Current patterns of faunal diversity, geographic distribution, phylogenetic relationships and biogeography constitute a tool for understanding the evolutionary history of taxa. The boundaries of these taxa and their phylogenetic relationships reveal speciation events and therefore allow us to raise general hypotheses about the diversification of a particular group. Into the Oryzomyini, one of the most diverse tribe of Sigmodontinae subfamily, we can found the genus Hylaeamys. Currently seven species were described to that genus: H. acritus, H. seuanezi, H. megacephalus, H. oniscus, H. perenensis, H. tatei and H. yunganus. These species are distributed throughout the tropical and subtropical evergreen cis-andinean forests, from sea level to an altitude of 1500 meters, from Venezuela and Guyana, through the Amazon and the Atlantic Forest, to the north of Paraguay. The distribution of taxa within the genus were confusing and phylogenetic relationships among these species have been little explored, as well as the positioning of the genus within the clade B of Oryzomyini tribe and consequently his sister group. So my proposal was to reassess the species currently described through morphometric and molecular data to better explore the diversity within the genus, and the relations within the genus Hylaeamys and clade where it is inserted. My results showed a greater diversity than the currently described. Morphometric analysis could be helpful in the delimitation of taxa, however did not translate all the phylogenetic diversity found within the genus, witch may present cryptic species. The genus is monophiletic and a new species of Hylaeamys related to H. yunganus populations, from eastern South America was recognized. The results, also highlighted a geographical structure present within H. megacephalus, so, samples from north of the Rio Amazonas showed to be genetically distinct to those samples in southern of Rio Amazon. But this pattern was not observed in morphometric analysis. The species of the Atlantic Forest were closer to the western amazonian species. Hylaeamys showed as a sister group of a clade containing Cis and Trans Andean genera: Oecomys, Euryoryzomys and Transandinomys, indicating that the dispersion for trans-Andean areas occurred after the diversification of the Forest clade in South America. / Padrões faunísticos atuais de diversidade, distribuição geográfica, relações filogenéticas e biogeográficas constituem uma ferramenta para a compreensão da história evolutiva dos táxons. As delimitações destes táxons e suas respectivas relações filogenéticas nos revelam eventos de especiação e consequentemente nos permitem levantar hipóteses gerais de diversificação de um determinado grupo. O gênero Hylaeamys está inserido na tribo Oryzomyini, a mais diversa da subfamília Sigmodontinae. Possui atualmente sete espécies descritas: H. acritus, H. laticeps, H. megacephalus, H. oniscus, H. perenensis, H. tatei, e H. yunganus. Estas espécies se distribuem pelas florestas tropicais e subtropicais sempre verdes cisandinas, do nível do mar até uma altitude de 1500 metros, desde a Venezuela e as Guianas, passando pela Amazônia e pela Floresta Atlântica, até o norte do Paraguai. A distribuição dos táxons dentro do gênero eram confusas e as relações filogenéticas entre estas espécies, também, foram pouco exploradas, assim como o posicionamento do gênero dentro do clado B da tribo Oryzomyini e consequentemente seu grupo irmão. Portanto, minha proposta foi reavaliar as espécies atualmente descritas abordando de forma integrativa os dados morfométricos e moleculares para melhor explorar a diversidade dentro do gênero, assim como as relações de parentesco dentro do gênero Hylaeamys e do clado onde este se encontra inserido. Como resultado, obtive uma diversidade maior do que a descrita atualmente. Análises morfométricas puderam auxiliar na delimitação dos taxa, porem não traduziu toda a diversidade filogenética encontrada dentro do gênero, podendo o gênero apresentar espécies cripticas. O gênero se mostrou monofilético e uma nova espécie de Hylaeamys, relacionada às populações de H. yunganus do leste da América do Sul foi reconhecida, assim como, ficou evidente a estruturação geográfica presente dentro da espécie H. megacephalus, onde as amostras ao norte do Rio Amazonas se mostraram geneticamente distintas das amostras ao sol do Rio Amazonas. Porém nas análises morfométricas não foi observado esse padrão. As espécies da Floresta Atlântica se mostraram filogeneticamente mais próximas das espécies do oeste Amazônico. Hylaeamys se mostrou groupo irmão de um clado contendo gêneros Cis e Trans- Andinos, sendo eles, Oecomys, Euryoryzomys e Transandinomys, indicando que a dispersão para áreas trans-andinas se deu após a diversificação do gênero na América do Sul.

A capivara é uma espécie altamente social que vive em grupos multi-macho e multi-fêmea hierarquicamente organizados. Um rico repertório de comportamentos, incluindo o acústico, regula as interações sociais e organiza a vida em sociedade. Para investigar o repertório acústico da espécie realizamos o levantamento e a descrição categorizada das vocalizações. Os sinais acústicos foram registrados a partir de uma população de vida livre habitante do campus da USP de Ribeirão Preto e um grupo de capivaras do Bosque e Zoológico Municipal Fábio Barreto, em Ribeirão Preto. Nossos resultados mostram a existência de dez sinais acústicos, alguns deles com 3 a 4 variantes, o uso de um sistema de combinação de notas, e a presença de efeitos não-lineares em sinais relacionados a estados internos alterados como no grito de agonia emitido durante a contenção. Os resultados encontrados apontam para uma riqueza maior e mais variada de chamados já descritos na literatura revelando um repertório acústico comparável com o descrito para o mocó (Kerodon rupestris), o preá (Cavia aperea) e outros caviomorfos. O registro de outros níveis de organização de notas e a presença de elementos não-lineares também enriquecem o sistema de comunicação da espécie e demostram a sua complexidade. Nossos resultados vêm trazer contribuições de forma a complementar a descrição do repertório da espécie que se mostrou maior e mais complexa / The capybara is a highly social species that lives in hierarchically organized multi-male/multi-female groups. A rich behavioral repertoire, including acoustic signalization, mediates social interactions and life in society. To investigate the acoustic repertoire of this species we conducted a survey and categorization of calls. The acoustic signals were registered from a population living free local campus of USP in Ribeirão Preto and of a captive group (Bosque e Zoológico Municipal Fábio Barreto) in the municipality of Ribeirão Preto. Our results show the existence of ten different acoustic signals, some of them subdivided in 3 to 4 variant, and the use of note composition from two different types, and non-linearity in distress signals, as those produced by under containment individuals. The results point to a larger and more varied richness of calls already described in the literature showing an acoustic repertoire comparable to that described for the mocó (Kerodon rupestris) , the guinea pig (Cavia aperea) and other caviomorph . The registry of other levels of organization of notes and the presence of non - linear elements also enrich the communication system of the species and demonstrate its complexity. Our results come bring contributions to complement the description of the repertoire of the species that was larger and more complex

O presente trabalho avalia a variação não-geográfica de Necromys lasiurus (Lund, 1840) dentro do território brasileiro, utilizando a morfometria craniana. Os dados foram obtidos a partir de 20 medidas craniodentárias tomadas de 1.572 indivíduos depositados em diversas coleções brasileiras. Foram descritas classes etárias baseadas exclusivamente no desgaste dos molares superiores e as mesmas foram utilizadas como índices etários para a avaliação da variação etária. Foram realizadas análises uni e multivariadas para descrever a variação sexual e etária de N. lasiurus considerando primeiramente toda a amostra e, em seguida, separadamente para cada localidade ou agrupamento cujo número amostral se mostrou suficiente para a condução dos testes estatísticos. N. lasiurus revelou dimorfismo relacionado às classes etárias intermediárias tanto na amostra total quanto nas amostras locais. No entanto, a ocorrência de dimorfismo sexual não se repetiu em todas as localidades avaliadas. A análise da variação etária com a amostra total revelou importantes padrões de variação craniana, como o rápido desenvolvimento da região orofacial em relação a outras regiões do crânio. No entanto, a avaliação da ontogenia nas amostras locais revelou diversos padrões ontogenéticos distintos. Além disso, as análises multivariadas apontam para a existência de uma estruturação geográfica da variação, corroborando estudos anteriores com a espécie. Os resultados obtidos indicam que futuras análises de cunho geográfico e taxonômico sobre N. lasiurus devem abordar os sexos de maneira separada e as classes etárias podem ser homogeneizadas para a formação de amostras com indivíduos suficientes para permitir a realização de análises estatísticas. / The present study assess the non-geographic variation of Necromys lasiurus (Lund, 1840) in Brazil, using skull morphometrics. A total of 20 craniometric measurements were taken from 1,572 specimens deposited in many Brazilian zoological collections. Age classes were described based on the wear stage of the superior molars and used as index to asses the variation due to age. Uni and multivariate analyses were used in order to describe the sexual and ontogenetic variation of N. lasiurus, first using the total sample and then using geographic samples that contained sufficient individuals for the application of the statistical tests. N. lasiurus presented sexual dimorphism related to intemediate age classes in total and in some local samples. The age assessment revealed important ontogenetic patterns of the skull development, like the rapid growth of orofacial region compared to other parts. The local analyses revealed individual patterns of variation for each sample. Besides, the multivariate approach showed geographic patterns of variation, just like previous studies said. The results of this study indicate that future geographic and taxonomic investigations on N. lasiurus should keep both sexes separated and the age classes could be homogenized in order do form adequate samples that allow the application of statistical tests.

La tribu Abrotrichini (Rodentia, Cricetidae) es uno de los clados de Sigmodontinae más recientemente diagnosticados. Su distribución es fundamentalmente andino-patagónica, con mayor diversidad de especies en el sur de Argentina y Chile. En esta tesis se evaluaron las relaciones filogenéticas entre sus integrantes, utilizando 21 taxones terminales (20 vivientes y uno fósil) y un grupo externo (Wiedomys). Se realizó un análisis cladístico a través de búsquedas exactas y heurísticas de 99 caracteres morfológicos (16 del tegumento, 42 craneanos, 29 dentarios, 4 postcraneanos, 7 sexuales masculinos y 1 del aparato digestivo) y dos marcadores moleculares (uno mitocondrial [citocromo b; 746 pares de bases] y otro nuclear [IRBP, proteína intersticial de unión al retinol; 1137 pb]). Los datos fueron considerados por separado y en conjunto, bajo pesos iguales e implicados. En todos los casos se recuperó una división mayor entre un clado de formas cursoriales-escansoriales (Abrothrix) y otro de formas semifosoriales a fosoriales (Chelemys, Geoxus, Notiomys, Pearsonomys). El análisis cladístico corroboró la monofilia de Abrothrix, aunque a juzgar por el grado de diferenciación morfológica entre grupos de especies queda abierta la posibilidad de que este taxón pueda escindirse en al menos cuatro entidades de nivel genérico. Dentro del clado de formas fosoriales, las dos especies reconocidas para Chelemys no formaron un grupo monofilético y se confirmó la parafilia de Geoxus con respecto a Pearsonomys. Para ajustar el esquema clasificatorio con la hipótesis filogenética presentada en esta tesis se describe un género nuevo para contener a “Chelemys” macronyx y se incluye a Pearsonomys en la sinonimia de Geoxus. Se ofrecen diagnosis enmendadas para todos los géneros de Abrotrichini, aclarando los límites y contenidos de cada uno. En una segunda instancia, se estudió la taxonomía alfa de Abrothrix longipilis, uno de los abrotriquinos más ampliamente distribuidos en Argentina y Chile. Se realizó un análisis morfológico cualitativo (seis caracteres discretos) y cuantitativo (18 medidas cráneo-dentarias) de 471 especímenes, agrupados primero según un criterio geográfico y luego según su pertenencia a los clados definidos por un estudio filogeográfico previo. Los análisis multivariados (análisis de componentes principales, análisis discriminantes “libres de tamaño”) indican que en su actual concepción, A. longipilis es un complejo que incluye por lo menos dos especies, A. longipilis s.s. (restringida al centro de Chile) y A. hirta (sur de Chile y sudoeste de Argentina). Las poblaciones de A. hirta mostraron una correspondencia moderada entre los patrones filogeográficos y de variación fenotípica. Preliminarmente, puede considerarse que el tamaño en A. hirta se vincula más estrechamente con las características del ambiente (con los individuos más grandes en áreas boscosas, de mayor productividad primaria y los más pequeños en ambientes áridos, de menor productividad) antes que con su pertenencia a los distintos clados. En este escenario, la divergencia morfológica podría estar mayormente determinada por la selección diferencial a lo largo de un gradiente ambiental extremo y sería independiente de la cantidad de flujo génico (modelo de divergencia con flujo génico). Finalmente, se revisaron las formas fósiles Plio-Pleistocénicas de Abrothrix, incluyendo Akodon (Abrothrix) kermacki, A. (Ab.) magnus y aff. Abrothrix. El estudio de la morfología dentaria permitió referir los dos primeros taxones, recuperados de sedimentos pliocénicos del sudeste de la provincia de Buenos Aires, a la tribu Akodontini. El análisis cladístico sugiere que el fósil identificado como aff. Abrothrix del Plioceno-Pleistoceno de la provincia de Jujuy corresponde a una nueva especie que se vincula con A. jelski, que habita actualmente en la misma región. Bajo esta hipótesis taxonómica no habría registros extra-limitales para el género Abrothrix, tal como se infería de esquemas previos. Como corolario, se remarca la importancia de combinar evidencias morfológicas y genéticas, tanto para resolver interrogantes a nivel taxonómico como así también para lograr un esquema clasificatorio refinado a nivel de las especies fósiles por sus profundas implicaciones en la biogeografía histórica y evolución de estos roedores.

Electrophoretic variation in 18 proteins encoded by 20 autosomal loci was used to compare the genetic relationships of 19 natural populations representing three species of the subgenus Neotoma. Of the 20 loci examined nine were monomorphic and fixed for the same allele in all populations. No more than seven loci were polymorphic within a single population. Genetic variability was expressed as the proportion of loci heterozygous in the average individual of a population. Heterozygosity in the three species of Neotoma studied averaged 0.078, a value within the range reported for other rodents. Although the levels of heterozygosity seen in Neotoma could not readily be explained, the variation may be attributed to ecological factors. The three species of Neotoma were compared on the basis of genetic similarity and found to form a close taxonomic unit, probably semispecies. Divergence times were obtained for the three species and found to compare well with divergence times obtained from fossil data. In general, the three species have diverged within the last 112,000 years during the Wisconsin glacial period.

The Baird’s pocket gopher (Geomys breviceps) is a solitary, fossorial rodent found throughout areas of Texas, Arkansas, Oklahoma, and Louisiana. Research focusing on the population genetics of pocket gophers and other species with limited vagility and isolated populations is lacking. Through the use of mitochondrial and microsatellite data, a series of population genetic analyses were completed to better understand the population structure and gene flow among a series of G. breviceps localities. Pocket gophers were captured from five localities in the Brazos Valley and used in this study. Due to the lack of microsatellite loci available for G. breviceps, 10 loci were created for use in this study. Overall estimates from the population genetic analyses showed high levels of gene flow amongst nearby localities with decreasing levels as distance between localities increased. Findings suggest that 2-3 localities located within 2 km of each other function as one genetic cluster thus showing 3-4 total genetic clusters total in this study. Results also suggest that the Baird’s pocket gopher is capable of moving at least 2 km, but further analyses should be completed to better understand dispersal distance.

This thesis describes an investigation of space use in least chipmunks at Kluane Lake, in the southwest Yukon. I examined demography, home range and habitat use patterns in the population. Based on live-trapping data from two grids over two summers, mean number of animals on the study area was 22.6/grid, similar to chipmunk numbers measured there over the previous four years. The population was lower than is generally found in the same species further south, although year-to-year stability was typical. Chipmunks preferred open forest and shrub-land to closed-canopy forest, which is also typical of the genus. Home range sizes measured using telemetry averaged 4.86 ha, higher than in any previously published study of the genus. I examined the relationship between social spacing and space use. Home range overlap averaged 93.4%; chipmunks do not appear to defend exclusive core areas. Provoked interactions among neighbours suggested that social dominance was based on age, weight, and breeding condition, rather than ownership of space. Although provoked interactions were generally aggressive, the telemetry data suggest that such behaviour was artifactual. Comparing the encounter frequency of radio-collared animals to that generated by a random model showed that chipmunks avoided encounters, except when harvesting seasonally abundant food. Grid-trapping did not increase food or cover availability enough to affect home range size. There was evidence that the presence of traps affected use distribution but not enough to invalidate trap-based home range estimates. Comparison of trap and telemetry based estimates of home range size yielded no significant differences. / Science, Faculty of / Zoology, Department of / Graduate

This investigation has been concerned with determining the extent to which a small mammal, the cotton rat, may become acclimated to environmental temperatures, and the influence acclimation has upon a population. The study was also designed to determine if acclimation effects on a population can be seen in individual rats.

京都大学 / 0048 / 新制・課程博士 / 博士(理学) / 甲第22279号 / 理博第4593号 / 新制||理||1659(附属図書館) / 京都大学大学院理学研究科生物科学専攻 / (主査)教授 本川 雅治, 准教授 中野 隆文, 教授 曽田 貞滋 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Science / Kyoto University / DGAM

京都大学 / 新制・課程博士 / 博士(理学) / 甲第24459号 / 理博第4958号 / 新制||理||1708(附属図書館) / 京都大学大学院理学研究科生物科学専攻 / (主査)教授 本川 雅治, 准教授 中野 隆文, 教授 中務 真人 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Science / Kyoto University / DGAM