Cette étude vise à explorer les mécanismes de tolérance des plantes aux xénobiotiques organiques de la famille des HAPs (phénanthrène), à travers l’analyse de l’impact des évènements de spéciation par hybridation et duplication génomique (allopolyploïdie). Nous avons pour cela mené une approche comparative sur un modèle de spéciation allopolyploïde récente, constitué des espèces parentales hexaploïdes S. alterniflora et S. maritima, et de l’allopolyploïde S. anglica qui résulte de la duplication du génome de leur hybride F1 S. x townsendii. Une approche intégrative basée sur des analyses physiologiques et moléculaires nous a permis de montrer que chez Spartina l’hybridation et le doublement du génome augmentent la tolérance aux xénobiotiques. Le parent paternel S. maritima se montre particulièrement sensible au phénanthrène par rapport au parent maternel S. alterniflora. Différentes analyses transcriptomiques ont permis l’identification de novo de transcrits spécifiquement exprimés en condition de stress, et l’annotation des petits ARNs (miARNs, leurs gènes cibles, et siARNs) agissant en tant que régulateurs de l’expression des gènes et la régulation des éléments transposables. Les analyses d’expression différentielle en réponse au stress ont permis de générer un modèle de régulation (miARN/gènes cibles) en réponse aux HAPs, testé par validation fonctionnelle en système hétérologue chez Arabidopsis. Un travail exploratoire de profilage du microbiome de la rhizosphère des spartines exposées au phénanthrène a été réalisé pour préciser les mécanismes de dégradation des xénobiotiques dans l’environnement en vue d’une application dans les stratégies de remédiation verte. / We explored mechanisms involved in tolerance to organic xenobiotics belonging to PAHs (phenanthrene), in the context of allopolyploid speciation (hybrid genome duplication). We developed a comparative approach, using a recent allopolyploidization model including the hexaploid parental species S. alterniflora and S. maritima, and the allopolyploid S. anglica, which resulted from genome doubling of the F1 hybrid S. x townsendii. Integrative approach based on physiological and molecular analyses highlights that hybridization and genome doubling enhance tolerance to xenobiotics in Spartina. The paternal parent S. maritima exhibits higher sensitivity compared to the maternal parent S. alterniflora. Various transcriptomic analyses were performed, to identify de novo stress responsive transcripts, and to annotate small RNAs (miRNAs, their target genes, and siRNAs) involved in gene expression and transposable element regulations. Differential expression analyses in response to stress allowed us to develop a putative miRNA regulatory network (miRNA/target genes) in response to PAH, functionally validated in Arabidopsis as heterologous system. An exploratory profiling of Spartina rhizosphere microbiome exposed to phenanthrene was also performed to characterize environmental degradation abilities, in the perspective of optimizing green remediation strategies.

En Indonésie, la croissance économique rapide et la sensibilisation à la consommation d'aliments nutritifs sont des facteurs importants qui stimulent la consommation d'aliments d'origine animale, y compris laitiers.Le PIB de l'élevage a ainsi augmenté de plus de 56% entre 2011 et 2015. Même si elle reste relativement faible par rapport aux autres pays d'Asie du Sud-Est, la demande de produits laitiers n’est pas couverte par la production nationale. Celle-ci ne représentait qu'environ 835 000 tonnes en 2015, produites principalement par des petites exploitations familiales.Les petites exploitations représentent la grande majorité des fermes laitières en Indonésie. Avec seulement 4 vaches et moins de 1 ha de terres cultivées par ménage en moyenne, les activités laitières jouent un rôle important dans la sécurisation des moyens de subsistance de ces petites exploitations. Cependant, ces fermes font face à plusieurs contraintes qui empêchent leur durabilité. Dans ce contexte, nous souhaitions rechercher «dans quelle mesure les petites exploitations laitières peuvent-elles être plus durables ?».Notre approche visait à évaluer la durabilité des petites exploitations et à apprécier la dynamique et les changements dans les systèmes de production laitière dans la province de Java Ouest. La première phase (2014) consistait à identifier le rôle d'un projet de développement laitier local et les besoins des fermes laitières. Nous avons recueilli des données auprès de 61 fermes à travers une enquête formelle et auprès de la coopérative laitière. La deuxième phase (2015-2016) consistait à évaluer la durabilité des petites exploitations familiales. Après une revue de bibliographie, nous avons mené des entretiens avec des experts et des acteurs locaux (chercheurs, experts, gouvernement, coopérative, ONG, agriculteurs) afin de proposer six indicateurs de durabilité. Nous avons ensuite mené une enquête formelle auprès de 355 agriculteurs, ce qui nous a permis de quantifier ces indicateurs. La troisième phase (2016-2017) consistait à comprendre la dynamique des systèmes de production laitière. Sur la base des résultats de l'enquête formelle de 355 agriculteurs, nous avons construit une typologie agricole et caractérisé chaque type de fermes. Nous avons ensuite sélectionné 20 fermes qui représentaient chaque type de ferme pour des entretiens approfondis afin de comprendre leurs trajectoires.Nous voulons souligner 3 résultats principaux. Nous montrons l'importance de fournir des formations et un soutien technique pour le développement des moyens de subsistance des agriculteurs. Nous notons que le niveau de capital et la diversification des activités à la ferme jouent un rôle important dans la durabilité des exploitations agricoles. Enfin, si les systèmes mixtes agriculture-élevage restent stables en termes de production laitière, les exploitations spécialisées disposant d'une dotation en capital plus importante ont rapidement augmenté leur taille de troupeau.En conclusion, les agriculteurs ayant une activité diversifiée affichent de meilleures performances en matière de durabilité, mais leur contribution à la production nationale augmente plus lentement. Les fermes spécialisées pourraient jouer un rôle clé pour soutenir la production nationale en raison de l'augmentation rapide du cheptel laitier. Néanmoins, dans une politique de développement laitier il ne serait pas pertinent de se concentrer uniquement sur ces exploitations spécialisées. En raison de leur nombre élevé, les petites exploitations jouent un rôle important dans la réduction de la pauvreté, la création d'emploi, l'alimentation et la fourniture d'un marché national. À l'avenir, les politiques laitières devraient mettre davantage l'accent sur les formations et les programmes de crédit des petits exploitants et fournir des stratégies pertinentes tenant compte du type de ferme, du modèle de durabilité, des trajectoires agricoles afin d'assurer un développement durable. / In Indonesia, rapid economic growth and awareness to consume nutritious food boost animal source foods, consumption, including dairy. As consequence, GDP from livestock sub-sector shows an enhancement to more than 56 percent during five years (2011-2015). Even though, it remains relatively low compared to other South East Asian countries, the demand of dairy products could not be covered by national production. The national production accounted for only around 835.000 tons in 2015 which is produced mostly by smallholder farms.Smallholder farms represent the vast majority of dairy cattle farms in Indonesia. With only 4 cows and less than 1 ha of cultivated land per household on average, dairy activities play an important role in securing the livelihoods of those smallholder farms. However, those farms face several constraints that preclude their sustainability. In that context, we wanted to research “in what condition smallholder dairy farms are more sustainable”.Our approach aimed at evaluating the sustainability of smallholder farms and assessing the dynamics and changes in milk production systems, in West Java Province. The first phase of our study (2014) was to identify the role of a local dairy development project and the needs of the dairy farms. We collected data from 61 farms through formal survey and from milk cooperative The second phase (2015-2016) was to evaluate the sustainability of smallholder dairy farms. After an extensive literature review, we carried out in-depth interviews with experts and local stakeholders (researchers, lecturers, government, cooperative, NGO, farmers) in order to propose six main indicators of sustainability scoring from 0 to 100. We then conducted a formal survey of 355 farmers that allowed us to quantify those indicators. The third phase (2016-2017) was to understand the dynamics of dairy farming systems. Based on the results of the formal survey of 355 farmers, we built a farm typology and characterized each type of farm. We then selected 20 farms which represented each type of farm for in-depth interviews to understand their farm trajectories.From our study, we want to underline 3 main results. First, we show the importance of providing trainings and technical support for the development of farmers’ livelihoods. Second, we note that the level of capital and the diversification of the activities on farm both play important roles in the sustainability of the farms. Third, if mixed crop-livestock systems remain stable in terms of milk production, specialized farms with higher capital endowment increased their herd size rapidly.To conclude, farmers with diversified activity show better sustainability performances than specialized ones, but their contribution to national production increases more slowly. Specialized farm might play a key role to support national production due to rapid increase of the dairy herd. Nevertheless, in a dairy development policy to supply national market, to focus only on those specialized farms could not be relevant. Due to the high number, small-scale farms are important to reducing poverty, to opening job opportunity, to ensuring nutrition and to providing national market. In the future, dairy policies should give more emphasis to smallholders’ trainings and credit programs and to provide relevant strategies considering the farm type, the sustainability pattern, the farm trajectories in order to have sustainable development.

Les nématodes à galles du genre Meloidogyne sont des parasites obligatoires des plantes capables d’infecter un large panel de plantes d’intérêt agronomique. Ces parasites ont la capacité d’induire la différenciation de cinq à sept cellules racinaires en cellules géantes, hypertrophiées, métaboliquement actives et multinucléées. Ces cellules géantes constituent le site nourricier indispensable au nématode, et sur lequel il va s’alimenter jusqu’à sa reproduction. Le développement de ces cellules entraine une déformation racinaire appelée « galle » qui va perturber l’absorption de nutriments de la plante et l’affaiblir. Des études transcriptomiques ont montré qu’une vaste reprogrammation transcriptionnelle a lieu lors de la formation de la galle. Cette thèse vise à caractériser le rôle des petits ARN, des ARN non codants, au cours de la formation des galles induites par M. incognita. Les petits ARN non codants sont des régulateurs clés de l’expression génique et comprennent deux grandes familles : les microARN (miARN) et les petits ARN interférents (siARN). Pour cela, les petits ARN de racines de la plante modèle Arabidopsis thaliana saines et infectées par le nématode à galle M. incognita ont été caractérisés par séquençage haut débit à 7 et 14 jours après infection, deux stades importants du développement des cellules géantes. Cette étude a permis d’identifier 24 miARN d’Arabidopsis différentiellement exprimés dans les galles en comparaison aux racines non infectées. L’analyse fonctionnelle de ces miARN a permis de valider le profil d’expression dans les galles de cinq miARN et de démontrer le rôle de miR159 dans la réponse de la plante à M. incognita. De plus, une approche pangénomique a été réalisée afin d’identifier les gènes susceptibles d’être régulés par les siARN lors de l’interaction. En conclusion, ce travail a contribué à démontrer d’une part l’implication des miARN dans l’interaction plante - nématode à galles et a permis l’identification des gènes potentiellement régulés par les siARN lors de l’interaction et impliqués dans la formation des cellules géantes induites par les nématodes à galles. / Root-Knot-Nematodes are obligate plant parasites able to infect a large panel of cultivated plants. These parasites have the ability to induce redifferentiation of five to seven root cells into specialized giant cells, hypertrophied, multinucleated and metabolically overactive. These giant cells form the feeding site upon which nematodes feed continuously until reproduction. Giant cells development leads to a root deformation, named gall, which disturbs plant nutrients absorption causing its weakening. Transcriptomic studies showed that a huge transcriptional reprogramming occurs during gall development. This project aims to characterize the role of small RNAs, non-coding RNAs, during gall development induced by M. incognita. Small non-coding RNAs are key regulators of gene expression and include two major families: microRNAs (miRNAs) and small interfering RNAs (siRNAs). Thus, small RNAs from roots of the model plant Arabidopsis thaliana healthy or infected by M. incognita were characterized by Next Generation Sequencing at 7 and 14 days after infection, two important stages of gall development. This study led to the identification of 24 plant microRNAs differentially expressed in galls compared to uninfected roots. Functional analysis of these miRNAs validated the expression pattern in galls of five miRNAs and demonstrated the role of miR159 in the plant response to M. incognita. In addition, a genome-wide approach was used to identify genes that could be regulated by siRNAs during the interaction. In conclusion, this work contributed todemonstrate, on one hand, the involvement of microRNAs in the plant - RKN interaction and allowed the identification of genes potentially regulated by small interfering and involved in the formation of giant cells induced by root-knot nematodes.

Les variants structuraux génomiques (SVs) composent une large part du polymorphisme observable entre les individus mais leurs impacts sur les processus micro-évolutifs restent mal connus et leur étude à large échelle est rare.La première partie de ce manuscrit est une étude de la bibliographie portant sur les SVs décrits chez les animaux domestiques. Cette partie met en avant l'importance des SVs dans la modification des gènes ou de leur régulation, impactant un grand nombre de traits sélectionnés lors de la domestication, en lien avec la productivité, la morphologie ou encore le comportement.Basée sur l’étude de données de reséquençage de 500 génomes complets de petits ruminants sauvages et domestiques, la seconde partie, ciblant trois SVs décrits dans la bibliographie, a permis (i) de réfuter l’hypothèse d’amplification en lien avec la domestication des copies endogènes protectrices du retrovirus JSRV situées dans la région 6q13 du mouton, (ii) d’identifier des duplications entourant et affectant le gène ASIP qui seraient impliquées dans les modifications de coloration du pelage en lien avec la domestication des petits ruminants, ainsi que (iii) de montrer un potentiel rôle adaptatif d'un haplotype du locus de la beta-globine lié au climat aride chez le mouton.La troisième partie se base sur une recherche sans a priori de l’ensemble des SVs présents dans des génomes complets. Au travers du développement d’une méthode de détection des SVs et de son application, cette partie permet de décrire environ 50k et 20k SVs dans les génomes des Ovis et des Capra. Parmi ces SVs, 135 chez Ovis et 70 chez Capra semblent liés à la domestication et affectent des gènes impliqués dans l’amélioration, l’immunité, la reproduction ou la survie. De plus, les distributions de 130 SVs pour les moutons et 35 SVs pour les chèvres covarient avec des variables environnementales au Maroc. Certains affectent des gènes impliqués dans la morphologie, l’immunité et le métabolisme.Ce travail met ainsi en avant de nombreux variants qui peuvent impacter des gènes et qui ont pu être ciblés lors la domestication initiale, des étapes d’amélioration ultérieure ou de l’adaptation locale des petits ruminants. Il démontre l'importance de prendre en compte les variants structuraux dans les études génomiques visant à décrire les bases génétiques de la domestication. / Genomic structural variations (SVs) account for a large part of the polymorphism between individuals, but their impacts on micro-evolutionary processes remain poorly known and large-scale studies are scarce.The first part of this manuscript is a bibliographic study of SVs in domestic animals. This part highlights the importance of SVs in modifying genes or their regulation, impacting a large number of traits selected during domestication and linked to productivity, morphology or behaviour.Based on the study of resequenced data from 500 whole genomes of wild and domestic small ruminants, the second part, targeting three SVs described in the bibliography, allowed (i) to refute the hypothesis of a link between the domestication of sheep and the amplification of endogenous protective copies of the JSRV retrovirus located in the 6q13 region, l, (ii) to identify duplications surrounding and affecting the ASIP gene that could be involved in the coat color changes related to the domestication of small ruminants, as well as (iii) highlight a potential adaptive role to arid climate of an haplotype of beta-globin locus in sheep.In the third part, we conducted a whole genome survey of SVs . Through the development of a SVs detection method and its application, we could detect about 50k and 20k SVs in Ovis and Capra. Of these SVs, 135 and 70 in Ovis and Capra, respectively, appear to be linked with domestication and affect genes involved in improvement, immunity, reproduction or survival. In addition, in Morocco, the distributions of 130 SVs for sheep and 35 SVs for goats covariate with environmental variables. Some of them affect genes involved in morphology, immunity and metabolism.This work highlights that many variants impacting genes might have been targeted during initial domestication and subsequent improvement steps or during the local adaptation of sheep and goats. It demonstrates the importance of considering structural variants in genomic studies to describe the genetic basis of domestication.

La poly(ADP-ribosyl)ation est une modification post-traductionnelle effectuée par les poly(ADP-ribose) polymerases (PARP), des enzymes à prédominance nucléaire qui catalysent la formation de polymères d'ADP-ribose sur des protéines acceptrices en utilisant le NAD+ comme substrat. Cette modification est impliquée dans plusieurs processus cellulaires dont la replication, la transcription, la réparation de l'ADN et la mort cellulaire. La poly(ADP-ribose)glycohydrolase (PARG) est l'enzyme qui hydrolyse le polymère d'ADP-ribose, permettant aux protéines modifiées de regagner leurs fonctions. Le projet de recherche ici présent décrit les méthodes et caractéristiques optimales de l'inhibition de l'expression du gène PARG dans le but de moduler la réponse aux dommages à l'ADN des cellules humaines cancéreuses. La première étape a été de développer des anticorps monoclonaux spécifiques envers l'enzyme PARG humaine (B8G4 et D8B10). Ces anticorps, d'un isotype IgGl et IgG2a respectivement, sont capables de détecter spécifiquement trois isoformes de l'enzyme PARG. Les résultats d'immunobuvardages ont montré que B8G4 et D8B10 détectent PARG dans des types cellulaires différents. La deuxième étape consistait au développement de petits ARN en épingle à cheveux (shARN) spécifiques au gène PARG humain et leur insertion dans un système d'expression viral (lentivirus). Les quatre shARN-huPARG produits et caractérisés ont tous démontré une capacité variable de l'inhibition de l'expression du gène PARG chez les cellules humaines. L'inhibition a permis de diminuer significativement la présence cellulaire de la protéine PARG ainsi que son activité enzymatique. Des cellules de gliomes humains SKI-1 dont le contenu en PARG a été constitutivement diminué à l'aide du système de shARN semblent montrer une sensibilité accrue aux rayons ionisants. Les anticorps anti-PARG B8G4 et D8B10 ainsi que les ARN en épingle à cheveux shRNA-PARG sont des outils moléculaires fonctionnels permettant de diminuer significativement l'expression du gène PARG et de déterminer l'ampleur de l'inhibition. Ces outils ont été ainsi utilisés dans une étude fonctionnelle de sensibilisation des cellules cancéreuses envers des rayons ionisants.

Étant donné la prévalence élevée des problèmes socioaffectifs (intériorisés et extériorisés) durant l'enfance et leurs conséquences sur l'adaptation ultérieure de l'enfant, il est crucial d'identifier les facteurs impliqués dans leur développement précoce. Un nombre croissant d'études suggèrent que les comportements paternels sont impliqués dans leur développement. Toutefois, très peu d'études se sont intéressées à l'orientation mentale paternelle, soit à la tendance du père à considérer son enfant comme ayant une vie mentale autonome, telle qu'indiquée par une propension à nommer les états mentaux de l'enfant en interaction avec lui. Cette étude avait pour objectif de mieux comprendre le rôle de l'orientation mentale paternelle dans le développement des problèmes socioaffectifs (intériorisés et extériorisés) à la petite enfance au sein de la population générale. Pour ce faire, 147 familles (père-mère-enfant) issues de la communauté ont été recrutées et rencontrées à leur domicile lorsque l'enfant était âgé de 6, 12 et 18 mois. L'orientation mentale des parents a été mesurée à 6 mois à l'aide d'un système de codification basé sur l'analyse des commentaires verbaux des parents en interaction avec l'enfant. Les manifestations précoces de problèmes socioaffectifs chez l'enfant ont été mesurées à l'aide d'un questionnaire complété par les parents à 12 et 18 mois. La contribution unique de l'orientation mentale paternelle et maternelle à la prédiction de ces manifestations précoces a été examinée à l'aide de régressions. Les résultats indiquent que l'orientation mentale de la mère prédit moins de problèmes socioaffectifs à 12 mois, tandis que celle des pères prédit moins de problèmes socioaffectifs à 18 mois. Lorsque les manifestations intériorisées et extériorisées sont distinguées, l'orientation mentale du père, mais pas celle de la mère, prédit moins de problèmes intériorisés à 12 et 18 mois. Cette étude souligne la contribution unique de l'orientation mentale du père au développement socioaffectif précoce de l'enfant.

Les relations affectives qui se développent en contexte de garde éducative sont considérées comme un prélude important de la vie sociale et affective de l'enfant. En cela, les échanges dyadiques éducatrice-poupon représentent un lieu d'initiation affective crucial dans le continuum développemental d'un être humain. La relation affective significative qui se forme progressivement entre une éducatrice et un poupon en pouponnière introduit des bases affectives et coopératives fondamentales qui permettent à l'enfant d'explorer le monde qui s'ouvre devant lui. En considérant la place prépondérante que prennent les contextes éducatifs à la petite enfance, il importe d'en étudier les relations qui s'y construisent et le sens qu'elles prennent dans le développement affectif des enfants qui les fréquentent. À ce jour, nous ne disposons pas des outils théorique et pratique qui nous permettent de décrire, d'analyser et de comprendre la relation singulière qui se développe entre une éducatrice et un enfant en contextes de garde éducative. S'inscrivant dans une perspective anthropologique de la genèse du développement humain, la présente étude cherche à examiner les fondements de la sociabilité humaine et à les mettre en relief à l'intérieur des contextes de la garde éducative qui sont devenus, aujourd'hui, un espace de socialisation précoce majeur. Il s'agit, en fait, de répondre à la question suivante : comment ou de quelle façon l'éducatrice réussit à passer d'une figure inconnue "qui n'a pas de sens" à une figure affective "qui a du sens" ? Pour ce faire, la thèse a trois objectifs principaux : 1) Définir spécifiquement la notion de relation affective significative ; 2) Proposer un cadre conceptuel permettant de la décrire, de l'analyser et de la comprendre ; 3) Présenter des outils d'observation donnant la possibilité d'intervenir de manière ciblée au cœur de la dyade éducatrice-poupon en contexte de garde éducative. / The emotional relationships that develop in a child care setting are seen as important prelude to the child's social and emotional life. In this respect, the dyadic exchanges between educator and child represent a crucial place of affective initiation in the developmental continuum of a human being. The meaningful affective relationship that gradually forms between a caregiver and a child in a nursery introduces fundamental affective and cooperative foundations that allow the child to explore the world that opens up before him. Considering the preponderance of educational contexts in early childhood, it is important to study the relationships that are built in these settings and the meaning they take for the emotional development of the children who attend them. To date, we lack the theoretical and practical tools to describe, analyze and understand the unique relationship that develops between an educator and a child in child care settings. From an anthropological perspective of the genesis of human development, this study seeks to examine the foundations of human sociability and to highlight them in the context of child care, which has become a major space for early socialization. It is, in fact, to answer the following question: How or in what way does the educator succeed in moving from an unknown "meaningless" figure to an affective "meaningful" figure? To this end, the thesis has three main objectives: 1) To specifically define the notion of a significant affective relationship; 2) To propose a conceptual framework for describing, analyzing and understanding it; 3) To present observation tools that make it possible to intervene in a targeted intervention at the heart of the educator-infant dyad in a childcare context.

Par isomorphisme avec les propriétés structurelles d'un système ouvert, l'auteur recadre des modèles descriptifs de fonctionnement d'un groupe afin d'élaborer un modèle systémique de la structure du champ psychologique de communication d'un groupe de travail ; il recadre également des études sur le leadership dans un groupe et sur la stratégie de consolidation d'équipe pour dégager un comportement d'ensemble de ce modèle. Par la suite, il explore auprès de groupes de travail évoluant en milieu organisationnel ce comportement. Finalement, il présente les résultats de cette exploration qui donnent un portrait global du fonctionnement de cette structure par causalité circulaire entre des processus de communication de production et de solidarité et un processus de métacommunication. / Québec Université Laval, Bibliothèque 2019

L'objectif de cette thèse consiste à étudier l'étiologie spécifique et commune des manifestations précoces d'agressivité physique et de l'acquisition du langage en terme de facteurs génétiques et environnementaux et d'influences phénotypiques mutuelles. Trois objectifs spécifiques en découlent : 1) d'abord étudier Pédologie spécifique du vocabulaire et de la grammaire avant 3 ans, 2) ensuite, étudier le lien entre vocabulaire et agressivité physique à 18 mois en com parant un modèle d'étiologie commune à un modèle d'influences phénotype-à-phénotype et 3) enfin, utiliser de façon novatrice la modélisation génétique pour tester des modèles théoriques rivaux. Deux volets d'étude constituent le corps de cette thèse, l'un sur le lien entre langage et agressivité, et l'autre sur Pédologie du langage. Dans un premier volet de la thèse sur le langage, les résultats démontrent que les différences individuelles quant au vocabulaire et à la grammaire, qui sont fortement liés de 24 à 36 mois, s'expliquent en grande partie par des facteurs d'environnement commun quoique chaque composante démontre une héritabilité modeste mais significative. Des analyses multivariées de ces résultats suggèrent que le lien entre vocabulaire et grammaire s'explique à la fois par une étiologie génétique et environnementale commune et par des influences phénotypiques réciproques entre 24 et 36 mois. Par ailleurs, le vocabulaire et l'agressivité physique à 18 mois apparaissent significativement liés (r = -.20), quoique modestement. Les analyses génétiques révèlent une forte héritabilité pour l'agressivité physique mesurée dès ce jeune âge. Deux modèles ontogéniques ont été testés pour expliquer la corrélation observée. Les résultats démontrent que le lien entre agressivité physique et vocabulaire ne s'explique pas par une étiologie commune aux deux phénotypes mais presque entièrement par une influence phénotypique du vocabulaire sur le recours à l'agressivité physique. Ces études font appel à la modélisation génétique pour tester ces modèles ontogéniques alternatifs.

Les rhabdovirus, dont les virus de la stomatite vésiculaire (VSV) et de la rage (RAV) constituent des prototypes, sont des virus enveloppés dont le génome est constitué d'une seule molécule d'ARN simple brin de polarité négative qui font partie de l'ordre des Mononegavirales (MNV). La machinerie de transcription/réplication de ces virus est constituée de l'ARN génomique et de trois protéines qui sont communes à tous les virus de l'ordre des MNV, la (N) qui encapside le génome viral, la grande sous-unité de l'ARN polymérase ARN dépendante (L) et la phosphoprotéine (P) qui est un cofacteur non-catalytique de la L et sert de chaperonne à la N. Le premier objectif de mon travail de thèse consistait à déterminer la structure cristallographique du domaine de dimérisation de la phosphoprotéine du virus de la rage. La P des rhabdovirus est une protéine modulaire qui contient deux régions intrinsèquement désordonnée, un domaine central responsable la dimérisation et un domaine C-terminal responsable de la fixation sur la matrice N-ARN. Le modèle atomique obtenu à une résolution de 1.5A montre que la structure est très différente de celle du domaine correspondant chez VSV. Le second objectif de mon travail était la caractérisation structurale de la grande sous-unité L de la polymérase du virus de la stomatite vésiculaire. Cette enzyme de 2109,aa, possède six régions conservées. Le domaine conservé III comprend les régions impliquées dans l'activité de polymérisation et les domaines V et VI sont responsables de la formation de la coiffe des ARNm. Plusieurs stratégies ont été envisagées successivement. (1) Sur la base de prédictions de structures secondaires et de prédictions de désordre, nous avons essayé d'exprimer différents fragments en système d'expression bactérien. Les constructions testées se sont avérées insolubles et certaines d'entre elles fixaient GroEL, indiquant un problème de repliement. (2) Nous avons alors essayé d'exprimer la L seule ou en complexe avec la P en système d'expression eucaryote. La purification s'est avérée impossible, la protéine L restant toujours associées à des protéines cellulaires visibles par coloration au bleu de Coommassie. (3) Finalement nous avons réussi à purifier la polymérase à partir de virus entier. La préparation de la polymérase était très homogène et a permis d'entreprendre une caractérisation par microscopie électronique. Une classification d'images a permis de construire un premier modèle à basse résolution. Le modèle révèle la présence d'un domaine annulaire avec plusieurs domaines structurés attachés au coeur de la polymérase. La cryo-microscopie électronique et la tomographie permettront d'obtenir plus de détails sur cette protéine. / Rhabdoviruses, including vesicular stomatitis virus (VSV) and rabies virus (RAV), are enveloped viruses which genome is made of a single molecule of negative-sense RNA and are classified in the order Mononegavirales (MNV). The transcription/replication machinery of these viruses consists of the genomic RNA and of three proteins, which are common to all other viruses of the order MNV, a nucleoprotein (N) that encapsidates the viral genome, a large subunit of the RNA-dependent RNA polymerase (L) and a phosphoprotein (P) that acts as a non-catalytic cofactor of L and a chaperone of N. The first goal of my research project was to determine the crystallographic structure of the dimerization domain of the rabies virus phosphoprotein. The P protein of the rhabdoviruses is a modular protein, which contains two intrinsically disordered regions, a central dimerization domain and a C-terminal domain involved in binding to the N-RNA template. The atomic model obtained at a resolution of 1.5 A showed that the structure is different from that of the corresponding domain of VSV. The second goal was the structural characterization of the large subunit L of VSV polymerase. The enzyme of 2109 aa has six conserved regions. Conserved region III includes the residues involved in the RNA synthesis activity, whereas domains V and VI are involved in mRNA capping formation. Three strategies were successively developed: (1) On the basis of secondary structure and disorder predictions, we tried to express different fragments in bacterial expression systems. These constructions appeared to be insoluble and some of them bound GroEL suggesting a folding problem; (2) We tried to express L alone or co-express it with P in eukaryotic expression system. The purification appeared to be impossible, the L protein always remaining associated with host-cell proteins in amounts detectable by Coommassie staining; (3) We succeeded in purifying the L protein from the virus. The L samples were homogenous and allowed a characterization by electron microscopy. Image classes allowed the reconstruction of a first low-resolution model. This model revealed the presence of a large ring-like domain and several globular domains. Cryo-electron microscopy and tomography should lead to a more detailed description of this protein.