Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy, one method of electromagnetic radiation for detecting specific cellular molecular structure, can be used to discriminate different types of cells. The objective is to find the minimum time (choice among 2 hour, 4 hour and 6 hour) to record FTIR readings such that different viruses can be discriminated. A new method is adopted for the datasets. Briefly, inner differences are created as the control group, and Wilcoxon Signed Rank Test is used as the first selecting variable procedure in order to prepare the next stage of discrimination. In the second stage we propose either partial least squares (PLS) method or simply taking significant differences as the discriminator. Finally, k-fold cross-validation method is used to estimate the shrinkages of the goodness measures, such as sensitivity, specificity and area under the ROC curve (AUC). There is no doubt in our mind 6 hour is enough for discriminating mock from Hsv1, and Coxsackie viruses. Adeno virus is an exception.

The estimated bias and variance of commonly applied and jackknife variance estimators and observed significance level and power of standardised generalized Wilcoxon linear rank sum test statistics and tests, respectively, of Gehan and Prentice are compared in a Monte Carlo simulation study. The variance estimators are the permutational-, the conditional permutational- and the jackknife variance estimators of the test statistic of Gehan, and the asymptotic- and the jackknife variance estimators of the test statistic of Prentice. In unbalanced small sample size problems with right censoring, the commonly applied variance estimators for the generalized Wilcoxon rank test statistics of Gehan and Prentice may be biased. In the simulation study it appears that variance properties and observed level and power may be improved by using the jackknife variance estimator. To establish the sensitivity to gross errors and misclassifications for standardised generalized Wilcoxon linear rank sum statistics in small samples with right censoring, the sensitivity curves of Tukey are used. For a certain combined sample, which might contain gross errors, a relatively simple method is needed to establish the applicability of the inference drawn from the selected rank test. One way is to use the change of decision point, which in this thesis is defined as the smallest proportion of altered positions resulting in an opposite decision. When little is known about the shape of a distribution function, non-parametric estimates for the location parameter are found by making use of censored one-sample- and two-sample rank statistics. Methods for constructing censored small sample confidence intervals and asymptotic confidence intervals for a location parameter are also considered. Generalisations of the solutions from uncensored one-sample and two-sample rank tests are utilised. A Monte-Carlo simulation study indicates that rank estimators may have smaller absolute estimated bias and smaller estimated mean squared error than a location estimator derived from the Product-Limit estimator of the survival distribution function. The ideas described and discussed are illustrated with data from a clinical trial of Head and Neck cancer. / digitalisering@umu

Södra Cell sells 1 900 000 ton pulp every year. Of this 490 000 tonne is sold with a contract system based on a pricing index called PIX NBSK. This index was started in 1996 and reflects the price of pulp from conferious forest. We study the NBSK PIX value of softwood from October 1996 to December 2006. People working in this branch known that there is strong periodicity in the prices. We use predictive analysis to see if clients can benefit from the periodicity and use the options in the contract system Södra offers today. We conclude that a drawback for the current contract system is that there are too many contracts in proportion to the duration time that is one year for all contracts. Using a time series model called ARMA we make successfull predictions the price difference between two contracts. Based on this prediction we change between these contracts, reducing the price with 0.81% in mean during 1997-2006. Due to the total turnover, if all clients would used such predictions during 1997-2006 Södra's income would have been reduced with 2.77 million USD a year in mean. The prices used before PIX are called list prices. The list prices seem to behave like the PIX index. Supposing that the same contract system we see in PIX today was used 1975-2006 with the list price as the base index I made a prediction of the list prices from 1986-2006. Thanks to my predictions, if I had been a client during this period and under mentioned considerations I would have been buying pulp to a price reduced with 0.57%. If clients had known the PIX between 1996-2006 in say 1995 Södra's contract system based on PIX would give them a price reduction that were 1.5% in mean during 1996-2006. Price reduction is not possible all years, but when it occurs it can be as big as 3% of the price. Suppose the clients always choose the contract with the lowest price and thereby get a reduced price over time. Then with 95% probability over a long period the price reduction is somewhere in between 0.4-2.7%. To strangle this price reduction possibility for the clients there are two ways to go: either reduce the number of contracts or extend the duration time of the contracts. To find a suitable duration time, we do spectral density estimation to get indications of which periods that are most important. From this we see that PIX index has a period of five years, wavelet approximated PIX index has 3.4 years and the list prices has a period of 5.6 years. This indicates that current duration time one year is too short. Therefore if it wouldn't effect Södra's clients, an extension of the duration time from one to five years would be good. If Södra don't extend the duration time of the contracts my recommendation is to have fewer contracts. The possibility to change between the contracts ''average last three months'' and ''average current month'' every other year is the weakest point of today's system. Therefore I recommend stop selling pulp to the contract ''average PIX last three months''. We can't prove any longterm difference between the contracts. If Södra chooses to have just one contract from this point of view it does not matter which one they choose. However, it seems like a good idea to follow the global market and therefore I recommend to choose ''average PIX current month'' rather than ''average PIX last three months'' which lags behind the market front. Since the price ''average current month'' is available at FOEX web page I think Södra should choose this contract if they decide to have only one contract. / Södra Cell säljer årligen 1 900 000 ton pappersmassa. Av denna mängd säljs 490 000 ton enligt ett kontraktsystem baserat på ett prisindex som heter PIX NBSK. Detta index introducerades 1996 och reflekterar priset på pappersmassa gjord av barrträd. Jag studerar priset på indexet från Oktober 1996 till December 2006. Dagens kontraktsystem är baserat på kontrakt med löptiden ett år. Jag undersöker om man kan prediktera prisskilllnaden mellan kontrakten, dra nytta att dagens löptid som bara är ett år och välja det kontrakt som ger det billigaste priset så ofta att priset över lång tid reduceras. När man predikterar gör man en uppskattningen av framtiden utifrån en modell av hur framtid beror på dåtid och nutid. Den modell jag har använt kallas ARMA. Denna tillsammans med priserna på pappersmassa från 1975 och framåt gav mig ett fruktbart sätt att förutsäga priserna. Resultatet blev ett pris reducerat med 0.81% i medel under perioden 1996-2006. Eftersom Södra ha så stor försäljningsvolym skulle de ha förlorat 2.27 miljoner dollar per ton i medel om alla kunder ha spekulerat utifrån den modellen jag använde. Om dagens kontraktsystem hade börjat användas 1975 med listpriserna som bas hade en kund som använt min prediktionsmetod fått ett pris reducerat med 0.57% under perioden 1986-2006. Om kunderna i förväg hade vetat priset under 1996-2001 gav det nuvarande systemet en reducerad medelintäkt med 1.5% av priset. Enskilda år reducerades intäkten med så mycket som 3%. Beräknar man konfidensintervall för prisreduktionerna så inser man att på lång sikt kommer dessa vara av storleksordningen 0.4-2.7% med sannolikheten 95%. Detta förutsatt att klienterna kan se in i framtiden. Siffran 2.7% alltså ett mått på hur stor risk man tar med dagens system. Jag tror inte att klienterna kommer reducera priset med 2.7% med nuvarande system, men det är en övre gräns. De gynsamma prediktionerna har sitt ursprung i att det finns periodicitet i priserna. Jag undersöker denna periodicitet med spektralanalys. Periodiciteten för PIX indexet är starkast kring 5 år. En wavelet-approximation av PIX-indexet hade störst periodicitet kring 3.4 år. Listpriserna hade starkast periodicitet kring 5.6 år. Detta indikerar att den nuvarande löptiden, ett år, är för kort. En lämpligare löptid för kontrakten är 5 år. Förmodligen är fem års löptid alltför lång tid att binda sig för många kunder. Därför föreslår jag att man reducerar antalet kontrakt istället. Den största svagheten i dagens system är den korta löptiden tillsammans med kontrakten ''average current month'' och ''average last three months''. Jag rekommenderar att man slutar erbjuda kontraktet ''average last three months''. Det allra säkraste är att endast erbjuda ett kontrakt. Vi har inte kunnat påvisa några skillnader över lång sikt mellan kontrakten såtillvida att något kontrakt skulle ge ett lägre medelpris än ett annat. Ur den aspekten är det godtyckligt vilket kontrakt man väljer, men det verkar vettigt att följa den globala marknaden. Därför är det eftersläpande kontraktet ''average PIX last three months'' inte att rekommendera, välj heller ''average PIX current month''. Ett annat argument för att välja ''average PIX current month'' är att dessa priser finns på FOEX hemsida och inga extra beräkningar behöver göras.

<p>Södra Cell sells 1 900 000 ton pulp every year. Of this 490 000 tonne is sold with a contract system based on a pricing index called PIX NBSK. This index was started in 1996 and reflects the price of pulp from conferious forest. We study the NBSK PIX value of softwood from October 1996 to December 2006.</p><p>People working in this branch known that there is strong periodicity in the prices. We use predictive analysis to see if clients can benefit from the periodicity and use the options in the contract system Södra offers today. We conclude that a drawback for the current contract system is that there are too many contracts in proportion to the duration time that is one year for all contracts. Using a time series model called ARMA we make successfull predictions the price difference between two contracts. Based on this prediction we change between these contracts, reducing the price with 0.81% in mean during 1997-2006. Due to the total turnover, if all clients would used such predictions during 1997-2006 Södra's income would have been reduced with 2.77 million USD a year in mean.</p><p>The prices used before PIX are called list prices. The list prices seem to behave like the PIX index. Supposing that the same contract system we see in PIX today was used 1975-2006 with the list price as the base index I made a prediction of the list prices from 1986-2006. Thanks to my predictions, if I had been a client during this period and under mentioned considerations I would have been buying pulp to a price reduced with 0.57%.</p><p>If clients had known the PIX between 1996-2006 in say 1995 Södra's contract system based on PIX would give them a price reduction that were 1.5% in mean during 1996-2006. Price reduction is not possible all years, but when it occurs it can be as big as 3% of the price. Suppose the clients always choose the contract with the lowest price and thereby get a reduced price over time. Then with 95% probability over a long period the price reduction is somewhere in between 0.4-2.7%.</p><p>To strangle this price reduction possibility for the clients there are two ways to go: either reduce the number of contracts or extend the duration time of the contracts.</p><p>To find a suitable duration time, we do spectral density estimation to get indications of which periods that are most important. From this we see that PIX index has a period of five years, wavelet approximated PIX index has 3.4 years and the list prices has a period of 5.6 years. This indicates that current duration time one year is too short. Therefore if it wouldn't effect Södra's clients, an extension of the duration time from one to five years would be good.</p><p>If Södra don't extend the duration time of the contracts my recommendation is to have fewer contracts. The possibility to change between the contracts ''average last three months'' and ''average current month'' every other year is the weakest point of today's system. Therefore I recommend stop selling pulp to the contract ''average PIX last three months''.</p><p>We can't prove any longterm difference between the contracts. If Södra chooses to have just one contract from this point of view it does not matter which one they choose. However, it seems like a good idea to follow the global market and therefore I recommend to choose ''average PIX current month'' rather than ''average PIX last three months'' which lags behind the market front. Since the price ''average current month'' is available at FOEX web page I think Södra should choose this contract if they decide to have only one contract.</p> / <p>Södra Cell säljer årligen 1 900 000 ton pappersmassa. Av denna mängd säljs 490 000 ton enligt ett kontraktsystem baserat på ett prisindex som heter PIX NBSK. Detta index introducerades 1996 och reflekterar priset på pappersmassa gjord av barrträd. Jag studerar priset på indexet från Oktober 1996 till December 2006.</p><p>Dagens kontraktsystem är baserat på kontrakt med löptiden ett år. Jag undersöker om man kan prediktera prisskilllnaden mellan kontrakten, dra nytta att dagens löptid som bara är ett år och välja det kontrakt som ger det billigaste priset så ofta att priset över lång tid reduceras. När man predikterar gör man en uppskattningen av framtiden utifrån en modell av hur framtid beror på dåtid och nutid. Den modell jag har använt kallas ARMA. Denna tillsammans med priserna på pappersmassa från 1975 och framåt gav mig ett fruktbart sätt att förutsäga priserna. Resultatet blev ett pris reducerat med 0.81% i medel under perioden 1996-2006. Eftersom Södra ha så stor försäljningsvolym skulle de ha förlorat 2.27 miljoner dollar per ton i medel om alla kunder ha spekulerat utifrån den modellen jag använde.</p><p>Om dagens kontraktsystem hade börjat användas 1975 med listpriserna som bas hade en kund som använt min prediktionsmetod fått ett pris reducerat med 0.57% under perioden 1986-2006.</p><p>Om kunderna i förväg hade vetat priset under 1996-2001 gav det nuvarande systemet en reducerad medelintäkt med 1.5% av priset. Enskilda år reducerades intäkten med så mycket som 3%. Beräknar man konfidensintervall för prisreduktionerna så inser man att på lång sikt kommer dessa vara av storleksordningen 0.4-2.7% med sannolikheten 95%. Detta förutsatt att klienterna kan se in i framtiden. Siffran 2.7% alltså ett mått på hur stor risk man tar med dagens system. Jag tror inte att klienterna kommer reducera priset med 2.7% med nuvarande system, men det är en övre gräns.</p><p>De gynsamma prediktionerna har sitt ursprung i att det finns periodicitet i priserna. Jag undersöker denna periodicitet med spektralanalys. Periodiciteten för PIX indexet är starkast kring 5 år. En wavelet-approximation av PIX-indexet hade störst periodicitet kring 3.4 år. Listpriserna hade starkast periodicitet kring 5.6 år. Detta indikerar att den nuvarande löptiden, ett år, är för kort. En lämpligare löptid för kontrakten är 5 år.</p><p>Förmodligen är fem års löptid alltför lång tid att binda sig för många kunder. Därför föreslår jag att man reducerar antalet kontrakt istället. Den största svagheten i dagens system är den korta löptiden tillsammans med kontrakten ''average current month'' och ''average last three months''. Jag rekommenderar att man slutar erbjuda kontraktet ''average last three months''. Det allra säkraste är att endast erbjuda ett kontrakt. Vi har inte kunnat påvisa några skillnader över lång sikt mellan kontrakten såtillvida att något kontrakt skulle ge ett lägre medelpris än ett annat. Ur den aspekten är det godtyckligt vilket kontrakt man väljer, men det verkar vettigt att följa den globala marknaden. Därför är det eftersläpande kontraktet ''average PIX last three months'' inte att rekommendera, välj heller ''average PIX current month''. Ett annat argument för att välja ''average PIX current month'' är att dessa priser finns på FOEX hemsida och inga extra beräkningar behöver göras.</p>

No description available.

Diskussioner om användandet av embryonala stamceller är exempel på ett område där naturvetenskapliga teorier möter en diskussion i samhällshällsdebatten. Värderingar med t ex etiska utgångspunkter påverkar hur naturvetenskaplig forskning bedrivs och hur resultaten från denna forskning tillämpas. När sådana frågor, samhällsfrågor med naturvetenskapligt innehåll, SNI (socioscientific issues, SSI), tas upp i undervisningen är det angeläget att belysa att det i samhällsdebatten förekommer en diskussion där företrädare för ståndpunkter för fram olika argument i frågan. Ett sätt att möta detta behov är att designa en undervisningssekvens som innehåller en rollspelsdiskussion kring en dagordning. Ytterligare bidrag till utvecklingen av argument kan användandet av skrivramar ge. I denna undersökning har ett levande rollspel om embryonala stamceller designats, och några av komponenterna i denna undervisningssekvens har undersökts i en designbaserad studie vid fyra gymnasieskolor. Ett analysverktyg har satts samman av befintliga analysverktyg ur forskningslitteraturen med en del med vars hjälp man kan studera argumentstruktur baserat på Toulmins argument patterns (T), en annan del som tar fasta på inslaget av specifika biologiska kunskaper (K) och en tredje del som belyser den epistemiska nivån (E). TKE- analys av argument kan ge ett underlag som kan användas till att belysa betydelsen av hur undervisningen i SSI läggs upp för elevernas möjligheter att utveckla naturvetenskapliga argument av hög kvalitet. Med analysverktyget TKE kan man se hur olika delar av en undervisningssekvens påverkar utvecklingen av argumentens kvalitet. Eftersom de tre delarna av TKE innehåller olika kvalitativt beskrivna och rangordningsbara nivåer så är det möjligt att koda argumentens kvalitet och därefter genomföra en hypotesprövning. Vid en sådan hypotesprövning bör man beakta att de kodade resultaten är parade ordinaldata och att hypotesprövning kan ske med Wilcoxons teckenrangtest. Genom analys av argument med analysverktyget TKE kan man belysa kvaliteter på olika nivåer hos argument. De kvaliteter som syns i TKE-analys av argument är också kvaliteter som ger belägg vid bedömning enligt skolverkets kunskapskrav aspekt fyra för biologikurserna i gymnasieskolan. TKE - analys visar i att argumentens kvalitet är god efter förberedelserna med skrivramarna som stöd. Rollspelsdiskussioner med konsensuskrav verkar påverka argumentens kvalitet i kvalitetsklassen E men i övrigt kan det inte påvisas att rollspelsdiskussionen bidrar till att argumenten av högre kvalitet kan uttryckas. Men argumentens kvalitet kan förbättras signifikant genom aktiviteter efter rollspelsdiskussionen som att man efter denna erbjuder skriftlig återkoppling på skrivna argument. / Discussions about the use of embryonic stem cells is an example of a socioscientific issue (SSI) where the use of scientific progresses meets the social debate where values with for example ethic points of view affect the discussion. When such topics, socioscientific issues, are included in educational instructions, is it important to illustrate that a discussion takes place in the social debate where arguments based on different points of view are presented. One way to meet this need is to design a teaching sequence, which contains a live role play with a discussion, where students are given the opportunity to exchange arguments with scientific grounds and to listen to others. The use of writing frames is a further contribution to the development of argumentation instruction for an SSI. In this study, a live role play is designed on the socioscientific issue embryonic stem cells. Parts of these teaching sequences have been analyzed in a design based study in four upper secondary schools. An analysis tool has been developed based on the didactic literature with one part that shows the structure of arguments based on Toulmin’s argument patterns (T), a second part that focus on the specific biology knowledge (K) and a third part that makes it possible to analyze the epistemic level (E) of the argument. TKE-analysis could be useful when studying the quality of arguments to show the importance of how instructions for teaching in SSI are structured in order to give the students opportunity to develop scientific arguments of high quality.  When analyzing arguments with TKE it is possible to see how different parts of teaching sequences are affecting the development of the quality of arguments with a focus on the structural and conceptual qualities. Since it is possible to rank the quality levels of the three parts of TKE it is possible to test hypotheses. In such a hypothesis-testing it is important to notice that the results from the TKE analysis are paired ordinal data and that hypothesis-testing could be done with Wilcoxon’s sign rank test. By using TKE–analysis it is possible to get information about the quality of arguments of different levels. The qualities of arguments that are illustrated in TKE-analysis are qualities that also are important in assessment with the grade criteria aspect four for the scientific courses from the Swedish national agency for education. TKE-analyses of shows that the qualities of arguments are good after the arguments are prepared supported by the writing frames. The role play discussion affects only the epistemic level of arguments only in the consensus discussion. In the other quality categories, T and K there were no significant increase of the argument quality after the role play discussions. But according to TKE-analysis, the quality of arguments could be increased significantly by offering activities after the role play discussion such as written feed back on written arguments.

The objective of the study was to identify the factors that affect the survival lifetime of HIV+ terminal patients in rural district hospitals of Albert Luthuli municipality in the Mpumalanga province of South Africa. A cohort of HIV+ terminal patients was retrospectively followed from 2010 to 2017 until a patient died, was lost to follow-up or was still alive at the end of the observation period. Nonparametric survival analysis and semiparametric survival analysis methods were used to analyse the data. Through Cox proportional hazards regression modelling, it was found that ART adherence (poor, fair, good), Age, Follow-up mass, Baseline sodium, Baseline viral load, Follow CD4 count by Treatment (Regimen 1) interaction and Follow-up lymphocyte by TB history (yes, no) interaction had significant effects on survival lifetime of HIV+ terminal patients (p-values<0.1). Furthermore, through quantile regression modelling, it was found that short, medium and long survival times of HIV+ patients, respectively represented by the 0.1, 0.5 and 0.9 quantiles, were not necessarily significantly affected by the same factors. / Statistics / M. Sc. (Statistics)

La preorganització electrostàtica del centre actiu s'ha postulat com el mecanisme genèric de l'acció dels enzims. Així, alguns residus "estratègics" es disposarien per catalitzar reaccions interaccionant en una forma més forta amb l'estat de transició, baixant d'aquesta manera el valor de l'energia dactivació &#61508;g cat. S'ha proposat que aquesta preorientació electrostática s'hauria de poder mostrar analitzant l'estabilitat electrostàtica de residus individuals en el centre actiu.Ras es una proteïna essencial de senyalització i actúa com un interruptor cel.lular. Les característiques estructurals de Ras en el seu estat actiu (ON) són diferents de les que té a l'estat inactiu (OFF). En aquesta tesi es duu a terme una anàlisi exhaustiva de l'estabilitat dels residus del centre actiu deRas en l'estat actiu i inactiu. / The electrostatic preorganization of the active site has been put forward as the general framework of action of enzymes. Thus, enzymes would position "strategic" residues in such a way to be prepared to catalyze reactions byinteracting in a stronger way with the transition state, in this way decreasing the activation energy &#61508;g cat for the catalytic process. It has been proposed thatsuch electrostatic preorientation should be shown by analyzing the electrostatic stability of individual residues in the active site.Ras protein is an essential signaling molecule and functions as a switch in thecell. The structural features of the Ras protein in its active state (ON state) are different than those in its inactive state (OFF state). In this thesis, an exhaustive analysis of the stability of residues in the active and inactive Ras active site is performed.