Visando contribuir para a compreensão dos processos que originaram e mantiveram a biodiversidade na Mata Atlântica (MA), o presente estudo teve como objetivo inferir a história evolutiva - bem como os processos biogeográficos envolvidos - de duas espécies de aves da MA, P. atra (120 indivíduols) e P. leucoptera (434 indivíduos). Realizamos uma análise filogeográfica envolvendo marcadores com diferentes tipos de herança: materna (gene mitocondrial da subunidade II da NADH desidrogenase), biparental (três marcadores anônimos VIDY, GK439 e 55J7) e ligada ao cromossomo Z (íntron 18 da helicase com cromo-domínio de ligação ao DNA, íntron 15 da helicase Brahma dependente de ATP e íntron 1 da fosfolipase A2). Duas questões principais foram abordadas: (i) Qual hipótese de diversificação é mais congruente com os resultados do presente estudo? (ii) Os resultados baseados em marcadores com diferentes tipos de herança são congruentes? Para responder a primeira questão, algumas das previsões de cada hipótese foram testadas. Foi encontrada evidência de que as mudanças climáticas no final do Pleistoceno parecem ter sido importantes na estrutura filogeográfica de Pyriglena atra e Pyriglena leucoptera na MA. Os resultados encontrados foram congruentes com a Hipótese dos Isolados de Montanha, mas aparentemente refutam outras hipóteses, tais como: a Hipótese dos Refúgios do Pleistoceno no contexto do modelo paleoclimático proposto por Carnaval & Moritz (2008), Hipótese de estruturas fisiográficas (rios ou montanhas) como barreiras, e a Hipótese de Gradientes Ecológicos. Além disso, os rios Doce e Contas parecem ser barreiras secundárias interrompendo parcialmente o gênico. Finalmente, os marcadores revelaram diferentes níveis de estrutura geográfica e sinais nem sempre totalmente congruentes. Assim, embora os marcadores mitocondriais sejam muito informativos em reconstruções filogeográficas, é importante usar vários tipos de marcadores para recuperar de forma mais completa a história dos processos evolutivos dos organismos e os possíveis fatores que geraram essa biodiversidade / To contribute to the understanding of the processes that originated and maintained biodiversity in the Atlantic Forest (AF), the present study aimed to infer the evolutionary history - as well as the biogeographic processes involved - of two AF bird species, P. atra (120 individuals) and P. leucoptera (434 individuals). We performed a phylogeographic analysis based on markers with different types of inheritance: maternal (mitochondrial gene of the NADH dehydrogenase subunit II), biparental (three annonymous markers: VIDY, GK439, 55J7) and Z-linked (intron 18 of the chromo-DNA-binding domain helicase, intron 15 of the ATP-dependent Brahma helicase and intron 1 of the Phospholipase A2). Two major questions were addressed: (i) Which diversification hypothesis best fits the results of the present study? (ii) Are the results based on markers with different types of inheritance congruent? In order to answer the first question, some of the predictions of each hypothesis were tested. We found evidence that climate changes in the late Pleistocene seem to have been important for shaping the phylogeographic structure of Pyriglena atra and Pyriglena leucoptera in the AF. The results are congruent with the Montane Isolation Hypothesis but apparently refute other hypotheses, such as: The Pleistocene Refuge Hypothesis in the context of the paleoclimatic model proposed by Carnaval & Moritz (2008), Hypothesis of physiographic structures (i.e. rivers or mountains) as barriers, and the Ecological Gradients Hypothesis. Additionaly, the Doce and Contas rivers seem to act as secondary barriers partially disrupting gene flow. Finally, the markers revealed varying levels of geographical structure that were not totally congruent. Thus, although mitochondrial markers are very informative for phylogeographic reconstructions, it is important to use several types of markers in order to recover the history of the evolutionary processes of organisms and the possible factors that generate this biodiversity

A perda e fragmentação dos habitats naturais é uma das maiores ameaças à biodiversidade. Uma estratégia muito popular para reduzir os efeitos negativos da perda e fragmentação é a manutenção ou implantação de corredores de habitat ligando remanescentes. Entretanto, a avaliação da eficácia e custo benefício de corredores como estratégia de conservação é limitada pela escassez de dados empíricos, principalmente na região neotropical. Neste estudo avaliamos, a partir de uma abordagem empírica, a importância de corredores florestais como habitat e como promotores de movimento para aves florestais em paisagens fragmentadas na Mata Atlântica. Com um estudo observacional no nível da comunidade avaliamos o papel da largura e do tipo (ripário ou não-ripário) de corredor sobre a riqueza e composição de espécies florestais. Com um estudo observacional no nível do indivíduo avaliamos como a presença de corredores e o sexo dos indivíduos influíram nos movimentos de uma ave de sub-bosque endêmica da Mata Atlântica (Pyriglena leucoptera, Passeriformes, Thamnophilidae) por paisagens fragmentadas. Encontramos que a riqueza e composição de espécies de aves florestais foram fortemente relacionadas à largura (mas não ao tipo) de corredor. Corredores largos (> 100 m) foram capazes de abrigar diversas espécies de aves florestais, enquanto que corredores mais estreitos abrigaram um grupo restrito e não-aleatório de espécies comuns. Corredores estreitos teriam, então, pouca utilidade como habitat para aves florestais. Encontramos também que corredores facilitam os movimentos de P. leucoptera por paisagens fragmentadas e que áreas abertas os dificultam, especialmente para os indivíduos machos. Há evidências de que corredores poderiam aumentar a persistência da espécies em áreas fragmentadas. Os resultados destes estudos fornecem evidências de que corredores são elementos úteis para a manutenção da biodiversidade de aves florestais em paisagens fragmentadas. / Habitat loss and fragmentation are major threats to biodiversity. Habitat corridors linking remnants are a popular strategy to reduce the negative effects of habitat loss and fragmentation. However, the evaluation of the effectiveness of corridors in conservation is limited by lack of empirical evidence, especially in the neotropics. In this thesis we empirically evaluated the importance of forest corridors as habitats and movement conduits for forest birds in fragmented Atlantic Forest landscapes. With an observational study at the community level we evaluated the effects of corridor width and type (riparian or non-riparian) on forest bird richness and composition. Under an experimental approach at the individual level we evaluated how the presence or absence of corridors and gender affected the movements of an understory bird endemic to the Atlantic Forest (Pyriglena leucoptera, Passeriformes, Thamnophilidae). We found that forest bird richness and composition were strongly affected by corridor width (but not by type). Wide corridors (> 100 m) were able to harbor many forest species, whereas narrower corridors harbored and non-random and restrict group of common species. Therefore narrow corridor would have a limited value as habitats for forest species. We also found that corridors increased P. leucoptera movements and that open areas decreased them, especially for male individuals. There are evidence that corridors could increase the persistence probability of P. leucoptera in fragmented landscapes. The results of both studioes provide evidence that forest corridors are useful tools for maintain forest bird diversity in Atlantic forest fragmented landscapes.

A perda e fragmentação dos habitats naturais é uma das maiores ameaças à biodiversidade. Uma estratégia muito popular para reduzir os efeitos negativos da perda e fragmentação é a manutenção ou implantação de corredores de habitat ligando remanescentes. Entretanto, a avaliação da eficácia e custo benefício de corredores como estratégia de conservação é limitada pela escassez de dados empíricos, principalmente na região neotropical. Neste estudo avaliamos, a partir de uma abordagem empírica, a importância de corredores florestais como habitat e como promotores de movimento para aves florestais em paisagens fragmentadas na Mata Atlântica. Com um estudo observacional no nível da comunidade avaliamos o papel da largura e do tipo (ripário ou não-ripário) de corredor sobre a riqueza e composição de espécies florestais. Com um estudo observacional no nível do indivíduo avaliamos como a presença de corredores e o sexo dos indivíduos influíram nos movimentos de uma ave de sub-bosque endêmica da Mata Atlântica (Pyriglena leucoptera, Passeriformes, Thamnophilidae) por paisagens fragmentadas. Encontramos que a riqueza e composição de espécies de aves florestais foram fortemente relacionadas à largura (mas não ao tipo) de corredor. Corredores largos (> 100 m) foram capazes de abrigar diversas espécies de aves florestais, enquanto que corredores mais estreitos abrigaram um grupo restrito e não-aleatório de espécies comuns. Corredores estreitos teriam, então, pouca utilidade como habitat para aves florestais. Encontramos também que corredores facilitam os movimentos de P. leucoptera por paisagens fragmentadas e que áreas abertas os dificultam, especialmente para os indivíduos machos. Há evidências de que corredores poderiam aumentar a persistência da espécies em áreas fragmentadas. Os resultados destes estudos fornecem evidências de que corredores são elementos úteis para a manutenção da biodiversidade de aves florestais em paisagens fragmentadas. / Habitat loss and fragmentation are major threats to biodiversity. Habitat corridors linking remnants are a popular strategy to reduce the negative effects of habitat loss and fragmentation. However, the evaluation of the effectiveness of corridors in conservation is limited by lack of empirical evidence, especially in the neotropics. In this thesis we empirically evaluated the importance of forest corridors as habitats and movement conduits for forest birds in fragmented Atlantic Forest landscapes. With an observational study at the community level we evaluated the effects of corridor width and type (riparian or non-riparian) on forest bird richness and composition. Under an experimental approach at the individual level we evaluated how the presence or absence of corridors and gender affected the movements of an understory bird endemic to the Atlantic Forest (Pyriglena leucoptera, Passeriformes, Thamnophilidae). We found that forest bird richness and composition were strongly affected by corridor width (but not by type). Wide corridors (> 100 m) were able to harbor many forest species, whereas narrower corridors harbored and non-random and restrict group of common species. Therefore narrow corridor would have a limited value as habitats for forest species. We also found that corridors increased P. leucoptera movements and that open areas decreased them, especially for male individuals. There are evidence that corridors could increase the persistence probability of P. leucoptera in fragmented landscapes. The results of both studioes provide evidence that forest corridors are useful tools for maintain forest bird diversity in Atlantic forest fragmented landscapes.

Foi conduzido um estudo sobre a ecologia da Febre Maculosa Brasileira, causada pela bactéria Rickettsia rickettsii, em uma área endêmica, no distrito de Taiaçupeba, Município de Mogi das Cruzes, SP. Para o melhor entendimento de quais animais silvestres são os hospedeiros das formas imaturas do carrapato vetor, Amblyomma aureolatum, foram capturados entre janeiro e dezembro de 2005, 243 animais silvestres em dois fragmentos de mata. Foram utilizadas estações de pitfall para captura de roedores e pequenos didelfídeos e armadilhas tomahawk para captura de Didelphis aurita, além da colocação de redes de neblina (14m x 3m cada) para captura de aves. Os animais foram sacrificados e tiveram sangue, baço e fígado extraídos. O baço de cada animal foi submetido a testes moleculares e bioensaios para pesquisa de bactérias do gênero Rickettsia. Os carrapatos capturados dos animais foram submetidos à identificação taxonômica morfológica ou molecular e à pesquisa de bactérias do gênero Rickettsia. Foram colhidos carrapatos dos gêneros Amblyomma, Haemaphysalis e Ixodes. Imaturos do carrapato Amblyomma aureolatum foram colhidos parasitando três indivíduos da espécie de Passeriforme Pyriglena leucoptera. Não foram encontrados exemplares desta espécie de carrapato parasitando roedores ou didelfídeos. Nenhum animal foi identificado sendo infectado por riquétsias, enquanto que três espécies de riquétsias, sendo duas do grupo da febre maculosa, foram identificadas infectando carrapatos das espécies Amblyomma longirostre, Ixodes aragaoi e Ixodes loricatus. Nenhum carrapato foi encontrado naturalmente infectado com a bactéria R. rickettsii. O estudo mostrou detalhes do ciclo de vida do carrapato A. aureolatum que podem auxiliar o entendimento do ciclo enzoótico da febre maculosa brasileira. / Brazilian Spotted Fever (BSF) is a tick-borne-disease caused by the bacterium Rickettsia rickettsii. An ecological study was conducted in a BSF-endemic area in Taiaçupeba County, Mogi das Cruzes Municipality, State of São Paulo. With the purpose to determine natural hosts of the immature stages of the tick vector Amblyomma aureolatum, a total of 243 wild animals were captured in two fragments of Atlantic Forests between January and December of 2005. Pitfall trap stations were used for capture of rodents and small didelphids while tomahawk traps were used for Didelphis aurita capture. Mist nets (14m x 3m each) were used for bird capture. Captured animals were scarified and blood, spleen and liver were extracted. Spleen samples were submitted to molecular and bioassay tests for rickettsia research. Captured ticks were submitted to morphological or molecular taxonomic identification and to rickettsia research. Ticks from the genera Amblyomma, Haemaphysalis and Ixodes were collected. Immature tick stages of A. Aureolatum were collected on three individuals of the bird species Pyriglena leucoptera, but no other A. Aureolatum tick was found infesting neither rodents or didelphids. No animal was found infected by rickettsiae whereas three rickettsiae, two of them belonging to Spotted Fever Group, were found infecting the ticks Amblyomma longirostre, Ixodes aragaoi and Ixodes loricatus. No tick was found infected by R. Rickettsii, the agent of BSF. The present study revealed details about the A. Aureolatum life cycle in natural conditions, contributing for a better understanding about the enzootic cycle of BSF.

Foi conduzido um estudo sobre a ecologia da Febre Maculosa Brasileira, causada pela bactéria Rickettsia rickettsii, em uma área endêmica, no distrito de Taiaçupeba, Município de Mogi das Cruzes, SP. Para o melhor entendimento de quais animais silvestres são os hospedeiros das formas imaturas do carrapato vetor, Amblyomma aureolatum, foram capturados entre janeiro e dezembro de 2005, 243 animais silvestres em dois fragmentos de mata. Foram utilizadas estações de pitfall para captura de roedores e pequenos didelfídeos e armadilhas tomahawk para captura de Didelphis aurita, além da colocação de redes de neblina (14m x 3m cada) para captura de aves. Os animais foram sacrificados e tiveram sangue, baço e fígado extraídos. O baço de cada animal foi submetido a testes moleculares e bioensaios para pesquisa de bactérias do gênero Rickettsia. Os carrapatos capturados dos animais foram submetidos à identificação taxonômica morfológica ou molecular e à pesquisa de bactérias do gênero Rickettsia. Foram colhidos carrapatos dos gêneros Amblyomma, Haemaphysalis e Ixodes. Imaturos do carrapato Amblyomma aureolatum foram colhidos parasitando três indivíduos da espécie de Passeriforme Pyriglena leucoptera. Não foram encontrados exemplares desta espécie de carrapato parasitando roedores ou didelfídeos. Nenhum animal foi identificado sendo infectado por riquétsias, enquanto que três espécies de riquétsias, sendo duas do grupo da febre maculosa, foram identificadas infectando carrapatos das espécies Amblyomma longirostre, Ixodes aragaoi e Ixodes loricatus. Nenhum carrapato foi encontrado naturalmente infectado com a bactéria R. rickettsii. O estudo mostrou detalhes do ciclo de vida do carrapato A. aureolatum que podem auxiliar o entendimento do ciclo enzoótico da febre maculosa brasileira. / Brazilian Spotted Fever (BSF) is a tick-borne-disease caused by the bacterium Rickettsia rickettsii. An ecological study was conducted in a BSF-endemic area in Taiaçupeba County, Mogi das Cruzes Municipality, State of São Paulo. With the purpose to determine natural hosts of the immature stages of the tick vector Amblyomma aureolatum, a total of 243 wild animals were captured in two fragments of Atlantic Forests between January and December of 2005. Pitfall trap stations were used for capture of rodents and small didelphids while tomahawk traps were used for Didelphis aurita capture. Mist nets (14m x 3m each) were used for bird capture. Captured animals were scarified and blood, spleen and liver were extracted. Spleen samples were submitted to molecular and bioassay tests for rickettsia research. Captured ticks were submitted to morphological or molecular taxonomic identification and to rickettsia research. Ticks from the genera Amblyomma, Haemaphysalis and Ixodes were collected. Immature tick stages of A. Aureolatum were collected on three individuals of the bird species Pyriglena leucoptera, but no other A. Aureolatum tick was found infesting neither rodents or didelphids. No animal was found infected by rickettsiae whereas three rickettsiae, two of them belonging to Spotted Fever Group, were found infecting the ticks Amblyomma longirostre, Ixodes aragaoi and Ixodes loricatus. No tick was found infected by R. Rickettsii, the agent of BSF. The present study revealed details about the A. Aureolatum life cycle in natural conditions, contributing for a better understanding about the enzootic cycle of BSF.

Submitted by Celso Magalhaes (celsomagalhaes@ufrrj.br) on 2017-05-29T13:53:42Z No. of bitstreams: 1 2016 - Lidiane Maria da Silva.pdf: 11158526 bytes, checksum: 92a272f4f09e476cee2262d286c61963 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-29T13:53:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - Lidiane Maria da Silva.pdf: 11158526 bytes, checksum: 92a272f4f09e476cee2262d286c61963 (MD5) Previous issue date: 2016-02-18 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / The thaminophilid passerines, just as other families of Passeriformes, can be parasitized by different species of coccidia, especially the genera Isospora Schneider, 1881 and Eimeria Schneider, 1875. In this context, this study aimed to identify, characterize and quantify coccidian species from Thamnophilidae in the Itatiaia National Park. Seven expeditions were performed at Itatiaia National Park, of which five were in conserved areas and two in areas around the park. A total of 184 species of birds were captured with mist nets, being 26 thaminophilid passerines. After fecal sampling and processing were observed coccidia of the genera Isospora and Eimeria. The species Isospora parnaitatiaiensis Silva, Rodrigues, Lopes, Berto, Luz, Ferreira, Lopes, 2015 was identified in two different hosts, Pyriglena leucoptera (Vieillot, 1818) and Dysithamnus mentalis (Temminck, 1823), and their oocysts were characterized as polymorphic, since the oocysts from P. leucoptera were more ellipsoidal and the oocysts from D. mentalis were more sub-spherical, which may be the result of speciation process/adaptation to these hosts. The intensities of infection in different hosts were relatively low, since that P. leucoptera and D. mentalis shed together an OoPD of 316 oocysts of I. parnaitatiaiensis, which can be explained by the conserved environment in the Itatiaia National Park and the insectivore feeding habit. Finally, the specificity occurred at the family level, because P. leucoptera and D. mentalis, both of Thamnophilidae family, have been reported as hosts of I. parnaitatiaiensis / Os taminofil?deos, da mesma forma que outras fam?lias de Passeriformes, podem ser parasitados por diversas esp?cies de cocc?dios, principalmente dos g?neros Isospora Schneider, 1881 e Eimeria Schneider, 1875. Neste contexto, este trabalho teve por objetivo identificar, caracterizar e quantificar esp?cies de cocc?dios parasitos de Thamnophilidae do PNI. Foram realizadas sete expedi??es no Parque Nacional do Itatiaia, das quais cinco foram em ?reas mais preservadas e duas em ?reas no entorno do parque, as aves foram capturadas com o auxilio de redes de neblina, ao todos foram capturados 184 esp?cimes de aves sendo 26 taminofil?deos, ap?s o processamento das amostras observou ser cocc?dios do g?nero Isospora e Eimeria. A esp?cie Isospora parnaitatiaiensis Silva, Rodrigues, Lopes, Berto, Luz, Ferreira, Lopes, 2015 foi identificada em dois diferentes hospedeiros da fam?lia Thamnophilidae, Pyriglena leucoptera (Vieillot, 1818) e Dysithamnus mentalis (Temminck, 1823), sendo que seus oocistos foram caracterizados como polim?rficos, j? que os oocistos de P. leucoptera s?o mais elips?ides em rela??o aos oocistos de D. mentalis que tendem ao ser mais sub-esf?ricos, o que pode ser consequ?ncia do processo de especia??o/adapta??o ao hospedeiro. A intensidade de infec??o nos diferentes hospedeiros taminofil?deos positivos foram relativamente baixas, P. leucoptera e D. mentalis tiveram juntos um OoPD de 316 para os oocistos de I. parnaitatiaiensis, o que pode ser justificado pelo ambiente conservado do PNI e pelo h?bito alimentar inset?voro. Finalmente, a especificidade ocorreu em n?vel de fam?lia, pelo fato de P. leucoptera e D. mentalis, ambos da fam?lia Thamnophilidae, ter sido relatados como hospedeiros de I. parnaitatiaiensis