Made available in DSpace on 2014-10-09T12:49:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T14:02:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / O presente trabalho teve como objetivos verificar os efeitos da radiação gama em grãos de milho contaminados artificialmente com Aspergillus flavus Link produtor de aflatoxinas; demonstrar a aplicação da técnica da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) no diagnóstico de A. flavus, bem como verificar o efeito da radiação no perfil das bandas de DNA. Vinte amostras de grãos de milho com 200 g cada foram irradiadas individualmente com 20 kGy, para eliminar a contaminação microbiana. Em seguida, as amostras foram inoculadas com A. flavus toxigênico (1 x 106 esporos / ml), incubadas por 15 dias a 25 °C em ambiente com umidade relativa ao redor de 97,5% e irradiadas com 0; 2; 5 e 10 kGy. As amostras, 5 para cada dose de irradiação, foram analisadas individualmente quanto ao número de células fúngicas, atividade de água, teste de viabilidade (diacetato de fluoresceína e brometo de etídio), PCR e detecção de aflatoxinas (AFB). Os resultados demonstraram que as doses utilizadas foram efetivas na redução do número de Unidades Formadoras de Colônias (UFC/g), principalmente as doses de 5 e 10 kGy. Em adição, o teste de viabilidade mostrou uma diminuição de células viáveis com o aumento das doses de irradiação. A redução de AFB1 e AFB2 foi mais eficiente com o emprego de 2 kGy, comparativamente à dose de 5 kGy, enquanto a dose de 10 kGy degradou totalmente as aflatoxinas. Além disso, observou-se que AFB2 apresentou-se mais radiosensível. O emprego da técnica de PCR revelou a presença de bandas de DNA em todas as amostras. / Dissertacao (Mestrado) / IPEN/D / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN/CNEN-SP

Orientador: Sandra Cecilia Botelho Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-13T01:22:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Kitamura_TatianePedroso_M.pdf: 3832022 bytes, checksum: 173dd22fe017d7e26abc70190145ad5f (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: A Aids é causada pelo Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1 (HIV-1). A infecção por este vírus tem diminuído significativamente entre a população pediátrica nos últimos anos, devido à atenção especial do Governo Brasileiro a pacientes infectados pelo HIV-1, entre eles as gestantes. A transmissão perinatal do HIV-1 pode ocorrer durante a gestação, na hora do parto ou após o parto, através do aleitamento materno. O diagnóstico da infecção pelo HIV-1 em adultos e em crianças com idade superior a 18 meses é usualmente estabelecido por ensaios sorológicos que identificam anticorpos específicos contra o HIV-1. Entretanto, o recém - nato adquire os anticorpos maternos da classe IgG, durante a gestação, o que pode levar a um diagnóstico falso-positivo nessa criança. O Ministério da Saúde no Brasil recomenda que o diagnóstico em crianças com idade inferior a 18 meses, seja feito através de técnicas de biologia molecular, pois estes detectam partículas virais e não os anticorpos contra o HIV-1. Um teste bastante eficiente é a reação em cadeia da polimerase (PCR), por ser um método de diagnóstico precoce, rápido, sensível, e que pode ter sua sensibilidade e especificidade elevada ainda mais com a realização de uma segunda reação de amplificação ("Nested-PCR"). A PCR detecta fragmentos - alvo do genoma viral, porém, para que as realizações das amplificações sejam satisfatórias, é necessária uma quantidade de sangue considerada de grande volume para recém - natos. Com base na necessidade de um diagnóstico precoce do HIV-1 e de uma melhor qualidade da amostra em pequenos volumes sangüíneos, este projeto teve como objetivo principal, a padronização da técnica de extração do DNA através de amostras sangüíneas colhidas em papel filtro, com utilização do kit FTA Cards (Life Technologies). Para confirmação da eficácia do método proposto foi realizada a técnica da "Nested-PCR", já previamente padronizada no laboratório onde foi desenvolvida a pesquisa, a partir de sangue periférico colhido com EDTA. Para a realização da PCR e "Nested-PCR" foram utilizados quatro pares de "primers" externos (PCR) e internos ("Nested-PCR") para genes que flanqueiam regiões conservadas do HIV-1 (gene gag, gene pol e duas regiões do gene env). Foram analisados 71 pacientes, sendo: 43 crianças com suspeita de infecção perinatal pelo HIV-1, 11 crianças e 14 adultos soropositivos (para controle positivo da reação) e 03 crianças negativas para infecção pelo HIV-1 (controle negativo da reação). Os resultados obtidos mostraram concordância entre os dois métodos de extração estudados, confirmando dados da literatura, onde há a afirmação de que a extração de DNA colhido em papel filtro é uma técnica que pode ser aplicada com sucesso para a realização da "Nested-PCR" em diagnóstico de crianças com suspeita de infecção perinatal pelo HIV-1 / Abstract: AIDS is caused by the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1). The infection by this virus in significantly falling between pediatric patients in the last years, mainly because the special interest of the Brazilian Government to the HIV-1 infected patients, especially the pregnant woman. The perinatal HIV-1 transmission may occur during the pregnancy, at the time of the birth, or after the birth during breast feeding. The diagnosis of HIV-1 infection in adults and children older than 18 months is usually defined by serological assays, which identify specific antibodies against HIV-1. However, the newborn acquire the IgG maternal antibodies during the pregnancy, which can result in a false positive diagnosis. The Brazilian Department of Health suggests that the diagnosis in patients younger than 18 months old could be defined with molecular biology, because these tests usually detects viral particles and not the HIV-1 antibodies. A very efficient test, the polimerase chain reaction (PCR), can define the diagnosis precocious, quick and sensible, and, in addiction, the performance of a second amplification reaction ('Nested-PCR") may elevate the sensibility and specificity of this test. The PCR detects fragments of the viral genoma, however, to obtain satisfactory amplifications, it is necessary a large volume of blood of the newborn. Based on the necessity of precocious diagnosis of HIV-1 and better quality of small blood volume sample, this project aim to standardize the technique of DNA extraction of blood sample obtained with filter paper, with the utilization of FTA Card kits (Life Technologies). To confirm the accuracy of this proposed method, it was applied the "Nested-PCR" technique, previously standardized in our laboratory, based on peripheral blood obtained with EDTA. To perform the PCR and "Nested-PCR", there were utilized four pairs of external (PCR) and internal ("Nested-PCR") primers to genes which flank conserved regions of HIV-1 (gag gene, pol gene and two regions of the env gene). There were studied 71 patients: 43 children with suspicious HIV-1 perinatal infection, 11 children and 14 adults, who were HIV-1 seropositive, and three children HIV-1 negative (control group). The results showed concordance between the two extraction methods studied, corroborating with the literature, which affirms that the DNA extraction obtained with filter paper is a technique that could be applied with success to perform "Nested-PCR" to the diagnosis of children with suspicious HIV-1 perinatal infection / Mestrado / Mestre em Farmacologia

Orientador: Ana Paula de Souza Pardo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-14T23:49:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_NailaFrancisPaulode_D.pdf: 4618139 bytes, checksum: 5b6009780de9c20dba293517d2d3eb6c (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: A doença periodontal crônica é caracterizada pela inflamação e destruição dos tecidos periodontais, podendo levar à perda dos dentes. Está claro que a periodontite é influenciada pela genética do hospedeiro, constituição do biofilme bucal e o hábito de fumar. Sabe-se que a interleucina 8 (IL-8) é a principal molécula atrativa de neutrófilos. Essas células são as primeiras a chegar aos locais inflamados e além de realizar fagocitose, participam também da destruição do tecido periodontal. Sabe-se também que os patógenos que causam a periodontite são reconhecidos por proteínas receptoras de membrana denominadas receptores Toll-like (TLR), que uma vez acionados iniciam a resposta imune inata. IL8 e TLRs são expressos constitutivamente por células bucais e estão superexpressos na periodontite. Em particular, a IL-8 está ainda aumentada em indivíduos com periodontite crônica fumantes. A expressão gênica é controlada por diferentes mecanismos, incluindo a metilação de DNA. A metilação em dinucleotídeos CpG presentes em promotores de genes inibe a expressão do gene, podendo silenciar por completo a expressão gênica. Assim, o objetivo deste estudo foi analisar o padrão de metilação no DNA nas regiões promotoras dos genes IL8, TLR2 e TLR4 em células bucais e sanguíneas de indivíduos com periodontite crônica fumantes e não fumantes. Também, analisar os níveis de transcritos destes genes quando encontrado diferença no padrão de metilação entre os grupos, a fim de associar o padrão de metilação com a transcrição gênica. Amostras de DNA foram purificadas de células da mucosa bucal, de tecido gengival e tecido sanguíneo de indivíduos saudáveis e com periodontite crônica fumantes e não fumantes. A metilação no gene IL8 foi investigada pela transformação com bissulfito de sódio seguida pela técnica de PCR Específica para Metilação. A análise de metilação nos genes TLR2 e TLR4 foi realizada utilizando o método de Digestão Enzimática Sensível à Metilação. Após o tratamento pelo bissulfito de sódio (IL8) ou digestão enzimática (TLRs), DNA foi amplificado por PCR, submetido à eletroforese em gel de poliacrilamida 10% corado pelo SYBR Gold. Os níveis de transcritos foram analisados utilizando PCR Quantitativo. A análise estatística foi realizada pelo teste de x2 e Kruskal-Wallis para metilação e expressão gênica, respectivamente. A correlação entre metilação versus expressão foi realizada a partir do teste de coeficiente não linear de Spearman. Os resultados indicam que para células epiteliais da mucosa bucal, a frequência de desmetilação no gene da IL8 é maior no grupo periodontite crônica, independente do hábito de fumar, em comparação ao grupo saudável (p<0,0001). Não foram detectadas diferenças no padrão de metilação no tecido gengival e sanguíneo entre os grupos. Foram encontrados maiores níveis de transcritos de IL-8 no grupo periodontite em comparação ao grupo saudável (p=0,007), entretanto, não há relação entre o padrão de metilação e expressão gênica (p>0,05). Para o gene TLR2, não foram detectadas diferenças no padrão de metilação entre os grupos em nenhum tecido estudado (p>0,05). Para o gene TLR4, foi encontrada massiva desmetilação na mucosa bucal e para tecido gengival a desmetilação foi ainda maior, principalmente dentro do grupo periodontite (p=0,03). / Abstract: Chronic periodontal disease is characterized by inflammation and destruction of periodontal tissues, culminating in teeth loss. It is clear that periodontitis is influenced by host genetic, biofilm, and smoking habit. There are some important molecules involved on the pathogenesis of periodontitis. Interleukin (IL-8) is responsible for inducing chemotaxis, which is the directed migration of neutrophil to a site of inflammation. Neutrophil contributes to the elimination of the infecting bacteria and tissue destruction. Infecting bacteria are recognized by transmembrane receptors called Toll-like receptors (TLR), which recognized molecular pattern of microorganisms. The recognition of a variety of microorganisms components by individual TLRs induces innate immune responses. IL8 and TLRs are constitutively expressed by buccal cells and they are upregulated during periodontitis. Genetic transcription is regulated by different pathways, including DNA methylation. Methylation in CpG dinucleotides of gene promoters downregulates the levels of transcription and may even silence the gene transcription completely. So, the objective of this study was to analyze the pattern of DNA methylation in the promoter region of IL8, TLR2 and TLR4 genes in oral cells and blood tissue from healthy subjects and subjects with chronic periodontitis smokers and non-smokers. We also investigated the levels of mRNA expressed when different methylation status were found amoung groups. DNA samples were purified from buccal mucosa, gingival tissue and blood tissue of healthy subjects and subjects with chronic periodontitis smokers and non-smokers. Methylation of IL8 gene was investigated using sodium bisulphite modification followed by Methylation Specific PCR. Methylation analysis of TLRs genes were performed using Specific Methylation-Sensitive Restriction Enzymes. After sodium bisulphate modification (IL8) or enzymatic digestion (TLR2 and TLR4), DNA was amplified by PCR and the results were visualized after electrophoresis on 10% polyacrylamide gels stained by SYBR Gold. Levels of mRNA were analised using Real Time PCR. The statistical analysis was performed using the test of x2 and Kruskal-Wallis test for methylation status and gene expression, respectively. The correlation among methylation status versus gene expression was performed using no linear coefficient test of Spearman. The results indicate that frequency of IL8 gene demethylation is higher in individuals with chronic periodontitis, independent of smoking habit, than healthy group (p<0.0001). Differences were not detected in the methylation status in gingival tissue and blood tissue among the groups. Higher levels of IL-8 mRNA are expressed in periodontitis group than healthy group (p=0.007), however, we did not observe a relationship between IL8 gene methylation and gene expression. No significant difference was observed for TLR2 gene promoter among groups in all studied tissues (p>0.05). TLR4 gene promoter showed massive demethylation in oral mucosa and for gingival tissue it was even higher, mainly in periodontitis group (p=0.03). / Doutorado / Histologia e Embriologia / Doutor em Biologia Buco-Dental

Orientador: Sandra Cecilia Botelho Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-10T19:48:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sampaio_AnaMaria_M.pdf: 6064318 bytes, checksum: 48e117e585e9ab62265d2b877c289d84 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: O Herpesvirus Humano 5 (HHV-5), Herpesvirus Humano 6 (HHV-6) e o Herpesvírus Humano 7 (HHV-7), são vírus universais pertencentes à subfamília betaherpesvirinae, e apresentam alta prevalência na população brasileira. Em adultos saudáveis, após infecção primária, esses vírus permanecem latentes, podendo ser reativados em um período de imunossupressão, como acontece em pacientes submetidos a transplantes, o que pode causar complicações graves, que vão desde rejeição de enxertos ao óbito. Esse estudo visou a monitorização da co-infecção pelo HHV-5, HHV-6 e HHV-7 em pacientes submetidos a transplante hepático no Hospital das Clínicas da UNICAMP e a correlação dos dados obtidos com o impacto clínico nesse grupo de pacientes para compreender melhor os aspectos que envolvem a infecção ativa pelo HHV-5, HHV-6, HHV-7 e suas inter-relações, utilizando técnicas laboratoriais que fazem diagnóstico precoce de infecção ativa, avaliação da terapia antiviral específica e prevenção da doença causada por esses vírus. Foram monitorizados 53 pacientes transplantados hepáticos através de testes de antigenemia e NESTED-PCR (N-PCR) em sangue periférico para a detecção do HHV-5, NESTED-PCR em sangue periférico para a detecção do HHV-6, NESTED-PCR em soro para detecção do HHV-7, que foram realizadas no pré-operatório e periodicamente no pós-operatório. Com essa metodologia 33/53 (62,3%) dos pacientes apresentaram infecção ativa por HHV-5, 21/53 (39,6%) por HHV-6 e 23/53 (43,4%) por HHV-7. A co-infecção ocorreu em 8/53 (15,1%) para HHV-5/HHV-6, e 5/53 (9,4%) para HHV-5/HHV-7, 2/53 (3,8%) por HHV-6/HHV-7, e 1/5 (1,9%) pelos três vírus estudados (HHV-5/HHV-6/HHV-7). Apresentaram infecções oportunistas 31/53 (58,5%) dos pacientes estudados, e destes 21/31 (39,6%) tiveram infecção ativa isoladamente por HHV-5, 14/31 (26,4%) tiveram infecção ativa isoladamente por HHV-6, e 11/31 (20,8%) tiveram infecção ativa isoladamente por HHV-7. Os resultados obtidos e os inúmeros estudos sobre o impacto clínico da detecção e tratamento desses betaherpsvírus em pacientes transplantados hepáticos mostram a importância de estudarmos sua prevalência, métodos diagnósticos e seu impacto clínico em nosso meio / Abstract: The human herpesvirus 5, human herpesvirus 6 e human herpesvirus 7 to the ß-herpesvirus subfamily of the Herpesviridae family. They show a hight prevalence in the population. Many times the infection remains assintomatic in healthy adults and can be reactivated from immunosuppression period especially after organ transplantation, as it happens to patients that underwent an organ transplantation, though it can cause several complication that are since allograft rejection to mortality. This study shows the monitoring of concurrent infection by HHV-5, HHV-6 and HHV-7 in patients that had been undergone to liver transplantation and the results among them with the clinic impact in this infection by HHV-5, HHV-6 and HHV-7 and its concurrent, using lab tecnique that present an early diagnostic of the active infection, management of specific therapy antiviral and prevention of the deseases caused by these virus. Fifty three patients posttranplanted were assisted though antigenemia and nested-pcr tests in peripheral blood to detection of HHV-5, and N-pcr in peripheral blood to detection of HHV-6 and N-pcr in serum to detection of HHV-7 that were done during before transplantation and always in the posttransplantation in these patients and its medical record analysis. The antigenemia to the HHV-6 and HHV-7 was (standard) for the first part of the test and the part is in the standard time. With this methodological, 62,3% of the patients showed active infection by HHV-5, 39,6% by HHV-6 and 43,4% by HHV-7, 15,1% of the patients, showed ( co-infection) HHV-5 and HHV-6, 9,4% by HHV-5/HHV-7, 3,8% by HHV-6/HHV-7 and 1,9% by three virus (HHV-5/HHV-6/HHV-7). 58,5% of the patients studied showed opportunistics infections, and 39,6% showed isoled active infection by HHV-5, (26,4%) showed isoled active infection by HHV-6 and (20,8%) showed isoled active infection by HHV-7. (58,5%) showed oportunites infection , 29% showed any kind of allograft rejection, 44,4% showed active infection by HHV-5, 44,4% showed active infection by HHV-6 and 33,3% by HHV-7. Human herpesvírus (HHV) 6 and 7 are novel members of the ß-herpesvirus family that maintain latency in the human host after primary infection. Reactivation from latency and/or increased degree of viral replication occurs during periods of immune dysfunction. The clinical effect of HHV-6 and HHV-7 reactivation in recipients of liver transplats is now being reconized. A gronving body of evidence suggests that the more important effect of HHV-6 and HHV-7 reactivation on the outcomes of liver transplantation may be mediated indirectly by their interactions with the other ß-herpesvirus - cytomegalovirus (HHV-5) we conducted a prospective study in fifthy three liver transplant patients to detect active infection by HHV-5, 6 and 7, using Nested PCR and antigenemia tests. Active infection with HHV-5 was detected in 62,3% by HHV-6 in 39,6% and 43,4% by HHV-7. Co- infection by HHV-5/HHV-6 occured in 15,1% of the patients, by HHV-5/HHV-7 in 9,4%, by HHV-6/HHV-7 in 3,8% and by HV-5/HHV-6/HHV-7 in 1,9%. Fivety eigth percent of the patients studied showed opportunistics infections, of this 39,6% had isolated active infection by HHV-5, 26,4% isolated active infection by HHV-6 and 20,8% isolated active infection by HHV-7. In conclusion, HHV-5, HHV-6 and HHV-7 active infection, are frequent in liver transplant patients and early diagnose to prevent clinical impact are necessary / Mestrado / Mestre em Farmacologia

Orientador: Valeria Maia de Oliveira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-10T21:04:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Crespim_Elaine_M.pdf: 1613061 bytes, checksum: 0510cf7cad319e1cd26f150b983f83bd (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A abordagem tradicional empregada em estudos de Microbiologia Ambiental, baseada em métodos de isolamento seletivo e cultivo de microrganismos em laboratório, embora seja útil para a determinação do potencial fisiológico dos organismos isolados, é inadequada para a realização de uma caracterização abrangente da comunidade microbiana destes ambientes ou para detectar microrganismos de difícil cultivo ou que vivem em consórcios. O emprego de técnicas moleculares em estudos de comunidades microbianas, as quais envolvem o isolamento direto de DNA a partir de amostras ambientais, a amplificação de genes conservados pela técnica de PCR e a análise de seqüências de rDNA 165, tem demonstrado resultados promissores em Ecologia Microbiana, uma vez que permite identificar organismos de ambientes naturais sem a necessidade de cultivo dos mesmos. A detecção de microrganismos com potencial para biodeterioração, biodegradação e biocorrosão encontrados em depósitos petrolíferos é de grande importância na medida em que estes organismos podem estar relacionados com a perda da qualidade do petróleo nos reservatórios e etapas subseqüentes de exploração (extração, . armazenamento e refino). O presente trabalho teve como objetivos desenvolver um método molecular para a detecção rápida de grupos específicos de microrganismos degradadores de hidrocarbonetos e avaliar a sua distribuição e abundância em diferentes amostras de óleo e água de formação provenientes de depósitos petrolíferos da bacia de Campos (RJ). Nossos resultados revelaram a presença dos grupos Bacíllus spp., Streptomyces spp., Achromobacter xy/osoxidans, Bacíllus pumilus, Micrococcus spp. e Dietzia spp. nas amostras de petróleo estudadas. Alguns destes microrganismos apresentaram ampla ocorrência, embora em baixa abundância, nas amostras dos cinco poços avaliados, independentemente do grau de biodegradação dos óleos e condições de pro{undidade e temperatura dos reservatórios. O desenvolvimento de um método molecular para a rápida detecção de grupos de microrganismos potencialmente biodegradadores em amostras ambientais seria extremamente útil como uma ferramenta de apoio para a avaliação da qualidade do óleo em reservatórios de produção / Abstract: The traditional approach used in Environmental Microbiology studies, based on selective isolation and cultivation methods, although very useful for determination of the physiological potential of the isolated organisms, is inadequate for a broad characterization of the microbial community in these environments, since it does not allow the recovery of fastidious microorganisms or the ones that live in consortia. The use of molecular techniques in microbial community studies, which involve the direct DNA isolation from environmental samples, amplification of conserved genes by PCR and sequence analysis, has shown promising results in Microbial Ecology, as it allows the identification of organisms trom natural environments without the need of cultivation. The detection of microorganisms with potential for biodeterioration, biodegradation and biocorrosion in petroleum deposits is of great importance, as these organisms may be related to a decrease in petroleum quality in the reservoirs and subsequent exploration steps (extraction, storage and refining). The present work aimed at developing a molecular method for the rapid detection of specific groups of hydrocarbondegrading microorganisms and evaluating their distribution and abundance in different oil and formation water samples originated trom petroleum reservoirs in the Campos basin (RJ). Our results revealed the presence of the target groups Bacillus spp., Streptomyces spp., Achromobacter xylosoxidans, Bacillus pumilus, Micrococcus spp. and Dietzia spp. in the environmental samples under study. Some of these microorganisms were of broad occurrence, although in low abundance, in ali the five samples trom the petroleum wells analyzed, in spite of the oil biodegradation levei and depth and temperature conditions. The development of a molecular method for the rapid detectión of specific groups of biodegrading microorganisms in environmental samples would be extremely useful as a supporting toei for the evaluation of oil. quality in the production reservoirs / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Sergio Tadeu Martins Marba / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-11T12:12:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Kallas_SheiladeLima_M.pdf: 1394129 bytes, checksum: 6a73ee8e82058acb673cea32eee2b643 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Os objetivos do estudo foram determinar a prevalência da infecção congênita por citomegalovírus em recém-nascidos internados na unidade de internação neonatal do CAISM-UNICAMP, avaliar a eficácia da Nested-PCR para citomegalovírus em sangue estocado em papel filtro e descrever variáveis epidemiológicas da população estudada. Foi realizado um estudo epidemiológico transversal, onde foram selecionados recém-nascidos internados na unidade de internação neonatal durante o período de 01 de Abril de 2005 a 30 de Junho de 2006. Foram coletadas amostras de urina dos recém-nascidos e calculada a prevalência da infecção congênita por CMV pelo método diagnóstico da Nested PCR. Para validação do teste diagnóstico, foram coletados, concomitantemente com a urina, amostras de sangue dos recém-nascidos, estocados em papel filtro, e realizada a Nested-PCR. Os resultados da Nested-PCR em papel filtro foram comparados com os da urina e foram calculados sensibilidade, especificidade, valores preditivos positivo e negativo. Dados epidemiológicos da população foram colhidos pela revisão de prontuários. Foram obtidos os seguintes resultados: sensibilidade 75% , especificidade 99,4%, valores preditivos positivo 60,0% e negativo 99,7%. A prevalência da infecção congênita por CMV foi de 1,2%. A média de idade materna foi de 25,5 anos. A maior parte das mães, 40,9%, foram procedentes de Campinas; 86,3% delas realizaram pré-natal, 96,2% das que realizaram o pré-natal não realizaram sorologia para CMV, 65,3% dos partos foram por cirurgia cesariana, sendo que em 46% das cesáreas a indicação foi sofrimento fetal agudo. Sobre os recém-nascidos, 74,3% deles eram pré-termos, 57% pesavam menos que 2 kg, sendo a média de idade gestacional de 34,2 semanas. Concluimos que a prevalência da infecção congênita foi baixa e que o método diagnóstico Nested-PCR em sangue estocado em papel filtro teve alta especificidade e moderada sensibilidade / Abstract: The aims of this study were: to determine the prevalence of congenital infection by cytomegalovirus in newborn patients of the intensive neonatal care unit of the CAISM-UNICAMP Hospital; to evaluate the efficacy of Nested PCR diagnostic test in blood stored on filter paper and to describe epidemiological characteristics of this population. A cross section study was made including newborns admitted in the intensive care unit from April first, 2005 to June 30, 2006. Urine samples were collected from newborns and the prevalence was determined by Nested-PCR. To evaluate the efficacy of Nested PCR in blood stored on filter paper, the Nested-PCR in urine samples were compared to those in blood samples. Sensibility, specificity, positive and negative predictive values were calculated. Epidemiological characteristics of the population were described. The following results were observed: sensibility: 75%; specificity: 99, 4%; positive predictive values: 60, 0% and negative predictive values: 99,7%. The prevalence of congenital cytomegalovirus infection, calculated by Nested-PCR in urine samples was 1,2% in this period. The average of mother age was 25,5 years old.The most of mothers (40,9%) were from Campinas; 86,3% of them had prenatal care; 96,2% of the mothers who had prenatal care didn¿t had CMV serology; 65,3% of the delivery were by caesarean, and the reason of caesarean was acute fetal suffering in 46%. The newborn characters were: 74,3% were premature babies, 57% had weight less than 2 kilograms and the average of birth age was 34,2 weeks. We concluded that the prevalence of the congenital infection by CMV was low and that Nested PCR diagnostic test in blood stored on filter paper is highly specific and moderately sensible / Mestrado / Saude da Criança e do Adolescente / Mestre em Saude da Criança e do Adolescente

Hipótese do estudo: Esse estudo hipotetizou que o fator idade e a condição periodontal pessoal e/ou materna favorecem a ocorrência de patógenos periodontais, enquanto o tabagismo não a influencia. Objetivo: Avaliar a relação do fator idade, status periodontal e tabagismo sobre a presença de A. actinomycetemcomitans, P. gingivalis, P. intermedia, T. forsythia e C. rectus. E, o impacto do status periodontal materno sobre a ocorrência destas mesmas espécies em recém-nascidos.Metodologia: Para responder à questão relativa à idade, na primeira fase do estudo, independente da condição periodontal foram incluídos 330 indivíduos alocados em seis faixas etárias: recém-nascidos, crianças de 2,5 a 5 anos, crianças de 6 a 12 anos, adolescentes de 13 a 18 anos, adultos de 19 a 44 anos e adultos acima de 55 anos. Na segunda fase do estudo, na qual os fatores status periodontal e tabagismo foram considerados, selecionaram-se mais 76 pares mães/recém-nascidos (33 filhos de mães com periodontite e 43 de mães sem periodontite), adicionando-se ainda 112 crianças periodontalmente saudáveis, 109 crianças com gengivite, 40 adultos periodontalmente saudável (21 fumantes e 19 não fumantes) e 111 indivíduos com periodontite (53 fumantes e 58 não fumantes). Os parâmetros clínicos periodontais avaliados foram profundidade de sondagem e nível clínico de inserção (adolescentes e adultos), e, índice de placa e sangramento gengival (adultos, adolescentes e crianças). Amostras subgengivais foram coletadas dos participantes dentados enquanto amostras não dentárias foram coletadas de todos os grupos e todas processadas por PCR. Resultados: Considerando-se todos os grupos C. rectus foi a bactéria mais freqüente chegando a atingir prevalências de 98%. A ocorrência de P. gingivalis, P.intermedia, A. actinomycetemcomitans e T. forsythia foi mais elevada dentre os recém-nascidos filhos de mães com periodontite. Crianças com gengivite alocaram mais P. gingivalis no sulco (99,1%) e mucosa (97,2%) do que crianças periodontalmente saudáveis (67,5% e 64,8%, respectivamente). A análise intra-grupo de adultos periodontalmente saudáveis ou doentes não revelou diferenças estatisticamente significativas em relação a presença bacteriana comparando-se fumantes e não fumantes. Conclusões: A colonização bucal por patógenos periodontais ocorre precocemente e se altera ao longo da vida, sendo muitas vezes direcionada pela presença dos elementos dentários que no presente estudo influenciou sobretudo a ocorrência de P. gingivalis, P. intermedia e T. forsythia. Outra observação importante foi a de que a condição periodontal materna influenciou a colonização por patógenos periodontais em recém-nascidos. Similarmente, o status periodontal infantil acarretou aumento nas freqüências bacterianas. Finalmente, o tabagismo não alterou os perfis microbiológicos observados. / Study hypothesis: The current study hypothesized that age and personal and/or maternal periodontal status favor the occurrence of periodontal pathogens, whereas tobacco use does not. Aim: To evaluate the relation between age, periodontal status and smoking and the presence of A. actinomycetemcomitans, P. gingivalis, P. intermedia, T. forsythia and C. rectus. Also, the impact of the mothers periodontal status on the occurrence of the same species in newborns. Methodology: In order to elucidate whats the age contribution, in the first stage of the study, regardless of periodontal status, 330 individuals were allocated in six age groups: newborns, children from 2.5 to 5 years, children from 6 to 12 years, adolescents from 13 to 18 years, adults from 19 to 44 years and adults over 55 years. In the second stage of the study, in which periodontal status and smoking were considered, another 76 mother/newborn pairs were chosen (33 sons of periodontitis mothers and 43 of no periodontitis mothers), another 112 periodontally healthy children, 109 gingivitis children, 40 periodontally healthy adults (21 smokers and 19 non-smokers) and 111 periodontitis subjects (53 smokers and 58 non-smokers) were added. The periodontal clinical parameters evaluated were probing depth and clinical attachment level (adolescents and adults), and, plaque index and gingival bleeding index (adults, adolescents and children). Subgingival samples were collected from dentate participants whereas non dental samples were collected from each group and were PCR-processed. Results: C. rectus was the most frequent bacterium for all groups, reaching 98% prevalence. The occurrence of P. gingivalis, P. intermedia, A. actinomycetemcomitans and T. forsythia was higher among newborns that are sons of mothers with periodontitis. Children with gingivitis allocated more P. gingivalis in the sulcus (99.1%) and mucosa (97.2%) than periodontally healthy children (67.5% and 64.8%, respectively). The intra-group analysis of periodontally healthy or diseased adults did not reveal statistically significant differences, when smokers and non-smokers were compared. Conclusions: Oral colonization by periodontal pathogens happens early in life and alters overtime, being many times guided tooth presence that, in the current study, influenced, above all, the occurrence of P. gingivalis, P. intermedia and T. forsythia. Another relevant finding was that the maternal periodontal status did influence the occurrence of periodontal pathogens in newborns. Similarly, the childhood periodontal status allowed increased bacterial frequencies. Finally, tobacco use did not alter the observed microbiological profiles.

O presente estudo tem como principal objetivo o emprego da reação em cadeia da polimerase (PCR) na elucidação da etiologia dos derrames pleurais dos pacientes com suspeita de pleurite tuberculosa, comparando-o com as técnicas diagnósticas disponíveis na atualidade. O diagnóstico da tuberculose pleural costuma ser feito por meio dos dados clínicos e radiológicos, teste tuberculínico, exames bioquímicos, microbiológicos, e citológicos do líquido pleural e da histopatologia de fragmento de pleura obtido por punção-biópsia. Ainda assim estes métodos apresentam muitas limitações, dentre as quais a baixa sensibilidade e o longo período necessário para a confirmação do diagnóstico. Estudamos 58 amostras de 45 pacientes. Destes, 16 pacientes tiveram diagnóstico clínico ou laboratorial confirmado de tuberculose, totalizando 22 amostras. Consideramos como caso de tuberculose todos os pacientes com baciloscopia, cultura ou histopatológico positivos no líquido pleural ou outro material biológico, ou que tenham apresentado melhora clínica após a introdução do tratamento empírico. Das 22 amostras com o diagnóstico de tuberculose, a PCR foi positiva em 6 amostras de 6 pacientes. A reação foi positiva em 1 amostra de um paciente em que o diagnóstico de tuberculose foi descartado. A sensibilidade, especificidade e os valores preditivo positivo e negativo nos 16 pacientes com diagnóstico de tuberculose foram 31,3%, 96,6%, 83% e 71% respectivamente. A PCR, apesar de ter apresentado uma baixa sensibilidade, demonstrou uma especificidade ótima em relação aos métodos convencionais. Está técnica pode ter utilidade como método complementar às técnicas disponíveis, na tentativa de obter um diagnóstico mais precoce e preciso nos casos de tuberculose pleural. / The present study evaluates the use of the polimerase chain reaction (PCR) to confirm the etiology of pleural effusions in patients with suspicion of pleural tuberculosis, comparing it to the current available techniques. The diagnosis of pleural tuberculosis is made through the combination of clinical data, radiologic findings, biochemical, microbiological and cytological examination of the pleural fluid and by the pathology of pleural fragment obtained by biopsy. However, these methods present a lot of limitations, including a low sensitivity and a long incubation period to confirm the diagnosis by culture. We studied 58 samples of 45 patients with pleural effusion. Of these, 16 patients had clinical diagnosis or confirmed by laboratory, in a total of 22 samples. We defined as case of tuberculosis all patients with culture or positive pathology in the fluid pleural or other biological material and those with clinical improvement after empirical treatment. Of the 22 samples with the tuberculosis diagnosis PCR was positive in 6 samples of 6 patients. The reaction was positive in a sample of a patient whose diagnosis of tuberculosis was later discarded. The sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive value in the 16 patients with tuberculosis diagnosis were 31,3%, 96,6%, 83% and 71% respectively. In spite of having presented a low sensitivity, PCR specificity was greater than the conventional methods. This technique can be useful as an additional method to the available techniques, in the attempt of obtaining a more precocious and precise diagnosis in the cases of pleural tuberculosis.

Os pacientes infectados pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) freqüentemente apresentam alterações digestivas, sendo o esôfago um alvo comum de lesões estruturais. A etiologia infecciosa é a mais freqüente neste grupo de pacientes. Múltiplos agentes já foram implicados como causadores de lesões esofágicas. As infecções virais são uma das principais causas de tais lesões, sendo os vírus mais implicados o citomegalovirus (CMV) e o vírus herpes simples (HSV). Muitas lesões ulceradas permanecem sem diagnóstico etiológico, mesmo após exaustiva investigação, sendo denominadas úlceras idiopáticas ou aftosas. Os métodos de diagnóstico usuais são demorados e pouco sensíveis. Assim, nosso estudo tem como principal objetivo estudar o papel do método da reação em cadeia da polimerase (PCR) no diagnóstico destas lesões. Durante o período de outubro de 1996 a outubro de 1997, foram estudados 79 pacientes HIV-positivos, que foram submetidos ao exame de endoscopia digestiva alta por indicação clínica. Estes foram submetidos a 89 exames endoscópicos, sendo colhidas 96 biópsias, as quais foram armazenadas em nitrogênio líquido (50) ou em freezer a –70oC (46). O DNA foi extraído usando método baseado na lise hipotônica, digestão com proteinase K, extração com fenol-clorofórmio e precipitação em etanol. Uma quantidade fixa foi usada para amplificação em ciclador térmico, utilizando primers específicos para CMV, Herpesvirus, HPV, HIV, Haemophilus ducreyi, Treponema pallidum e as micobactérias M. tuberculosis, M. avium e M. intracellulare. O produto final foi submetido a uma eletroforese em gel de agarose e corado com brometo de etídeo. A endoscopia não revelou alterações esofágicas em 26 exames (29,2%). As alterações observadas foram monilíase esofágica em 33 exames (37,1%), úlceras em 22 (24,7%); esofagite em 10 (11,2%) e áreas lugol-negativas em 9 (10,1%). A PCR resultou positiva para o CMV em 19 amostras (19,8%), para o Herpes em 4 (4,2%), para o HPV em 17 (17,7%), para o HIV em 37 (38,5%) e para o H. ducreyi em 3 (3,1%). Nenhuma amostra foi positiva para o T. pallidum e para micobactérias. No estudo de 29 amostras de 22 úlceras esofágicas a PCR detectou o CMV em 9 amostras (31%), o Herpes em 3 (10,3%), o HPV em 6 (20,7%), o HIV em 19 (65,5%) e o H. ducreyi em 2 (6,9%) e em 8 (36,4%) não foi detectado nenhum agente. O CMV foi detectado com freqüência nas úlceras esofágicas, sendo difícil diferenciar se havia infecção ativa ou latente. O HIV teve uma incidência elevada nas biópsias de úlceras, o que pode sugerir um possível papel etiológico deste agente em tais lesões. O HPV foi o terceiro agente mais freqüente, mas não foi possível caracterizá-lo como causador de lesões esofágica ulceradas. A PCR apresentou potencial para tornar-se um método útil na investigação das lesões esofágicas em pacientes infectados pelo HIV. / Patients infected by Human Immunodeficiency Virus (HIV) usually present digestive abnormalities and the esophagus is a common target of structural lesions. Infections are the most frequent cause of esophageal lesions in these patients. Several agents were already implied in this process. Viral infections are one of the main causes of such lesions and cytomegalovirus (CMV) and herpes simplex virus (HSV) were the most involved agents. Many ulcerated lesions persist without etiologic diagnosis even after exhaustive investigation, being denominated idiopathic or aphthous ulcers. The usual diagnostic methods are difficult and have low sensitivity. Thus, the main objective of our study was to evaluate the role of the polimerase chain reaction (PCR) method in the diagnosis of these lesions. During the period of October of 1996 to October of 1997, 79 HIV-positive patients were studied. They were submitted to upper digestive endoscopies, which were indicated on clinical basis. These patients were submitted to 89 upper digestive endoscopies, being obtained 96 biopsies, which were stored in liquid nitrogen or in a 70oC freezer. DNA was extracted using a method based on hypotonic lyses, proteinase K digestion, extraction with phenol-chloroform and precipitation in ethanol. A fixed amount was used for amplification in thermal cycler, using specific primers for CMV, herpesvirus, human papillomavirus (HPV), HIV, Haemophilus ducreyi, Treponema pallidum, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium avium and Mycobacterium intracellulare. The final products were submitted to an electrophoresis in agarose gel and stained with ethidium bromide. The endoscopies did not reveal esophageal alterations in 26 exams(29,2%). The abnormalities observed were esophageal candidiasis in 33 exams (37,1%), ulcers in 22 (24,7%); esophagitis in 10 (11,2%) and lugol-negative areas in 9 (10,1%). The PCR was positive to CMV in 19 samples (19,8%), for Herpes in 4 (4,2%), for HPV in 17 (17,7%), for HIV in 37 (38,5%) and for the H. ducreyi in 3 (3,1%). No sample was positive for T. pallidum or micobacterium. In the study of the esophageal ulcers by PCR, CMV was detected in 9 samples (31%), Herpes in 3 (10,3%), HPV in 6 (20,7%), HIV in 19 (65,5%), H. ducreyi in 2 (6,9%) and any agent was detected in 8 samples (36,4%). CMV was frequently detected in esophageal ulcers, being difficult to differentiate between active and latent infections. The HIV had an elevated incidence in ulcer biopsies, which may suggest a possible etiologic role of this virus in such lesions. HPV was the third more frequent agent, but it was not possible to attribute the esophageal lesions to that virus. In conclusion, this study suggests that the PCR can be an useful method in the investigation of esophageal lesions in HIV infected patients.

Os papilomavírus humanos (HPVs) oncogênicos são importantes agentes na etiologia do câncer ginecológico e atualmente tem sido relacionados também a algumas lesões cancerizáveis e a alguns tipos de cânceres de boca. Com o objetivo de avaliar a relação entre os HPVs e um tipo de lesão cancerizável de boca que acomete os lábios chamada queilite actínica crônica (QAC), foram avaliados e considerados aptos para a pesquisa 29 pacientes portadores de QAC. A reação em cadeia pela polimerase (PCR) foi utilizada para detectar a presença do HPV em amostras de tecido fresco, provenientes de lábios doentes onde todos os casos apresentaram resultados negativos. A QAC ocorreu em 100% nos indivíduos da raça branca, em 19 homens e 10 mulheres e na idade média de 56,14 anos. Foram avaliados também os aspectos clínicos e histológicos da QAC sendo encontrados 14 casos de atipia epitelial discreta (48,27%), 10 casos de atipia epitelial moderada (34,49%) e 5 casos de atipia epitelial severa (17,24%). Através de análise estatística concluímos que clinicamente a presença de áreas leucoplásicas e o tempo de evolução da lesão superior a 5 anos estão diretamente relacionados aos casos de atipias epiteliais mais graves. O hábito de fumar e de beber parecem contribuir, mas não obtiveram resultados estatisticamente significativos ao aparecimento da QAC. / The oncogenic human papillomaviruses (HPVs) are important agents in the etiology of gynecological cancer and have been recently related to some premalignant lesions and to some types of mouth cancer. In order to evaluate the relation between HPVs and one type of precancerous lesion that affects the lips called chronic actinic cheilitis (CAC), 29 CAC patients were assessed and considered eligible for the study. The polymerase chain reaction (PCR) was used to detect the presence of HPV in fresh tissue samples of affected lips. All results were negative. All CAC patients were Caucasian, 19 males and 10 women, mean age of 56.14 years. The clinical and histological aspects of CAC were also assessed - there were 14 cases of discreet (48.27%), 10 cases of moderate (34.49%) and 5 cases of severe epithelial atypia (17.24%). By statistical analysis we concluded that, clinically, the presence of leukoplastic areas and progression of the lesion for over five years are directly related to more severe epithelial atypia. Smoking and drinking habits seem to contribute to the condition but achieved no statistical significance regarding onset of CAC.