Thesis (M.Ag.Sc.)--University of Adelaide, Dept. of Applied and Molecular Ecology. / Includes bibliographical references (leaves 102-114).

Thesis (M.Sc. (Hons.))--University of Western Sydney, Macarthur, Faculty of Business and Technology, 1997. / Bibliography: 105-124.

Thesis (Ph.D.) -- University of Western Sydney, 2004. / A thesis submitted in fulfilment of requirements for the degree of Doctor of Philosophy. Includes bibliography.

Thesis (Ph. D.)--University of Alberta, 2009. / Title from pdf file main screen (viewed on June 29, 2009). "A thesis submitted to the Faculty of Graduate Studies and Research in partial fulfillment of the requirements for the degree of Doctor of Philosophy Plant Science, Department of Agricultural, Food and Nutritional Science, University of Alberta." Includes bibliographical references.

Thesis (Ph. D.)--University of Chicago, Committee on Genetics, March 2003. / Includes bibliographical references. Also available on the Internet.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-12-15Bitstream added on 2014-06-13T19:33:26Z : No. of bitstreams: 1 dallacqua_fc_me_jabo.pdf: 321125 bytes, checksum: 095ba41139dc507b26139c5c4897dd6c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As bactérias pertencentes ao gênero Xanthomonas constituem um dos grupos de fitopatógenos mais importantes na natureza, com capacidade de infectar aproximadamente 120 tipos diferentes de plantas monocotiledôneas e 270 dicotiledôneas. A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) é o agente causal do cancro cítrico, uma das principais doenças dos citros. Restrita à Flórida, a mancha bacteriana dos citros, causada por Xanthomonas alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm), afeta principalmente o citrumelo ‘Swingle’. A bactéria Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii (Xfa) é o agente causal das cancroses B e C, encontradas apenas na América do Sul. As técnicas mais utilizadas na diferenciação e caracterização dos patógenos bacterianos, hibridização DNA-DNA (DDH) e sequenciamento da região do DNA que codifica o RNA ribossomal 16S (rRNA 16S), são onerosas, trabalhosas, lentas e de resultados restritos, não permitindo a comparação dos resultados obtidos entre diferentes estudos laboratoriais. Por isso, a técnica de análise de sequências multilocus (MLSA), considerada rápida, barata e confiável, tem sido recomendada para a caracterização e delimitação de espécies de patógenos bacterianos, tais como as do gênero Xanthomonas, permitindo o estabelecimento das relações filogenéticas por meio de genes housekeeping. Portanto, o objetivo do trabalho foi caracterizar os isolados de Xanthomonas (Xcc-A, Xfa-B, Xfa-C e Xacm) por meio da técnica MLSA. Foram utilizados 27 isolados de Xanthomonas patogênicas a citros, sendo quatro de X. citri subsp. citri (Xcc), três de X. fuscans subsp. aurantifolli B (Xfa-B), dezenove de X. fuscans subsp. aurantifolli C (Xfa-C) e um de X. alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm). Os genes atpD, dnaK e fusA foram utilizados como genes housekeeping e para a reação da PCR... / Bacteria belonging to the genus Xanthomonas are one of the main groups of phytopathogens in nature, capable to infecting about 120 different monocots and 270 dicots plants. Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) is the causal agent of bacterial citrus canker, one of the major diseases of citrus. Restricted to Florida, citrus bacterial spot, caused by Xanthomonas alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm), affects mainly citrumelo 'Swingle'. Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii (Xfa) is the causal agent of canker B and C, found only in South America. The most widely used techniques for the differentiation and characterization of bacterial pathogens, DNA-DNA hybridization (DDH) and analysis of DNA sequences coding for small subunit ribosomal RNAs (16S rRNA), are costly, cumbersome, slow and give limited results, do not allowing the interlaboratorial comparisons of the results. Therefore, the technique of multilocus sequence analysis (MLSA), which is considered fast, cheap and reliable, has been recommended for characterization and delineation of species of bacterial pathogens, such as the genus Xanthomonas, allowing the establishment of phylogenetic relationships between them through housekeeping genes. Therefore, the objective of this study was to characterize strains of Xanthomonas (Xcc-A, Xfa-B, Xfa-C and Xacm) using the MLSA technique. We used 27 strains of Xanthomonas pathogenic to citrus, being four Xcc, three Xfa-B, 19 Xfa- C and one Xacm. The PCR reaction was performed using the specific primers to amplify the atpD, dnaK and fusA genes. PCR products were purified, sequenced and the sequences were analyzed using the software CodenCode Aligner version 3.7.1. Phylogenetic analysis was performed using Maximum Likelihood based on the model of Tamura-Nei and using the software MEGA 5. Analyses ... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1071091 bytes, checksum: e66eafe7f0d234fc9622a12ffaa47c2c (MD5) Previous issue date: 2011-02-18 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / In the past, there was no preoccupation in minimizing water consumption which was probably due the belief of its abundance and easy access. Nowadays, the interest in water conservation and reuse has increased especially in forest nurseries. However, before water is reused it must be treated in order to minimize the risk of spread inocula of pathogens and to reduce losses caused by diseases. In this study, water treatment processes of ultrafiltration and conventional physical-chemical treatment were evaluated regarding the eradication inocula of Ralstonia solanacearum, Xanthomonas axonopodis, Botrytis cinerea and Cylindrocladium candelabrum, the most common nursery pathogens in Brazil. The ultrafiltration eradicated over 99% inocula of R. solanacearum, X. axonopodis and B. cinerea and 100% of inoculum of C. candelabrum. The treated water was tested for irrigation and yielded no infected eucalyptus rootted cuttings. Sand filtration used in the physical-chemical treatment system allowed complete eradication of C. candelabrum inoculum, but complete inoculum eradication of the other pathogens was only achieved after chlorination of the filtered water with residual chlorine from 1.74 mg/L. No symptoms of phytotoxicity were found on Eucalyptus rooted cuttings irrigated with water containing residual chlorine at 1.74 mg/L. Both methods tested are practical, viable and safe to eradicate phytopathogens inoculum from irrigation water. / No passado, não havia conscientização em minimizar o consumo de água em virtude de sua abundância e facilidade de obtenção. Entretanto, atualmente tem aumentado o interesse pelo uso racional da água e sua reutilização, especialmente em viveiros florestais. Porém, antes de sua reutilização, a água tem que ser devidamente tratada visando à erradicação de inóculo fitopatogênico a fim de minimizar os riscos de dispersão de patógenos e mitigar as perdas causadas por doenças. No presente trabalho, avaliou-se a eficiência do tratamento da água por ultrafiltração e pelo método físicoquímico convencional visando à erradicação de inóculo de Ralstonia solanacearum, Xanthomonas axonopodis, Botrytis cinerea e Cylindrocladium candelabrum, principais patógenos, comumente encontrados em viveiros florestais. A ultrafiltração permitiu erradicar acima de 99% de inóculo de R. solanacearum, X. axonopodis e B. cinerea e 100% de C. candelabrum. A baixa quantidade de inóculo remanescente dos três primeiros patógenos não induziu doenças nas mudas inoculadas. A floculação e filtração rápida em filtro de areia empregadas no método físíco-químico permitiram erradicação completa de inóculo de C. candelabrum, mas para os demais patógenos obteve-se a erradicação total somente após cloração da água filtrada com cloro residual a partir de 1,74 mg/L. Mudas de três clones de eucalipto irrigadas por 45 dias com água contendo cloro residual a 1,74 mg/L não apresentaram sintomas de fitotoxicidade. Ambos os métodos testados são práticos, viáveis e principalmente seguros visando à eliminação de inóculo de fitopatógenos da água de irrigação.

Xylella fastidiosa é uma bactéria gram-negativa que coloniza os vasos de xilema das plantas, podendo ser patogênica para algumas culturas de importância econômica. Esta bactéria é transmitida por cigarrinhas (Hemiptera: Auchenorrhyncha) da superfamília Cercopoidea (Aphrophoridae, Cercopidae e Clastopteridae) e família Cicadellidae (subfamília Cicadellinae). Na Itália este fitopatógeno esta causando uma nova doença em plantas de oliveira, denominada síndrome do declínio rápido da oliveira. Recentemente também foi detectada a ocorrência desta bactéria associada a sintomas de requeima foliar na Argentina e no Brasil. Sendo assim, surgiu a necessidade de realizar levantamentos de espécies de cigarrinhas que ocorrem nas regiões onde estão localizados os pomares de oliveira na Serra da Mantiqueira, nos estados de São Paulo e Minas Gerais, na faixa de 800 a 1800 m de altitude. O objetivo deste trabalho foi realizar a análise faunística das espécies de cigarrinhas, como também mensurar a similaridade da comunidade de espécies encontradas entre os pomares, e indicar possíveis vetores de Xylella fastidiosa para a cultura da oliveira. Foram selecionadas sete pomares de oliveira localizados na Serra da Mantiqueira, seguindo um gradiente altitudinal, sendo estes: Wenceslau Braz (MG-1780 m), São Bento do Sapucaí (Entre Vilas) (SP-1602 m), São Bento do Sapucaí (São José) (SP-1512 m), Maria da Fé (MG), com três pomares (área do Lago-1329 m, área da Suíça-1318 m, área da Atemoia-1310 m) e Cabreúva (SP-883 m). Para a captura de cigarrinhas, foram instalados em cada pomar nove cartões adesivos amarelos, em duas alturas, 0,8 m e 1,6 m do nível do solo, totalizando 18 cartões por pomar, que foram trocados a cada 15 dias no período de junho de 2015 a maio de 2017. Coletaram-se 40.324 indivíduos de 270 espécies incluídos em Auchenorrhyncha, distribuídos em 12 famílias, com maior frequência de indivíduos do grupo Cicadellidae (68%), e Cicadellinae (43% de todos os cicadelídeos coletados). A análise faunística indicou 44 espécies predominantes, sendo 20 pertencentes a grupos de potenciais vetores. Dentre elas, Clastoptera sp. 1 (Clastopteridae), Macugonalia cavifrons e Scopogonalia sp. 1 (Cicadellinae) foram predominantes em todos os pomares, exceto no pomar de Cabreúva, sendo que a primeira coloniza a oliveira. Os maiores índices de diversidade, riqueza e equitabiliade foram obtidos para os pomares de Wenceslau Braz, São Bento do Sapucaí (São José) e São Bento do Sapucaí (Entre Vilas) (0,87), respectivamente. A maior similaridade de Jaccard foi encontrada entre os pomares de Maria da Fé (55%). A maior similaridade de Morisita foi encontrada entre os pomares de São Bento do Sapucaí (São José) e Maria da Fé (área da Suíça) (91%) e a menor entre os pomares de Cabreúva e São Bento do Sapucaí (Entre Vilas) (6%). Para algumas espécies predominantes de Cicadellinae e Cercopoidea, houve diferença na eficiência de captura por armadilhas adesivas posicionadas em alturas distintas na copa das oliveiras. / Xylella fastidiosa is a gram-negative bacterium that colonizes the xylem vessels of plants and may be pathogenic to some crops. This bacterium is transmitted by leafhoppers (Hemiptera: Auchenorrhyncha) from the superfamily Cercopoidea (Aphrophoridae, Cercopidae and Clastopteridae) and family Cicadellidae (subfamily Cicadellinae). In Italy this phytopathogen is causing a new disease in olive trees, named \'olive quick decline syndrome\'. Recently, the occurrence of this bacterium associated to a \'leaf scorch\' was also detected in Argentina and Brazil. Thus, it is necessary to carry out surveys of Auchenorrhyncha species in olive orchards in the region of the Mantiqueira Mountain Range, where the olives are grown in the states of São Paulo and Minas Gerais, at 800 to 1800 m altitude range. The objectives of this work were to do faunistic analysis of Auchenorrhyncha species, to measure species similarity of the community of Auchenorrhyncha among orchards, and to indicate possible vectors of Xylella fastidiosa in olives. Seven olive orchards located in the Mantiqueira Mountain Range were selected, following an altitudinal gradient: Wenceslau Braz (MG-1780 m), São Bento do Sapuccaí (EntreVilas) (SP-1602 m), São Bento do Sapucaí (São José) (SP-1512 m), Maria da Fé (MG), with three orchards (area of Lago-1329 m, area of Suíça-1318 m, area of Atemoia-1310 m) e Cabreúva (SP-883 m). Nine yellow stick traps were installed in each orchard at two heights, 0.8 m and 1.6 m above soil level, totaling 18 cards per orchard, which were replaced fortnightly from June/2015 to May/2017. A total of 40,324 individuals from 270 species included in Auchenorrhyncha were collected, distributed in 12 families, with the highest frequency of individuals in the group Cicadellidae (68%) and group Cicadellinae (43% of all Cicadellidae). The faunistic analyses classified 44 species as predominant, 20 belonging to groups of possible vectors of X. fastidiosa. Among them, the species Clastoptera sp. 1 (family Clastopteridae), Macugonalia cavifrons and Scopogonalia sp. 1 (subfamily Cicadellinae) are predominant in all orchards, except in the Cabreúva orchard. Nymphs of Clastoptera sp. 1 were observed developing on young olive branches. Higher diversity, richness and equitability indices were observed in Wenceslau Braz, São Bento do Sapucaí (São José) and São Bento do Sapucaí (Entre Vilas) orchards, respectively. Jaccard\'s greatest similarity was found between Maria da Fé orchards (55%). The greatest similarity of Morisita was found between the orchards of São Bento do Sapucaí (São José) and Maria da Fé (91%) and the lowest one between orchards of Cabreúva and São Bento do Sapucaí (Entre Vilas) (6%). For some predominant species of Cicadellinae and Cercopoidea, capture efficiency was influenced by trap height on the olive tree canopy.

Um dos principais fatores limitantes da produção de algodão é a ocorrência de doenças e, entre os patógenos mais importantes estão às bactérias, que causam danos significativos à cultura. A doença conhecida como mancha angular, causada pela bactéria Xanthomonas axonopodis pv. malvacearum (Xam), é uma doença grave, que tem gerado grande preocupação dos produtores. Porém, muitos cultivares com boas características agronômicas apresentam suscetibilidade ao patógeno e, poucos são aqueles que apresentam resistência à doença. O controle da mancha angular é realizado basicamente com uso de resistência genética ao patógeno. Uma das principais fontes de inóculo para esta bactéria é a semente infectada. Este trabalho objetivou o desenvolvimento de um meio semi-seletivo para o isolamento de Xam em sementes de algodão, visando a utilização em análises de rotina em laboratórios de patologia de sementes. O meio de cultura semi-seletivo possuí a seguinte constituição: 3 g de extrato de carne; 5 g de peptona; 10 g de amido solúvel; 10 mL de Tween 80; 0,25 g de cloreto de cálcio; 150 µL de solução de cristal violeta a 1%; 50 mg de cefalexina; 10 mg de clorothalonil; 10 mg de tiofanato metílico e água destilada por 1000 mL. Este meio de cultura possui baixa repressividade a Xam e permite isolar este patógeno de sementes de algodão. / One of the main limiting factors of the cotton production is the occurrence of diseases. The bacteria are among the most important pathogens causing significant losses in the production. Cotton bacterial blight is caused by the bacterium Xanthomonas axonopodis pv. malvacearum (Xam). Is a serious disease that affects cotton and has worried world producers. The main source of inoculum for this bacterium is the infected seed. This work had as objective the development of a semi-selective medium to detect Xanthomonas axonopodis pv malvacearum in cotton seeds for routine tests in seed pathology laboratories. By fungitoxicity tests, basead on qualitative and quantitative antibiograms, it was idealized a semi-selective medium with the folloing composition: peptone (5.0 g/L); agar (15.0 g/L); meat extract (3.0 g); starch (10.0 g/L); violet crystal (150.0 µL violet crystal solution at 1%); water (1,000 mL); CaCl2 (0.25 g); Tween 80 (10.0 mL/L). This medium has small effect on Xam and allows to isolate cotton seeds pathogens.

A Araucaria angustifolia é uma espécie vegetal de vital importância para a manutenção da Floresta Ombrófila Mista (Floresta de Araucária), ecossistema no qual ocorre naturalmente. A araucária apresenta elevado valor sócio-econômico e ambiental e, devido à intensa exploração predatória a que foi submetida, hoje se encontra criticamente ameaçada de extinção. A destruição dessa preciosa espécie vegetal ocasionaria graves consequências ao ecossistema, que poderiam envolver a redução da diversidade de inúmeros animais, plantas e micro-organismos, os quais estão intimamente associados e apresentam grande dependência de A. angustifolia. Pesquisas envolvendo particularmente a caracterização de rizobactérias promotoras do crescimento de plantas (RPCP), nunca foram realizadas em A. angustifolia. Assim, o objetivo do presente estudo foi realizar o isolamento, a seleção e a caracterização de rizobactérias com potencial de promoção do crescimento e biocontrole de fungos fitopatogênicos em A. angustifolia. Os isolados obtidos foram selecionados quanto à capacidade para a promoção do crescimento por meio da produção de ácido indolacético (AIA), solubilização de fosfato inorgânico, produção de fosfatases, fixação assimbiótica de N2, este último através da análise de acúmulo total de nitrogênio em meio de cultura e análise de redução do acetileno (ARA). Também foram selecionadas rizobactérias através da avaliação de mecanismos indiretos de ação, como produção de sideróforos e antagonismo a Fusarium oxysporum, Cylindrocladium candelabrum e C. pteridis, fitopatógenos de espécies arbóreas. Os isolados mais promissores foram caracterizados através da análise do perfil de ácidos graxos da membrana celular (FAME), BOX-PCR e sequenciamento parcial do gene 16S rRNA. Foram isoladas 97 rizobactérias, sendo submetidas aos testes fenotípicos. Todos os isolados apresentaram ao menos uma característica positiva para os mecanismos de promoção do crescimento avaliados, excetuando-se a produção de quitinases. Dentre os isolados obtidos, 18 produziram AIA, 27 foram capazes de solubilizar fosfato inorgânico, 37 foram positivos para sideróforos e 83 foram hábeis produtores de fosfatases. Com relação à fixação assimbiótica de N2, 20 isolados foram positivos para a formação de película em meio de cultura livre de nitrogênio, no entanto, nenhum diferiu significativamente do controle, sem nitrogênio, quando analisado o acúmulo deste elemento em meio de cultura. Por outro lado, 3 isolados foram capazes de reduzir acetileno a etileno. Quarenta e cinco isolados formadores de endósporos apresentaram antagonismo a F. oxysporum. Os isolados B4, B15, B27, B35, B36, B42 e RISP2, caracterizados como Bacillus spp., destacaram-se como bons antagonistas aos fitopatógenos avaliados. Também foi verificada a presença de estirpes com múltiplos mecanismos de ação. A análise genotípica dos isolados mais promissores através da técnica de BOX-PCR apresentou a formação de dois grandes grupos, expressando nitidamente o agrupamento dos isolados formadores de endósporo. A técnica FAME e o sequenciamento do gene 16s rRNA concordaram em caracterizar os melhores isolados como pertencentes às famílias Bacillaceae (9 isolados), Enterobacteriaceae (11) e Pseudomonadaceae (1). Até onde sabemos, este é o primeiro estudo a relacionar a espécie Ewingella americana a diversos mecanismos de promoção do crescimento. Osresultados obtidos demonstram grande potencial de aplicabilidade dessas rizobactérias como biofertilizantes e no controle biológico de fitopatógenos em A. angustifolia. / Araucaria angustifolia is a plant species of vital importance for the maintenance of the Mixed Ombrophylous Forest (Araucaria Forest) ecosystem in which it occurs naturally. Araucaria has a high socio-economic and environmental value, and due to its intense predatory exploitation, it is critically endangered. The destruction of this precious plant species would cause serious consequences to the ecosystem, which could involve a reduction of the diversity of many animals, plants and microorganisms, which are closely associated and reveal a great dependence on A. angustifolia. Studies involving plant growth promoting rhizobacteria (PGPR) and their characterization have never before been performed in A. angustifolia. The objective of this study was to isolate, select and characterize rhizobacteria with potential for growth promotion and biocontrol of plant pathogenic fungi in A. angustifolia. The isolates were selected by means of their potential to produce indole acetic acid (IAA), to solubilize inorganic phosphate, to produce phosphatase, and for asymbiotic N2 fixation. The latter was estimated by analyzing the accumulation of nitrogen in the culture medium and by the acetylene reduction assay (ARA). Rhizobacteria were also selected through the evaluation of indirect action mechanisms such as siderophore production and antagonism to Fusarium oxysporum, Cylindrocladium candelabrum and C. pteridis, all pathogens of trees. The most promising isolates were characterized by analyzing the fatty acid methyl ester (FAME), by BOX-PCR and partial sequencing of the 16S rRNA gene. Ninety seven rhizobacteria were isolated and subjected to the phenotypic tests. All isolates presented at least one positive feature, characterizing them as potential PGPR, except for the production of chitinases. Among these isolates, 18 produced IAA, 27 were able to solubilize inorganic phosphate, 37 were positive for siderophores and 83 were phosphatases producers. Regarding the asymbiotic N2 fixation, 20 isolates were effective in the pellicle formation in nitrogen free culture medium, however, none differed significantly from the control, when analyzed for the accumulation of N in the culture medium. Furthermore, three isolates were able to reduce acetylene to ethylene. Forty five isolates were endospore formers and antagonistic to F. oxysporum. The isolates B4, B15, B27, B35, B36, B42 and RISP2, characterized as Bacillus spp. stood out as good antagonists of the evaluated plant pathogens. We also observed the presence of strains with multiple mechanisms of action. Genotypic analysis of the most promising isolates by the BOX-PCR technique showed the formation of two major groups, expressing clearly the grouping of isolates forming endospores. Both techniques, FAME and PCR, resulted in the same grouping of the most effective isolates as belonging to Bacillaceae (9 isolates), Enterobacteriaceae (11) and Pseudomonadaceae (1). As far as we know, this is the first study to include the bacterium Ewingella americana among the PGPR. The results demonstrate a potential application of these rhizobacteria as biofertilizers and for biological control of plant pathogens in A. angustifolia.