Résumé : La capacité de décider parmi plusieurs possibilités d'actions, grâce à l'information sensorielle disponible, est essentielle à un organisme interagissant avec un environnement complexe. Les modèles actuels de sélection d'une action soutiennent que le cerveau traite continuellement l'information sensorielle afin de planifier plusieurs possibilités d'action en parallèle. Dans cette perspective, ces représentations motrices, associées à chaque possibilité d'action, sont en constante compétition entre elles. Afin qu'une alternative puisse être sélectionnée pour le mouvement, une valeur de pondération, intégrant une multitude de facteurs, doit être associée à chacun des plans moteurs afin de venir moduler la compétition. Plusieurs études se sont intéressées aux différents facteurs modulant la sélection de l'action, tels que la disposition de l'environnement, le coût des actions, le niveau de récompense, etc. Par contre, il semble qu'aucune étude n'ait rapporté ce qu'il advient lorsque la valeur de pondération de chacune des actions possibles est identique. Dans ce contexte, quel est l'élément permettant de venir moduler la sélection de l'action? De ce fait, l'objectif principal de mon projet de maitrise est d'investiguer le facteur permettant au cerveau de sélectionner une action lorsque tous les facteurs rapportés dans la littérature sont contrôlés. De récentes données ont montré que les oscillations corticales lentes dans la bande delta peuvent servir d'instrument de sélection attentionnelle en modulant l'amplitude de la réponse neuronale. Ainsi, les stimuli arrivant dans le cortex pendant une phase en delta de forte excitabilité sont amplifiés, tandis que ceux arrivant lors d'une phase en delta de faible excitabilité sont atténués. Ceci dit, il est possible que la phase en delta dans laquelle se trouve le cerveau au moment d'effectuer la sélection d'une action puisse influencer la décision. Utilisant une tâche de sélection de main, cette étude teste l'hypothèse que la sélection de la main est associée à la phase en delta des ensembles neuronaux codant le mouvement de chacune des mains, lorsque tous les facteurs connus influençant la décision sont contrôlés. L'électroencéphalographie (EEG) fut utilisée afin d'enregistrer les signaux corticaux pendant que les participants effectuaient une tâche de sélection de main dans laquelle ils devaient, à chaque essai, atteindre une cible visuelle aussi rapidement que possible en utilisant la main de leur choix. La tâche fut conçue de façon à ce que les facteurs spatiaux et biomécaniques soient contrôlés. Ceci fut réalisé enidentifiant premièrement, sur une base individuelle, l'emplacement de la cible pour laquelle les mains droite et gauche avaient une probabilité équivalente d'être choisies (point d'égalité subjective, PSE). Ensuite, dans l'expérience principale, les participants effectuaient plusieurs mouvements d'atteinte vers des cibles positionnées près et loin du PSE, toujours avec la main de leur choix. L'utilisation de cinq cibles très près du PSE a permis de collecter de nombreux essais dans lesquels la main droite et la main gauche furent sélectionnées en réponse à un même stimulus visuel. Ceci a ainsi permis d'analyser les signaux des deux cortex dans des conditions d'utilisation de la main droite et gauche, tout en contrôlant pour les autres facteurs pouvant moduler la sélection de la main. Les résultats de cette recherche révèlent que l'hémisphère cortical se trouvant dans la phase la plus excitable en delta (près du pic négatif), lors de l'apparition du stimulus, est associé à la fois à la main qui sera sélectionnée ainsi qu'au temps de réaction. Ces résultats montrent que l'excitabilité corticale momentanée (phase du signal) pourrait agir comme un facteur modulant la sélection d'une action. Dans cette optique, ces données élargissent considérablement les modèles actuels en montrant que la sélection d'une action est en partie déterminée par l'état du cerveau au moment d'effectuer un choix, d'une manière qui est indépendante de toutes les variables de décision connues. / Abstract : Action selection is thought to be achieved by competitive interactions between simultaneously co-existing motor representations associated with each potential action. Critically, selection via competition requires biasing signals to enable only one of these alternatives to be selected. Here we use electroencephalography in a unique hand selection task in which all decision variables are controlled, and show that the cortical hemisphere that is in the most excitable phase of delta frequency band at target onset dictates the hand to be selected as well as reaction time. These results demonstrate that the momentary excitability of neuronal ensembles in which motor representations are encoded can bias action selection.

L'identification de marqueurs génétiques liés à des gènes permet une exploration des éventuelles corrélations existant entre leur variabilité génétique et des pressions sélectives portant sur les gènes, aussi bien dans un contexte de populations expérimentales que naturelles. Chez le loup de mer (Dicentrarchus labrax), douze locus associés à des gènes - dont quatre associés aux gènes de l'hormone de croissance (GH), la somatolactine (SL) ou l'IGF-1- et huit locus anonymes ont servi à mener une étude multi-échelle de la différenciation génétique. La structure en trois bassins connue chez cette espèce a été confirmée mais les locus liés aux gènes ont montré une différenciation significativement plus forte que les locus anonymes et impliquant des barrières aux flux géniques nucléaires supérieures à celles admises jusqu'alors. A l'échelle mer-lagune, aucune image cohérente de différenciation génétique n'a pu être obtenue. Parallèlement, une expérience d'acclimatation à l'eau douce a été réalisée. Si les individus soumis à la désalure ont subi une mortalité importante, aucune différence génétique significative n'est observée entre les individus ayant survécu au traitement et ceux restés en eau de mer, excepté pour un locus EIF3E. Ces résultats ont révélé une composante familiale liée à l'expérimentation, mais les déterminismes génétiques sous-jacents restent obscurs. L'utilisation de marqueurs liés à des gènes a permis de révéler l'implication au moins indirecte de certains de ces gènes dans la mise en place d'une structuration génétique de l'espèce, mais également dans la réponse physiologique des individus à un stress environnemental pouvant être rencontré en conditions naturelles. / The identification of gene-linked genetic markers allows the exploration of potential correlations between their genetic variability and selective pressures acting on the genes in both natural and experimental populations. In Sea Bass (Dicentrarchus labrax), twelve gene-associated loci – four of them linked to Growth Hormone gene (GH), Somatolactin (SL) or IGF-1- and height anonymous loci were used in a multi-scale study of the genetic differentiation. The structure in three basins know in this species is well confirmed with gene-linked markers bearing a significantly higher differentiation than anonymous loci implying some stronger barriers to nuclear gene flow than admitted so far. At the open sea-lagoon scale, no coherent picture can be drawn from the different tests performed. A fresh water acclimation experiment was carried out in parallel. If numerous fishes in low-salt conditions died, the survivors are not genetically different from that maintained in salted water except for one locus EIF3E. These results can be partially explained by a family component but the genetic determinism is not elucidated yet. The use of gene-linked markers succeeded in revealing the involvement, at least indirect, of some of the genes in the edification of a genetic structure inside the species but also in the physiological response of the fishes to an environmental stress that can be encountered in natural conditions.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Worldline, une importante société d’informatique, doit améliorer la qualité de ses projets. Nous avons réalisé un audit sur plusieurs projets de l’entreprise afin d’identifier comment éviter l’échec des projets: aucune conclusion définitive n'en a été tirée. Cependant, il a mis en lumière le besoin d’améliorer l’utilisation des tests. Effectivement, tester chaque partie du code est requis pour éviter l’échec du projet. Dans l’industrie, notamment à Worldline, l’automatisation des tests a commencé dans le but de maîtriser le comportement des applications. Mais, exécuter tous les tests après un changement peut être une coûter plusieurs heures. Le retour sur le code changé est retardé et le développeur perd du temps pour découvrir les potentiels bogues. La solution généralement proposée dans la littérature consiste à réduire le nombre de tests à lancer en sélectionnant seulement ceux relatifs aux derniers changements effectués. L’approche sélectionne un jeu de tests réduit et approprié qui détectera de potentielles régressions dans l’application. Chaque approche de sélection de tests a besoin d’être étudiée dans le contexte de Worldline et adaptée en conséquence pour convenir aux habitudes des développeurs. Avant d’intégrer une telle approche, une étude a été faite pour connaître les habitudes actuelles des développeurs vis-à-vis de la sélection de tests. Grâce à cette étude, nous avons développé un outil pour les développeurs visant à effectuer la sélection des tests. Le but est aussi d’étudier l’impact de cet outil sur leur comportement. Nous espérons que cette approche de sélection de tests apportera des changements dans leur processus de développement. / Worldline, a major IT company, has to increase the quality of its projects. We performed an audit of several projects of the company to identify how to avoid project failure: no final conclusion has been drawn. However, it highlighted a need to enhance testing usage. To test every piece of code is compulsory to avoid project failure. In industry and more specifically in Worldline, automation of tests has begun to ensure the proper behavior of their applications. But, ensuring the execution of all tests after a change can be a costly operation requiring several hours. Feedback on the changed code is delayed and developer has to spent time to discover the potential bugs. The solution generally proposed in literature consists in reducing the number of tests to run by selecting only the ones related to the last changes made by the developer. The approach selects a suitable and small set of tests to detect potential regression in the application behavior.These approaches need to be studied in the context of Worldline and consequently adapted to suit developers’ habits. Before integrating such an adapted test selection approach, a study of the testing behavior of the developers has been done to get their current test selection usage. Based on the study of the Worldline environment, we developed a tool for the developers aiming to perform test selection.The goal is also to study the impact of this tool on their behavior. We hope that the test selection approach that is packaged in a tool adapted to the Worldline developers will bring a change in their developmentprocess.

Les hypothèses qui sous-tendent les modèles de prédiction de la défaillance d'entreprise ont conduit leurs auteurs à privilégier comme méthodes d'élaboration, celles issues de la statistique et de l'analyse de données. Parmi toutes les méthodes employées – analyse discriminante, régression logistique, arbre de décision, etc. – les réseaux de neurones occupent une place privilégiée depuis une vingtaine d'années en raison de leurs propriétés mathématiques intrinsèques, mais aussi à cause des caractéristiques spécifiques qu'ils confèrent aux modèles. Pour autant, la performance d'un modèle numérique, c'est-à-dire sa capacité prédictive, ne dépend pas simplement de la famille de méthode qui l'a produit. Elle dépend des données employées pour son ajustement. Or, les travaux de recherche réalisés jusqu'à présent se sont appuyés essentiellement sur des variables de convenance, choisies parce qu'elles sont présentes dans les échantillons retenus ou parce qu'elles correspondent à des indicateurs traditionnels associés à la « santé financière » d'une entreprise. L'objet de ce travail doctoral s'inscrit dans cette perspective. Il vise à montrer en quoi les méthodes de sélection de variables adaptées aux réseaux de neurones, fondés sur des heuristiques d'énumération, offrent une alternative utile aux choix arbitraires de ces dernières ; ils permettent d'améliorer le degré de précision dans la prévision d'une défaillance et, grâce à une détection des variables pertinentes, d'approfondir la connaissance du problème traité.

Les intéines sont des éléments protéiques qui sont excisés d'une séquence polypeptidique par un processus autocatalytique appelé épissage. Les intéines monomériques ou dimériques effectuent respectivement des réactions d'épissage intra- et intermoléculaires. L'objectif du travail est de mettre au point une technique pour la création de banques de mutants de grandes tailles en combinant deux banques de fragments protéiques. La protéine monomérique est restaurée par épissage d'une intéine dimérique. Comme les déterminants qui permettent l'épissage des intéines ne sont pas encore bien connus, il a été décidé d'étudier l'épissage d'une intéine introduite dans la bêta-lactamase. Des collections de mutants ont été construites et caractérisées par sélection in vivo. Parmi les clones sélectionnés tolérant l'insertion de l'intéine, mais incapables d'épisser, un grand nombre présentent, à la jonction N-terminale, deux cystéines de part et d'autre de la liaison peptidique à cliver. L'hypothèse est que la liaison entre les deux cystéines se trouve dans une conformation non coplanaire permettant ainsi la formation d'un pont disulfure entre ces deux résidus. Cette conformation est probablement imposée par l'intéine de manière à déstabiliser la liaison peptidique et à favoriser ainsi son clivage dans le mécanisme d'épissage. D'autre part, les mutants capables d'épisser possèdent tous une glycine du côté N-terminal de l'intéine et une sérine du côté C-terminal de l'intéine. Ces deux acides aminés sont donc les seuls requis pour permettre un épissage efficace. Afin de déterminer si l'épissage intermoléculaire est possible, une des enzymes sélectionnées a été fragmentée au niveau de l'intéine. Bien qu'aucun produit d'épissage n'ait été détecté par Western Blot, une faible activité bêta-lactamase in vivo permet de supposer que l'épissage a eu lieu.

De la finance à la climatologie, en passant par les processus industriels, nombreux sont les domaines où on rencontre des séries temporelles. L'analyse, la modélisation et la prédiction de séries temporelles constituent aujourd'hui encore des défis, sur le plan scientifique tout comme dans ces nombreux domaines d'applications. En alternative aux modèles linéaires, les modèles non linéaires sont utilisés ici pour l'analyse, la modélisation et la prédiction de séries temporelles. Les modèles non linéaires sont potentiellement plus performants que les modèles linéaires, mais les questions de sélection de structure de modèle, de prédiction à long terme ou de construction des régresseurs sont plus complexes à résoudre dans le cadre non linéaire. Les paramètres de structure de certains modèles et des méthodes de sélection de structure sont d'abord décrits. La sélection de structure par FastBootrap est complétée par un test statistique qui constitue un argument théorique en faveur de l'approximation par régression linéaire du terme d'optimisme du Bootstrap. La Double Quantification Vectorielle (DQV), modèle de prédiction à long terme de séries temporelles, est introduite. La détermination des paramètres est détaillée, pour des séries scalaires et pour des séries multidimensionnelles auxquelles la DQV peut aisément être appliquée. La stabilité de la DQV en prédiction à long terme est établie théoriquement. Les capacités de la méthode sont illustrées sur divers exemples, en prédiction à court terme, à long terme, en scalaire et en multidimensionnel. La construction du régresseur est abordée lors de l'étude du caractère significatif de l'application des méthodes de clustering à des régresseurs. Une méthodologie de comparaison entre reconstructions de l'espace de phase de séries temporelles est décrite et appliquée sur plusieurs séries. Les résultats obtenus illustrent l'importance du délai dans la construction de régresseurs et permettent de prendre position dans un débat scientifique en cours : l'application des méthodes de clustering à des régresseurs a un sens. La construction du régresseur avec sélection d'un délai unique est alors généralisée au cas de plusieurs délais. Des généralisations des critères d'autocorrélation et d'information mutuelle à plus de deux variables sont proposées. Le critère géométrique de Distance à la Diagonale est également introduit. Tous ces critères de sélection de plusieurs délais sont comparés expérimentalement.

En bioinformatique, un des problèmes très étudiés est la reconstitution des événements évolutifs qui transforment un génome A en un autre génome B. L'ordre des gènes dans les génomes est souvent modélisé par des permutations signées. Dans ce travail, nous définissons des liens entre le problème de tri des permutations signées par inversions et la conservation des structures combinatoires communes aux génomes à comparer. En utilisant les arbres des intervalles forts (Bergeron et al. (3)), nous démontrons que même si le calcul d'un scénario parfait et parcimonieux est difficile (Figeac et Varré (11)), il peut se faire d'une façon efficace pour une grande classe de permutations. Nous avons appliqué ces résultats à la comparaison des chromosomes X de l'humain, de la souris et du rat, basée sur les données de l'article de Gibbs et al. (12). ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Génomique comparée, Scénarios d'évolution, Tri par inversions, Intervalles communs.

L'objectif de ce travail de recherche est de répondre à deux questions que nous avons soigneusement identifiées dans le chapitre deux, à savoir, trouver un moyen de définir le risque fournisseur et découvrir comment les entreprises peuvent-elle composer avec un tel risque au quotidien, et chercher à concevoir et à mettre en place un processus d'évaluation et de sélection des fournisseurs performant afin de contrôler ex ante le risque fournisseur. Pour ce faire, nous avons exploré la littérature scientifique afin de répondre à deux questions préliminaires. Nous avons dans un premier temps cherché à définir le risque, puis nous nous sommes intéressés aux différents risques auxquels les entreprises doivent faire face, ainsi qu'à la manière dont elles y font face. Pour répondre à nos deux principales questions de recherche nous avons eu recours à une méthode de recherche qualitative, à savoir l'étude de cas multiples, dont la composition de l'échantillon est présentée au sein des chapitres deux et cinq. À la base de notre revue de littérature, nous avons créé un cadre d'analyse pour la sélection des fournisseurs comprenant les critères que chaque entreprise devrait prendre en compte afin de sélectionner les fournisseurs avec lesquels elle est amenée à collaborer. Il s'agit donc d'un processus qui a pour objectif de réduire le risque relié aux fournisseurs, à la base. Par la suite, nous avons testé notre cadre d'analyse à la base du processus de sélection réel utilisé par les entreprises de notre échantillon. Ceci nous a permis de compléter notre cadre d'analyse initial et d'établir les critères qui semblent les plus importants pour la majeure partie des entreprises, ainsi que les critères dont l'importance varie d'une entreprise à l'autre ou d'un secteur à l'autre. Finalement, nous avons rédigé nos conclusions sur les critères de sélection et leur importance tout en identifiant les avantages et les limites du modèle proposé.

L'évaluation des compétences à des fins d'embauche de candidats est une pratique largement répandue au sein des entreprises québécoises (Boudrias, Pettersen, Longpré et Plunier, 2008). Cependant, l'efficacité de la sélection fondée sur un modèle par compétences a été très peu étudiée à ce jour (Catano, Cronshaw, Wiesner, Hackett et Methot, 2010). Les recherches recensées portent plutôt sur la capacité de certains tests psychométriques à prédire la performance en emploi, sans associer ces tests à des niveaux de maîtrise des compétences (ex. : capacité d'adaptation, communication interpersonnelle, confiance en soi, etc.). D'une part, des tests d'aptitudes cognitives, outils de mesure issus des études sur l'intelligence de Spearman (l927), s'avèrent de très bon prédicteurs du succès en emploi (Gottfredson, 2002). D'autre part, certains facteurs mesurés par les inventaires de personnalité, notamment ceux qui ont été développés selon la théorie des « Big Five », démontrent des liens avec la performance en emploi (Digman, 1990 ; Barrick et Mount, 1991; Barrick, Mount et Judge, 2001). Au sein des entreprises, il est fréquent d'associer certaines des dimensions de ces tests à des compétences (Altink, Visser et Castelijns, 1997). Or, il existe très peu de données portant sur la capacité de prédiction de ces outils lorsque les résultats obtenus à ces tests sont convertis en niveaux de maîtrise des compétences, lesquels sont par la suite utilisés afin de choisir les meilleurs candidats pour un poste. Par conséquent, la présente recherche vise à pallier à cette limite. Son objectif est de savoir dans quelle mesure le niveau de compétence mesuré au moyen de tests psychométriques avant embauche chez les candidats est lié au niveau de compétence évalué par leur supérieur environ 6 mois après embauche (i.e. lors de l'évaluation du rendement). De surcroît, la recherche a comme sous-objectif d'analyser la façon dont les gestionnaires justifient l'évaluation de ces compétences au moment de l'évaluation du rendement. Les résultats des analyses quantitatives obtenus indiquent qu'il y a peu de liens significatifs entre le niveau de maîtrise avant et après embauche pour certaines compétences. L'absence de résultats significatifs pourrait s'expliquer par la nature des commentaires émis par les gestionnaires lors de l'évaluation de rendement. Au plan qualitatif, les résultats révèlent qu'il y aurait chevauchement entre les compétences évaluées. Ainsi, plusieurs des commentaires émis par les gestionnaires auraient peu ou pas de lien avec les compétences du répertoire. Enfin, l'étude démontre qu'il serait pertinent de clarifier la définition des compétences ainsi que d'étudier les liens entretenus par les compétences avec des construits similaires. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : approche par compétences, sélection du personnel, évaluation du rendement, tests psychométriques