Rheumatoid Arthritis is a chronic inflammatory systemic disease and is one of the autoimmune diseases. In this study, nine candidate genes of the cytochrome P450 system have been analyzed to determine their possible association with the formation of RA. These genes are: CYP1A1, CYP1B1, CYP2B6, CYP2E1, CYP2C9, CYP2D6, CYP2A6, CYP2C19 and CYP3A4.Within these genes, 21 single nucleotide polymorphism, SNPs, in 300 French Caucasian individuals (100 RA trio families) were genotyped using single-base-extensions, SBE, in a mass spectrometric analysis by MALDI-TOF-MS (matrix-assisted Laser Desorption/ Ionization-time-of-flight mass spectometry). The selection of the examined genes was carried out taking into account known associations with RA or other autoimmune disease, as well as known functional variants. Decisive were also the location of the gene and genetic variability. The results of genotyping were used to study polymorphisms on their association with Rheumatoid Arthritis. The statistical analyzes of CYP2C9 rs1799853 (3011) showed, in the family-based single-marker test, a lower transmission (TDT p-value 0.021) for the rare allele (3011-a). The case-control allelic based test shows, there is a protective effect (Odds Ratio 0.58). In the case-control-based genotypic test this issue could be reproduced (p-value 0.046). For the rare allele of the CYP2A6 rs1801272 (3022-a) the family-based single-marker test shows a lower transmittance (TDT p-value 0.037). The case-control allelic based test shows a protective effect of this allele (Odds Ratio 0.32). In the case-control-based genotypic test a statistical trend to protective behavior of this allele occurs. SNPs with predicted functional relevance showed no statistical abnormalities in the studied cohort. In genome-wide studies, the results could not be tracked, at least at the gene level weak associations could be detected. The results of this study should be to replicate in one second independent cohort. Care should be taken specifically to xenobiotic stress, such as job stress, smoking, and medication. In subsequent studies more SNPs of the candidate genes could also genotyped in order to verify the genetic variability with reference to of the haplotypes in more detail. Should the above-mentioned associations be confirmed, functional studies on different gene expression or altered metabolite spectrum are highly interesting.

Thesis (M. Sc.)--University of Adelaide, 1979. / Bibliographies: leaves ii & 146-150.

Thesis (Ph. D.)--West Virginia University, 2005. / Title from document title page. Document formatted into pages; contains viii, 153 p. : ill. (some col.). Vita. Includes abstract. Includes bibliographical references (p. 136-149).

Thesis (doctoral)--Sorbonne, 1961. / Includes bibliographical references (p. [1065]-1116).

Thesis (Ph.D.) - University of Queensland, 2005. / Includes bibliography.

Texte remanié de: Th. doct.--Lettres--Paris 4, 1987. / Bibliogr. p. 525-550. Index.

Ο μυξομύκητας Dictyostelium discoideum είναι εξελικτικά κατώτερος ευκαρυωτικός οργανισμός και η RNase P από αυτόν είναι ένα εξαιρετικά ενδιαφέρον ένζυμο, δεδομένου του ότι, το ένζυμο αυτό προσφέρεται για σύγκριση, τόσο με ένζυμα RNase P ανώτερων ευκαρυωτικών οργανισμών, όσο και με τα καλύτερα χαρακτηρισμένα βακτηριακά ολοένζυμα. Η RNase P του D. discoideum έχει βρεθεί ότι είναι και αυτή ένα ριβονουκλεοπρωτεΐνικό σύμπλοκο, που αποτελείται από μία RNA υπομονάδα και από οχτώ πρωτεϊνικές υπομονάδες. Στην εργασία αυτή έγινε προσπάθεια να κλωνοποιηθεί και να χαρακτηριστεί μια επιπλέον πρωτεΐνική υπομονάδα, η DPop5, πέραν των τεσσάρων που έχουν ήδη κλωνοποιηθεί και χαρακτηριστεί από το εργαστήριο του κ. Δραΐνα (DRpp20, DRpp30, DRpp40, DRpp29), έτσι ώστε να δοθεί επιπλέον πληροφορία για την ολοκλήρωση της αρχιτεκτονικής του μακρομοριακού συμπλόκου της RNase P. Για το λόγο αυτό πραγματοποιήθηκε κλωνοποίηση του γονιδίου και υπερέκφραση αυτής μέσω ενός συστήματος έκφρασης, το οποίο βασίζεται στην παραγωγή χιμαιρικών πρωτεϊνών, αποτελούμενων από την πρωτεΐνη-στόχο και τη βακτηριακή συνοδό πρωτεΐνη, HSP70 ή DnaK. Στη συνέχεια, αφού ακολούθησε καθαρισμός της ανασυνδιασμένης πρωτεΐνης πραγματοποιήθηκε ο βιοχημικός χαρακτηρισμός της και η παρασκευή πολυκλωνικών αντισωμάτων έναντι αυτής. Ο βιοχημικός χαρακτηρισμός της καθώς και η μοντελοποίηση αυτής in silico έδειξαν ότι η πρωτεΐνη αυτή είναι αρνητικά φορτισμένη (pI 5.19) και ότι έχει την ικανότητα να αλληλεπιδρά με RNA μόρια, μέσω ενός χαρακτηριστικού μοτίβου πρόσδεσης σ’ αυτά. Περαιτέρω πειραματικές διαδικασίες βρίσκονται σε εξέλιξη έτσι ώστε να αποσαφηνιστεί πλήρως ο ρόλος της στο ολοένζυμο. / Cloning and characterization of DPop5 protein subunit from Dictyostelium discoideum ribonucleoprotein complex RNase P.

Η ριβονουκλεάση Ρ (RNase P) είναι ένα πανταχού παρόν ένζυμο, το οποίο είναι απαραίτητο για την ωρίμανση του 5’ άκρου των πρόδρομων tRNA μορίων. Δρα ενδονουκλεολυτικά προκαλώντας θραύση της 5’ επιπρόσθετης οδηγού αλληλουχίας στα πρόδρομα μετάγραφα των tRNA, παράγοντας τα ώριμα μόρια. Η RNase P έχει ανιχνευθεί σε αντιπροσώπους και των τριών φυλογενετικών περιοχών (βακτήρια, αρχαία, ευκαρυώτες), καθώς επίσης σε μιτοχόνδρια και χλωροπλάστες, με μοναδική εξαίρεση το αρχαίο Nanoarchaeum equitans και το υπερθερμόφιλο βακτήριο Aquifex aeolicus. Σε όλους σχεδόν τους οργανισμούς, η RNase P είναι ένα ριβονουκλεοπρωτεϊνικό σύμπλοκο αποτελούμενο από μία απαραίτητη RNA υπομονάδα και ποικίλο αριθμό πρωτεϊνών. Στη βιβλιογραφία μέχρι τώρα έχουν αναφερθεί μόνο δύο εξαιρέσεις, αυτές των ανθρώπινων μιτοχονδρίων και των πλαστιδίων του φυτού A. thaliana, των οποίων η RNase P είναι αποκλειστικά πρωτεϊνικής φύσεως. Η RNA υπομονάδα είναι υπεύθυνη για την καταλυτική λειτουργία του ολοενζύμου της RNase P από τα βακτήρια, τα αρχαία και τους ευκαρυώτες. Οι πρωτεϊνικές υπομονάδες είναι απαραίτητες για την κατάλυση in vivo και παίζουν ποικίλους ρόλους στη δομή και λειτουργία του ολοενζύμου. Η παρούσα διπλωματική εργασία έχει ως σκοπό την λειτουργική μελέτη επί των υπομονάδων του ριβονουκλεοπρωτεϊνικού συμπλόκου της RNase P από τον μυξομύκητα Dictyostelium discoideum. Η πυρηνική RNase P από το D. discoideum είναι το πιο πλούσιο, σε πρωτεϊνική σύσταση (πυκνότητα επιπολής, 1.23 g/ml), ολοένζυμο ανάμεσα στα ευκαρυωτικά ένζυμα RNase P που έχουν μελετηθεί μέχρι σήμερα. Είναι ένα ριβονουκλεοπρωτεϊνικό σύμπλοκο, το οποίο αποτελείται από μια RNA υπομονάδα και οχτώ πρωτεΐνες (DRpp40, DRpp30, DRpp29, DRpp25, DRpp21, DRpp20, DPop1, DPop5). Αυτές οι πρωτεΐνες παρουσιάζουν ομοιότητες με τις ομόλογές τους από ανώτερα ευκαρυωτικά ένζυμα, όπως του ανθρώπου, ενώ παράλληλα διατηρούν ιδιοσυγκρασιακά χαρακτηριστικά. Στην παρούσα μελέτη, περιγράφουμε την αλληλεπίδραση των πρωτεϊνικών υπομονάδων DRpp30 και DPop5 μεταξύ τους, καθώς και με την RNA υπομονάδα της RNase P του D. discoideum. Συγκεκριμένα μελετήθηκε ο ενδεχόμενος σχηματισμός ενός ελάχιστα καταλυτικού πυρήνα της RNase P με την διεξαγωγή πειραμάτων ομόλογης ανασύστασης με την RNA υπομονάδα παρουσία των ανασυνδυασμένων πρωτεϊνών DRpp30 και DPop5. Επίσης πραγματοποιήθηκαν πειράματα αλλαγής ηλεκτροφορητικής κινητικότητας (Electrophoretic mobility shift assay, EMSA). Ακολούθησαν πειράματα ανάλυσης αποτυπώματος (Footprinting Analysis) αλλά και πειράματα συν-ανοσοκατακρήμνισης (co-immunoprecipitation) των πρωτεϊνών, έτσι ώστε να υπάρξουν παραπάνω δεδομένα για τις μεταξύ τους αλληλεπιδράσεις. Τα παραπάνω αποτελέσματα θα συμβάλλουν στην συνολική μελέτη του ριβονουκλεοπρωτεϊνικού συμπλόκου της RNase P από τον D. discoideum. / Ribonuclease P (RNase P) is a ubiquitous enzyme, found in representatives of all domains of life (bacteria, archaea, eukarya), as well as in subcellular organelles, that endonucleolytically cleaves all precursor tRNA transcripts to produce their mature 5΄ ends. In almost every organism, RNase P is a ribonucleoprotein complex, with one essential RNA and one to ten protein subunits. RNase P from Dictyostelium discoideum is the most proteinaceous holoenzyme among the eukaryal RNase Ps studied so far and is comprised of an RNA and eight probable protein subunits (DPop1, DPop5, DRpp20, DRpp21, DRpp25, DRpp29, DRpp30 and DRpp40) as revealed by sequence similarity. Herein, we present preliminary functional studies in the interaction between the protein subunits DPop5 and DRpp30, as well as with the RNA subunit of RNase P from D. discoideum. Particularly we investigated if these protein subunits with the RNA subunit could form a minimal consensus RNase P core, conducting reconstitution assays with the RNA subunit in the presence of the recombinant proteins DPop5 and DRpp30. Furthermore using Electrophoretic mobility shift assays, EMSAs, footprinting analysis and co-immunoprecipitation assays we studied thoroughly the interactions between the recombinant proteins and with the RNA subunit, in aim to discover possible areas of interaction on the RNA subunit. Our data will give new insights and expand our knowledge about the ribonucleoprotein complex of RNase P from the slime mold Dictyostelium discoideum.

Submitted by Marcos Samuel (msamjunior@gmail.com) on 2016-06-08T11:16:53Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Moacyr.pdf: 1608552 bytes, checksum: a4afd9775a3c57dd8a7072c86fe48dfe (MD5) / Approved for entry into archive by Alda Lima da Silva (sivalda@ufba.br) on 2016-06-13T17:23:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Moacyr.pdf: 1608552 bytes, checksum: a4afd9775a3c57dd8a7072c86fe48dfe (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-13T17:23:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Moacyr.pdf: 1608552 bytes, checksum: a4afd9775a3c57dd8a7072c86fe48dfe (MD5) / Seja c a classe de nilpotência do grupo G. É fácil observar que, se a ordem do grupo G é pm, o número c é sempre menor ou igual a m-1. Um p-grupo finito se chama de classe maximal se sua classe é igual a m-1. Nos p-grupos de classe maximal é possível definir uma série G = G0 > G1 > G2 > G3 > .... > Gm-1 = 1, onde G1 é o centralizador em G de γ2(G)/γ4(G) e Gi = γi(G), para i ≥ 2; como de costume γi(G) é o i-ésimo termo da série central inferior. Definimos o grau de comutatividade de G por l(G) = max{k | [Gi,Gj] ≤ Gi+j+k i ≥ 1, j ≥ 1}. O trabalho será sobre a pesquisa de uma limitação inferior para l(G) em função de m e do primo p, e mostrará dois resultados: o primeiro, devido a Leedham-Green e McKay, e o segundo, atribuído a Fernández-Alcober.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:24:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-07Bitstream added on 2014-06-13T20:07:58Z : No. of bitstreams: 1 martins_j_me_rcla.pdf: 650990 bytes, checksum: 197553843285b3dcdd899cddf89d0ab2 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Neste trabalho caracterizamos o conjunto dos pontos de equilíbrio de um problema parabólico quasilinear governado pelo p-Laplaciano, p > 2, e do problema parabólico governado pelo Laplaciano / In this work we give a characterization set of the equilibrium points of a parabolic problem quasi-linear governed by the p-Laplacian, p > 2, and the a parabolic problem governed by the Laplacian