Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2007. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-04-16T21:25:20Z No. of bitstreams: 1 2007_PatriciaSoaresWyant.pdf: 2253380 bytes, checksum: 3d9fd8912baa87c18402fee442c8961b (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-04-16T21:26:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_PatriciaSoaresWyant.pdf: 2253380 bytes, checksum: 3d9fd8912baa87c18402fee442c8961b (MD5) / Made available in DSpace on 2011-04-16T21:26:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_PatriciaSoaresWyant.pdf: 2253380 bytes, checksum: 3d9fd8912baa87c18402fee442c8961b (MD5) / O câncer cervical é a segunda causa de morte na população feminina e estão associado à infecção pelos papilomavírus humanos (HPVs). Os diferentes genótipos do HPV têm potencial oncogênico distinto e, da mesma forma, variantes intragenótipo também podem apresentar oncogenicidade diferenciada. Vários trabalhos foram realizados no sentido de caracterizar os variantes dos HPVs-16 e -18, porém, existe pouca informação sobre os variantes dos outros genótipos de alto risco. O objetivo desse trabalho foi ampliar os conhecimentos acerca da variabilidade genética dos HPVs -53, -56 e -66. Para isso foram amplificadas e sequenciadas as regiões genômicas LCR, E6 e L1 de seis amostras do HPV-53, cinco do HPV-56 e seis do HPV-66. As sequências geradas foram analisadas quanto à variação de nucleotídeos em relação às sequências de referência dos HPVs-53, -56 e -66. Além disso, foi feita a análise filogenética das amostras do Distrito Federal (DF) juntamente com amostras de outras partes do mundo a partir de sequencias depositadas no GenBank. A análise das sequências de E6 e LCR das amostras do HPV-53 revelou a persiana de 6 variantes com relação à sequência de referência. Na análise do gene L1 foram detectados 3 variantes. Dentre as amostras do HPV-56, na análise de E6 e de LCR foram detectados 3 variantes e no gene L1 um variante foi detectado em 3 das 5 amostras. A análise das amostras do HPV-66 revelou a presença de um variante na análise do gene E6, nenhum variante na LCR e 2 variantes na análise do gene L1. Foram observadas substituições nucleotídicas não silenciosas, levando à troca de aminoácidos, o que pode indicar uma diversidade biológica e patogênica entre os variantes de cada genótipo do HPV. Além disso, as variações detectadas em potenciais sítios de ligação para fatores transicionais, celulares ou viral, podem influenciar a expressão dos oncogenes virais. Na análise filogenética não foi observado agrupamento Étnico ou geográfico que pudesse ser correlacionado com os variantes detectados, como observado para HPV-16 e -18. A análise filogenética dos HPVs-53 e -56 revelou uma divisão dicotômica somente encontrada na análise de subtipos. Filogeneticamente, o HPV-66 foi o genótipo que apresentou maior conservação, com amostras de várias regiões se agrupando no mesmo ramo onde se localizou a sequência de referência. Mais estudos devem ser conduzidos a fim de esclarecer o impacto das variações encontradas neste trabalho, visto que podem interferir na infectividade e patogenicidade viral. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Cervical cancer is the second major cause of death in the female population and is associated with human papillomavirus (HPV) infection. Different HPV genotypes have different oncogenic potential, and different variants intragenotype can also present different oncogenic potential. Several works have been done with the aim of describing HPV-16 and -18 variants. However, there is little information about variants of the other high-risk genotypes. The aim of this study was to improve the knowledge about genetic variability of HPVs-53, -56, and -66. We amplified and sequenced the LCR, E6 and L1 genomic regions of six HPV-53, five HPV-56 and six HPV-66 isolates. The sequences were compared to the reference sequences of HPVs-53, -56 and -66 to evaluate the presence of nucleotide substitutions. We also performed a phylogenetic analysis with the Federal District (DF) isolates and those of other parts of the world, using sequences from the GenBank. The analysis of the HPV-53 E6 and LCR isolates showed the presence of six variants in comparison with the reference sequence. In the analysis of the L1 gene we detected 3 variants. The analysis of HPV-56 E6 and LCR isolates showed the presence of 3 variants. On the L1 gene, 1 variant was detected. The analysis of HPV-66 isolates revealed the presence of one variant in E6 and 2 variants in L1, no variants were found in LCR. There were observed non-synonymous nucleotide substitutions, leading to amino acid exchanges, which may indicate a biological and pathogenic diversity between the HPVs genotypes. Furthermore, the substitutions detected on the putative transcription factors binding sites may have some implication on viral oncogenes expression. The phylogenetic analysis of HPVs-53 and -56 did not show ethno-geographical clustering that could be correlated with the detected variants, as observed for HPV-16 and -18. The HPVs-53, -56 and -66 phylogenetic analysis showed a dichotomic division only described to subtypes analysis. Phylogenetically, the HPV-66 was the most conserved genotype, with isolates from many regions clustering in the same branch, with the reference sequence. More studies must be conducted to clarify the impact of the variations found in this study, once they can interfere with the viral infectivity and pathogenicity.

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-13T12:39:53Z No. of bitstreams: 2 TESE Paula Virgínia Souza.pdf: 3356842 bytes, checksum: 612ad016f5345373502688d9e4421a85 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T12:39:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE Paula Virgínia Souza.pdf: 3356842 bytes, checksum: 612ad016f5345373502688d9e4421a85 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / CAPES; CNPq; FACEPE / Os métodos de diagnósticos clínicos convencionais, para detecção de infecções virais, geralmente demandam tempo, alto custo, reagentes e equipamentos laboratoriais. Os biossensores voltamétricos são excelentes alternativas de detecção viral, pois apresentam grande praticidade, rapidez, portabilidade, baixo custo e alta sensibilidade. Eletrodos quimicamente modificados (EQM) por polímeros condutores (poliacetileno, polianilina, polipirrol e politiofeno), são bastante sensíveis, com grande potencial de aplicação, constituindo excelentes alternativas para melhorar o desempenho de um sensor. Tais polímeros são constituídos por ligações duplas conjugadas que são responsáveis pelo aumento de condutividade. O objetivo deste estudo foi o desenvolver métodos diagnósticos label-free para detecção dos vírus papilomavírus bovino (BPV) e dengue (DENV), fabricados em eletrodos quimicamente modificados por Polianilina (PANI) e polipirrol (PPy) respectivamente. Foi utilizado como método para detecção viral de BPV um sistema genossensor elaborado a partir de eletrodos baseados em membranas de alumina anódica (AAO), polimerizadas quimicamente por Polianilina. Sondas de oligonucleotídeos de alta seletividade, alinhadas por bioinformática, foram imobilizadas no suporte proposto e, em seguida, a hibridização dos ácidos nucléicos complementares e amostras biológicas (positivas) foram avaliadas. A caracterização do perfil eletroquímico foi realizada e o sinal de oxidação da guanina verificado por voltametria de pulso diferencial (VPD) e as superfícies das membranas (AAO) foram analisadas por microscopia eletrônica de varredura (MEV). O sistema exibiu uma resposta rápida, sensível e seletiva com detecção limite de 51 nM. Outro sistema para detecção da proteína NS1 do DENV (imunossensor), foi desenvolvido em eletrodos de carbono impresso, eletropolimerizados por polipirrol/polipirrol-2-ácido carboxílico (PPy-PPa) e nanobastões de ouro (AuNR). Análises do bioconjugado foram realizadas por espectroscopia UV-Vis, microscopia eletrônica de transmissão (MET) e a caracterização eletroquímica por voltametria cíclica (VC). Os resultados demonstraram uma detecção limite de 0.0079 μgml−1. Os dois sistemas de detecção desenvolvidos demonstraram grande potencial eletroquímico no diagnóstico de infecções virais.

Submitted by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-04-15T13:30:04Z No. of bitstreams: 2 Tese ANDRE LUIZ S JESUS.pdf: 4654280 bytes, checksum: 03100a85f4b9571c1491b58a29a7f395 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-15T13:30:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese ANDRE LUIZ S JESUS.pdf: 4654280 bytes, checksum: 03100a85f4b9571c1491b58a29a7f395 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-05-03 / CAPES; CNPq / Os papilomavírus são conhecidos por causarem lesões em tecidos epiteliais em uma variedade de animais. Em bovinos, as doenças associadas ao papilomavírus bovino (BPV) geram perdas econômicas para os criadores. Até agora não existem vacinas ou tratamentos eficazes contra BPV. Esse trabalho teve como objetivo desenvolver estratégias vacinais contra doenças associadas ao BPV. Para a produção de vacinas de subunidade, a levedura Pichia pastoris tem sido utilizada com sucesso para a produção de várias proteínas recombinantes. Os genes L1 de BPV1, 2 e 4 foram clonados em vetor de expressão, sob regulação do promotor induzível por metanol AOX1. Os recombinantes produziram proteína viral, mas em níveis baixos. Para aumentar a produção, foi utilizada a estratégia de otimização dos códons aliada ao uso de bioreator. Alem disso, o gene L1 de BPV1 foi clonado em vetor não comercial, sob controle do promotor constitutivo PGK1. A proteína L1 foi detectada por imunoblot no sobrenadante da cultura dos recombinantes. Como abordagem terapêutica, a imunização genética tem sido empregada com alguns produtos disponíveis no mercado. Os genes L2 e E5 de BPV1 foram clonados em vetor de expressão pCI-neo e as construções foram utilizadas para transfectar células HEK293. A expressão gênica foi detectada por RT-PCR e a produção das proteínas virais foi confirmada por Western blot. O presente estudo apresenta resultados promissores para o desenvolvimento de uma plataforma vacinal contra infecções pelo BPV.

Submitted by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2017-11-27T16:10:28Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE de Sérgio Lima Jr.pdf: 11395127 bytes, checksum: 64129ee17955a89946e55a8c0535583c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-27T16:10:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE de Sérgio Lima Jr.pdf: 11395127 bytes, checksum: 64129ee17955a89946e55a8c0535583c (MD5) Previous issue date: 2016-09-13 / FACEPE / O câncer cervical é o terceiro mais comum no mundial. Entretanto, apenas um pequeno número das infecções causam lesões ou evoluem ao que câncer, indicando a ação de outros agentes. SNPs em genes de inflamassomas e citocinas tem sido associado com respostas a infecções virais e ao desenvolvimento de neoplasias. O estudo teve por objetivo investigar relação entre SNPs de genes do inflamassoma e citocinas com a infecção pelo HPV e com a progressão da neoplasia intraepitelial cervical em pacientes da Região Metropolitana do Recife. Os SNPs foram acessados por PCR-SSP, PCR-RFLP, sondas Taqman ou sequenciamento de DNA. Observou-se que o polimorfismo do TNF-α rs1800629 foi associado com um maior risco de infecção por HPV [p= 0.0008]; NLRP1 rs11651270 desempenhou papel de proteção contra a persistência e/ou oncogênese do HPV [p= 0.0003]; NLRP3 rs10754558 e IL-18 rs1834481 [p=0.0008 e p= 0.018, respectivamente] possuiam efeito benéfico contra a persistência do HPV; NLRP3 rs10754558, IL-18 rs1946518 e rs2227307 [p= 0.0004 e p= 0.0043, respectivamente] estão significativamente associados com menor risco de infecção por HPV de alto risco; enquanto os polimorfismos IL-1 rs1143634 e rs1143643 [p= 0.0001 e p= 0.04, respectivamente] estão associados à proteção pela infecção por HPV, sendo o rs1143634 associado à progressão de lesões cervicais uma vez que o HPV tenha se instalado [p= 0.0001]. Estes resultados ampliam o entendimento da relação entre polimorfismos nos genes dos inflamassomas e citocinas no risco de infecção por HPV e no desenvolvimento de lesões precursoras do câncer cervical. / Cervical cancer is the third most common in women worldwide. However, only a small number of infections cause injury or evolve to cancer, indicating the action of other agents. Inflamassomas SNPs in genes and cytokines has been associated with responses to viral infections and cancer development. The study aimed to investigate the relationship between SNPs inflammasome genes and cytokines with HPV infection and progression of cervical intraepithelial neoplasia in patients in the Metropolitan Region of Recife - Pernambuco - Brazil. SNPs were accessed by PCR-SSP, PCR-RFLP, Taqman probes or DNA sequencing. Our study showed that the TNF-α polymorphism of rs1800629 was associated with an increased risk HPV infection [P = 0.0008]; NLRP1 rs11651270 played a protective role against the persistence and / or HPV oncogenesis [p = 0.0003]; NLRP3 rs10754558 rs1834481 and IL-18 [P = 0.0008 and p = 0.018, respectively] had a beneficial effect against HPV persistence; NLRP3 rs10754558, rs1946518, and IL-18 rs2227307 [p = 0.0004 and p = 0.0043, respectively] are significantly associated with a lower risk of high-risk HPV infection; while IL-1 polymorphism rs1143634 and rs1143643 [p = 0.0001 and p = 0.04, respectively] are associated with protection by HPV infection, and the rs1143634 associated with progression of cervical intraepithelial lesions since the HPV has settled [p = 0.0001 ]. These results extend the understanding of the relationship beetwhen polymorphisms on inflammasome and cytokines genes in the risk of HPV infection and the development of precursor lesions of cervical cancer.

Submitted by Fernanda Rodrigues de Lima (fernanda.rlima@ufpe.br) on 2018-07-25T20:36:15Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Marek Henrique Ferreira Ekert.pdf: 3742586 bytes, checksum: 5f032421e7302b07ac32bd89c6bf9e5d (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-07-27T22:31:17Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Marek Henrique Ferreira Ekert.pdf: 3742586 bytes, checksum: 5f032421e7302b07ac32bd89c6bf9e5d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-27T22:31:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Marek Henrique Ferreira Ekert.pdf: 3742586 bytes, checksum: 5f032421e7302b07ac32bd89c6bf9e5d (MD5) Previous issue date: 2017-02-06 / FACEPE / Atualmente o mercado global de marcadores moleculares está avaliado em US$ 24.10 blihões. Eles são ferramentas muito versáteis, utilizados na área forense e na medicina. Na identificação humana, o uso do DNA (marcadores STR) continua revolucionando as áreas jurídicas e criminais. Por outro lado, a infeção pelo Papilomavírus Humano (HPV) ainda não possui marcadores precoces para diagnóstico. A resposta imune contra o HPV é caracterizada pela imunidade celular local e nesse processo, os receptores Toll-Like (TLRs) desempenham um papel importante na detecção de moléculas pertencentes à agentes microbianos, desencadeando cascatas imunológicas para ativar fatores de transcrição, como o IRF3 e consequentemente, a inflamação e resposta antiviral. O presente trabalho objetivou utilizar marcadores moleculares para identificação humana e selecionar possíveis biomarcadores para a infecção pelo HPV. Através dos marcadores STR, foi possível realizar, com êxito, a identificação de 125 vítimas de crimes no estado de Pernambuco. Ademais, mediante esses marcadores genéticos, elucidou-se um caso de homicídio, que gerou grande repercussão no estado de Alagoas, no qual identificou-se uma vítima de esquartejamento. O contexto social atual obriga por parte do governo, profissionais de segurança pública e cientistas, uma busca constante por alternativas e metodologias cada vez mais eficientes que permitam identificar criminalmente as vítimas e os autores dos ilícitos penais. A integridade genômica do TLR2 é importante para evitar a infecção pelo HPV, quando esta sinalização é previamente estimulada através de vaginose bacteriana. A população estudada não mostrou associação do polimorfismo S427T no gene IRF3 com susceptibilidade à infecção pelo HPV ou vaginose bacteriana. No entanto, estudos adicionais são necessários para explorar o papel dos polimorfismos das TLRs, principalmente a TLR2 e, também das moléculas de suas cascatas de ativação imunológica, especialmente o IRF3, no risco de infecção pelo HPV associado com níveis de citocinas e recrutamento celular imune neste tecido. Dessa forma, pode-se tentar elucidar o papel dessas moléculas na resposta imune contra HPV. / Currently, the global market for molecular markers is valued at $ 24.10 bln. They are very versatile tools, used in the forensic area and in medicine. In human identification, the use of DNA (STR markers) continues to revolutionize as legal and criminal areas. On the other hand, a Human Papillomavirus (HPV) infection does not yet have early markers for diagnosis. The response is similar to HPV and is characterized by local cellular immunity and by the process, Toll-Like receptors (TLRs) play an important role in detecting molecules belonging to microbial agents, triggering immunological cascades to activate transcription factors, such as IRF3 and Consequently, inflammation and antiviral response. The present work aimed to use molecular markers for human identification and to select possible biomarkers for an HPV infection. Through the STR markers, it was possible to successfully identify 125 victims of crimes in the state of Pernambuco. In addition, through these genetic markers, a case of homicide was elucidated, that generated great repercussion in the state of Alagoas, in which a victim of quartering was identified. The current social context, by the government, public security professionals and scientists, a constant search for alternatives and increasingly efficient methodologies that allow criminally identify as victims and perpetrators of criminal offenses. The genomic integrity of TLR2 is important to prevent HPV infection when it is estimated through the bacterial vaginosis. The studied population showed no association of the S427T polymorphism with any IRF3 gene with susceptibility to HPV infection or bacterial vaginosis. However, additional studies are needed to explore the role of TLR polymorphisms, especially a TLR2 and also the molecules of their immunological activation cascades, especially IRF3, no risk of HPV infection associated with cytokine levels and immune cell recruitment in this Tissue In this way, one can try to elucidate the role of theses molecules in the immune response against HPV.

Submitted by Fernanda Rodrigues de Lima (fernanda.rlima@ufpe.br) on 2018-08-02T19:15:54Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Maria Juliana Galvão Nunes.pdf: 2729731 bytes, checksum: 4b3c67fb4b7b283bbee0c2baa651bfef (MD5) / Rejected by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br), reason: on 2018-08-02T19:39:45Z (GMT) / Submitted by Fernanda Rodrigues de Lima (fernanda.rlima@ufpe.br) on 2018-08-02T19:45:59Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Maria Juliana Galvão Nunes.pdf: 2729731 bytes, checksum: 4b3c67fb4b7b283bbee0c2baa651bfef (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-08-03T22:29:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Maria Juliana Galvão Nunes.pdf: 2729731 bytes, checksum: 4b3c67fb4b7b283bbee0c2baa651bfef (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-03T22:30:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Maria Juliana Galvão Nunes.pdf: 2729731 bytes, checksum: 4b3c67fb4b7b283bbee0c2baa651bfef (MD5) Previous issue date: 2017-03-03 / FACEPE / A incidência de carcinoma anal e lesões precursoras relacionadas tem aumentado no mundo, em homens e mulheres e a infecção persistente pelo Papilomavírus humano (HPV) desempenha um papel fundamental na carcinogênese anal. Os fatores de risco para o desenvolvimento de câncer anal incluem intercurso anal, múltiplos parceiros e infecção cervical pelo HPV. Desta forma, o objetivo deste estudo foi avaliar a infecção simultânea pelo HPV na mucosa cervical e anal e elucidar a associação entre a expressão local da proteína p16, β-defensina-2 e 3 e TNF-α (fator de necrose tumoral alfa) na mucosa anal e o grau de lesões anais associadas ao HPV. O grupo de estudo foi constituído por mulheres sexualmente ativas, com idade entre 18 e 60 anos. A coleta de células foi realizada a partir da mucosa cervical e anal com escova ginecológica, seguida de exame de colposcopia e anuscopia. O DNA foi extraído de amostras de células anais e cervicais e a PCR convencional foi realizada para detectar presença de HPV (tipos: 6, 16, 18, 31 e 33). A PCR em tempo real foi realizada utilizando primers específicos para a β-defensina 2, 3 e TNF-α. Os fragmentos de biopsia foram submetidos a coloração hematoxilina-eosina de rotina para a avaliação histológica e reação imunohistoquímica utilizando anticorpo anti-p16. Neste estudo, a positividade para p16 foi associada ao grupo com neoplasia, estatisticamente significativo (p = 0,0002) e padrão contínuo foi predominante. Cerca de 75% dos pacientes com neoplasia foram positivos para HPV e p16. Verificou-se alta taxa de infecção por HPV nas mucosas anal (70,52%), cervical (74,73%) e infecção simultânea cervical e anal (54,73%). A infecção simultânea (mucosa anal e cervical) pelo mesmo tipo de HPV foi observada em 17,30% dos pacientes. Entre os tipos de HPV identificados, o genótipo predominante nas amostras anal e cervical foi HPV6 (26,38%) e (19,71%), respectivamente. Nossos resultados também mostraram uma diminuição da expressão de TNF-α em lesões anais de alto grau em comparação com o normal HPV-positivo (p <0,0001), enquanto que os níveis de expressão de β-defensina 3 aumentaram em pacientes de alto grau (p = 0,0009). A aquisição de infecção simultânea anal e cervical pode ocorrer por diferentes meios, mostrando que o canal anal é uma fonte de infecção. / The incidence of anal carcinoma and related precursor lesions have been increasing worldwide for both men and women. The human papillomaviruses (HPVs) play a fundamental role in anal carcinogenesis, through persistent infection. Women with cervical cancer and history anal intercourse have an increased risk of anal cancer. The aim of this study was to evaluate simultaneous HPV infection in cervical and anal mucosa and to elucidate the association between p16 protein, β-defensin-2, 3 and TNF-α (tumor necrosis factor alpha) expression local in the anal mucosa and the degree of HPV-associated anal lesions. Study group was composed of sexually active immunocompetent women. Cells collection was performed from cervical and anal mucosa with a brush, followed by anuscopy and colposcopy exam. DNA was extracted from anal and cervical cell samples and PCR was performed to detect HPV presence (types: 6, 16, 18, 31 and 33). Real-time PCR was performed using specific primers to β-defensin 2, 3 and TNF-α. Biopsy fragments were subjected to routine hematoxylin-eosin staining for the histological assessment and immunohistochemistry reaction using anti-p16 antibody. In our study, positivity for p16 was frequently associated with group with neoplasia, statistically significant (P = 0.0002) and continuous pattern was predominant. About 75% of patients with neoplasia were positive for HPV and p16. A high rate of HPV infection in anal (70.52%), cervical (74.73%) and simultaneous cervical and anal mucosa (54.73%) was found. Simultaneous infection (anal and cervical mucosa) by the same type HPV was observed in 17.30% of the patients. Among all HPV types identified, the predominant genotype in anal and cervical samples was HPV6 (26.38%) and (19.71%), respectively. Our findings also showed a decreased TNF-α expression in high-grade anal lesion compared to normal HPV-positive (p < 0.0001), whereas expression levels of β-defensin 3 were increased in high-grade patients (p = 0.0009). The acquisition of simultaneous infection anal and cervical may occur by different means, showing that the anal canal is also a source of infection.

PEREIRA, Gisnayle Ana da Silva, também é conhecida em citações bibliográficas por: SILVA, Gisnayle Ana da / Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-08-14T22:46:00Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Gisnayle Ana da Silva Pereira.pdf: 3581049 bytes, checksum: 0e1c269d58eb70f1e94adebbfd3193ea (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-08-16T18:35:14Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Gisnayle Ana da Silva Pereira.pdf: 3581049 bytes, checksum: 0e1c269d58eb70f1e94adebbfd3193ea (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-16T18:35:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Gisnayle Ana da Silva Pereira.pdf: 3581049 bytes, checksum: 0e1c269d58eb70f1e94adebbfd3193ea (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / CAPES / O câncer do colo do útero é um dos principais tipos de câncer no mundo, e seu desenvolvimento está associado principalmente à infecção pelo Papilomavirus humano (HPV). Embora esse tipo de infecção esteja intimamente associado à atividade sexual, a alta incidência das lesões cervicais pode estar relacionada a uma deficiência na resposta imune. Receptores Toll-like (TLRs) tem um importante papel na imunidade inata, atuando no reconhecimento de antígenos e gerando sinais para produção das citocinas pró-inflamatórias. O TLR9, atua no reconhecimento do DNA bacteriano e viral conduzindo ao recrutamento de células imunológicas para os sítios da infecção. Polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) em TLR9 podem influenciar no aumento da susceptibilidade a diversas doenças, como, por exemplo, o câncer cervical. O presente estudo teve por objetivo identificar polimorfismos não sinônimos com potencial correlação com a infecção por HPV, assim como avaliar efeitos estruturais e funcionais ocasionados por essas mutações em TLR9 através de ferramentas in silico. Análises para 5 nsSNPs da TLR9 foram realizadas por PCR-RFLP em amostras cervicais de 57 pacientes atendidas nas Unidades de Saúde da Família (SUS, Olinda – PE). Adicionalmente, para determinar como SNPs não sinônimos (nsSNPs) podem afetar a estrutura molecular e a função de TLR9, uma análise de nsSNPs existentes para TLR9 foi realizada e apenas nsSNPs que possuíam variação no grau de hidrofobicidade maior ou igual a 50% foram utilizados para análise preditiva do efeito estrutural e funcional através de 16 algoritmos. A metodologia para PCR-RFLP para os polimorfismos 7021T>G (Met85Arg), 7191G>A (Glu115Gln), 7351C>T (Ala168Val), 7986G>T (Asp380Tyr), 8159G>T (Met347Ile) foi desenhada através de bioinformática. A análise molecular demonstrou que para TR9 8159G>T, o alelo T pode estar associado com lesões cervicais (p=0.0005). Em relação à predição computacional, 18 nsSNPs foram encontrados com alto impacto funcional/estrutural para a TLR9, sendo 12 nsSNPs localizados na região de reconhecimento do patógeno. Através do nosso estudo, descobrimos polimorfismos que podem ter alta correlação com doenças causadas por agentes patogênicos, de acordo com a previsão dos impactos estruturais e funcionais através de polimorfismo deletério não sinônimo na molécula de TLR9. / Cervical cancer is among the main types of cancer of higher incidence in the world. It is associated mainly with human papillomavirus (HPV) infection. Although this type of infection is closely associated with sexual activity, the high incidence of cervical lesions may be also related to a deficiency in the immune response. Toll-like Receptors (TLRs) play an important role in innate immunity, acting in the recognition of antigens and the generation of signals that produce proinflammatory cytokines. TLR9 operates in the recognition of bacterial and viral DNA leading the recruitment of immune cells to the infection sites. Therefore, single nucleotide polymorphisms (SNPs) in TLR9 could influence the increased susceptibility to many diseases, for example, cervical cancer. This study aimed to identify non-synonymous SNPs (nsSNPs) with potential correlation with HPV infection, also evaluating structural and functional effects caused by these mutations in TLR9 through computational analysis. Evaluation of 5 nsSNPs in TLR9 was performed by PCR-RFLP in cervical samples of 57 patients treated in the Family Health Units (SUS, Olinda - PE). To determine how nsSNPs may affect the molecular structure and function of TLR9, a computational analysis was performed, and only nsSNPs with of hydrophobicity variation degree equal or greater than 50% were used for predictive analysis of structural and functional effect through 16 algorithms. The PCR-RFLP test for 7021T> G (Met85Arg), 7191G> A (Glu115Gln), 7351C> T (Ala168Val), 7986G> T (Asp380Tyr), 8159G>T (Met347Ile) was determined through by bioinformatics approaches. Molecular analysis showed that T allele of TR9 8159G> T may be associated with cervical lesions (p=0.0005). Regarding the computational prediction, 18 nsSNPs were found with high functional/structural impact for TLR9, 12 nsSNPs located in pathogen recognition region. Through our study, we found polymorphisms that may have high correlation with diseases caused by pathogens, according to the prediction of structural and functional impacts through deleterious polymorphism not synonymous in TLR9 molecule.

Submitted by Fernanda Rodrigues de Lima (fernanda.rlima@ufpe.br) on 2018-08-21T22:46:55Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Joana D’arc Rozendo dos Santos.pdf: 2832084 bytes, checksum: 98dea1008c46aecb8db1bf23fc46be2e (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-08-28T22:43:00Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Joana D’arc Rozendo dos Santos.pdf: 2832084 bytes, checksum: 98dea1008c46aecb8db1bf23fc46be2e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-28T22:43:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Joana D’arc Rozendo dos Santos.pdf: 2832084 bytes, checksum: 98dea1008c46aecb8db1bf23fc46be2e (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / CAPES / FACEPE / O câncer de colo do útero, o quarto tipo mais comum entre as mulheres brasileiras, é precedido por lesões epiteliais, classificadas como neoplasia intraepitelial cervical (CIN) de grau I, II, ou III, normalmente associadas com infecção genital pelo papilomavírus humano (HPV). Porém, os elementos envolvidos no prognóstico da infecção por HPV ainda estão pouco esclarecidos. O óxido nítrico (NO), um gás solúvel envolvido em processos de vasodilatação, neurotransmissão e imunidade, é produzido a partir da ação de 3 isoformas da enzima óxido nítrico sintase (NOS), sendo a endotelial (eNOS) uma das moléculas envolvidas com o câncer. No entanto, investigações sobre o efeito de mutação na eNOS no câncer ainda geram resultados conflitantes, com poucos estudos relacionando essas diferenças genéticas com CIN ou câncer cervical. No presente estudo, os polimorfismos 894G>T e VNTR 4b4/a forma investigados por PCR em amostras de mulheres atendidas em USFs de Olinda – PE. Os dados foram correlacionados com os aspectos de citologia oncótica, infecção por HPV, assim como genótipos de HPV de alto risco. Amostras de DNA de sangue de 94 pacientes atendidas em unidades de atenção primária foram avaliadas, e os dados analisados em relação ao tipo de lesão cervical para determinar o efeito do polimorfismo da eNOS na susceptibilidade à infecção por HPV. A distribuição dos polimorfismos de eNOS 894G>T e VNTR 4b/a apresentou maior frequência para os genótipos G/G (64,9%) e 4b/4b (67%), respectivamente. Apenas genótipo eNOS 894 T/T poderia estar associado à lesão cervical (p=0,0018), enquanto o genótipo VNTR 4a/4a não foi encontrado nesta população. Não houve associação entre os polimorfismos de eNOS com a infecção pelo HPV, HPV de alto risco ou vaginose bacteriana. No entanto, o haplótipo G/T+4a/4b apresentou OR de 5,3 para vaginose bacteriana (95% CI 0.76-37.1), enquanto T/T+4b/4a mostrou OR de 5,0 para infecção por HPV (95% CI 0.11-220) e para 1,8 lesões cervicais (95% CI 0.04-79.5). A combinação dos alelos T+4a apresentaram valores de OR para infecção por HPV de 3,0 (95% CI 0.07-115) e lesões cervicais 1,29 ( 95% CI 0.03-53.6). Os resultados indicam polimorfismos na eNOS podem influenciar na resposta imunológica do organismo contra o HPV e no surgimento das lesões cervicais. Estudos adicionais serão necessários para confirmar o papel polimorfismos da eNOS na evolução das lesões cervicais para o câncer. / The cervical cancer, the fourth most common type among Brazilian women is preceded by lesions in the epithelium cervical intraepithelial neoplasia (CIN), usually associated with genital human papillomavirus (HPV). However, the elements involved in HPV infection of prognosis are still poorly understood. Nitric oxide (NO) is a soluble gas processes involved in vasodilation, neurotransmission and immunity. NO is produced from 3 isoforms of the enzyme nitric oxide synthase (NOS) and endothelial (eNOS) of the molecules involved in cancer. However, investigations of the mutation effect on eNOS in cancer also generate conflicting results, with few studies linking these genetic differences with cervical cancer. In the present study, a panel involving molecules associated with eNOS and signaling pathways related to eNOS was designed, highlighting 5 stimulatory molecules production eNOS, 4 and 38 signaling pathways related molecules eNOS. DNA from blood samples of 94 patients with and without cervical intraepithelial lesion were analyzed for the presence of two polymorphisms in the eNOS gene, G894T and intron 4VNTR (4a/b). The distribution of eNOS 894G>T and VNTR 4b/a polymorphisms showed higher frequency of G/G (64.9%) and 4b/4b (67%) genotypes. No VNTR 4a/4a genotype was found in this population. Only eNOS 894 T/T genotype may be associated with cervical lesions (p = 0.0018). There was no association between polymorphisms of eNOS with HPV infection, high risk HPV or bacterial vaginosis. However, the haplotype G/T + 4a/4b showed an OR of 5.3 for bacterial vaginosis (95% CI 0.76-37.1), while T/T + 4b/4a showed an OR of 5.0 to HPV infection (95 % CI 0.11-220) and 1.8 cervical lesions (95% CI 0.04-79.5). The combination of T + 4a alleles presented OR values for HPV infection of 3.0 (95% CI 0.07-115) and cervical lesions 1.29 (95% CI 0.03-53.6). The genotype 894 T/T associated with the genotype VNTR 4b/4a can be related to HPV infection. And more studies are needed to confirm the role of eNOS polymorphism in cervical lesions.

Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-08-29T20:51:35Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Ana Paula Ferreira Campos.pdf: 2091702 bytes, checksum: 206e041438756822063cb0f534cef65e (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-09-10T19:33:36Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Ana Paula Ferreira Campos.pdf: 2091702 bytes, checksum: 206e041438756822063cb0f534cef65e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-10T19:33:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Ana Paula Ferreira Campos.pdf: 2091702 bytes, checksum: 206e041438756822063cb0f534cef65e (MD5) Previous issue date: 2017-02-24 / CAPES / Os papilomavírus incluem vírus de DNA circular, geralmente envolvidos em lesões benignas do epitélio e mucosas. No entanto, alguns papilomavírus apresentam potencial oncogênico levando ao desenvolvimento de doenças como a papilomatose bovina. Atualmente, é sabido que a proteína L2 que compõe a estrutura do capsídeo, e alguns de seus epítopos são capazes de induzir a produção de anticorpos neutralizantes. Além disso, a oncoproteína E5 é responsável pelo crescimento e transformação celular, sendo o principal gene de transformação em bovinos. Entretanto, não existe disponível vacina comercial eficaz contra a infecção pelo BPV. Dessa forma, o presente trabalho consiste na construção de candidatos vacinais por meio de vacina de DNA contra a infecção por BPV. Para tal, tivemos como objetivo específico a construção de vetores vacinais a partir do plasmídeo pCI-neo e avaliamos in vitro a expressão dos respectivos antígenos em células de mamíferos. Os genes escolhidos para o estudo, L2 selvagem e o seu epítopo contido entre os aminoácidos 11 a 200, além do oncogene E5 selvagem, foram amplificados por PCR, clonados individualmente no vetor plasmidial pGEM-T easy e propagados em Escherichia coli (linhagem DH5α). Em seguida, os genes de trabalho foram previamente digeridos e subclonados no vetor pCI-neo para expressão em células de mamífero, incluindo o gene E5 sintético códon otimizado. Ambas as sequências foram avaliadas por digestão enzimática e por sequenciamento. A avaliação da funcionalidade das construções foi realizada pela expressão das mesmas em cultura de células embrionárias do Rim Humano (HEK-293 - Human embrionic kidney cell) seguida por análise da expressão gênica via RT-PCR e dos extratos proteicos por SDS-PAGE e Western-Blot. Os resultados obtidos apresentaram a expressão dos genes L2ʷᵗ, L2¹¹⁻²⁰⁰ e E5ᵒᵗⁱᵐⁱᶻᵃᵈᵒ confirmada por RT-PCR. No entanto, a produção das respectivas proteica não foi detectada pela análise via immunoblotting, demonstrando que melhorias no protocolo são necessárias. / Papillomaviruses are circular DNA viruses, generally involved in benign lesions of the epithelium and mucous membranes. However, some papillomaviruses present oncogenic potential leading to the development of diseases such as bovine papillomatosis. Currently, it is known that the viral capsid L2 protein and some of its epitopes are capable of inducing the production of neutralizing antibodies. In addition, the E5 oncoprotein is responsible for cell growth and transformation, being the main transformation gene in cattle. However, no effective commercial vaccine against BPV infection is available. Thus, the present work consists of the construction of vaccine candidates by means of DNA vaccine against BPV infection. For this propose, we specifically aimed to construct vaccine vectors from the plasmid pCI-neo and evaluated the expression of the respective antigens in vitro in mammalian cells. The genes chosen for the study, the entire L2 sequence and its epitope contained between the amino acids 11 to 200 and the wild-type E5 oncogene, were amplified by PCR, individually cloned into the pGEM-T easy vector and propagated in Escherichia coli (strain DH5α). Then, the working genes were pre-digested and subcloned into the pCI-neo vector for expression in mammalian cells, including the synthetic codon optimized E5 gene. Both sequences were evaluated by enzymatic digestion and sequencing. The evaluation of the functionality of the constructs was performed by gene expression in Human Kidney embryo cell (HEK-293) followed by analysis of the gene transcription via RT-PCR and of protein extract via SDS-PAGE and Western Blot. The results obtained showed the expression of the genes L2ʷᵗ, L2¹¹⁻²⁰⁰ and E5ᵒᵖᵗⁱᵐⁱᶻᵉᵈ confirmed by RT-PCR. However, production of the respective proteins was not detected by immunoblotting analysis, demonstrating that improvements in the protocol are required.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:02:44Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3672_1.pdf: 2497903 bytes, checksum: cc3087d67434a06af59f087e20d56fc9 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Papilomavírus bovinos (BPVs), vírus da família Papillomaviridae, acometem o gado com a indução do aparecimento de verrugas, cânceres de bexiga e do trato digestório, causando importantes prejuízos à economia pecuarista. Dez tipos de BPV já foram bem caracterizados (BPV-1 a 10). O presente trabalho teve como foco detectar seqüências do genoma de BPVs em amostras de sangue de animais de uma fazenda leiteira em Pernambuco e nas culturas de linfócitos correspondentes, visando investigar a presença dos tipos virais, mais especificamente 1, 2 e 4, verificar a presença simultânea de mais de um tipo viral e o eventual tipo mais freqüente. Para o diagnóstico viral, utilizou-se a técnica da reação em cadeia da polimerase (PCR), empregando-se iniciadores específicos para os tipos 1, 2 e 4, direcionados aos genes L1, L2 e E7, respectivamente. A confirmação dos produtos amplificados foi realizada com digestão enzimática e posterior seqüenciamento. Foram detectadas seqüências virais em todos os animais trabalhados, independente da presença de papilomas aparentes. Os tipos 1 e 2 foram detectados diretamente de amostras de sangue e em cultura celular de linfócitos, enquanto que o tipo 4 não foi detectado em nenhuma das amostras. Os resultados positivos puderam ser confirmados por digestão enzimática. A presença viral em sangue corrobora trabalhos descritos na literatura que discutem a disseminação do BPV pelo sangue, enquanto que a detecção em cultura indica manutenção viral neste sistema. A partir do seqüenciamento de algumas amostras positivas para BPV-1, sugeriu-se uma nova variante viral, quando comparadas às seqüências depositadas no GenBank. Faz-se necessário a ampliação deste estudo, abordando-se outras fazendas importantes do Estado. Em conclusão, os resultados obtidos neste trabalho geram maiores conhecimentos acerca de BPV em Pernambuco, mais especificamente no município de Ribeirão