Submitted by ANDRÉ CACERES CARRILHO null (carrilho.acc@gmail.com) on 2016-04-01T02:33:57Z No. of bitstreams: 1 d_carrilho_ac.pdf: 6862099 bytes, checksum: fa858752c5f46a9fc8acf83fee1ed2cc (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-04-05T13:36:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 carrilho_ac_me_prud.pdf: 6862099 bytes, checksum: fa858752c5f46a9fc8acf83fee1ed2cc (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-05T13:36:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 carrilho_ac_me_prud.pdf: 6862099 bytes, checksum: fa858752c5f46a9fc8acf83fee1ed2cc (MD5) Previous issue date: 2016-02-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As nuvens de pontos provindas de Sistemas de Varredura a LASER (Light Amplification by Stimulated Emission of Radiation) Aerotransportados (SVLA) representam a superfície com um grande detalhamento, sendo registrada a vegetação e as feições antrópicas, como edificações e rodovias, por exemplo. A automação da tarefa de classificação da nuvem de pontos é importante para a redução de custos em aplicações práticas relacionadas a atividades de mapeamento. Esta dissertação tem por objetivo principal o estudo, implementação e avaliação de técnicas de processamento e análise de imagens visando a classificação da nuvem de pontos LiDAR (Light Detection and Ranging), e a obtenção, de forma automática, do MDT (Modelo Digital do Terreno) e dos pontos pertencentes a edificações e vegetação. Inicialmente são apresentados os conceitos necessários para o entendimento do método proposto, o qual é detalhado na sequência, assim como os conjuntos de dados utilizados para as avaliações. Além da revisão conceitual sobre tópicos como Morfologia Matemática, Análise de Componentes Principais e algoritmo RANSAC, estudou-se a necessidade de redução da quantidade de iterações do RANSAC e uma alternativa para obtenção de alguns dos parâmetros do método a priori. Foram realizados experimentos sobre a escolha do interpolador (para a geração da grade regular) e para a seleção da forma e dimensão do elemento estruturante (usado nas operações morfológicas). A classificação final foi avaliada em termos de completeza e nível de acerto, calculadas com relação a referências geradas manualmente. / The point clouds acquired by ALS (Airborne LASER Scanning) systems represent the surface with great level of detail, recording both natural vegetation and anthropic features, such as buildings and roads, for example. The automation’s task of point clouds classification is important to reduce costs in practical applications related to mapping activities and production. This work is primarily focused in the study, implementation and evaluation of image processing and analysis techniques, aiming the automatic cloud point classification, generation of the DTM (Digital Terrain Model) and the detection of roof plane and vegetation points. Besides the conceptual review about Mathematical Morphology, Principal Component Analysis and RANSAC (Random Sample Consensus), it was studied the need to reduce the quantity of iterations and an alternative to obtain some of the parameters required by RANSAC algorithm considering one preliminary classification based on Principal Component Analysis. Some experiments were conducted in order to select both the interpolation method (to generate the grid) and the shape and size of the structuring element (used in the morphological operations). The final classification was evaluated in terms of completeness and correctness, computed with respect to a manually generated reference.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2001-04Bitstream added on 2014-06-13T20:42:15Z : No. of bitstreams: 1 cardim_m_dr_botfca.pdf: 1176188 bytes, checksum: b3268b048aee1aa9380f190c5e36f982 (MD5) / O presente trabalho teve como objetivo desenvolver um estudo do comportamento multivariado das principais variáveis climáticas de interesse agrícola do estado de São Paulo, mediante aplicação dos métodos de análise de agrupamento, análise dos componentes principais e geoestatísticos. Utilizou-se dados de 25 variáveis climáticas compreendendo a altitude, precipitações pluviométricas médias mensais e temperaturas do ar médias mensais, coletados em 117 postos meteorológicos distribuídos pelo estado de São Paulo, excluindo-se o litoral por apresentar características climáticas distintas do restante do estado. Sobre as variáveis climáticas, aplicou-se a análise de agrupamento com o objetivo de caracterizar e determinar regiões climáticas homogêneas, usando a distância euclidiana, entre as variáveis climáticas, como medida de similaridade. O dendograma identificou visualmente os possíveis agrupamentos climáticos homogêneos no estado de São Paulo de acordo com a medida de similaridade escolhida. Em seguida, as variáveis climáticas foram submetidas à análise dos componentes principais, aplicada sobre a matriz de correlação R . Dos componentes resultantes, foram retidos somente os que apresentavam autovalores maiores que a unidade, ou seja, os três primeiros componentes. Estas análises mostram que as 25 variáveis climáticas podem ser substituídas pelos três primeiros componentes, que explicaram respectivamente, 57,20%, 26,18% e 5,88% da variabilidade total dos dados. Sobre os três componentes retidos, foi aplicada a rotação ortogonal de fatores conhecida como Varimax, que fornece fatores ortogonais linearmente independentes. Os pesos dos fatores, após rotação ortogonal, com valor absoluto maior que 0,79, combinados com as variáveis correspondentes, foram usados para modelar três índices climáticos, chamados de índice térmico, índice... . / The purpose of this work was to develop a study on the multivaried behaviour of the main climatic variables of agricultural interest in the state of São Paulo, by applying the methods of grouping analysis, principal components and geostatistical analysis. Data from 25 climatic variables including altitude, mean-monthly pluviomatric precipitation and mean-monthly air temperature collected from 117 weather stations throught the state of São Paulo, excluding the coast, were used. The grouping analysis was applied on the climatic variables with the purpose of characterizing and determining homogeneous climatic regions by using the euclidean distance as a measure of similarity. The dendogram visually identified the possible homogeneous climatic groupings in the state of São Paulo according to the chosen measure of similarity. Afterwards, the climatic variables were submitted to the analysis of the principal components applied on the matrix of correlation R. From the resulting components, only the first three components that presented eigenvalue higher than the unit were kept. These analysis show that the 25 climatic variables may be replaced by the first three components which explained respectively, 57,20%, 26,18% and 5,88% of the total variability of the data. The orthogonal rotation, which provides linearly independent orthogonal factors and is known as Varimax, was applied on the three components that were kept. The influence of the factors, after orthogonal rotation and containing absolute value higher that 0,79, combined with the respective variables, were used to model three climatic indexes called thermic index, pluviometric index and pluviothermic index. The purpose of the rotation was to describe the relations among the variables that may be grouped by their correlations in which each group... (Complete abstract, click electronic address below).

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-09-18Bitstream added on 2015-04-09T12:47:54Z : No. of bitstreams: 1 000812398.pdf: 1324699 bytes, checksum: d0d715f59d8c26b64d6a305766066855 (MD5) / A vegetação do bioma Cerrado é predominantemente constituída por fisionomias savânicas (cerrado lato sensu). Os fatores que determinam a distribuição das diferentes fisionomias estão em constante debate, e têm sido relacionados principalmente a gradientes de fertilidade, profundidade do solo, disponibilidade hídrica, ocorrência de fogo, pressão antrópica e topografia. Entretanto, não são raros os estudos que têm encontrado resultados antagônicos ou não alinhados a esses. Neste sentido, com este estudo, pretendeu-se contribuir para o entendimento dessas questões, buscando responder às seguintes perguntas: existem diferenças florísticas e estruturais na vegetação e nos atributos do solo entre fisionomias previamente classificadas como cerradão e cerrado ralo? O cerradão ocorre em solos mais férteis e/ou com condições físicas menos restritivas que aquelas onde ocorre o cerrado ralo? Para isso, relacionamos atributos físicos e químicos do solo, assim como os padrões florísticos (riqueza e composição de espécies) e estruturais (densidade, área basal, etc.) da comunidade vegetal de três fragmentos de cerrado (cerradão, cerradão “degradado” e cerrado ralo) do nordeste do Maranhão, localizados muito próximos um do outro, em solos taxonomicamente iguais e, portanto, sujeitos a semelhantes influências ambientais e fatores pedogenéticos. Os fragmentos estudados estão inseridos num mosaico de paisagem constituído por remanescentes de áreas de cerrados em níveis diferenciados de degradação. Para as análises do solo, em cada fragmento de cerrado, foram retiradas 49 amostras do solo na camada de 0-0,10 m de profundidade, distribuídas em uma malha amostral quadrada com espaçamento regular de 15 m. As amostras foram coletadas no ponto de cruzamento entre as linhas da malha amostral. As coletas foram realizadas entre os meses de abril e maio de 2013. O levantamento fitossociológico foi realizado ... / The vegetation of the Cerrado biome (Brazilian savanna) is predominantly composed of cerrado physiognomies (cerrado lato sensu). The determining factors on the cerrado physiognomies distribution have been continuously in question, and have been primarily related to gradients of fertility, soil depth, water availability, occurrence of fire, human disturbance and topography. However, there are few studies that have found opposing results or not aligned to these. In this sense, this study was intended to contribute to understanding of these issues, seeking to answer the following questions: Are there floristic and structural differences in vegetation and soil properties faces previously classified as cerradão and cerrado-ralo? Does cerradão occur on soils that are more fertile and/or in mild physical conditions than the cerrado-ralo? For this, we compared physical and chemical soil attributes, as well as floristic patterns (richness and species composition) and structural (density, basal area) of the plant community of three fragments of savanna (cerrado, cerrado degradado and cerrado-ralo) of Northeastern state of Maranhão, located very close to each other in taxonomically identical soils, and therefore subject to similar environmental influences and pedogenic factors. The studied fragments are embedded in a landscape mosaic consisting of remaining areas of cerrado in different levels of degradation. For soil analysis, 49 samples were taken in each fragment in the 0-0.10m soil profile, distributed in a square sampling grid with regular spacing of 15 m. Samples were collected at the point of intersection between the lines of the sampling grid. Sampling was carried out between the months of April and May 2013. Phytosociological survey was carried out in 49 circular plots, in which center the soil sample points were located. A sample of plant material was carried out between the months of January 2012 and May 2013. The ...

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-11-17Bitstream added on 2015-01-26T13:30:35Z : No. of bitstreams: 1 000806808.pdf: 738236 bytes, checksum: 621f3c0b2cc84736951c90b1e52da5d4 (MD5) / A demanda por alimentos orgânicos tem crescido nitidamente nos últimos anos, sobretudo pelos produtos lácteos. Logo, técnicas que permitam a autenticação dos mesmos são de grande importância para o consumidor assegurar-se de que está ingerindo um alimento genuinamente orgânico. Desta forma, o objetivo deste estudo foi diferenciar amostras de leites bovinos produzidos em sistemas convencional e orgânico, por meio das razões isotópicas de carbono e nitrogênio, do teor de polifenóis totais e da capacidade antioxidante, além de investigar o efeito da pasteurização sobre esses compostos antioxidantes. Oito amostras de leite cru foram colhidas de quatro fazendas (duas convencionais – Conv 1 e 2 – e duas orgânicas – Org 1 e 2) e uma porção de cada uma foi submetida à pasteurização lenta. Amostras cruas e pasteurizadas foram congeladas, liofilizadas e moídas para a condução das análises. Houve diferença (p<0,05) entre todas as fazendas para ambos os isótopos, exceto entre Org 1 e Conv 2 para δ13C, e entre Org 1 e Conv 1 para δ15N. Para polifenóis, houve diferença (p<0,05) entre as fazendas convencionais, mas não entre as orgânicas, sendo que, entre sistemas distintos, houve diferença entre Conv 1 e Org 2 e entre Conv 2 e Org 1. A pasteurização não afetou (p>0,05) o teor de polifenóis dos leites. A análise de componentes principais permitiu uma distinção mais clara entre todas as fazendas, sendo a razão isotópica ... / The demand for organic food has increased sharply in recent years, especially for dairy products. Therefore, procedures for their authentication have a great importance for consumers to assure that food they are purchasing is genuinely organic. Thus, the aim of this study was to differentiate bovine milk samples produced in organic and conventional systems, by stables isotopes ratios of carbon and nitrogen, total polyphenols content and antioxidant capacity, in addition to investigate the effect of pasteurization on these antioxidant compounds. Eight samples of raw milk were collected from four farms (two conventional – Conv 1 and 2 – and two organic – Org 1 and 2) and a portion of each one was subjected to slow pasteurization. Raw and pasteurized samples were frozen, freeze-dried and ground for the conduct of analyzes. There were differences (p<0.05) between all farms for both isotopes, except between Org 1 and Conv 2 for δ13C, and between Org 1 and Conv 1 for δ15N. For polyphenols, there were differences (p<0.05) between conventional farms, but not between organic farms, and about distinct systems, there were differences between Conv 1 and Org 2 and between Conv 2 and Org 1. The pasteurization did not affect (p>0.05) the polyphenol content in milk. Principal component analysis allowed a clearer distinction between all farms, and stable nitrogen isotope ratio was the variable that most contributed to the distinction

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-08-23Bitstream added on 2014-06-13T18:49:52Z : No. of bitstreams: 1 melo_dc_me_sjrp.pdf: 881669 bytes, checksum: 1b76ce59e1e8c41bdd0b4d83a5fe4207 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O tetradecapeptídeo Eumenine mastoparano - AF (EMP-AF) extraído do veneno de vespa, em solução aquosa contendo trifluoretanol (TFE) mostra conformação helicoidal anfipática de acordo com os dados de Ressonância Magnética Nuclear (RMN) e Dicroísmo Circular (CD). A seqüência de aminoácidos tem o N-terminal amidado e três lisinas carregadas (5, 8 e 12). Nesse trabalho, investigamos a estrutura conformacional desse peptídeo em solução aquosa contendo TFE por simulação de dinâmica molecular usando o pacote GROMACS. As simulações foram feitas usando uma caixa cúbica que inclui o TFE (30%) e moléculas de água (70%). O método da troca de réplica foi usado para simular o sistema no intervalo de temperatura (280K - 350K) uniformemente distribuída em 14 processadores. Cada réplica numa dada temperatura T tem uma estrutura aleatória como conformação inicial. Em intervalos fixos de tempo, duas réplicas vizinhas tentam trocar conformações de acordo com a probabilidade de Boltzmann ( - onde = ( )( U), é 1/kBT e U a energia potencial). Apresentamos trajetórias que mostram claramente a formação de uma estrutura helicoidal (resíduos 3 e 12). Juntamente com a estrutura helicoidal, outras conformações tais como estruturas helicoidais parciais e folhas- também exibem estabilidade relativamente alta. A estrutura helicoidal está de acordo com as 20 estruturas disponíveis obtidas por RMN, com valores pequenos de RMSD. Também mostramos que a diversidade de estruturas obtidas por RMN está relacionada com flutuações globais da cadeia, como indicado pela análise de componentes principais. A projeção da trajetória de equilíbrio na primeira componente principal, de uma estrutura helicoidal obtida como conformação inicial, mostrou flutuações que aproximadamente reproduzem a diversidade de estruturas de RMN, que são devidas principalmente à flexibilidade do N- terminal do peptídeo. / Tetradecapeptide eumenine mastoparan-AF (EMP-AF) (14 residues) extracted from wasp venom, in solution with water and trifluoroethanol (TFE) show amphiphatic helical conformation, according with Nuclear Magnetic Resonance (NMR) and Circular Dichroism (CD) data. The amino acid sequence has amidated N-terminus and three charged lysine (5, 8 and 12). In this work, we have investigated structural conformations of this peptide in TFE aqueous solution by molecular dynamics simulations using GROMACS package. The simulations have been done using a cubic box that included TFE (30%) and water molecules (70%). The replica-exchange method was used to simulate the system in the temperature range (280K - 350K) uniformly distributed in 14 processors. Each replica, at a given T has a coil structure as the initial conformation. At fixed time intervals, two neighboring replica try to exchange configurations with Boltzmann probability e-D, where D = (Db)(DU), b is 1/kBT and U is potential energy. We present trajectories, which clearly show the formation of the helix structure of the peptide (residues 3 to 12). Along with the helix structure, other conformations, such as partial helical structure and b-sheet, also show relatively high stability. The helical structure shows good agreement with the twenty available NMR structures, with relatively small values of RMSD. It is also shown that this diversity of the NMR structures is related to global fluctuations of the chain, as indicated by a principal component analysis. The projection of equilibrium trajectory, with the obtained helix as the initial conformation, on the first principal component, showed fluctuations that nearly reproduce the diversity of the NMR structures, which are due, mainly, to the flexibility of the N-terminus of the peptide.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 1761.pdf: 1658073 bytes, checksum: a2f5d905cbfd9578ba0bae00a17770df (MD5) Previous issue date: 2008-03-03 / Universidade Federal de Sao Carlos / On the first chapter, photosyntehsis network global connectance analysis (Cg) and principal components analysis (PCA) indicate, respectively, that decrease on net photosynthesis (PN) was accompanied by reduced autonomy in relation to environment and reduced variation of answers of all physiological network variables in clear day. High synchronization among physiological and meteorological parameters (reduced autonomy of cultivars in relation to environment) on clear day was considered the main cause of PN drop. This causal relationship was highlighted by results from PCA pointing out simultaneously: 1 - a clear contrast among physiological and meteorological vectors, 2 - reduced physiological variation of grafted and non-grafted individuals on clear day, and 3 - distribution of symbols representing clear and cloudy days close to meteorological and physiological vectors, respectively. Therefore, autonomy was strong parameter of stress condition of Coffea arabica on clear and cloudy days under field conditions in growing season. On the second chapter, young plants of C. arabica cultivars presented higher net carbon assimilation and quantum efficiency when treated for 14 hours at 17-23ºC (reduced temperatures) than when treated for 14 hours at 26-32ºC (elevated temperatures). At 17-23ºC, electron transport rate was not excessive, negative components of photosynthetic process are reduced, and biochemical and photochemical processes of photosynthesis are in equilibrium. The principal component analyses (PCA) showed that at reduced temperatures (17-23ºC) there was similar physiological behavior among cultivars. On the other hand, at elevated temperatures (26-32ºC), the cultivars displayed broader physiological variation and strong inhibition of photosynthesis at leaf temperature of 32ºC. On this extreme temperature it was brought about a decrease of carboxylation efficiency and an increase of mesophyll limitation of photosynthesis. Photosynthesis network of C. arabica was tightly adjusted at elevated temperatures (Cg values higher than at reduced temperatures). Network analysis and PCA in C. arabica were appropriate tools to discriminate the impact of stressing temperatures and the kind of responses of each cultivar under changing environment. / No primeiro capítulo, a análise da conectância global (Cg) da rede de fotossíntese e a análise de componentes principais (PCA) indicaram, respectivamente, que a diminuição da fotossíntese líquida (PN) foi acompanhada por reduzida autonomia com relação ao ambiente de todos os cultivares e reduzida amplitude da variação de respostas de todas as variáveis fisiológicas da rede sob dia claro em relação ao dia nublado. A elevada sincronização entre os parâmetros fisiológicos e meteorológicos (reduzida autonomia dos cultivares com relação ao ambiente) no dia claro foi considerada a principal causa da diminuição de PN. Essa conclusão foi corroborada por resultados provenientes da PCA, a qual mostrou um contraste entre os vetores fisiológicos e meteorológicos, reduzida variabilidade de comportamento dos indivíduos enxertados e francos no dia claro e uma distribuição dos símbolos dos dias claros e nublados próximos, respectivamente, dos vetores meteorológicos e fisiológicos. Portanto, a autonomia é claramente um indicador da condição de estresse de Coffea arabica em dias claros ou nublados sob condições de campo na estação de crescimento. No segundo capítulo, plantas jovens de C. arabica apresentaram maior assimilação líquida de carbono quando permaneceram por 14 horas sob 17-23ºC (temperaturas reduzidas) do que quando permaneceram por 14 horas sob 26-32ºC (temperaturas elevadas). Sob 17- 23ºC, a eficiência quântica aparente é maior, a taxa de transporte de elétrons não é excessiva, os componentes negativos do processo fotossintético são reduzidos e os processos bioquímicos e fotoquímicos da fotossíntese estão em equilíbrio. A PCA mostrou que, nas temperaturas reduzidas (17-23ºC) os cultivares apresentaram comportamentos semelhantes entre si. Por outro lado, sob temperaturas elevadas (26-32°C), os cultivares exibem maior variação de comportamentos fisiológicos e fotossíntese extremamente inibida sob temperatura foliar de 32ºC. Sob essa temperatura extrema há diminuição da eficiência de carboxilação e aumento da limitação mesofílica da fotossíntese. A rede da fotossíntese de C. arabica encontra-se fortemente conectada nas temperaturas elevadas (valores de Cg relativamente maiores). A análise de redes e a PCA foram apropriadas para discriminar o impacto de temperaturas estressantes e o tipo de respostas de cada cultivar sob mudanças no ambiente.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:24:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-09-08Bitstream added on 2014-06-13T18:52:36Z : No. of bitstreams: 1 silva_nr_me_botfca.pdf: 603039 bytes, checksum: 4acd5387f9aeb3ee2adb6a3405b329e6 (MD5) / Os experimentos agronômicos, em geral, apresentam uma quantidade razoável de variáveis observadas e uma complexa estrutura de variação entre e dentro dessas variáveis. Essa estrutura de variação acarreta uma dificuldade para a utilização dos procedimentos requeridos pelo modelo estatístico, em virtude do difícil acesso a programas computacionais para a análise dos dados multivariados. Uma alternativa para redimensionar a quantidade de variáveis consiste na técnica dos componentes principais, que consegue descrever um conjunto com um número menor de variáveis não correlacionadas entre si, ordenadas de maneira decrescente pelas magnitudes das variâncias, de tal forma que a variância total do conjunto inicial seja preservada. Em síntese, a prática da análise de componentes principais é considerada sob o objetivo da redução do espaço paramétrico. Uma das dificuldades encontrada pelos pesquisadores no uso da técnica dos componentes principais, consiste na determinação do número de componentes que deve ser utilizado na redução do espaço paramétrico. Dentre alguns métodos exploratórios discutidos foram apresentados quatro critérios para a escolha do número de componentes principais os quais retem de forma qualificada, a informação contida nas variáveis originais. Neste sentido, foi proposto no presente estudo, a elaboração de um programa computacional, desenvolvido em linguagem MAPLE V.3 e CLIPPER 5.1, de fácil manuseio e acessível a todos os pesquisadores das áreas agronômicas. Visando a operacionalização do aplicativo e a utilização dos procedimentos de análise multivariada, finalizou-se o estudo apresentando dois exemplos envolvendo situações observadas na literatura agronômica, onde no primeiro faz-se uma abordagem pela metodologia univariada e pela utilização de componentes principais por processo gráfico, e no segundo... / The agronomical experiments, in general, introduce a reasonable quantity of observed variables and a variation complex structure between and within these variables. This variation structure carries a difficulty for the utilization of the procedures required by the statistical model, in view of the difficult access for computational programs for the analysis of the multivariate data. An option for redimensionate the quantity of variable consists in the technique of the principal components, which manages to describe a set with a smaller number of variable not correlated to each other, ordenate of decreasing way by the magnitudes of the variances, of such a form that the total variance of the initial set be preserved. In synthesis, the practice of the analysis of principal components is considered under the objective of the reduction of the parametric space. One of the difficulties found by the researchers in the use of the technique of the principal components, it consists in the determination of the number of components that should be used in the reduction of the parametric space. Among some argued exploratory methods were introduced four criteria for the choice of the number of principal components the ones retain of form qualified, the information contained in the original variables. In this sense, it was proposed at study present, the elaboration of a computational program, developed in language MAPLE V.3 and CLIPPER 5.1, of easy handling and accessible to all the researchers of the agronomical areas. Aiming at operationalization of the application and the utilization of the multivariate analysis procedures, it was concluded the study introducing two examples involving situations observed in the agronomical literature, where in the first an approach is done by the univariate methodology and by the utilization of principal components for prosecute graph, and in the second... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Luara Afonso de Freitas null (luaraa.freitas@gmail.com) on 2018-02-28T12:52:28Z No. of bitstreams: 1 FREITAS_2018.pdf: 2467849 bytes, checksum: d131127bf0cf93ad3b5bfccd0626241b (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-02-28T13:18:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 freitas_la_me_jabo.pdf: 2467849 bytes, checksum: d131127bf0cf93ad3b5bfccd0626241b (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-28T13:18:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 freitas_la_me_jabo.pdf: 2467849 bytes, checksum: d131127bf0cf93ad3b5bfccd0626241b (MD5) Previous issue date: 2018-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O uso de raças ou animais resistentes aos endoparasitas dentro do sistema de produção de ovinos de carne é uma das alternativas mais eficientes para se obter maior produção. O controle dos acasalamentos entre animais aparentados é de grande importância para reduzir perdas na produção pelo aumento da homozigose de alelos deletérios. O peso corporal é uma das características de maior importância econômica em ovinos e pode ser registrado ao longo da vida de um mesmo animal. Os modelos de regressão aleatória na avaliação genética de medidas longitudinais são geralmente recomendados para estimar parâmetros genéticos de dados longitudinais. As análises multivariadas são um conjunto de métodos estatísticos que torna possível a análise simultânea de medidas múltiplas para cada indivíduo ou fenômeno observado. Este trabalho teve como objetivos: (1) analisar a estrutura populacional e verificar o efeito da endogamia sobre características fenotípicas de crescimento e resistência a verminose, (2) comparar estruturas (homogeneidade e heterogeneidade de variâncias) para modelar a variância residual em modelos de regressão aleatória, (3) avaliar a influência desta modelagem na estimação de parâmetros genéticos a fim de determinar o modelo mais apropriado para estudar o crescimento e a resistência à verminose e (4) avaliar a associação genética e explorar o perfil genético da produção de carne e resistência à verminose em ovinos da raça Santa Inês. O banco de dados fenotípico conteve 2.159 registros de peso corporal oriundos de 753 animais, 1.468 registros de volume globular provenientes de 476 animais e 981 registros de contagem de ovos por grama de fezes oriundos de 375 animais entre 30 a 900 dias de idade medidos mensalmente e registros de pedigree de 2.410 animais da raça Santa Inês. Os animais foram divididos em 10 classes de idade (CI90 = 30 a 90 dias de idade CI180= 91 a 180 dias de idade, CI270= 181 a 270 dias de idade, CI360= 271 a 360 dias de idade, CI450= 361 a 450 dias de idade, CI540= 451 a 540 dias de idade, CI630= 541 a 630 dias de idade, CI720= 631 a 720 dias de idade, CI810= 721 a 810 dias de idade, CI900= 811 a 900 dias de idade). A estrutura do pedigree foi analisada utilizando o programa Endog 4.8. As análises de estimação dos componentes de variância foram realizadas por meio de modelo animal unicaracterística de regressão aleatória pelo método de máxima verossimilhança restrita utilizando polinômios de Legendre. O critério da informação bayesiana foi utilizado para selecionar o melhor modelo. A análise de componentes principais foi realizado no software STATISTIC e a analise de agrupamento hierárquico e não hierárquico no software R. Foi observado aumento no coeficiente de endogamia até a 6ª geração máxima, aumento do parentesco médio e da porcentagem de animais endogâmicos até a 7ª geração máxima. O polinômio de Legendre de ordem 3 (intercepto, linear e quadrático) proporcionou o melhor ajuste dos dados para peso corporal, volume globular e contagem de ovos por grama de fezes. A seleção dos animais poderia ser feita com base no peso corporal a partir de 271 dias de idade, pois a estimativa de herdabilidade foi de 0,23 (0,03) e foram altas as correlações genéticas do peso corporal nesta idade com a maioria dos pesos corporais nas demais idades, exceto com peso corporal medida entre 30 a 90 dias de idade. A seleção destes animais para resistência a verminose se realizada poderá ser pouco eficiente devido às baixas estimativas de herdabilidade para volume globular (0,09±0,01 a 0,18±0,02) e contagem de ovos por grama de fezes (0,01±0,02 a 0,17±0,03), portanto, o ganho genético será a longo prazo. A seleção para peso corporal poderia trazer ganhos genético favoráveis para a característica volume globular devido à proximidade das características no eixo do componente principal um. Nas análises de agrupamento apenas um dos três grupos genéticos identificados apresentou perfil genético indicado para a seleção para peso corporal e volume globular. / The use of resistant animals to gastrointestinal nematode parasites within the meat production system is one of the most efficient alternatives to increase meat yield in sheep. The control of mating between related animals is of great importance to reduce losses in meat production by increasing the homozygosity of deleterious alleles. Application of Random regression models in the genetic evaluation of longitudinal measurements is generally recommended to adjust growth curves and to estimate genetic parameters of longitudinal data. The multivariate analyzes are a set of statistical methods that make possible the simultaneous analysis of multiple measures for each individual or observed phenomena. The aims of this study were: (1) to analyze the population structure and verify the effect of inbreeding on phenotypic traits of growth and resistance to gastrointestinal nematode parasites, (2) to compare structures (homogeneity and heterogeneity of variances) to model residual variance in random regression models, (3) to study the influence of this modeling in the estimation of genetic parameters in order to determine the most appropriate model to study the growth and resistance to gastrointestinal nematode parasites curves, and (4) evaluate the genetic association and explore the genetic profile of meat production and resistance to gastrointestinal nematode parasites in Santa Inês sheep. The data contained 2,159 body weight records from 753 animals, 1,468 mean corpuscular volume records from 476 animals and 981 records of fecal egg counts from 375 animals and pedigree information from 2,410 in Santa Ines sheep. The animals were divided into 10 age classes (CI90 = 30 to 90 days of age CI180 = 91 to 180 days of age, CI270 = 181 to 270 days of age, CI360 = 271 to 360 days of age, CI450 = 361 to 450, CI540 = 451 to 540 days of age, CI630 = 541 to 630 days of age, CI720 = 631 to 720 days of age, CI810 = 721 to 810 days of age, CI900 = 811 to 900 days of age). The structure of the pedigree was analyzed using the program Endog 4.8. Analyzes of the variance component estimates were performed using a one-trait model of random regression using the restricted maximum likelihood method. The Bayesian information criterion was used to select the best model. The principal component analysis was performed in STATISTIC software and hierarchical and non-hierarchical analysis grouping was performed in the software R. There was an increase in the inbreeding coefficient up to the 6th maximum generation and also an increase in the average relatedness and in the percentage of inbred animals up to the 7th maximum generation. Genetic correlation estimates for all traits in the age classes presented values close to the unit at close weighings, with a reduction in the magnitude of the correlations as the time interval between weighings increased. The Legendre polynomial of order 3 (intercept, linear and quadratic) provided the best fit of the data for body weight, mean corpuscular volume, and fecal egg counts. The selection of the animals could be made based on body weight from 271 days of age, as the heritability estimate was moderate, 0.23 (0.03), and showed high genetic correlations with most body weights, except with body weight from 30 to 90 days of age. Selection of these animals for resistance to gastrointestinal nematode parasites if carried out may result in low efficiency due to the low estimates of heritability for the mean corpuscular volume (0.09 ± 0.01 to 0.18 ± 0.02) and fecal egg counts (0.01 ± 0.02 to 0.17 ± 0.03), therefore, the genetic gain will be low and in the long term. The selection of body weight could bring favorable genetic gains to the mean corpuscular volume due to the proximity of the traits in the axis of the main component one. In cluster analysis, only one of the three genetic groups identified has a genetic profile indicated for selection for the studied traits. / 2016/10583-1

Submitted by AMANDA CAROLINA PRADO DE MORAES null (amandacpmoraes@yahoo.com.br) on 2016-06-22T14:46:47Z No. of bitstreams: 1 Dissertação CORRIGIDA_VERSÃO FINAL (1) (1).pdf: 1286128 bytes, checksum: f9b38615935f79407664f88d4e940988 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-06-22T17:12:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 moraes_acp_me_jabo.pdf: 1286128 bytes, checksum: f9b38615935f79407664f88d4e940988 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-22T17:12:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 moraes_acp_me_jabo.pdf: 1286128 bytes, checksum: f9b38615935f79407664f88d4e940988 (MD5) Previous issue date: 2016-04-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O objetivo do presente trabalho consistiu em caracterizar a diversidade fenotípica em genótipos de pinhão-manso através de análises multivariadas, além de desenvolver um modelo de calibração para a determinação do teor de óleo por meio da espectroscopia do infravermelho próximo (NIR) visando a seleção de genótipos com alto teor de óleo. Para a análise fenotípica, foram avaliados 11 caracteres agronômicos em 165 genótipos de pinhão-manso pertencentes ao banco de germoplasma in vivo localizado no Departamento de Produção Vegetal da UNESP/FCAV, Jaboticabal, SP. Os caracteres utilizados foram: altura da planta, diâmetro do caule, número de ramificações primárias, comprimento de fruto, largura de fruto, peso de fruto, formato de fruto, comprimento de semente, largura de semente, peso de semente e teor de óleo. Os dados foram submetidos à análise de componentes principais (PCA), análise de agrupamento pelo método hierárquico de Ward e método não hierárquico k-médias. O caráter formato de fruto foi retirado das análises multivariadas por ser de natureza qualitativa. Na PCA, os 4 CPs explicaram 71,62% da variância total. Os caracteres de maior contribuição para a discriminação dos genótipos no CP1 foram peso de semente, largura de fruto, comprimento de fruto e peso de fruto. Destacaram-se 22 genótipos promissores com potencial para serem explorados em programas de melhoramento genético. O dendrograma obtido pela análise de agrupamento de Ward e para a análise de k-médias geraram nove grupos, dos quais 5 agruparam genótipos com características vantajosas. As análises multivariadas permitiram a caracterização dos genótipos, possibilitando a seleção para muitos caracteres avaliados e a indicação de estratégias de ganhos com a seleção, para programas de melhoramento genético. Para a construção da curva de calibração e validação para teor de óleo, foram utilizadas sementes de 174 plantas, que tiveram o óleo extraído pelo método "Soxhlet" para obtenção dos valores de referência, que foram entre 50,27% a 63,21% (m/m) de óleo. Os espectros foram coletados das sementes sem tegumento, intactas, por acessório de rotação, por meio da espectroscopia por infravermelho próximo (NIR) em equipamento modelo Tango, Bruker. Cada espectro foi retirado com uma média de 64 scans com resolução de 16 cm-1. As regiões espectrais selecionadas para a curva de calibração foram de 8992 a 7424 cm-1 e 5336 a 4928 cm-1. Os coeficientes de correlação (R2) da curva construída foram de 73,23% para calibração e de 70,79% para validação, sendo o erro quadrado médio de calibração (RMSEC) de 1,35 e o erro quadrado médio de validação cruzada (RMSECV) de 1,40 entre os dados obtidos pelo método de referência e pelo NIR. Os resultados indicaram que o teor de óleo da espécie Jatropha curcas L. pode ser estimado por NIR, e o método de referência utilizado foi satisfatório, apresentando boa correlação com a informação espectral, tornando a curva construída confiável. Contudo, futuramente é necessária a adição de novos valores para a melhoria da sua robustez e amplitude. / The purpose of this study was to characterize the phenotypic diversity in Jatropha genotypes by multivariate analysis, and developing a calibration model for determination oil content by Near-infrared spectroscopy (NIR) in order to select genotypes with high oil content. For the phenotypic analysis, 11 agronomic characters were evaluated in 165 genotypes of Jatropha belonging to the germplasm bank in vivo located in the Department of Plant Production UNESP / FCAV, Jaboticabal, SP. The characters were: plant height, stem diameter, number of primary branches, fruit length, fruit width, fruit weight, fruit shape, seed length, seed width, seed weight and oil content. The data were submitted to principal component analysis (PCA), cluster analysis by the hierarchical method of Ward and non- hierarchical method of k-means. The character fruit shape was removed from multivariate analysis for being qualitative. In PCA, the 4 PCs explained 71.62% of the total variance. The greatest contribution of the characters to discriminate the genotypes in PC1 were seed weight, fruit width, fruit length and fruit weight. They highlighted 22 promising genotypes with potential to be exploited in breeding programs. The dendrogram obtained by Ward cluster analysis and the k-means analysis generated nine groups, 5 of which grouped genotypes with advantageous features. Multivariate analyzes allowed the characterization of the genotypes, allowing the selection for many traits and indicating gains strategies with selection for genetic improvement programs. For the construction of the calibration and validation curve for oil content of seeds were used 174 plants that had oil extracted by the method "Soxhlet" to obtain reference values which were between 50.27 to 63% 21% (m/m) of oil. The spectra were collected from intact seeds without husk by attachment rotation through near-infrared spectroscopy (NIR) in Tango machine model, Bruker. Each spectrum was taken with an average of 64 scans with a resolution of 16 cm-1. The spectral regions chosen for the calibration curve were 8992-7424 cm-1 and 5336-4928 cm-1. The correlation coefficients (R2) of the curve constructed were 73,23% for calibration and 70,79% for validation, the calibration mean square error (RMSEC) was 1,35 and cross validation mean square error (RMSECV) was 1,40 between the data obtained by the reference method and the NIR. The results indicated that the oil content of Jatropha curcas L. can be estimated by NIR, and the reference method was satisfactory, with good correlation with the spectral information, making the built curve reliable. However, future addition of new value to improve their robustness and amplitude is required.

Submitted by MELINA ZACARELLI PIROTTA null (melina_pirotta@hotmail.com) on 2016-07-18T21:21:22Z No. of bitstreams: 1 Dissertação MelinaPirotta.pdf: 1657280 bytes, checksum: 28a5e7bf7037eb99bdc6bf02f5f176a0 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-07-20T13:26:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 pirotta_mz_me_jabo.pdf: 1657280 bytes, checksum: 28a5e7bf7037eb99bdc6bf02f5f176a0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-20T13:26:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pirotta_mz_me_jabo.pdf: 1657280 bytes, checksum: 28a5e7bf7037eb99bdc6bf02f5f176a0 (MD5) Previous issue date: 2016-05-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O amendoim (Arachis hypogaea L.) é uma cultura oleaginosa de grande importância para o agronegócio brasileiro. Um dos principais fatores que afetam sua produção é a incidência de pragas, com destaque para o tripes-do-prateamento, Enneothrips flavens, Moulton, 1941 (Thysanoptera: Thripidae). Têm-se sugerido que genes que condicionam a resistência genética a esta praga, podem ser encontrados em outras espécies do gênero Arachis L. Entretanto, a utilização de espécies silvestres no melhoramento, torna-se dificultada por barreiras de esterilidade, sendo a maioria devido às diferenças de constituição do genoma e de ploidia. Para contornar essa incompatibilidade, sugeriu-se a obtenção de anfidiploides, resultantes do cruzamento de espécies diploides, seguido da duplicação de seus cromossomos, para então cruzá-los com o amendoim cultivado. Mediante o exposto, este trabalho teve como objetivos estudar o potencial de resistência ao tripes-do-prateamento em populações segregantes iniciais do cruzamento envolvendo a cultivar comercial IAC 503 e o anfidiploide sintético (A. magna x A. cardenasii)4x, monitorar os caracteres indicadores de proximidade agronômica dos segregantes interespecíficos com genótipos da espécie cultivada, bem como a seleção de genótipos superiores por meio de análises uni e multivariadas. Os experimentos foram conduzidos no esquema de blocos aumentados de Federer com testemunhas intercalares em duas gerações: F3, conduzida no ano agrícola de 2013/14 e F4, conduzida em 2014/15, sob infestação natural do inseto. A resistência ao tripes foi avaliada por meio de sua infestação e pelos sintomas de injúrias causadas pelo inseto. Foram avaliados também, alguns componentes de produção como indicadores da proximidade dos genótipos segregantes ao cultivado. Para estes caracteres, foram utilizadas as estimativas dos componentes genéticos, ganho genético e predição dos valores genéticos, calculados via modelos mistos (REML/BLUP). Para as análises multivariadas foram utilizadas as técnicas de componentes principais, análise de agrupamento hierárquico e não hierárquico com os dados das progênies de geração F4. Os resultados deste trabalho demonstram que as análises univariada e multivariada foram eficientes na seleção das melhores progênies, evidenciando a superioridade agronômica das mesmas, quanto aos componentes de produção e de resistência ao tripes. Porém, apesar de algumas progênies segregantes selecionadas como resistentes apresentarem bons componentes de produção, seu grau de adequação agronômica aos genótipos A. hypogaea L. ainda é pequeno. Assim, a identificação de progênies com resistência ao tripes geneticamente próximas às espécies do gênero Arachis L., constitui interessante fonte para estratégias futuras de introgressão gênica, podendo para isso, ser utilizado o método dos retrocruzamentos para inserção dos genes desejáveis de resistência e consequente recuperação dos genótipos adaptados, obtendo-se ao final do processo seletivo, cultivares comerciais portadoras de resistência ao tripes e com caracteres agronômicos e comerciais superiores. / The peanut (Arachis hypogaea L.) is an oilseed crop of great importance for Brazilian agribusiness. One of the main factors affecting its production is pests incidence, mainly thrips, Enneothrips flavens, Moulton, 1941 (Thysanoptera: Thripidae). There have suggested that genetic resistance to this pest can be found in other species of the genus Arachis L. However, the use of wild species in breeding was hampered by sterility barriers, mostly due to differences in the genome constitution and ploidy. To work around this incompatibility, it was suggested obtaining amphidiploid, resulting from the crossing of diploid species, followed by duplication its chromosomes, and then cross them with cultivated peanut. Through the above, this study aimed to study the potential for resistance to thrips in early segregating populations crossing involving commercial cultivar IAC 503 and synthetic amphidiploid (A. magna x A. cardenasii) 4x, monitor the agronomic traits proximity indicators of interspecific segregating with cultivated species, as well as the selection of superior genotypes using univariate and multivariate analyses. The experiments were conducted on the Federer augmented blocks with additional checks in two generations: F3, conducted in the agricultural year of 2013/14 and F4, conducted in 2014/15, under natural insect infestation. The thrips resistance was evaluated by its infestation, and the symptoms of injuries caused by insects. It was also evaluated, some production components such as proximity indicators of segregating the genotypes grown. To do so, estimates were used genetic components, genetic gain and prediction of breeding values calculated by mixed models (REML/BLUP). For multivariate analyses were used progenies in F4 generation, through technique principal components and cluster analysis. The results show that the univariate and multivariate analyses were effective in selection the best progenies, demonstrating the agronomic superiority of the same, as the components of production and resistance to thrips. However, despite some segregating progenies selected as resistance present good production components, the degree of agronomic suitability to the genotype A. hypogaea L. is still small. Thus, the identification of progenies with genetic resistance to thrips next to genus Arachis L. is an interesting source for future strategies of gene introgression, using the backcrossing method for insertion desirable genes of resistance and posteriorly recovery of adapted genotypes, getting to the end of the selective process, commercial cultivars with thrips resistance and good agronomic traits.