ACIOLI, Porfírio Cezar Passos. Efeitos da acupuntura e da eletroacupuntura sobre o estresse oxidativo e a inflamação decorrentes da torção/distorção do testículo em ratos. 2014. 68 f. Dissertação (Mestrado em Cirurgia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2014. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2014-08-19T13:51:40Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_pcpacioli.pdf: 665441 bytes, checksum: 0f172d512aef8b5ea2384e9ba3fe9d17 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2014-08-19T13:52:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_pcpacioli.pdf: 665441 bytes, checksum: 0f172d512aef8b5ea2384e9ba3fe9d17 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-08-19T13:52:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_pcpacioli.pdf: 665441 bytes, checksum: 0f172d512aef8b5ea2384e9ba3fe9d17 (MD5) Previous issue date: 2014 / The efects of acupuncture (Ac) and Electroacupuncture (EAc) were evaluated using an experimental rat model of ischemia/reperfusion (IR) of the testis. In Traditonal Chinese Medicine, these forms of therapies are used in the promotion of organic equilbrium, through stimulation of specifc neurotransmiters producing nerve pathways, resulting in a analgesic and anti-nflammatory autonomic regulatory. response. In the study, 30 male Wistar rats, 279.6g average weight (230-30 g) were randomly divided into five groups. Al rats received intraperitoneal anesthesia (Ketamine 10 90mgKgXilazina mgKg), at the begining of the experiment, before the detorsion and at the end of the experiment. G1 group was submited to torsion of the testicle (TT), two complete turns (720º) with immediate detorsion (sham). The other groups (G2IR, G3Ac, G4EAc2 and G5EAc10) were submited to TT during 3 hours, folowed by detorsion and reperfusion during 4 hours. Five minutes before the detorsion Ac (G3Ac) or EAc (G4EAc2, G5EAc10) was aplied, under anesthesia, for 5 minutes. Next the testis was detorsioned and reperfused for 4 hours. At the end blod samples the right testicle were colected. Evaluated parameters included determination of reduced Glutathione (GSH), Malonaldehyde (MDA), Myeloperoxidase (MPO) and histopathology of the testicle. EAc (2 and 10 Hz) promoted signifcant increase in concentrations of GSH in plasma and in the rat estis of G4-G5, compared to the control G1. Ac did not alter signifcantly the concentrations of GSH in the G3 group compared to the G1. There was signifcant increase of MDA in tisue in groups G4-G5 and plasma MDA in al groups, compared to the G1. EAc (2 Hz and 10 Hz) signifcantly decreased the activity of MPO in the testis of rats subjected to TT (G4-G5), compared to the control G1. No signifcant diferences were observed in the activity of MPO comparing groups G4-G5 to group G1. It is concluded that EAc stimulation (2 and 10 Hz) atenuates oxidative stres and inflammatory response in rats subjected to testicular torsion/detorsion. / Os efeitos da Acupuntura (Ac) e da Eletroacupuntura (EAc) foram avaliados utilzando um modelo experimental de isquemia/reperfusão (I/R) do testículo em rato. Na Medicina Tradicional Chinesa, esas formas de terapias são utilzadas na promoção do equilíbrio orgânico, mediante estímulo de vias nervosas produtoras de neurotransmisores específicos, resultando em uma resposta anti-nflamatória, analgésica e reguladora autonômica. No experimento, 30 ratos Wistar machos, peso médio 279,6 g (230-30g) foram distribuídos aleatoriamente em cinco grupos. Todos os ratos receberam anestesia intraperitonial (Cetamina 90mg/Kg+Xilazina 10 mg/Kg), no inicio do experimento, antes da destorção e ao término do experimento. O grupo G1 foi submetido à torção do testículo (TT), duas voltas completas (720º) com imediata destorção (sham). Os demais grupos (G2IR, G3Ac, G4EAc2 e G5EAc10) foram submetidos à TT durante 3 horas, seguido de destorção e reperfusão durante 4 horas. Cinco minutos antes da destorção procedeu-se à aplicação da Ac (G3Ac) ou EAc (G4EAc2, G5EAc10), sob anestesia por 5 minutos. Findo ese tempo realizou- se à destorção do testículo e permitu-se a reperfusão por 4 horas. Ao término foram coletadas amostras de sangue arterial e de tecido (testículo direito). Parâmetros avaliados incluíram determinação de Glutationa (GSH) reduzida, Malonaldeído (MDA), Mieloperoxidase (MPO) e histopatologia do testículo. A EAc (2 e 10Hz) promoveu aumento signifcante nas concentrações de GSH no plasma e no testículo dos ratos dos grupos G4-G5, comparados ao controle G1. A Ac não alterou signifcativamente as concentrações de GSH no grupo G3 comparado ao G1. Houve aumento signif cante do MDA tecidual nos grupos G4-G5 e do MDA plasmático em todos os grupos, comparados ao G1. A EAc (2Hz e 10Hz) diminuiu signifcativamente a atividade da MPO no testículo dos ratos submetidos à torção do testículo (grupos G4-G5), comparados ao controle G1. Não foram observadas diferenças signifcantes na atividade da MPO comparando-se os grupos G4-G5 ao grupo G1. Conclui-se que a aplicação de EAc de 2/10Hz promove proteção local e sistêmica sobre o estrese oxidativo e diminuição da resposta inflamatória em ratos sadios submetidos a torção/destorção do testículo.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Automação e Sistemas, Florianópolis, 2014 / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:26:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 330228.pdf: 1707908 bytes, checksum: e9e7656943afa359919bcdb455b78423 (MD5) Previous issue date: 2014 / Sistemas de controle via rede (NCS, do inglês Networked Control Systems) são uma classe especial de sistemas amostrados digitalmente, nos quais os dispositivos do sistema de controle se comunicam através de uma rede de comunicação (como mostrado na Fig. I). Significantes avanços tecnológicos tem levado a um maior interesse tanto na utilização de NCS em ambiente industrial (MOYNE; TILBURY, 2007), quanto em pesquisas relacionadas ao assunto (HESPANHA; NAGHSHTABRIZI; XU,2007; HEEMELS; WOUW, 2010; ZHANG; GAO; KAYNAK, 2013). Algumas das vantagens oferecidas por tais sistemas, com relação a sistemas de controle tradicionais, compreendem menor custo de implementação, flexibilidade e facilidade de manutenção. Apesar disso, inerentemente alguns efeitos indesejados também podem ocorrer, tais como atrasos na comunicação e intervalos de amostragem variantes, ocasionando degradação no desempenho do sistema em malha fechada. Devido a esses efeitos, a análise de estabilidade e também o projeto de controladores para NCS tornam-se mais desafiadores (TANG; YU, 2007). De modo geral, os estudos sobre NCS podem ser divididos em duas grandes áreas: controle da rede e controle via rede (GUPTA; CHOW, 2010). A primeira está mais interessada em proporcionar uma melhor qualidade no serviço de transmissão de dados realizado pela rede de comunicação, enquanto a segunda objetiva uma melhor qualidade do desempenho dos sistemas de controle sob determinadas condições induzidas pelos efeitos da utilização da rede. Embora tipicamente tratadas de forma separada, recentemente alguns esforços têm sido empreendidos de modo a integrar algumas características de ambas as áreas em fase de projeto, as chamadas estratégias de co-design (TORNGREN et al., 2006). Uma abordagem integrada é necessária de modo a se obter uma maior compreensão do funcionamento de um NCS, podendo assim obter um melhor desempenho geral do sistema. Neste contexto, especialmente levando em consideração que o uso rede de comunicação é limitado, tal recurso deve ser corretamente distribuído entre os sistemas de controle de modo a garantir um funcionamento adequado. Além disso, requisitos de desempenho individuais de cada planta também devem ser cumpridos, mesmo sujeitos a tais restrições de limites de recursos.<br> / Abstract: Networked control system (NCS) is a special class of sampled-data system where control systems devices are interconnected through a communication network. Despite the advantages, such as lower cost, flexibility and easy of maintenance compared to a more traditional implementation, some undesired effects may be induced by the use of a shared medium in the feedback loop, for instance, time-varying sampling intervals and delays. Due to the multidisciplinary nature of an NCS, the analysis and design of such systems also demand a more comprehensive approach. Thus, the main objective of this thesis is to propose some strategies for the synthesis of dynamic output feedback compensators, assuming an industrial network control system environment with temporal behavior features and requirements. Throughout this document, the NCS is modeled considering unknown time-varying delays, which leads to an uncertain system representation, later overapproximated by a convex polytope with additional norm-bounded uncertainty. Based on parameter dependent Lyapunov functions, closed-loop stability conditions are provided, which can be verified in terms of feasibility of a set of linear matrix inequalities (LMIs). The control designs are then promptly derived from the stability conditions, leading to delay-dependent compensators. Furthermore, an integrated control design and resource management strategy is proposed, taking into account the controller design while also addressing the shared nature of the communication network. This co-design strategy assumes that a supervisor task has the knowledge of all devices that access the network, as well as their allocated bandwidths. Numerical examples and simulations are provided to illustrate the effectiveness of the proposed design methodologies.

Made available in DSpace on 2012-09-05T18:23:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 80.pdf: 3028641 bytes, checksum: 298b3900e005fb9f69e7f02db38ee875 (MD5) Previous issue date: 2001 / O "Projeto Rio" foi uma das pesquisas de preparaçäo para estudos fase III de vacinas anti-HIV, desenvolvido pelo Centro de Pesquisa do Hospital Evandro Chagas/FIOCRUZ. De janeiro de 1994 à julho de 1999, ingressaram 675 voluntários na coorte. Segundo os critérios de elegibilidade: homens que relataram ter praticado sexo com homens nos seis meses anteriores à entrevista inicial, de 18 a 50 anos, com sorologia negativa para o HIV e que aceitaram os termos de esclarecido e informado. Avalia as características sociodemográficas, comportamentais e vulnerabilidade à infecçäo pelo HIV dos voluntários do "Projeto Rio", a partir de uma coletânea de três artigos, cujos principais resultados foram: 1) a auto-percepçäo de vulnerabilidade estava associada a um maior nível de escolaridade e à prática de sexo anal desprotegido: 2) 57 por cento dos voluntários relataram o desejo de participar de ensaios de vacinas anti-HIV (DP), devido principalmente a motivos humanitários/altruísmo e estar protegido contra a infecçäo pelo HIV. Mostraram-se associadas a DP: sorologia positiva para sífilis, "engajamento sob a influência do álcool, em prática sexual de risco que normalmente näo faria" e baixo nível educacional; e 3) o sexo anal desprotegido com parceiros ocasionais se mostrou associado à menor renda, baixa escolaridade, auto-percepçäo de vulnerabilidade, DP, e uso de crack/cocaína. Nossos resultados mostraram que estes voluntários estäo cientes da práticas de risco, pois se auto-perceberam vulneráveis à infecçäo pelo HIV. A questäo da vulnerabilidade à infecçäo pelo HIV é traduzida aqui através da tríade: pobreza, baixo nível de instruçäo e uso de drogas, fazendo com que estes indivíduos tenham dificuldades em manter um comportamento seguro. Nossos achados reforçam a necessidade de implementar programas preventivos específicos direcionados para esta populaçäo e seus respectivos parceiros, com ênfase na questäo do uso de (álcool e drogas ilícitas), o engajamento de sexo comercial e seu vínculo com as práticas sexuais desprotegidas.

Made available in DSpace on 2012-09-06T01:11:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 927.pdf: 764035 bytes, checksum: d2f0414bef36bac0db4ada7858551fe7 (MD5) Previous issue date: 2007 / Em 1997, data do último censo, a população moçambicana era em número de 16.099.246 habitantes. Segundo as estimativas do Instituto Nacional de Estatística em Moçambique (INE) referente a 2005, a população moçambicana é de 19.420.036 habitantes. (...) Nas décadas de 1960 e 70, assim como ocorreu em diversos países africanos, Moçambique se tornou independente, após mais de 500 anos de colonização portuguesa. Poucos anos depois da independência foi desencadeada guerra civil no país, que durou cerca de 16 anos. Este trabalho tem como objetivo descrever as principais tendências da epidemia de HIV/AIDS em Moçambique, enquanto um dos principais problemas de saúde pública do País, buscando reconstruir, no tempo e no espaço, a evolução da epidemia e a resposta local à epidemia. Isto é feito através da revisão da literatura pertinente e da análise das informações disponíveis no Sistema da Saúde em Moçambique. Objetiva-se, antes de tudo, cotejar e contrastar (do ponto de vista histórico e estrutural) o impacto dos diferentes problemas enfrentados pelo país ao longo das três últimas décadas e a dinâmica da epidemia no período. Com base em dados de publicações oficiais do país e de serviços de atendimento voluntário, analisa-se a situação epidemiológica referente ao período de 1986-2003, referente à Província de Sofala, como estudo de caso da realidade regional da epidemia. O estudo descreve padrões epidêmicos potencialmente associados ao contexto sócio-demográfico e respectivas vulnerabilidades. Na realização desse trabalho foram utilizados bancos de dados secundários dos serviços de ATV da Província de Sofala e informações documentais de âmbito nacional. Deve ser destacado que os bancos dos serviços de ATV prestam-se apenas a estudos descritivos. Isto impediu o eselecimento de inferências estatísticas a respeito das tendências da epidemia.

Made available in DSpace on 2012-09-06T01:11:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 929.pdf: 728660 bytes, checksum: d9a1cbe05a39e51ab980819adb98fcbd (MD5) Previous issue date: 2007 / Este estudo avalia a implantação do teste rápido como alternativa diagnóstica do HIV no Estado do Amazonas. Procurou-se identificar os fatores individuais, compreendidos nas dimensões de aceiilidade e satisfação do usuário, e organizacionais nas dimensões de disponibilidade, oportunidade e conformidade, queinfluenciaram na implantação do teste rápido. Realizou-se, primeiramente, um estudo de avaliabilidade, em que foi desenvolvido um modelo adaptando-se o modelo de Cosendey, contendo os passos metodológicos da avaliação. Em seguida a avaliação foi conduzida por meio de estudo de caso, selecionando 10 serviços entre os municípios que implantaram o teste rápido como alternativa diagnóstica do HIV. Para a análise, aplicou-se o modelo de avaliabilidade desenvolvido pela autora, utilizando a metodologia de avaliação rápida. Para definir o grau de implantação foi utilizada umamatriz de julgamento, explorando o conceito de acesso ao diagnóstico em suas várias dimensões. As dimensões foram categorizadas em índices de adequação, aceiilidade e satisfação do usuário, com escores específicos classificando os serviços de saúde em:implantado; parcialmente implantado; incipiente e não implantado. O teste rápido mostrou-se parcialmente implantado no Estado do Amazonas. Umestudo prévio de avaliabilidade, bem elaborado, pode garantir a condução de uma avaliação apropriada e relevante, além de contribuir para a qualidade da implementação do programa. A construção de matrizes de relevância, análise e julgamento auxiliaram na seleção de indicadores, cujo acompanhamento sistemático é crítico para o seguimento do processo de implementação do teste rápido. Dessa maneira, recomendase a revisão de protocolos de monitoramento no sentido de utilizar esses indicadores para a coleta de informações, rotineiramente realizada pelos serviços, reorientando para as prioridades locais e análises da situação de saúde requerida.

Made available in DSpace on 2012-09-06T01:11:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 540.pdf: 1175894 bytes, checksum: 6c65532262827d054788b98c6908a063 (MD5) Previous issue date: 2003 / O chumbo é um metal tóxico, de ocorrência natural na crosta terrestre e utilizado desde a antigüidade. A exposição ao chumbo afeta, especialmente, o sistema hematológico, alterando a atividade de enzimas da biosíntese do heme. Uma destas, a ácido aminolevulínico desidratase (ALAD), apresenta um polimorfismo, com dois alelos (1 e 2), que, possivelmente, modifica a toxicidade do chumbo no organismo. O objetivo deste trabalho foi padronizar uma metodologia para investigação deste polimorfismo, que possa ser utilizada em estudos de exposição ao chumbo. Para tanto, foram padronizados métodos para extração de DNA, amplificação, purificação e digestão enzimática. Após padronizada, a metodologia foi aplicada em uma amostra populacional de 50 indivíduos, dos quais também foram determinados os níveis de alguns indicadores biológicos. (...) A metodologia se mostrou eficiente, específica e sensível para determinação do genótipo da ALAD da população, onde 98 por cento apresentou genótipo ALAD1-1 e por cento, ALAD1-2. Os indicadores apresentaram níveis médios de 4,2 µg/dL(não expostos) e 70,7 (expostos) para chumbo em sangue; 38,1 por cento (não expostos) e 67,2 por cento (expostos) para recuperação da ALAD; 2,4 µmoles/g Hb (não expostos) e 30,3 µmoles/g Hb (expostos) para zinco protoporfirina eritrocitária; e 0,75 mg/g Cr (não expostos) e 13,66 mg/g Cr (expostos) para ácido -aminolevulínico urinário. A metodologia para genotipagem da ALAD padronizada neste trabalho pode ser aplicada para determinação do polimorfismo da enzima em estudos de exposição ao chumbo.

Made available in DSpace on 2012-09-06T01:12:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 1084.pdf: 996131 bytes, checksum: 27567315da9416d17a86ccf7b99ca66a (MD5) Previous issue date: 2008 / O mercúrio total foi quantificado em 133 peixes da espécie Hoplias malabaricus(Traíra), originária da piscicultura de maior expressão econômica do município de Paranaíta, região norte do Mato Grosso. Esta piscicultura se eseleceu sob passivo ambiental de garimpo de ouro, como uma alternativa ambiental e econômica para a região após o declínio acentuado da atividade garimpeira. Desde a década de 80 atémeados da década de 90 a corrida do ouro na região Amazônica tem causado sérios danos ambientais para um dos mais complexos ecossistemas na Terra. Principalmente devido à toxicidade do mercúrio para os humanos este problema tem recebido uma atenção pública ampla. Apesar de estes estudos terem envolvido amostras de peixes, osefeitos negativos da contaminação por mercúrio para os próprios peixes e outras formas de vida selvagem têm sido largamente ignorados. Para avaliar os níveis mais atuais de mercúrio em peixes e suas implicações na saúde ambiental foram coletados eexaminados dados das concentrações de mercúrio no ano de 2005. O intervaloencontrado foi de 9,00OgHg/kg a 520O gHg / kg, e do ponto de vista de saúde pública estão abaixo dos limites de tolerância brasileiros, de 1,0 mgHg/kg.

Made available in DSpace on 2012-09-06T01:12:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 888.pdf: 8110040 bytes, checksum: 5a192af76689b141f0297ce5bcacba66 (MD5) Previous issue date: 2006 / Este estudo teve como objetivo, avaliar a implantação das ações de testagem e aconselhamento para HIV em unidades básicas do município de Manaus, Amazonas, no sentido de eselecer o nível de adequação da intervenção destas ações em unidades com modalidades de atenção diferenciada, mas com a mesma estrutura de serviços prestados à população. O estudo é uma avaliação normativa, onde o julgamento é baseado no resultado da aplicação de critérios e normas eselecidas para a intervenção. Para analisar a adequação da intervenção foi utilizado o estudo de caso. A descrição da intervenção, foi realizada a partir da construção de um modelo lógico, que permitiu apresentar a racionalidade existente entre os componentes da intervenção: insumos, atividades, produtos, resultados e impacto. A partir do modelo lógico da intervenção, foi desenvolvido o modelo teórico da avaliação e a matriz de julgamento, com a dimensão e sub-dimensões, além dos indicadores, critérios e as pontuações, que objetivaram o eselecimento dos níveis de adequação das unidades de saúde. A pesquisa se inicia com a contextualização da epidemia do HIV/AIDS, no Brasil, no Amazonas e no município de Manaus, procurando demonstrar as mudanças de perfil epidemiológico e as estratégias que foram desenvolvidas para o enfrentamento da mesma, fazendo posteriormente um histórico da descentralização das ações de testagem e aconselhamento para HIV para as unidades básicas de saúde e sua importância como estratégia de sensibilização e prevenção do HIV/AIDS. O estudo discorre também sobre os vários conceitos e abordagens em avaliação existentes, focalizando a avaliação normativa, utilizada no presente trabalho, para desenvolver o processo avaliativo das unidades de saúde selecionadas para o estudo. (...)

Made available in DSpace on 2015-07-08T12:28:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 4.pdf: 1791166 bytes, checksum: e18bbf1db8c3f87f4338a15297302f69 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde / Casos de infecções invasivas por corinebactérias, colonizadoras do ambiente e da microbiota humana ou de animais, tem sido crescentes em decorrência de melhor sobrevivência de indivíduos imunocomprometidos. Além da fenotipagem, métodos moleculares tem sido fundamentais na identificação de bastonetes Gram positivos irregulares(BGPI). O presente estudo teve como objetivo a caracterização fenotípica e genotípica de estirpes de corinebactérias isoladas de sítios intravenosos de pacientes internados em um hospital universitário no Rio de Janeiro. Neste sentido, 60 estirpes de microrganismos Gram positivos foram analisadas por metodologia enotípica convencional, sistemas API Coryne e Vitek 2 (bioMérieux) e análise das sequências dos genes 16S rRNA e rpoB, utilizada como metodologia de referência para avaliação dos sistemas fenotípicos. Os dados indicaram o isolamento de Corynebacterium striatum (44,68 %), Corynebacterium amycolatum (31,91 %), Corynebacterium jeikeium (8,51 %), Corynebacterium urealyticum (6,39 %), Corynebacterium diphtheriae (4,26%), Corynebacterium simulans (2,12%) e Corynebacterium minutissimum (2,12%) do sangue de pacientes fazendo o uso ou não de dispositivos invasivos. As espécies predominantes C. striatum e C. amycolatum apresentaram 8 e 9 perfis de resistência aos agentes antimicrobianos, respectivamente. O perfil de resistência com sensibilidade apenas à tetraciclina, linezolida e vancomicina, foi prevalente durante um surto epidêmico de C. striatum ocorrido em 2010. Este mesmo perfil foi observado para C. amycolatum, C. jeikeium e C. urealyticum. A identificação definitiva da maioria das estirpes de C. striatum, C. amycolatum, C. jeikeium, C. simulans e C. minutissimum só foi possível pela genotipagem. Interessantemente, a análise das sequências do gene 16S rRNA permitiu a identificação de outros microrganismos como Abiotrophia defectiva (6,67%), Arthrobacter (1,67%), Brevibacterium (11,67%) e Microbacterium (1,67%). / Cases of invasive infections corynebacteria , colonizing the environment and human and animal microbiota, has been increasing due to better survival of immunocompromised individuals. Besides phenotyping, molecular methods have been of great value in the identification of Gram positive irregular rods (BGPI). The present study aimed to phenotypic and genotypic characterization of isolates from corynebacteria isolated of intravenous sites of patients at a university hospital in Rio de Janeiro. Thus, 60 isolates of Gram positive microrganisms were analyzed by conventional phenotype methodology, and Vitek and API Coryne 2 systems (bioMérieux) and by sequence analysis of 16S rRNA and rpoB genes. The genotypic identification was used as reference methods for evaluation of phenotypic systems. The data indicated the isolation of Corynebacterium striatum (44,68 %), Corynebacterium amycolatum (31,91 %), Corynebacterium jeikeium (8,51%), Corynebacterium urealyticum (6,39 %), Corynebacterium diphtheriae (4,26%), Corynebacterium simulans (2.12%) and Corynebacterium minutissimum (2,12%) from the blood of patients making use or not of invasive devices. The predominant species C. striatum and C. amycolatum presented 8 and 9 profiles of resistance to antimicrobial agents, respectively. The resistance profile with sensitivity just to tetracycline, linezolid and vancomycin, was prevalent during an outbreak of C. striatum occurred in 2010. The same profile was observed for C amycolatum, C. jeikeium and C. urealyticum. The definitive identification of most strains of C. striatum, C. amycolatum, C. jeikeium, C. simulans and C. minutissimum was possible only by genotyping . Interestingly, the sequence analysis of the 16S rRNA gene allowed the identification of other microorganisms such as Abiotrophia defectiva (6,67%), Arthrobacter (1,67 %), Brevibacterium (11.67 %) and Microbacterium (1.67 %). In conclusion, BGPI isolates from invasive infections should not be neglected and sequence analysis of 16S rRNA and rpoB genes can contribute to the definitive identification of the species of Gram positive microorganisms, including corynebacteria involved in these infections.

Made available in DSpace on 2016-04-12T12:41:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 diogo_tschoeke_ioc_dout_2013.pdf: 6504204 bytes, checksum: 8ee03e5b054b7754e81ce9d1e278efee (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os protozoários são definidos como organismos eucariotos unicelulares, e apresentam grande diversidade e variedade. Cerca de 200 mil espécies são descritas e quase 10.000 são parasitas. As espécies patogênicas causam doenças como a malária, doença do sono, doença de Chagas, leishmaniose, amebíase e giardíase. Portanto, estudos comparativos entre os protozoários são importantes porque estes podem mostrar semelhanças e diferenças entre essas espécies. A identificação de ortólogos é importante para a categorização funcional de genomas, porque ortólogos tipicamente ocupam o mesmo nicho funcional nos diferentes organismos, enquanto a identificação de parálogos é importante porque eles são submetidos a uma diversificação funcional via duplicação, através dos processos de neofuncionalização e subfuncionalização. A fim de realizar uma análise comparativa de 22 protozoários, 204.624 proteínas não redundantes de Plasmodium, Entamoeba, Trypanosoma, Leishmania, Giardia, Theileria, Toxoplasma, Trichomonas e Cryptosporidium, foram submetidos ao programa OrthoMCL, resultando em 26.101 grupos homólogos. Entre eles, 21.119 grupos são ortólogos, incluindo 7.679 co-ortólogos (grupos que contêm parálogos recentes), e 4982 são parálogos internos. Entre os ortólogos, 348 são compartilhados por todas as 22 espécies e representam o núcleo proteômico de Protozoa Com este núcleo realizamos uma análise filogenômica, usando os 348 ortólogos concatenados, resultando em uma supermatriz de 328.228 posições, que geraram uma árvore de espécies para os 22 protozoários. Quando inferimos os diferentes Núcleos Proteômicos, Kinetoplastida tem 5.000 grupos ortólogos e 67,92 % (3396/5000) são Kinetoplastida específicos, além disso, 46,29% (1592/3396) destes ortólogos são anotados como "hipotéticos". O núcleo proteômico de Apicomplexa tem 986 grupos ortólogos e 27,82% (224/986) são específicos, enquanto que 40,63% (92 /224) destes são classificados como hipotéticos. O núcleo proteômico de Entamoeba tem 5.915 grupos ortólogos e 75,08% (4441/5915) destes grupos são específicos, sendo que 65,41% (2905/4441) são anotados como hipotéticos. Analisando os parálogos, Trichomonas vaginalis foi a espécie que apresentou o maior número de grupos parálogos internos, 2933, e também mostrou 948 co-ortólogos totalizando 3.881 parálogos. Um aprofundamento da análise na ordem Kinetoplastida mostrou que Trypanosoma cruzi apresenta o número mais elevado de duplicações, totalizando 5.777 parálogos, sendo 4963 co-ortólogos e 814 parálogos internos Os resultados da montagem e análise de L. amazonensis resultaram 29.670.588 bases e 8802 CDS identificadas. A análise comparativa do gênero Leishmania mostrou que as seis espécies estudadas compartilham 7016 ortólogos, enquanto L. amazonensis e L. mexicana têm o maior número de ortólogos-específicos e L. braziliensis o maior número de paralogos internos. A análise filogenômica mostrou a posição taxonômica esperada de L. amazonensis e juntamente com L. mexicana formando o "complexo Mexicana", além da separação esperada do subgênero Leishmania. Encontramos potenciais proteínas análogas entre L. amazonensis e Homo sapiens e dentro do genoma de L. amazonensis, denominados análogos intragenômicos. Finalmente, a mineração por genes de RNAi mostrou que L. amazonensis , provavelmente não apresenta esta via funcional / Protozoa are defined as single celled eukaryotic organisms showing an extremely diversity and variety. Approximately 200,000 species are described and nearly 10,000 are parasitic. The pathogenic species cause diseases such as malaria, sleeping sickness, Ch agas disease, leishmaniasis, amoebiasis and giardiasis. Therefore, comparative studies among Protozoa are important because they may identify similarities and differences in these species. Orthologs identification is central to functional characterization of genomes because orthologs typically occupy the same functional niche in different organisms, while paralogs identification is important because they undergo a functional diversification by duplication, via the processes of neofunctionalization and subfu nctionalization. In order to perform comparative protozoa analysis, 204,624 non - redundant proteins from Plasmodium , Entamoeba , Trypanosoma , Leishmania , Giardia , Theileria , Toxoplasma , Trichomonas and Cryptosporidium , totalizing 22 species, were submitted t o OrthoMCL resulting in 26,101 homologs groups. Among them, 21,119 groups are orthologs including 7,679 co - orthologs (groups that contain recent paralogs) and 4,982 are inparalogs. Among the orthologs, 348 are shared by all 22 species, representing the Pro tozoa core proteome, with this core we perform ed a phylogenomic analysis with the 348 concatenated orthologs, resulting in a global supermatrix of 328,228 positions that generate a species tree for the 22 protozoa. When we inferred Core Proteome, the Kinet oplastida core has 5,000 orthologous groups and 67.92% (3,396/5000) are Kinetoplastida Specific, besides 46.29% (1,592/3,396) of these orthologs are annotated as “hypothetical”. Apicomplexa Core Proteome has 986 orthologous groups and 27.82% (224/986) are Apicomplexa Specific whereas 40.63% (92/224) were classified as hypothetical proteins. Entamoeba Core Proteome has 5,915 orthologous groups and 75.08% (4,441/5,915) of these groups are Entamoeba Specific and 65.41% (2,905/4441) were annotated as hypothetic al. Analyzing the paralogs, Trichomonas vaginalis was the specie s that presented the highest number of inparalogs groups, 2,933 and also showed 948 co - orthologs totalizing 3881 paralogs. A deep look into the Kinetoplastida order showed that Trypanosoma cruzi has the highest duplication number, totalizing 5777 paralogs, 4963 co - orthologs and 814 inparalogs groups . The L. amazonensis analysis resulted in 29,670,588 bases assembled, and 8802 CDS identified. Comparative analysis into the Leishman ia genus showed that these 6 species share 7016 ortologs, whilst L. amazonensis and L. mexicana has the biggest number of specific orthologs and L. braziliensis biggest number of inparalogs. Phylogenomic analysis showed the expected L. amazonensis taxonomi c position together with L. mexicana forming the “Mexicana complex” and the New and Old Leishmania (L . ). spp. separation. Potential analagous proteins were found between L. amazonensis and H omo sapiens , and also into the L. amazonensis proteome. Finally, R NAi analysis showed that L. amazonensis , probably, do not have functional RNAi pathway