Le canard mulard, hybride issu du croisement entre une femelle de l’espèce canard commun (Anas platyrhynchos), le plus souvent de génotype Pékin, et un mâle de l’espèce canard de Barbarie (Cairina moschata), expriment une peur de l’Homme exacerbée en élevage. Il semblerait cependant que le niveau d’expression de cette aversion varie en fonction du croisement commercial utilisé. Dans ce contexte, l’objectif de cette thèse était d’étudier la variabilité génétique des réponses surrénaliennes et comportementales liées à la peur chez le canard.Des effets hétérosis importants ont été mis en évidence sur les réponses comportementales de peur exprimées en présence de l’Homme ; l’hybride mulard exprimant une activité comportementale et un éloignement de l’Homme plus important que les deux génotypes parentaux Pékin et Barbarie. D’autre part, l’hybride mulard présente une réponse surrénalienne au stress de contention comparable à celle du génotype Pékin pour laquelle un effet additif important a été mis en évidence. Par la suite, l’étude des réponses de peur de six croisements issus de trois origines commerciales différentes a globalement confirmé ces différents effets du croisement. Parallèlement, si les différences mises en évidence entre des canards mulards de même origine commerciale ayant l’une des composantes parentales communes sont limitées, des profils de réponses surrénaliennes et comportementales de peur différents ont été caractérisés en fonction de leur origine commerciale.Un programme de sélection divergente sur la corticostéronémie suite un stress de contention chez le canard Pékin a ensuite été mis en place dans le but d’en étudier la faisabilité et les effets sur les réponses globales de peur. La lignée haute HCort présente une réponse surrénalienne à la contention supérieure à la lignée basse LCort dès la première génération de sélection. Après 5 cinq générations, la lignée HCort se différencie également de la lignée LCort par une corticostéronémie initiale et une capacité de réponse maximale des glandes surrénales significativement plus élevées. D’un point de vue comportemental, la lignée HCort présente une activité physique exacerbée en situation de stress et une peur de l’Homme moins marquée. Afin d’évaluer l’effet de cette sélection sur le croisement, les réponses de peur de canards mulards issus des canes Pékin de chaque lignée divergente ont ensuite été étudiées. Les hybrides mulards MHCort présentent une réactivité surrénalienne et une activité physique lors de la contention supérieures à celles des hybrides mulards MLCort. Les canards mulards MHCort présentent a contrario une peur de l’Homme plus importante que les canards mulards MLCort. En conclusion, ce travail de thèse a permis de mieux comprendre les mécanismes du déterminisme génétique des réponses de peur chez les canards et la sélection a permis l’obtention de lignées qui présentent des réponses de peur contrastées, en lignée pure mais aussi en croisement hybride mulard. Ces différences pourraient sans doute s’accentuer en prolongeant le processus de sélection mais une analyse plus exhaustive des conséquences sur d’autres paramètres (zootechniques, immunologiques, etc.) reste à réaliser. / The mule duck, hybrid from a female common duck (Anas platyrhynchos), generally from Pekin genotype, and a Muscovy drake (Cairina moschata), are reported to express high fear of human in rearing system. However, the level of the fear responses seems to vary according to the commercial cross used. In this context, the aim of this thesis was to study the genetic variability of adrenal and behavioural responses of fear in ducks.High heterosis effects were highlighted on behavioural responses of fear in human presence; the mule duck showing a higher behavioural activity and distance from human than the both Pekin and Muscovy parental genotypes. In addition, mule duck is comparable to Pekin genotype for the adrenal response to restraint, for which a high additive effect was estimated. Fear responses were then characterized in six cross from three different commercial origins and the estimated crossbreeding effects were mostly consistent with the previous results. Even if the differences between mule ducks from a same commercial origin with a common parental component were limited, different fear adrenal and behavioural responses profiles were characterized according to their commercial origin. A divergent selection program based on corticosterone response to restraint stress in Pekin duck was then carried out to study its feasibility and effects on the fear responses. The high line HCort show higher adrenal response to restraint than the low line LCort as of the first generation of selection. After five generations, the HCort line also differs from the LCort line by a higher initial adrenal level and a higher maximum adrenal response capacity. With regards to the behaviours, the HCort line shows a higher physical activity in stressful situation and a lower level of fear of human. To assess the impact of this selection on the hybrid cross, fear responses of mule ducks resulting from Pekin females of each divergent line was then studied. The MHCort mule ducks show a higher adrenal reactivity and a higher physical activity during restraint than MLCort mule ducks. The MHCort mule ducks however show a higher fear of human than MLCort mule ducks. In conclusion, this work brings new information about the different mechanisms involved in the genetic determinism of fear responses in ducks and the selection results in divergent lines showing contrasted fear responses, in pure line but also in the hybrid mule cross. Differences may be potentially exacerbated by continuing the selection process but an exhaustive analysis of the consequences on other traits (zootechnical, immunological, etc.) remains to be made.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

L'utilisation des fertilisants azotés et des herbicides de synthèse est aujourd'hui nécessaire pour assurer la productivité des systèmes de culture et répondre à la demande alimentaire d'une population mondiale en croissance démographique. Cependant, les effets potentiels de ces produits de synthèse sur les propriétés édaphiques et aériennes des agrosystèmes ont été décrits comme dépendants de l'environnement physico-chimique et biologique du sol sur lequel ils sont appliqués. En particulier, il semblerait que les sols non perturbés et sous couverture végétale permanente, caractérisés par des propriétés édaphiques très différenciées des sols gérés sous labour conventionnel, puissent modifier les effets non ciblés de certains herbicides. Plusieurs expérimentations en champ ainsi que deux études en conditions contrôlées ont permis de mettre en évidence que les systèmes gérés en semis-direct sous couverture végétale permanente étaient associés à une augmentation des teneurs en carbone et azote organique, des activités fonctionnelles microbiennes, de l'abondance en spores de champignons mycorhiziens arbusculaires, et de la colonisation racinaire du maïs par les champignons mycorhiziens. Deuxièmement, la fertilisation azotée a induit des effets négatifs sur certains indicateurs biologiques du sol comme l'activité de deshydrogénase alors qu'elle a permis d'augmenter la productivité végétale et la survie de certains parasites aériens des cultures. Troisièmement, le glyphosate, un herbicide total, a augmenté le temps de dégradation des substrats organiques, et n'a pas eu d'effet sur l'activité des champignons mycorhiziens lorsqu'il était appliqué seul ; par contre l'application d'azote en combinaison avec le glyphosate sur un sol fertilisé depuis 6 ans a entraîné une diminution du taux de colonisation du haricot par les champignons mycorhiziens. Les engrais azotés appliqués sur le long terme sont donc capables de modifier les effets non ciblés du glyphosate. Enfin, le S-Metolachlore, un herbicide sélectif, a augmenté la teneur en nitrates des sols cultivés en semis-direct, sans affecter ceux gérés en labour annuel, et a également augmenté la teneur en ammonium des turricules de vers de terre des sols conduits en semis-direct et fertilisés depuis 6 ans. Nous concluons que ce sont essentiellement les combinaisons de pratiques qui sont responsables des effets des herbicides sur les propriétés édaphiques et aériennes dans les agrosystèmes / Nowadays, the use of synthetic nitrogen fertilizers and herbicides is required to ensure cropping systems productivity and meet the demand for food of a growing population. However, the potential effects of these synthetic products on agrosystem’s below- and above-ground properties have been described to be dependent of soil physicochemical and biological characteristics on which they are applied. Especially, it seems that soils under no-till and continuous cover-cropping, characterized by contrasted edaphic properties as compared to soils managed under annual plowing, may change the non-target effects of certain herbicides. Several field experiments, as well as two mesocosm studies, evidenced that cropping systems conducted under no-till with continuous cover-cropping were associated to increased organic carbon and nitrogen contents, microbial functional activities, arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) spore density, and maize root colonization by AMF. Secondly, nitrogen fertilization induced negative effects on soil biological indicators such as dehydrogenase activity while it improved plant productivity and nymph survival of certain above-ground pests. Thirdly, glyphosate, a total herbicide, increased degradation time of organic substrates, while it did not change AMF activity when applied alone. However, the combinaison of glyphosate plus nitrogen fertilization in a soil fertilized over a 6-year period led to a decreased root colonization of bean by AMF. Thus, the long term nitrogen fertilization is capable to change the non-target effects of glyphosate. Finally, S-Metolachlor, a selective herbicide, increased nitrate content of soils subjected to no-till, while those conducted under annual plowing revealed no effect, and increased ammonium content of earthworm casts in soils managed under no-till with nitrogen fertilization for 6 years. We conclude that the effects of herbicides on agrosystem's above- and below-ground properties are mainly due to the combination with other agricultural practices such as nitrogen fertilization

Avec l’émergence et la prolifération des applications du Web sémantique, de nombreuses et récentes larges bases de connaissances (BC) sont disponibles sur le Web. Ces BC contiennent des entités (nommées) et des faits sur ces entités. Elles contiennent également les classes sémantiques de ces entités et leurs liens mutuels.De plus, plusieurs BC peuvent être interconnectées au niveau entités, formant ainsi le noyau du Web des données liées (ou ouvertes). Une caractérisation essentielle de ces BC est qu’elles contiennent des millions à des billions de triplets RDF incertains. Les causes de cette incertitude sont diverses et multiples. Elle peut résulter de l’intégration de sources de données de différents niveaux de fiabilité ou elle peut être causée par des considérations de préservation de la confidentialité. Aussi, elle peut être due à des facteurs li´es au manque d’informations, à la limitation des équipements de mesures ou à l’évolution d’informations. L’objectif de ce travail de thèse est d’améliorer l’ergonomie et la convivialité des systèmes modernes visant à exploiter des BC entachées d’incertitude. En particulier, ce travail propose des techniques coopératives et intelligentes aidant l’utilisateur dans ses prises de décisions quand ses recherches retournent des résultats insatisfaisants en termes de quantité ou de fiabilité.Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés au problème des requêtes RDF retournant un ensemble vide de réponses. Ce type de réponse est frustrant et ne sert pas les attentes de l’utilisateur. L’approche proposée pour le traitement de ce problème est guidée par la requête initiale et offre un double avantage :(i) elle permet de fournir une explication sur l’échec de la requête en identifiant les MFS (Minimal Failing Sub-queries) et, (ii) elle permet de calculer des requêtes alternatives appelées XSS (maXimal Succeeding Subqueries),sémantiquement proches de la requête initiale et dont les réponses sont non-vides. Par ailleurs, d’un point de vue utilisateur, cette solution présente un niveau élevé de flexibilité dans le sens o`u plusieurs degrés d‘incertitude peuvent être simultanément considérés. Dans une seconde contribution, nous avons abord´e l’étude du problème dual au problème cité ci-dessus,c’est-`a-dire le cas des requêtes retournant un nombre trop élevé de réponses dans le contexte des données RDF.La solution préconisée vise `a réduire cet ensemble de réponses pour permettre à l’utilisateur de les examiner.Des contreparties des MFS et des XSS ont été établies, ce qui a permis d’identifier, d’une part, les causes du problème et, d’autre part, des requêtes alternatives dont les résultats peuvent être directement et facilement exploitables à des fins de décision.L’ensemble de nos propositions ont été validées par une série d’expérimentations portant sur différentes larges bases de connaissances en présence d’incertitude (WatDiv et LUBM). Nous avons aussi utilisé plusieurs Triplestores pour mener nos tests. / In the era of digitilization, and with the emergence of several semantic Web applications, many new knowledge bases (KBs) are available on the Web. These KBs contain (named) entities and facts about these entities. They also contain the semantic classes of these entities and their mutual links. In addition, multiple KBs could be interconnected by their entities, forming the core of the linked data web. A distinctive feature of these KBs is that they contain millions to trillions of unreliable RDF triples. This uncertainty has multiple causes. It can result from the integration of data sources with various levels of intrinsic reliability or it can be caused by some considerations to preserve confidentiality. Furthermore, it may be due to factors related to the lack of information, the limits of measuring equipment or the evolution of information. The goal of this thesis is to improve the usability of modern systems aiming at exploiting uncertain KBs. In particular, this work proposes cooperative and intelligent techniques that could help the user in his decision-making when his query returns unsatisfactory results in terms of quantity or reliability. First, we address the problem of failing RDF queries (i.e., queries that result in an empty set of responses).This type of response is frustrating and does not meet the user’s expectations. The approach proposed to handle this problem is query-driven and offers a two fold advantage: (i) it provides the user with a rich explanation of the failure of his query by identifying the MFS (Minimal Failing Sub-queries) and (ii) it allows the computation of alternative queries called XSS (maXimal Succeeding Sub-queries), semantically close to the initial query, with non-empty answers. Moreover, from a user’s point of view, this solution offers a high level of flexibility given that several degrees of uncertainty can be simultaneously considered.In the second contribution, we study the dual problem to the above problem (i.e., queries whose execution results in a very large set of responses). Our solution aims at reducing this set of responses to enable their analysis by the user. Counterparts of MFS and XSS have been defined. They allow the identification, on the one hand, of the causes of the problem and, on the other hand, of alternative queries whose results are of reasonable size and therefore can be directly and easily used in the decision making process.All our propositions have been validated with a set of experiments on different uncertain and large-scale knowledge bases (WatDiv and LUBM). We have also used several Triplestores to conduct our tests.

Les contaminations multiples par des métaux et métalloïdes menacent la structure et le fonctionnement des écosystèmes aquatiques. Pourtant, les mécanismes d'action des polluants, leurs interactions et leur toxicité dans un contexte de réchauffement climatique sont encore peu abordés. Parallèlement, nous avons un besoin urgent de marqueurs d'alerte (i.e., précoces, sub-létaux) des effets de ces substances. Par ailleurs, une attention croissante est actuellement portée au protéome des êtres vivants, considéré comme une entité dynamique, modifié par les conditions du milieu. Dans ce contexte, nous avons travaillé en laboratoire avec comme espèce modèle le crustacé amphipode Gammarus pulex avec trois objectifs: (1) évaluer les effets de deux éléments métalliques (cadmium et arséniate) seuls ou en interaction sur des organismes exposés en conditions contrôlées, (2) appréhender les effets de la température en tant que facteur confondant potentiel des réponses mesurées, et (3) rechercher l'existence d'une réponse singulière potentielle du protéome d'individus exposés aux éléments métalliques seuls ou en mélange ; à plusieurs températures. Il s'agissait donc à la fois de réaliser une analyse diagnostique susceptible de fournir des marqueurs d'intérêt aptes à révéler précocement un stress chimique et de dresser les bases d'une approche pronostique permettant de mieux prédire les conséquences à l'échelle individuelle d'une dégradation anthropique du milieu / Multiple metal and metalloid contaminations impair aquatic ecosystem community structure and functioning. However, the mechanistic understanding of individual pollutant toxic effects, but also of their interaction effects in a "global warning" context are still rarely tackled. However, aquatic ecosystem managers have an urgent need of early warning indicators (i.e. early, sub-lethal) of toxicant effects. Recently, an increasing attention has been turned to studies of the proteome of species/populations, which is considered as a dynamic entity modified by environmental conditions. In this context, we have worked with a model organism, Gammarus pulex (crustacea, amphipoda), under laboratory controlled conditions. Three objectives have been defined: (1) assessing the single and combined effects of two metals (i.e. arsenate and/or cadmium), (2) understanding the potential confounding effect of temperature on measured physiological and behavioural responses of gammarids and (3) investigating the existence of a singular response of the proteome of individuals exposed to different single or combined metal concentrations, at several tested temperatures. The major goals were first applying a diagnostic analysis to provide valuable biomarkers early indicating metallic stress, and second developing the foundations for a prognostic approach better predicting the organismal consequences of toxic contaminations due to the anthropogenic degradation of aquatic ecosystems

Avec l'augmentation des connaissances disponibles sur Internet est apparue la difficulté d'obtenir une information. Les moteurs de recherche permettent de retourner des pages Web censés contenir l'information désirée à partir de mots clés. Toutefois il est encore nécessaire de trouver la bonne requête et d'examiner les documents retournés. Les systèmes de questions réponses ont pour but de renvoyer directement une réponse concise à partir d'une question posée en langue naturelle. La réponse est généralement accompagnée d'un passage de texte censé la justifier. Par exemple, pour la question « Quel est le réalisateur d'Avatar ? » la réponse « James Cameron » peut être renvoyée accompagnée de « James Cameron a réalisé Avatar. ». Cette thèse se focalise sur la validation de réponses qui permet de déterminer automatiquement si la réponse est valide. Une réponse est valide si elle est correcte (répond bien à la question) et justifiée par le passage textuel. Cette validation permet d'améliorer les systèmes de questions réponses en ne renvoyant à l'utilisateur que les réponses valides. Les approches permettant de reconnaître les réponses valides peuvent se décomposer en deux grandes catégories : -les approches utilisant un formalisme de représentation particulier de la question et du passage dans lequel les structures sont comparées ;-les approches suivant une approche par apprentissage qui combinent différents critères d'ordres lexicaux ou syntaxiques. Dans le but d'identifier les différents phénomènes sous tendant la validation de réponses, nous avons participé à la création d'un corpus annoté manuellement. Ces phénomènes sont de différentes natures telle que la paraphrase ou la coréférence. On peut aussi remarquer que les différentes informations sont réparties sur plusieurs phrases, voire sont manquantes dans les passages contenant la réponse. Une deuxième étude de corpus de questions a porté sur les différentes informations à vérifier afin de détecter qu'une réponse est valide. Cette étude a montré que les trois phénomènes les plus fréquents sont la vérification du type de la réponse, la date et le lieu contenus dans la question. Ces différentes études ont permis de mettre au point notre système de validation de réponses qui s'appuie sur une combinaison de critères. Certains critères traitent de la présence dans le passage des mots de la question ce qui permet de pointer la présence des informations de la question. Un traitement particulier a été effectué pour les informations de date en détectant une réponse comme n'étant pas valide si le passage ne contient pas la date contenue dans la question. D'autres critères, dont la proximité dans le passage des mots de la question et de la réponse, portent sur le lien entre les différents mots de la question dans le passage. Le second grand type de vérification permet de mesurer la compatibilité entre la réponse et la question. Un certain nombre de questions attendent une réponse étant d'un type particulier. La question de l'exemple précédent attend ainsi un réalisateur en réponse. Si la réponse n'est pas de ce type alors elle est incorrecte. Comme cette information peut ne pas se trouver dans le passage justificatif, elle est recherchée dans des documents autres à l'aide de la structure des pages Wikipédia, en utilisant des patrons syntaxiques ou grâce à des fréquences d'apparitions du type et de la réponse dans des documents. La vérification du type est particulièrement efficace puisqu'elle effectue 80 % de bonnes détections. La vérification de la validité des réponses est également pertinente puisque lors de la participation à une campagne d'évaluation, AVE 2008, le système s'est placé parmi les meilleurs toutes langues confondues. La dernière contribution a consisté à intégrer le module de validation dans un système de questions réponses, QAVAL. Dans ce cadre de nombreuses réponses sont extraites par QAVAL et ordonnées grâce au module de validation de réponses. Le système n'est plus utilisé afin de détecter les réponses valides mais pour fournir un score de confiance à chaque réponse. Le système QAVAL peut ainsi aussi bien être utilisé en effectuant des recherches dans des articles de journaux que dans des articles issus du Web. Les résultats sont assez bons puisqu'ils dépassent ceux obtenus par un simple ordonnancement des réponses de près de 50 %. / Question answering systems extract precise answers from a set of documents, and return the answers along with text snippets which justify them. For example, to the question "Who is the director of Avatar?" The answer "James Cameron" may be returned with "Avatar by James Cameron.".The answer validation detect automatically if the answer is valid ie. if it is correct (responds to the question) and justified by the text passage. This validation allows to improve the question answering systems by producing only valid answers.Two kind of methods can be used to detect right answers : -approaches using specific representation formalism of the question and the passage in which the structures are compared;-learning approaches that combines lexical and syntactic features.To identify the phenomena that characterize the answer validation, we built a manually annotated corpus. Differents phenomena can be seen like paraphrasing, coreference or that the information is spread in different sentences or documents. A second corpus aims to identify the different informations to be checked to valid an answer. This study showed that the three mains phenomena are the answer type, the date and place of the question.These studies have helped to develop our answer validation system which is based on a combination of features. The first one estimates the proportion of common terms in the snippet and the question, the second one measures the proximity of these terms and the answer. The second kind of features measure the compatibility between the answer and the question. Numerous questions wait for answers of an explicit type. For example, the question “Which president succeeded to Jacques Chirac?” requires an instance of president as answer.If the answer is not of this type then it is incorrect. The method aims at verifying that an answer given by a system corresponds to the given type. This verification is done by combining features provided by different methods. The first types of feature are statistical and compute the presence rate of both the answer and the type in documents, other features rely on named entity recognizers and the last criteria are based on the use of Wikipedia. Type checking is particularly effective because it makes 80 % correct detections. The final contribution was to integrate the validation module in a question answering system, QAVAL. Many answers are retrieved by QAVAL and ordered through the answers validation module. The module provide a confidence score to each response. QAVAL can be used both by researching the information in newspaper articles and in articles from the Web. The results are good, exceeding those obtained by a simple answer ranking from nearly 50%.

Avec l'augmentation des connaissances disponibles sur Internet est apparue la difficulté d'obtenir une information. Les moteurs de recherche permettent de retourner des pages Web censés contenir l'information désirée à partir de mots clés. Toutefois il est encore nécessaire de trouver la bonne requête et d'examiner les documents retournés.Les systèmes de questions réponses ont pour but de renvoyer directement une réponse concise à partir d'une question posée en langue naturelle. La réponse est généralement accompagnée d'un passage de texte censé la justifier. Par exemple, pour la question " Quel est le réalisateur d'Avatar ? " la réponse " James Cameron " peut être renvoyée accompagnée de " James Cameron a réalisé Avatar. ". Cette thèse se focalise sur la validation de réponses qui permet de déterminer automatiquement si la réponse est valide. Une réponse est valide si elle est correcte (répond bien à la question) et justifiée par le passage textuel. Cette validation permet d'améliorer les systèmes de questions réponses en ne renvoyant à l'utilisateur que les réponses valides. Les approches permettant de reconnaître les réponses valides peuvent se décomposer en deux grandes catégories : -les approches utilisant un formalisme de représentation particulier de la question et du passage dans lequel les structures sont comparées ;-les approches suivant une approche par apprentissage qui combinent différents critères d'ordres lexicaux ou syntaxiques. Dans le but d'identifier les différents phénomènes sous tendant la validation de réponses, nous avons participé à la création d'un corpus annoté manuellement. Ces phénomènes sont de différentes natures telle que la paraphrase ou la coréférence. On peut aussi remarquer que les différentes informations sont réparties sur plusieurs phrases, voire sont manquantes dans les passages contenant la réponse. Une deuxième étude de corpus de questions a porté sur les différentes informations à vérifier afin de détecter qu'une réponse est valide. Cette étude a montré que les trois phénomènes les plus fréquents sont la vérification du type de la réponse, la date et le lieu contenus dans la question.Ces différentes études ont permis de mettre au point notre système de validation de réponses qui s'appuie sur une combinaison de critères. Certains critères traitent de la présence dans le passage des mots de la question ce qui permet de pointer la présence des informations de la question. Un traitement particulier a été effectué pour les informations de date en détectant une réponse comme n'étant pas valide si le passage ne contient pas la date contenue dans la question. D'autres critères, dont la proximité dans le passage des mots de la question et de la réponse, portent sur le lien entre les différents mots de la question dans le passage.Le second grand type de vérification permet de mesurer la compatibilité entre la réponse et la question. Un certain nombre de questions attendent une réponse étant d'un type particulier. La question de l'exemple précédent attend ainsi un réalisateur en réponse. Si la réponse n'est pas de ce type alors elle est incorrecte. Comme cette information peut ne pas se trouver dans le passage justificatif, elle est recherchée dans des documents autres à l'aide de la structure des pages Wikipédia, en utilisant des patrons syntaxiques ou grâce à des fréquences d'apparitions du type et de la réponse dans des documents. La vérification du type est particulièrement efficace puisqu'elle effectue 80 % de bonnes détections. La vérification de la validité des réponses est également pertinente puisque lors de la participation à une campagne d'évaluation, AVE 2008, le système s'est placé parmi les meilleurs toutes langues confondues. La dernière contribution a consisté à intégrer le module de validation dans un système de questions réponses, QAVAL. Dans ce cadre de nombreuses réponses sont extraites par QAVAL et ordonnées grâce au module de validation de réponses. Le système n'est plus utilisé afin de détecter les réponses valides mais pour fournir un score de confiance à chaque réponse. Le système QAVAL peut ainsi aussi bien être utilisé en effectuant des recherches dans des articles de journaux que dans des articles issus du Web. Les résultats sont assez bons puisqu'ils dépassent ceux obtenus par un simple ordonnancement des réponses de près de 50 %.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La transfusion sanguine est un traitement essentiel à la survie de millions de patients. Son principal risque immunologique est l’allo-immunisation post-transfusionnelle. Elle se traduit par la production d’allo-anticorps contre des antigènes de globules rouges (GR) conduisant à des hémolyses post-transfusionnelles. Les mécanismes à l’origine de la tolérance des GR ou de son inhibition lors de l’allo-immunisation sont mal connus. Ainsi, mes travaux de thèse, portant sur la compréhension de ces effets, se sont articulés en trois parties avec 1/ l’étude des conditions optimales aux réponses allo-immunes, 2/ l’étude des effets d’une stratégie thérapeutique utilisant un anticorps monoclonal et 3/ l’étude des effets immunomodulateurs, incluant la tolérance, médiée par des composants présents dans les concentrés de globules rouges (CGR).Afin d’étudier l’allo-immunisation, nous avons utilisé le modèle murin. Nous montrons qu’une variation du délai entre la transfusion et la stimulation du TLR3 impacte la réponse immune dans la rate. Une activation importante des lymphocytes T CD4+ (LT CD4+) allo-réactifs accompagnée d’une production accrue d’allo-anticorps ont été montrées à 7 jours de délai. Afin de limiter l’allo-immunisation, l’utilisation d’un anticorps anti-CD20 déplétant les lymphocytes B (LB) montre une altération des LB mais surtout des LT CD4+ impliqués dans le processus d’induction de l’allo-immunisation. Enfin, la modification du phénotype des cellules dendritiques CD11c+ de la rate des souris transfusées, observée hors contexte inflammatoire, suggère une maturation incomplète à l’origine d’une tolérance antigénique. Pour finir, l’analyse de différents composants présents dans les CGR confirme l’existence de microparticules (MPs) lymphocytaires. Ces MPs présentent des molécules inhibitrices et pourraient donc être impliquées dans la tolérance des antigènes transfusés.En conclusion, mes travaux montrent la coopération des DCs avec les LT CD4+ permettant celle des LT CD4+ avec les LB pour induire une réponse immune. Comme toute réponse humorale, nous confirmons que l’allo-immunisation fait intervenir des DCs, des LT CD4+ et des LB. Ces résultats ouvrent de nouvelles voies de recherche pour mieux caractériser l’allo-immunisation en particulier chez les patients drépanocytaires qui sont les plus touchés. / Red blood cell (RBC) transfusion is a life-saving treatment for millions of patients. However, its main immunological risk is RBC alloimmunization resulting in antibody production against RBC antigen. Alloimmunization can lead to severe complications threatening the life of the patient. The mechanisms explaining RBC alloimmunization are poorly understood. Therefore, my doctoral work aiming at understanding transfusion effects, was subdivided into three parts with 1/ the study of optimal conditions for alloimmune responses, 2/ the impact of a therapeutic strategy using a monoclonal antibody to inhibit alloimmunization and 3/ the study of immunomodulatory effects of transfusion, including tolerance, through components present in the RBC concentrates.We also used HOD murine model for the study of alloimmunization to show an impact of the delay between the TLR3 agonist injection and the transfusion on immune responses against RBCs. At 7 days of delay, we have demonstrated an important alloreactive CD4+ T-cell activation and a wider alloantibody production. Furthermore, B-cell depletion, using a monoclonal anti-CD20 antibody, revealed potential changes on LB implicated in alloimmunization induction and mostly on alloreactive CD4+ T cells. We finally observed a modification of splenic CD11c+ DC phenotype from transfused mice out of a TLR context. This suggest an incomplete maturation that could explain antigen-specific tolerance. The investigation of several components in RBC concentrates confirmed the presence of microparticules (MPs) issued from T lymphocytes. These MPs carry inhibitory markers and could thus inhibit DC activation to induce antigen-specific tolerance.Therefore, my doctoral work highlights the implication and the cooperation of DCs with CD4+ T cells to allow cellular cooperation between CD4+ T cells and B cells for immune response induction. As in any humoral response, we confirmed that RBC alloimmunization involves DCs, CD4+ T cells and B cells. In addition, these results are opening up new areas of investigation for a better characterization of alloimmunization in particular in the most affected patients, the SCD patients.

Les systèmes de question- réponse monolingues ou multilingues permettent de chercher dans une grande collection de documents (de type journalistique par exemple), ou sur le Web une réponse précise à une question. Cependant, il n'y a pas d'interaction possible après la réponse : on ne peut pas demander une précision, modifier sa question. Or souvent la réponse ne peut pas être apportée directement (question trop imprécise), ou n'est pas pleinement satisfaisante pour l'utilisateur. Le sujet de la thèse proposée consiste à étendre ces travaux de manière à permettre à un utilisateur d'engager un vrai dialogue, qui ne se réduise pas à une question/une réponse, en se fondant sur le travaux menés dans le cadre du dialogue homme-machine. Le contexte de cette thèse se situe dans le prolongement des travaux menés dans le groupe LIR du LIMSI. En effet, nous travaillons depuis plusieurs années sur les systèmes de Question-Réponse, et nous avons participé à plusieurs campagnes d'évaluation, tant sur le monolingue anglais (campagne TREC-QA : http: / / t rec.nist.gov/), que sur le monolingue français (campagne EqueR-EVALDA : http: / /www.elda.org/article118.html) ou sur le multi-lingue (campagne CLEF-QA : http: / / clef- qa.itc.it /). Ces campagnes présentent l'intérêt de permettre une évaluation de nos travaux par rapport à la communauté nationale et internationale. Elles nous ont également permis d'en mesurer les limites et de définir des champs de recherche très ouverts, que ce soit au niveau de notre groupe ou des perspectives envisagées dans le cadre même de ces campagnes d'évaluation. Par ailleurs, nous avons longtemps travaillé sur les systèmes de dialogue homme-machine, plus ou moins finalisés. Le cadre des systèmes ouverts (sans tâche définie a priori) que constitue la recherche dans des grandes collections de documents ou sur le web nous permet de reprendre et d'étendre ces travaux. Le but de cette thèse est donc d'ouvrir les systèmes de question/ réponse à un dialogue au cours duquel n'importe quel sujet peut être abordé. Le point de départ est une adaptation des travaux menés en dialogue Homme-Machine dans des domaines restreints à un système de Questions-Réponses. Ces recherches ont pour finalité d'apporter des perspectives nouvelles au moteur de recherche d'information classique, à la fois en terme de précision de l'information trouvée, de volume d'information traitées et de gain de temps pour accéder à cette information.