Made available in DSpace on 2015-03-26T13:46:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 794139 bytes, checksum: d16377a072ea68de9d1fee4cb6556d5d (MD5) Previous issue date: 2009-03-03 / This study presented three experiments realized in six adult captive ocelots. The first experiment had as a main objective, the comparative study of a two protocols for semen collection by eletroejaculation. Were compared the conventional technique applied in felids recommended by the scientific literature (80 electric stimuli in 3 series from 2 to 6v), and an adaptation of the conventional technique that praise de emptying and washing of the bladder to avoid semen contamination by urine, and uses a minor number of identical electric stimulus, however with a higher voltage. (35 electric stimuli in 7 series of 5 stimuli of 16v). A total of six animals were used, and in four of them were tested the two protocols. Three semen collections were made in each technique for each animal. The weight, corporal and testicular measurements were realized, and the semen characteristics evaluated were the aspect, sperm volume, sperm motility, sperm progressive status, sperm concentration, total sperm of ejaculate, and sperm motility index. Both protocols showed efficiency, but the modified protocol, got values on average 6 times bigger for sperm volume (1,2 mL), about 3,6 times bigger of sperm concentration for milliliter of semen (456,6x106), and 18 times bigger of total number of sperm per ejaculate (667,3x106). The modified protocol showed fast free and of contamination for urine. The qualitative data of the spermatozoa as sperm progressive status, sperm motility and sperm motility index had demonstrated excellent sperm quality and had been compatible with the data supplied for literature. The second experiment presented a study of the characterization of the ejaculate of six adult ocelots of captivity and a comparative assay between two cryoprotectors in the freezeability of the semen in two of these animals. The collections of the semen was made by eletroejaculation (80 electric stimuli in 3 series of 2 to 6v) carried through with the previous emptying and washing of the bladder, to prevent the contamination of the semen for urine. Three collections of each animal had been carried through. The characterization of the ejaculate one was based evaluation of the semen s color, consistency, gradual sperm motility, to the sperm progressive status, the sperm concentration, the total of sperm for ejaculate, the sperm index and of the morphologic analysis of the semen. The surveyed parameters had been all fellow creatures to the data of literature, being distinguished total the average values of ejaculate spermatozoon for (37,1 million), sperm index (83%), total number of pathology (35.9%) and primary (8.9%) and secondary pathology (27.7%). The third experiment evaluated two extensor cryoprotectors with the base of glycerol and ethylene glycol, both to a 6% concentration, in the viability of the semen after unfreeze of two animals. For this, tests of Thermoresistance (TTR), Hiposmotic (HO) and Supravital Coloration (CS). had been carried through In the present study, the media with the base of glycerol presented best results in the TTR test (45 to 60min glycerol and 35 to 40min ethylene glycol), and tests HO and SC had had a percentage of 34% to 43% of cells with integrity of membrane and between 20% and 68% of viable cells in the after-unfreeze in both of the tested protocols. / Este trabalho apresentou três experimentos realizados em jaguatiricas adultas de cativeiro. O primeiro experimento teve por objetivo principal o estudo comparativo entre dois protocolos para coleta de sêmen por eleteoejaculação. Foram comparadas a técnica convencionalmente utilizada na literatura para felídeos (80 estímulos elétricos em 3 séries de 2 a 6V) e uma adaptação na qual se preconiza o esvaziamento e lavagem da bexiga, para se evitar a contaminação do sêmen pela urina, e utiliza um menor número de estímulos elétricos idênticos, porém com uma voltagem mais alta (35 estímulos elétricos em sete séries de cinco estímulos de 16V). Foi utilizado um total de seis animais sendo que em quatro foram realizadas ambos os protocolos. Foram realizadas três coletas de sêmen para cada técnica em cada animal. Foram aferidos o peso, a biometria corporal e testicular e as características do sêmen avaliadas foram: aspecto, volume espermático, motilidade espermática, vigor, concentração espermática, total de espermatozóides por ejaculado e índice espermático. Ambos os protocolos mostraram eficiência para a coleta de amostras de sêmen, porém, com o protocolo modificado, obteve-se em média valor 6 vezes maior para volume espermático (1,2 mL), cerca de 3,6 vezes maior de concentração espermática por mililitro de sêmen (456,6x106), e dezoito vezes maior de número total de espermatozóides por ejaculado (667,3x106). O protocolo modificado se mostrou ainda mais rápido e livre de contaminação por urina. Os dados qualitativos dos espermatozóides como vigor, motilidade e índice espermático demonstraram ótima qualidade espermártica e foram compatíveis com os dados fornecidos pela literatura. O segundo experimento apresentou um estudo da caracterização do ejaculado de seis jaguatiricas. A coleta do sêmen foi feita por eletroejaculação (80 estímulos elétricos em 3 séries de 2 a 6V) realizada com o esvaziamento e lavagem prévios da bexiga, para se evitar a contaminação do sêmen pela urina. Foram realizadas três coletas de cada animal. Os resultados da caracterização do ejaculado revelaram parâmetros semelhantes aos dados da literatura, destacando-se os valores médios de espermatozóide totais por ejaculado (37,1 milhões), índice espermático (83%), número total de patologias (35,9%) e patologias primárias e secundárias (8,9%) e (27,7%), respectivamente. O terceiro experimento, realizado em duas jaguatiricas, avaliou os meios criprotetores à base de glicerol e etileno glicol, ambos a uma concentração de 6%, na viabilidade do sêmen pós descongelamento de dois animais. Para isso, foram realizados testes de Termorresistência (TTR), Hiposmótico (HO) e Coloração Supravital (CS). No presente estudo, o meio a base de glicerol se apresentou melhor no teste TTR (45 a 60min glicerol e 35 a 40min etileno glicol), e os testes HO e SC tiveram uma percentagem de 34% a 43% de células com integridade de membrana e entre 20% e 68% de células viáveis no pós-descongelamento em ambos os protocolos testados.

Felinos selvagens são importantes reguladores de ecossistema, porém estes animais vem sofrendo uma série de ameaças, entre as quais estão as doenças, o que vem tornando imprescindível o monitoramento da saúde de populações selvagens para compreender a relação natural entre hospedeiros e parasitas e, além disso, para identificar, prevenir e manejar potenciais patógenos e fatores ambientais que possam representar uma ameaça à saúde destes animais. A partir de dados obtidos de nove jaguatiricas saudáveis e três doentes capturadas no Parque Estadual do Rio Doce nos anos de 2012 e 2013, proponho em um dos artigos apresentados nesta tese que, para obter dados mais robustos sobre a saúde de carnívoros neotropicais, sejam avaliados dados clínicos, hematológicos e bioquímicos de animais capturados. Entretanto, para que os animais possam ser avaliados, a captura dos mesmos é imprescindível. Baseada nos resultados e dificuldades obtidos com a captura das jaguatiricas, proponho, no primeiro artigo aqui apresentado, que os métodos de captura de carnívoros neotropicais sejam avaliados e comparados, buscando atender os seguintes critérios: (i) alta eficiência de captura; (ii) alta seletividade; (iii) baixa taxa de lesões; (iv) alta adequabilidade da imobilização; e (v) baixo custo. / Despite the fact that wild felids are considered important ecosystem regulators, these animals have been facing many threats, including diseases. Therefore, the monitoring of wild populations health is crucial to understand the natural relationship between hosts and parasites and, moreover, to identify, prevent and manage potential pathogens and environmental factors that may threat these felids´ health. Based on results from nine healthy ocelots and three ill ocelots captured at Rio Doce State Park in 2012 and 2013, I propose in one of the articles presented in this thesis that, to obtain consistent data on Neotropical carnivores health, the animals should be evaluated through clinical, hematological and serum chemistry data. From the difficulties and results found when capturing the ocelots, I propose, in the first article, that capture methods targeting Neotropical carnivores should be evaluated and compared, aiming the following criteria: (i) High capture efficiency; (ii) High selectivity; (iii) Low injury rate; (iv) High immobilization suitability (safe for the animal, suitable to time to procedures, fast recovery and predictable effects); and (v) Low costs.

O presente estudo visou investigar o efeito da refrigeração do sêmen da jaguatirica sobre o Índice de Motilidade Espermática [IME=(%M+MPx5)/2; %M = proporção de espermatozóides móveis; MP = motilidade progressiva], integridade acrossomal (IA) e capacitação espermática; assim como avaliar a eficácia da técnica FITC-PNA/IP na avaliação simultânea da viabilidade espermática (VE) e IA. Sete jaguatiricas foram eletroejaculadas, sendo utilizados apenas ejaculados (n=16) apresentando %M>=60% e MP>=3. Avaliou-se a IA por meio da Coloração Simples. Os ejaculados foram diluídos 1:1 na Variante do Diluente de PLatz e submetidos aos Protocolos de Transporte: Temperatura Ambiente e Refrigeração, - 0,23ºC/min, (Experimento 1); ou apenas Temperatura Ambiente (Experimentos 2 e 3). Após 2h, as alíquotas foram reaquecidas, reavaliando-se os parâmetros observados antes do transporte. Os espermatozóides foram lavados por centrifugação em meio F10 de Ham, ressuspensos nesse meio e processados conforme o experimento: (1) após pré-incubação (38ºC; 5%CO2) durante 0, 1, 2 e 4 horas, foram retiradas alíquotas a cada intervalo para serem incubadas (30 min) na ausência e na presença do cálcio ionóforo A23187 (Ca2+Ion) (1mM), avaliando-se IA e IME; (2) após pré-incubação por 0, 1 e 2h, foram incubadas alíquotas na ausência e presença de 1 e 2mM de Ca2+Ion, avaliado-se IA e IME; (3) pré-incubados por 9h, sendo retiradas alíquotas a cada hora, para as avaliações da IA e VE, (a) separadamente através da Coloração Simples e do IME, ou (b) simultaneamente através da técnica FITC-PNA/IP. A refrigeração causou declínio (p<0,02) da IA (71,0%) e IME (67,1), em comparação aos valores observados antes do transporte (88,5%; 85,4), enquanto a manutenção das amostras à temperatura ambiente não afetou (p>0,1) essas variáveis (84,8%; 76,4). Dentre as amostras refrigeradas, aquelas expostas ao Ca2+Ion sofreram redução (p<0,01) na IA (52,4%) frente ao controle (55,56%). Já nas amostras transportadas à temperatura ambiente, não foi observada diferença (p>0,1) entre os grupos com e sem ionóforo (64,41% vs. 63,87%). Quando analisados os tempos separadamente, o único tratamento em que houve efeito (p<0,05) do Ca2+Ion sobre a IA foi aquele refrigerado e pré-incubado por 2h. Foi verificada redução (p<0,05) nos valores de IME e IA devida à simples incubação, mesmo na ausência do Ca2+Ion. A concentração de 2µM dessa substância foi mais efetiva na indução da reação acrossômica que 1µM. Apesar dos fluorocromos FITC-PNA/IP terem se ligado aos espermatozóides, nas regiões esperadas, a proporção de células marcadas variou aleatoriamente durante pré-incubação, sem correlação (p>0,1) com IME. A IA avaliada pela Coloração Simples apresentou correlação positiva (r=0,77; p<0,0001) com IME, decrescendo (p<0,0001) durante pré-incubação. A refrigeração mostrou-se desvantajosa frente à manutenção do sêmen à temperatura ambiente, pois foi deletéria à função e às membranas dos espermatozóides. A refrigeração tornou-os capazes de responder ao estímulo do Ca2+Ion, característica observada nos espermatozóides capacitados. O ensaio de reação acrossômica induzida pelo Ca2+Ion deve ser aperfeiçoado para permitir avaliação acurada da capacitação espermática na jaguatirica. A Coloração Simples associada à avaliação do IME foi mais eficiente e menos laboriosa, frente á técnica FITC-PNA/IP, na avaliação da IA e VE. / This study aimed to investigate the effect of ocelot semen refrigeration on Sperm Motility Index [SMI=(%M+PMx5)/2; %M = proportion of motile spermatozoa ; PM = Progressive Motility], acrossomal integrity (AI) and sperm capacitation. Another objective was to evaluate the FITC-PNA/IP technique efficacy on evaluating simultaneously sperm viability (SV) and AI. Five ocelots, were electroejaculated, the semen was evaluated and only ejaculates (n=16) presenting %M>=60% and PM>=3 were used. Sperm AI was evaluated using Fast Green / Rose Bengal staining (FGRB). The ejaculates were diluted 1:1 in Platz Diluent Variant and subjected to the transportation protocols: Room Temperature and Cooling, -0.23ºC/min, (experiment 1); or only Room Temperature (experiments 2 and 3). After 2 hours, the aliquots were rewarmed and samples were taken to re-evaluate the parameters observed before the transport. The spermatozoa were washed in Ham’s F10 medium, ressuspended in fresh medium and processed differently, according the experiment: (1) after pre-incubation (38ºC; 5%CO2) during 0, 1, 2 and 4 hours, samples were taken at each time point to be incubated in the absence and presence of 1mM calcium ionophore A23187 (Ca2+Ion), SMI and AI were evaluated; (2) after pre-incubation during 0, 1 and 2h, aliquots were incubated in the absence and presence of 1 and 2 mM Ca2+Ion; SMI and AI were evaluated; (3) after pre-incubation during 9h, aliquots were taken every hour to compare the evaluation of SV and AI (a) separately by the FGRB staining and SMI or (b) simultaneously by the FITC-PNA / IP technique. Cooling caused decline (p<0.02) on AI (71.0%) and SMI (67.1), when compared to values observed before transportation (88.5%; 85.4). Maintenance at room temperature didn’t affect (p>0.1) these variables (84.8%; 76.4). Among cooled samples, spermatozoa exposed to Ca2+Ion showed smaller (P<0.01) AI value (52.4%) compared to the group incubated without that substance (55.56%). For samples transported at room temperature, it wasn’t observed difference (P>0.05) between the groups with and without ionophore (64.41% vs. 63.87%). When time intervals were analysed separately, the only treatment in which there was effect (p<0,05) of Ca2+Ion on AI was the group refrigerated and pre-incubated for 2h. There was a reduction (p<0,05) on SMI and AI due simply to incubation, even in the absence of Ca2+Ion. The 2µM concentration of this substance was more effective to induce acrosome reaction than 1µM. FITC-PNA and IP fluorocromes bound spermatozoa at the expected sites. However, proportion of marked cells varied randomly during pre-incubation, and didn’t correlate (p>0,1) with SMI. IA evaluated by FGRB staining showed positive correlation (r=0,77; p<0,0001) with SMI, decreasing (p<0,0001) during incubation. Cooling was disadvantageous compared to maintaining semen at room temperature, since it was deleterious to spermatozoa membranes and function, and made those cells capable to answer the Ca2+Ion challenge, a characteristic observed in capacitated spermatozoa. Ca2+Ion induced acrosome reaction assay must be improved to allow accurate evaluation of sperm capacitation on ocelots. FGRB staining associated to SMI evaluation was more efficient and easier to perform, than FITC-PNA/IP technique, for AI and SV investigation.

Large carnivores play many vital biological, economic, and conservation roles, however, their biological traits (low population densities, cryptic behavior) make them difficult to monitor. Pumas have been particularly difficult to study because the lack of distinctive markings on their coats prevents individual identification, precluding mark-recapture and other similar analyses. Further, compared to temperate areas, research on the interspecific interactions of Central American felids is particularly lacking. I used single- and multi-season, single-species occupancy models and two-species co-occurrence models to analyze camera trapping and habitat data collected at eight study sites across Belize. Puma occupancy was positively influenced by jaguar trap success, understory density, canopy cover, and human trap success, and negatively influenced by stream density. Jaguar trap success was the best predictor of where pumas occurred, while prey species were not found to influence puma occupancy. Mean occupancy was 0.740 (0.013) and ranged from 0.587 (0.042) to 0.924 (0.030). Over time, puma occupancy rates were generally high (> 0.90) and stable. Puma occupancy was higher in logged areas, suggesting that current levels of natural resource extraction at those sites were not detrimental to the species. Co-occurrence modeling showed little evidence for interactions between the carnivores, suggesting that jaguars may be acting as an umbrella species and that conservation efforts directed at jaguars are likely to benefit the other carnivores, including pumas. Overall, these findings are positive for puma conservation, but human-induced land use change is expanding and further monitoring will give us insight into how pumas respond to human encroachment. / Master of Science

O Brasil possui grande diversidade de felinos selvagens e a maioria destes animais encontra-se ameaçada de extinção. A reprodução em cativeiro é ferramenta essencial para a conservação de espécies como felinos e, em geral, está diretamente relacionada ao bem-estar animal. O presente projeto objetivou o estudo do comportamento em cativeiro da jaguatirica (Leopardus pardalis), enfocando possíveis comportamentos anormais indicativos de condições ambientais sub-ótimas, e o teste de dois protocolos de enriquecimento ambiental (físico e alimentar), visando um melhor entendimento das necessidades desta espécie em cativeiro e a proposição de técnicas de manejo mais adequadas. Para tanto analisamos parâmetros comportamentais (método de varredura) e endócrinos (metabólitos fecais de corticosterona) de 12 indivíduos adultos e cativos na Associação Mata Ciliar, Jundiaí/SP. Com a análise conjunta dos dados de todos os indivíduos não foi possível sustentar a hipótese de influência do tratamento sobre o bem-estar, mas os resultados apontam para influências sazonais sob o comportamento dos animais (temperatura e fotoperíodo) e para um possível efeito danoso da remoção/interrupção do tratamento sobre o bem-estar. A análise individual também apontou, em alguns casos, para este efeito maléfico da remoção do tratamento e para resultados positivos quando se aplicam técnicas de enriquecimento ambiental, como redução da freqüência de comportamentos anormais, aumento do comportamento social não-agonista e redução da concentração de metabólitos de glicocorticóides. Foi encontrada ainda correlação positiva entre a concentração de metabólitos de corticosterona e comportamentos anormais. Dada a importância prática desta linha de pesquisa e a escassez de trabalhos com pequenos felinos brasileiros em cativeiro, apresentamos ainda algumas sugestões metodológicas para futuros experimentos. / Brazil exhibits a large variety of wild cat species, most of which under the threat of extinction. Reproduction in captivity is an essential tool for the conservation of these species, and it is directly linked to animal welfare. This project aimed the study of the behavior of the ocelot (a small-sized American wild cat; Leopardus pardalis under captivity, looking for potential abnormal behavior indicative of sub-optimal environmental conditions, and the testing of two environmental enrichment procedures (physical and alimentary) in search of a better understanding of this species\' needs in captivity and of better management techniques. For that, we analyzed behavioral (scan sampling) and endocrinal data (fecal corticosterone metabolites) from 12 adult captive individuais in the facilities of the Associação Mata Ciliar (Jundiaí, SP, Brazil). The analysis of data for the whole sample did not support the hypothesis predicting an influence of the environment enrichment procedures on the animals\' welfare, but pointed to seasonal influences on behavior, and to a possible harmful effect of the removal/interruption of the treatment on the welfare. The individual data analysis also pointed, in some cases, to a harmful effect of treatment removal, as well as to some positive results of the application of the environmental enrichment procedures, such as the reduction on the frequencies of abnormal behavior, a rise in non-agonist social behavior, and a reduction in the concentration levels of corticosteroid metabolites. We also found a positive correlation between concentration levels of corticosterone metabolites and abnormal behavior. Finally, given the practical relevance of this line of research and the lack of studies on small cats under captivity, we formulate some methodological suggestions for future research.

O Brasil possui grande diversidade de felinos selvagens e a maioria destes animais encontra-se ameaçada de extinção. A reprodução em cativeiro é ferramenta essencial para a conservação de espécies como felinos e, em geral, está diretamente relacionada ao bem-estar animal. O presente projeto objetivou o estudo do comportamento em cativeiro da jaguatirica (Leopardus pardalis), enfocando possíveis comportamentos anormais indicativos de condições ambientais sub-ótimas, e o teste de dois protocolos de enriquecimento ambiental (físico e alimentar), visando um melhor entendimento das necessidades desta espécie em cativeiro e a proposição de técnicas de manejo mais adequadas. Para tanto analisamos parâmetros comportamentais (método de varredura) e endócrinos (metabólitos fecais de corticosterona) de 12 indivíduos adultos e cativos na Associação Mata Ciliar, Jundiaí/SP. Com a análise conjunta dos dados de todos os indivíduos não foi possível sustentar a hipótese de influência do tratamento sobre o bem-estar, mas os resultados apontam para influências sazonais sob o comportamento dos animais (temperatura e fotoperíodo) e para um possível efeito danoso da remoção/interrupção do tratamento sobre o bem-estar. A análise individual também apontou, em alguns casos, para este efeito maléfico da remoção do tratamento e para resultados positivos quando se aplicam técnicas de enriquecimento ambiental, como redução da freqüência de comportamentos anormais, aumento do comportamento social não-agonista e redução da concentração de metabólitos de glicocorticóides. Foi encontrada ainda correlação positiva entre a concentração de metabólitos de corticosterona e comportamentos anormais. Dada a importância prática desta linha de pesquisa e a escassez de trabalhos com pequenos felinos brasileiros em cativeiro, apresentamos ainda algumas sugestões metodológicas para futuros experimentos. / Brazil exhibits a large variety of wild cat species, most of which under the threat of extinction. Reproduction in captivity is an essential tool for the conservation of these species, and it is directly linked to animal welfare. This project aimed the study of the behavior of the ocelot (a small-sized American wild cat; Leopardus pardalis under captivity, looking for potential abnormal behavior indicative of sub-optimal environmental conditions, and the testing of two environmental enrichment procedures (physical and alimentary) in search of a better understanding of this species\' needs in captivity and of better management techniques. For that, we analyzed behavioral (scan sampling) and endocrinal data (fecal corticosterone metabolites) from 12 adult captive individuais in the facilities of the Associação Mata Ciliar (Jundiaí, SP, Brazil). The analysis of data for the whole sample did not support the hypothesis predicting an influence of the environment enrichment procedures on the animals\' welfare, but pointed to seasonal influences on behavior, and to a possible harmful effect of the removal/interruption of the treatment on the welfare. The individual data analysis also pointed, in some cases, to a harmful effect of treatment removal, as well as to some positive results of the application of the environmental enrichment procedures, such as the reduction on the frequencies of abnormal behavior, a rise in non-agonist social behavior, and a reduction in the concentration levels of corticosteroid metabolites. We also found a positive correlation between concentration levels of corticosterone metabolites and abnormal behavior. Finally, given the practical relevance of this line of research and the lack of studies on small cats under captivity, we formulate some methodological suggestions for future research.

Dada a crescente ameaça à biodiversidade pela destruição e fragmentação dos habitats naturais, sobre-exploração, poluição e introdução de espécies exóticas invasoras, alguns veículos legais buscam preservá-la, como a instituição das Áreas de Preservação Permanente (APP) no Brasil. Elas têm sido alvo de grande discussão quanto à sua configuração com a aprovação da Lei Nº 12.651/2012, a qual alterou o Código Florestal Brasileiro. Assim, este trabalho visa avaliar se as APPs estão sendo capazes de manter a diversidade de mamíferos de médio e grande porte em uma região de agricultura e silvicultura intensivas no nordeste do estado de São Paulo. Além da perspectiva da comunidade, a importância das APPs foi também avaliada através da análise de sua influência na abundância média relativa de Leopardus pardalis (jaguatirica). Foram instaladas armadilhas fotográficas digitais em três paisagens: a primeira compreendendo a Estação Ecológica de Jataí, a Estação Experimental de Luiz Antônio e seu entorno, em Luiz Antônio; a segunda na Fazenda Cara Preta, que possui APP e Reservas Legais (RL) da International Paper (IP), e seu entorno, em São Simão; e a terceira abrangendo a Floresta Estadual de Cajuru, a Fazenda Dois Córregos, com APP e RLs da IP, e seu entorno, em Cajuru e Altinópolis. Foram amostrados 208 pontos aleatoriamente, 169 fora e 39 dentro de APP. As câmeras funcionaram durante 30 dias em cada ponto, 24 horas por dia, de abril a setembro de 2013 na primeira paisagem e de 2014 nas segunda e terceira. A comparação entre a diversidade dentro e fora de APP foi feita através da riqueza observada por curvas de rarefação e do Wildlife Picture Index (WPI), índice de biodiversidade que considera variações na detecção por ser uma média geométrica dos valores de ocupação das espécies observadas. As probabilidades de detecção e ocupação foram estimadas através do modelo de ocupação multiespécies por análise bayesiana, nos programas R 3.1.1 e JAGS 3.4 pelo pacote jagsUI. Na modelagem, foram utilizadas as covariáveis de distância mínima de estrada de terra, chuva, temperatura (linear e quadrática) para detecção, e de quantidade de floresta nativa, silvicultura e cana-de-açúcar em um buffer de 200 ha de cada ponto para ocupação. Os valores de ocupação foram utilizados para calcular o WPI para pontos dentro e fora de APP e para APP de Unidades de Conservação (UC), consideradas detentoras da diversidade esperada para a região. Já a abundância média relativa da jaguatirica (lambda) foi estimada por modelos de Royle & Nichols com as covariáveis distância mínima de estrada de terra, chuva e temperatura para detecção, e APP, grau de proteção e quantidade de floresta nativa, silvicultura e cana-de-açúcar em um buffer de 200 ha de cada ponto para o lambda. Nos dois anos de amostragem, foram registradas 34 espécies de mamíferos, 28 nativas e seis exóticas, nas três paisagens. As curvas de rarefação não apresentaram diferença estatística entre pontos dentro e fora de APP, dentro e fora de UC. Porém, foi necessário mais do que o quádruplo do esforço amostral para que fosse registrada em pontos fora de APP fora de UC uma riqueza semelhante à encontrada nas APPs fora de UC, o que pode ser resultado das populações terem menor densidade na matriz e estarem concentradas nas APPs, indicando a função das mesmas como corredores. A distribuição de valores de WPI para pontos em APP também não apresentou diferença em relação aos pontos fora de APP. Além disso, as APPs de UC apresentaram maior diversidade do que as APPs fora de UC, indicando que as APPs não estão sendo capazes de manter a diversidade de mamíferos de médio e grande porte esperada para a região. Isso pode estar ocorrendo em função da configuração das APPs, as quais são estreitas, tendo, em sua maioria, 30 m. Dessa forma, elas possuem menor heterogeneidade de micro-habitats e são fortemente afetadas pelo efeito de borda, favorecendo espécies generalistas e não permitindo ambiente propício às espécies florestais. Estudos mostram que corredores devem ter no mínimo de 140 a 400 m para apresentarem a mesma comunidade de áreas contínuas. Além disso, a paisagem influencia na função das APPs, pois, nas áreas de estudo, o entorno dos pontos fora de APP possui quase a mesma quantidade de vegetação nativa do que o entorno dos pontos em APP, o que também pode justificar a ausência de diferença entre eles, dado que a floresta nativa teve efeito positivo na ocupação. Por outro lado, as APPs apresentaram efeito positivo na abundância média relativa da jaguatirica e mostraram-se fundamentais para a conservação dessa espécie, principalmente por sua função como habitat e corredores, dado que a jaguatirica mostrou-se extremamente dependente da quantidade de floresta nativa, covariável que melhor explicou a abundância média relativa. Assim, as APPs são importantes para a conservação da mastofauna, a exemplo de sua influência na população da jaguatirica. Contudo, é preciso revisar a configuração atual das APPs na legislação para que elas cumpram totalmente sua função de preservar a biodiversidade. / The habitat loss and fragmentation, the overexploitation, the pollution and the introduction of alien species have threatened the biodiversity and increased extinction rates. Therefore, some legal resolutions aim to preserve it such as the Permanente Preservation Areas (PPA) in Brazil, which have been the focus of a great discussion regarding its configuration after the approval of the law Nº 12.651/2012 that changed the Brazilian Forest Code. Thus, the purpose of this study is to analyse if the PPA are maintaining the diversity of medium and large sized mammals in a region of intensive agriculture and sylviculture in the northeast of the state of São Paulo. Additionally to the community approach, the importance of PPA was assessed through the analysis of its effect on the relative mean abundance of Leopardus pardalis (ocelot). We used camera-traps in three study areas: Jataí Ecological Station, Luiz Antônio Experimental Station and its buffer, in the municipality of Luiz Antônio; the Cara Preta Farm, which has PPA and Legal Reserves (LR) of the International Paper company (IP), and its buffer in São Simão; and the State Forest of Cajuru and the Dois Córregos Farm, which has PPA and LR of the IP, and its buffer, in Cajuru and Altinópolis. A total of 208 points was sampled randomly, 169 outside and 39 inside PPA. Cameras worked during 30 days at each point, 24 hours a day, from April to September in 2013 at the first area and in 2014 at the second and third areas. We used rarefaction curves of observed richness and the Wildlife Picture Index (WPI) to compare the diversity inside and outside PPA. The WPI deals with imperfection detection because it is a geometric mean of the occupancy of observed species. We estimated the detection and occupancy probabilities by the multi-species occupancy model with bayesian analysis in R 3.1.1 and JAGS 3.4 with package jagsUI. We analysed the effect of the site covariates minimum distance of unpaved road, rain and temperature (linear and quadratic) on detection, and of quantities of native forest, sylviculture and sugarcane in a buffer of 200 ha of the sample points on occupancy. The values of occupancy were used to compute the WPI for points inside and outside PPA inside and outside protected areas (PA), which have the diversity expected in the region. Moreover, we estimated the relative mean abundance (lambda) of ocelot by Royle & Nichols models with the effect of site covariates: minimum distance of unpaved road, rain and temperature on detection, and of PPA, degree of protection and quantities of native forest, sylviculture and sugarcane in a buffer of 200 ha of the sample points on lambda. We recorded 34 species of mammals, 28 natives and six alien, in the three landscapes. The rarefaction curves did not showed statistic difference between the points inside and outside PPA, inside and outside PA. However, it was necessary four times the sample effort to record the same richness of points inside PPA outside PA in points outside PPA outside PA. It may have happened due to a low density of the populations in the matrix and a high density inside PPA, suggesting the role of PPA as corridors. The WPI distribution also did not show difference between the points inside and outside PPA. In addition, the PPA of PA had a high diversity when compared with PPA outside PA, suggesting that PPA are not maintaining the diversity of medium and large sized mammals expected in the region. This may be a result of PPAs configuration, because they are narrow, as most are just 30 m wide. Hence, they have less heterogeneity of micro-habitats and are highly affected by edge effect, what benefit generalist species over forest ones. Studies show that corridors must have a minimum of 140 to 400 m to possess the same community of continuous areas. Further, the landscape influences the role of PPA, because the surroundings of points outside PPA have almost the same quantity of native vegetation than the surroundings of points inside PPA in the study areas, what may also explain the lack of difference between them because native forest presented a positive effect on occupancy. On the other hand, PPA had a positive effect on the relative mean abundance of ocelot and were fundamental to the conservation of this species due to its role as habitat and corridors. The quantity of native forest was the covariate that best explained lambda, indicating that ocelots are dependent of dense vegetation. Overall, PPA were considered important to the conservation of mammals given its positive effect on ocelot population. Nevertheless, it is advisable to revise the current configuration of PPA, as is stated in the law, for these areas to really fulfill their role in biodiversity conservation.

GPGPU Computing using CUDA is rapidly gaining ground today. GPGPU has been brought to the masses through the ease of use of CUDA and ubiquity of graphics cards supporting the same. Although CUDA has a low learning curve for programmers familiar with standard programming languages like C, extracting optimum performance from it, through optimizations and hand tuning is not a trivial task. This is because, in case of GPGPU, an optimization strategy rarely affects the functioning in an isolated manner. Many optimizations affect different aspects for better or worse, establishing a tradeoff situation between them, which needs to be carefully handled to achieve good performance. Thus optimizing an application for CUDA is tough and the performance gain might not be commensurate to the coding effort put in. I propose to simplify the process of optimizing CUDA programs using a CUDA Performance Analyzer. The analyzer is based on analytical modeling of CUDA compatible GPUs. The model characterizes the different aspects of GPU compute unified architecture and can make prediction about expected performance of a CUDA program. It would also give an insight into the performance bottlenecks of the CUDA implementation. This would hint towards, what optimizations need to be applied to improve performance. Based on the model, one would also be able to make a prediction about the performance of the application if the optimizations are applied to the CUDA implementation. This enables a CUDA programmer to test out different optimization strategies without putting in a lot of coding effort.

Dada a crescente ameaça à biodiversidade pela destruição e fragmentação dos habitats naturais, sobre-exploração, poluição e introdução de espécies exóticas invasoras, alguns veículos legais buscam preservá-la, como a instituição das Áreas de Preservação Permanente (APP) no Brasil. Elas têm sido alvo de grande discussão quanto à sua configuração com a aprovação da Lei Nº 12.651/2012, a qual alterou o Código Florestal Brasileiro. Assim, este trabalho visa avaliar se as APPs estão sendo capazes de manter a diversidade de mamíferos de médio e grande porte em uma região de agricultura e silvicultura intensivas no nordeste do estado de São Paulo. Além da perspectiva da comunidade, a importância das APPs foi também avaliada através da análise de sua influência na abundância média relativa de Leopardus pardalis (jaguatirica). Foram instaladas armadilhas fotográficas digitais em três paisagens: a primeira compreendendo a Estação Ecológica de Jataí, a Estação Experimental de Luiz Antônio e seu entorno, em Luiz Antônio; a segunda na Fazenda Cara Preta, que possui APP e Reservas Legais (RL) da International Paper (IP), e seu entorno, em São Simão; e a terceira abrangendo a Floresta Estadual de Cajuru, a Fazenda Dois Córregos, com APP e RLs da IP, e seu entorno, em Cajuru e Altinópolis. Foram amostrados 208 pontos aleatoriamente, 169 fora e 39 dentro de APP. As câmeras funcionaram durante 30 dias em cada ponto, 24 horas por dia, de abril a setembro de 2013 na primeira paisagem e de 2014 nas segunda e terceira. A comparação entre a diversidade dentro e fora de APP foi feita através da riqueza observada por curvas de rarefação e do Wildlife Picture Index (WPI), índice de biodiversidade que considera variações na detecção por ser uma média geométrica dos valores de ocupação das espécies observadas. As probabilidades de detecção e ocupação foram estimadas através do modelo de ocupação multiespécies por análise bayesiana, nos programas R 3.1.1 e JAGS 3.4 pelo pacote jagsUI. Na modelagem, foram utilizadas as covariáveis de distância mínima de estrada de terra, chuva, temperatura (linear e quadrática) para detecção, e de quantidade de floresta nativa, silvicultura e cana-de-açúcar em um buffer de 200 ha de cada ponto para ocupação. Os valores de ocupação foram utilizados para calcular o WPI para pontos dentro e fora de APP e para APP de Unidades de Conservação (UC), consideradas detentoras da diversidade esperada para a região. Já a abundância média relativa da jaguatirica (lambda) foi estimada por modelos de Royle & Nichols com as covariáveis distância mínima de estrada de terra, chuva e temperatura para detecção, e APP, grau de proteção e quantidade de floresta nativa, silvicultura e cana-de-açúcar em um buffer de 200 ha de cada ponto para o lambda. Nos dois anos de amostragem, foram registradas 34 espécies de mamíferos, 28 nativas e seis exóticas, nas três paisagens. As curvas de rarefação não apresentaram diferença estatística entre pontos dentro e fora de APP, dentro e fora de UC. Porém, foi necessário mais do que o quádruplo do esforço amostral para que fosse registrada em pontos fora de APP fora de UC uma riqueza semelhante à encontrada nas APPs fora de UC, o que pode ser resultado das populações terem menor densidade na matriz e estarem concentradas nas APPs, indicando a função das mesmas como corredores. A distribuição de valores de WPI para pontos em APP também não apresentou diferença em relação aos pontos fora de APP. Além disso, as APPs de UC apresentaram maior diversidade do que as APPs fora de UC, indicando que as APPs não estão sendo capazes de manter a diversidade de mamíferos de médio e grande porte esperada para a região. Isso pode estar ocorrendo em função da configuração das APPs, as quais são estreitas, tendo, em sua maioria, 30 m. Dessa forma, elas possuem menor heterogeneidade de micro-habitats e são fortemente afetadas pelo efeito de borda, favorecendo espécies generalistas e não permitindo ambiente propício às espécies florestais. Estudos mostram que corredores devem ter no mínimo de 140 a 400 m para apresentarem a mesma comunidade de áreas contínuas. Além disso, a paisagem influencia na função das APPs, pois, nas áreas de estudo, o entorno dos pontos fora de APP possui quase a mesma quantidade de vegetação nativa do que o entorno dos pontos em APP, o que também pode justificar a ausência de diferença entre eles, dado que a floresta nativa teve efeito positivo na ocupação. Por outro lado, as APPs apresentaram efeito positivo na abundância média relativa da jaguatirica e mostraram-se fundamentais para a conservação dessa espécie, principalmente por sua função como habitat e corredores, dado que a jaguatirica mostrou-se extremamente dependente da quantidade de floresta nativa, covariável que melhor explicou a abundância média relativa. Assim, as APPs são importantes para a conservação da mastofauna, a exemplo de sua influência na população da jaguatirica. Contudo, é preciso revisar a configuração atual das APPs na legislação para que elas cumpram totalmente sua função de preservar a biodiversidade. / The habitat loss and fragmentation, the overexploitation, the pollution and the introduction of alien species have threatened the biodiversity and increased extinction rates. Therefore, some legal resolutions aim to preserve it such as the Permanente Preservation Areas (PPA) in Brazil, which have been the focus of a great discussion regarding its configuration after the approval of the law Nº 12.651/2012 that changed the Brazilian Forest Code. Thus, the purpose of this study is to analyse if the PPA are maintaining the diversity of medium and large sized mammals in a region of intensive agriculture and sylviculture in the northeast of the state of São Paulo. Additionally to the community approach, the importance of PPA was assessed through the analysis of its effect on the relative mean abundance of Leopardus pardalis (ocelot). We used camera-traps in three study areas: Jataí Ecological Station, Luiz Antônio Experimental Station and its buffer, in the municipality of Luiz Antônio; the Cara Preta Farm, which has PPA and Legal Reserves (LR) of the International Paper company (IP), and its buffer in São Simão; and the State Forest of Cajuru and the Dois Córregos Farm, which has PPA and LR of the IP, and its buffer, in Cajuru and Altinópolis. A total of 208 points was sampled randomly, 169 outside and 39 inside PPA. Cameras worked during 30 days at each point, 24 hours a day, from April to September in 2013 at the first area and in 2014 at the second and third areas. We used rarefaction curves of observed richness and the Wildlife Picture Index (WPI) to compare the diversity inside and outside PPA. The WPI deals with imperfection detection because it is a geometric mean of the occupancy of observed species. We estimated the detection and occupancy probabilities by the multi-species occupancy model with bayesian analysis in R 3.1.1 and JAGS 3.4 with package jagsUI. We analysed the effect of the site covariates minimum distance of unpaved road, rain and temperature (linear and quadratic) on detection, and of quantities of native forest, sylviculture and sugarcane in a buffer of 200 ha of the sample points on occupancy. The values of occupancy were used to compute the WPI for points inside and outside PPA inside and outside protected areas (PA), which have the diversity expected in the region. Moreover, we estimated the relative mean abundance (lambda) of ocelot by Royle & Nichols models with the effect of site covariates: minimum distance of unpaved road, rain and temperature on detection, and of PPA, degree of protection and quantities of native forest, sylviculture and sugarcane in a buffer of 200 ha of the sample points on lambda. We recorded 34 species of mammals, 28 natives and six alien, in the three landscapes. The rarefaction curves did not showed statistic difference between the points inside and outside PPA, inside and outside PA. However, it was necessary four times the sample effort to record the same richness of points inside PPA outside PA in points outside PPA outside PA. It may have happened due to a low density of the populations in the matrix and a high density inside PPA, suggesting the role of PPA as corridors. The WPI distribution also did not show difference between the points inside and outside PPA. In addition, the PPA of PA had a high diversity when compared with PPA outside PA, suggesting that PPA are not maintaining the diversity of medium and large sized mammals expected in the region. This may be a result of PPAs configuration, because they are narrow, as most are just 30 m wide. Hence, they have less heterogeneity of micro-habitats and are highly affected by edge effect, what benefit generalist species over forest ones. Studies show that corridors must have a minimum of 140 to 400 m to possess the same community of continuous areas. Further, the landscape influences the role of PPA, because the surroundings of points outside PPA have almost the same quantity of native vegetation than the surroundings of points inside PPA in the study areas, what may also explain the lack of difference between them because native forest presented a positive effect on occupancy. On the other hand, PPA had a positive effect on the relative mean abundance of ocelot and were fundamental to the conservation of this species due to its role as habitat and corridors. The quantity of native forest was the covariate that best explained lambda, indicating that ocelots are dependent of dense vegetation. Overall, PPA were considered important to the conservation of mammals given its positive effect on ocelot population. Nevertheless, it is advisable to revise the current configuration of PPA, as is stated in the law, for these areas to really fulfill their role in biodiversity conservation.