Changement climatique, urbanisation, invasions biologiques et hybridation interspécifique constituent des menaces majeures pour la biodiversité. L'objectif de cette thèse a été d'évaluer leurs effets interactifs sur les fourmis du genre Tetramorium de la vallée du Rhône, France. Près de 2000 colonies de 5 espèces de Tetramorium ont été étudiées. Les résultats démontrent que le climat et l'urbanisation limitent leurs aires de répartition et que l'urbanisation impacte leurs distributions simultanément à plusieurs échelles spatiales. Les probabilités d'occurrence de T. immigrans dépendent de l'interaction entre facteurs climatiques et urbains. Quatre populations génétiques de T. immigrans résultent de plusieurs introductions de sources externes, ce qui signifie que cette espèce n’est pas indigène dans les zones urbaines du nord. T. immigrans et T. caespitum produisent des hybrides dans les zones de sympatrie. La détection de rétrocroisements et de discordances entre ADN mitochondrial et nucléaire suggère que cette hybridation conduit à une descendance fertile, donc de l’introgression. Les profils d'hydrocarbures cuticulaires sont bien différenciés entre les deux espèces et sont corrélés à une agression forte contre les hétérospécifiques. Ces espèces présentent un système d'accouplement monogyne polyandre, dans lequel les reines hybrides mais pas les pères hybrides contribuent à la descendance hybride. Les études sur l'hybridation interspécifique n'ont qu'occasionnellement concerné les changements globaux ou invasions biologiques. Ces concepts eux-mêmes sont peu étudiés ensemble et leurs effets interactifs sont négligés dans la littérature actuelle. La prise en compte de ces interrelations et l'exploration de plusieurs échelles sont essentielles pour mieux comprendre les processus qui génèrent des modèles d'échange génétique / Climate change, urbanization, biological invasions and interspecific hybridization are major current threats to biodiversity. The objective of this thesis was to assess their interactive effects in Tetramorium ant species from the Rhône-Saône valley in France. Using a broad array of tools from several fields of biology, I worked on almost two thousand colonies from five Tetramorium species including T. immigrans and T. caespitum. Both climate and urbanization limited the ranges of these species, and urbanization impacted their distributions simultaneously at several spatial scales. The occurrence probabilities of T. immigrans depended on the interaction between climatic and urban factors. Several introductions from external sources seemed to have given rise to four genetically distinct populations of T. immigrans, making it likely that it is not native to the northernmost urban areas. Hybridization and introgression between T. immigrans and T. caespitum was frequent in zones of sympatry, and the detection of nuclear DNA backcrosses and mitochondrial-nuclear DNA discordance between the two species suggested that hybridization lead to fertile offspring (i.e. introgression). Cuticular hydrocarbon profiles were clearly differentiated between the two species and were correlated to heightened interspecific aggression against heterospecifics. Both species presented a monogyne polyandrous mating system, in which hybrid queens but no hybrid fathers contributed to hybrid offspring. Few studies on interspecific hybridization have addressed global change or biological invasions. These concepts are infrequently studied together, and their interactive effects are overlooked in the current literature. Taking these interrelationships into account and exploring multiple scales are essential to better understand the processes that generate patterns of genetic exchange

À partir des années 1970 et notamment à travers les travaux de Tüxen (1978) puis de Géhu & Rivas-Martínez (1981), la phytosociologie dynamico-caténale a permis de mieux intégrer la dynamique des végétations en décrivant plus finement les trajectoires dynamiques des séries de végétation. Si les méthodologies d’étude des dynamiques des végétations se sont multipliées depuis les dernières décennies en Europe, de tels travaux restent peu nombreux en France. Un programme national de Cartographie des Habitats naturels et semi-naturels (CarHAB), lancé par le Ministère de l’Écologie, du Développement Durable et de l’Énergie, à partir de 2011, a pour objectif de cartographier les végétations et les séries de végétation de France métropolitaine à l’échelle du 1 : 25 000 d’ici 2025. Dans ce contexte, la Corse a été choisie comme région "pilote" pour les particularités de ses végétations méditerranéenne et alticole. Au-delà de cette singularité, l’évolution de la société agropastorale au cours du XXe siècle a profondément marqué le paysage végétal de Corse et constitue une des problématiques fondamentales permettant d’appréhender les changements des trajectoires dynamiques des végétations. La démarche méthodologique repose sur une méthode inductive et semi-déductive qui permet de décrire les systèmes de végétation de la Corse, à partir d’une approche phytosociologique. Notre étude, d’abord consacrée à l’approche bioclimatique, géomorphologique et phytogéographique, permet de typifier et de spatialiser les unités écologiques (géologie, géomorphologie, pédologie et bioclimatologie) afin de mieux appréhender les patrons écologiques qui régissent l’agencement et les zonations des végétations et plus largement les séries et les géoséries de végétation. Les fondements de la phytosociologie paysagère ont été révisés et adaptés aux objectifs de gestion conservatoire et d’aménagement du territoire, dans le cadre du programme CarHAB. 78 unités, soit 34 séries, 14 minoriséries et 30 géopermaséries sont décrites selon plusieurs critères : écologie, chorologie, structure et nomenclature de la tête de série, trajectoires dynamiques et conservation. Une méthode cartographique a été élaborée pour spatialiser les unités sigmétales et géosigmétales. L’ensemble des travaux cartographiques est présenté sous la forme d’un atlas cartographique concernant huit vallées et plateaux (Asco, Cap Corse, Niolu, Castagniccia, Haut-Vénacais, Plateau du Cuscione, Plateau calcaire de Bonifacio) et 31 sites littoraux.Quelques méthodes de bioévaluation sont testées et discutées, pour répondre aux enjeux de conservation des séries et des géoséries de végétation ainsi que de territoires protégés (étang de Biguglia, massif du Haut-Vénacais). / Since the 1970’s and particularly through the works of Tüxen (1978) and Géhu & Rivas-Martínez (1981), the dynamico-catenal phytosociology allowed to better integrate vegetation dynamics, by describing more precisely the dynamic trajectories of vegetation series. If vegetations dynamic study methodologies have been developped over the recent decades in Europe, such works still remain scarce in France. A national program of habitat mapping (CarHAB), launched by the Ministry of Ecology, since 2011, aims to map the vegetation and vegetation series of metropolitan France at the scale of 1: 25 000 up to 2025. Within this context, Corsica has been chosen as a "pilot" region, due to its peculiarities regarding mediterranean and alticole vegetations. Beyond this singularity, the evolution of agropastoral society over the twentieth century caused main changes the landscape of Corsica and represents a major issue to understand the changes of dynamic trajectories of vegetation. Our methodology, based on an inductive and semi-deductive phytosociological approach, allows to describe vegetationsystems of Corsica.This study, firstly focused on bioclimatology, geomorphology and phytogeography, allows to typify and spatialize ecological units, in order to better understand ecological patterns that govern the layout and the zonation of vegetation and more widely vegetation series and geoseries. The principles of landscape phytosociology have been revised and adapted to the conservation management aims and spatial planning of the CarHAB program. 78 units, 34 series, 14 minoriseries and 30 geopermaseries are presented according to several descriptive criteria: ecology, chorology, serie head structure and nomenclature, dynamics trajectories and conservation.A mapping method was developed to spatialize sigmetal and geosigmetal units : the outcomes are presented in a mapping atlas concerning eight valleys and trays (Asco, Cap Corse, Niolu, Fium-Alto, Haut-Vénacais, Cuscione, Bonifacio) and 31 coastal sites.A few bioevaluation methods are tested and discussed to match the challenges of conservation series and vegetation géoséries, as well as evaluation protected sites (Biguglia, Haut-Vénacais).

Le tanji est d'abord construit sur des terrains vagues, pour ensuite servir au réaménagement du territoire : il remplace brutalement le modèle de l’habitation basse. La structure urbaine existante perd ainsi l’occasion d’évoluer de façon séquentielle et logique et finit par disparaître. Développés comme outils de modernisation du logement, les tanji interrompent ainsi la modernisation de la structure urbaine.Or, cette étude essaye de réévaluer la structure urbaine des quartiers d’habitations basses et de trouver le moyen d’y intégrer le tanji. Cela suppose que ce dernier change, et ce changement a sans doute déjà commencé, car on voit apparaître de petits tanji parmi les habitations basses. L’échelle de ce nouveau modèle correspond mieux à la structure existante. Cependant, le petit tanji fonctionne lui aussi comme un système fermé, et le problème de la circulation entre les deux types de logements existants persiste. Dans un tel contexte, le golmok, une ruelle piétonne encore présente dans le tissu urbain existant, apparait comme un espace intermédiaire susceptible d’améliorer le flux urbain.Ainsi, dans la première partie, la question principale est de comprendre comment le tanji est devenu un modèle de logement représentatif de la classe moyenne. Celle-ci a quitté les quartiers d’habitations basses pour les tanji, y laissant les classes populaires et défavorisées, et causant une ségrégation sociale manifeste. Dans les quartiers d’habitations basses, faute de capital, les petites maisons particulières sont transformées illégalement en petits logements collectifs de rapport ; l’infrastructure n’y est pas non plus réaménagée. En parallèle, le modèle de l’habitation basse n'évolue pas de manière spontanée pour autant.La deuxième partie cherche à déterminer comment faire évoluer la structure urbaine et quelle est la potentialité du tissu urbain d’habitations basses face au tanji. En fait, depuis le début du 20e siècle, la modernisation du tissu urbain a été réalisée selon l’ancien modèle japonais de composition des îlots, et répond difficilement aux enjeux de la ville actuelle : les rues sont très étroites, les parcelles très réduites, et les logements petits et modestes. Il en résulte une dépréciation naturelle de leur valeur immobilière et un frein à leur évolution spontanée. Dans cet environnement, le golmok représente un espace potentiel grâce auquel ces habitations basses possèdent encore certaine valeur.Dans la troisième partie, la question est de définir si le tanji peut s’intégrer dans la structure urbaine. L’insertion de petits tanji au milieu des habitations basses présente de vraies possibilités de communiquer avec le voisinage et d’ouvrir le tanji. En fait, le grand tanji est considéré comme un plan d’urbanisme qui aménage le quartier et même la ville. Mais, le petit tanji peut devenir un simple modèle de logements, libérant les barres et les tours enfermées dans le tanji et les réintégrant dans la ville. Si, par ailleurs, le tanji ouvert bénéficie du flux des golmok, le tissu urbain évoluera vers un modèle d’îlot ouvert à la coréenne.Finalement, plus la ville est dense, plus il faut l’ouvrir. Pour une véritable urbanisation, il est nécessaire de dégager plus d’espaces intermédiaires, ce qui conduit à la problématique centrale de cette thèse : comment restructurer le tanji ? / During urbanization, it is essential to develop a model of collective housing that adapts to the urban structure. Such a model can be applied easily and abundantly, and can thus respond to population growth. However, today in Seoul one can find a refutation: a large apartment complex called tanji. Although it is a heterogeneous element in the urban structure, it is considered successful: thus it is extensively applied in the city. Despite being isolated from its neighborhood, it works by creating its own independent environment. At the perimeter of the tanji, a sudden urban discontinuity appears. Concerning the evolution of the urban structure, it is not a successful model. Moreover, it has standardized the life of the individual, making Seoul’s urban landscape monotonous.At first, the tanji is built in vacant land, and subsequently it is utilized for the redevelopment of all other problematic urban fabrics. The urban structure thus cannot evolve sequentially and logically, and finally disappears. This process is also brutal, ignoring the lives of original inhabitants. Nonetheless, this process is repeated because there is no multiple dwelling-house model that corresponds well to low-rise housing. In other words, there is no motor for the spontaneous evolution of this urban fabric. Thus, the success of the tanji is partially due to the defects of the existing urban structure. Indeed, as a tool for modernizing housing, tanjis finally interrupt the modernization of the urban structure.Thus, this study reassesses the urban structure of low dwellings, and seeks a way to integrate the tanji into this. Change is now beginning: small tanjis appear in the low-rise residential area. But since tanjis belongs to a closed system, there is no real flow between the areas: in the existing urban fabric, pedestrian alleys (golmoks) act as intermediate space.Thus, the first part asks “How can the tanji become a successful model?” As the principal housing of the middle class, it will separate them from the underprivileged, who remain in lower housing. If capital is not invested, small houses are transformed illegally into small collective housing for rent. Nor is the infrastructure being redesigned. Thus, the low dwellings cannot evolve spontaneously.The second part asks, “Is it possible to develop logically the urban structure instead of the simple replacement by tanji?” and “What is the potentiality of the urban fabric of low dwellings as an alternative to the tanji?” In fact, the modernization of the urban fabric continued throughout the 20th century, influenced by the old Japanese model for urban blocks, which cannot meet today's demands, thus causing declining real estate values. Spontaneous evolution is thus difficult, yet the golmok is a potential space that gives these low dwellings a certain value.The third part asks, “Can the tanji fit into the urban structure?” This begins with the appearance of small tanjis, so that those among lower housing can communicate better with their neighborhood. In fact, big tanjis are considered rather as town plans that develop the neighborhood and even the city. Small tanjis can become a simple type of housing, as apartment blocks enclosed in the tanji can be freed and reintegrated into the city. In addition, open tanji can bring the flow of golmoks, thus evolving toward Korean-style open blocks.Eventually, intensive urbanization requires more intermediate space. Finally, the central problem is now how to respatialize the tanji.Keywords : History and formation of city – Seoul Metropolitan – Urban morphology and urban tissue – Urban landscape – Collective housing : Tanji – Gated community – Intermediate space

Le système immunitaire adaptatif est capable de produire une réponse spécifique contre presque tous le pathogènes qui agressent notre organisme. Ceci est dû aux anticorps qui sont des protéines secrétées par les cellules B. Les molécules qui provoquent cette réaction sont appelées antigènes : pendant une réponse immunitaire, les cellules B sont soumises à un processus d’apprentissage afin d’améliorer leur capacité à reconnaitre un antigène donne. Ce processus est appelé maturation d’affinité des anticorps. Nous établissons un cadre mathématique très flexible dans lequel nous définissons et étudions des modelés évolutionnaires simplifies inspirés par la maturation d’affinité des anticorps. Nous identifions les éléments constitutifs fondamentaux de ce mécanisme d’évolution extrêmement rapide et efficace : mutation, division et sélection. En commençant par une analyse rigoureuse du mécanisme de mutation dans le Chapitre 2, nous procédons à l’enrichissement progressif du modelé en ajoutant et analysant le processus de division dans le Chapitre 3 ,puis des pressions sélectives dépendantes de l’affinité dans le Chapitre 4. Notre objectif n’est pas de construire un modèle mathématique très détaillé et exhaustif de la maturation d’affinité des anticorps, mais plutôt d’enquêter sur les interactions entre mutation, division et sélection dans un contexte théorique simplifie. On cherche à comprendre comment les différents paramètres biologiques influencent la fonctionnalité du système, ainsi qu’à estimer les temps caractéristiques de l’exploration de l’espace d’états des traits des cellules B. Au-delà des motivations biologiques de la modélisation de la maturation d’affinité des anticorps, l’analyse de ce processus d’apprentissage nous a amenée à concevoir un modèle mathématique qui peut également s’appliquer à d’autres systèmes d’évolution, mais aussi à l’étude de la propagation de rumeurs ou de virus. Notre travail théorique s’accompagne de nombreuses simulations numériques qui viennent soit l’illustrer soit montrer que certains résultats demeurent extensibles a des situations plus compliquées. / The adaptive immune system is able to produce a specific response against almost any pathogen that could penetrate our organism and inflict diseases. This task is assured by the production of antigen-specific antibodies secreted by B-cells. The agents which causes this reaction are called antigens: during an immune response B-cells are submitted to a learning process in order to improve their ability to recognize the immunizing antigen. This process is called antibody affinity maturation. We set a highly flexible mathematical environment in which we define and study simplified mathematical evolutionary models inspired by antibody affinity maturation. We identify the fundamental building blocks of this extremely efficient and rapid evolutionary mechanism: mutation, division and selection. Starting by a rigorous analysis of the mutational mechanism in Chapter 2, we proceed by successively enriching the model by adding and analyzing the division process in Chapter 3 and affinity-dependent selection pressures in Chapter 4. Our aim is not to build a very detailed and comprehensive mathematical model of antibody affinity maturation, but rather to investigate interactions between mutation, division and selection in a simplified theoretical context. We want to understand how the different biological parameters affect the system’s functionality, as well as estimate the typical time-scales of the exploration of the state-space of B-cell traits. Beyond the biological motivations of antibody affinity maturation modeling, the analysis of this learning process leads us to build a mathematical model which could be relevant to model other evolutionary systems, but also gossip or virus propagation. Our method is based on the complementarity between probabilistic tools and numerical simulations.

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Cette thèse examine la relation entre paysage et imaginaire national dans le contexte du paysage transformé des Trois Gorges du fleuve Yangzi en République Populaire de Chine à travers l’exploration de trois types de dimensions du paysage : politique, poétique et économique. Tout d’abord, l’étude des dimensions politiques met en évidence la marchandisation du paysage des Trois Gorges réalisée par l’Etat à travers l’invisibilisation de la disparition du paysage, ainsi que l’absence massive d’agentivité du peuple dans sa relation au paysage national, concluant ainsi à l’épuisement de l’appréciation paysagère. Ensuite, l’étude des dimensions poétiques analyse le livre Three Gorges Diary de Yan Changjiang 颜长江, journal intime littéraire et photographique décrivant les dernières années du paysage fluvial avant sa submersion et exprimant une intense émotion de regret menant à un sursaut de résistance. Puis, l’étude des dimensions économiques considère l’intérieur du paysage fluvial avec une étude ethnographique menée dans un village situé à l’entrée de la Gorge Qutang et s’interroge sur la question de l’absence du paysage due à un manque d’extériorité et donc de distanciation, et la question de l’apparition économique du paysage liée à la relation entre paysage et droits fonciers ruraux et à l’événement national de la traversée de la Gorge Qutang par un funambule canadien en 1995. Enfin, prenant pour bornes temporelles l’année 1994 avec le début de la construction du Barrage des Trois Gorges et l’année 2014 avec la gratuité de l’entrée au site touristique du barrage accordée à tous les visiteurs « chinois » (distingués en terme de définition raciale étendue au-delà de la Chine continentale), cette thèse se termine sur une longue conclusion en forme d’essai sur la question de la kitschification de la réalité dans le contexte de la postmodernité dans les années 2010 et sur le potentiel subversif de l’imagination d’une nouvelle appréciation paysagère dans l’opposition à la marchandisation de la réalité. / This thesis examines the relation between landscape and the national imaginary in the context of the Yangzi’s Three Gorges transformed riverscape in the People’s Republic of China through the exploration of three kinds of landscape dimensions: political, poetic and economic. First, the study of the political dimensions highlights the commodification of the Three Gorges landscape performed by the State through the invisibilisation of the landscape’s disappearance, as well as the massive absence of agency from the people in its relating to the national landscape, thus concluding in the exhaustion of landscape appreciation. Second, the study of the poetic dimensions analyses Yan Changjiang 颜长江’s book Three Gorges Diary, a literary and photographical diary recounting the last years of the riverscape before its submersion and expressing an intense emotion of regret leading to a burst of resistance. Third, the study of the economic dimensions considers the inside of the riverscape with an ethnographic study carried out in a village located at the entrance of the Qutang Gorge and reflects upon the issue of the absence of landscape due to the lack of distancing exteriority, and the issue of the economic appearance of landscape related to the question of the relation between landscape and rural land rights and to the context of the national event of the tightrope walk over the Qutang Gorge that took place in 1995. Finally, starting in 1994 with the beginning of the construction of the Three Gorges Dam and ending in 2014 with the free entrance to the Three Gorges Dam touristic spot granted to all the “Chinese” visitors (with a racial definition extended to non-mainlanders), this thesis ends on a long conclusion in the form of an essay on the question of the kitschification of reality in the context of postmodernity in the 2010’s and on the subversive potential of the imagining of a new landscape appreciation in opposing the commodification of reality.

En plus des facteurs environnementaux et démographiques, les propriétés génétiques des populations sont devenues une préoccupation majeure pour préserver les populations en déclin de l'extinction. Afin d’acquérir des informations pertinentes pour la planification et la mise en œuvre des stratégies de conservation, les biologistes de la conservation ont réalisé le besoin d’avoir des connaissances en génétique des populations. Grace à l'acquisition de plus en plus rapide et de moins en moins chère d'une large gamme de marqueurs moléculaires, le recours a l’usage de l’outil moléculaire se répand de plus en plus. Ainsi, la génétique de la conservation se confirme comme une discipline à part entière qui est donc l’utilisation de la génétique dans la préservation des espèces comme entités dynamiques capables d'évoluer pour faire face aux changements environnementaux et afin de minimiser leur risque d'extinction. Par le biais de l’utilisation d’un large panel de marqueurs moléculaires (gènes mitochondriaux et nucléaires, microsatellites et SNPs), nous nous sommes intéresse à l’histoire évolutive à différentes échelles spatio-temporelles de la sous-espèce ouest méditerranéenne Testudo. hermanni hermanni (THH), qui présente une distribution insulaire et continentale très fragmentée. Le but de ce travail consiste à 1) comprendre les processus qui expliqueraient la distribution actuelle de la diversité génétique des populations et leur structure, 2) identifier l'origine des populations introduites (à Minorque et au Delta de l’Ebre), et 3) dater l’origine de la sous espèce THH. A l’échelle des populations, il s’agit d’identifier le nombre de groupes génétiques homogènes chez la tortue d’Hermann et le degré de différentiation génétique entre ces groupes afin de définir des unités de conservation évolutivement significatives (ESU) et des unités de gestion (MU). Enfin, nous nous sommes intéresses à l’étude des derniers noyaux de populations de THH dans le Var par des approches de génétique du paysage. Nos résultats ont révélé qu’une divergence par vicariance est à l’ origine de l’apparition de la sous-espèce T.h. hermanni. Ce scenario biogéographique s’expliquerait par les successions d’évènements glaciaires et interglaciaires qu’a connu le Pléistocène depuis plus de 2 MA provoquant un mouvement de retrait de l’espèce vers des zones refuges sur la frange côtière nord-méditerranéenne. Par ailleurs, le patron de différentiation mitochondriale Ile-continent observe et confirme par les microsatellites est très original par rapport à ce qui est connu chez d’autres espèces de reptiles partageant la même aire de distribution. Au vue de l’analyse phylogénétique confirmée par les microsatellites, on peut affirmer que la tortue d’Hermann n’est pas native sur Minorque et qu’elle a une double origine : la première, résultant d’une introduction à partir d’une seule source, probablement d’une population continentale génétiquement proche des Albères. La seconde d'origine insulaire, serait le résultat d’apports multiples, à partir de la Corse, de la Sardaigne ou de la Sicile. Enfin, l’isolement des populations de THH au sein de chaque région géographique reflète une structure génétique très forte. Par conséquent, six unités de gestion (MUs) sont proposées comme unités de conservation et de suivi sur le terrain. / In addition to environmental and demographic factors, the study of genetic properties of populations became inevitable issues in the conservation of declining populations. To acquire relevant information for conservation planning and implementing conservation strategies, conservationists have realized the need of population genetics tools. Moreover, this discipline has become more efficient with the development of a wide range of effective and relatively cheap methods for the characterization of a huge number of molecular markers. This led to define the conservation genetics as a separate discipline, which is the use of genetics in species preservation as dynamic entities evolving to cope with environmental changes and to minimize their extinction risk. Using a broad panel of molecular markers (mitochondrial and nuclear genes, microsatellites and SNPs), we interested in the evolutionary history at different spatial and temporal scales of the Mediterranean western subspecies Testudo hermanni hermanni (THH), which presents a very fragmented insular and continental distribution. The aim of this study is to 1) understand the processes that explain the current distribution of the structure and genetic diversity of populations, 2) identify the origin of introduced populations (Menorca and Ebro Delta) and 3) Dating the origin of the subspecies THH. At the population level, our study aimed to identify the number of homogeneous genetic groups of THH tortoise and the degree of genetic differentiation between these groups in order to identify evolutionarily significant units (ESU) and management units (MU). Finally, we were interested in the study of the last core populations of THH in the Var by landscape genetics approach. Our results revealed that a divergence by vicariance pattern explains the origin of the appearance of the subspecies THH. This biogeographic scenario is explained by the succession of glacial and interglacial events of the Pleistocene causing a withdrawal of the species toward refugia on the northern Mediterranean fringe. Moreover, the observed differentiation pattern (island vs continent) is very original compared to the reported diversity patterns of other reptiles sharing the same distribution range. According to our results, we may conclude that the Hermann’s tortoise is not native in Menorca and has a double origin: the first, is an introduction resulting from a unique source, probably from a continental lineage genetically close to Albera. The second, from an island origin, is the result of multiple contributions, from Corsica, Sardinia or Sicily. Lastly,the isolation of THH populations within each geographic region reflects a very strong genetic structure, therefor the six most relevant management units forconservation purposes are proposed on the basis that they represent a significant part of the evolutionary legacy of the species.

Le paludisme est un des maladies vectorielles les plus communes qui est situé principalement dans les régions tropicales. La zone étudiée est la région transfrontière Guyane française-Brésil. Le niveau et la dynamique intra-annuelle de la transmission y sont variables, avec un taux d’incidence qui est relativement élevé dans l’Amérique du Sud. Les facteurs environnementaux, en particulier l'occupation et l'usage du sol, influent significativement sur la présence, la densité et la distribution spatiale des moustiques du genre Anophèles, vecteurs de la maladie. Les données sur l'environnement, la population et les systèmes de santé sont rarement comparables de part et d’autre de la frontière Guyane-Brésil, excluant une vision bilatérale homogène. La télédétection permet de caractériser spatialement l’environnement de manière quasi continue et complète. L’objectif de ce travail est de caractériser par télédétection des milieux favorables au développement des vecteurs et les interactions hommes-vecteurs pour la zone transfrontalière Guyane-Brésil. Un indicateur spatialisé d’aléa de transmission du paludisme a été développé à l’échelle locale. Il permet de spatialiser la contribution de l'interaction entre milieux forestiers et non-forestiers sur la transmission du paludisme. Ce modèle a été mis en œuvre à l’échelle de la région amazonienne. Cet indice permet de quantifier et d’expliquer l’influence du paysage dans les interrelations homme - vecteurs adultes. L’identification des gîtes larvaires potentiels a été testée à une échelle régionale, à partir de la fusion d’images satellites optiques et radar, afin de mettre en évidence la distribution spatiale de zones humides pérennes et de grandes tailles (lacs, rivières, étangs, etc.) et les interfaces avec les milieux urbaines et forestiers. La distribution et la densité des vecteurs sont affectées par les propriétés physiques et chimiques des gîtes larvaires potentiels qui sont liées à la typologie des sols. Un modèle conceptuel de l’évaluation des sols adapté à la zone amazonienne présente que les caractéristiques géomorphologiques (altitude, courbure, etc.) sont indicateurs de l’évolution des sols. Une typologie des sols a été réalisée à l’échelle régionale à partir de données altimétriques et de ce modèle conceptuel. Les méthodologies, les cartes d’occupation et d’usage du sol, les cartes d’aléa du paludisme mises en place dans le cadre de cette thèse seront intégrés à l’Observatoire transfrontalier (Guyane-Brésil) qui est en cours de création. Ce travail de thèse contribue ainsi à l’exploitation des nouvelles connaissances sur le mécanisme de transmission du paludisme qui peuvent être utilisées pour définir les nouvelles stratégies de prévention aux échelles locale et régionale. / Malaria remains one of the most common vector-borne diseases what is predominantly located in the tropics. The study area is the cross-border area between French Guiana and Brazil where the level and intra-annuel dynamic of malaria transmission are variable, with the incidence rates which are relatively high in South America. The environmental risk factors, in particular, land use and land cover, significantly influence the presence, density and spatial distribution of disease vectors, Anopheles mosquitoes. Environmental information, population data and health systems database are rarely comparable on both sides of the Guyana-Brazil border which exclude the homogeneous and bilateral vision. Remote sensing permits to spatially characterize the environment on both sides of the border in an almost continuous and complete manner. The objective of this study is to characterize the favorable environment for the development of vectors and the vector-human interaction in the cross-border area between French Guiana and Brazil using remote sensing. A spatial landscape-based hazard index of malaria transmission was developed at the local scale. Such index allows spatializing the contribution of interaction between forest and non-forest areas on malaria transmission which was then implemented in the entire Amazon region. It quantifies and explains the influence of landscape on the interaction between human population and adult vectors. The identification of potential breeding sites of vectors was tested on a regional scale using the optical and SAR fusion for highlighting the spatial distribution of perennial and large wetlands (lakes, rivers, ponds etc.) and the interfaces with urban and forest environments. The distribution of vectors’ density is affected by physical and chemical properties of potential breeding sites which are related to soil typology. A conceptual model of soil evolution adapted to the Amazon region presents that geomorphological characteristics (altitude, curvature, etc.) are indicators of soil evolution. A soil classification was realized at the regional scale using altimetry data and the conceptual model. The methods, land use and land cover and malaria hazard maps established in this thesis will be integrated in the Observatory Sentinel of cross-border which is being built. This study also contributes to the exploitation of new knowledge about malaria transmission mechanism which can be used to define novel prevention strategies at the local and regional scales.

Les agroécosystèmes sont des mosaïques d’espaces cultivés, d’espaces naturels et semi-naturels et d’infrastructures humaines fortement imbriqués et donc intrinsèquement liés et dépendants. Les espaces semi-naturels sont confinés généralement aux bordures de champs et aux bordures de route où se côtoient biodiversités végétales cultivées et sauvages. Cette thèse se concentre principalement sur la dispersion des graines de colza (Brassica napus L.) vers ces espaces qui peut conduire à la formation de populations de colza dites férales. A l’échelle d’un agroécosystème, l’étude de données génotypiques couplées à des méthodes d’assignations aux variétés commerciales existantes, a permis de mettre en évidence un lien entre la diversité variétale des champs de colza cultivés et la diversité variétale des populations férales de l’année suivante. De surcroît, l’étude de ces diversités variétales a montré que les champs ne sont pas des entités uniformes comportant des plantes d’une seule variété et que les populations férales accumulent les variétés au fil des années grâce aux apports annuels des champs récoltés, à la survie dans la banque de graines et à l’autorecrutement au sein des populations férales. La modélisation des flux efficaces de graines par une méthode de maximum de vraisemblance a permis d’identifier des dynamiques de dispersion locales au sein des agroécosystèmes. Suivant la zone considérée et les axes de circulation vers le silo de récolte, les sources locales de graines varient et les apports extérieurs de graines sont plus ou moins importants. Nos données nous ont permis d’estimer que les semis de la même année (n), les champs récoltés l’année antérieure ou même les années précédentes (jusqu’à n-2) pouvaient contribuer de manière significative à la présence de populations férales (l’année n). Les distances moyennes de dispersion estimées varient de la dizaine de mètres au kilomètre. Enfin, une expérimentation in-situ nous a permis de quantifier les pertes de graines pendant la récolte liées aux bennes de récolte. Nous avons évalué ces pertes à 400 graines par m2 et nous avons mis en évidence de rares évènements de pertes massives de graines. L’analyse statistique des résultats de ces pertes nous a permis de les mettre en relation avec des caractéristiques du paysage, notamment les surfaces des champs et les axes de circulations principaux et secondaires. Dans le contexte de mise en culture de plantes transgéniques, ces résultats impliquent de prendre en compte la complexité du paysage dans les modèles qui prédisent les flux de transgènes à l’échelle des agroécosystèmes. / Agroecosystems are mosaics of cultivated areas where natural and semi-natural areas and human infrastructures are strongly nested and intrinsically linked and dependent. Semi-natural areas are generally confined to field edges and roadsides where wild and cultivated plants biodiversity are combined. This thesis focuses mainly on seed dispersal of oilseed rape (Brassica napus L.) towards semi-natural areas which can lead to establishment of feral oilseed rape populations. At the agroecosystem scale, the study of genotypic data coupled with assignment methods to existing commercial cultivars has highlighted the link between diversity of cultivars of oilseed rape cultivated fields with diversity of cultivar of feral populations the following year. Furthermore, the study of cultivar diversity revealed that fields are not uniformly composed of plants of a unique cultivar and that feral populations accumulate different cultivars over years consecutive of annual seeds rain of harvested fields, survival in the seed bank and self-recruitment in feral populations. Modeling the effective seed flow with maximum likelihood method revealed local dispersal dynamics within the agroecosystem. Local and extern sources of seeds differ according the area studied and the traffic roads to the silo. Our data have shown that both sowing of the same year (n), the fields harvested the previous year or even in previous years (up to n-2) could significantly contribute to the presence of feral populations (year n). The average dispersal distances estimated range from ten meters to kilometers. Finally, an in-situ experiment enabled us to quantify seed losses during harvest related to grain trailers. We evaluated these losses to 400 seeds per m2 and we highlighted rare events of massive seed deposition. Statistical analysis of these losses enabled us to relate them with landscape elements, including the traffic roads and. In the context of GM crops cultivation in agroecosystems, these results emphasize the need to introduce the landscape complexity in models predicting the presence and persistence of GM OSR feral populations.