif d'écarter l'information redondante afin de réaliser des opérations de segmentation ou de classification robustes. Dans le cadre de cette thèse, nous avons propose deux méthodes de réduction de la dimensionnalité pour des images multispectrales : 1) le regroupement de bandes suivis de projections locales ; 2) la réduction des cubes radio par un modèle de mélange de gaussiennes. Nous avons également propose un schéma de réduction/segmentation jointe base sur la régularisation du mélange d'analyseurs en composantes principales probabilistes (MACPP). En se qui concerne la tâche de segmentation, nous avons choisie une approche bayésienne s'appuyant sur des modèles hiérarchiques récents a base d'arbres de Markov cache et couple. Ces modèles permettent en effet un calcul rapide et exact des probabilités a posteriori. Pour le terme d'attache aux données, nous avons utilisée la loi gaussienne multidimensionnelle classique, la loi gaussienne généralisée multidimensionnelles formulée grâce à la théorie des copules et la vraisemblance par rapport au modèle de l'ACP probabiliste (dans le cadre de la MACPP régularisée). L'apport majeur de ce travail consiste donc a proposer différents modèles markoviens hiérarchiques de segmentation adaptés aux données multidimensionnelles multirésolutions. Leur exploitation pour des données issues d'une analyse par ondelettes adaptée au contexte astronomique nous a permis de développer des techniques de débruitage et de fusion d'images astronomiques multispectrales nouvelles. Tous les algorithmes sont non supervises et ont été valides sur des images synthétiques et réelles.

La gradation de lames de biopsie fournit des informations pronostiques essentielles pour le diagnostic et le traitement. La détection et le comptage manuel des mitoses est un travail fastidieux, sujet à des variations inter-et intra- observateur considérables. L'objectif principal de cette thèse de doctorat est le développement d'un système capable de fournir une détection des mitoses sur des images provenant de différents types de scanners rapides automatiques, ainsi que d'un microscope multispectral. L'évaluation des différents systèmes proposés est effectuée dans le cadre du projet MICO (MIcroscopie COgnitive, projet ANR TecSan piloté par notre équipe). Dans ce contexte, les systèmes proposés ont été testés sur les données du benchmark MITOS. En ce qui concerne les images couleur, notre système s'est ainsi classé en deuxième position de ce concours international, selon la valeur du critère F-mesure. Par ailleurs, notre système de détection de mitoses sur images multispectrales surpasse largement les meilleurs résultats obtenus durant le concours. / Digital pathology represents one of the major and challenging evolutions in modernmedicine. Pathological exams constitute not only the gold standard in most of medicalprotocols, but also play a critical and legal role in the diagnosis process. Diagnosing adisease after manually analyzing numerous biopsy slides represents a labor-intensive workfor pathologists. Thanks to the recent advances in digital histopathology, the recognitionof histological tissue patterns in a high-content Whole Slide Image (WSI) has the potentialto provide valuable assistance to the pathologist in his daily practice. Histopathologicalclassification and grading of biopsy samples provide valuable prognostic information thatcould be used for diagnosis and treatment support. Nottingham grading system is thestandard for breast cancer grading. It combines three criteria, namely tubule formation(also referenced as glandular architecture), nuclear atypia and mitosis count. Manualdetection and counting of mitosis is tedious and subject to considerable inter- and intrareadervariations. The main goal of this dissertation is the development of a framework ableto provide detection of mitosis on different types of scanners and multispectral microscope.The main contributions of this work are eight fold. First, we present a comprehensivereview on state-of-the-art methodologies in nuclei detection, segmentation and classificationrestricted to two widely available types of image modalities: H&E (HematoxylinEosin) and IHC (Immunohistochemical). Second, we analyse the statistical and morphologicalinformation concerning mitotic cells on different color channels of various colormodels that improve the mitosis detection in color datasets (Aperio and Hamamatsu scanners).Third, we study oversampling methods to increase the number of instances of theminority class (mitosis) by interpolating between several minority class examples that lietogether, which make classification more robust. Fourth, we propose three different methodsfor spectral bands selection including relative spectral absorption of different tissuecomponents, spectral absorption of H&E stains and mRMR (minimum Redundancy MaximumRelevance) technique. Fifth, we compute multispectral spatial features containingpixel, texture and morphological information on selected spectral bands, which leveragediscriminant information for mitosis classification on multispectral dataset. Sixth, we performa comprehensive study on region and patch based features for mitosis classification.Seven, we perform an extensive investigation of classifiers and inference of the best one formitosis classification. Eight, we propose an efficient and generic strategy to explore largeimages like WSI by combining computational geometry tools with a local signal measureof relevance in a dynamic sampling framework.The evaluation of these frameworks is done in MICO (COgnitive MIcroscopy, ANRTecSan project) platform prototyping initiative. We thus tested our proposed frameworks on MITOS international contest dataset initiated by this project. For the color framework,we manage to rank second during the contest. Furthermore, our multispectral frameworkoutperforms significantly the top methods presented during the contest. Finally, ourframeworks allow us reaching the same level of accuracy in mitosis detection on brightlightas multispectral datasets, a promising result on the way to clinical evaluation and routine.

Ce travail est motivé par la spectroscopie de photoélectrons et l'étude de la cinématique des galaxies où les données correspondent respectivement à une séquence temporelle de spectres et à une image multispectrale. L'objectif est d'estimer les caractéristiques (amplitude, position spectrale et paramètre de forme) des raies présentes dans les spectres, ainsi que leur évolution au sein des données. Dans les applications considérées, cette évolution est lente puisque deux spectres voisins sont souvent très similaires : c'est une connaissance a priori qui sera prise en compte dans les méthodes développées. Ce problème inverse est abordé sous l'angle de la séparation de sources retardées, où les spectres et les raies sont attribués respectivement aux mélanges et aux sources. Les méthodes de l'état de l'art sont inadéquates car elles supposent la décorrélation ou l'indépendance des sources, ce qui n'est pas le cas. Nous tirons parti de la connaissance des sources pour les modéliser par une fonction paramétrique. Nous proposons une première méthode de moindres carrés alternés : les paramètres de formes sont estimés avec l'algorithme de Levenberg-Marquardt, tandis que les amplitudes et les positions sont estimées avec un algorithme inspiré d'Orthogonal Matching Pursuit. Une deuxième méthode introduit un terme de régularisation pour prendre en compte l'évolution lente des positions; un nouvel algorithme d'approximation parcimonieuse conjointe est alors proposée. Enfin, une troisième méthode contraint l'évolution des amplitudes, positions et paramètres de forme par des fonctions B-splines afin de garantir une évolution lente conforme au physique des phénomènes observés. Les points de contrôle des B-splines sont estimés par un algorithme de moindre carrés non-linéaires. Les résultats sur des données synthétiques et réelles montrent que les méthodes proposées sont plus efficaces que les méthodes de l'état de l'art et aussi efficaces qu'une méthode bayésienne adaptée au problème mais avec un temps de calcul sensiblement réduit. / This work is motivated by photoelectron spectroscopy and the study of galaxy kinematics where data respectively correspond to a temporal sequence of spectra and a multispectral image. The objective is to estimate the characteristics (amplitude, spectral position and shape) of peaks embedded in the spectra, but also their evolution within the data. In the considered applications, this evolution is slow since two neighbor spectra are often very similar: this a priori knowledge that will be taken into account in the developed methods. This inverse problem is approached as a delayed source separation problem where spectra and peaks are respectively associated with mixtures and sources. The state-of-the-art methods are inadequate because they suppose the source decorrelation and independence, which is not the case. We take advantage of the source knowledge in order to model them by a parameterized function. We first propose an alternating least squares method: the shape parameters are estimated with the Levenberg-Marquardt algorithm, whilst the amplitudes and positions are estimated with an algorithm inspired from Orthogonal Matching Pursuit. A second method introduces a regularization term to consider the delay slow evolution; a new joint sparse approximation algorithm is thus proposed. Finally, a third method constrains the evolution of the amplitudes, positions and shape parameters by B-spline functions to guarantee their slow evolution. The B-spline control points are estimated with a non-linear least squares algorithm. The results on synthetic and real data show that the proposed methods are more effective than state-of-the-art methods and as effective as a Bayesian method which is adapted to the problem. Moreover, the proposed methods are significantly faster.