La reconstruction et la résurrection moléculaire de protéines ancestrales est au coeur de cette thèse. Alors que les données moléculaires fossiles sont quasi inexistantes, il est possible d'estimer quelles étaient les séquences ancestrales les plus probables le long d'un arbre phylogénétique décrivant les relations de parentés entre séquences actuelles. Avoir accès à ces séquences ancestrales permet alors de tester de nombreuses hypothèses biologiques, de la fonction des protéines ancestrales à l'adaptation des organismes à leur environnement. Cependant, ces inférences probabilistes de séquences ancestrales sont dépendantes de modèles de substitution fournissant les probabilités de changements entre acides aminés. Ces dernières années ont vu le développement de nouveaux modèles de substitutions d'acides aminés, permettant de mieux prendre en compte les phénomènes biologiques agissant sur l'évolution des séquences protéiques. Classiquement, les modèles supposent que le processus évolutif est à la fois le même pour tous les sites d'un alignement protéique et qu'il est resté constant au cours du temps lors de l'évolution des lignées. On parle alors de modèle homogène en temps et en sites. Les modèles récents, dits hétérogènes, ont alors permis de lever ces contraintes en permettant aux sites et/ou aux lignées d'évoluer selon différents processus. Durant cette thèse, de nouveaux modèles hétérogènes en temps et sites ont été développés en Maximum de Vraisemblance. Il a notamment été montré qu'ils permettent d'améliorer considérablement l'ajustement aux données et donc de mieux prendre en compte les phénomènes régissant l'évolution des séquences protéiques afin d'estimer de meilleurs séquences ancestrales. A l'aide de ces modèles et de reconstruction ou résurrection de protéines ancestrales en laboratoire, il a été montré que l'adaptation à la température est un déterminant majeur de la variation des taux évolutifs entre lignées d'Archées. De même, en appliquant ces modèles hétérogènes le long de l'arbre universel du vivant, il a été possible de mieux comprendre la nature du signal évolutif informant de manière non-parcimonieuse un ancêtre universel vivant à plus basse température que ses deux descendants, à savoir les ancêtres bactériens et archéens. Enfin, il a été montré que l'utilisation de tels modèles pouvait permettre d'améliorer la fonctionnalité des protéines ancestrales ressuscitées en laboratoire, ouvrant la voie à une meilleure compréhension des mécanismes évolutifs agissant sur les séquences biologiques / The molecular reconstruction and resurrection of ancestral proteins is the major issue tackled in this thesis manuscript. While fossil molecular data are almost nonexistent, phylogenetic methods allow to estimate what were the most likely ancestral protein sequences along a phylogenetic tree describing the relationships between extant sequences. With these ancestral sequences, several biological hypotheses can be tested, from the evolution of protein function to the inference of ancient environments in which the ancestors were adatapted. These probabilistic estimations of ancestral sequences depend on substitution models giving the different probabilities of substitution between all pairs of amino acids. Classicaly, substitution models assume in a simplistic way that the evolutionary process remains homogeneous (constant) among sites of the multiple sequence alignment or between lineages. During the last decade, several methodological improvements were realised, with the description of substitution models allowing to account for the heterogeneity of the process among sites and in time. During my thesis, I developed new heterogeneous substitution models in Maximum Likelihood that were proved to better fit the data than any other homogeneous or heterogeneous models. I also demonstrated their better performance regarding the accuracy of ancestral sequence reconstruction. With the use of these models to reconstruct or resurrect ancestral proteins, my coworkers and I showed the adapation to temperature is a major determinant of evolutionary rates in Archaea. Furthermore, we also deciphed the nature of the phylogenetic signal informing substitution models to infer a non-parsimonious scenario for the adaptation to temperature during early Life on Earth, with a non-hyperthermophilic last universal common ancestor living at lower temperatures than its two descendants. Finally, we showed that the use of heterogeneous models allow to improve the functionality of resurrected proteins, opening the way to a better understanding of evolutionary mechanisms acting on biological sequences

Si on contemple l’abondante production du dramaturge, on réalise à quel point l’Égypte est omniprésente dans ses écrits et dans sa vie. Elle couronne l’ensemble de son oeuvre littéraire qui met en lumière chacun des différents aspects de ce pays : social, historique, culturel et politique. Cependant, dans cette étude, nous allons essayer de limiter notre sujet de l’Image de l’Égypte dans l’oeuvre de T. al-Ḥakīm à deux époques celle de la révolution de 1919, et celle de 1952. Ses écrits retracent clairement ces deux évènements importants. Sa façon de penser, d’écrire, de critiquer et d’analyser avant et après la révolution de 1919 n’est plus la même après la révolution de 1952. D’un écrivain rêveur, idéaliste, il en devient un autre plus réaliste et engagé littérairement. Notre problématique globale s’articulera autour des questions suivantes : quelle représentation l’oeuvre de Tawfīq al-Ḥakīm donne-t-elle de l’Égypte ? Peut-on considérer son retour aux mythes anciens comme une continuité entre l’Égypte moderne etl’Égypte ancienne ? Dans une première partie nous traitons les deux révolutions qui ont eu des répercussions sur ses écrits et sa vision politique. La deuxième partie, abordera la société de son roman ‛Awdat al-rūḥ, (l’Âme retrouvée), 1933, dans lequel il décrit une Égypte vue par un égyptien de souche et les liens forts qui unissent ce peuple à sa nation. La troisième partie sera réservée à la femme et au fallāḥ qui ont énormément inspiré l’écrivain. La quatrième partie sera consacrée à l’Égypte pharaonique. On va voir comment il a pu être influencé par l’Égypte ancienne pour décrire l’Égypte moderne. Nous nous appuyons aussi sur plusieurs lectures de différents auteurs afin de trouver une authenticité entre ce qu’il écrit et ce qu’il pense, entre la réalité et l’imagination dans ces oeuvres. Nous analyserons comment il voit, observe et critique son pays natal. / If we contemplate the playwright's rich production, we realise to what extent Egypt plays a prominent part in his work and life. It is the crowning achievement of his literary work which highlights all the aspects of this country, social, historical, cultural and political However, in this study, we will try to limit our subject of The image of Egypt in T.al-Hakim's work to two particular eras, the revolutions of 1919 and 1952. His writings clearly relate those major events. The way he thinks, writes, criticizes and analyses before and after the 1919 revolution is no longer the same after the 1952 revolution. He started being a dreamy idealistic writer, and turned into another one, more realistic and committed in his literary work. Our global problematics will hinge on the following issues: what representation of Egypt does Tawfiq al-Hakim's work give? Can we regard his return to ancient myths as a continuity between modern Egypt and ancient Egypt? In a first part, we deal with the two revolutions which have had repercussions on his writings and political vision. The second part will tackle the society of his novel, in which he describes a country seen through a native Egyptian, and the strong ties which link the Egyptian people to their nation. The third part will focus on women and on the fallah, which greatly inspired the writer. The fourth part will be dedicated to the Pharaonic Egypt. We will see how far he has been influenced by ancient Egypt to descibe the modern one. We have relied on a few works of different writers so as to find an authentic link between what he writes and thinks reality and imagination in his works. We will analyse the way he sees, observes and criticizes his own country.