Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade em Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2017. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-05-11T18:07:41Z No. of bitstreams: 1 2017_KatherinedeSouzaRodrigues.pdf: 1435247 bytes, checksum: 20a2e26006858194d3ebf9aa5289e1d8 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-05-16T18:10:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_KatherinedeSouzaRodrigues.pdf: 1435247 bytes, checksum: 20a2e26006858194d3ebf9aa5289e1d8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-16T18:10:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_KatherinedeSouzaRodrigues.pdf: 1435247 bytes, checksum: 20a2e26006858194d3ebf9aa5289e1d8 (MD5) Previous issue date: 2017-05-16 / O câncer de mama é o mais comum em mulheres e é responsável por 23% dos novos casos de câncer. O seu diagnóstico precoce assume papel decisivo para um melhor prognóstico devido à sua etiopatogenia complexa e multifatorial, já que não pode ser prevenido. Desta forma, os esforços para melhoria dos indicadores do câncer de mama são direcionados na busca por medidas que antecipem seu diagnóstico. A telomerase, uma enzima importante no processo de carcinogênese, está presente na maioria dos tumores e apresenta indícios de ser um bom marcador molecular, por isso deve ser estudada para avaliar sua relação com o câncer de mama. Este estudo analisou o polimorfismo rs2736100 da telomerase em pacientes com câncer de mama e testou a correlação de tais dados com o prognóstico e variáveis clínicas diversas. Para isso, o DNA de pacientes com câncer de mama foi extraído, submetido a PCR com os primers da região do polimorfismo e sequenciado. Ao todo, 119 pacientes com câncer de mama aceitaram participar do estudo. Foi encontrada associação em diversas características gerais do paciente (altura, idade e IMC) e características do tumor (RE, RP e Ki67), reafirmando a importância deles na clínica para a definição do melhor e mais fidedigno prognóstico. Através do sequenciamento foi identificada a região do polimorfismo rs2736100 da telomerase em 63 amostras, divididos entre aqueles com detecção do genótipo GG e AG. Foi encontrada uma deleção em 11,11% da população estudada que ainda não foi relatada na literatura. Nosso estudo demonstrou que este polimorfismo tem algumas associações com variáveis clínicas e de prognóstico do câncer de mama. Entretanto, para o polimorfismo rs2736100 da telomerase ser utilizado como marcador prognóstico no câncer de mama estudos mais detalhados devem ser realizados para confirmar seu valor clínico. / Breast cancer is the most common in women and accounts for 23% of new cases of cancer. Its early diagnosis plays a decisive role for a better prognosis because of its complex and multifactorial etiopathogenesis, which can not be prevented. Thus, efforts to improve indicators of breast cancer are targeted seeking measures that anticipate their diagnosis. Telomerase, an important enzyme in the carcinogenesis process, is present in most tumors and shows signs of being a good molecular marker, so it should be studied to evaluate its relationship with breast cancer. This study analyzed the rs2736100 polymorphism of telomerase in breast cancer patients and tested the correlation of such data with the prognosis and various clinical variables. For this, the DNA of patients with breast cancer was extracted, subjected to PCR with primers and sequenced region of the polymorphism. In all, 119 breast cancer patients agreed to participate in the study. An association was found in several general patient characteristics (height, age and BMI) and tumor characteristics (ER, PR and Ki67), reaffirming their importance in clinical settings for the definition of the best and most reliable prognosis. Through sequencing the telomerase rs2736100 polymorphism region was identified in 63 samples, divided among those with GG and AG genotype detection. A deletion was found in 11.11% of the studied population that has not yet been reported in the literature. Our study demonstrated that this polymorphism has some associations with clinical and prognostic variables of breast cancer. However, for the rs2736100 polymorphism of telomerase to be used as a prognostic marker in breast cancer more detailed studies should be performed to confirm its clinical value.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2014. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2014-10-14T17:34:14Z No. of bitstreams: 1 2014_TulioCesardeLimaLins.pdf: 2695168 bytes, checksum: 84c7546416fcbd577356782924466469 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2014-10-15T17:20:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_TulioCesardeLimaLins.pdf: 2695168 bytes, checksum: 84c7546416fcbd577356782924466469 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-15T17:20:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_TulioCesardeLimaLins.pdf: 2695168 bytes, checksum: 84c7546416fcbd577356782924466469 (MD5) / Variações no número de cópias (do inglês Copy Number Variation - CNV) são segmentos iguais a ou maiores que 1 kilobase que apresentam variações estruturais como deleções e duplicações. Constituem uma fração de variação genética importante, que interagem, modulam ou direcionam a expressão gênica. MicroRNA são pequenos RNA de aproximadamente 20 nucleotídeos que regulam a expressão gênica pós-transcricional. O objetivo desta Tese foi analisar a expressão de microRNA com relação às variações estruturais do número de cópias dos respectivos genes em humanos, as regiões de CNV-miRNA. Foram selecionadas 11 regiões de provável polimorfismo no número de cópias além de duas regiões invariáveis como controle positivo, que foram avaliadas por triagem molecular em PCR quantitativa em uma amostra de 103 indivíduos da população brasileira. Em seguida, uma segunda amostragem de 30 indivíduos tiveram DNA e RNA coletados de células mononucleadas do sangue (PBMC) e de epitélio bucal e RNA total do plasma para respectiva quantificação da expressão desses microRNA. Para elucidar questões relativas à dosagem gênica, a expressão de microRNA foi comparada com o número de cópias das respectivas regiões gênicas. Das regiões que apresentaram polimorfismo (CNV-miR-570, -miR-499, -miR-126, -miR-150, -miR-338, - miR-1275), apenas uma não teve o microRNA quantificado (CNV-miR-499) por não ter apresentado amplificação nos tecidos e também no plasma. Os microRNA miR-570 e miR-338, tiveram uma expressão relativa crescente de acordo com o número de cópias para frações de PBMC (e plasma somente para o miR-570), no entanto, estatisticamente não significativas. Numa simulação populacional pelo método Monte Carlo (n = 1.000), foi identificada diferença significativa para o miR-570, com taxa de mudança progressiva relativa entre ao número de cópias. A hipótese de que o número de cópias de uma região contendo genes miRNA pode afetar a regulação da expressão de genes abre uma perspectiva de novas pesquisas envolvendo a variabilidade fenotípica. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Copy number variation (CNV) are DNA segments of 1 kilobase or larger, showing structural variations, such as deletions, insertions or duplications. It constitutes a significant fraction of genetic variation that directly interacts or modulates gene expression. MicroRNA is a class of small RNA of about 20 nucleotides that regulates post-transcriptional gene expression. The aim of this Thesis was to analyze the expression of microRNA regarding the number of copies of their respective genes in humans, the CNV-miRNA regions. Eleven regions of probable polymorphisms in addition to two invariable control regions were selected and evaluated by quantitative PCR molecular screening in a sample of 103 individuals of the Brazilian population. Then, a second sample of 30 subjects had DNA and RNA collected from blood mononuclear cells (PBMC), oral epithelium and total RNA from plasma, quantified the expression of those microRNAs and compared with the number of copies, aiming to elucidate the relative response to gene dosage. From the regions that showed polymorphism (CNV-miR-570, -miR-499, -miR-126, miR-150, -miR- 338, -miR-1275) only one was unable to have the microRNA quantified (miR-499) for failing to provide amplification in tissues and plasma. The microRNA miR-570 and miR-338 had an increased relative expression according to the respective number of copies for PBMC fraction (and plasma only for miR-570), though not statistically significant. In a population simulation by Monte Carlo method (n = 1,000), a significant difference was identified to miR-570, with progressive rate of relative change between the categories of number of copies. The hypothesis that the copy number variation of a region containing miRNA genes can affect the regulation of gene expression opens a new perspective for research regarding phenotypic variability.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2012. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2013-02-19T13:46:12Z No. of bitstreams: 1 2012_ViniciusCarolinoSouza.pdf: 1039449 bytes, checksum: 7297d2fe0ffb51b5643264faf585bff2 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-03-05T11:37:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_ViniciusCarolinoSouza.pdf: 1039449 bytes, checksum: 7297d2fe0ffb51b5643264faf585bff2 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-05T11:37:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_ViniciusCarolinoSouza.pdf: 1039449 bytes, checksum: 7297d2fe0ffb51b5643264faf585bff2 (MD5) / Introdução e objetivo: Dado que a concentração sérica de osteopontina (OPN) constitui promessa de marcador para o diagnóstico precoce de doenças ósseas, tecemos a hipótese de que um polimorfismo em seu gene poderia explicar níveis séricos diferenciais do mediador e, em sequencia, os escores de densidade óssea entre adultos muito idosos no Brasil. Métodos: homens e mulheres (80 anos ou mais) residentes no Distrito Federal brasileiro foram submetidos a avaliação por densitometria óssea de raio-X de dupla energia para determinação da densidade mineral óssea (DMO) das regiões do colo do fêmur, cabeça do fêmur e lombosacral (L1 a S5). Exame clínico foi realizado para avaliar outras características físicas e para excluir co-morbidades (cardiovasculares, autoimunidade, infecções ou doenças neoplásicas). As concentrações séricas de OPN foram determinadas por ensaio imunoenzimático, enquanto o polimorfismo A7385G (rs1126772) foi determinada por sequenciamento direto dos produtos de reação em cadeia da polimerase. Resultados: Entre os duzentos e dez sujeitos envolvidos, não foram observados níveis diferenciais de densidade mineral óssea entre os genótipos, mas um teor circulatório aumentado de OPN foi encontrado entre os portadores do alelo A (P ≤ 0,05) mesmo após os ajustes. Os níveis séricos de OPN foram negativamente correlacionados com a densidade do colo do fêmur (P = 0,050 para a DMO; P = 0,032 para T-score), mas não os níveis de outras regiões investigadas. As análises com a amostra dicotomizada para idade e massa corporal revelou que esta associação foi perceptível apenas entre os sujeitos pertencentes à faixa etária mais avançada e aos com peso corporal dentro do intervalo inferior. Conclusão: Nossos achados apontam para níveis circulantes elevados de osteopontina entre pacientes com densidade mineral óssea diminuída, consistente com uma modesta contribuição de uma variação alélica OPN para a expressão do mediador. Atestar relevância clínica destes achados exige estudos futuros. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Introduction and objective: Given that serum osteopontin (OPN) concentrations may be a promising marker for early diagnosis of bone disorders, we hypothesized that a polymorphism in its gene might account to differential serum levels of the mediator and thus to the bone density scores among very-old adults in Brazil. Methods: Men and women (80 years or older) living in the Brazilian Federal District underwent assessments with dual energy X-ray absorptiometry for bone mineral density (BMD) of the femoral neck, femoral head and lumbarsacral (L1 to S5) regions. Clinical inspection was performed to assess other physical traits and to exclude co-morbidities (cardiovascular, autoimmunity, infections or neoplastic diseases). Serum concentrations of OPN were determined with an enzyme-linked immunosorbent assay, whereas the A7385G polymorphism (rs1126772) was determined by direct sequencing of a polymerase chain reaction product. Results: Among the two hundred and ten subjects enrolled, no differential scores for bone mineral density could be observed across genotypes, but a greater content of circulating OPN was found among carriers of the A allele (P ≤ 0.05) even after adjustments. Serum OPN levels were negatively correlated with the femoral neck density (P = 0.050 for BMD; P = 0.032 for T-scores) but not with scores of the other regions investigated. Analyses with the sample dichotomized to age and body mass revealed that this inverse relationship was noticeable only among those aged within the highest and weighed within the lowest intervals. Conclusion: Our findings indicate elevated circulating osteopontin levels in patients with decreased bone mineral density, consistent with a modest contribution of an OPN allelic variation to its expression. Attesting clinical relevance of our findings demands forthcoming studies.

Tese (doutorado)-Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, 2010. / Submitted by Luiza Moreira Camargo (luizaamc@gmail.com) on 2011-06-13T19:17:04Z No. of bitstreams: 1 2010_PauloRobertoVianaGentil.pdf: 517805 bytes, checksum: 761dec132d4a638a7b1db4c732aae29a (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2011-06-20T18:27:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_PauloRobertoVianaGentil.pdf: 517805 bytes, checksum: 761dec132d4a638a7b1db4c732aae29a (MD5) / Made available in DSpace on 2011-06-20T18:27:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_PauloRobertoVianaGentil.pdf: 517805 bytes, checksum: 761dec132d4a638a7b1db4c732aae29a (MD5) / Introdução: A variação R577X no gene da alfa actina 3 (ACTN3) tem sido associada às alterações na força e massa muscular bem como à performance atlética. O alelo X, que leva à ausência da proteína ACTN3, supostamente ocasiona queda na quantidade de massa muscular e prejudica a performance de atividades que requerem contrações musculares com altos níveis de força e/ou velocidade. Além de interferir nos fenótipos musculares, é possível que alterações no gene ACTN3 também influenciam na adaptação do músculo esquelético ao exercício. Objetivo: O presente estudo teve como objetivo 1) investigar a influência da variação R577X no gene ACTN3 na força e massa muscular de homens jovens e 2) a influência da variação R577X na resposta desses fenótipos a um programa de treinamento resistido. Métodos: Cento e quarenta e um homens participaram do estudo (21,95 ± 2,69 anos; 175,10 ± 6,54 cm; 71,92 ± 13,92 kg), que envolveu duas sessões semanais de treinamento resistido por 11 semanas. Antes e após o treinamento, os participantes foram testados para uma repetição máxima (1RM) no supino reto, pico de torque (PT) de extensores de joelhos e espessura muscular (EM) dos extensores de joelhos. A genotipagem foi conduzida usando a enzima de restrição DdeI. Resultados e discussão: a distribuição dos genótipos foi 34,4% para o genótipo RR, 47% para o RX e 18,6% para o XX. De acordo com os resultados não houve diferença entre a carga de 1RM no supino reto, o PT e a EM dos extensores de joelho entre os genótipos R577X. Também não houve diferença entre os ganhos de 1RM no supino reto e PT dos extensores de joelhos entre portadores de diferentes genótipos, no entanto, apenas portadores do alelo R apresentaram ganhos na EM em função do treinamento. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Introduction: The R577X polymorphism in the alpha-actin 3 (ACTN3) gene has been associated to alterations in muscle mass and strength, as well as, to athletic performance. The X allele, which leads to the absence of the ACTN3 protein, supposedly results in decreased muscle mass and impairs performance of activities that require high strength and/or velocity muscle contractions. In addition to influence muscle phenotypes, it is possible that alterations in the ACTN3 gene also influence muscle adaptations to exercise. Objective: the present study aimed to investigate 1) the effects of the R577X polymorphism in the ACTN3 gene in muscle mass and strength of young men and 2) the effects of the R577X polymorphism in the response of these phenotypes to a resistance training program. Methods: one hundred forty one men participated in the study (21.95 ± 2.69 years; 175.10 ± 6.54 cm; 71.92 ± 13.92 kg) that involved two weekly sessions of resistance training for 11 weeks. Before and after training, participants were tested for one repetition maximum (1RM) in the bench press, peak torque (PT) and muscle thickness (EM) of the knee extensors. Genotyping were done using the DdeI restriction enzyme. Results and discussion: genotype distribution was 34.4% for the RR genotype, 47% for RX and 18.6% for XX. According to the results, there was no difference in 1RM load, knee extensors PT and EM among R577X genotypes. There was no difference for the alteration in bench press 1RM and knee extensors PT among carriers of the different genotypes; however, only men with the R allele showed significant increases in knee extensors EM in response to training.

ARAÚJO, Antonio Roberto Lucena de, também é conhecido(a) em citações bibliográficas por: LUCENA-ARAUJO, Antonio Roberto / Submitted by Fernanda Rodrigues de Lima (fernanda.rlima@ufpe.br) on 2018-09-25T22:37:32Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Betania Lucena Domigues Hatzlhofer.pdf: 3470778 bytes, checksum: fc4fe715fb48dc315921ddd24c081cd9 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-09-27T22:05:28Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Betania Lucena Domigues Hatzlhofer.pdf: 3470778 bytes, checksum: fc4fe715fb48dc315921ddd24c081cd9 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-27T22:05:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Betania Lucena Domigues Hatzlhofer.pdf: 3470778 bytes, checksum: fc4fe715fb48dc315921ddd24c081cd9 (MD5) Previous issue date: 2016-09-20 / A anemia falciforme (AF) é uma doença monogênica caracterizada por um fenótipo variável, com complicações clínicas graves e grande heterogeneidade clínica. Evidências mostram que fatores genéticos podem estar envolvidos como moduladores desta doença. A coexistência com a alfa talassemia e os haplótipos do cluster βˢ são considerados os principais determinantes na expressão dos múltiplos fenótipos da AF, no entanto a real influência desses marcadores ainda é uma questão controversa. O estudo teve como objetivo, avaliar a influência da alfa talassemia e dos haplótipos βˢ nas manifestações clínicas da AF em 714 pacientes provenientes do Estado de Pernambuco. Diversas variáveis clínicas, como crises vaso-oclusiva, colelitíase, síndrome torácica aguda, úlcera de perna, osteonecrose, acidente vascular cerebral (AVC) e priapismo foram investigadas. A deleção -ᵅ3.7 da alfa talassemia e os haplótipos do cluster βˢ foram genotipados por gap-PCR e PCRRFLP, respectivamente. O haplótipo Bantu esteve presente na maioria dos pacientes (92,4%), com uma alta frequência alélica (74.3%) e genotípica (56,5%). A análise comparativa dos haplótipos não mostrou associação com nenhuma das manifestações clínicas estudadas. A alfa talassemia esteve presente em 23,7% dos pacientes e foi associada a um menor risco para o desenvolvimento das manifestações clínicas hemolíticas: AVC, priapismo e colelitíase. A alfa talassemia não foi associada com úlcera de perna, complicações vaso-oclusivas e sobrevida global dos pacientes. Nossos resultados mostram que a alfa talassemia é um modulador fenotípico para a maioria das manifestações clínicas hemolíticas da AF e os haplótipos βˢ não estão associados à heterogeneidade clínica da doença no Estado de Pernambuco. / Sickle cell anemia (SCA) is a monogenic disease characterized by a variable phenotype, with severe clinical complications and significant clinical heterogeneity. Evidences show that genetic factors may be involved in the disease modulation. Alpha thalassemia coexistence and βˢ cluster haplotype are considered the main determinants of SCA phenotypes, however the real role of these markers is still controversial. The aim of this study was to evaluate the influence of alpha thalassemia and βˢ haplotypes on SCA clinical manifestations in 714 patients from Pernambuco state. Several clinical variables, such as vaso-occlusive crisis, cholelithiasis, acute chest syndrome, leg ulcers, osteonecrosis, stroke and priapism were investigated. The -ᵅ3.7 deletion of alpha-thalassemia and βˢ-globin cluster haplotype were genotyped by PCR-RFLP and gap-PCR respectively. The Bantu haplotype was present in most patients (92.4%) with a high allele (74.3%) and genotypic (56.5%) frequency. The comparative analysis of haplotypes was not associated with any studied clinical manifestations. Alpha thalassemia was present in 23.8% of patients and it was related to a protective effect on the development of hemolytic clinical manifestations, such as stroke, cholelithiasis and priapism. Alpha thalassemia was not associated with leg ulcers, vaso-occlusive complications and overall survival. Our results indicate that alpha thalassemia is a phenotypic modulator for most hemolytic clinical manifestations of SCA. In addition, βˢ haplotypes are not associated with clinical heterogeneity of the disease in Pernambuco state.

Submitted by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-04-13T19:03:58Z No. of bitstreams: 1 TESE Heidi Lacerda Alves da Cruz.pdf: 1755852 bytes, checksum: e11d7836ca5355d8f781e71ef1ca51a3 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-13T19:03:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE Heidi Lacerda Alves da Cruz.pdf: 1755852 bytes, checksum: e11d7836ca5355d8f781e71ef1ca51a3 (MD5) Previous issue date: 2015-03-06 / O lúpus eritematoso sistêmico (LES) é uma das doenças autoimunes reumatológicas mais prevalentes na população e acomete principalmente mulheres em idade reprodutiva. Diversos órgãos e sistemas são alvos da doença, e altos graus de morbidade e até mesmo o desfecho fatal de alguns destes pacientes são possíveis consequências. Descobertas recentes fornecem evidências acerca do papel crítico do complexo molecular citoplasmático, conhecido como inflamassoma, na predisposição a doenças autoimunes. Polimorfismos de base única (SNP) em genes envolvidos com o inflamassoma têm sido associados a diversas doenças inflamatórias, mas suas relações com o LES ainda permanecem desconhecidas. O presente trabalho buscou investigar o papel da presença de polimorfismos em genes responsáveis pela resposta inflamatória e a sua relação com a predisposição ao desenvolvimento e gravidade do LES. Foram analisados 12 SNPs de 8 genes do inflamassoma (NLRP1, NLRP3, NLRC4, AIM2, CARD8, CASP1, IL-18 e IL1B) em 132 pacientes lúpicos e em 154 controles saudáveis através de sonda fluorogênica Taqman. O perfil de expressão do RNAm destes genes foi avaliado através de cultura de monócitos entre os pacientes com LES e o grupo controle. Por fim, foi realizado um ensaio de ELISA para avaliar a concentração de IL-1β entre os grupos. Nossos resultados indicaram que o alelo G e o genótipo G/G do gene NLRP3 rs10754558 apresentou-se mais frequente entre o grupo controle em comparação com pacientes com LES (odds ratio [OR]: 0,669, p = 0.023 e OR: 0,369, p = 0,011, respectivamente). O referido SNP esteve relacionado com a nefrite lúpica, uma importante causa de morbidade e mortalidade nos pacientes com LES (alelo: OR=0,392, p=0,001; e genótipo: OR=0,217, p=0,04). O gene IL-18 esteve associados a alterações cutâneas (OR=4,65, p=9.49e-05), enquanto que o gene IL1B esteve associado à fotossensibilidade (OR=0,50, p=0,021). Em relação à expressão do mRNA, foi observado que os genes NLRP1, NLRC4, CASP1 e IL1B do inflamassoma apresentaram-se superexpressos nos pacientes com LES em comparação ao grupo controle. Em conclusão, nossos resultados indicam que a presença de variações genéticas no gene NLRP3 está associada a uma menor susceptibilidade ao LES, principalmente em relação ao desenvolvimento de nefrite nestes pacientes. Além disso, diferentes componentes do inflamassoma aparecem alterados na doença, resultando em uma maior ativação e produção de IL-1β, confirmando o papel crucial deste complexo molecular na patogênese do LES. Estes dados refletem a importância da identificação de outros fatores genéticos de risco que podem estar envolvidos na susceptibilidade a doenças inflamatórias a fim de se investigar mais profundamente a etiologia e as vias moleculares responsáveis pelas patologias autoimunes. / Systemic lupus erythematosus (SLE) is one of the most prevalent autoimmune rheumatic disease and affects predominantly women of child-bearing age. Many organs and systems are affected, and high levels of morbidity and even fatal outcome are possible consequences. Recent findings provide evidence about the critical role of inflammasome in the predisposition to autoimmune diseases. Genetic variants within inflammasome-related genes have been associated with various inflammatory diseases but its relation to SLE remains unknown. In this study, we aimed to investigate the role of polymorphisms in genes responsible in the inflammatory response and its relation to the development and severity of SLE. We analyzed twelve variants in 8 genes (NLRP1, NLRP3, NLRC4, AIM2, CARD8, CASP1, IL-18, IL1B) in 132 SLE patients and 154 healthy controls, using Taqman fluorogenic probes. We also evaluated the mRNA expression profile of these genes through monocytes culture in both groups, SLE patients and controls. Finally, we conducted an ELISA assay to evaluate the IL-1β concentration in SLE patients and controls. Our results indicated a higher frequency of NLRP3 rs1 0754558 G all ele and G/G genotype in SLE patients in comparison to controls (odds ratio [OR]: 0.669, p = 0.023 e OR: 0.369, p = 0.011, respectively). When NLRP3 inflammasome SNPs were analyzed as predictors of SLE clinical manifestations we observed that rs10754558 G allele and G/G genotype was correlated to nephritic lupus, an important cause of morbidity and even mortality in SLE patients (allele: OR=0.392, p=0.001; e genotype: OR=0.217, p=0.04, respectively). IL-18 genes was associated to malar rash (OR=4.65, p=9.49e-05), whereas the IL1B gene was associated with photosensitivity (OR=0.50, p=0.021). In relation to mRNA expression, NLRP1, NLRC4, CASP1 and IL1B inflammasome genes were upregulated in SLE patients in comparison to healthy controls. In conclusion, our results indicate that genetic variations in NLRP3 gene may contribute to SLE protection, mainly to nephritis development in these patients and that differents inflammasome components appear altered in the disease, resulting in enhanced activation and subsequently IL-1β production, confirming that the inflammasomes play a crucial role in SLE pathogenesis. These data indicate the importance of the identification of other genetic risk factors that may be involved in susceptibility to inflammatory diseases in order to investigate further the etiology and molecular pathways responsible for autoimmune diseases.

Submitted by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-04-20T18:03:26Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Maria Amélia Carlos Souto Maior Borba.pdf: 9135615 bytes, checksum: caa1e3a795aaf6a966b27fcf8355f0a0 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-20T18:03:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Maria Amélia Carlos Souto Maior Borba.pdf: 9135615 bytes, checksum: caa1e3a795aaf6a966b27fcf8355f0a0 (MD5) Previous issue date: 2016-04-15 / FACEPE / O câncer de mama é o tipo que possui a maior taxa de mortalidade entre mulheres de todo o mundo. Ele possui diferentes características moleculares, classificando-se em: Luminais A e B, HER2 e basal-like. O tamoxifeno, tratamento clássico dos tumores mamários luminais, é uma pró-droga que precisa ser metabolizada por enzimas hepáticas, especialmente a CYP2D6, para exercer suas funções terapêuticas. No entanto, cerca de 40% das pacientes não respondem adequadamente ao tratamento com tamoxifeno e existem evidências que apontam a perda de função da CYP2D6 como causa das respostas indesejáveis do tamoxifeno, embora os dados sejam conflitantes. A CYP2D6 é uma enzima do P450, altamente polimórfica, fenotipicamente classificada de acordo com a atividade em metabolizadores pobres, intermediários, rápidos e extensivos. O objetivo deste trabalho foi aplicar ferramentas de bioinformática para avaliar o impacto das mutações de sentido trocado na estrutura e função de alelos metabolizadores pobres da CYP2D6. A base de dados CYPalleles foi consultada para catalogar os alelos pobre metabolizadores da CYP2D6 e suas respectivas mutações e selecionar alelos que contêm exclusivamente mutações de sentido trocado. Todos os polimorfismos presentes nos alelos selecionados, CYP2D6*7 e CYP2D6*14A, foram submetidos a análise através de sete algoritmos de predição de impacto estrutural e/ou funcional na proteína. Subsequentemente foram construídos modelos 3D baseados na estrutura terciária alterada pelas mutações. Os resultados evidenciaram que a única mutação presente no alelo CYP2D6*7, a H324P, compromete a dinâmica do sítio ativo devido a sua localização entre duas alfas hélices, resultando em alto impacto funcional. Por outro lado, o alelo CYP2D6*14A possui quatro mutações, os polimorfismos R296C e S486T estão presentes em vários alelos da CYP2D6, e as análises in silico não apontam significantes efeitos deletérios. A mutação P34S também está presente em vários alelos, mas foi predita como deletéria devido a considerável efeito estabilizante pelo surgimento de uma nova ponte de hidrogênio. Por outro lado a G169R caracteriza genotipicamente o alelo CYP2D6*14 e leva a aumenta a acessibilidade ao solvente com severa desestabilização da enzima, pois está presente numa região de interface entre as cadeias monoméricas. As análises in silico evidenciaram efeitos deletérios das mutações de sentido trocado na estrutura e função da CYP2D6, o que pode explicar a resistência ao tratamento com tamoxifeno. / Breast cancer is the most incident cancer around the world, with high index of mortality, according to the markers expressed, it can be molecular classified in luminal A or B (hormonal receptors), HER2 and basal-like breast cancer. Tamoxifen, the standard treatment of luminal breast tumors, is a prodrug that must be metabolized by liver enzymes, especially CYP2D6, to be therapeutic active. However, about 40% of patients do not respond to treatment with tamoxifen and there are evidence pointing to poor function of CYP2D6 causing underperformance of tamoxifen, although the data are conflicting. CYP2D6 is a highly polymorphic enzyme from P450 cytochrome, which is phenotypically classified according to enzyme activity in poor, intermediate, extensive and ultra metabolizers. The objective of this study was applying bioinformatics tools to assess the impact of missense mutations in CYP2D6 structure and function. The database CYPalleles was consulted to catalog the poor metabolizers alleles of CYP2D6 and their respective mutations. Thereafter, there were selected the alleles CYP2D6*7 and CYP2D6*14A, that contain only missense mutations. All polymorphisms in the selected poor metabolizers alleles were analyzed through seven algorithms to predict the structural and/or functional impact of each mutation over the protein. Subsequently, 3D models were constructed to evaluate the tertiary structure altered by the mutations. The results for the allele CYP2D6*7, showed that H324P mutation, which is the only one present in this allele, compromises the dynamics of the active site due to its location between two α-helixes, resulting in high functional impact. The allele CYP2D6*14A has four mutations, three of then are present in various alleles but while R296C and S486T were not predicted as deleterious, P34S leads to a gain of one H-bound and severe protein stabilization, with function loss. The last polymorphism is G169R, that characterizes genotypically the allele and leads to a high structural and functional impact due to gain of solvent accessibility and severe enzyme destabilization, as it is present in an interface region between the monomeric chains. The in silico analyzes showed that the deleterious effects of missense mutations in the structure and function of CYP2D6 may explain the resistance to tamoxifen treatment.

Orientador: Antonio Condino Neto / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-04T23:42:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gomez_LinaAndrea_D.pdf: 4776023 bytes, checksum: a1c947f4c3db64220a2153a255069581 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: A NADPH oxidase das células fagocíticas é um sistema enzimático encarregado da produção de espécies reativas do oxigênio, as quais são essenciais durante a resposta imune inata contra uma grande variedade de microorganismos como bactérias e fungos. Um dos principais componentes deste sistema é a proteína citosólica p67PHOX codificada pelo gene NCF2 localizado no braço longo do cromossomo 1. Mutações no gene NCF2 resultam em uma das formas autossômicas recessivas da doença granulomatosa crônica (DGC), uma imunodeficiência primária caracterizada por infecções graves e recorrentes. Recentemente descrevemos mudanças nucleotídicas em alguns pacientes deficientes de p67PHOX onde aparentemente essas alterações não foram responsáveis pelo fenótipo, mas que poderiam modificar de alguma forma a expressão do gene. Para determinar se essas alterações correspondem a polimorfismos gênicos, analisamos sua ocorrência na população normal. A primeira substituição é uma transição C ? T na posição -23 da região 5' reguladora do gene. Dos 100 sujeitos avaliados, 67% foram homozigotos para o alelo C, 32% foram heterozigotos e só 1% foram homozigotos para o alelo T. A segunda mudança nucleotídica corresponde à transição A->G na posição -21 da região 3' terminal do íntron 10 (IVS10-21A?G), essa substituição foi analisada em 114 indivíduos dos quais 41% foram homozigotos para A, 49% foram heterozigotos e 24% homozigotos para G. Esses dois polimorfismos estão localizados dentro de seqüências necessárias para o início da transcrição (C?T at -23) e para a formação do splicing (IVS10-21A?G) e por isto podem alterar a expressão do gene p67PHOX, e conseqüentemente diminuir a atividade do sistema NADPH oxidase. Na análise da seqüência com o polimorfismo no intron 10 (IVS10-21A->G), observamos espécies anormais de mRNA nos indivíduos sadios. Nos genótipos analisados algumas moléculas de RNAm não possuem o exon 11. O efeito funcional do polimorfismo -23C/T no gene p67PHOX foi analisado medindo a atividade da luciferase entre construtos, contendo toda a região promotora com o alelo T e com o alelo C, mas não se observaram diferenças / Abstract: The NADPH oxidase of phagocytic cells is an enzymatic system that through the production of reactive oxygen species is essential for the innate immune response against a variety of bacteria and fungi. One of its essential components is pfyf"0*, a 67-kDa cytosolic protein encoded by the NCF2 gene located in the long arm of chromosome 1. Varied mutations involving the NCF2 gene result in an autosomal recessive form of chronic granulomatous disease (CGD), a primary immunodeficiency characterized by severe and recurrent infections. We have recently described different nucleotide changes in some p67-^jAor-deficient patients that apparently were not responsible for the CGD phenotype, but they could modify to some extent gene expression. To determine if two of these changes corresponded to genetic polymorphisms, we analyzed their occurrence in healthy donors. The first substitution corresponded to C-"T transition at position -23 of the 5' regulatory region of the gene. Among 100 evaluated subjects, 67% were homozygous for the allele containing C, 32% were heterozygous, and 1% were homozygous for T. The second nucleotide change corresponded to A >G transition in position -21 of the 3' end of intron 10 (TVSlf>-21A-"G). This substitution was analyzed in 114 subjects: 41% were homozygous for A, 49% were heterozygous, and 24% were homozygous for G Both polymorphisms are located within sequences necessary for initiating gene transcription (C-"T at -23) and for RNA splicing (IVS10-21A->G). Therefore, they may alter 067¿°^ gene expression and consequently decrease the activity of NADPH oxidase system. The sequence analysis for the polymorphism located in the intron 10 (TVS 10-21 A -Kr) show generation of the abnormal mRNA species in normal individuals; some molecules of the mRNA do not contain the intron 11 in all subject genotypes. The functional effect of the -23 07 polymorphism in the p67-PHOX was evaluated measuring luciferase activity of the T allelic p67-PHOX promoter and C allelic promoter, but no differences were observed / Doutorado / Saude da Criança e do Adolescente / Doutor em Saude da Criança e do Adolescente

Orientador: Ladaslav Sodek / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-21T00:59:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sawazaki_HaikoEnok_D.pdf: 11307939 bytes, checksum: f7d33caedc7a92c8cac710c0e2d968ac (MD5) Previous issue date: 1995 / Resumo: Estudou-se, mediante polimorfismo enzimático em gel de poliacrilamida e polimorfismo de DNA baseado na amplificação de segmentos de DNA ao acaso denominado RAPD, a variabilidade genética em citros, palmeiras e couve. Em citros, as espécies e cultivares de laranja doce Hamlim, Natal, Valência, Pêra, Baianinha (C. sinensis); laranja azeda (C. aurantim); tangerinas clementina, sunki, cleópatra e poncã (C. Clementina, sunki, reshni, reticulata); lima da pérsia (C. limettioides); limão galego (C. aurantifolia); limão-cravo (C. limonia) e trifoliata (Poncirus trifoliata). Em palmeiras, as espécies e ecótipos de açaí (E. oleracea) itajobi, pariquera, danilo; juçara (Euterpe edulis); euterpe Tadeu; híbrido açaí x juçara; pupunhas yurimaguas, benjamim Constant, branca uma, t2s1, EEU, ceplac 10, Walter (Bactris gasipae); dendê hermes (Elaeis guineensis); gariroba (Syagrus oleraceae).Em couve as variedades de couve manteiga ribeirão pires 2620; 1811; roxa; são roque; gigante 915; 916; crespa piracicaba; ribeirão pires 2446, crespa capão bonito; tupi; jundiaí; Mococa; são josé; roxa monte alegre; verde escura. Os extratos de folhas foram analisados para as isoenzimas de malato desidrogenase (MDH), enzima málica (ME), leucinoaminopeptidase (LAP), glutamato oxaloacetato transaminase (GOT), fosfoglucoisomerase (PGI), fosfoglucomutase (PGM), isocitrato desidrogenase (IDH), peroxidase (PRX), esterase (EST), e para os marcadores RAPD utilizando os quarenta primers do kit A e B da Operon Technologies. Verificou-se grande variabilidade genética interespecífica, comprovada pelos dendrogramas UPGMA, para citros, e palmeiras couve, com reconhecimento de híbridos nas palmeiras, porém nenhum polimorfismo entre os cultivares de laranjas doces. Foram observadas bandas além das referidas pela literatura em gel de amido. As relações filogenéticas entre as espécies e cultivares ficaram de acordo com a literatura existente. Foi comprovada a maior eficácia dos marcadores RAPD em relação aos de isoenzimas ,pois possibilita facilmente a análise de grande número de marcadores genéticos, de especial interesse nos casos em que as isoenzimas não expressam interesse nos polimorfismo / Abstract: Genetic diversity was studied by means of polymorphism using polyacrilamide gel electrophoresis a DNA polymorphism assay based on the amplification of random DNA segments denominated RAPD, for citrus, palm and cabbage plants. The following citrus species were analyzed: sweet orange (C.sinensis), Hamlin, Natal, Valencia, Pera and Baianinha; clementine, sunki, cleopatra and mandarin tangerines (C. clementina, C .sunki, C .cleopatra, C. reticulata); Palestine lime (C. limettioides); West Indian lime (C.aurantifolia); Rangpur lime (C.limonia) ; Sour orange (c. aurantium) ; citron (C. medica) and Poncirus trifoliata. For palms species the following were studied: Euterpe oleracea varieties, , açaí, açaí itajobi, pariquera, danilo; Euterpe edulis varieties, juçara; euterpe tadeu; hybrids from E. edulis x E.oleracea; Syagrus oleracea var gariroba; Elaeis guineensis var dendê hermes; Bactris gasipae, varieties E.E.U., t2s1, branca una, uurimaguas, ceplac 10, benjamim contant and walter. For cabbage, fifteen varieties of Campinas Agronomic Institute were studied. Citrus, palm and cabbage leaf extracts were analysed for isozymes of malate dehydrogenase (MDH) , malic enzyme (ME) , leucine aminopeptidase (LAP), glutamate oxaloacetate transaminase isomerase (GOT), phosphoglucose isomerase (PGI), phosphoglucose mutase (PGM), isocitrate dehydrogenase (IDH) , peroxidase (PRX) and esterase (EST). Polymorphism was also investigated by the RAPD technique using forty primers obtained from Operon Technologies. Interespecific differences were observed in citrus, palms and cabbage as well as distinctive patterns for palm hybrids; on the other hand, no variation between intraespecific C. sinensis cultivars was observed. Some bands were observed in addition to those cited in the literature where starch gel electroporesis was used for enzymatic polymorphism. The conclusions with regard to polymorphic patterns obtained using the RAPD technique confirmed those observed with isozymes, with the advantages of its greater efficiency and ability to process a large number of samples / Doutorado / Doutor em Ciências Biológicas

Orientador: Vanderlei Perez Canhos / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-26T05:43:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Costa_ArgentinaSampaio_D.pdf: 3583472 bytes, checksum: 141d7e7d0a97209e763b1d63b2769a7b (MD5) Previous issue date: 1999 / Resumo: Foi efetuado um estudo taxonômico de vinte e duas linhagens de Neurospora isoladas de beiju de mandioca e vegetação queimada nos Estados do Maranhão e São Paulo. As linhagens estudadas foram caracterizadas quanto à sua morfologia, perfil de proteínas totais, polimorfismos e fragmentos do rDNA 188,288, região espaçadora 188­288 e do gene histona H3-1, e produção de aroma. Foram incluídas neste estudo 7 linhagens de referência de 4 espécies de Neurospora: N crassa NRRL 2223, CCT 2680 (=ATCC 24698); N. sitophila ATCC 46892 (produtora de aroma), NRRL 2884 (=ATCC 36935, =CCT 0045); N. intermedia NRRL 5506 (N. sitophila ATCC 56753) e N. tetrasperma NRRL 2164. Os resultados obtidos na análise das características morfológicas sugerem que os isolados pertencem a 7 espécies diferentes. As linhagens obtidas do Maranhão foram identificadas como N. sitophila, com exceção de AC9, identificada como N crassa, enquanto que os isolados do Estado de 8ão Paulo apresentaram uma maior diversidade de espécies: N. sitophila, N. crassa, N tetrasperma, N. dodgei, N. galapogensis, N. africana e N. lineolata. As análises dos perfis de proteínas totais corroboraram os resultados da análise morfológica. Os resultados da análise de proteínas totais, assim como os de digestão da região espaçadora 188-288 com a endonuclease Ava II, permitiram agrupar a linhagem N. sitophila ATCC 46892 produtora de aroma e isolados obtidos do mesmo susbstrato (beiju de mandioca) e local (Maranhão). Estas linhagens formaram um grupo distinto das linhagens de referência e dos demais isolados. A digestão do rDNA 18S com a enzima de restrição Hae III resultou em padrões diferentes para as três linhagens de referência em estudo. A linhagem produtora de aroma N sitophila A TCC 46892 apresentou o mesmo padrão de restrição que as linhagens de referência N crassa NRRL 2223 e CCT 2680, assim como a maioria dos demais isolados. As linhagens AC4 e AC15 apresentaram padrão de restrição igual ao de N tetrasperma NRRL 2164. Os perfis de restrição do gene da proteína histona, his-3 obtido com as enzimas Dde I e Hae III, permitiram a diferenciação das duas espécies N. sitophila NRRL 2884, CCT 0045 e N. crassa NRRL 2223, CCT 2680. A linhagem N sitophila ATCC 46892 produtora de aroma, as linhagens N crassa NRRL 2223, CCT 2680, e as linhagens de Neurospora isoladas do mesmo local (Maranhão) apresentaram perfis idênticos de restrição. Os fragmentos amplificados na região conservada 288 não apresentaram polimorfismo com nenhuma das enzimas em estudo. Os resultados da avaliação sensorial indicaram que as linhagens de Neurospora isoladas do beiju de mandioca, apresentam características aromáticas muito semelhantes à da linhagem produtora de aroma de frutas N sitophila ATCC 46892. Os métodos moleculares e a taxonomia polifásica forneceram informações referentes ao grupo de linhagens de Neurospora obtidas do mesmo substrato da linhagem produtora de aroma N. sitophila ATCC 46892, reforçando o uso desses métodos na caracterização de microrganismos associados à produção de aroma, podendo auxiliar na escolha de linhagens para futuros estudos envolvendo a produção e aplicação tecnológica / Abstract: Polyphasic taxonomic studies were done with twenty-two Neurospora strains isolated from cassava beiju and burned vegetation in Maranhão and São Paulo states. Strains were characterized regarding morphology, protein profiles and polymorphisms of 18S, 28S and 18S-28S rDNA spacer fragment, histone H3-1 gene, and aroma production. References strains: N crassa NRRL 2223, CCT 2680 (=ATCC 24698); NRRL 2884 (=ATCC 36935), CCT 0045 (=NRRL 2884); N. intermedia (N. sitophila ATCC 36935) N. sitophila ATCC 46892 (aroma producer) and N. tetrasperma NRRL 2164, were also studied. Results obtained from morphological analyses suggested that the isolates comprised 7 different species. Strains from Maranhão were identified as N. sitophila but, except for strain AC9, identified as N. crassa, whereas isolates from São Paulo were assigned to N. africana, N. crassa, N. dodgei, N. galapogensis, N. lineolata, N. sitophila, and N. tetrasperma. The analyses of total protein profiles agreed with the results from morphological analysis. Analysis of total protein profiles as well as spacer region digestion with Ava II endonuclease allowed the grouping of N sitophila A TCC 46892 aroma producer strain with the isolates of Neurospora spp. originated of same substrate (cassava beiju) and local (Maranhão). These strains formed a group distinct from the reference strains and from the others isolates. Digestion of 18S rDNA with restriction enzyme Hae III resulted in different patterns for the three reference strains in study. N sitophila ATCC 46892 aroma producer strain, reference strains N. crassa NRRL 2223, CCT 2680 and most of the isolates presented the same restriction patterns. AC4 and AC15 strains and the N. tetrasperma NRRL 2164 reference strain presented identical restriction patterns. Restriction profiles of the histone protein gene, his-3 obtained with Dde I and Hae III enzymes allowed the differentiation of the two species N. sitophila NRRL 2884, CCT 0045 and N. crassa NRRL 2223, CCT 2680. N. sitophila ATCC 46892 aroma producer strain, N crassa NRRL 2223, CCT 2680 strains and Neurospora strains isolated from same local (Maranhão) presented identical restriction pattern. Amplified fragments from 28S rDNA conserved region with studied enzymes did not present polymorphism. Sensorial evaluation indicated that Neurospora strains isolated of cassava beiju show aromatic characteristics similar to that of N sitophila ATCC 46892, producer of fruit aroma strain. Molecular methods and the polyphasic taxonomy provided information for the Neurospora group originated from the same substrate of the N. sitophila ATCC 46892 aroma producer strains. These methods corroborate characterization of microorganisms associated to production of aroma, and could was be collaborate useful with selection of strains for future studies related with technological production and application / Doutorado / Doutor em Ciência de Alimentos