Pour les limnologistes étudiant les écosystèmes nordiques, les premiers indicateurs des changements climatiques apparaissent au bas de la chaine trophique : notamment dans les populations phytoplanctoniques. Une des techniques fréquemment utilisées pour caractériser cette frange du microbiome aquatique est la cytométrie en flux, une approche qui permet de caractériser individuellement la réponse optique, en fluorescence ou en diffusion, des cellules dans un échantillon. Malheureusement, ces instruments sont généralement très mal adaptés aux conditions que l'on peut retrouver en régions éloignées, notamment en raison de leur volume, leur poids et la sensibilité de leur alignement optique. De ce fait, les échantillons doivent généralement être préservés à −80°C puis être analysés au retour dans les laboratoires dans le sud. Ainsi, nous avons proposé de développer un cytomètre en flux portable optimisé pour la mesure optique de la fluorescence des pigments photosynthétiques des phytoplanctons et des cyanobactéries dans la gamme de taille de 0,2 à 2,0 µm (pico). Pour ce faire, un dispositif miniaturisé incorporant les structures microfluidiques nécessaires à la focalisation hydrodynamique des cellules ainsi que des fibres optiques permettant d'acheminer la lumière d'excitation et d'extraire la fluorescence avec un alignement robuste a été développé. Avec ce dispositif, un coefficient de variation de 9,5 % a été obtenu pour des particules de 2,0 µm de diamètre. Ensuite, un système intégrant ce dispositif dans un format portable a été développé. Ce système permet pour l'instant la mesure en laboratoire sur trois canaux, soit en diffusion à 633 nm et en fluorescence de la phycocyanine et de la chlorophylle-a, respectivement à 648±5 et 685±10 nm. Finalement, le dispositif microfluidique et le système ont été utilisés conjointement pour caractériser des échantillons de cultures de picophytoplanctons. Il a été possible de distinguer deux souches, une culture de picoeucaryotes (prasinophyceae RCC2335 ) et de picocyanobactéries CASES 2002 ) avec une efficacité de 91,3 %.

Le phytoplancton joue un rôle fondamental dans le monde du vivant. C’est un générateur de dioxygène et le plus important fixateur de dioxyde de carbone sur Terre. Cependant, sous certaines conditions, son développement peut devenir envahissant et il peut être néfaste pour la santé des autres végétaux et animaux aquatiques. Il s’agit du phénomène d’hyper eutrophisation. Ce phénomène peut mener à des conséquences dramatiques pour l’environnement, car il limite les échanges de gaz et le processus de photosynthèse des autres espèces végétales. Dans un cas extrême, ce processus peut causer la mort de tout l’écosystème aquatique. Il apparait donc essentiel de renforcer la vigilance et le contrôle de la prolifération du phytoplancton et notamment de leur toxicité. Dans une première approche la reconnaissance et l’identification des organismes aquatiques, nécessaires pour la surveillance, sont réalisés par des systématiciens par observations microscopiques. Néanmoins, dans certaines circonstances, il peut être utile d’avoir un système automatique de reconnaissance pour améliorer la surveillance et optimiser l’intervention de l’homme. Le développement d’un tel système de reconnaissance des organismes aquatiques est de plus en plus envisagé.Dans l’objectif d’identifier les organismes aquatiques, un système microscopique original a été développé au cours de cette thèse dans lequel les faisceaux incident et émis sont filtrés par bande sélective de longueur d’onde. Ce double système de filtration permet l’acquisition d’images microscopiques classiques et d’images de fluorescence de la matière organique végétale sous différente illumination. Ensuite, les différentes images obtenues sont analysées et traitées par deux algorithmes de segmentation pour extraire des caractéristiques morphologiques et la composition des pigments, utilisées par la suite pour la reconnaissance automatique. Finalement, toutes les caractéristiques associant la morphologie et les données de fluorescence des espèces du phytoplancton, sont réunies dans une base de données permettant la reconnaissance optique et automatique du phytoplancton. / Phytoplankton plays a fundamental role in the living world. It is a dioxygen generator and the most important carbon dioxide fixer on Earth. However, under certain conditions, its development may become so excessive that it could be harmful to other vegetal and animal aquatic life in the water ponds in which it grows: it is the “hyper eutrophication” phenomenon. Such a situation leads to dramatic consequences on environment due to the difficulties that arise for photosynthesis and gas exchanges of other plant species. At the extreme limit, this can cause the death of the whole aquatic ecosystem. It appears therefore essential to strengthen the vigilance on controlling the proliferation of plankton and toxins with the necessity of risk evaluation. In a first approach, the recognition and the identification of aquatic organisms, necessary for such a control, are usually performed only by specialists algologists from microscopic observations. Nevertheless, in certain circumstances, it may be useful to dispose of an automatic recognition system to improve the monitoring of high-risk water ponds and optimize human intervention of specialists algologists. The development of such an automatic system of recognition of aquatics organism is more and more considered.In order to identify aquatic organisms, an original optical microscopy set up was developed in which the incident and emitted light beams are filtered in wavelengths. Such a set up enables the acquisition of classical microscopic images and microscopic images of fluorescence emission of the vegetal material under different illumination. These different images are then analyzed and processed by two algorithms of segmentation to collect characteristics data of the vegetals morphology and pigments compositions useful thereafter for their automatic recognition. Finally, all these different characteristic parameters linked to morphology and fluorescence emission of the vegetal species are collected to build a database useful for automatic optical recognition.

Le phytoplancton joue un rôle fondamental dans le monde du vivant. C’est un générateur de dioxygène et le plus important fixateur de dioxyde de carbone sur Terre. Cependant, sous certaines conditions, son développement peut devenir envahissant et il peut être néfaste pour la santé des autres végétaux et animaux aquatiques. Il s’agit du phénomène d’hyper eutrophisation. Ce phénomène peut mener à des conséquences dramatiques pour l’environnement, car il limite les échanges de gaz et le processus de photosynthèse des autres espèces végétales. Dans un cas extrême, ce processus peut causer la mort de tout l’écosystème aquatique. Il apparait donc essentiel de renforcer la vigilance et le contrôle de la prolifération du phytoplancton et notamment de leur toxicité. Dans une première approche la reconnaissance et l’identification des organismes aquatiques, nécessaires pour la surveillance, sont réalisés par des systématiciens par observations microscopiques. Néanmoins, dans certaines circonstances, il peut être utile d’avoir un système automatique de reconnaissance pour améliorer la surveillance et optimiser l’intervention de l’homme. Le développement d’un tel système de reconnaissance des organismes aquatiques est de plus en plus envisagé.Dans l’objectif d’identifier les organismes aquatiques, un système microscopique original a été développé au cours de cette thèse dans lequel les faisceaux incident et émis sont filtrés par bande sélective de longueur d’onde. Ce double système de filtration permet l’acquisition d’images microscopiques classiques et d’images de fluorescence de la matière organique végétale sous différente illumination. Ensuite, les différentes images obtenues sont analysées et traitées par deux algorithmes de segmentation pour extraire des caractéristiques morphologiques et la composition des pigments, utilisées par la suite pour la reconnaissance automatique. Finalement, toutes les caractéristiques associant la morphologie et les données de fluorescence des espèces du phytoplancton, sont réunies dans une base de données permettant la reconnaissance optique et automatique du phytoplancton. / Phytoplankton plays a fundamental role in the living world. It is a dioxygen generator and the most important carbon dioxide fixer on Earth. However, under certain conditions, its development may become so excessive that it could be harmful to other vegetal and animal aquatic life in the water ponds in which it grows: it is the “hyper eutrophication” phenomenon. Such a situation leads to dramatic consequences on environment due to the difficulties that arise for photosynthesis and gas exchanges of other plant species. At the extreme limit, this can cause the death of the whole aquatic ecosystem. It appears therefore essential to strengthen the vigilance on controlling the proliferation of plankton and toxins with the necessity of risk evaluation. In a first approach, the recognition and the identification of aquatic organisms, necessary for such a control, are usually performed only by specialists algologists from microscopic observations. Nevertheless, in certain circumstances, it may be useful to dispose of an automatic recognition system to improve the monitoring of high-risk water ponds and optimize human intervention of specialists algologists. The development of such an automatic system of recognition of aquatics organism is more and more considered.In order to identify aquatic organisms, an original optical microscopy set up was developed in which the incident and emitted light beams are filtered in wavelengths. Such a set up enables the acquisition of classical microscopic images and microscopic images of fluorescence emission of the vegetal material under different illumination. These different images are then analyzed and processed by two algorithms of segmentation to collect characteristics data of the vegetals morphology and pigments compositions useful thereafter for their automatic recognition. Finally, all these different characteristic parameters linked to morphology and fluorescence emission of the vegetal species are collected to build a database useful for automatic optical recognition.

Les dérèglements climatiques engendrés par l’activité anthropique vont fortement perturber les écosystèmes naturels dans un futur proche. Les écosystèmes marins, déjà soumis à la forte variabilité de leur environnement, sont donc fortement menacés. Au sein de ces communautés, le phytoplancton a un rôle primordial dans les réseaux trophiques, ainsi que pour les processus régulant le climat. Comprendre l’évolution de ces communautés dans un monde en perpétuel changement est l’un des enjeux de l’océanographie. Parmi les facteurs influençant le phytoplancton, les virus jouent un rôle primordial de par leur capacité à induire une lyse cellulaire. Ils contrôlent ainsi la dynamique phytoplanctonique. Il est donc indispensable de comprendre comment l’impact des virus sur ces communautés va évoluer dans le contexte de changement climatique. Cette thèse explore ainsi le rôle de la température dans les interactions entre le phytoplancton et les virus grâce à une approche intégrée reliant expériences en laboratoire et modélisation mathématique. Dans notre travail, nous nous sommes intéressé plus particulièrement aux pico-eucaryotes du genre Micromonas. Dans une première étude, nous avons caractérisé la réponse à la température du genre Micromonas en étudiant 11 souches différentes. Nous avons montré le rôle primordial de la température sur l’écologie du phytoplancton. En particulier, nous avons démontré que la température océanique avait joué un rôle décisif dans l’évolution. Ainsi, nous avons pu prédire l’évolution de la biodiversité dans un océan en voie de réchauffement. Dans une deuxième étude nous avons montré que la température est un facteur clef dans le contrôle de la dynamique phytoplancton – virus. La température affecte notamment les taux de perte d'infectiosité et de dégradation des virus, ainsi que le taux de production de virus. En particulier, nous avons observé un changement de stratégie d’infection. Au-delà d’une température proche de la température optimale de croissance, les dynamiques deviennent plus complexes suggérant un changement de stratégie d'infection, qui passerait de lytique à chronique. Dans une troisième étude, nous avons modélisé ces interactions et avons pu reproduire les changements observés en fonction de la température. Nous avons discuté du rôle de la température sur les processus d’infection mis en jeux. / Climate changes induced by human activities will deeply impact natural ecosystems. Marine ecosystems, leaving in a highly variable environment, are therefore threatened. Within these communities, phytoplankton have a primordial role in the trophic web and in the regulation of climate processes. Understanding the evolution of these communities in a warming world is an issue of oceanography. Among factor affecting phytoplankton dynamics, viruses play a key role through their capacity to lyse their hosts. They are therefore controlling the phytoplankton population dynamics. It is then crucial to understand how the viruses impact will evolve in a warming ocean. In this thesis we explore the impact of temperature on these interactions with an integrative method combining laboratory experiments and mathematical modelling. We focus on the pico-eukaryote genus Micromonas. In a first study, we have characterized the temperature response of the Micromonas genus by studying 11 different strains. We have shown the primordial role of temperature on the ecology of phytoplankton. In particular, we have demonstrated that ocean temperature has played a decisive role in evolution. Thus, we have been able to predict the evolution of biodiversity in a warming ocean. In a second study we showed that temperature is a key factor in controlling the phytoplankton - virus dynamics. The temperature affects in particular the rates of infectivity loss and of virus degradation, as well as the rate of virus production. In particular, we observed a change in infection strategy. Beyond a temperature close to the optimal growth temperature, the dynamics become more complex suggesting a change in infection strategy from lytic to chronic. In a third study, we have developed a mathematical model representing these interactions. The model efficiently reproduced the observed changes as a function of temperature. Finally, we discuss the role of temperature on the involved infection processes.

Le rôle central du phytoplancton à la base de la chaîne trophique aquatique motive une compréhension étayée des facteurs pouvant faire varier les populations et la composition des populations de phytoplancton. Cette compréhension est d'autant plus importante dans le contexte actuel, puisque nous savons que l'humain influence le climat et les milieux aquatiques par sa présence et ses activités. Nous tentons donc, dans notre étude, de déterminer les variables environnementales importantes qui dictent les changements de taille et de composition de la communauté de phytoplancton à l'échelle d'un lac et d'en déduire les niches réalisées des différentes espèces du lac. L'utilisation d'une station mobile de manière verticale dans le lac Montjoie (Saint-Denis-de-Brompton) a permis de collecter des données in situ à haute fréquence et résolution temporelle caractérisant la colonne d'eau. Combinée à ces mesures, une banque de données sur l'abondance de différentes catégories de phytoplancton a été créée à l'aide d'un cytomètre en flux imageur (IFCB) et d'un programme de reconnaissance d'images qui lui est associé. En combinant ces données nous avons déterminé que la température moyenne au-dessus de la thermocline et que la profondeur limite de chlorophylle (2 écarts-types sous le maximum de chlorophylle) étaient les 2 variables (parmi les variables mesurées) les plus appropriées pour déterminer les niches réalisées de nos catégories de phytoplancton. À l'aide de ces 2 variables, nous avons pu déterminer les niches réalisées d'une trentaine de catégories présentes dans notre lac. Les niches ont été déterminées à la fois sur les données d'abondance et sur les données de taux de croissance nette à l'aide de deux méthodes différentes, soit l'analyse canonique des correspondances (CCA) et la maximisation de l'entropie d'information (MaxEnt). Ce sont finalement les niches déterminées avec les taux de croissance nette qui sont les plus pertinentes. Les deux méthodes ont donné des résultats semblables, mais c'est MaxEnt qui est la plus versatile pour l'ajout de nouvelles variables explicatives et c'est donc celle-ci que nous privilégierons dans le futur.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Com a finalidade de atender a demanda energética, muitos reservatórios foram construídos no Brasil e, notadamente na região Sudeste, as construções das barragens não somente atenderam aos usos múltiplos (geração de energia, irrigação, lazer e abastecimento público), como também foram elementos propulsores da economia regional, contribuindo para a expansão das atividades industriais e rurais, bem como, um desordenado crescimento urbano. Em conseqüência da falta de planejamento, áreas naturais foram desmatadas, sendo substituídas por formas de plantio inadequadas e por projetos de especulação imobiliária não condizentes com a sustentabilidade ambiental. No decorrer das últimas décadas, os impactos aumentaram em magnitude e extensão, ocasionando sérios problemas aos recursos hídricos, culminando em conflitos pelo uso da água. Dentro deste contexto, destaca-se o rio Tietê, o qual percorre importantes cidades e extensas áreas rurais no Estado de São Paulo, sendo que, neste longo percurso, recebe a contribuição de diversos tributários (poluídos ou não) e efluentes urbanos, industriais e aqueles derivados de fontes não pontuais, além do processo de fragmentação que foi instalado a partir da construção de inúmeras barragens. De forma conjunta, todos os fatores promoveram alterações significativas no sistema e, procurando avaliar a situação atual dos reservatórios, desenvolveu-se uma pesquisa direcionada à análise da composição, densidade e distribuição da comunidade fitoplanctônica e sua relação com as variáveis limnológicas, climatológicas e hidrodinâmicas dos reservatórios da Barra Bonita, Bariri, Ibitinga, Promissão, Nova Avanhandava, Três Irmãos, além dos rios Tietê e Piracicaba e parte do rio Paraná (reservatório de Jupiá e a Jusante do reservatório de Ilha Solteira). Para tanto, foram realizadas coletas nos meses de fevereiro, maio, julho e outubro de 2000 e os resultados obtidos demonstram uma elevada concentração de nutrientes, com redução na seqüência dos reservatórios, além da variabilidade temporal, com efeito significativo da precipitação no transporte de materiais, promovendo alterações no estado trófico de cada sistema. A disponibilidade de nutrientes, transparência da água, vazão e tempo de residência, associados aos fatores climatológicos, foram elementos importantes no estabelecimento das populações, influenciando a composição, densidade e distribuição da comunidade fitoplanctônica, a qual apresentou maior dominância das classes Cyanophyceae e Chlorophyceae, com maior contribuição em densidade e riqueza de espécies, respectivamente. / For the purpose to attend the energy requirement, many reservoirs had been constructed in Brazil, and mostly in Southeast, the barrages construction not only attended to the multiple uses (energy generation, irrigation, leisure and public supply) but were propellant elements for the regional economy, contributing to the expansion of industrial and rural activities, as well as to an disarranged urban development. In consequence of the absence of planning, natural areas had been cleared and replaced by inadequated types of plantation and by land speculation projects not suitable to the environmental sustainability. During the last decades, the impacts increased in magnitude and extension, causing serious problems to the water resources, culminating with disagreements with regards to the water utilization. In this context, Tietê River should be pointed out, since it goes through important cities and large rural areas of São Paulo State and receives, through this long route, the contribution of several tributaries (contaminated or not) and urban, industrial and other effluents, derivated from not punctual sources, besides the calving that occurred after the construction of countless barrages. Conjunctly, all the factor promoted expressive alterations in the system. Aiming to evaluate the actual reservoir situation, a research was developed, focalizing the analysis of composition, density and distribution of the planctonic community and their relationship with limnological, climatic and hydrodinamical variables from Barra Bonita, Bariri, Ibitinga, Promissão, Nova Avanhandava, and Três Irmãos reservoirs, besides Tietê and Piracicaba rivers and part of Paraná River (Jupiá Reservoir, downstream Ilha Solteira Reservoir). For this, collections had been accomplished in February, March, May, July and October 2000. The results demonstrated a high nutrient concentration, which reduces through the reservoir sequence, besides the temporal variability, with significant effect of precipitation in the material transportation, promoting alterations in the trophic condition of each system. Nutrient availability, water transparency, flow, and residence time, associated to the climatic factors, were important elements in the populations establishment, influencing composition, density and distribution of the planctonic community, which presented highest dominance of Cyanophyceae and Chlorophyceae classes, with highest density and species richness contribution, respectively.

L'objet de cette thèse est la formulation et l'étude de modèles structurés de croissance dans un chemostat, qui est un appareil permettant la culture de micro-organismes dans des conditions très contrôlées. Plus particulièrement, nous serons intéressés par la description de la taille d'organismes phytoplanctoniques. Dans une première partie, nous donnons quelques précisions biologiques, présentons ensuite le dispositif expérimental, puis introduisons les modèles élémentaires utilisés pour la description mathématique du chemostat. La deuxième et principale partie de cette thèse commence par une introduction aux modèles structurés de populations, l'accent étant mis sur la description des populations cellulaires. Ensuite sont étudiés successivement des modèles discrets en temps détaillant de manière précise la division cellulaire, des modèles en équations différentielles ordinaires vérifiant la propriété dite de conservation de la matière, et enfin une classe de modèles ne vérifiant pas cette propriété. Nous terminons cette thèse par une ouverture sur les possibles applications à d'autres contextes du type de modélisation que nous développons.

Les travaux récents sur la relation entre la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes ont souligné certains des aspects les plus dynamiques du fonctionnement des écosystèmes, tout en reconnaissant que la diversité répond à la fois aux variations le long de gradients environnementaux et à la dispersion des espèces entre les communautés locales. Les définitions de la diversité ont été de plus en plus caractérisés en intégrant la notion de traits fonctionnels et ont reconnu la nature flexible de la distribution des traits dans une communauté. Les chapitres de cette thèse se concentrent sur des questions liées à la façon dont la distribution des traits de la communauté est définis, comment ils peuvent informer les écologistes sur les processus associés à l'assemblage de la communauté, comment la composition des communautés pourrait changer sous différentes ampleurs de dispersion, et comment la fonctionnalité pourrait interagir avec la disponibilité des éléments nutritifs pour influencer le fonctionnement global de la communauté. Chaque chapitre va présenter l'un de ces thèmes dans les communautés zoo-et phytoplanctonique, qui emploient des analyses des données déjà recueillies, études de terrain et des expériences contrôlées en mésocosme. Les objectifs de cette thèse spécifiques sont: (1) de comparer les différentes mesures de la diversité (taxonomique et fonctionnelle) dans leur capacité de rendre compte de la biomasse dans les communautés de diatomées benthiques et planctoniques, (2) d'identifier un seuil de dispersion, au-delà duquel différentes communautés de zooplancton pourrait commencer à homogénéiser la composition, (3) de mieux comprendre les communautés de zooplancton naturelles en focusant sur les modèles de distribution dans les traits fonctionnels pour examiner les signes de filtrage ou de de compétition dans l'habitat en tant que facteurs influençant la structure de la communauté, et (4) de vérifier si la diversité fonctionnelle et la disponibilité des nutriments interagissent dans la production phytoplanctonique. En général, les mesures fonctionnelles de la diversité n'ont pas été surutilisées pour les mesures taxonomiques afin de modéliser le fonctionnement des écosystèmes, ils ont souvent permis de mieux comprendre les mécanismes qui sous-tendent les relations de l'importance. En outre, les processus de dispersion et les interactions locales ont tous deux été jugés influents dans la structure des communautés de zooplancton. La dispersion expérimentale de plus de 1% a été jugée suffisante pour ouvrir une homogénéisation de la composition, et, sur le terrain, les filtres reliés à l'habitat ont été jugés plus influents que la compétition dans la définition de la diversité fonctionnelle du zooplancton. Finalement, aucune preuve n'implique la diversité fonctionnelle alguale comme étant un moteur important de la production primaire, ce qui suggère une redondance fonctionnelle qui pourrait définir les communautés phytoplanctoniques à des niveaux modestes de la richesse des espèces. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Diversité fonctionnelle, Fonctionnement des écosystèmes, Zooplancton, Phytoplancton, Dispersion.

L'hétérogénéité spatiale dans la colonne d'eau d'un lac joue un rôle important sur le contrôle de la distribution du phytoplancton et sur le maintien de sa diversité. Des gradients verticaux environnementaux (p. ex. de température, de lumière ou de nutriments) bien prononcés favorisent la distribution du phytoplancton dans des couches plus définies et, à travers une différenciation des niches disponibles pour plus d'espèces, sa diversité. Ces relations entre l'hétérogénéité de l'habitat et le phytoplancton ont été montrées par des études expérimentales ou à partir d'observations sur un ou quelques lacs. Cependant, il reste à déterminer si les patrons pour un ensemble de lacs présentant différentes caractéristiques morphométriques et chimiques sont conformes à ces attentes et si la diversité fonctionnelle se révélera plus sensible à ces gradients que les indices taxonomiques traditionnels. Dans les lacs tempérés de l'Hémisphère Nord, la thermocline estivale et le gradient de lumière dans la colonne d'eau constituent les principales structures physiques susceptibles d'affecter le phytoplancton. L'objectif principal de cette étude était ainsi d'évaluer comment la structure physique de la colonne d'eau [pénétration de lumière, profondeur et forme (coefficient de variation de la température) de la thermocline et résistance thermique relative au mélange] affecte la distribution et la diversité du phytoplancton. Les mesures de distribution utilisées incluent la profondeur du maximum de biomasse et le coefficient de variation de la chlorophylle a totale et des différents groupes spectraux de phytoplancton, tandis que pour la diversité deux indices taxonomiques (la richesse en espèces et l'indice de Shannon) et un indice de diversité fonctionnelle ont été utilisés. Afin d'atteindre cet objectif, 45 lacs de deux régions distinctes du Sud du Québec (Canada), l'Estrie et les Laurentides, ont été examinés. Les deux régions diffèrent dans la géologie de leurs bassins versants et dans leur chimie de l'eau. Les patrons dans la distribution, la composition et la diversité du phytoplancton au regard des facteurs environnementaux ont également été examinés dans 18 lacs de l'Estrie lors de trois périodes distinctes de la stratification estivale : le printemps tardif, la mi-été et le début de l'automne. Les résultats de cette étude ont montré que pour l'ensemble des lacs, des gradients plus prononcés de température favorisaient la distribution du phytoplancton dans des couches plus définies de biomasse, tandis que le maximum de chlorophylle a était plus profond dans les lacs présentant des eaux plus claires et caractérisés par un coefficient de variation de la température plus élevé. D'autre part, la distribution des différents groupes de phytoplancton était distinctement reliée à la couleur de l'eau et à la concentration du phosphore total dans l'épilimnion. En comparant les deux régions, les lacs des Laurentides ont montré des thermoclines moins profondes, et un coefficient de variation de la température ainsi qu'une résistance thermique relative au mélange plus élevés que dans les lacs de l'Estrie. Par conséquent, la biomasse totale et la biomasse des groupes spectraux de phytoplancton étaient distribuées de façon plus hétérogène dans les Laurentides. Sur l'ensemble des lacs, les indices de diversité s'appuyant sur la taxonomie traditionnelle étaient plus élevés dans les lacs présentant une plus grande hétérogénéité verticale de la température mais sujets au mélange induit par le vent. L'indice de Shannon était également plus faible dans les lacs plus eutrophes. L'autre indice de diversité, la diversité fonctionnelle, était uniquement et plus fortement relié à la profondeur maximale du lac, une variable qui intègre d'autres variables physiques associées à la différentiation et à la stabilité de l'habitat pour le phytoplancton (p. ex. le coefficient de variation de la température et la résistance thermique relative au mélange). Alors que les mesures de diversité taxonomique différaient peu entre les régions, la diversité fonctionnelle était plus élevée en Estrie. D'autre part, l'indice de Shannon et la diversité fonctionnelle diminuaient avec la profondeur maximale du lac en Estrie, mais suivant une relation opposée dans les Laurentides. Dans la plupart des lacs étudiés, les changements dans la composition des communautés phytoplanctoniques durant la saison de croissance suivaient le patron de succession du phytoplancton prédit pour les lacs dimictiques tempérés, sauf pour quelques exceptions. Dans les trois périodes examinées, des gradients de température plus prononcés favorisaient la distribution du phytoplancton dans des couches plus définies, alors que le maximum de biomasse était moins profond dans les lacs eutrophes avec peu ou pas de stratification. La position verticale du maximum de biomasse des différents groupes de phytoplancton ne variait pas avec la période examinée, alors que leur biomasse était distribuée de façon plus homogène au début de l'automne, particulièrement pour les cyanophytes et les cryptophytes. Cependant, la plus grande variation temporelle dans les variables phytoplanctoniques a été observée pour les trois mesures de diversité, avec des valeurs plus élevées à la mi-été quand la stratification thermique était plus prononcée et plus stable. En conclusion, les résultats de cette étude montrent que pour un ensemble de lacs une hétérogénéité spatiale plus élevée de la colonne d'eau favorise la formation d'agrégats de phytoplancton et sa diversité. De plus, l'indice de diversité fonctionnelle montre des réponses plus simples et plus fortes aux facteurs environnementaux que les indices de diversité taxonomique traditionnels. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : phytoplancton, distribution verticale, diversité, hétérogénéité de l’habitat, structure thermique, lumière.