Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2013-11-06T19:57:37Z No. of bitstreams: 1 Leonardo Vicitini Arruda Desenvolvido de plasmídio para expressão proteíca....pdf: 2125843 bytes, checksum: cf2e5fe050fd36b4ebba0206f40d6e3a (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-06T19:57:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Leonardo Vicitini Arruda Desenvolvido de plasmídio para expressão proteíca....pdf: 2125843 bytes, checksum: cf2e5fe050fd36b4ebba0206f40d6e3a (MD5) Previous issue date: 2013 / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina da Bahia. Salvador, BA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil. / Protozoários do gênero Leishmania provocam uma ampla gama de doenças, e passam por um processo de diferenciação entre o inseto vetor e a forma intracelular no hospedeiro mamífero. Apesar das diferenças entre as formas do ciclo de vida, não estava descrita ferramenta para expressar proteínas de modo estágio específico. Neste trabalho apresentamos um plasmídio para Leishmania que expressa proteína recombinante de forma estágio específica. Testamos uma possível construção que usava as região 3’ UTR do gene amastina para controlar a expressão de uma proteína fluorescente e a expressar exclusivamente na fase amastigota. Também utilizamos a região 3’ UTR de uma tubulina para obter uma fluorescência homogênea em todos os estágios do ciclo de vida do parasita. Assim como esperado, obtivemos uma fluorescência exclusiva para a fase amastigota quando utilizamos a região 3’ UTR da amastina, e uma fluorescência constitutiva quando a expressão foi regulada pela região 3’ UTR da tubulina. O plasmídio descrito neste trabalho é versátil, pois a droga de seleção ou a proteína a ser expressa podem ser substituídas com grande facilidade. Adicionalmente, como o plasmídio pFL expressou um gene repórter exclusivamente no estágio amastigota ou constitutivamente, acreditamos que este plasmídio pode também ser utilizado para expressar proteínas de forma restrita aos estágios promastigota metacíclico e procíclico. Alguns possíveis usos desta nova ferramenta também são discutidos nesta tese / The parasitic protozoan Leishmania causes a wide spectrum of diseases and passes through differentiation between the sand fly and the intracellular form. Despite distinction between life-cycle forms of the parasite, there is no described tool to express a protein in a specific stage. Here, we present a plasmid for Leishmania that can express recombinant proteins in a specific life-cycle stage. We tested one possible construction that used the 3’ UTR region of the amastin gene to control the expression of a fluorescent protein exclusively in the amastigote stage. We also used the 3’ UTR of a tubulin to obtain a homogeneous fluorescence in all stages of the parasite life cycle. As expected, was observed a fluorescence exclusive to the amastigote phase with the 3’ UTR amastin construction, and a constitutive fluorescence when the expression were regulated by the 3’ UTR of a tubulin. The plasmid described here is versatile since the drug that will be used for selection or the protein that will be expressed can be easily changed. Moreover, plasmid pFL have expressed a reporter gene exclusively in the amastigote stage or constitutively, we believe that this plasmid can also be used to express proteins in metacyclic and procyclic promastigote stages only. Some possible uses of this new tool are also discussed.

SILVA, Camila Magalhães. Detecção de Aeromonas spp. em amostras de água superficial e sedimento ao longo de um gradiente de salinidade no estuário do Rio Cocó - Ceará. 2009. 86 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Departamento de Engenharia de Pesca, Fortaleza-CE, 2009 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-07-11T15:14:11Z No. of bitstreams: 1 2009_dis_cmsilva.pdf: 1804188 bytes, checksum: cd5c4f372d190f7b3e2f64821e983185 (MD5) / Approved for entry into archive by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-07-11T15:14:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_dis_cmsilva.pdf: 1804188 bytes, checksum: cd5c4f372d190f7b3e2f64821e983185 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-11T15:14:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_dis_cmsilva.pdf: 1804188 bytes, checksum: cd5c4f372d190f7b3e2f64821e983185 (MD5) Previous issue date: 2009 / This research work was designed to detect the presence of Aeromonas in the Cocó River estuary, Fortaleza, Ceará State, Brazil. The database consisted of 30 samples of the river’s surface water and 30 samples of the river’s sooil, in the period from September, 2007 to April, 2008.. They were amenable, simultaneously, to counting of bacteria on Agar Gelatin Phosphate Salt (GSP) plus 20μg/mL of ampicilim (UFC/mL or UFC/g) The results showed dissemination of Aeromonas in the estuary. The counts for the water samples varied from 10 to 7,050 and from 25 to 38,500 UFC/mL at points A and B respectively; and from 100 to 37,500 UFC/g, and 1,200 to 43500 UFC/g at points A and B respectively. At point C, the counts for water and sediment were smaller than 10 UFC per ml or gram in all samples The occurrence of the greatest indices of Aeromonas in April, at the height of the rainy season, and the lowest in Septemer, at the height of the dry season, suggests there to be a probable seasonality of bacteria density in the studied environment. Among the 41 isolated strains were found the species A. caviae, A. sobria, A. trota, A. salmonicida and A. allossacharophyla. All the strains of Aeromonas sp. were found to be sensitive to cloranfenicol and ceftriaxona except for ampicillim, to which they showed 100% resistance.All the stirps showed resistance to two out of the nine tested antibiotics. After the Curing’ technique, the eritromicina resistance seems to be of plasmidian origin. / Este projeto teve como objetivo principal a pesquisa de Aeromonas spp. em água de superfície e sedimento em três pontos distintos ao longo do rio Cocó, Ceará. Foram realizadas coletas no período de outubro de 2007 a abril de 2008 gerando um total de 30 amostras de água e 30 de sedimento. A quantificação da comunidade bacteriana pertencente ao gênero Aeromonas foi feita através de plaqueamento direto sobre Agar Gelatina Fosfato Sal (Agar GSP acrescido de 20μg/mL de ampicilina). Nas amostras de água, os valores obtidos variaram de 10 a 7.050 UFC/mL e de 25 a 38.500 UFC/mL nos pontos A e B, respectivamente. Nas amostras de sedimento, as contagens variaram de 100 a 37500 UFC/g e 1.200 a 43.500 UFC/g nos pontos A e B, respectivamente. Nas amostras de água e sedimento do ponto C, os valores foram menores que 10 UFC (por mL ou g) em todas as coletas. As maiores contagens foram verificadas no mês de abril, período de chuva, e as menores no mês de setembro, período de estiagem. Foram feitos isolamentos e após identificação as estirpes foram submetidas à teste de antibiograma e à técnica da “cura” do plasmídio. Dentre as 41 cepas isoladas, foram identificadas as espécies A. caviae, A. sobria, A. trota, A. salmonicida e A. allossacharophyla. Todas as cepas se mostraram sensíveis ao cloranfenicol e ceftriaxona. Todas as estirpes apresentaram resistência a, pelo menos, dois dos nove antibióticos testados. Após a técnica de cura, a maior parte da resistência a eritromicina ficou caracterizada como de origem plasmidial.Conclui-se que o estuário do Rio Cocó está contaminado por Aeromonas e que muitas delas apresentam resistências a antibióticos denotando um ambiente poluído e de risco para a população que usa suas águas para lazer, pesca ou outra atividade qualquer.

Submitted by Liliane Ferreira (ljuvencia30@gmail.com) on 2018-08-08T13:21:02Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Andressa Liberal Santos - 2018.pdf: 2603632 bytes, checksum: 0a1312a46fb6a806189f5479682576a2 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Rejected by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com), reason: Olhe a citação : Dissertação (Mestrado em Biologia da Relação Parasito-Hospedeiro (IPTSP)) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2018. on 2018-08-08T13:28:59Z (GMT) / Submitted by Liliane Ferreira (ljuvencia30@gmail.com) on 2018-08-09T11:46:17Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Andressa Liberal Santos - 2018.pdf: 2603632 bytes, checksum: 0a1312a46fb6a806189f5479682576a2 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-08-09T12:21:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Andressa Liberal Santos - 2018.pdf: 2603632 bytes, checksum: 0a1312a46fb6a806189f5479682576a2 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-09T12:21:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Andressa Liberal Santos - 2018.pdf: 2603632 bytes, checksum: 0a1312a46fb6a806189f5479682576a2 (MD5) Previous issue date: 2018-06-28 / Enterobacteria are microorganisms involved with bacteria and the health of women with care. Treatment of bacterial infections is most often done with the use of antibiotics and one of the major classes of antimicrobials is one of the β-lactams. Among the main mechanisms of resistance to the observational β-lactam antibiotics: alteration of the antimicrobial target; alteration of β-lactam permeability; Flow pumps and the entry of enzymatic signals that destroy the β-lactate totally or with the development of an alternative metabolic pathway. These enzymes are known as beta-lactamases and are encoded by specific genes. Thus, the objective of this study was to correlate the resistance profile of enterobacteria, using phenotype methodologies and identifying 14 genes that encode as beta-lactamase enzymes: blaOXA genes; blaIMP; blaNDM; blaSME; blaDHA; blaCMY, blaTEM, blaKPC, blaSPM, blaCTX-M, blaVIM, blaSIM, blaGim and blaSHV. The phenotypic methodologies used were the Antimicrobial Sensitivity Test for Disk-Diffusion (antibiogram), and complementary tests for the detection of resistance mechanisms of beta-lactamases (ESBL, MBL, AmpC and Carbapenemase). The molecular methodology used was Real Time PCR using the Sybr Green system. Among the results found in the tests it was observed that 74.28% were resistant to ampicillin, 34.28% were resistant to aztreonam, 62.85% were resistant to amoxicillin associated with clavalunate, 51.42% were resistant to ceftazidime, 41 , 42% were resistant to cefoxitin, 54.28% were resistant to cefazolin, 44.28% were resistant to cefepime, 41.42% were resistant to cefuroxime, 8.57% were resistant to cefuroxime, 35.71% were resistant an imipenem and 41.42% were resistant to piperacillin associated with tazobactam. Among the total samples, the mechanism of resistance that presented the highest expression was ESBL (17.14%). The genes studied that were detected in a greater number of genera were blaGIM and blaSIM (66.66% of the samples). The gene that was amplified in a smaller number of samples was blaVIM (16.66%). It is concluded that although there is a low correlation between the methodologies analyzed, the levels of antimicrobial resistance in enterobacteria are high and worrying, and a way to minimize the accelerated emergence of resistance includes the development or improvement of techniques that generate diagnoses with high efficiency and speed. / As enterobactérias são microrganismos envolvidos com infecções bacterianas adquiridas na comunidade e nos ambientes dos cuidados com a saúde. O tratamento das infecções bacterianas na maioria das vezes é realizado com a utilização de antibióticos e uma das maiores classes de antimicrobianos é a dos β-lactâmicos. Entre os principais mecanismos de resistência aos antimicrobianos β-lactâmicos observa-se: alteração do alvo antimicrobiano; alteração da permeabilidade ao β-lactâmico; bombas de e-fluxo e a presença de mecanismos enzimáticos que destroem o β-lactâmico totalmente ou parcialmente com desenvolvimento de uma via metabólica alternativa. Essas enzimas são conhecidas como beta-lactamases e são codificadas por genes específicos. Dessa forma, o objetivo deste estudo foi o de correlacionar o perfil de resistência das enterobactérias, utilizando metodologias fenotípicas e identificar 14 genes que codificam as enzimas beta-lactamases: genes blaOXA; blaIMP; blaNDM; blaSME; blaDHA; blaCMY, blaTEM, blaKPC, blaSPM, blaCTX-M, blaVIM, blaSIM, blaGIM e blaSHV. As metodologias fenotípicas utilizadas foram o Teste de Sensibilidade aos Antimicrobianos por disco-difusão (antibiograma), e testes complementares para detecção dos mecanismos de resistência das beta-lactamases (ESBL, MBL, AmpC e Carbapenemase). A metodologia molecular utilizada foi a PCR em Tempo Real, utilizando o sistema Sybr Green. Entre os resultados fenotípicos encontrados nas bactérias observou-se que 74,28% foram resistentes a ampicilina, 34,28% foram resistentes a aztreonam, 62,85% foram resistentes a amoxicilina associado ao clavalunato, 51,42% foram resistentes a ceftazidima, 41,42% foram resistentes cefoxitina, 54,28% foram resistentes a cefazolina, 44,28% foram resistentes a cefepime, 41,42% foram rsistentes a ceftriaxona, 8,57% foram resistentes a cefuroxima, 35,71% foram resistentes a imipenem e 41,42% foram resistentes a piperacilina associada tazobactam. Entre o total de amostras, o mecanismo de resistência que apresentou maior expressão foi o ESBL (17,14%). Os genes estudados que foram detectados em um maior número de gêneros foram o blaGIM e o blaSIM (66,66% das amostras). O gene amplificado em menor número de amostras foi o blaVIM (16,66%). Conclui-se que apesar de haver baixa correlação entre as metodologias analisadas, os níveis de resistência a antimicrobianos em enterobactérias são altos e preocupantes e uma maneira de minimizar a acelerada emergência de resistência é desnvolver e aprimorar técnicas de diagnósticos com alta eficiência e rapidez.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Plasmídios são DNA extracromossômicos, com capacidade de se duplicarem de forma independente das células que os albergam, e são responsáveis pela expressão de uma variedade de características, como fatores de virulência. O material do presente estudo se constituiu da cepa receptora E. coli K12-R23, e de cepas de Klebsiella pneumoniae e de Escherichia coli, doadoras de plasmídios R e transconjugantes. O objetivo do presente estudo foi analisar os fenótipos conferidos em cepas transconjugantes de ambas bactérias pela transferência de plasmídios R de cepas doadoras para a receptora. Para a análise dos fenótipos, utilizaram-se, nas cepas do estudo, algumas variáveis: sensibilidade a antimicrobianos e a ERO, aderência a células HEp-2, e formação de slime e de biofilme. O marcador da presença de plasmídio, neste trabalho, foi a presença de resistênca à gentamicina nas cepas doadoras. Os resultados indicaram que houve transferência de plasmídio, pois as cepas transconjugantes de K. pneumoniae e de E. coli apesentaram este marcador (foram resistentes à gentamicina); além disso, as cepas transconjugantes mostraram perfis distintos da receptora em relação à sensibilidade aos antimicrobianos, às ERO, aos padrões de aderência às células HEp-2 e à formação de slime, apesar de a formação de biofilme nestas cepas não ter sofrido modificações. Observou-se, contudo, que várias características das cepas doadoras não foram encontradas nas cepas transconjugantes de E. coli e de K. pneumoniae. / Plasmids are extrachromosomal DNA that have the ability to duplicate independently of the host cells. Plasmids are responsible for the expression of a variety of characteristics of the cells, such as virulence factors. The present study utilized a receptor strain of E. Coli K12-R23 and strains of Klebsiella pneumoniae and E. coli which were R plasmids donor strains and transconjugant ones. The objective of this study was to analyze the attributed phenotypes of transconjugant strains in both bacteria caused by transference of R plasmids from the donor strains to the receptor ones. In order to analyze these phenotypes, the following variables were selected: sensitivity to antimicrobials and ROS, adherence to HEp-2 cells, and slime and biofilm structures. The marker of the presence of plasmids was gentamycin resistance in the donor strains. The observed results indicated that there was plasmid transfer; given that Klebsiella pneumoniae and E. coli strains presented the marker (e.g. they became resistant to gentamycin). Moreover, transconjugant strains have showed distinct profiles from the receptor strain concerning sensitivity to antimicrobials, ROS, adherence patterns to HEp-2 cells and slime structure. On the other hand, the biofilm structure of these strains did not present modifications. Yet, it was observed that several characteristics of the donor strains were not found in the transconjugant strains of E. coli and K. pneumoniae.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Plasmídios são DNA extracromossômicos, com capacidade de se duplicarem de forma independente das células que os albergam, e são responsáveis pela expressão de uma variedade de características, como fatores de virulência. O material do presente estudo se constituiu da cepa receptora E. coli K12-R23, e de cepas de Klebsiella pneumoniae e de Escherichia coli, doadoras de plasmídios R e transconjugantes. O objetivo do presente estudo foi analisar os fenótipos conferidos em cepas transconjugantes de ambas bactérias pela transferência de plasmídios R de cepas doadoras para a receptora. Para a análise dos fenótipos, utilizaram-se, nas cepas do estudo, algumas variáveis: sensibilidade a antimicrobianos e a ERO, aderência a células HEp-2, e formação de slime e de biofilme. O marcador da presença de plasmídio, neste trabalho, foi a presença de resistênca à gentamicina nas cepas doadoras. Os resultados indicaram que houve transferência de plasmídio, pois as cepas transconjugantes de K. pneumoniae e de E. coli apesentaram este marcador (foram resistentes à gentamicina); além disso, as cepas transconjugantes mostraram perfis distintos da receptora em relação à sensibilidade aos antimicrobianos, às ERO, aos padrões de aderência às células HEp-2 e à formação de slime, apesar de a formação de biofilme nestas cepas não ter sofrido modificações. Observou-se, contudo, que várias características das cepas doadoras não foram encontradas nas cepas transconjugantes de E. coli e de K. pneumoniae. / Plasmids are extrachromosomal DNA that have the ability to duplicate independently of the host cells. Plasmids are responsible for the expression of a variety of characteristics of the cells, such as virulence factors. The present study utilized a receptor strain of E. Coli K12-R23 and strains of Klebsiella pneumoniae and E. coli which were R plasmids donor strains and transconjugant ones. The objective of this study was to analyze the attributed phenotypes of transconjugant strains in both bacteria caused by transference of R plasmids from the donor strains to the receptor ones. In order to analyze these phenotypes, the following variables were selected: sensitivity to antimicrobials and ROS, adherence to HEp-2 cells, and slime and biofilm structures. The marker of the presence of plasmids was gentamycin resistance in the donor strains. The observed results indicated that there was plasmid transfer; given that Klebsiella pneumoniae and E. coli strains presented the marker (e.g. they became resistant to gentamycin). Moreover, transconjugant strains have showed distinct profiles from the receptor strain concerning sensitivity to antimicrobials, ROS, adherence patterns to HEp-2 cells and slime structure. On the other hand, the biofilm structure of these strains did not present modifications. Yet, it was observed that several characteristics of the donor strains were not found in the transconjugant strains of E. coli and K. pneumoniae.