Au cours de la gastrulation de l’embryon de Drosophile, l’activation apicale du cytosquelette d’acto-myosine orchestre la constriction apicale dans le mésoderme en invagination ainsi que l’intercalation cellulaire dans l’ectoderme en extension. Un contrôle quantitatif de l’activité des GPCRs et, par conséquent, de l’activation de Rho1 est à l’origine des différences de déformation des cellules du mésoderme et de l’ectoderme mais ces mécanismes demeurent incompris. L’activité du GPCR Smog se concentre respectivement en deux compartiments distincts à la surface de la membrane plasmique (PM) et dans ses invaginations (PMI). Au moyen de la FCS, nous avons étudié la surface de la PM et pu montrer que Smog oligomérise en homo-clusters en réponse à son activation par le ligand Fog. L’endocytose de Smog est facilitée par la kinase Gprk2 et sa protéine adaptatrice la β-Arrestine-2 qui retire Smog actif de la PM. Lorsque que la concentration de Fog est élevée ou que l’endocytose est réduite, Smog s’organise en homo-clusters et s’accumule au niveau des PMI qui agissent comme des centres d’activation de Rho1. Une concentration plus importante d’homo-clusters de Smog et un nombre plus important PMI dans le mésoderme par comparaison avec l’ectoderme. Répartition dynamique de Smog actif à la surface de la PM ou dans ses invaginations impacte directement sur la signalisation Rho1. Les PMI accumulent de hauts niveaux de Rho1-GTP suggérant qu’elles forment des centres de signalisation. La concentration de Fog et l’endocytose de Smog sont des processus régulateurs couplés qui contrôlent la différence quantitative d’activation de Rho1 dans le mésoderme et l’ectoderme de la Drosophile. / During Drosophila gastrulation, apical activation of the actomyosin networks drives apical constriction in the invaginating mesoderm and cell-cell intercalation in the extending ectoderm. Here, we show that cell-surface G-protein coupled receptor, Smog activates G-proteins, Rho1 and Rho-kinase that is required for apical constriction and cell-cell intercalation. Quantitative control over GPCR activity and thereby Rho1 activation underlies differences in deformation of the mesoderm and ectoderm cells but the mechanisms remain elusive. We show that GPCR-Smog activity is concentrated on two different apical plasma membrane compartments i.e. the surface and the plasma membrane invaginations. Using FCS, we probe the surface of the plasma membrane (PM) and show that Smog homo-clusters in response to its activating ligand Fog. Endocytosis of Smog is facilitated by the kinase Gprk2 and the adaptor protein β-Arrestin-2 that clears active Smog from the surface of PM. When Fog concentration is high or endocytosis is low, Smog arranges in homo-clusters and accumulates in plasma membrane invaginations (PMI), that are hubs for Rho1 activation. Lastly, we find high Smog homo-cluster concentrations and numerous apical PMIs in the mesoderm compared to the ectoderm. We identify that dynamic partitioning of active Smog on the surface of the PM or PMI directly impact on Rho1 signaling. PMIs accumulate high Rho1-GTP suggesting they form signaling centers. Fog concentration and Smog endocytosis form coupled regulatory processes that regulate quantitative differential Rho1/MyoII activation in the Drosophila mesoderm and ectoderm.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Ce travail porte sur l’étude sémantique de l’emploi de quelques prépositions en berbère (tachelhit) et en français à savoir f « sur », ddu « sous », ġ « dans » et n « de ».Nous avons fait dans un premier point un état des lieux de la recherche sur les prépositions en général dans les deux langues, puis nous avons établi un aperçu général sur la notion e l’espace et celle du temps en relation avec la préposition. Ensuite nous avons fait une présentation du berbère suivie d’un état des lieux de la recherche sur les prépositions berbères. Du reste nous avons présenté la méthode de recherche à savoir celle dite non instrumentale qui stipule que la valeur (spatiale, temporelle, fonctionnelle) de chaque préposition n’est que le fruit de l’interaction de celle-ci avec son cotexte en écartant l’idée de la primauté du sens spatial des prépositions, par la suite nous avons présenté notre corpus qui est tiré de deux ouvrages d’Arsène Roux. En outre nous avons étudié chacune des prépositions berbères (tachelhit) cités ci-dessus selon un plan quasi uniforme à savoir en premier lieu l’état des lieux de la recherche sur chaque préposition ainsi que celui de sa contrepartie en français, en deuxième lieu l’étude ladite préposition selon l’approche non instrumentale et en troisième point l’étude contrastive de l’emploi de la préposition en question en français et en tachelhit. À la fin de cette thèse nous avons dressé un tableau de quelques résultats de l’étude contrastive de ces prépositions dans les deux langues. / This work deals with the semantic study of the use of some prepositions in Berber (tachelhit) and in French namely f "sur", ddu "sous", ġ "dans" and n "de". In a first point, we made an overview of the research on prepositions in general in both languages, and then we made a general overview of the notion of space and of time in relation to the preposition. Next, we made a presentation of Berber followed by an inventory of research on Berber prepositions. Moreover, we have presented the research method, namely the so-called non-instrumental one, which states that the value (spatial, temporal, functional) of each preposition is only the result of the interaction of this preposition with its cotext, it means that there is no primacy of the spatial sense of the prepositions, afterwards we presented our corpus which is taken from two works by Arsène Roux. In addition, we have studied each of the Berber prepositions (tachelhit) mentioned above in a quasi-uniform plan, namely firstly the state of the art of the research on each preposition as well as that of its counterpart in French. This preposition is based on the non-instrumental approach and thirdly the contrastive study of the use of the preposition in question in French and Tachelhit. At the end of this thesis we drew up a table of some results of the contrastive study of these prepositions in both languages.

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Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Cette thèse est une tentative de mieux comprendre l’impact des différentes mesures prises par les banques centrales depuis 2008, et en particulier en zone Euro. Elle se concentre sur les effets des différents politiques non-conventionnelles sur le marché monétaire. Le chapitre 1 montre comment la fragmentation du marché interbancaire perturbe la transmission de la politique monétaire. Le phénomène de fragmentation est introduit dans un modèle standard de marché interbancaire. On voit alors que de la liquidité excédentaire apparaît de façon endogène dans le modèle. Cela conduit les taux d’intérêt à court terme à s’éloigner du taux de la banque centrale. Le modèle est utilisé pour analyser les politiques conventionnelles et non conventionnelles de l’Eurosystème. Le chapitre 2 explique comment le programme d’achat de titres souverains de l’Eurosystème (le PSPP) a poussé certains taux du marché monétaire en dessous du taux de la facilité de dépôt de l’Eurosystème, qui est pourtant sensé être un plancher. Le chapitre explore empiriquement les interactions entre le PSPP et les taux d’intérêts collatéralisés. Le chapitre 3 montre comment des régulations très proches de celles de Bâle III étaient utilisées par les banques centrales dans les trois décennies qui ont suivi la Seconde Guerre mondiale. A l’époque ces régulations étaient utilisées pour stabiliser l’inflation et la production, un rôle qui serait aujourd’hui typiquement attribué à la politique monétaire (et non à la régulation bancaire). Les expériences historiques que nous décrivons montrent clairement que la régulation de la liquidité a des effets restrictifs sur l’activité. / The first chapter shows how interbank market fragmentation disrupts the transmission of monetary policy. Fragmentation is the fact that banks, depending on their country of location,have different probabilities of default on their interbank borrowings. Once fragmentation is introduced into standard theoretical models of monetary policy implementation, excess liquidity arises endogenously. This leads short-term interest rates to depart from the central bank policy rates. Using data on cross-border financial flows and monetary policy operations,it is shown that this mechanism has been at work in the Euro-Area since 2008. The model is used to analyze conventional and unconventional monetary policy measures. The second chapter shows how the Euro area money market rates have been standing below the deposit facility rate since 2015, which financial markets perceive as a byproduct of Eurosystem's public sector purchase program (PSPP). This paper explores empirically the interactions between the PSPP and short term secured money market rates (repo rates). We document different channels through which asset purchases may affect the various segments of the Euro area repo market. Using proprietary data from the PSPP and individual repo transactions made on the repo market for specific securities, our results show that the PSPP has contributed to push down repo rates. Purchasing 1% of a bond outstanding is associated with a decline in its repo rate of -0.75 bps.

Abstract: Recent advances in Next-Generation Sequencing protocols have opened a variety of ways to generate data. However, each newly developed methodology is most suited to represent a certain phenomenon or molecule. The object of this analysis is to identify the most appropriate way to generate and process data to study the snoRNAs, or small nucleolar RNA. Recently, snoRNAs have been revealed as taking part in a variety of unexpected alternative functions such as splicing, resistance to oxidative shock and chromatin unwinding. Finding a method to generate and treat a large quantity of data containing snoRNAs and their potential interactors could highlight some of their unexplored roles within the cell. To tackle the problem, a new protocol was put forward. This new pipeline relies on a reverse transcriptase isolated from a bacterial group II intron which boasts a better representation of structured small RNAs such as tRNAs and snoRNAs. Indeed, when compared to data created by using the standard small RNA preparation protocol, the sequencing data generated through the group II intron retrotranscriptase gives a much fairer representation. These improvements are also present in the bioinformatics pipeline. The workflow was changed to facilitate the detection of ncRNAs. These modifications rescue millions of reads, further increasing the power of the analysis. Ultimately, such corrections increase the predictive power of sequencing data. / Des avancées récentes dans le domaine du séquençage de prochaine génération ont ouvert une panoplie de façons de générer des données. Toutefois, chaque nouvelle méthode dévelopée est souvent appropriée à la caractérisation d’un seul type de phénomène ou de molécules. L’objectif de cette analyse est d’identifier la manière la plus appropriée de générer et traiter les données pour étudier les petits ARNs nucléolaires, snoRNAs. Récemment, ceux-ci ont été révélés comme des acteurs dans une variété de fonctions alternatives comme l’épissage alternatif, la résistance au choc oxidatif et l’état de la chromatine. Il est donc impératif de trouver une méthode qui puisse traiter une large quantité de données contenant les snoRNAs et leurs intéracteurs pour découvrir les rôles encore inexplorés des snoRNAs. Dans cette optique, un nouveau protocole a été élaboré. Cette nouvelle suite d’analyses s’appuie sur une reverse transcriptase isolée d’un intron de groupe II bactérien qui affiche une meilleure représentation des petits ARNs structurés comme les tRNAs et les snoRNAs. En effet, quand les données générées à travers la méthode de préparation des libraries pour petits ARNs standard est comparée à celle basée sur la reverse transcriptase bactérienne, cette dernière donne une meilleure représentation du compte des espèces. Ces avancées sont aussi présentes dans la méthode d’analyse informatique. La suite d’outils a été modifiée afin de permettre une meilleure détection des petits ARN non-codants. Ces modifications permettent de récupérer des millions de lectures par ensemble de données ce qui augmente le pouvoir prédictif de l’analyse.

Le VPH-16 de même que certains VPH, dont le VPH-18, causent le cancer du col utérin. Son intégration dans le génome humain pourrait être un marqueur de progression de l’infection. Les charges virales totale et intégrée sont présentement mesurées en quantifiant par PCR en temps réel les gènes E6 (RT-E6) et E2 (RT-E2-1) du VPH-16. Nous avons évalué l’impact du polymorphisme du gène E2 sur la quantification de l’ADN du VPH-16 dans des spécimens cliniques. Dans un premier temps, le gène E2 de 135 isolats de VPH-16 (123 appartenaient au clade Européen et 12 à des clades non- Européens) fut séquencé. Ensuite, un test de PCR en temps réel ciblant les séquences conservées dans E2 (RT-E2-2) fut développé et optimisé. Cent trente-neuf spécimens (lavages cervicaux et vaginaux) provenant de 74 participantes (58 séropositives pour le VIH, 16 séronégatives pour le VIH) ont été étudiés avec les trois tests E2 (RT-E2-2), E6 (RT-E6) et E2 (RT-E2-1). Les ratios de la quantité d’ADN de VPH-16 mesuré avec RT-E2-2 et RT-E2-1 dans les isolats Européens (médiane, 1.02; intervalle, 0.64-1.80) et Africains 1 (médiane, 0.80; intervalle, 0.53-1.09) sont similaires (P=0.08). Par contre, les ratios mesurés avec les isolats Africains 2 (médiane, 3.23; intervalle, 1.92-3.49) ou Asiatique- Américains (médiane, 3.78; intervalle, 1.47-37) sont nettement supérieurs à ceux obtenus avec les isolats Européens (P<0.02 pour chaque comparaison). Les distributions des quantités de E2 contenues dans les 139 échantillons mesurées avec RT-E2-2 (médiane, 6150) et RT-E2-1 (médiane, 8960) étaient statistiquement différentes (P<0.0001). Nous avons observé que les charges virales totale (odds ratio (OR) OR, 2.16 95% intervalle de confiance (IC) 1.11-4.19), et épisomale du VPH-16 (OR, 2.14 95% IC 1.09-4.19), mais pas la présence de formes intégrées (OR, 3.72 95% IC 1.03-13.4), sont associées aux néoplasies intraepitheliales cervicales de haut grade (CIN-2,3), et ce, en contrôlant pour des facteurs confondants tels que l’âge, le taux de CD4 sanguin, l’infection au VIH, et le polymorphisme de VPH-16. La proportion des échantillons ayant un ratio E6/E2 > 2 pour les femmes sans lésion intraépithéliale (7 de 35) est similaire à celle des femmes avec CIN-2,3 (5 de 11, p=0.24) ou avec CIN- 1 (4 de14, P=0.65). Le polymorphisme du gène E2 est un facteur qui influence la quantification des charges intégrées de VPH-16. / Episomal and integrated HPV-16 loads are currently estimated by quantitation with real-time PCR of HPV-16 E6 (RT-E6) and E2 (RT-E2-1) DNA. We assessed the impact of HPV-16 E2 polymorphism on quantitation of integrated HPV-16 DNA in clinical specimens. First, HPV-16 E2 was sequenced from 135 isolates (123 from European and 12 from non-European lineages). A novel assay targeting conserved HPV-16 E2 sequences (RT-E2-2) was optimized and applied with RT-E6 and RTE2- 1 on 139 HPV-16-positive cervicovaginal lavages collected from 74 women (58 HIV-seropositive, 16 HIV-seronegative). Ratios of HPV-16 DNA copies measured with RT-E2-2 and RT-E2-1 with European (median, 1.02; range, 0.64-1.80) and African 1 (median, 0.80; range, 0.53-1.09) isolates were similar (P=0.08). Ratios obtained with African 2 (median, 3.23; range, 1.92-3.49) or Asian-American (median, 3.78; range, 1.47-37) isolates were greater than those with European isolates (P<0.02 for each comparison). Distributions of HPV-16 E2 copies measured in 139 samples with RT-E2-2 (median, 6150) and RT-E2-1 (median, 8960) were different (P<0.0001). HPV-16 total (odds ratio (OR) OR, 2.16 95% confidence interval (CI) 1.11-4.19), episomal (OR, 2.14 95% CI 1.09-4.19) but not integrated (OR, 3.72 95% CI 1.03-13.4) load, were associated with high-grade cervical intraepithelial neoplasia (CIN-2,3) after controlling for age, CD4 count and HIV, and HPV-16 polymorphism. The proportion of samples with an E6/E2 ratio >2 in women without SIL (7 of 35) was similar to that of women with CIN-2,3 (5 of 11, P=0.24) or CIN-1 (4 of 14, P=0.65). E2 polymorphism was a factor that influenced measures of HPV-16 integrated load.

Diverses lésions ostéochondrales peuvent affecter les articulations des jeunes chevaux et réduire leurs futures performances en course. L’objectif de cette thèse est d’identifier les régions du génome, appelées locus à caractère quantitatif (QTL), associées avec des caractères mesurant l’ostéochondrose (OC) enregistrés dans le programme GENEQUIN sur une population de Trotteurs Français. Le génotypage a été réalisé à l’aide de la puce SNP Illumina BeadChip EquineSNP50, qui est dense et permet d’exploiter le déséquilibre de liaison par des analyses d’association. Ces analyses sont sujettes à certains problèmes en présence d’une structure familiale des données. Dans la première partie de la thèse, une comparaison de la puissance et de la robustesse d’un choix restreint de méthodes d’analyses est effectuée. L’originalité de ce travail réside dans la dérivation algébrique des moments des distributions des statistiques de test comparées, donnant ainsi plus de généralité à nos résultats et permettant une meilleure compréhension des différences. Les résultats peuvent notamment servir à l’optimisation du dispositif expérimental. La deuxième partie est consacrée à la cartographie des régions QTL des caractères mesurant l’OC en différents sites articulaires dans une population de 583 Trotteurs Français. Cette étude a permis de mettre en évidence plusieurs régions QTL d’effets moyens et faibles à un niveau significatif mais pas hautement significatif. Nous montrons que l’OC est un caractère polygénique et qu’aucun QTL, ayant un effet à la fois sur l’OC du jarret et l’OC du boulet, n’est détectable dans ce protocole QTL, ce qui infirme l’hypothèse simple d’une cause génétique commune de la sensibilité à cette maladie sur les différents sites anatomiques. Suite à ces travaux, l’identification des gènes candidats et des mutations causales devrait clarifier la physiopathologie moléculaire de l’OC et ainsi permettre de développer des stratégies efficaces pour l’évaluation des risques. Pendant ce temps, les marqueurs peuvent être utilisés dans un contexte de sélection assistée par marqueurs afin d’améliorer la santé et le bien-être du cheval. / Osteochondral lesions are commonly observed in young horses and may be responsible for reduced performances in racing. The purpose of the PhD thesis was to identify genome regions, called quantitative trait loci (QTL), associated with various traits measuring osteochondrosis (OC) and recorded in the GENEQUIN program in a population of French Trotters horses. Genotyping was performed using the EquineSNP50 Illumina high density chip, which allows to exploit the linkage disequilibrium with genome-wide association studies. These analyses are subject to several problems in presence of family structure. We hence first proposed a comparison of power and robustness of a limited choice of models for this type of analysis. The originality of this work lies in the algebraic derivation of the distribution moments of the test statistics compared, making the outcome of this comparison more general and allowing a better understanding of differences. The results can be used to establish an experimental design. The second part was devoted to the QTL fine mapping of traits that measure OC in different joint sites. This study highlighted several significant QTL with low and medium effects but none of them were highly significant. We showed that OC is a polygenic trait and we were not able to identify QTL affecting both OC on the hock and the fetlock, rejecting the hypothesis of a single genetic determinism of susceptibility to this desease accross anatomical sites. Further studies will now focus on the identification of candidate genes and screening for mutation in an attempt to clarify the molecular physiopathology of OC and develop efficient strategies for risk assessment. Meanwhile, markers could be used in a marker-assisted selection context to improve horse health and welfare.

Cette thèse porte sur la vérification des automates temporisés, un modèle bien établi pour les systèmes temps-réels. La thèse est constituée de trois parties. La première est dédiée à la déterminisation des automates temporisés, problème qui n'a pas de solution en général. Nous proposons une méthode approchée (sur-approximation, sous-approximation, mélange des deux) fondée sur la construction d'un jeu de sûreté. Cette méthode améliore les approches existantes en combinant leurs avantages respectifs. Nous appliquons ensuite cette méthode de déterminisation à la génération automatique de tests de conformité. Dans la seconde partie, nous prenons en compte des aspects quantitatifs des systèmes temps-réel grâce à une notion de fréquence des états acceptants dans une exécution d'un automate temporisé. Plus précisément, la fréquence d'une exécution est la proportion de temps passée dans les états acceptants. Nous intéressons alors à l'ensemble des fréquences des exécutions d'un automate temporisé pour étudier, par exemple, le vide de langages seuils. Nous montrons ainsi que les bornes de l'ensemble des fréquences sont calculables pour deux classes d'automates temporisés. D'une part, les bornes peuvent être calculées en espace logarithmique par une procédure non-déterministe dans les automates temporisés à une horloge. D'autre part, elles peuvent être calculées en espace polynomial dans les automates temporisés à plusieurs horloges ne contenant pas de cycles forçant la convergence d'horloges. Finalement, nous étudions le problème de l'accessibilité des états acceptants dans des réseaux d'automates temporisés qui communiquent via des files FIFO. Nous considérons tout d'abord des automates temporisés à temps discret, et caractérisons les topologies de réseaux pour lesquelles l'accessibilité est décidable. Cette caractérisation est ensuite étendue aux automates temporisés à temps continu. / This thesis is about verification of timed automata, a well-established model for real time systems. The document is structured in three parts. The first part is dedicated to the determinization of timed automata, a problem which has no solution in general. We propose an approximate (over-approximation/under-approximation/mix) method based on the construction of a safety game. This method improves both existing approaches by combining their respective advantages. Then, we apply this determinization approach to the generation of conformance tests. In the second part, we take into account quantitative aspects of real time systems thanks to a notion of frequency of accepting states along executions of timed automata. More precisely, the frequency of a run is the proportion of time elapsed in accepting states. Then, we study the set of frequencies of runs of a timed automaton in order to decide, for example, the emptiness of threshold languages. We thus prove that the bounds of the set of frequencies are computable for two classes of timed automata. On the one hand, we prove that bounds are computable in logarithmic space by a non-deterministic procedure in one-clock timed automata. On the other hand, they can be computed in polynomial space in timed automata with several clocks, but having no cycle that forces the convergence between clocks. Finally, we study the reachability problem in networks of timed automata communicating through FIFO channels. We first consider dicrete timed automata, and characterize topologies of networks for which reachability is decidable. Then, this characterization is extended to dense-time automata.