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    Our metadata is collected from universities around the world. If you manage a university/consortium/country archive and want to be added, details can be found on the NDLTD website.
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Actitud ante la ley de prestaciones alimentarias según variables laborales en trabajadores de una Empresa de Servicios

Orellano Portugal, Cesar Miguel January 2006 (has links)
La tesis aborda como problema de investigación cómo difiere la actitud ante la Ley de Prestaciones Alimentarias en los trabajadores de una empresa de servicios, según el grupo ocupacional, tiempo de servicio y el nivel de especialización. Para responder a esta interrogante se ha efectuado una investigación aplicada con diseño descriptivo comparativo. Para la evaluación de las actitudes ante la Ley de Prestaciones Alimentarias se utilizó el cuestionario construido por el investigador, los ítems cubren aspectos cognitivos, afectivos y conductuales de la actitud con confiabilidad de .84 obtenida por la aplicación de la fórmula de Kuder Richardson. La población de estudio comprende a 129 trabajadores de una empresa de servicios. El estudio encontró que existen diferencias en la actitud ante la Ley de Prestaciones Alimentarias en los trabajadores de una empresa de servicios, según grupo ocupacional.
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Hormigones de altas prestaciones con agregado chancado y adicción combinada de microsilice y puzolana natural

Ticona Arcayo, Angel Miguel January 2008 (has links)
Es de conocimiento que en nuestro medio la construcción de grandes envergaduras se la realiza utilizando agregados del lugar; es decir, agregados de canto rodado para obtener hormigones normales de alta resistencia y gran durabilidad. Sin embargo la experiencia establece que el agregado chancado es el que permite obtener mejores resistencias, pero lastimosamente en nuestro país no existen plantas que proporcionen agregados chancados de buena calidad. Es por este motivo que el objetivo de este proyecto de grado es contribuir y complementar los estudios realizados de los Hormigones de Altas Prestaciones (HAP), realizo en canto rodado. Por tanto en esta investigación se estudia la influencia del agregado chancado con adiciones de una combinación de puzolana natural y microsilice en la resistencia a compresión de los HAP, elaborar las curvas y tablas con los valores respectivos de resistencia a compresión obtenidos en laboratorio a edades de 1, 7 y 28 días para distintas mezclas, comparar estos resultados con respecto a otros sub proyectos realizados anteriormente en la UMSA donde se utilizo agregado de canto rodado. Por ultimo realizar un análisis comparativo del beneficio costo para la obtención de las distintas dosificaciones / It is of knowledge that in our means the construction of big spans is carried out it using attachés of the place; that is to say, attachés of smooth song to obtain normal concretes of high resistance and great durability. However the experience establishes that the attaché crushed is the one that allows to obtain better resistances, but pitifully in our country plants that provide added crushed of good quality don't exist. It is for this reason that the objective of this grade project is to contribute and to supplement the carried out studies of the Concretes of High Benefits (HAP), I carry out in smooth song. Therefore in this investigation the attaché's crushed influence is studied with additions of a combination of natural pozzolan and micro silica in the resistance to compression of the HAP, to elaborate the curves and charts with the respective values of resistance to compression obtained in laboratory to ages of 1, 7 and 28 days for different mixtures, to compare these results with regard to other sub projects carried out previously in the UMSA where you uses attaché of smooth song. For I finish to carry out a comparative analysis of the benefit cost for the obtaining of the different dosages
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Arquitectura Empresarial para el proceso de compra de prestaciones de salud / Enterprise Architecture for the purchase process of Health benefits in Essalud

Guerrero Guerrero, Jean Marco, Tupia Vidal, Francisco Alberto 10 June 2019 (has links)
El actual proyecto surge a través de una necesidad, la cual es realizar un modelo de Arquitectura Empresarial del proceso de Compra de Prestaciones de Salud para la empresa estatal ESSALUD, con la finalidad de poder cubrir las inconsistencias que existen entre los procesos, usuarios, stakeholders, etc., las mismas que ocasionan pérdida de recursos, tiempo, además de afectar directamente la reputación y seriedad de la compañía. Así mismo, existe la necesidad de expandir la cobertura de los servicios de salud ofrecidos en el plano de una serie de restricciones financieras y políticas aplicadas por el gobierno de turno. De esta manera, gracias al desarrollo de la arquitectura empresarial para el proceso de compra de prestaciones de salud se puede optimizar y reducir los costos, gastos y tiempos utilizados actualmente en la entidad de salud; lo cual genera no solo un cuello de botella en el procedimiento general no solo internamente afectando al personal, sino, también, a la sociedad, pues existe actualmente un porcentaje muy alto de personas disconformes con el servicio que se ofrece. Para ello, es necesario que los procesos a los que se recurren esten correctamente definidos, de igual manera sus entradas, flujo interno y salidas, de tal manera que, al auditar estos procedimientos los números y estadísticas cuadren con el balance anual que se realiza para las entidades reguladoras de los presupuestos. / The current project comes through a necessity, which is to make a design model of the Enterprise Architecture Process Purchase benefits for the state company ESSALUD, in order to be able to cover the inconsistencies between processes, users, stakeholders, etc., the same that cause loss of resources, time, as well as directly affect the reputation and reliability of the company. Also, there is a need to expand the coverage of health services offered in terms of a number of financial and political restrictions imposed by the government. In this way, thanks to the development of the enterprise architecture for the process of buying health services in EsSalud, costs, expenses and time of use can be optimized and reduced at the health entity. Don’t make a change in this procedure generates not only a trouble in the general procedure, so it is not only internally affecting the staff, also affects to society, since there is a very high percentage of people that doesn’t like the service offered. For this, it is necessary that the processes that are used should be correctly define, as well as their inputs, the internal flow and outputs, this can generate that the numbers and the statistics match the annual balance that is made for the budgets regulatory entities. / Tesis
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Métodos de inteligencia artificial aplicados a química computacional en entornos de computación de alto rendimiento

Cano Esquibel, José Gaspar 17 December 2014 (has links)
El principal objetivo de esta tesis es la propuesta de una serie de refinamientos basados en métodos de inteligencia computacional, unidos a metodología in-silico para el descubrimiento de compuestos bioactivos, gracias a la capacidad de cómputo proporcionada por la reciente aparición de las arquitecturas computacionales masivamente paralelas tales como las GPUs (Unidades de Procesamiento Gráfico). Los resultados obtenidos en este proyecto podrían por tanto ayudar y formar la base de una nueva y atractiva generación de aproximaciones para descubrimiento de compuestos bioactivos.
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Breves Reflexiones Acerca de los Servicios Públicos en el Perú

Vignolo Cueva, Orlando 10 April 2018 (has links)
La actuación del Estado para satisfacer necesidades de sus ciudadanos es una responsabilidad de reconocer la carga social del Estado. Siempre se discute la capacidad de gestión de los servicios públicos que entrega a sus ciudadanos, puesto que no solo es una cuestión de proveer el servicio, sino una cuestión de la calidad del servicio que permita satisfacer de manera similar a una prestación privada. En la presente entrevista, el Dr. Orlando Vignolo nos comparte sus observaciones sobre como el Estado ha ido desarrollando o encaminando la gestión de los servicios públicos, como se puede hacer compatible la actuación del Estado con el límite del principio de subsidiariedad, que nuestra Carta Magna establece.
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Análisis de causales que generan controversia en los contratos de desarrollo y/o implementación de software

Valenzuela Suárez, Daniel Andrés January 2017 (has links)
Tesis (Magíster en Derecho y Nuevas Tecnologías) / Actividad Formativa Equivalente (AFET) / El presente trabajo de investigación tiene por objetivo abordar la problemática que existe en los contratos de prestaciones y/o desarrollo de software, en relación directa con las controversias que se generan por falta de definiciones técnicas, de negocio y/o de implementación. Por consiguiente, deseamos dar a conocer cómo los contratos de software han cambiado la esquematización de los contratos convencionales solo por el hecho de incorporar en su estructuración, productos intangibles y no especificados completamente. Teniendo en consideración que la Ley 19.496 detalla claramente como son respaldados los consumidores pese a que sus contratos sean de manera virtual y no a lo que acostumbramos a hacer personalmente. ¿a qué tipo de contratos corresponden?, ¿existen protecciones legales para dichos contratos?, y si ¿la ley ampara a las partes en cuanto a los vacíos legales?.
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“Análisis de las interrelaciones del sector turístico, sinergias y capacidades del territorio y proyección del escenario futuro : el caso de Miramar, Buenos Aires, Argentina”

Maffioni, Julieta 22 June 2023 (has links)
El escenario turístico plantea retos al modelo tradicional de sol y playa, que conllevan a la reconversión y/o reorientación de los destinos. Algunas estrategias están más asociadas a la continuidad y otras, en cambio, se apoyan en nuevos criterios y paradigmas. Un ejemplo es la inclusión de la sustentabilidad como premisa de desarrollo. Entonces, se vuelve necesario integrar políticas de captación de la demanda con un desarrollo sustentable. Para ello debe revalorizarse y reivindicarse del papel de la escala local. Las relaciones de los actores, la introducción y difusión de innovaciones, el marco institucional y la interacción y sinergia que se produce entre estos componentes otorgan dinámicas específicas al territorio que definen la capacidad de impulsar su propio desarrollo. El objetivo general de esta investigación fue analizar las interrelaciones que existen en el sector de prestaciones de servicios turísticos de Miramar y las sinergias y capacidades del territorio que impulsan o frenan el desarrollo de la sustentabilidad; y determinar perspectivas futuras respecto al escenario turístico. Se optó por una metodología cualitativa con una aproximación descriptiva e interpretativa. Las técnicas de recolección de datos empleadas fueron: entrevistas; grupo focal; observación documental, in situ y no participante; y encuestas en el método Delphi. Los resultados exhibieron que las prestaciones de servicios presentan restricciones de índole económica y política para implementar estrategias de sustentabilidad; mientras que las posibilidades están asociadas a la voluntad e iniciativa para desestacionalizar y desconcentrar la demanda y de incorporar acciones proambientales. Las relaciones son más fuertes intra que intersectorialmente. Los efectos sinérgicos dan cuenta de una intención de construir una visión compartida que se respalda en una búsqueda de una mayor viabilidad política y económica. Las capacidades más desplegadas son las vinculadas con la creación del entorno para el desarrollo; las menos desarrolladas son las que se sustentan en la animación social y la concertación de actores. Las perspectivas futuras en la gestión turística ambiental determinan que se deberá considerar a la calidad de recursos y espacios turísticos y los impactos que genere la actividad; el afianzamiento de los vínculos intra e intersectoriales y la participación y la toma de decisiones compartidas; las nuevas modalidades de turismo y los hábitos de la demanda. En las prestaciones habrá un aumento de innovaciones, y se requerirá de la profesionalización y cualificación de recursos humanos; el desempeño dependerá de la capacidad de satisfacción de los turistas y de adaptación al mercado; y la rentabilidad seguirá siendo uno de los puntos conflictivos. En la competitividad se valorarán entornos naturales, seguros y tranquilos; los atributos intangibles y la cercanía a centros emisores se constituirán en ventajas comparativas; se revalorizará a la cultura emprendedora; y el logro de la competitividad resultará de la capacidad de inversión y financiamiento. La tesis contribuye a comprender el desempeño de las prestaciones de servicios objeto de estudio en pos de la sustentabilidad; a las diversas relaciones que potencian las capacidades locales que favorecen un desarrollo más sustentable de la actividad; y las posibilidades de adaptación o no de las tendencias existentes a las condiciones que rigen en el mercado turístico. Esto en su conjunto permite configurar escenarios futuros deseables. / The current tourist scenario challenges to traditional model of sun and beach, which leads to the reconversion or reorientation of destinations. Some strategies are more associated with continuity and others are based on new criteria and paradigms. An example is the inclusion of sustainability as a development premise. The role of the local scale must be revalued and vindicated. The relationships of the actors, the introduction and diffusion of innovations, the institutional framework and the interaction and synergy that occurs between these components, give specific dynamics to the territory, which define the ability to promote its own development. The objective of this research was to analyze the relationships in the sector of tourist services in Miramar and the synergies and capacities of the territory that promote or slow down the development of sustainability and determine future perspectives regarding the tourist scenario. For this, a qualitative methodology was chosen with a descriptive and interpretive approach. The techniques used were interviews, focus group, documentary review, in situ and non-participant observations, and surveys in the Delphi method. Results show that tourist services present economic and political restrictions to implement sustainability strategies; while the possibilities are associated with the will and initiative to adjust and deconcentrate demand and incorporate pro-environmental actions. The relationships are stronger intra than intersectorally. The synergistic effects show an intention to build a shared vision, which is supported by a search for greater political and economic viability. The most deployed capabilities are linked to the creation of the environment for development; the least developed are those that are based on social animation and the concertation of actors. Future perspectives should consider, in environmental tourism management, the quality of tourist resources and spaces and the impacts generated by the activity, the strengthening of intra- and intersectoral relationships and shared participation and decision-making, the new forms of tourism and the habits of demand. In the matter of services, there will be an increase in innovations, and the professionalization and qualification of human resources will be required. Performance will depend on the ability to satisfy demand and adapt to the market, and profitability will continue to be one of the key issues. In competitiveness, natural safe and calm environments will be valued, intangible attributes and proximity to emission centers will become comparative advantages, the entrepreneurial culture will be revalued, and the achievement of competitiveness will depend on the investment and financing capacity. This thesis contributes to understand the performance of services in pursuit of sustainability, the various relationships that enhance local capacities that favor a more sustainable development of the activity, and the possibilities of the trends to adapt or not to the conditions of the tourist market and the fact that this allows the configuration of desirable future scenarios.
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Estudio de la influencia de los ciclos Atkinson y Miller sobre el proceso de combustión y las emisiones contaminantes en un motor Diesel

Novella Rosa, Ricardo 17 December 2009 (has links)
El objetivo principal de esta investigación ha consistido en determinar y analizar el potencial de los ciclos Atkinson y Miller para reducir el nivel de emisiones contaminantes y el consumo de combustible en un motor Diesel de transporte pesado equipado con un sistema de distribución flexible tanto en condiciones de baja como de alta carga. Esta estrategia ha sido evaluada en combinación con otras más convencionales, como son el retraso en el inicio de la inyección y la reducción en la concentración de oxígeno por medio de la recirculación de gases de escape. La presente tesis se ha desarrollado bajo un enfoque que permite comprender en la medida de lo posible los fenómenos básicos involucrados en los diferentes procesos objeto de estudio, y con ello generalizar al máximo los resultados. Por lo que este análisis se ha planteado desde una perspectiva teórico-experimental combinando diferentes herramientas con el objetivo de maximizar la información. Para la consecución de este objetivo se ha seguido una estructura secuencial donde en primer lugar se ha desarrollado una metodología específica diseñada para planificar adecuadamente las condiciones de operación objeto de estudio. Posteriormente, se han caracterizado las modificaciones introducidas en las condiciones termodinámicas del gas atrapado en el interior del cilindro, sobre el que se desarrolla el proceso de combustión, al implementar tanto un ciclo Atkinson como posteriormente un ciclo Miller. En la siguiente etapa del presente trabajo de investigación se ha realizado un análisis integral del proceso de combustión Diesel, incluyendo el proceso de formación de la mezcla, las características propias del proceso de combustión, la formación de emisiones contaminantes y finalmente el rendimiento térmico para identificar la influencia que los cambios anteriores introducen en estos procesos. Por último, como etapa final se comparan entre sí las diferentes estrategias estudiadas. / Novella Rosa, R. (2009). Estudio de la influencia de los ciclos Atkinson y Miller sobre el proceso de combustión y las emisiones contaminantes en un motor Diesel [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/6684
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Análisis y caracterización del tráfico HTC+MTC en una Smart City. Modelado de fuentes y calidad de servicio

Gómez Sacristán, Ángel Aureliano 10 September 2018 (has links)
[ES] Las ciudades constituyen un poderoso motor de crecimiento económico y social gracias a las oportunidades que ofrecen en contraposición al medio rural: mayor diversidad y cali-dad de empleo junto con mejores infraestructuras y servicios. Sin embargo, este crecimien-to genera una demanda creciente de recursos por lo que su gestión sostenible se ha conver-tido en un elemento clave en la política de las administraciones en todo el mundo. El concepto de "Ciudad Inteligente" surge para dar una respuesta global para el entorno urbano. Los principales organismos de estandarización están desarrollando un ecosistema de recomendaciones que definen entre otros aspectos, y relacionados con el ámbito tecno-lógico de la presente tesis, una arquitectura tecnológica consistente, métricas e indicadores de rendimiento, así como un modelo integrado de información. En este complejo entorno, la red de comunicaciones de una Ciudad Inteligente ha de ser capaz de adaptarse a los incrementos, en muchos casos abruptos, del tráfico generado por miles de dispositivos de naturaleza, criticidad y comportamiento heterogéneo. Garantizar la calidad, disponibilidad y prestaciones de los servicios subyacentes cuando éstos compi-ten por recursos limitados, así como evaluar el impacto de la introducción de nuevos servi-cios "smart", es un área de creciente interés. Aspectos como la cobertura geográfica, el bajo consumo y coste de los dispositivos, junto con la aparición de nuevas tecnologías y novedosos patrones de tráfico no suficientemen-te caracterizados, generan nuevos retos que es necesario abordar. Sirva como ejemplo el lanzamiento en España de los primeros servicios NB-IoT (3GPP TR 45.820 Cellular system support for ultra-low complexity and low throughput Internet of Things) y el reto que su-pondrá el despliegue de las tecnologías 5G en entornos urbanos. Esta tesis, que desarrolla el objetivo 05 del Proyecto de Investigación "MEC TIN2013-47272-C2-1-R - Plataforma de Servicios para Ciudades Inteligentes con Redes M2M Den-sas (PLASMA). Caracterización de servicios MTC/IoT y modelado de patrones de tráfico", profundiza en los aspectos relacionados con la evaluación de prestaciones de diversos servicios bajo una arquitectura de referencia. Para ello se han caracterizado las diferentes fuentes de tráfico que intervienen en una ciudad inteligente y se ha definido una red mode-lo convergente de acuerdo con las recomendaciones ITU-T Y.2011/Y.2012/Q3.900 (Next Generation Networks - Frameworks and functional architecture models & testing). En base a las conclusiones anteriores, se ha diseñado una herramienta denominada "Si-mulCity" que permite simular de manera flexible escenarios donde múltiples fuentes con-figurables de voz, vídeo y MTC comparten recursos en la red modelo definida. SimulCity permite la configuración de los mecanismos de gestión de tráfico (control de admisión en el acceso, clases de servicio, funciones policía, tránsito en la red MPLS) para evaluar presta-ciones y dimensionar adecuadamente los parámetros de caudales y clases de servicio que garanticen el adecuado funcionamiento de las aplicaciones. La herramienta Simulcity se ha utilizado para simular diferentes escenarios de servicios que están en proceso de implantación en la ciudad de València. Los resultados obtenidos han permitido realizar un dimensionado adecuado de los recursos de ancho de banda y clases de servicio necesarios con anterioridad a su despliegue. / [EN] Cities are a powerful engine for economic and social growth thanks to the opportuni-ties offered in contrast to the rural environment: greater diversity and quality of em-ployment together with better infrastructure and services. However, this growth gen-erates an increasing demand for resources, so that its sustainable management has be-come a key element in the policy of administrations around the world. The concept of "Smart City" emerges to give a global response to the urban environ-ment. The main standardization bodies are developing an ecosystem of recommenda-tions that define, among other aspects, and related to the technological scope of this thesis, a consistent technological architecture, metrics and performance indicators, as well as an integrated model of information. In this complex environment, the telecommunications network of a Smart City must be able to adapt to the often-abrupt increases in traffic generated by thousands of de-vices of a nature, criticality and heterogeneous behaviour. Ensuring the quality, avail-ability and performance of underlying services when they compete for limited re-sources, as well as assessing the impact of the introduction of new smart services, is an area of growing interest. Aspects such as geographical coverage, low consumption and cost of the devices, to-gether with the appearance of new technologies and novel traffic patterns not suffi-ciently characterized, generate new challenges that need to be addressed. An example is the launch in Spain of the first NB-IoT services (3GPP TR 45.820 Cellular system support for ultra-low complexity and low throughput Internet of Things) and the chal-lenge that will involve the deployment of 5G technologies in urban environments. This thesis, which develops objective 05 of the Research Project "MEC TIN2013-47272-C2-1-R - Services Platform for Smart Cities with Dense M2M Networks (PLASMA). Characterization of MTC / IoT services and modelling of traffic patterns ", delves into the aspects related to the evaluation of the performance of various ser-vices under a reference architecture. For this, the different sources of traffic that in-tervene in an intelligent city have been characterized and a convergent model network has been defined in accordance with ITU-T recommendations Y.2011 / Y.2012 / Q3.900 (Next Generation Networks - Frameworks and functional architecture models & testing). Based on the above conclusions, a tool called "SimulCity" has been designed that al-lows to simulate in a flexible way scenario where multiple configurable sources of voice, video and MTC share resources in the defined model network. SimulCity al-lows the configuration of the traffic management mechanisms (access admission con-trol, service classes, police functions, traffic in the MPLS network) to evaluate per-formance and adequately dimension the parameters of flow rates and service classes that guarantee the adequate operation of the applications. The Simulcity tool has been used to simulate different service scenarios that are in the process of being implemented in the city of Valencia. The results obtained have al-lowed an adequate sizing of the bandwidth resources and service classes necessary prior to their deployment. / [CA] Les ciutats constituïxen un poderós motor de creixement econòmic i social gràcies a les oportunitats que oferixen en contraposició al medi rural: major diversitat i qualitat d'ocupació junt amb millors infraestructures i servicis. No obstant això, este creixe-ment genera una demanda creixent de recursos i la seua gestió sostenible s'ha convertit en un element clau en la política de les administracions en tot el món. El concepte de "Ciutat Intel·ligent" sorgix per a donar una resposta global per a l'en-torn urbà. Els principals organismes d'estandardització estan desenrotllant un ecosiste-ma de recomanacions que definixen entre altres aspectes, i relacionats amb l'àmbit tecnològic de la present tesi, una arquitectura tecnològica consistent, mètriques i indi-cadors de rendiment, així com un model integrat d'informació. En este complex entorn, la xarxa de comunicacions de una Ciutat Intel·ligen ha de ser capaç d'adaptar-se als increments, en molts casos abruptes, del tràfic generat per milers de dispositius de naturalesa, criticidad i comportament heterogeni. Garantir la qualitat, disponibilitat i prestacions dels servicis subjacents quan estos competixen per recursos limitats, així com avaluar l'impacte de la introducció de nous servicis "smart", és una àrea de creixent interés. Aspectes com la cobertura geogràfica, el baix consum i cost dels dispositius, junt amb l'aparició de noves tecnologies i nous patrons de tràfic no suficientment caracteritzats, generen nous reptes que és necessari abordar. Servisca com a exemple el llançament a Espanya dels primers servicis NB-IoT (3GPP TR 45.820 Cellular system support for ultra-low complexity and low throughput Internet of Things) i el repte que suposarà el desplegament de les tecnologies 5G en entorns urbanes. Esta tesi, que desenrotlla l'objectiu 05 del Projecte d'Investigació "MEC TIN2013-47272-C2-1-R - Plataforma de Servicis per a Ciutats Intel·ligents amb Xarxes M2M Denses (PLASMA) . Caracterització de servicis MTC/IoT i modelatge de patrons de tráfico&", aprofundix en els aspectes relacionats amb l'avaluació de prestacions de diversos servicis davall una arquitectura de referència. Per a això s'han caracteritzat les diferents fonts de tràfic que intervenen en una ciutat intel·ligent i s'ha definit una xar-xa model convergent d'acord amb les recomanacions ITU-T Y.2011/Y.2012/Q3.900 (Next Generation Networks - Frameworks and fun-ctional architecture models & tes-ting). Basant-se en les conclusions anteriors, s'ha dissenyat una ferramenta denominada "Si-mulCity"; que permet simular de manera flexible escenaris on múltiples fonts configu-rables de veu, vídeo i MTC compartixen recursos en la xarxa model definida. Simul-City permet la configuració dels mecanismes de gestió de tràfic (control d'admissió en l'accés, classes de servici, funcions policia, trànsit en la xarxa MPLS) per a avaluar prestacions i dimensionar adequadament els paràmetres de cabals i classes de servici que garantisquen l'adequat funcionament de les aplicacions. La ferramenta Simulcity s'ha utilitzat per a simular diferents escenaris de servicis que estan en procés d'implantació en la ciutat de València. Els resultats obtinguts han per-més realitzar un dimensionat adequat dels recursos d'amplada de banda i classes de servici necessaris amb anterioritat al seu desplegament. / Gómez Sacristán, ÁA. (2018). Análisis y caracterización del tráfico HTC+MTC en una Smart City. Modelado de fuentes y calidad de servicio [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/107357
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High performance computing on biological sequence alignment

Orobitg Cortada, Miquel 17 April 2013 (has links)
L'Alineament Múltiple de Seqüències (MSA) és una eina molt potent per a aplicacions biològiques importants. Els MSA són computacionalment complexos de calcular, i la majoria de les formulacions porten a problemes d'optimització NP-Hard. Per a dur a terme alineaments de milers de seqüències, nous desafiaments necessiten ser resolts per adaptar els algoritmes a l'era de la computació d'altes prestacions. En aquesta tesi es proposen tres aportacions diferents per resoldre algunes limitacions dels mètodes MSA. La primera proposta consisteix en un algoritme de construcció d'arbres guia per millorar el grau de paral•lelisme, amb la finalitat de resoldre el coll d'ampolla de l'etapa de l'alineament progressiu. La segona proposta consisteix en optimitzar la biblioteca de consistència per millorar el temps d'execució, l'escalabilitat, i poder tractar un major nombre de seqüències. Finalment, proposem Multiples Trees Alignment (MTA), un mètode MSA per alinear en paral•lel múltiples arbres guia, avaluar els alineaments obtinguts i seleccionar el millor com a resultat. Els resultats experimentals han demostrat que MTA millora considerablement la qualitat dels alineaments. El Alineamiento Múltiple de Secuencias (MSA) es una herramienta poderosa para aplicaciones biológicas importantes. Los MSA son computacionalmente complejos de calcular, y la mayoría de las formulaciones llevan a problemas de optimización NP-Hard. Para llevar a cabo alineamientos de miles de secuencias, nuevos desafíos necesitan ser resueltos para adaptar los algoritmos a la era de la computación de altas prestaciones. En esta tesis se proponen tres aportaciones diferentes para resolver algunas limitaciones de los métodos MSA. La primera propuesta consiste en un algoritmo de construcción de árboles guía para mejorar el grado de paralelismo, con el fin de resolver el cuello de botella de la etapa del alineamiento progresivo. La segunda propuesta consiste en optimizar la biblioteca de consistencia para mejorar el tiempo de ejecución, la escalabilidad, y poder tratar un mayor número de secuencias. Finalmente, proponemos Múltiples Trees Alignment (MTA), un método MSA para alinear en paralelo múltiples árboles guía, evaluar los alineamientos obtenidos y seleccionar el mejor como resultado. Los resultados experimentales han demostrado que MTA mejora considerablemente la calidad de los alineamientos. Multiple Sequence Alignment (MSA) is a powerful tool for important biological applications. MSAs are computationally difficult to calculate, and most formulations of the problem lead to NP-Hard optimization problems. To perform large-scale alignments, with thousands of sequences, new challenges need to be resolved to adapt the MSA algorithms to the High-Performance Computing era. In this thesis we propose three different approaches to solve some limitations of main MSA methods. The first proposal consists of a new guide tree construction algorithm to improve the degree of parallelism in order to resolve the bottleneck of the progressive alignment stage. The second proposal consists of optimizing the consistency library, improving the execution time and the scalability of MSA to enable the method to treat more sequences. Finally, we propose Multiple Trees Alignments (MTA), a MSA method to align in parallel multiple guide-trees, evaluate the alignments obtained and select the best one as a result. The experimental results demonstrated that MTA improves considerably the quality of the alignments.

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