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Methods of detection and analysis of single nucleotide polymorphisms in genes influencing the meat performance in pigs

Civáňová, Kristina January 2005 (has links)
České resumé
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Charakterizace druhu Paenibacillus mendelii sp.nov. pomocí genových a sekvenčních homologií

Šmerda, Jakub January 2005 (has links)
No description available.
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Detecção herpesvírus bovino tipo 5 em cortes histológicos e fragmentos de encéfalo congelado pela reação em cadeia de polimerase

Ferrari, Heitor Flávio [UNESP] 29 November 2007 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-11-29Bitstream added on 2014-06-13T19:55:43Z : No. of bitstreams: 1 ferrari_hf_me_araca.pdf: 4576809 bytes, checksum: eeae7dcf4af69f9ff19ef43bdbba48ef (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Meningoencefalite não supurativa causada pelo Herpesvírus bovino tipo 5 (BoHV-5) ocorre de forma endêmica em algumas regiões do Brasil, com ênfase no Rio Grande do Sul. No entanto, outras regiões possuem poucos relatos da ocorrência da doença, como os estados de São Paulo e Mato Grosso do Sul. O presente trabalho objetivou realizar a classificação histológicas das lesões desenvolvidas durante a infecção aguda pelo BoHV-5, no encéfalo de 20 animais naturalmente acometidos pelo infecção. As principais lesões observadas, em 80% dos animais, foram de meningoencefalite não supurativa, caracterizadas por infiltrado linfo-histiocitária inflamatório. Em 20% dos animais as lesões encontradas foram não significativas, mas nestes casos todos os bovinos desenvolveram sintomatologia neurológica, e o diagnóstico da doença foi confirmado na reação em cadeia pela polimerase (PCR), com amplificação do DNA do BoHV-5. Esta classificação histológica permitiu observar alterações compatíveis com a doença, mas também mostrou que nem sempre nestes casos vai ocorrer o desenvolvimento de alterações histológicas. Todas as amostras frescas (n=20) foram submetidas ao isolamento viral e a técnica da técnica de PCR. Já os fragmentos fixados em formol e incluídos em parafina foram testados quanto à presença do vírus por meio da técnica de PCR. As vinte amostras congeladas foram consideradas positivas para o isolamento viral e para a amplificação do DNA viral na técnica de PCR, enquanto apenas 15 das 20 incluídas em parafina foram consideradas positivas para o vírus. Os fragmentos de tecidos que apresentaram alterações histopatológicas permitiram suspeitar de infecção viral por BoHV-5, mas nos casos em que estas alteração não estão presentes testes mais sensíveis são necessários. / Meningoencephalitis occasioned by Bovine Herpesvirus type 5 (BoHV-5) has been described as localized in some regions inside Brazil, like Rio Grande do Sul State and, also characterized as an endemic encephalitis disorder. However, the often description of its occurrence in São Paulo end Mato Grosso has being notice. The aim of this work was to first characterize the histologic lesions obtained from bovine brains suspected of suffering of neurological disorders. For this purpose, 20 brains were collected from acute cases of the disease, naturally infected by BoHV-5, confirmed by virus isolation and PCR. The most observed lesions were described as being: inflammatory cells, specially infiltrated lymphocytes (80%), necrosis (20%), and less focal gliosis and hemorrhage, in spite of these lesions have been characterized as no-specific. Brains were divided into two halves, one kept fresh for virus isolation and PCR assay, targeting the glycoprotein C gene from BoHV-5 genome. The other half brain, corresponding to cortex region, was submitted to formalin fixation and embedded into paraffin blocks for total DNA isolation. The 20 fresh samples were confirmed, by virus isolation and PCR assay, as having the BoHV-5 virus, while 15 of 20 formalin-fixed, paraffin-embedded samples were considered positive for the same analysis. Finally, the gross lesions and microscopic damage of the brain structure were sufficient for the virus infection suspicion, however it is necessary the complementary techniques to confirm the diagnosis in most of the cases.
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Infecção por Leichmania chagasi em gatos provenientes de área endêmica para leishmaniose canina e humana

Peruca, Luciana Cristina Baldini [UNESP] 20 June 2011 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:34Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-06-20Bitstream added on 2014-06-13T20:59:48Z : No. of bitstreams: 1 peruca_lcb_me_botfmvz.pdf: 1341309 bytes, checksum: 988cf5c1ddb191b699cadf4e02ed4087 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A leishmaniose visceral é uma enfermidade de grande impacto na saúde pública e de importância mundial que acomete o homem, animais silvestres e domésticos, como cães e gatos. A transmissão ocorre pela picada de flebotomídeos do gênero Lutzomya. Objetivou-se pesquisar a ocorrência de Leishmania (L.) chagasi em gatos provenientes de área endêmica para leishmaniose canina e humana pela utilização dos métodos diagnósticos: Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI), hemocultura e Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) para Leishmania (L.) chagasi, comparar os resultados desses métodos quanto à especificidade e sensibilidade e realizar inquérito epidemiológico por meio de entrevista aos proprietários dos gatos avaliados. Foram colhidas amostras de sangue de 109 gatos provenientes de Birigui (SP), região endêmica para leishmaniose visceral canina e humana. Das 109 amostras de sangue, 52 (47,7%) foram positivas na hemocultura, três (2,7%) pela RIFI e 17 (15,6%) pela PCR. De acordo com os resultados encontrados, pode-se concluir que os gatos provenientes de áreas endêmicas para leishmaniose canina e humana são frequentemente expostos ao agente, podem se infectar, provavelmente desenvolver sintomatologia clínica e parasitemia. Faz-se também necessária a associação das técnicas sorológicas e moleculares para elevar a acuidade diagnóstica e, consequentemente, elucidar o verdadeiro papel do gato no ciclo epidemiológico da leishmaniose visceral / The visceral leishmaniasis is a disease of great impact in the public health and of world significance. It affects man, wild and domestic animals, such as dogs and cats. The transmission occurs by the sting of phlebotomine vectors of the Lutzomyia gender. This work was aimed to study the occurrence of Leishmania (L.) chagasi in cats from an endemic area for canine and man leishmaniasis using Indirect Immunofluorescence Reaction (IFA), hemoculture and Polymerase Chain Reaction (PCR) for Leishmania (L.) chagasi diagnostic methods, compare the results of these methods as for the specificity and sensibility, and make an epidemiologic search through a questionnaire answered by the owners of the cats assessed. Blood samples were collected from 109 cats from Birigui (SP), an endemic region for canine and man visceral leishmaniasis. From 109 blood samples, 52 (47,7%) were positive in hemocultures, three (2,7%) in the IFA and 17 (15,6%) in the PCR. According to the results found one can conclude that cats from endemic areas for canine and man leishmaniasis are frequently exposed to de agent, they can infect themselves, develop a clinical simptomatology and parasithemia. It is also required an association of serological and molecular techniques to increase the diagnostic accuracy and, consequently, elucidate the true role of a cat in the epidemiological cycle of the visceral leishmaniasis
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Perfil de marcadores sorolÃgicos, salivares e moleculares de Mycobacterium leprae entre contatos intradomiciliares de pacientes com hansenÃase. / Anti-PGL1 salivary IgA/IgM, serum IgG/IgM and nasal M. leprae DNA in individuals with household contact with leprosy

Paula Brito e Cabral 29 February 2012 (has links)
Os contatos de pacientes com hansenÃase à um grupo de alto risco de desenvolver a doenÃa, logo a precocidade no diagnÃstico à uma importante ferramenta para o controle da enfermidade. NÃs investigamos a presenÃa de DNA de Mycobacterium leprae, atravÃs da ReaÃÃo em Cadeia Polimerase (PCR), na mucosa nasal e anticorpos anti-PGL1 sÃricos, IgG/IgM, e salivares, IgA/IgM, por meio do ensaio imunoenzimÃtico ligado à fase sÃlida (ELISA), em contatos intradomiciliares de pacientes com hansenÃase (n=135) e seus casos Ãndices. O estudo foi realizado em duas cidades endÃmicas para a doenÃa no CearÃ, Crato e MaracanaÃ. Uma boa correlaÃÃo entre os isotipos IgA e IgM salivares e IgG sÃrico foi observada quando comparou-se os contatos intradomiciliares e seus casos Ãndices (p<0,01, p<0,005 e p<0.0001, respectivamente). Entretanto, essa relaÃÃo nÃo foi observada para IgM sÃrico anti-PGL1 (p>0,05). Observou-se alta frequÃncia de IgM sÃrico anti-PGL1 no grupo de contatos negativos para IgG sÃrico anti-PGL1 (71/121, 58,6%). Dentre os contatos positivos para IgG sÃrico anti-PGL1, o nÃvel de anticorpos sÃricos IgM anti-PGL1 positivos tambÃm foi alto (10/14, 71,4%). Em relaÃÃo aos anticorpos salivares, contatos de pacientes com a forma clÃnica PB mostraram boa correlaÃÃo entre IgA e IgM (r = 0.54, p <0.0001); o mesmo foi verificado em contatos de pacientes com a forma clÃnica MB (r = 0.61, p <0.0001). Foi observado que dos contatos positivos para os anticorpos salivares anti-PGL1, 53,3% obtiveram nÃveis de anticorpos sÃricos negativos. Por outro lado, dos contatos que foram negativos para os anticorpos salivares, 71,1% obtiveram nÃveis de anticorpos sÃricos positivos. O DNA de Mycobacterium leprae foi encontrado em swabs nasais de 9 contatos de pacientes portadores da forma clÃnica MB da hansenÃase (10,6%) e em 3 contatos de pacientes portadores da forma clÃnica PB (6.0%). NÃs concluÃmos que anÃlises quantitativas de anticorpos sÃricos e salivares anti-PGL1 em contatos de pacientes com hansenÃase sÃo necessÃrias para montar estratÃgias de levantamento de infecÃÃes subclÃnicas da hansenÃase, a fim de prevenir o desenvolvimento da doenÃa. / Leprosy household contacts are group at high risk of developing the disease. We investigated the presence M. leprae DNA in nasal mucosa and anti-PGL1 serum IgG/IgM and salivary IgA/IgM antibodies from leprosy household contacts (n=135) in two endemic regions, Ceara, Brazil. Good correlation between serum IgM and IgG isotypes was observed both in MB and in PB leprosy household contacts (r = 0.39, p <0.0001). However, their levels were much different (p <0.0001). Among the contacts positive for serum IgM, 74 (87%) were found to be negative for serum IgG. In respect to the salivary antibodies, PB leprosy household contacts showed correlation between IgA and IgM (r = 0.60, p <0.0001); the same was observed in MB leprosy contacts (r = 0.77, p <0.0001). It was observed that in 75.3% of the leprosy household contacts who were positive to serum anti-PGL1, their salivary antibodies were negative. On the other hand, 50% of the leprosy household contact who were negative to serum anti-PGL1 antibodies, their salivary antibodies were positive. M. leprae DNA was found in nasal swab in 9 MB household leprosy contacts (10.6%) and in 3 PB leprosy contacts (6.0%). We concluded that quantitative analysis of serum and salivary anti-PGL1 in leprosy contacts is necessary for mounting strategies to survey subclinical leprosy infections in order to prevent development of the disease.
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Perfil de marcadores sorolÃgicos, salivares e moleculares de Mycobacterium leprae entre contatos intradomiciliares de pacientes com hansenÃase / PROFILE of serological markers, SALIVARY AND MOLECULAR Mycobacterium leprae household contacts BETWEEN PATIENTS WITH HANSENÃASE

Paula Brito e Cabral 29 February 2012 (has links)
Leprosy household contacts are group at high risk of developing the disease. We investigated the presence M. leprae DNA in nasal mucosa and anti-PGL1 serum IgG/IgM and salivary IgA/IgM antibodies from leprosy household contacts (n=135) in two endemic regions, Ceara, Brazil. Good correlation between serum IgM and IgG isotypes was observed both in MB and in PB leprosy household contacts (r = 0.39, p <0.0001). However, their levels were much different (p <0.0001). Among the contacts positive for serum IgM, 74 (87%) were found to be negative for serum IgG. In respect to the salivary antibodies, PB leprosy household contacts showed correlation between IgA and IgM (r = 0.60, p <0.0001); the same was observed in MB leprosy contacts (r = 0.77, p <0.0001). It was observed that in 75.3% of the leprosy household contacts who were positive to serum anti-PGL1, their salivary antibodies were negative. On the other hand, 50% of the leprosy household contact who were negative to serum anti-PGL1 antibodies, their salivary antibodies were positive. M. leprae DNA was found in nasal swab in 9 MB household leprosy contacts (10.6%) and in 3 PB leprosy contacts (6.0%). We concluded that quantitative analysis of serum and salivary anti-PGL1 in leprosy contacts is necessary for mounting strategies to survey subclinical leprosy infections in order to prevent development of the disease / Os contatos de pacientes com hansenÃase à um grupo de alto risco de desenvolver a doenÃa, logo a precocidade no diagnÃstico à uma importante ferramenta para o controle da enfermidade. NÃs investigamos a presenÃa de DNA de Mycobacterium leprae, atravÃs da ReaÃÃo em Cadeia Polimerase (PCR), na mucosa nasal e anticorpos anti-PGL1 sÃricos, IgG/IgM, e salivares, IgA/IgM, por meio do ensaio imunoenzimÃtico ligado à fase sÃlida (ELISA), em contatos intradomiciliares de pacientes com hansenÃase (n=135) e seus casos Ãndices. O estudo foi realizado em duas cidades endÃmicas para a doenÃa no CearÃ, Crato e MaracanaÃ. Uma boa correlaÃÃo entre os isotipos IgA e IgM salivares e IgG sÃrico foi observada quando comparou-se os contatos intradomiciliares e seus casos Ãndices (p<0,01, p<0,005 e p<0.0001, respectivamente). Entretanto, essa relaÃÃo nÃo foi observada para IgM sÃrico anti-PGL1 (p>0,05). Observou-se alta frequÃncia de IgM sÃrico anti-PGL1 no grupo de contatos negativos para IgG sÃrico anti-PGL1 (71/121, 58,6%). Dentre os contatos positivos para IgG sÃrico anti-PGL1, o nÃvel de anticorpos sÃricos IgM anti-PGL1 tambÃm foi alto (10/14, 71,4%). Em relaÃÃo aos anticorpos salivares, contatos de pacientes com a forma clÃnica PB mostraram boa correlaÃÃo entre IgA e IgM (r = 0.54, p <0.0001); o mesmo foi verificado em contatos de pacientes com a forma clÃnica MB (r = 0.61, p <0.0001). Foi observado que dos contatos positivos para os anticorpos salivares anti-PGL1, 53,3% obtiveram nÃveis de anticorpos sÃricos negativos. Por outro lado, dos contatos que foram negativos para os anticorpos salivares, 71,1% obtiveram nÃveis de anticorpos sÃricos positivos. O DNA de Mycobacterium leprae foi encontrado em swabs nasais de 9 contatos de pacientes portadores da forma clÃnica MB da hansenÃase (10,6%) e em 3 contatos de pacientes portadores da forma clÃnica PB (6.0%). NÃs concluÃmos que anÃlises quantitativas de anticorpos sÃricos e salivares anti-PGL1 em contatos de pacientes com hansenÃase sÃo necessÃrias para montar estratÃgias de levantamento de infecÃÃes subclÃnicas da hansenÃase, a fim de prevenir o desenvolvimento da doenÃa
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Avaliação clinica e microbiologica da remoção temporaria do arco no restabelicemnto da saude bucal em pacientes com aparelho fixo ortodontico e com gengivite cronica / Clinical and microbiological evaluation of the impact of temporary arch removal in the periodontal condition of patients with fixed orthondic appliances

Sallum, Emerson Jose 27 July 2006 (has links)
Orientador: Darcy Flavio Nouer / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-07T04:22:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sallum_EmersonJose_D.pdf: 1799614 bytes, checksum: 33e82e1c7bcafdf889fb91b575317f81 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: O objetivo deste trabalho foi avaliar, em pacientes portadores de aparelhos ortodônticos fixos e gengivite crônica, o impacto da remoção do arco ortodôntico no restabelecimento da saúde bucal. Foram incluídos 16 pacientes com aparelho ortodôntico em tratamento na Clinica de Pós-Graduação de Ortodontia da FOP-UNICAMP. Todos os indivíduos selecionados foram avaliados inicialmente e 15 dias após a remoção do arco para os seguintes parâmetros clínicos e microbiológicos: índice de placa dental - (IP); índice de sangramento à sondagem - (ISS); profundidade de sondagem -(PS); medição dos compostos sulfurados voláteis (CSV's) através do uso do monitor portátil de sulfetos (HALlMETER@) e teste microbiológico - (PCR) para detectar a presença de patógenos periodontais. (Actinobacillus actinomycetemcomitans, Tannerella forsythus, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia e Prevotella nigrescens). Após os exames iniciais, os arcos de todos os pacientes foram removidos e os mesmos foram orientados a manter seus hábitos de higienização oral por um período de 15 dias. Após este período, os parâmetros clínicos e microoiológicos foram novamente avaliados. Observou-se uma redução significante no sangramento à sondagem, índice de placa, profundidade de sondagem e níveis de CSV's. A avaliação microbiológica revelou redução significante nos níveis de Tannerella forsyfhus (Tf). Quanto aos demais patógenos avaliados, não foram observadas diferenças significantes. Dentro dos limites desta pesquisa, pode-se concluir que a remoção do arco e a manutenção do regime rotineiro de higienização do paciente promovem melhora significativa na condição clínica gengival, entretanto, com excessão da Tf, não altera significativamente a presença dos patógenos avaliados / Abstract: The goal of the present study was to evaluate the impact on the periodontal health of the removal of the orthodontic arch in patients under orthodontic treatment and showing, generalized gingivitis. Sixteen orthodontic patients of the Gradwate Clinic of Orthodontics of, the School of Dentistry at Piracicaba (FOP-UNICAMP) were included' in the study. Ali patients were examined at baseline and after 1i5 days for the following clinical and microbiological parameters: Plaque index (IP); bleeding on probing (ISS); probing pocket depth -(PS); levei of volatile sulfur compounds (CSV's) using the portable sulfur monitor (HALlMETER@) and microbiological test - (PCR) to detect the presence of periodontal pathogens (Actinobacillus actinomycetemcomitans, . Tannerella forsythus, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermédia e Prevotella nigrescens). After the initial exam, the orthodontic archs of ali the patients were removed and they were instructed to mantain their routine oral hygiene habits for a period of 15 days. After this period, all the clinical and microbiological parameters were again obtained. A significant reduction was observed in the bleeding on probing, plaque index, probing pocket depth and levels of volatile sulfur compounds. The microbiological analysis revealed a significant reduction on the levels of Tannerella forsythus (Tf). However, no statistically significant differences were observed on the levels of the remaining valuated pathogens. Within the limits of the present study, it can be concluded that the removal of the orthodontic arch and the maintenance of the routine oral hygienic habits may improve gingival health. However, with the exception of Tf, they do not significantly alter the presence of the remaining periodontal pathogens evaluated. / Doutorado / Ortodontia / Doutor em Radiologia Odontológica
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Estudos dos efeitos da radiação gama e de aceleradores de elétrons na detecção de grãos de milho (Zea mays) geneticamente modificado

CREDE, RICARDO G. 09 October 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2014-10-09T12:51:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T13:56:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 11252.pdf: 6025397 bytes, checksum: 922a7a46ef469bfb01cf33facd40b567 (MD5) / Dissertacao (Mestrado) / IPEN/D / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN/CNEN-SP
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Avaliação da influencia que o cemento dental pode exercer sobre a modulação genica durante o processo de regeneração periodontal : estudo em humanos / Effect of dental cementum on genes modulate during periodontal regeneration. Study in humans

Lima, Liana Linhares 14 February 2007 (has links)
Orientadores: Francisco Humberto Nociti Junior, Sergio de Toledo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-08T05:32:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lima_LianaLinhares_M.pdf: 591464 bytes, checksum: 174e47dd96e7f54c8edb9ecb8e830129 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: O objetivo do presente estudo foi caracterizar o perfil de expressão gênica do tecido de granulação formado em defeitos infraósseos tratados pelo princípio da RTG, na presença ou não de cemento dental. Para isto, foram selecionados 30 pacientes portadores de periodontite crônica e com pelo menos um dente apresentando defeito do tipo vertical sem envolvimento endodôntico e indicado para extração. Os pacientes foram divididos em dois grupos experimentais de acordo com seu histórico de terapia periodontal prévia ou não: Controle: remoção do tecido de granulação e uma cuidadosa raspagem e alisamento radicular, utilizando curetas e brocas, objetivando a completa remoção dos depósitos duros e moles e do cemento radicular e Teste: a remoção do tecido de granulação, destacamento de cálculos grosseiros e descontaminação radicular com micro escovas e soro fisiológico objetivando a preservação do cemento radicular. Em ambos os grupos, os defeitos foram tratados com o princípio da Regeneração Tecidual Guiada (Goretex®), os retalhos foram posicionados coronariamente e suturados. Após 21 dias, o tecido formado sob a membrana foi coletado e armazenado para extração do RNA total e análise por meio do PCR quantitativo (PCRq), o dente foi extraído e avaliado histológicamente. Os resultados obtidos foram submetidos ao teste t de Student com nível de significância de 0,05 e foram agrupados de acordo com a função de cada gene: genes relacionados ao processo de formação óssea/cementária - fosfatase alcalina, osteopontina, ¿receptor activator of NF-kß ligand¿ (RANKL) e osteoprotegerina não apresentaram diferença estatística entre os grupos controle e teste. Porém quando avaliados os níveis de mRNA de osteocalcina (OCN) (3,84±1,01 e 1,83±0,57; p=0,001), colágeno I (3,98±1,07 e 2,85±0,99; p=0,024), colágeno III (2,59±0,99 e 1,39±0,76; p=0,008), fator de crescimento derivado de plaquetas (PDGF-1) (1,78±0,45 e 2,53±0,40; p=0,001) fator de crescimento de fibroblasto (bFGF) (7,07±1,20 e 9,77±2,35;p=0,005) e sialoproteína óssea (BSP) (16,43±3,93 e 23,34±3,19; p=0,001) foi encontrada uma diferença estatística entre os grupos. Genes relacionados à inflamação: interleucina 1ß(IL-1ß) e interleucina 6 (IL-6) observou-se que não houve diferença estatística entre os grupos, porém para IL-4 (14,89±4,14 e 24,01±7,00; p=0,002) houve uma maior expressão deste gene no grupo teste. Quanto aos genes relacionados à degradação da matriz: para a MMP-2 houve uma diferença estatística no nível de mRNA entre os grupos (1,72±0,18 e 1,27±0,27; p=0,001), enquanto que para a MMP-9 não foi encontrada nenhuma diferença estatística. Dentro dos limites do presente estudo, pode-se concluir que o cemento dental pode modular o processo de regeneração periodontal regulando a expressão dos genes PDGF-1, bFGF, BSP , IL-4 ,OCN , Col I e Col III / Abstract: The aim of the present study was to evaluate the influence of the dental cementum on gene expression during periodontal regeneration. Thirty patients were selected presenting chronic periodontal disease and with at least one tooth presenting vertical bone defect without endodontic involvement and referred to extraction. The patients were divided into two groups according to history or not of periodontal therapy: Control: Scaling and root planning was made by means of hand androtators instruments in order to remove soft and hard deposits as well as all root cementum; Test: Removal of only soft microbial deposits and cleaning of the root surface with micro brush was performed with the aim to preserve maximum root cementum. Both groups were treated with guided tissue regeneration (GTR), with non reasonable membranes (Goretex®) covering the buccal and lingual aspects of the defect and the flaps were coronally positioned and sutured. After 21 days, the tissue formed under the membrane was collected and stored for polymerase chain reaction (PCR) analysis; the tooth was extracted and submitted to histological evaluation. Data analysis did not show any statistical difference between the two experimental groups and the following genes expression: alkaline phosphatase, osteopontin (OPN), "receptor activator of NF-kß ligand¿ (RANKL), osteoprotegerin (OPG), interleukin 1 (IL-1ß), interleukin 6 (IL-6) and matrix metalloproteinase 9 (MMP-9). On the other hand, the presence of dental cementum significantly affected the following genes: osteocalcin (OCN) (3.84±1.01 and 1.83±0.57; p=0.001), type I collagen (3.98±1.07 and 2.85±0.99; p=0.024), type III collagen (0.55±0.15 and 0.45±0.13;p=0.008), platelet - derived growth factor (PDGF) (1.78±0.45 and 2.53±0.40;p=0.001), matrix metalloproteinase 2 (MMP-2) (1.72±0.18 e 1.27±0.27; p=0.001) and interleukin 4 (IL-4) (14.89±4.14 e 24.01±7.00; p=0.002). Therefore, within the limits of this study, it can be concluded that dental cementum can modulate periodontal regeneration / Mestrado / Periodontia / Doutor em Clínica Odontológica
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The development of a SCAR marker for the identification of the potato cultivars Astrid and Mnandi

Jansen van Rensburg, Willem Sternberg 13 August 2012 (has links)
M.Sc. / Mnandi and Astrid are two commercially important potato cultivars in South Africa. These two cultivars are closely related and are morphological virtually identical. It is, however, necessary to be able to distinguish between these two cultivars, because each of these cultivars has certain desirable characteristics. It was decided to use DNA markers, since DNA markers are not influenced by the environment and the polymerase chain reaction (PCR) based DNA markers are relatively easy, cheap and fast. It was decided to develop a sequenced characterized amplified region (SCAR) due to the problems with the reproducibility of random amplified polymorphic DNA (RAPDs). SCARs are derived from RAPD fragments by using the sequence of a RAPD derived fragment to design a set of new longer primers (usually 20-24mer) which are less sensitive to PCR conditions. Ten commercial potato cultivars (Astrid, Mnandi. BP,, Buffelspoort, VanderPlank, Up-to-Date, Hoevelder, Hertha, Pimpernel and Agria) were used in this study. Commercially available RAPD primers (102) were evaluated to seek a polymorphism unique to either Mnandi or Astrid. Thirtyseven polymorphisms between Astrid and Mnandi were identified but only three were unique. The polymorphism obtained with OPH-15 was however, not reproducible. The polymorphisms obtained with UBC 509 and 582, corresponding to the presence in Mnandi of a 300 and 900 by fragment respectively, were reproducible. These two fragments, UBC 509 3" and UBC 582900, were cloned into the pMosBlue TA cloning vector and sequenced. The identity if the inserts in the recombinant plasmids were verified with PCR and Southern blotting. The sequences were used to develop two sets of SCAR primers, SCAR UBC 509 3" and SCAR UBC 582900 . The two SCAR primer pairs were then used in PCR reactions. The SCAR UBC 509 300 primer pair amplified a fragment of 230 by in both Astrid and Mnandi and a fragment of 260 by in Mnandi. The polymorphism is thus retained and SCAR UBC 509 3" can be used to distinguish between Astrid and Mnandi. The SCAR UBC 582' primer pair amplify a fragment of 500 by in both Astrid and Mnandi as well as some other longer fragments. It was not possible to regain a polymorphism by either elevating the annealing temperature or by digesting the amplification products with restriction enzymes. SCAR UBC 582' could thus not be used to distinguish between Astrid and Mnandi.

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