L’ère numérique change de plus en plus le monde en raison de la quantité de données récoltées chaque jour. Le domaine médical est fortement affecté par cette explosion, car l’exploitation de ces données est un véritable atout pour l’aide à la pratique médicale. Dans cette thèse, nous proposons d’utiliser les vidéos chirurgicales dans le but de créer un système de chirurgie assistée par ordinateur. Nous nous intéressons principalement à reconnaître les gestes chirurgicaux à chaque instant afin de fournir aux chirurgiens des recommandations et des informations pertinentes. Pour ce faire, l’objectif principal de cette thèse est de reconnaître les outils chirurgicaux dans les vidéos de chirurgie de la cataracte. Dans le flux vidéo du microscope, ces outils sont partiellement visibles et certains se ressemblent beaucoup. Pour relever ces défis, nous proposons d'ajouter une caméra supplémentaire filmant la table opératoire. Notre objectif est donc de détecter la présence des outils dans les deux types de flux vidéo : les vidéos du microscope et les vidéos de la table opératoire. Le premier enregistre l'oeil du patient et le second enregistre les activités de la table opératoire. Deux tâches sont proposées pour détecter les outils dans les vidéos de la table : la détection des changements et la détection de présence d'outil. Dans un premier temps, nous proposons un système similaire pour ces deux tâches. Il est basé sur l’extraction des caractéristiques visuelles avec des méthodes de classification classique. Il fournit des résultats satisfaisants pour la détection de changement, cependant, il fonctionne insuffisamment bien pour la tâche de détection de présence des outils sur la table. Dans un second temps, afin de résoudre le problème du choix des caractéristiques, nous utilisons des architectures d’apprentissage profond pour la détection d'outils chirurgicaux sur les deux types de vidéo. Pour surmonter les défis rencontrés dans les vidéos de la table, nous proposons de générer des vidéos artificielles imitant la scène de la table opératoire et d’utiliser un réseau de neurones à convolutions (CNN) à base de patch. Enfin, nous exploitons l'information temporelle en utilisant un réseau de neurones récurrent analysant les résultats de CNNs. Contrairement à notre hypothèse, les expérimentations montrent des résultats insuffisants pour la détection de présence des outils sur la table, mais de très bons résultats dans les vidéos du microscope. Nous obtenons des résultats encore meilleurs dans les vidéos du microscope après avoir fusionné l’information issue de la détection des changements sur la table et la présence des outils dans l’oeil. / The digital era is increasingly changing the world due to the sheer volume of data produced every day. The medical domain is highly affected by this revolution, because analysing this data can be a source of education/support for the clinicians. In this thesis, we propose to reuse the surgery videos recorded in the operating rooms for computer-assisted surgery system. We are chiefly interested in recognizing the surgical gesture being performed at each instant in order to provide relevant information. To achieve this goal, this thesis addresses the surgical tool recognition problem, with applications in cataract surgery. The main objective of this thesis is to address the surgical tool recognition problem in cataract surgery videos.In the surgical field, those tools are partially visible in videos and highly similar to one another. To address the visual challenges in the cataract surgical field, we propose to add an additional camera filming the surgical tray. Our goal is to detect the tool presence in the two complementary types of videos: tool-tissue interaction and surgical tray videos. The former records the patient's eye and the latter records the surgical tray activities.Two tasks are proposed to perform the task on the surgical tray videos: tools change detection and tool presence detection.First, we establish a similar pipeline for both tasks. It is based on standard classification methods on top of visual learning features. It yields satisfactory results for the tools change task, howev-lateer, it badly performs the surgical tool presence task on the tray. Second, we design deep learning architectures for the surgical tool detection on both video types in order to address the difficulties in manually designing the visual features.To alleviate the inherent challenges on the surgical tray videos, we propose to generate simulated surgical tray scenes along with a patch-based convolutional neural network (CNN).Ultimately, we study the temporal information using RNN processing the CNN results. Contrary to our primary hypothesis, the experimental results show deficient results for surgical tool presence on the tray but very good results on the tool-tissue interaction videos. We achieve even better results in the surgical field after fusing the tool change information coming from the tray and tool presence signals on the tool-tissue interaction videos.

Na dentição decídua, as restaurações adesivas apresentam uma longevidade média de 2 a 3 anos, contudo, muitas vezes, essas restaurações são substituídas antes deste período médio. Dentre os motivos mais prevalentes para substituição de restaurações, a lesão de cárie secundária é o mais freqüentemente citado. Esta dissertação teve como objetivo avaliar clinicamente, através de um estudo transversal, o comportamento de lesões cariosas adjacentes a restaurações de resina composta em molares decíduos, relacionando-o com a atividade de cárie da criança e com a integridade marginal da restauração. O estudo envolveu 64 pacientes infantis, de ambos os sexos, com idades variando entre 7 a 11 anos, que possuíam restauração oclusal (n = 33) ou ocluso-proximal (n = 31) de resina composta em molares decíduos. Nos pacientes com mais de uma restauração, a randomização dos dentes foi realizada para seleção de apenas uma restauração por criança, totalizando 64 restaurações avaliadas (média de idade em meses das restaurações = 29, 31 ± 16,85, mediana 31,5 meses). Como critério de inclusão, todos os indivíduos deveriam ter sido submetidos a tratamento odontológico para atividade cariosa. Os profissionais responsáveis por tal tratamento eram orientados para seguir um protocolo de atendimento clínico a crianças cárie-ativas. Um examinador treinado e calibrado (valor de Cohen’s kappa dicotômico = 1) avaliou a atividade de doença cárie (ativo ou inativo) do paciente e a presença radiográfica de imagens radiolúcidas relacionadas às margens oclusais das restaurações. Outros dois examinadores, também treinados e calibrados, avaliaram a restauração quanto ao comportamento da lesão cariosa adjacente à restauração (ausência de lesão, lesão ativa sem cavidade, lesão ativa com cavidade, lesão inativa sem cavidade, lesão inativa com cavidade; valor de Cohen’s kappa de múltiplos critérios = 0,844) e quanto à integridade marginal (presença ou ausência; valor de Cohen’s kappa dicotômico = 1). Todos os três examinadores realizaram as avaliações de forma independente e seguindo o princípio de cegamento. As variáveis explicativas foram relacionadas ao desfecho através dos testes estatísticos Qui-quadrado e Exato de Fisher (α=5%). Mais da metade das crianças apresentava-se como cárie–ativa durante a avaliação, sendo a prevalência de lesão cariosa adjacente à restauração (LCAdj) de 40,63% (maioria lesões inativas). Não houve associação entre a presença de LCAdj e a atividade cariosa da criança (p = 0,237). Houve associação estatisticamente significativa entre ausência de LCAdj e a presença de integridade marginal (p = 0,013). Com relação ao dente restaurado, foi constatada associação estatisticamente significativa entre a presença de LCAdj e o segundo molar decíduo (p = 0,033). Verificou-se também que a presença de LCAdj ocorreu preferencialmente nas restaurações mais antigas (p = 0,044). A partir dos resultados, pôde-se concluir que mesmo em pacientes inseridos em um programa de manutenção periódica profissional há uma grande ocorrência de lesões cariosas adjacentes a restaurações adesivas, predominando lesões inativas. A presença de integridade marginal da restauração mostrou estar relacionada à ausência desse tipo de lesão, contudo ausência de integridade marginal não foi completamente relacionada à LCAdj. Embora, não tenha sido possível observar correlação entre a atividade cariosa das crianças e a presença da LCAdj, futuros ensaios clínicos são necessários para observar o comportamento desse tipo de lesão. / In the deciduous teeth the adhesive restorations last from 2 to 3 years although sometimes replacement takes place before the mean time. Among the most prevalent reasons for replacement of restorations, the secondary caries lesion is mentioned more often. The aim of this study was to evaluate clinically, through a transversal study, the behavior of adjacent caries lesion to composite resin restorations in deciduous molars, considering the relationship of the new lesion to the caries activity of the child and the marginal integrity of the restoration. Sixty four male and female pediatric patients mean age from 7 to 11years and with oclusal (n = 33) or occlusoproximal (n = 31) composite resin restoration in the deciduous molars were used. In the patients where more than one restoration fit the profile, a randomized selection was performed to assure that only one tooth was used per person, in the total 64 appraised restorations (mean of the age in month of the restorations = 29, 31 ± 16,85; median 31,5 months). As inclusion criteria, all patients must have been submitted to dental treatment for disease activity. The professional who performed such treatment was oriented to follow a clinical protocol for children with an active disease. A calibrated and trained examiner (Cohen’s kappa =1) evaluated the activity of the patient’s disease (active or non active), the presence of radiolucent images on dental occlusal surface of the restoration. Another 2 examiners, also trained and calibrated, evaluated the filling as for the behavior of the adjacent caries lesion to the restoration (absence of the lesion, non-cavitated active lesion, cavitated active lesion, non-cavitated inactive lesion, cavitated inactive lesion; Cohen’s kappa = 0,844) and marginal integrity (presence or absence; Cohen’s kappa =1). All the examiners performed the evaluation independently and following blindness principles. The variables were relation to outcome through by Chi-square and Fisher’ Exact analysis (α=5%). More than half of the patients were caries active during the evaluation period. The prevalence of adjacent caries lesion to the restoration (AdjCL) was 40.63% (most inactive lesions). There was no association among the presence of AdjCL and the caries activity of the child (p=0,237). The association of the absence of AdjCL and the presence of marginal integrity was statistically significant (p=0,013). Considering the restorated tooth, there was an association statistically significant among the presence of AdjCL and the second deciduous molar (p=0,033). Also, the presence of AdjCL occurred specially around older restorations (p=0,044). Analyzing the results, it was concluded that even patients submitted to standardized individual professional controlled treatment there is great occurrence of adjacent caries lesion to adhesive restorations, most inactive lesion. The presence of marginal integrity showed to be related to the absence of this lesion, but the absence of marginal integrity was not entirely related to AdjCL. Even though the correlation between caries activity and presence of AdjCL haven’t been observed, future clinical studies are necessary to observe the behavior of this type of lesion.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-05-22T16:14:32Z No. of bitstreams: 1 Rozana Oliveira Gonçalves. Alterações... 2013.pdf: 539056 bytes, checksum: be74d5c934d4d2098ccee4e146563b3b (MD5) / Made available in DSpace on 2014-05-22T16:14:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rozana Oliveira Gonçalves. Alterações... 2013.pdf: 539056 bytes, checksum: be74d5c934d4d2098ccee4e146563b3b (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / O abortamento é considerado um problema multifatorial, cujas principais causas envolvidas na sua etiologia são os fatores ambientais (como exposição a substâncias tóxicas), genéticos, anatômicos, endócrinos, imunológicos, trombofílicos e doenças infecciosas (como toxoplasmose, rubéola). No entanto, os fatores genéticos são atribuídos principalmente aos abortamentos de primeiro trimestre da gestação. As alterações cromossômicas, o polimorfismo C677T, no gene da metilenotetrahidrofolato redutase (MTHFR677C>T); o polimorfismo G1691A, no gene do Fator V de Leiden (FVL1691G>A), e o polimorfismo G20210A, no gene da protrombina (PRT20210G>A), têm sido associados a problemas obstétricos, incluindo aborto recorrente. O objetivo deste trabalho foi investigar associação entre as mutações relacionadas à trombofilia, presença de alterações cromossômicas e a ocorrência de aborto espontâneo recorrente e avaliar possíveis interações entre as referidas mutações e as alterações cromossômicas. A casuística foi composta por 151 mulheres com história de aborto recorrente, 94 parceiros e 100 controles (mulheres sem histórico de aborto). A investigação das mutações foi realizada pela técnica de Reação em Cadeia da Polimerase- Polimorfismo de Tamanho de Fragmento de Restrição. As alterações cromossômicas foram investigadas pela cariotipagem com banda–G. A frequência das alterações cromossômicas foi de 7,3% nas mulheres com abortamento recorrente e 1% nos controles (p=0,022), e de 2,1% nos parceiros. No entanto, a frequência dos alelos MTHR677C>T (23% versus 22,5%), FVL1691G>A (1,5% versus 1% ) e PRT20210G>A (1,45% versus 0%) foi similar entre casos e controles, respectivamente. No grupo investigado, foi observada associação entre aborto recorrente e alterações cromossômicas, mas não foi encontrada associação com os polimorfismos gênicos investigados. / Abortion is considered a multifactorial problem, the most important causes involved in its etiology are, environmental factors ( as exposure to toxic chemicals), genetic, anatomic, endocrine, immunological, thrombophilic and infectious diseases (such as toxoplasmosis, rubella). However, genetic factors are mainly attributed to abortions of the first trimester of pregnancy. Chromosomal abnormalities, MTHFR 677C>T, factor V Leiden 1691G>A and prothrombin 20210G>A mutations have been associated with obstetric problems, including recurrent miscarriage. The objective of this research was to investigate associations between mutations in three genes commonly associated to thrombophilic events, chromosomal abnormalities and the occurrence of recurrent miscarriage. As well evaluate possible interactions between these mutations and chromosomal abnormalities. The sample was comprised of 151 women with history of recurrent miscarriages, 94 partners and 100 control (women with no history of abortion). The investigation of the mutations was performed by Polymerase Chain Reaction (PCR)/ Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP). Chromosomal aberrations were investigated by karyotyping with G-banda. The frequency of chromosomal abnormalities was 7.3% in women with recurrent miscarriage and 1% in controls (p = 0.022), and 2.1% in the partners. However, the frequency of allele MTHR677C> T (23% versus 22.5%), FVL1691G> A (1.5% vs. 1%) and PRT20210G> A (1.45% vs. 0%) was similar for cases and controls, respectively. In the investigated group was found association between recurrent miscarriage and chromosomal abnormalities, but no association was found with the genetic polymorphisms investigated.

Large collections of historical document images have been collected by companies and government institutions for decades. More recently, these collections have been made available to a larger public via the Internet. However, to make accessing them truly useful, the contained images need to be made readable and searchable. One step in that direction is document image binarization, the separation of text foreground from page background. This separation makes the text shown in the document images easier to process by humans and other image processing algorithms alike. While reasonably well working binarization algorithms exist, it is not sufficient to just being able to perform the separation of foreground and background well. This separation also has to be achieved in an efficient manner, in terms of execution time, but also in terms of training data used by machine learning based methods. This is necessary to make binarization not only theoretically possible, but also practically viable. In this thesis, we explore different ways to achieve efficient binarization in terms of execution time by improving the implementation and the algorithm of a state-of-the-art binarization method. We find that parameter prediction, as well as mapping the algorithm onto the graphics processing unit (GPU) help to improve its execution performance. Furthermore, we propose a binarization algorithm based on recurrent neural networks and evaluate the choice of its design parameters with respect to their impact on execution time and binarization quality. Here, we identify a trade-off between binarization quality and execution performance based on the algorithm’s footprint size and show that dynamically weighted training loss tends to improve the binarization quality. Lastly, we address the problem of training data efficiency by evaluating the use of interactive machine learning for reducing the required amount of training data for our recurrent neural network based method. We show that user feedback can help to achieve better binarization quality with less training data and that visualized uncertainty helps to guide users to give more relevant feedback. / Scalable resource-efficient systems for big data analytics

Na dentição decídua, as restaurações adesivas apresentam uma longevidade média de 2 a 3 anos, contudo, muitas vezes, essas restaurações são substituídas antes deste período médio. Dentre os motivos mais prevalentes para substituição de restaurações, a lesão de cárie secundária é o mais freqüentemente citado. Esta dissertação teve como objetivo avaliar clinicamente, através de um estudo transversal, o comportamento de lesões cariosas adjacentes a restaurações de resina composta em molares decíduos, relacionando-o com a atividade de cárie da criança e com a integridade marginal da restauração. O estudo envolveu 64 pacientes infantis, de ambos os sexos, com idades variando entre 7 a 11 anos, que possuíam restauração oclusal (n = 33) ou ocluso-proximal (n = 31) de resina composta em molares decíduos. Nos pacientes com mais de uma restauração, a randomização dos dentes foi realizada para seleção de apenas uma restauração por criança, totalizando 64 restaurações avaliadas (média de idade em meses das restaurações = 29, 31 ± 16,85, mediana 31,5 meses). Como critério de inclusão, todos os indivíduos deveriam ter sido submetidos a tratamento odontológico para atividade cariosa. Os profissionais responsáveis por tal tratamento eram orientados para seguir um protocolo de atendimento clínico a crianças cárie-ativas. Um examinador treinado e calibrado (valor de Cohen’s kappa dicotômico = 1) avaliou a atividade de doença cárie (ativo ou inativo) do paciente e a presença radiográfica de imagens radiolúcidas relacionadas às margens oclusais das restaurações. Outros dois examinadores, também treinados e calibrados, avaliaram a restauração quanto ao comportamento da lesão cariosa adjacente à restauração (ausência de lesão, lesão ativa sem cavidade, lesão ativa com cavidade, lesão inativa sem cavidade, lesão inativa com cavidade; valor de Cohen’s kappa de múltiplos critérios = 0,844) e quanto à integridade marginal (presença ou ausência; valor de Cohen’s kappa dicotômico = 1). Todos os três examinadores realizaram as avaliações de forma independente e seguindo o princípio de cegamento. As variáveis explicativas foram relacionadas ao desfecho através dos testes estatísticos Qui-quadrado e Exato de Fisher (α=5%). Mais da metade das crianças apresentava-se como cárie–ativa durante a avaliação, sendo a prevalência de lesão cariosa adjacente à restauração (LCAdj) de 40,63% (maioria lesões inativas). Não houve associação entre a presença de LCAdj e a atividade cariosa da criança (p = 0,237). Houve associação estatisticamente significativa entre ausência de LCAdj e a presença de integridade marginal (p = 0,013). Com relação ao dente restaurado, foi constatada associação estatisticamente significativa entre a presença de LCAdj e o segundo molar decíduo (p = 0,033). Verificou-se também que a presença de LCAdj ocorreu preferencialmente nas restaurações mais antigas (p = 0,044). A partir dos resultados, pôde-se concluir que mesmo em pacientes inseridos em um programa de manutenção periódica profissional há uma grande ocorrência de lesões cariosas adjacentes a restaurações adesivas, predominando lesões inativas. A presença de integridade marginal da restauração mostrou estar relacionada à ausência desse tipo de lesão, contudo ausência de integridade marginal não foi completamente relacionada à LCAdj. Embora, não tenha sido possível observar correlação entre a atividade cariosa das crianças e a presença da LCAdj, futuros ensaios clínicos são necessários para observar o comportamento desse tipo de lesão. / In the deciduous teeth the adhesive restorations last from 2 to 3 years although sometimes replacement takes place before the mean time. Among the most prevalent reasons for replacement of restorations, the secondary caries lesion is mentioned more often. The aim of this study was to evaluate clinically, through a transversal study, the behavior of adjacent caries lesion to composite resin restorations in deciduous molars, considering the relationship of the new lesion to the caries activity of the child and the marginal integrity of the restoration. Sixty four male and female pediatric patients mean age from 7 to 11years and with oclusal (n = 33) or occlusoproximal (n = 31) composite resin restoration in the deciduous molars were used. In the patients where more than one restoration fit the profile, a randomized selection was performed to assure that only one tooth was used per person, in the total 64 appraised restorations (mean of the age in month of the restorations = 29, 31 ± 16,85; median 31,5 months). As inclusion criteria, all patients must have been submitted to dental treatment for disease activity. The professional who performed such treatment was oriented to follow a clinical protocol for children with an active disease. A calibrated and trained examiner (Cohen’s kappa =1) evaluated the activity of the patient’s disease (active or non active), the presence of radiolucent images on dental occlusal surface of the restoration. Another 2 examiners, also trained and calibrated, evaluated the filling as for the behavior of the adjacent caries lesion to the restoration (absence of the lesion, non-cavitated active lesion, cavitated active lesion, non-cavitated inactive lesion, cavitated inactive lesion; Cohen’s kappa = 0,844) and marginal integrity (presence or absence; Cohen’s kappa =1). All the examiners performed the evaluation independently and following blindness principles. The variables were relation to outcome through by Chi-square and Fisher’ Exact analysis (α=5%). More than half of the patients were caries active during the evaluation period. The prevalence of adjacent caries lesion to the restoration (AdjCL) was 40.63% (most inactive lesions). There was no association among the presence of AdjCL and the caries activity of the child (p=0,237). The association of the absence of AdjCL and the presence of marginal integrity was statistically significant (p=0,013). Considering the restorated tooth, there was an association statistically significant among the presence of AdjCL and the second deciduous molar (p=0,033). Also, the presence of AdjCL occurred specially around older restorations (p=0,044). Analyzing the results, it was concluded that even patients submitted to standardized individual professional controlled treatment there is great occurrence of adjacent caries lesion to adhesive restorations, most inactive lesion. The presence of marginal integrity showed to be related to the absence of this lesion, but the absence of marginal integrity was not entirely related to AdjCL. Even though the correlation between caries activity and presence of AdjCL haven’t been observed, future clinical studies are necessary to observe the behavior of this type of lesion.

Natural Language Processing (NLP) is a field studying computer processing of human language. Recently, neural network language models, a subset of machine learning, have been used to great effect in this field. However, research remains focused on the English language, with few implementations in other languages of the world. This work focuses on how NLP techniques can be used for the task of grammar and spelling correction in the Swedish language, in order to investigate how language models can be applied to non-English languages. We use a controlled experiment to find the hyperparameters most suitable for grammar and spelling correction on the Göteborgs-Posten corpus, using a Long Short-term Memory Recurrent Neural Network. We present promising results for Swedish-specific grammar correction tasks using this kind of neural network; specifically, our network has a high accuracy in completing these tasks, though the accuracy achieved for language-independent typos remains low.

Submitted by Izabel Franco (izabel-franco@ufscar.br) on 2016-09-21T19:45:33Z No. of bitstreams: 1 TeseMACM.pdf: 1006551 bytes, checksum: 49a419a1f18e05827f34631564fe431b (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2016-09-28T18:19:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseMACM.pdf: 1006551 bytes, checksum: 49a419a1f18e05827f34631564fe431b (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2016-09-28T18:20:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseMACM.pdf: 1006551 bytes, checksum: 49a419a1f18e05827f34631564fe431b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-28T18:26:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseMACM.pdf: 1006551 bytes, checksum: 49a419a1f18e05827f34631564fe431b (MD5) Previous issue date: 2015-09-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / In this thesis it is proposed alternative methodologies and extensions on models for recurrent event data. Speci cally, we propose a model in which the distribution of the gap time is easily derived from the marginal rate function providing more direct practical interpretation besides to consider the relation between successive gap times for each individual. Another model that extends the frailty models for recurrent event data to allow a Bernoulli, Geometric, Poisson, Discrete Weibull, Negative Binomial or other discrete distribution of the frailty variable has also been proposed. The parameter estimation procedure for both models was conducted considering maximum likelihood methods. Simulation studies were performed in order to examine some frequentist properties of the estimation method and evaluate the maximum likelihood estimates quality. Real data applications demonstrated the use of the proposed models. Overall, the proposed models were suitable for analyzing recurrent event data. / Neste trabalho propomos metodologias alternativas e extensões em modelos para dados de eventos recorrentes. Especificamente, propomos um modelo em que a distribuição condicional do tempo entre sucessivas ocorrências de um evento recorrente e derivada facilmente da função de taxa marginal, proporcionando interpretações praticas mais diretas, além de considerar a relação entre as sucessivas ocorrências para cada indivíduo. O outro modelo, que estende os modelos de fragilidade para dados de eventos recorrentes permitindo o uso de distribuições como Bernoulli, Geométrica, Poisson, Weibull Discreta, Binomial Negativa ou outra distribuição discreta para a variável de fragilidade, também foi proposto. O procedimento de estimação dos parâmetros para ambos modelos foi realizado considerando-se o método de máxima verossimilhança. Estudos de simulação foram realizados com o objetivo de analisar algumas propriedades frequentistas do método de estimação e avaliar a qualidade das estimativas de máxima verossimilhança. Aplicações a conjuntos de dados reais mostraram a aplicabilidade dos modelos propostos. De modo geral, os modelos propostos mostraram-se adequados para a modelagem de dados de eventos recorrentes.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-06-23Bitstream added on 2014-06-13T20:39:21Z : No. of bitstreams: 1 mota_jan_me_ilha.pdf: 251974 bytes, checksum: 6b15f7bfd8cf4d26aabd50365c86450f (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de verificar o progresso com seleção recorrente nos Compostos Flintisa e Dentado, além da potencialidade dos mesmos para um possível uso como variedades comerciais. Observou-se que os rendimentos médios dos melhores ciclos de seleção do Flintisa e do Dentado equipararam-se com as melhores cultivares comerciais, apresentando rendimento de 5,5 t/ha e 5,3 t/ha na condição de baixa tecnologia e 7,3 t/ha e 7,7 t/ha na condição de alta tecnologia, respectivamente. O ganho com seleção para menor altura de espigas foi quantificado em um decréscimo de 1,2% ao longo de doze ciclos seletivos no Flintisa e 11,9% ao longo dos quatro últimos ciclos seletivos no Dentado, na avaliação conjunta dos ambientes de alta e baixa tecnologia. Ao longo de todo o processo seletivo houve uma resposta correlacionada de -4,1%/ciclo no acamamento do Flintisa na avaliação em baixa tecnologia e de -5,2%/ciclo no Dentado em alta tecnologia. Os resultados indicam que a seleção foi eficiente em aumentar o rendimento e diminuir a altura de espigas quando o processo seletivo foi voltado especificamente para esses caracteres. A continuidade do programa deve ter como base a seleção entre progênies para REND e AE conjuntamente nos próximos ciclos, em ambos os compostos. / This research was developed aiming to verify the progress after recurrent selection in Flintisa and Dentado Composite of maize, as well as the potentiality of the same population for a possible commercial use. It was observed that grain yield representing the best cycles of selection of Flintisa and Dentado (5.5 and 5.3 t/ha, in low technology; and 7.3 and 7.7 t/ha in high technology, respectively) were compared with the best commercial cultivars. The effect of selection on ear height resulted an average decrease of 1.2% after 12 cycles in Flintisa and 11.9% after four cycles in Dentado, evaluated under low and high technology. Along the selective process, the correlated responses for plant lodging were -4.1% per cycle for Flintisa in low technology and -5.2% per cycle in Dentado in high technology. The overall results indicated that selection was effective to increase grain yield and reduce ear height when the selection process was directed specifically for each trait. The continuity of the program shell is based on selection among progenies simultaneously for higher grain yield and lower ear height.

Na dentição decídua, as restaurações adesivas apresentam uma longevidade média de 2 a 3 anos, contudo, muitas vezes, essas restaurações são substituídas antes deste período médio. Dentre os motivos mais prevalentes para substituição de restaurações, a lesão de cárie secundária é o mais freqüentemente citado. Esta dissertação teve como objetivo avaliar clinicamente, através de um estudo transversal, o comportamento de lesões cariosas adjacentes a restaurações de resina composta em molares decíduos, relacionando-o com a atividade de cárie da criança e com a integridade marginal da restauração. O estudo envolveu 64 pacientes infantis, de ambos os sexos, com idades variando entre 7 a 11 anos, que possuíam restauração oclusal (n = 33) ou ocluso-proximal (n = 31) de resina composta em molares decíduos. Nos pacientes com mais de uma restauração, a randomização dos dentes foi realizada para seleção de apenas uma restauração por criança, totalizando 64 restaurações avaliadas (média de idade em meses das restaurações = 29, 31 ± 16,85, mediana 31,5 meses). Como critério de inclusão, todos os indivíduos deveriam ter sido submetidos a tratamento odontológico para atividade cariosa. Os profissionais responsáveis por tal tratamento eram orientados para seguir um protocolo de atendimento clínico a crianças cárie-ativas. Um examinador treinado e calibrado (valor de Cohen’s kappa dicotômico = 1) avaliou a atividade de doença cárie (ativo ou inativo) do paciente e a presença radiográfica de imagens radiolúcidas relacionadas às margens oclusais das restaurações. Outros dois examinadores, também treinados e calibrados, avaliaram a restauração quanto ao comportamento da lesão cariosa adjacente à restauração (ausência de lesão, lesão ativa sem cavidade, lesão ativa com cavidade, lesão inativa sem cavidade, lesão inativa com cavidade; valor de Cohen’s kappa de múltiplos critérios = 0,844) e quanto à integridade marginal (presença ou ausência; valor de Cohen’s kappa dicotômico = 1). Todos os três examinadores realizaram as avaliações de forma independente e seguindo o princípio de cegamento. As variáveis explicativas foram relacionadas ao desfecho através dos testes estatísticos Qui-quadrado e Exato de Fisher (α=5%). Mais da metade das crianças apresentava-se como cárie–ativa durante a avaliação, sendo a prevalência de lesão cariosa adjacente à restauração (LCAdj) de 40,63% (maioria lesões inativas). Não houve associação entre a presença de LCAdj e a atividade cariosa da criança (p = 0,237). Houve associação estatisticamente significativa entre ausência de LCAdj e a presença de integridade marginal (p = 0,013). Com relação ao dente restaurado, foi constatada associação estatisticamente significativa entre a presença de LCAdj e o segundo molar decíduo (p = 0,033). Verificou-se também que a presença de LCAdj ocorreu preferencialmente nas restaurações mais antigas (p = 0,044). A partir dos resultados, pôde-se concluir que mesmo em pacientes inseridos em um programa de manutenção periódica profissional há uma grande ocorrência de lesões cariosas adjacentes a restaurações adesivas, predominando lesões inativas. A presença de integridade marginal da restauração mostrou estar relacionada à ausência desse tipo de lesão, contudo ausência de integridade marginal não foi completamente relacionada à LCAdj. Embora, não tenha sido possível observar correlação entre a atividade cariosa das crianças e a presença da LCAdj, futuros ensaios clínicos são necessários para observar o comportamento desse tipo de lesão. / In the deciduous teeth the adhesive restorations last from 2 to 3 years although sometimes replacement takes place before the mean time. Among the most prevalent reasons for replacement of restorations, the secondary caries lesion is mentioned more often. The aim of this study was to evaluate clinically, through a transversal study, the behavior of adjacent caries lesion to composite resin restorations in deciduous molars, considering the relationship of the new lesion to the caries activity of the child and the marginal integrity of the restoration. Sixty four male and female pediatric patients mean age from 7 to 11years and with oclusal (n = 33) or occlusoproximal (n = 31) composite resin restoration in the deciduous molars were used. In the patients where more than one restoration fit the profile, a randomized selection was performed to assure that only one tooth was used per person, in the total 64 appraised restorations (mean of the age in month of the restorations = 29, 31 ± 16,85; median 31,5 months). As inclusion criteria, all patients must have been submitted to dental treatment for disease activity. The professional who performed such treatment was oriented to follow a clinical protocol for children with an active disease. A calibrated and trained examiner (Cohen’s kappa =1) evaluated the activity of the patient’s disease (active or non active), the presence of radiolucent images on dental occlusal surface of the restoration. Another 2 examiners, also trained and calibrated, evaluated the filling as for the behavior of the adjacent caries lesion to the restoration (absence of the lesion, non-cavitated active lesion, cavitated active lesion, non-cavitated inactive lesion, cavitated inactive lesion; Cohen’s kappa = 0,844) and marginal integrity (presence or absence; Cohen’s kappa =1). All the examiners performed the evaluation independently and following blindness principles. The variables were relation to outcome through by Chi-square and Fisher’ Exact analysis (α=5%). More than half of the patients were caries active during the evaluation period. The prevalence of adjacent caries lesion to the restoration (AdjCL) was 40.63% (most inactive lesions). There was no association among the presence of AdjCL and the caries activity of the child (p=0,237). The association of the absence of AdjCL and the presence of marginal integrity was statistically significant (p=0,013). Considering the restorated tooth, there was an association statistically significant among the presence of AdjCL and the second deciduous molar (p=0,033). Also, the presence of AdjCL occurred specially around older restorations (p=0,044). Analyzing the results, it was concluded that even patients submitted to standardized individual professional controlled treatment there is great occurrence of adjacent caries lesion to adhesive restorations, most inactive lesion. The presence of marginal integrity showed to be related to the absence of this lesion, but the absence of marginal integrity was not entirely related to AdjCL. Even though the correlation between caries activity and presence of AdjCL haven’t been observed, future clinical studies are necessary to observe the behavior of this type of lesion.

Made available in DSpace on 2014-07-29T16:24:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Leticia da Silveira Pinheiro.pdf: 1061417 bytes, checksum: d3b6dccd4e5c363bd8b7c9da2c672cc0 (MD5) Previous issue date: 2008-03-07 / Recurrent Selection is a population inbreed method that is not traditionally used in autogamous species as rice. However, it is still an interesting methodology to the implementation of recurrent selection populations, due to the possibility of obtaining genotypes with wide genetic base and adequate agronomical traits. It is even more attractive when a great genetic variability is easily available, as it is for rice and could be largely used in the development of more productive elite cultivars and with a better production stability even under low input agricultural systems. Two recurrent selection irrigated rice populations, developed by Embrapa Arroz e Feijão, were synthetized using different recombination methods. The CNA-IRAT 4 population was developed in field conditions using male-sterelity, while the CNA 12 population originated from manual crosses in a circulant partial diallel scheme. The aim of this work was the evaluation of the genetic variability among cycles of the two recurrent selection populations using fourteen SSR markers. Hundred and eighty genotypes of the cycles 1, 2 and 5 of CNA-IRAT 4 population and cycles 1 and 2 of CNA 12, were evaluated. The AMOVA did not indicate any genetic structure among the cycles of selection, meaning that the greater variation was attributed between individuals within cycles, in both studied populations. Unexpected alleles, which means alleles that not belong to the genetic pool of the genitors, were identified in both populations and in all cycles evaluated, mostly of these alleles were observed on CNA-IRAT 4 population. These alleles were probably a result of undesired crosses of genotypes which did not belong to both populations. Parameters Fis and Fit of Wright s statistics indicated that the genetic variability of the manually conducted population (CNA 12) were increased while the population using male-sterelity recombination (CNA-IRAT 4) were reduced. The mean reason for this particular situation was due to the directionally crosses that promoted a greater combination between the alleles of all genitors, while male-sterelity methodology pollination the alleles from plants with major height and more capable of producing more pollen were privileged. To avoid the genetic drift in CNA-IRAT 4, genotypes genetically divergent, with more General Capacity of Combination and with good agronomic attributes, should be introduced on this population. / Seleção recorrente é um método de melhoramento populacional ainda pouco empregado em espécies autógamas, como o arroz. Contudo, a possibilidade de obter genótipos de ampla base genética e com bons atributos agronômicos, é um atrativo interessante para a implementação de populações de seleção recorrente, sobretudo pela necessidade de utilizar a grande variabilidade genética disponível para enfrentar o desafio de desenvolver cultivares elite mais produtivas e capazes de manter a estabilidade de produção. Foram utilizadas, neste estudo, duas populações de seleção recorrente de arroz irrigado, desenvolvidas pelo programa de melhoramento genético da Embrapa Arroz e Feijão. A população CNA-IRAT 4 portadora do gene da macho-esterilidade genética, permitindo assim que a sua recombinação seja feita à campo, e a população CNA 12 recombinada manualmente através do esquema de cruzamento em dialelo ciculante por não possuir este gene. O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética entre os ciclos de seleção das duas populações por meio de 14 marcadores SSR. Foram avaliados 180 indivíduos dos ciclos 1, 2 e 5 na CNA-IRAT 4, e ciclos 1 e 2 na CNA 12. O estudo da análise de variância molecular (AMOVA) não indicou nenhum tipo de estruturação entre os ciclos de seleção definindo que a maior parte da variação foi encontrada entre os indivíduos dentro dos ciclos do que entre os ciclos em ambas as populações. Foram identificados alelos não provenientes dos genitores nas duas populações, e em todos os ciclos, principalmente para a CNA-IRAT 4. Estes alelos foram provavelmente resultantes da fecundação indesejada a partir de genótipos que não faziam parte das populações. Os parâmetros Fis e Fit da estatística F de Wright indicaram que a recombinação manual está ampliando a variabilidade genética da população CNA 12, enquanto que a recombinação via gene da macho-esterilidade está reduzindo a variabilidade genética da CNA-IRAT 4, e o principal motivo é que os cruzamentos dirigidos estão promovendo uma maior combinação entre os alelos de todos os genitores, enquanto que a polinização via macho-esterilidade vêm privilegiando os alelos dos genótipos com maior porte e capacidade de produção de pólen e do macho-estéril. Para evitar a deriva genética na CNA-IRAT 4, genótipos de arroz geneticamente divergentes das progênies, com maior Capacidade Geral de Combinação e com bons atributos agronômicos, deverão ser introduzidos nesta população.