Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2017-05-05T19:38:03Z No. of bitstreams: 2 Tese - Jardel Barbosa dos Santos - 2017.pdf: 2156132 bytes, checksum: dc42d7a06a415c7e2f9e0d0138348569 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-10T13:37:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Jardel Barbosa dos Santos - 2017.pdf: 2156132 bytes, checksum: dc42d7a06a415c7e2f9e0d0138348569 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T13:37:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Jardel Barbosa dos Santos - 2017.pdf: 2156132 bytes, checksum: dc42d7a06a415c7e2f9e0d0138348569 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-22 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The patterns of parasitism and the influence of the edges between native vegetation and soybean crop on the population dynamics of whitefly were evaluated in twenty fields in the center-west of Brazil. Monitoring was carried out in two crop seasons, 2013/2014 and 2014/2015. The samplings were biweekly, in two field sites, one on the edge, 20 meters away from the native vegetation and another in the interior of the field, at least 400 meters from the edge. Adult populations of whitefly were monitored using yellow stick traps and whitefly nymphs and parasitized nymphs where counted in 30 soybean leaflets in the lower third of the plant per sampling point. Four species of whitefly parasitoids in soybean, Encarsia lutea, E. porteri, E. nigricephala and Eretmocerus mundus were identified. The species of greatest abundance was E.lutea, which was found in approximately 60% of parasitized nymphs. The rate of parasitism ranged from 6.2% to 46.5% in 2013/14 and from 3.6 to 50% in the next season. Whitefly parasitism is strongly correlated with host density and air temperature, being the first responsible for 98.6% of the explanation for the variability of whitefly parasitism in soybean. The population of the parasitoid increases with increasing host density, indicating a positive dense-dependent response. It was also observed that the population dynamics of the whitefly is affected by edge, period, the season and the field. Higher density of adult and whitefly nymphs was observed at the edge adjacent to natural vegetation, when compared to the interior of soybean crops. On average, 133.3 adults/traps and 6.6 whitefly nymphs/leaflets were observed at the edge adjacent to the native vegetation within the fields. However, it was not observed higher density of the parasitism at the edge adjacent to the native vegetation than inside the soybean field, pointing out that the current conditions of native vegetation remnants do not contribute as reservoir of parasitoids. Thus, the border adjacent to the native vegetation has not contributed to the establishment of the natural control of the pest. The differential effects of the border on the population density of the pest and its parasitoids indicate that the edges should be prioritized in the monitoring of the whitefly and that to increase the rates of parasitism of the pest, fragments of natural vegetation need to be conserved and restored. / Os padrões de parasitismo e a influência da borda adjacente à vegetação nativa sobre a dinâmica populacional de mosca-branca na soja foram avaliados em vinte áreas de cultivo no centro-oeste do Brasil. Os monitoramentos foram realizados em duas safras agrícolas, 2013/2014 e 2014/2015 com avaliações quinzenais na borda, distante 20 metros da vegetação nativa, e no interior das áreas, no mínimo a 400 metros da borda. Nesses locais foram monitoradas as populações de adultos e ninfas de mosca-branca. O monitoramento dos adultos foi realizado com armadilhas adesivas amarelas. Para ninfas foi feita a coleta de 30 folíolos de soja do terço inferior da planta para avaliação das ninfas. Foram identificadas quatro espécies de parasitoides de mosca-branca em soja, Encarsia lutea, E. porteri, E. nigricephala e Eretmocerus mundus. A espécie de maior abundância foi E.lutea, correspondendo a aproximadamente 60 % do parasitismo. A taxa de parasitismo variou entre 6,2% e 46,5% em 2013/14 e de 3,6 a 50% na safra 2014/2015. O parasitismo de mosca-branca é fortemente relacionado com a densidade do hospedeiro e com a temperatura média do ar, sendo o primeiro responsável por 98,6 % da variabilidade do parasitismo de mosca-branca em soja. A população do parasitoide aumenta com o crescimento da densidade do hospedeiro, indicando uma resposta denso-dependente positiva. Foi observado também que a dinâmica populacional da mosca branca é afetada pela borda, pelo período de coleta, pela safra e pela área. Maiores populações de adultos e ninfas de mosca-branca foram observadas na borda adjacente à vegetação nativa, comparada ao interior dos cultivos de soja. Em média foram observados 133 adultos/armadilhas e 6,6 ninfas de mosca-branca/folíolo a mais na borda adjacente a vegetação nativa do que no interior das áreas. Entretanto, não foi observado maior densidade do parasitismo na borda adjacente à vegetação nativa, apontando que as condições atuais dos remanescentes de vegetação nativa não contribuem como reservatório de parasitoides e portanto, não tem contribuído para o estabelecimento do controle natural da praga. Os efeitos diferenciados da borda na densidade populacional da praga e de seus parasitoides indicam que as bordas devem ser priorizadas nos monitoramentos da moscabranca e que para aumento das taxas de parasitismo da praga, os fragmentos de vegetação natural precisam ser conservados e restaurados.

A grande maioria das espécies de anfíbios anuros apresenta um padrão de reprodução sazonal, caracterizado nos machos por um pico de andrógenos que desencadeia maturação testicular, bem como manutenção do comportamento sexual. No entanto, os altos níveis de andrógenos podem apresentar um efeito imunossupressor, podendo também aumentar a probabilidade de infecções parasitárias. A Caatinga brasileira é caracterizada por altas temperaturas e chuvas sazonais e imprevisíveis que determinam o padrão reprodutivo e de atividade dos anuros dessa região, algumas espécies como P. diplolister apresentam comportamento de estivação durante a seca, já Rhinella Jimi e R. granulosa permanecem ativos quanto ao forrageamento durante este período. As drásticas variações deste ambiente poderiam acentuar os ajustes fisiológicos apresentados por essas espécies, principalmente para a espécie estivadora. Foram estudadas as inter-relações entre caracteres morfológicos, fisiológicos e parasitológicos dessas três espécies de anuros, em três períodos distintos, (A) durante a temporada reprodutiva, em um período entre dois surtos reprodutivos (período entre chuvas); (B) durante um surto reprodutivo que acompanhou um evento de chuvas e (C) no período da seca. As duas espécies de Rhinella apresentaram evidências de modulações imunológicas de acordo com período, e correlações entre caracteres imunológicos, fisiológicos e número de parasitas. Pleurodema diplolister apresentou padrões imunológicos coerentes com o processo de economia energética durante a estivação, como redução do número de leucócitos totais, com concomitante aumento na contagem de eosinófilos e relação positiva entre intensidade parasitária e contagem total de leucócitos. As três espécies estudadas apresentaram depleção das reservas energéticas durante o período reprodutivo, possivelmente associada à alta demanda energética do comportamento vocal. Também apresentaram padrões similares de maturação testicular, evidenciando que as espécies estudadas possuem um padrão de reprodução oportunista, típico de espécies que ocupam ambientes áridos. As três espécies também apresentaram relação entre parâmetros imunológicos e carga parasitária, no entanto, para esclarecer as relações causais entre esses fatores, são necessários testes adicionais de desafio imunológico, bem como infecção experimental por parasitas / Most part of anurans show a seasonal pattern of reproduction, when males display high levels of androgens associated with testicular development and sexual behavior maintenance. However, high androgens levels also can shows an immunosuppressive effect resulting in increased parasitological disease. The semi-arid Caatinga is an environment characterized by high temperatures and unpredictable seasonal rains that determine the breeding season of anurans. During the dry season, Pleurodema diplolister aestivate borrowed, Rhinella granulose and R. jimi remain foraging. Drastic variation in this environment could increase the physiological adjustments displayed by these species, mainly by P. diplolister. The inter-relation between morphological, physiological and parasitological characters was studied in these three anuran species, in three different periods: (A) dry season, (B) during the rainfall, when males are calling, and (C) in the interval between rainfalls, when males are foraging within the reproductive season. The Rhinella species presented evidences of immunological modulations according to the period and correlations between immunological, physiological parameters and number of parasites. Pleurodema diplolister presented immunological patters consistent with the process of energy economy during aestivation, including total leukocyte reduction, along with eosinophil increase and positive relation between total leukocyte and parasite intensity. The three species presented depletion in energy reserves during the breeding season, possibly associated with the high energy demand of vocal behavior. They also presented a similar pattern of testicular development, indicating that these species present opportunistic reproduction pattern, typical of species that occupy arid environments. The studied species also showed correlations between immunological parameters and parasite load, however, to clarify the causal relation between these parameters, additional immunological challenges and experimental parasite infection are necessary

Atualmente, o Brasil é o maior produtor de cana-de-açúcar (Saccharum ssp.), no qual o estado de São Paulo é responsável por mais de 50% da produção. Esta cultura é hospedeira de diversos patógenos que podem limitar sua produção, dentre os quais se destaca a bactéria Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx), agente causal do raquitismo da soqueira (ratoon stunting disease - RSD). Pouco se sabe sobre a fisiologia deste organismo e quais as estratégias utilizadas por este para colonizar seu hospedeiro. No entanto, sabemos que para infectar e colonizar seus hospedeiros, é necessário que bactérias parasíticas superem estresses de diversas naturezas impostas durante estes processos, como os estresses oxidativo e o osmótico. Neste contexto, os objetivos deste trabalho foram identificar in silico e analisar a expressão in vitro, por qPCR, de genes relacionados a estes dois estresses. Uma análise da sequência do genoma de Lxx identificou 35 genes, sendo 8 relacionados ao estresse oxidativo, 9 relacionados ao estresse osmótico e 11 relacionados a estresse gerais, incluindo um cluster de 6 genes envolvidos na síntese de carotenoides. A expressão destes foi avaliada 60 minutos após exposição a 30mM de H2O2 ou 7% (p/v) de polietilenoglicol 6000 (PEG 6000). Sete genes foram avaliados como normalizadores das reações de qPCR. A quantificação do grau de peroxidação lipídica indicou que ambos os tratamentos resultaram em sensível peroxidação, muito embora o efeito do tratamento com PEG 6000 tenha sido maior do que o tratamento com H2O2. A exposição ao H2O2 aumentou a expressão dos genes katA (catalase), sodA (superóxido dismutase), msrA (Sulfóxido de metionina redutase) e msrB (Sulfóxido de metionina redutase) bem como de todos os genes responsáveis pela síntese de carotenoides. Por outro lado, todos os genes relacionados ao estresse osmótico foram menos expressos na presença deste composto. Já quando a bactéria foi exposta a PEG 6000, o oposto ocorreu, ou seja, os genes relacionados ao estresse osmótico, que são otsA (Trealose-6-fosfato sintase), otsB (Trealose fosfatase), treY (Malto-oligosil trealose sintase), treZ (Malto-oligosil trealose trealoidrolase), treS (Trealose sintase), proX (Proteína de ligamento em substrato, tipo ABC glicina betaína transportadora), proW (Proteína permease, tipo ABC glicina betaína transportadora), proZ (Proteína permease, tipo ABC glicina betaína transportadora) e Naggn (Amidotransferase), além dos genes do cluster carotenoide, foram mais expressos, ao passo que alguns dos genes ligados à resposta ao estresse oxidativo foram menos expressos. Verificou-se também, através de PCR convencional utilizando primers para amplificar as regiões entre os genes carotenoides, que estes são expressos como um RNA policistrônico, constituindo assim um operon. Estes resultados validam predições anteriores baseadas na análise in silico da sequência do genoma de Lxx, confirmando que Lxx possui mecanismos responsivos aos estresses osmótico e oxidativo aos quais é submetida durante o processo de infecção de seu hospedeiro. / Currently, Brazil is the largest producer of sugarcane (Saccharum spp.) and the state of São Paulo accounts for over 50% of the national production. This crop is host to many pathogens that may limit its production, among which the bacterium Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx), causal agent of ratoon stunting disease (RSD), is one of the most important. Little is known about the physiology of this organism and the strategies it uses to colonize its host. However, it is known that to infect and colonize their hosts, parasitic bacteria have to overcome stresses of various natures imposed during these processes, such as oxidative and osmotic stresses. In such context, the objectives of this study were to identify in silico and to analyze in vitro, by qPCR, the expression of Lxx genes related to these two stresses. The analysis of the genome sequence of Lxx identified 35 genes, of which 8 were related to oxidative stress, 9 to osmotic stress and 11 to general stress, including a cluster of 6 genes involved in the synthesis of carotenoids. The expression of these genes was assessed 60 minutes after exposure to either 30 mM of hydrogen peroxide (H2O2) or 7% (w/v) of polyethylene glycol 6000 (PEG6000). Seven genes were tested as normalizers of the qPCR reactions. The quantification of the level of lipid peroxidation in cells of Lxx indicated that both treatments induced substantial peroxidation, even though the effect of PEG6000 was greater than that of H2O2. The exposure to H2O2 resulted in higher expression of the genes katA (catalase), sodA (superoxide dismutase), msrA (sulfoxide methionine reductase) and msrB (sulfoxide methionine reductase), as well as all genes involved in the synthesis of carotenoids. On the other hand, the expression of all genes related to osmotic stress was reduced in the presence of this compound. When Lxx was exposed to PEG6000, the opposite was detected: the expression of the genes related to osmotic stress, otsA (Trehalose-6- phosphate synthase), otsB (trehalose phosphatase), treY (Malto-oligosil trehalose synthase) treZ (Malto-oligosil trehalose trehaloidrolase), treS (trehalose synthase), proX (ligament protein substrate, type ABC glycine betaine carrier), proW (permease protein, ABC type glycine betaine carrier), proZ (protein permease, type ABC glycine betaine carrier) and naggn (amidotransferase), along with the carotenoid genes was increased, while some of the genes linked to oxidative stress response were less expressed. It was also concluded through conventional PCR that the genes of the carotenoid cluster are expressed as a polycistronic RNA and, therefore, this arrangement constitutes an operon. These results validate previous in silico predictions that Lxx has mechanisms responsive to osmotic and oxidative stresses to which it is subjected during the process of infection of its host.

Submitted by Erondina Silva (erondinasilva@ufgd.edu.br) on 2010-10-22T16:59:24Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_EvanirSilvaMartinsCarvalho.pdf: 3597618 bytes, checksum: 6cf5675e35fe8e5e684ec2f6bbccb188 (MD5) / Approved for entry into archive by Erondina Silva(erondinasilva@ufgd.edu.br) on 2010-10-22T17:00:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_EvanirSilvaMartinsCarvalho.pdf: 3597618 bytes, checksum: 6cf5675e35fe8e5e684ec2f6bbccb188 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-10-22T17:00:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_EvanirSilvaMartinsCarvalho.pdf: 3597618 bytes, checksum: 6cf5675e35fe8e5e684ec2f6bbccb188 (MD5) Previous issue date: 2007-03-29 / Este trabalho teve os objetivos de verificar a flutuação populacional, os hospedeiros alternativos e a ocorrência natural de parasitóides em ovos e adultos do percevejo-barrigaverde, Dichelops melacanthus (Dallas, 1851), em solos explorados no Sistema Plantio Direto no Sul de Mato Grosso do Sul. As amostragens foram realizadas, semanalmente, de setembro/05 a dezembro/06, nas culturas da soja, milho-safrinha e trigo, em plantas voluntárias de milho, no meio da palhada e em ervas daninhas. As observações de campo foram feitas em experimentos localizados em áreas de Ponta Porã, Itaporã e Dourados, onde também foram coletados, quarenta adultos de D. melacanthus e suas posturas, para observação de parasitismo em laboratório. O inseto foi detectado o ano todo nos três experimentos, mas, picos acima de 1,0 percevejo/m2 ocorreram com maior freqüência, de fevereiro a novembro/06. Em Ponta Porã também foi observado - logo após a colheita da soja, na palha associada a plantas voluntárias de milho - o maior de todos os picos 4,1 (±1,45) percevejo/m2, em abril/06. Em Itaporã, a população alcançou a magnitude de 1,0 (±0,38) percevejo/m2, em novembro/05, em plantas voluntárias de milho; aproximou-se do mesmo nível em dezembro/06, em soja de fase inicial do estádio vegetativo, na presença de plantas voluntárias de milho; e culminou em 1,5 (±0,53) percevejo/m2, em setembro e 1,5 (±0,26) percevejo/m2 em outubro/06, ambos na presença de plantas voluntárias de milho. Quanto a Dourados, registrou-se densidade superior a 1,0 (±0,31) percevejo/m2, em plantas voluntárias de milho, apenas em setembro/06; aproximou-se do mesmo nível em outubro/novembro do mesmo ano, em plantas voluntárias de milho e em soja em estádio reprodutivo inicial associado a plantas voluntárias de milho, respectivamente. De modo geral, os maiores auges populacionais ocorreram nas proximidades da colheita da soja; na palha da soja, logo após a colheita, principalmente na presença de plantas voluntárias de milho; nos estádios iniciais do milho safrinha e das plantas voluntárias de milho. O mesmo ocorreu durante todo o tempo de permanência do trigo no campo, principalmente no estádio inicial do desenvolvimento deste cereal. Deu-se o contrário nos estádios vegetativos da soja e durante as fases iniciais do seu estádio reprodutivo, exceto quando as plantas estiveram na presença de plantas voluntárias de milho. Observou-se também que à medida que a cultura do milho safrinha e as plantas voluntárias de milho cresceram, a população do inseto diminuiu. O parasitismo exercido em adultos por três diferentes espécies de Tachinidae se fez presente em quase todos os meses do ano. Indivíduos coletados em Itaporã, em março/06, não foram parasitados, mas 53% dos observados no mês outubro, sim. Os maiores índices de parasitismo – exercido em ovos de D. melacanthus pelo Scelionidae Telenomus podisi Ashmead, 1893 – foram: 38,4; 31,5 e 45,0%, em Ponta Porã; de 42,3% em Itaporã e de 46,1%, em Dourados. Entre as plantas não cultivadas, os quatro hospedeiros alternativos preferidos são: Cenchrus echinatus L., Chloris gayana Kunth, Panicum maximum Jacq. e Commelina benghalensis L. _____________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT - This work was done in order to verify population fluctuation, alternative hosts, and the natural occurrence of parasitoids in eggs and adults of the green belly stink bug, Dichelops melacanthus (Dallas, 1851), in No-Tillage System in the South Region of Mato Grosso de Sul State. Weekly samples were taken - from September 2005 to December 2006 – on soybean, second season corn crop, on wheat and on volunteer corn plants, in the middle of straws and on weeds. All the field observations were done in areas of Ponta Porã, Itaporã and Dourados, in Mato Grosso do Sul State, Brazil, where were also collected forty adults and their egg masses to observe parasitism in the lab. The insect was detected at the three experiments throughout the year, but peaks above 1.0 stink bug/m2 were observed more frequently in Ponta Porã, from February to December 2006. In Ponta Porã was also registered, soon after the soybean harvesting - in the middle of the remaining straw - in the presence of volunteer corn plants, the highest of all the peaks 4.1 (±1,45) insects/m2 in April 2006. In Itaporã, the population density reached the magnitude of 1.0 (±0,38) D. melacanthus/m2, in November 2005, also on volunteer corn plants. Approached of the same level in December 2006, at the initial vegetative growth stage of the soybean in the presence of volunteer corn plants and reached the uppermost level 1.5 (±0,53) individual/m2 in September and 1.5 individual/m2 (±0,26) in November 2006, both on volunteer corn plants. As for Dourados, more than 1.0 (±0,31) stink bug/m2 was only registered in September 2006, on volunteer corn plants;approached of the same level in October and November of the same year, on volunteer corn plants, and on soybean at early vegetative growth stage associated with volunteer corn plants. By and large, the highest population peaks occurred near the soybean harvesting; in the middle of the remaining straw - soon after the soybean harvesting – mostly in the presence of volunteer corn plants; at the initial growth stages of the second season corn crop and of the volunteer corn plants. The same occurred during the entire permanence of the wheat crop in the field, mostly at its initial development stages. The contrary happened during the soybean vegetative and early reproductive growth stages, except when they were in the presence of volunteer corn plants. It was also observed that when the second season corn crop and the volunteer corn plants have developed, the population became lower. Parasitism exerted in adults by three different species of Tachinidae occurred in almost all months of the year. Individuals collected in Itaporã, in March 2006, did not exhibit parasitism. However, 53% of the insects collected in November were parasitized. The highest level of parasitism exerted in the stink bug D. melacanthus eggs - by the Scelionidae Telenomus podisi Ashmead (1893) – were 38,4 31,5 and 45,0%, in Ponta Porã; 42,3%, in Itaporã and 46,1%, in Dourados. Among the weeds, the four favorite alternative hosts are Cenchrus echinatus L., Chloris gayana Kunth, Panicum maximum Jacq. and Commelina benghalensis L.

Orientadores: Ana Maria Lima de Azeredo Espin, Ana Carolina Martins Junqueira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T08:05:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Paulo_DanielFernando_M.pdf: 4089154 bytes, checksum: f604296d2e31ee6a5dd7e3aa8f517f69 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: MicroRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs não codantes que agem como moduladores pós-transcricionais da expressão gênica em todos os eucariotos investigados até o momento. Em animais, a complementariedade imperfeita de bases entre o miRNA e o sítio alvo do RNA mensageiro (mRNA) inibi sua tradução, tornando-os genes chaves no controle da expressão gênica. A identificação de miRNAs pode fornecer uma melhor compreensão de diversos processos biológicos e evolutivos das diferentes espécies. A família Calliphoridae é um grupo que compreende dípteros causadores de miíases, incluindo as espécies Cochliomyia hominivorax (mosca da bicheira) e Cochliomyia macellaria (mosca varejeira). A mosca da bicheira é uma das principais pragas na região Neotropical. Na fase larval, esta espécie causa infestações e alimenta-se de tecidos vivos de vertebrados de sangue quente, acarretando severas perdas na indústria pecuária. Diferentemente, a mosca varejeira, apresenta um hábito saprófago, se alimentando e reproduzindo em carcaças e tecidos em decomposição, ressaltando sua importância para a entomologia forense e para a saúde pública. Por serem filogeneticamente próximas e possuírem diferentes hábitos alimentares e reprodutivos, estas espécies representam modelos para estudos sobre as bases moleculares do parasitismo em Calliphoridae. Para identificar e caracterizar os miRNAs destas duas espécies, o transcriptoma de pequenos RNAs de adultos (macho e fêmea) e larva (terceiro instar) foram sequenciados em plataforma de nova geração MiSeq-Illumina. Os 6.2 milhões de reads gerados foram mapeados contra o genoma de Drosophila melanogaster e o banco de dados miRBase. Foram identificado 84 miRNAs evolutivamente conservados, dos quais 80 foram encontrados em C. hominivorax e 78 em C. macellaria. Também foi investigada a presença dos precursores em forma de grampo (pre-miRNAs) nos dados genômicos e transcriptômicos disponíveis para estas espécies. Foram preditos 10 pre-miRNAs conservados e outros 5 que não apresentaram similaridade com nenhum miRNA já descrito para outras espécies de animais. A caracterização evolutiva dos miRNAs identificados mostrou que essas sequências são altamente conservadas desde Nephrozoa (641 MA), na base de bilatéria, até Brachycera (195 MA). Substituições nucleotídicas observadas foram enviesadas na região 3¿-final com raras mutações na região seed. Análises preliminares de expressão revelaram 79 miRNAs diferentemente expressos entre as espécies e os estágios de desenvolvimento investigados. Os resultados deste trabalho irão contribuir para uma melhor compreensão sobre os hábitos de parasitismo nas espécies C. hominivorax e C. macellaria, com perspectivas para estudos evolutivos e funcionais na família e no controle de insetos-praga / Abstract: MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs that act as post-transcriptional modulators of gene expression in all eukaryotes investigated so far. The imperfect complementarity between miRNA and the target site of messenger RNA (mRNA) inhibits their translation in animals, being key genes for the control of expression in cells. The identification of miRNAs can provide a better understanding of biological processes and evolution of traits in different species. The family Calliphoridae is a group of myiasis-causing flies with different feeding habits, which includes the species Cochliomyia hominivorax (screwworm fly) and Cochliomyia macellaria (secondary screwworm). The screwworm fly is one of the major pests in the Neotropical region. Their larvae infest and feed on live tissues of warm-blooded vertebrates, resulting in severe losses for livestock industry. Differently, the close-related secondary screwworm shows a saprophagous habit, feeding and breeding on carcasses and dead tissues, being crucial for forensic entomology and public health. Because of their close evolutionary relationship and contrasting feeding habits, they represent worthy models to study the molecular basis of parasitism and feeding specialization in the family Calliphoridae. To characterize the miRNAs from both species, the small-RNA transcriptomes of adults (male and female) and larvae (third instar) were sequenced using Illumina-MiSeq next generation sequencing platform. The 6.2 million reads generated were mapped against the Drosophila melanogaster genome and screened in miRBase. We identified 84 evolutionary conserved miRNAs which 80 was founded in C. hominivorax and 78 in C. macellaria. We also investigated the presence of hairpin precursors (pre-miRNAs) in the available genomic and transcriptomic data of these species, and predicted 10 conserved pre-miRNAs and others 5 that show no similarity with previously described animal miRNAs. The evolutionary characterization of identified miRNAs showed that their sequences were highly conserved since the Nephrozoa ancestor (641 MYA) in the basis of Bilaterian clade, until Brachycera ancestor (195 MYA), with nucleotide substitutions biased to 3¿-end portion of the miRNAs with rare substitutions in the seed region. The preliminary expression profile revealed 79 differentially expressed miRNAs between species, gender and life stages, given by hierarchical clustering and statistically significant change fold analysis. The results presented here will provide new information about the genetic background of parasitic habits in C. hominivorax and C. macellaria, with prospects to functional and evolutionary studies in Calliphoridae and pest control / Mestrado / Genetica Animal e Evolução / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Otavio Augusto Vuolo Marques / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T17:18:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Prado_LigiaPizzattodo_M.pdf: 5995494 bytes, checksum: b089a94ad3e332090eb62124620d5fb5 (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: A reprodução de Liophis miliaris no Brasil foi estudada em quatro populações: Mata Atlântica do sul da Bahia, Mata Atlântica do litoral de São Paulo e Par_ Domínio Atlântico do interior de São Paulo e Domínio Atlântico do interior do Paraná. Em todas as localidades as fêmeas são maiores que os machos. Adultos e recém-nascidos da Mata Atlântica do sul da Bahia são menores que os das demais localidades. Nessa região, onde existe pouca variação climática ao longo do ano, as fêmeas apresentaram ciclo reprodutivo contínuo, ao passo que nas demais localidades ele é sazonal e relacionado ao aumento de temperatura e precipitação. O ciclo espermatogênico parece ser contínuo em todas as regiões. Nas populações onde o ciclo é sazonal, a cópula parece ocorrer antes da época de vitelogênese e, portanto, as fêmeas devem estocar os espermatozóides. A fecundidade é semelhante em todas as áreas e aumenta com o tamanho corporal da fêmea. A freqüência reprodutiva é menor na Mata Atlântica do sul da Bahia e, ao contrário das demais regiões, tende a ser maior em indivíduos de maior tamanho corporal. Os tipos de presas ingeridos são semelhantes nas quatro populações e fêmeas grávidas não se alimentam. Machos e fêmeas são parasitados (por nematóide Ophidiascaris sp. E cistacantos Oligacanthorynchus spira) em iguais proporções e os indivíduos da Mata Atlântica do sul da Bahia são menos parasitados. O parasitismo aparentemente não impede a reprodução da espécie. Entretanto, fêmeas parasitadas pelo nematóide, no Domínio Atlântico do interior do Paraná, apresentam menor fecundidade. A atividade das serpentes está relacionada ao ciclo reprodutivo e às variações climáticas nas quatro áreas estudadas. Liophis miliaris apresenta o ciclo reprodutivo diferente de outros membros da tribo Xenodontini, que tendem a se reproduzir continuamente mesmo em áreas onde a sazonalidade climática é acentuada. Assim, L. miliaris parece ser mais sensível a certos parâmetros ambientais do que outras espécies de Xenodontini já estudadas / Abstract: This work reports different aspects on reproduction of the colubrid snake Liophis miliaris in four different regions of Brazil: Atlantic forest in south Bahia state, coastal Atlantic forest in São Paulo Paraná states, inland Atlantic forest in São Paulo and inland Atlantic forest in Paraná. Females have larger snout-vent length (SVL) than males in all these regions. In south Bahia, where there is little climate variation, the reproductive cycle is continuous whereas in the other regions it is seasonal, related to warmer and more rainy season. Sperm production seems to occur all through the year in all these regions. Where reproductive cycle is seasonal, mating seems to be dissociated from vitellogenesis, thus, females must store sperm overwinter. Clutch size is similar in all populations increasing with maternal length. In the Atlantic forest in south Bahia newborn snakes had a smaller SVL than in the other regions studied. Reproductive frequency is lower in Atlantic forest in south Bahia, different from the other regions, tends to increase with female length. Prey items are similar in all populations and gravid females do not feed. Ophidiascaris sp. (Nematoda) and cystacanths of Oligacanthorynchus spira (Acanthocephala) were found equally in both females and males, fewer in snakes from Atlantic forest in Bahia. Apparently, these parasites do not impede reproduction, but females attacked by nematodes in the inland Atlantic forest in Paraná show a smaller clutch size than non-attacked ones. The activity pattern of adults snakes is associated with reproductive cycle and climate variation in all sites. The reproductive pattern of L. miliaris differs from other Xenodontini species which tend to reproduce continuously even in areas with seasonal climate. Thus, L. miliaris seems to be more sensitive to some climate variables than other studied species of Xenodontini / Mestrado / Mestre em Ecologia

Made available in DSpace on 2016-01-26T18:55:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao.pdf: 491677 bytes, checksum: 83f265cf94c6d8c1fbbc0b78a34e8a36 (MD5) Previous issue date: 2011-02-24 / Austrodiplostomum compactum (Digenea, Diplostomidae) Lutz,1928 is a trematode that causes ophtalmic and tissue lesions in a variety of fish species. The aim of this study was to evaluate the parasitism index of A. compactum in fishes captured in Paraná river, Presidente Epitácio, São Paulo, Brazil, and the relation of these index with weather and water quality. Monthly, specimen of Plagioscion squamosissimus, Geophagus surinamensis, Hoplias malabaricus and Cichla sp. were captured. All individuals captures were individually examined. Muscle, organs, cavities and ocular globe were macroscopically evaluated. Recovered parasites were stained and identified under optic microscopy. Influence of climate (temperature and rainfall) and water quality (temperature, oxigen level, pH e alcalinity) on the prevalence was investigated. All the recovered parasites were restricted to ocular globe fishes. A. compactum was observed in 93.3%, 66.6%, 52.1%, 46.1%, respectively, of P. squamosissimus, H. malabaricus, Cichla sp. and G. surinamensis. Prevalence of H. malabaricus and Cichla sp. was higher in autumn, whereas G. surinamensis was higher in winter than in the other seasons. Regarding P. squamosissimus, it was observed a prevalence of 100% and recovery of the parasite in the whole year. Parasite recovery was directly proportional to the high temperature and rainfall regimen. Based on the results it is possible to admit that the river Paraná fish of commercial value are susceptible to infection by A. compactum. / Austrodiplostomum compactum Lutz,1928 (Digenea, Diplostomidae) é um trematódeo responsável por lesões oculares e teciduais em diversas espécies de peixes. Este estudo avaliou os índices parasitológicos de A. compactum em peixes do rio Paraná, Presidente Epitácio, São Paulo, Brasil, e sua relação com o clima e qualidade da água. Foram coletados, mensalmente, exemplares de corvina (Plagioscion squamosissimus), de cará (Geophagus surinamensis), de traíra (Hoplias malabaricus) e de tucunaré (Cichla sp.). Os peixes foram avaliados individualmente. A musculatura, órgãos, cavidades e globo ocular foram examinados macroscopicamente. Os parasitos recuperados foram corados e identificados sob microscopia ótica. Foi avaliada relação entre prevalência e clima (temperatura e pluviosidade) e qualidade da água (temperatura, oxigênio dissolvido, pH e alcalinidade). Todos os parasitos recuperados estavam restritos no globo ocular. Das 57 corvinas capturadas, 56 (93,3%) estavam infestadas. Em relação à traíra, tucunaré e cará, a prevalência foi, respectivamente, de 66,6% (17/28), 52,1% (12/23) e 46,1% (18/40). As maiores prevalências foram observadas no outono, no caso de traíra e tucunaré, e no inverno, em cará. Houve 100% de corvinas parasitadas em todas as estações, com exceção de um animal capturado no outono. A recuperação de parasitos foi diretamente proporcional à elevação da temperatura e da pluviosidade. Os dados mostram que os peixes de valor comercial do rio Paraná são suscetíveis à infecção por A. compactum.

Made available in DSpace on 2016-07-18T17:53:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao.pdf: 491677 bytes, checksum: 83f265cf94c6d8c1fbbc0b78a34e8a36 (MD5) Previous issue date: 2011-02-24 / Austrodiplostomum compactum (Digenea, Diplostomidae) Lutz,1928 is a trematode that causes ophtalmic and tissue lesions in a variety of fish species. The aim of this study was to evaluate the parasitism index of A. compactum in fishes captured in Paraná river, Presidente Epitácio, São Paulo, Brazil, and the relation of these index with weather and water quality. Monthly, specimen of Plagioscion squamosissimus, Geophagus surinamensis, Hoplias malabaricus and Cichla sp. were captured. All individuals captures were individually examined. Muscle, organs, cavities and ocular globe were macroscopically evaluated. Recovered parasites were stained and identified under optic microscopy. Influence of climate (temperature and rainfall) and water quality (temperature, oxigen level, pH e alcalinity) on the prevalence was investigated. All the recovered parasites were restricted to ocular globe fishes. A. compactum was observed in 93.3%, 66.6%, 52.1%, 46.1%, respectively, of P. squamosissimus, H. malabaricus, Cichla sp. and G. surinamensis. Prevalence of H. malabaricus and Cichla sp. was higher in autumn, whereas G. surinamensis was higher in winter than in the other seasons. Regarding P. squamosissimus, it was observed a prevalence of 100% and recovery of the parasite in the whole year. Parasite recovery was directly proportional to the high temperature and rainfall regimen. Based on the results it is possible to admit that the river Paraná fish of commercial value are susceptible to infection by A. compactum. / Austrodiplostomum compactum Lutz,1928 (Digenea, Diplostomidae) é um trematódeo responsável por lesões oculares e teciduais em diversas espécies de peixes. Este estudo avaliou os índices parasitológicos de A. compactum em peixes do rio Paraná, Presidente Epitácio, São Paulo, Brasil, e sua relação com o clima e qualidade da água. Foram coletados, mensalmente, exemplares de corvina (Plagioscion squamosissimus), de cará (Geophagus surinamensis), de traíra (Hoplias malabaricus) e de tucunaré (Cichla sp.). Os peixes foram avaliados individualmente. A musculatura, órgãos, cavidades e globo ocular foram examinados macroscopicamente. Os parasitos recuperados foram corados e identificados sob microscopia ótica. Foi avaliada relação entre prevalência e clima (temperatura e pluviosidade) e qualidade da água (temperatura, oxigênio dissolvido, pH e alcalinidade). Todos os parasitos recuperados estavam restritos no globo ocular. Das 57 corvinas capturadas, 56 (93,3%) estavam infestadas. Em relação à traíra, tucunaré e cará, a prevalência foi, respectivamente, de 66,6% (17/28), 52,1% (12/23) e 46,1% (18/40). As maiores prevalências foram observadas no outono, no caso de traíra e tucunaré, e no inverno, em cará. Houve 100% de corvinas parasitadas em todas as estações, com exceção de um animal capturado no outono. A recuperação de parasitos foi diretamente proporcional à elevação da temperatura e da pluviosidade. Os dados mostram que os peixes de valor comercial do rio Paraná são suscetíveis à infecção por A. compactum.

Expone que, en el Perú el uso indiscriminado de insecticidas químicos para combatir las plagas agrícolas ha generado resistencia en los insectos plaga y no ha solucionado los problemas de producción y exportación del agricultor. Se han evaluado diversos controladores con resultados exitosos, convirtiendo al Control Biológico en una eficaz alternativa a través de insectos biocontroladores, garantizando además productos de consumo inocuos a la salud humana y su entorno. El objetivo de este trabajo fue evaluar y determinar la capacidad del Chelonus insularis (Hymenoptera:Braconidae) como parasitoide de tres especies de Spodoptera en condiciones de laboratorio. Se estableció la crianza de Spodoptera en el insectario utilizando dieta artificial. Las tres especies de Spodoptera tuvieron un desarrollo larval que duró 20 días a temperaturas de 22ºC a 28ºC; de 15 días en verano a 29ºC; y 45 días en invierno entre 12ºC y 15ºC. También se implementó la crianza de Chelonus insularis bajo condiciones de laboratorio, desde el periodo de oviposición hasta la obtención de los adultos, completando el ciclo en 24 días. Se determinó la eficacia del himenóptero como controlador sobre las larvas de las especies de Spodoptera mediante bioensayos que consistieron en tres tratamientos cada uno con tres repeticiones por especie. Cada tratamiento consistió en enfrentar las posturas de la plaga con hembras de Chelonus insularis, observándose en cada caso, alta mortalidad de la plaga. La capacidad de parasitismo del Chelonus insularis fue de 67% en S. eridania, 68.21% en S. frugiperda, y 70.5% en S. ochrea; por lo que se concluye que Chelonus insularis, tiene un buen potencial como controlador biológico. / Tesis

O tratamento da doença de Chagas é recomendado em pacientes na fase crônica indeterminada com a finalidade de reduzir a carga parasitária, o desenvolvimento de manifestações clínicas tais como as cardiomiopatias e episódios de reativação. Os métodos sorológicos constituem o padrão ouro para a definição de cura pós tratamento, porém não avaliam a carga parasitária tecidual, podendo demorar muitos anos até a soronegativação, enquanto os métodos parasitológicos apresentam baixa sensibilidade na fase crônica. No presente estudo a hemocultura, microscopia ótica, PCR em tempo real (qPCR) e imunoistoquímica foram usados para monitorar a carga parasitária em sangue e órgãos de camundongos Swiss infectados com 2x103 formas da cepa Y de T. cruzi. Foram analisados animais não tratados (NT), tratados somente na fase aguda (TA), somente na fase crônica (TC) e em ambas as fases da infecção (TAC). O tratamento foi realizado com 100 mg/Kg/dia de benznidazol durante 20 dias consecutivos. Amostras foram coletadas no 13º dpi, 26º dpi e 61º dpi (pico da fase aguda, final da fase aguda e fase crônica). Na fase crônica da infecção a microscopia ótica e a hemocultura encontraram 0 e 25% de amostras positivas, respectivamente, e com a qPCR as cargas parasitárias de todas amostras foram quantificadas ao longo do experimento, independentemente do grupo. No 13º dpi, os animais NT apresentaram 16.630,4 enquanto os TA 6.153,6 parasitos/ml de sangue (p<0,05). Os animais TAC foram os que tiveram a maior redução da carga parasitária em sangue e órgãos, muito embora também tenha havido redução nos animais TA (cérebro e coração) e TC (cérebro, coração, músculo e rim) em relação aos NT. Da fase aguda para a crônica houve redução da carga parasitária tanto em sangue quanto em órgãos (mais acentuada). Nos animais NT no 61º dpi, o sangue apresentou carga parasitária comparável a do coração, tecido adiposo, pulmão, intestino, baço e fígado, enquanto nos animais TAC o sangue foi o material biológico com a maior carga parasitária, confirmando que a parasitemia pode e deve ser utilizada para o diagnóstico e monitoramento da infecção por T. cruzi no organismo, em todas as fases da infecção. Ademais, o tecido adiposo atuaria como reservatório de T. cruzi no organismo, uma vez que a carga parasitária sofreu menor redução neste tecido após tratamento. A técnica de imunoistoquímica, realizada em amostras de tecido adiposo e cardíaco, confirmou os resultados da qPCR, fato importante especialmente no 61º dpi, quando as cargas parasitárias foram muito baixas. Portanto, o tratamento realizado em ambas as fases da infecção chagásica seria o mais eficaz para alcançar a redução da carga parasitária de T. cruzi no organismo, em relação ao tratamento realizado apenas uma vez. A qPCR, técnica extremamente sensível, poderia ser empregada para o monitoramento da parasitemia em pacientes tratados na fase crônica indeterminada, detectando falhas terapêuticas ou confirmando a cura etiológica. / The treatment of Chagas disease has been recommended in patients in the chronic indeterminate phase to reduce the parasite load, the development of clinical manifestations such as cardiomyopathies and episodes of reactivation. Serological methods are the gold standard for the definition of cure after treatment, but they do not evaluate the parasite load in tissues, and may take many years until reversion, while parasitological methods have low sensitivity in the chronic phase. In the present study, blood culture, optical microscopy, real-time PCR (qPCR) and immunohistochemistry were used to monitor the parasite load in blood and organs of Swiss mice infected with 2x103 forms of the T. cruzi Y strain. Untreated (NT) animals, treated only in the acute phase (TA), only in the chronic phase (TC) and in both phases of the infection (TAC) were analyzed. The treatment was performed with 100 mg/kg/day of benznidazole for 20 consecutive days. Samples were collected at the 13th dpi, 26th dpi and 61st dpi (peak of acute phase, end of acute phase and chronic phase). In the chronic phase of the infection, optical microscopy and blood culture found 0 and 25% of positive samples, respectively, and with qPCR the parasite load levels of all samples were quantified throughout the experiment, regardless of the group. At the 13th dpi, the NT animals presented 16,630.4 whereas the TA animals had 6,153.6 parasites/ml (p<0.05). TAC animals were the ones that had the greatest reduction of the parasite load in blood and organs, although there was also reduction in the TA (brain and heart) and TC (brain, heart, muscle and kidney) animals in relation to NT. From the acute phase to the chronic one there was reduction of the parasite load in both, blood and organs (more pronounced). In NT animals at the 61º dpi, blood samples presented parasite load levels comparable to that of the heart, adipose tissue, lung, intestine, spleen and liver, while in the TAC animals blood was the biological sample with the highest parasite load, confirming that parasitemia can and should be used for the diagnosis and monitoring of T. cruzi infection in the body at all stages of infection. In addition, the adipose tissue would act as reservoir of T. cruzi in the organism, since the parasite load suffered a smaller reduction in this tissue after treatment. The immunohistochemical technique, performed on adipose and cardiac tissues, confirmed the results of qPCR, an important fact especially in the 61º dpi, when parasite load levels were very low. Therefore, the treatment performed in both phases of the chagasic infection would be the most effective to achieve the reduction of parasite burden of T. cruzi in the organism, in comparison with the treatment performed only once. The qPCR, an extremely sensitive and timely technique, could be used to monitoring parasitemia in patients treated in the indeterminate chronic phase, detecting therapeutic failures or confirming the etiological cure.