El ratón orejón andino, Phyllotis andium Thomas 1912, es un roedor sigmodontino de tamaño mediano que se distribuye desde Tunguhuara en Ecuador, a través de los Andes, hasta Lima en Perú, incluyendo la margen derecha del rio Marañón; actualmente P. andium es considerado como una especie monotípica, no obstante existen variaciones morfológicas que sugieren que este taxón es un complejo de especies; por tal motivo, en este trabajo se llevó a cabo un análisis morfológico y morfométrico, con el propósito de resolver la situación taxonómica de esta especie. Para tal fin fueron examinados 330 especímenes procedentes de 92 localidades, abarcando todo el rango de distribución. Para el análisis morfológico se realizó un examen visual de características externas y cráneo-dentales con la finalidad de determinar diferencias entre las poblaciones y, posteriormente, agruparlas en Unidades Taxonómicas Operativas (UTOs) según sus similitudes morfológicas y cercanía geográfica; para el análisis morfométrico se tomaron 20 medidas cráneo-dentales, se analizó la variación no geográfica para determinar el efecto de la edad y sexo para cada una de las UTOs, luego se analizó la variación geográfica mediante el Análisis de componentes Principales (ACP). Como resultado P. andium es separado en tres UTOs, la primera corresponde a P. andium “sensu stricto”, la cual se distribuye desde Tunguhuara en Ecuador hasta Huánuco en Perú; la segunda P. andium “amazonas” distribuida a la margen derecha del rio Marañón en el departamento de Amazonas, y la tercera P. andium “occidental” la cual se distribuye en la vertiente occidental de los andes, desde Ancash hasta Lima. Fueron identificados dos barreras geográficas: el valle del rio Marañón, que separa P. andium “sensu stricto” de P. andium “amazonas”, y la Cordillera blanca que separa P. andium “sensu stricto” de P. andium “occidental”. En base a estas evidencias, se sugiere que la diversificación de estos tres UTOs está relacionada a los eventos de orogenia de los Andes. / Tesis

El objetivo de este trabajo fue estudiar a los nematodes Oxyuridae, Trichuridae y Capillariidae en roedores Akodontini de la Cuenca del Plata (Argentina), enfatizando sobre su grado de especificidad hospedatoria y distribución geográfica. A partir de estos resultados, se interpretaron las relaciones que tienen lugar entre parásitos, hospedador y ambiente. Se consideraron 41 localidades, correspondientes a 7 provincias y 7 eco-regiones, comprendidas en la Cuenca del Plata argentina, en dónde se capturaron roedores akodontinos pertenecientes a 13 especies. Se prospectaron 825 ejemplares, de los cuales se colectaron más de 3600 nematodes Oxyuridae, Trichuridae y Capillariidae. Diez de las especies de akodontinos examinadas estuvieron parasitadas con diez especies parásitas. De esta forma, se dan a conocer siete nuevas especies de nematodes (S. carlitosi -Syphaciini-Oxyuridae-; Trichuris n. sp. –Trichuridae- y Liniscus diazae, Eucoleus sp., Eucoleus n. sp., Echinocoleus n. sp. y Pseudocapillaria n. sp. -Capillariidae-) y se redescriben tres especies (Syphacia alata y Caroloxyuris boliviensis -Syphaciini-Oxyuridae- y Trichuris laevitestis – Trichuridae-), ampliándose su espectro hospedatorio y geográfico. Se registraron por primera vez a Akodon azarae, A. montensis, A. philipmyersi, A. serrensis, Oxymycterus rufus, Necromys benefactus, N. temchuki y Thaptomys nigrita como hospedadores de Syphaciini; a N. benefactus como hospedador de Trichuridae y a A. azarae, Brucepattersonius sp., O. rufus y Scapteromys aquaticus como hospedadores de Capillariidae. Las especies de Syphaciini constituyen el único registro para la Argentina. Las nuevas especies de Trichuris y Eucoleus constituyen el segundo registro en roedores y tercer registro en mamíferos de los géneros en Argentina, respectivamente. Los géneros Echinocoleus y Pseudocapillaria se registran por primera vez para Argentina y Liniscus para América del Sur. Se analizó el valor diagnóstico de los caracteres utilizados en la discriminación de las especies en cada familia estudiada. Se describieron los caracteres utilizados tradicionalmente, se advirtió la importancia de otros, procurando aclarar los posibles puntos de ambigüedad en sus definiciones, proponiéndose una nomenclatura más clara y precisa. Asimismo, se ha reconocido la importancia de la microscopía electrónica para observar la morfología de estos nematodes. Con la información generada se elaboraron tres claves taxonómicas para la separación de especies pertenecientes a Syphaciini, Trichuridae y Capillariidae. A nivel supraespecífico, se analizaron y discutieron los antecedentes sistemáticos, sugiriéndose una hipótesis clasificatoria para la tribu Syphaciini y el género Trichuris. El conflicto entre los capilláridos no permitió generar un nuevo aporte en este sentido. Los resultados taxonómicos de los nematodes Oxyuridae, Trichuridae y Capillariidae se integraron con los aspectos sistemáticos, ecológicos y de distribución de las especies hospedadoras y las características del ambiente en la Cuenca del Plata Argentina. Se observó que las características de los ciclos de vida de estos nematodes afectan su distribución geográfica y hospedatoria. Se relacionó la distribución de las especies de Syphaciini con la distribución de sus especies hospedadoras, las especies de Trichuris se asociaron a las características del ambiente y los Capillariidae se relacionaron con la dieta de los hospedadores y la presencia de hospedadores intermediarios. Las especies de Syphaciini y Trichuris tienen un alto grado de especificidad hospedatoria, mayor al de las especies de Capillariidae. Además, se advirtió que existe una diferencia en la jerarquía taxonómica de los hospedadores potenciales entre los grupos estudiados, estando el rango hospedatorio de Syphaciini acotado a una superfamilia, y el de Trichuridae y Capillaridae a órdenes y clases. El modelo estudiado permitió indicar posibles eventos evolutivos involucrados en la distribución de los parásitos entre sus hospedadores, sugiriéndose que los Oxyuridae acompañan la diversificación de sus hospedadores, mientras que los Trichuridae y Capillariidae probablemente responden a fenómenos de cambios de hospedador (host switching). Estos resultados indican que las especies del género Syphacia serían de utilidad como marcadores taxonómicos de la historia evolutiva de estos hospedadores, mientras que las especies de Trichuris y Capillariidae no reflejan relaciones entre sus hospedadores. En la medida que se propongan filogenias para los parásitos y se cuente con la de sus hospedadores, podrán hacerse aproximaciones más rigurosas sobre esta temática. El presente estudio constituye un punto de partida para el análisis de procesos co-evolutivos. La información generada favorecerá el desarrollo de conceptos y modelos de biología evolutiva, ecología y biogeografía parasitaria.

Se analiza la anatomía, sistemática, filogenia, adaptaciones, bioestratigrafía y patrón evolutivo de los roedores Echimyidae (Hystricomorpha) del género Eumysops. En primer término se revisan los rasgos esqueletarios y dentarios de 303 ejemplares, incluyendo holotipos de especies nominales del género, de especies pertenecientes a otros géneros y posteriormente asignadas a Eumysops, así como numerosos materiales inéditos. La mayoría de los rasgos craneomandibulares y dentarios, y buena parte de los postcraneanos, son descriptos por primera vez para este equímido. Este análisis morfológico cualitativo, que incluye el reconocimiento de variabilidad a distintos niveles jerárquicos (incluyendo el ontogenético), se realiza en un contexto de comparación con especies actuales de Echimyidae pertenecientes a las cuatro subfamilias modernas reconocidas para América del Sur, especialmente “Eumysopinae” (además de “Dactylomyinae”, “Echimyinae” y Myocastorinae). Como resultado de dicho análisis, así como de la evaluación de la compleja historia nomenclatorial de los taxones extintos involucrados, se brinda una definición y delimitación de Eumysops, y de las cinco especies reconocidas para el género; una de estas especies es nueva y está representada por materiales inéditos. Reforzando propuestas previas, once especies nominales del Mioceno tardío-Plioceno son excluidas de Eumysops. En un análisis filogenético de las relaciones de Eumysops dentro de Echimyidae, el género resultó monofilético y mostró buen sustento en los 10 árboles más cortos obtenidos por parsimonia. Este análisis agrupó los Echimyidae extintos y vivientes analizados en dos grandes clados. Uno de estos agrupamientos, ((Euryzygomatomys, Clyomys) (Thrichomys (Pampamys (Eumysops spp.)))), es reconocido en este trabajo como subfamilia Eumysopinae, cuyo sentido más restringido que el tradicional es consistente con propuestas sistemáticas previas. Las especies de Eumysops se agrupan en dos clados: E. laeviplicatus (E. formosus-E. chapalmalensis) y E. gracilis-Eumysops sp. nov. La especie E. laeviplicatus, registrada en el Montehermosense-Chapadmalalense inferior (Plioceno temprano), habría coexistido con E. formosus al menos durante el Chapadmalalense inferior. Las tres especies restantes, más modernas, se registran en el área de Chapadmalal; E. chapalmalensis y E. gracilis habrían coexistido durante el Chapadmalalense superior-Marplatense (Plioceno medio-tardío), y ambas se registran conjuntamente con Eumysops sp. nov. en el Vorohuense-Sanandresense (Plioceno tardío); el biocrón de las dos primeras se extiende al Pleistoceno. Este patrón de coexistencia de especies de un mismo género en el Plioceno es único entre los octodontoideos, y al menos inusual en los caviomorfos. En los octodontoideos vivientes, la simpatría, y aún microsimpatría, de especies de un mismo género ocurre únicamente en la familia Echimyidae (exceptuando la condición de parapatría exhibida por algunas especies de Ctenomys). Desde el punto de vista adaptativo, Eumysops representaría el más grande de los equímidos terrestres, tanto extintos como vivientes. Habría tenido hábitos esencialmente epigeos cursoriales y, al menos en tres de sus especies, adaptaciones postcraneanas favorables para el salto, como fuera sugerido en hipótesis previas; de todos modos, ni las especies de este género, ni las de los restantes caviomorfos con hábitos ricochetales facultativos, alcanzan el grado de especialización morfológica presente en roedores ricochetales de otros subórdenes. Asimismo, la morfología cigomasetérica de Eumysops sugiere que este género pudo haber desarrollado fuerzas a nivel de incisivos potencialmente favorables para la excavación; esto último es especialmente notorio en Eumysops sp. nov. Estas características adaptativas, así como la información paleoclimática disponible para el Chapadmalalense superiorSanandresense, sugieren que este equímido habría estado adaptado esencialmente a ambientes abiertos, áridos o semiáridos, al menos durante dicho lapso. Esto sustenta hipótesis previas que reconocen el clado al que pertenece Eumysops como una radiación austral de "eumisopinos" vinculada al desarrollo de ambientes abiertos en el sur de América del Sur. La filogenia y distribución temporal de las especies de Eumysops sugieren que el patrón evolutivo de este género involucra al menos cuatro eventos cladogenéticos. No se detectan cambios anagenéticos que involucren más de una de las especies reconocidas; en un nivel jerárquico menor, algunos cambios morfológicos intraespecíficos, especialmente referidos a un incremento en la hipsodoncia, ocurren a lo largo de la distribución estratigráfica de E. chapalmalensis y E. gracilis. De acuerdo a datos biocronológicos, el Mioceno tardío representa una antigüedad mínima para el clado Eumysopinae propuesto en este trabajo (ca. 7.0 Ma). La cladogénesis de Eumysops se registra a partir del Plioceno temprano (tradicionalmente, ca. 5.3 Ma), aunque su divergencia respecto del género hermano Pampamys es previa, y debió ocurrir en algún momento durante el Mioceno tardío.

Orientador: Cláudia Valéria Seullner Brandão / Resumo: O estudo objetiva a descrição de valores de referência das medidas cranianas das capivaras, correlacionando a órbita ocular com o ducto nasolacrimal. A documentação destes resultados pode contribuir para padronizar características de normalidade anatômica e favorecer o correto diagnóstico e tratamento de alterações nestas estruturas. As carcaças de capivaras, mantidas por congelamento, foram distribuídas em dois grupos (G) designados GA (n=12) animais adultos (A) e GJ (n=13) para animais jovens (J). Todas foram submetidas ao exame de dacriocistografia por tomografia computadorizada (TC), e às mensurações cranianas. Foram realizadas análises descritivas das mensurações cranianas e do ducto nasolacrimal; e análise estatística da correlação de Pearson com a variável do peso. No GA, não houve correlação entre as medidas do ducto nasolacrimal e as cranianas. No entanto, no GJ, verificou-se correlação com o comprimento facial (r=0,6233), largura facial (r=0,5771), altura craniana (r=0,6981), comprimento craniano (r=0,7116), comprimento total direito (r=0,7517) e esquerdo (r=0,7999). Assim, nos jovens, houve forte correlação com as medidas do comprimento craniano, e no comprimento dos ductos nasolacrimais. No entanto, esse comportamento biológico não foi observado nos animais adultos, demonstrando estabilidade no desenvolvimento. Verificou-se que a órbita ocular em capivara é circular e incompleta; e apresenta o processo zigomático da maxila bem desenvolvido, e o ducto nasolacrimal ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

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Os roedores sigmodontíneos formam grupo diverso tanto em relação ao número de espécies quanto aos aspectos ecológicos e adaptativos, apresentando taxonomia complexa com muitos aspectos filogenéticos não resolvidos. O DNA barcoding é uma abordagem padronizada que visa à identificação de amostras em nível específico. Neste estudo sequências de dois marcadores moleculares mitocondriais, citocromo b (CYTB) e citocromo c oxidase subunidade 1 (COI), e do nuclear Interphotoreceptor Retinoid Binding Protein (IRBP) foram obtidos para 322 amostras de tecido e analisadas com sequências do Genbank por métodos probabilísticos e de distância genética para avaliar as relações filogenéticas entre os táxons e a utilidade do COI para discriminar espécies. Os diferentes métodos empregados para analisar os genes separadamente e concatenados foram congruentes de modo geral, recuperando os mesmos clados com altos valores de suporte. Utilizando-se o COI foi possível determinar em nível de espécie 12 amostras com identificações errôneas, 30 indeterminadas, 21 que estavam identificadas apenas em nível genérico e um novo táxon. As tribos descritas em estudos anteriores (Abrothrichini, Akodontini, Ichthyomyini, Oryzomyini, Phyllotini, Reithrodontini, Sigmodontini, Thomasomyini, Wiedomyini) foram recuperadas utilizando-se os três marcadores, todavia apresentaram baixo suporte na maioria das análises. As análises de distancia intra-específica indica que a maior parte das espécies possui o barcoding-gap, isto é, uma distancia intra-específica menor do que a inter-especifica. Portanto, este estudo demonstra que a abordagem do DNA barcoding é útil para delimitar a grande maioria das espécies de roedores sigmodontíneos, mas sugere-se usar tal abordagem juntamente com procedimentos adicionais de sistemática e taxonomia em uma abordagem integrativa. / Sigmodontine rodents comprise a speciose and diverse group in ecological and adaptive aspects presenting complex taxonomy with many aspects unresolved. DNA barcoding is standardized approach which aims to identify samples in specific level. In this study sequences of two mitocondrial markers, cytochrome b (CYTB) and cytochrome c oxidase subunit I (COI), and nuclear Interphotoreceptor Retinoid Binding Protein (IRBP) were obtained for 322 tissue samples and analyzed with Genbank sequences by probabilistic and genetic distance methods to assess phylogenetic relationships between taxa and COI utility to discriminate species. The different methods used to analyze gene separately and concatenated agree in general, recovering the same species with high support values. Species were identified to 12 samples misidentified, 30 which species were undetermined, 21 which were identified only in genus level and one new species. Tribes described in preview studies were recovered, however showed low support in most analyses. DNA barcoding approach is useful to distinguish between species, but should be used cautiously with additional procedures in a systematic and taxonomic in an integrative approach.

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Made available in DSpace on 2013-08-07T19:11:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000411103-Texto+Completo-0.pdf: 788494 bytes, checksum: bebad76ca9f15b449f29103c52997247 (MD5) Previous issue date: 2009 / CHAPTER I: “Characterization of 16 microsatellite loci for the south-american rodents Cavia magna and C. aperea” - Based on the recently published genome draft of Cavia porcellus and five other loci described for C. aperea, we present 16 microsatellite loci applicable for C. magna and C. aperea. We designed the primers to be used in a multiplex fluorescence array. The average number of alleles for each locus was 7. 4 and the mean expected heterozygosity was 0. 67. The combination of some or all of these markers may give a good framework for population genetics, molecular ecology and other evolutionary studies in these species. CHAPTER II:"Depauperated genetic diversity of the Moleques do Sul cavy (Cavia intermedia), the naturally rarest mammal in the World" - Islands have been calling the attention of evolutionary biologists for centuries for their high level of endemic species fostered by isolation and limited population size. Cavia intermedia is a recently described cavy species endemic to a small island in the southern Brazilian coast, that seems to be the naturally rarest known mammal, having a stable population around 40 individuals. Although previous demographic simulations estimated its probability of extinction in 100 years as 100%, given the island history, it is unlikely that its population size could have been much larger in the recent past. Using mitochondrial and microsatellite markers, we have found that this insular cavy presents an extremely reduced genetic diversity with an estimated historical and present effective population size matching its present census size, with no evidence of recent population reduction. Considering C. intermedia long divergence from its sister continental species, we concluded that it keeps this extremely reduced population size since at least the most recent separation of the island from the continent around 8,000 years ago. C. intermedia may therefore be the best and most extreme case so far of a mammal species that survived for thousands of years with an extremely reduced population size. This species then poses new challenges to understanding the role of population reduction and genetic diversity to species extinction. Finally, we emphasize the need for special care in the maintenance of the pristine conditions of C. intermedia’s habitat. / CAPÍTULO I:"Caracterização de 16 loci de microssatélites para os roedores sul-americanos Cavia magna e C. aperea" - Baseando-nos no recentemente publicado genoma de Cavia porcellus e em outros cinco loci já descritos para C. aperea, nós aqui apresentamos 16 loci de microssatélites empregáveis em C. magna e C. aperea. Os primers foram projetados para serem usáveis em um arranjo de fluorescência múltipla (multiplex). O número médio de alelos para cada locus foi de 7,4 e a média da heterozigosidade esperada foi de 0,67. A combinação de alguns ou todos estes marcadores pode possibilitar trabalhos em genética populacional, ecologia molecular e outros estudos evolutivos nas espécies aqui avaliadas. CAPÍTULO II:"Baixíssima diversidade genética do preá de Moleques do Sul (Cavia intermedia), o mamífero naturalmente mais raro do Mundo" - Ilhas têm chamado a atenção de biólogos evolucionistas há séculos pelos seus altos níveis de endemismos promovidos, tanto pelo isolamento, quanto pelo tamanho limitado a que estas populações estão sujeitas. Cavia intermedia é uma espécie recentemente descrita como endêmica de uma pequena ilha na costa meridional do Brasil que parece ser o mamífero naturalmente mais raro conhecido, apresentando uma população estável de aproximadamente 40 indivíduos. Apesar de algumas simulações demográficas terem estimado sua chance de extinção em 100 anos como 100%, dado a história da ilha, torna-se improvável que a população possa ter sido muito maior no passado recente. Utilizando marcadores mitocondriais e microssatélites, nós descobrimos que este preá insular apresenta uma diversidade genética extremamente reduzida com estimativas de tamanhos efetivos populacionais histórico e atual compatíveis com seu tamanho de censo atual, sem sinal de redução de tamanho populacional. Considerando a antiga divergência de C. intermedia em relação ao seu grupo-irmão continental, concluímos que a espécie mantém esse tamanho extremamente reduzido desde, pelo menos, a separação da ilha em relação ao continente há cerca de 8. 000 anos. Portanto, C. intermedia pode ser o melhor e mais extremo exemplo até agora conhecido de uma espécie de mamífero que sobreviveu por centenas de anos com um tamanho populacional tão extremamente reduzido. Essa espécie, então, estabelece novos desafios ao entendimento do papel da redução populacional e da diversidade genética na extinção de espécies. Finalmente, é importante enfatizar a necessidade de um cuidado especial na manutenção das boas condições do hábitat para a sobrevivência de C. intermedia em seu ambiente natural.

Os roedores sigmodontíneos formam grupo diverso tanto em relação ao número de espécies quanto aos aspectos ecológicos e adaptativos, apresentando taxonomia complexa com muitos aspectos filogenéticos não resolvidos. O DNA barcoding é uma abordagem padronizada que visa à identificação de amostras em nível específico. Neste estudo sequências de dois marcadores moleculares mitocondriais, citocromo b (CYTB) e citocromo c oxidase subunidade 1 (COI), e do nuclear Interphotoreceptor Retinoid Binding Protein (IRBP) foram obtidos para 322 amostras de tecido e analisadas com sequências do Genbank por métodos probabilísticos e de distância genética para avaliar as relações filogenéticas entre os táxons e a utilidade do COI para discriminar espécies. Os diferentes métodos empregados para analisar os genes separadamente e concatenados foram congruentes de modo geral, recuperando os mesmos clados com altos valores de suporte. Utilizando-se o COI foi possível determinar em nível de espécie 12 amostras com identificações errôneas, 30 indeterminadas, 21 que estavam identificadas apenas em nível genérico e um novo táxon. As tribos descritas em estudos anteriores (Abrothrichini, Akodontini, Ichthyomyini, Oryzomyini, Phyllotini, Reithrodontini, Sigmodontini, Thomasomyini, Wiedomyini) foram recuperadas utilizando-se os três marcadores, todavia apresentaram baixo suporte na maioria das análises. As análises de distancia intra-específica indica que a maior parte das espécies possui o barcoding-gap, isto é, uma distancia intra-específica menor do que a inter-especifica. Portanto, este estudo demonstra que a abordagem do DNA barcoding é útil para delimitar a grande maioria das espécies de roedores sigmodontíneos, mas sugere-se usar tal abordagem juntamente com procedimentos adicionais de sistemática e taxonomia em uma abordagem integrativa. / Sigmodontine rodents comprise a speciose and diverse group in ecological and adaptive aspects presenting complex taxonomy with many aspects unresolved. DNA barcoding is standardized approach which aims to identify samples in specific level. In this study sequences of two mitocondrial markers, cytochrome b (CYTB) and cytochrome c oxidase subunit I (COI), and nuclear Interphotoreceptor Retinoid Binding Protein (IRBP) were obtained for 322 tissue samples and analyzed with Genbank sequences by probabilistic and genetic distance methods to assess phylogenetic relationships between taxa and COI utility to discriminate species. The different methods used to analyze gene separately and concatenated agree in general, recovering the same species with high support values. Species were identified to 12 samples misidentified, 30 which species were undetermined, 21 which were identified only in genus level and one new species. Tribes described in preview studies were recovered, however showed low support in most analyses. DNA barcoding approach is useful to distinguish between species, but should be used cautiously with additional procedures in a systematic and taxonomic in an integrative approach.

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