Toxoplasma gondii est un parasite intracellulaire obligatoire. L'infection par T. gondii est largement répandue dans le monde entier. Néanmoins, elle est peu étudiée dans les pays d'Asie du Sud-est dont la Thaïlande.Nous avons réalisé 3 travaux sur le terrain en Thaïlande pour essayer de comprendre la circulation de ce parasite à travers une étude de séroprévalence chez des poulets en zone rurale et des essais d’isolement de souches chez les animaux en vue d’un génotypage. Lors des deux premières missions de terrain dans deux villages de la province de Kanchanaburi, nous avons cherché à déterminer la séroprévalence de l’infection chez des poulets (Gallus domesticus) en utilisant 2 tests sérologiques, Modified-Agglutination Test (MAT et immunofluorescence indirecte (IFAT) puis à isoler des souches de T.gondii à partir des animaux séropositifs. Lors de la troisième mission réalisée dans 3 autres provinces thaïlandaises(Nakhonratchasima, Lopburi et Saraburi), nous avons essayé d’isoler directement le parasite à partir de carcasses de poulets vendues sur les marchés ou d’autres animaux trouvés morts.La séroprévalence globale pour les 2 premières misions sur 600 poulets du Kanchanaburi était de 17,7% (IC 95% :14,6-20,7) et 33,0% (IC 95% : 29,2-36,8), par MAT et IFAT respectivement. Le calcul du coefficient κ montre une absence de concordance entre les deux tests.Au total, 162 essais d'isolement ont été effectués par inoculation à des souris, mais aucune souche viable de T. gondii n'a été isolée pendant ces 3 travaux sur le terrain. Cependant, nous avons détecté la présence d’ADN toxoplasmique en qPCR ciblant le gène 529 bp dans 13 culots de digestion d’organes de poulets, pigeon, caille et dans des cerveaux ou coeurs de souris inoculés par 16 autres poulets. Les Ct observés en qPCR étaient ≥33 indiquant une faible quantité d’ADN parasitaire dans nos échantillons qui n’a pas permis une caractérisation génétique par marqueurs microsatellites.Ce travail a démontré l'importance et les difficultés du travail de terrain pour l'étude de séroprévalence ainsi que l'étude d'isolement. L'isolement des souches de T. gondii a demandé un travail d'échantillonnage intensif, complexe dans l’environnement tropical et humide de la Thaïlande. Les différents paramètres ayant pu avoir un impact négatif sur nos résultats sont discutés. Ils expliquent l’absence d’isolement de souches chez des animaux séropositifs. / Toxoplasma gondii is an obligate intracellular parasite. Toxoplasma gondii infection is widespread throughout the world. Nevertheless, it is poorly studied in Southeast Asian countries including Thailand. We carried out 3 field works in Thailand to try to understand the circulation of T. gondii through a seroprevalence study in chickens in rural areas and strain isolation attempts in animals. During the two first field works, performed in Kanchanaburi province, we determined the seroprevalence in chickens (Gallus domesticus) using 2 serological tests, a Modified-Agglutination-Test (MAT) and an immunofluorescence assay (IFAT) and subsequently tried to isolate the strains of T. gondii from seropositive animals. During the third field work carried out in 3 other Thai provinces (Nakhonratchasima,Lopburi and Saraburi), we attempted to isolate strains directly from chicken carcasses sold in different markets or other dead animals.The overall seroprevalence for 600 chickens sampled over the two field works in Kanchanaburi was 17.7% (95%CI: 14.6% -20.7) and 33.0% (95% CI: 29.2-36.8), by MAT, and IFAT, respectively. The κ coefficient indicated an absence of concordance between the 2 serological tests.A total of 162 isolation attempts were performed by mouse bioassays, but no viable strain of T. gondii was isolated during these 3 field works. However, a qPCR targeting 529 bp T. gondii gene was positive for 13 digestion pellets of organs of chickens, pigeon, quail and in brains or hearts of mice inoculated with 16 other chickens. These qPCR were weaklly positive (Ct ≥33) indicating a low amount of parasite DNA in our samples that did not allow genotyping T. gondii with microsatellite markers.This work demonstrated the importance and difficulties of field work for the seroprevalence study as well as strain isolation. The isolation of T. gondii strains required intensive and complex sampling in the tropical and humid environment of Thailand. The diverse factors that could have a negative impact on our results are discussed. They might explain the absence of strain isolation from seropositive animals.

La République du Congo (RC) ou nos travaux ont eu lieu, est un pays d’Afrique Centrale, il partage ses frontières avec la République démocratique du Congo, la République centrafricaine, le Gabon, le Cameroun, et l’Angola (Cabinda). Dans ces pays la circulation des arboviroses est documentée. En RC, il y avait peu ou pas de documentation sur les arboviroses avant nos travaux. Nous avons réalisé des études de séroprévalence des arboviroses de différentes familles chez des donneurs de sang Congolais. Nous avons aussi étudié l’épidémie de chikungunya ayant sévit en RC en 2011. Nos travaux ont permis de mettre en évidence des taux de séroprévalence élevés pour les pathogènes principaux incriminés: 47,2% pour Dengue, 27,8% pour Yellow fever, 24,4% pour West Nile, 38,8% pour Chikungunya et 7,9% pour Rift Valley fever. Ces taux de séroprévalence élevés prouvent la circulation de ces virus au Congo, bien qu’aucune épidémie n’ait été encore déclarée pour certains. Nous avons également isolé et caractérisé génétiquement une souche nommée "Brazza_MRS1", appartenant au lignage East Central and Southern African, issue de l’épidémie due au virus chikungunya de 2011. La RC a connu plusieurs épidémies dues au virus Ebola. Nous avons tenté de mieux caractériser la circulation des filovirus chez les donneurs de sang asymptomatiques par une étude de séroprévalence. Les taux de séroprévalence IgG anti Ebola virus, observés étaient de 2,5% en général (1,6% à Brazzaville, 4% à Pointe-Noire et 4% en milieux ruraux). Les facteurs de risques identifiés étaient l’exposition aux chauves-souris (p<0.001) et aux oiseaux (p = 0.04). Le taux de séroprévalence IgG anti Marburg virus était de 0,5%. / The Republic of Congo (RC) where our work took place is a Central African country, sharing borders with the Democratic Republic of Congo, Central African Republic, Gabon, Cameroon, and Angola (Cabinda). In these countries the circulation of arboviruses is documented. In RC, there was little or no documentation on arboviruses prior to our work. We conducted studies of arbovirus seroprevalence in Congolese blood donors for different virus families. We also studied the epidemic caused by the chikungunya virus that prevailed in RC in 2011.Our work have highlighted the high rate of seroprevalence for incriminated major pathogens: 47.2% for Dengue, 27.8% for Yellow Fever, 24.4% for West Nile, 38.8% for Chikungunya and 7.9% for Rift Valley fever. These high seroprevalence rates indicate that these viruses actively circulate in Congo, although no epidemic has yet been reported for some viruses. We have also isolated and genetically characterized a strain named "Brazza_MRS1", belonging to the East Central and Southern African lineage, after the chikungunya epidemic in 2011. The RC has experienced several outbreaks caused by the Ebola virus. We have performed a filovirus seroprevalence study to attempt to better characterize the circulation of filoviruses in asymptomatic Congolese blood donors. The observed rate of seroprevalence of anti Ebola IgG was 2.5% overall (1.6% in Brazzaville, 4% in Pointe-Noire and 4% in rural areas). Identified epidemiological risk factors were the exposure to bats (p <0.001) and birds (p = 0.04). The seroprevalence rate of Marburg virus IgG was low (0.5%).

Toxoplasma gondii est un parasite intracellulaire obligatoire potentiellement capable d’infecter tous les animaux homéothermes. L’Amérique du Sud, et plus particulièrement le Brésil occupe une place particulière dans l’épidémiologie de ce parasite cosmopolite en raison d’une part de formes cliniques sévères observées chez l’Homme et d’autre part d’une diversité génétique du parasite, sans équivalent jusqu’à présent sur d’autres continents. L’Etat de Rio de Janeiro présente des environnements très contrastés allant d’une ville capitale comportant différents degrés d’urbanisation à des zones isolées de haute altitude, habitat d’une faune très riche.Nous avons cherché à étudier l’influence de facteurs anthropiques et physiques sur l’épidémiologie du parasite dans différents environnements de l’Etat de Rio de Janeiro. Pour cela, nous avons d’une part étudié la séroprévalence chez les chats dans deux environnements avec différents degrés d’urbanisation de la ville de Rio, d’autre part mené des études d’épidémiologie moléculaire à l’aide de prélèvements sur des animaux de la ville de Rio, d’un parc national situé dans les zones de hautes altitudes et des zones rurales avoisinantes.L’étude de séroprévalence chez les chats dans la ville de Rio a permis de montrer l’intérêt de l’utilisation des prélèvements sur papier-filtre pour la réalisation de la technique de Modified-Agglutination-Test (MAT). Elle a révélé une différence significative de prévalence entre les chats errants du quartier résidentiel privé (4/107- 3,74%) et ceux du refuge municipal (32/265-12,08%). La densité des animaux et d’autres facteurs écologiques peuvent expliquer cette différence.La détection d’ADN toxoplasmique a été positive chez 8/16 chats de la ville de Rio, 14/18 animaux domestiques et 23/33 animaux sauvages de la zone d’amortissement du parc, 31/38 petits rongeurs ou marsupiaux piégés dans les zones de haute altitude. La détection a été positive sur les tissus de 3 félidés sauvages de la zone d’amortissement et sur les fèces d’un Puma yagouaroundi retrouvées dans le parc témoignant du rôle de ces félidés sauvages dans la contamination du sol aussi bien en zone préservée que dans les zones rurales proches du parc.Le génotypage par 15 marqueurs microsatellites a été possible pour 6 échantillons (dont une souche viable). Il a révélé une grande diversité génétique, mais aussi la présence aussi bien dans le parc qu’au centre-ville de Rio de souches appartenant aux lignées brésiliennes majeures BRII et BRIII. / Toxoplasma gondii is a protozoan parasite, potentially infecting all warm-blooded animals. In South America, and especially in Brazil, this cosmopolitan parasite presents some peculiarities due to an exceptional genetic diversity and the existence of severe clinical forms in Human, probably linked to the genetic background of some strains. In Brazil, the state of Rio de Janeiro presents highly contrasted environments from the city of Rio de Janeiro with different degrees of urbanizaton to isolated “sky islands”, hosting a rich and endemic fauna.We looked for physical and anthropic factors that may have an impact on the epidemiology of T. gondii in different environments of the state of Rio de Janeiro. We performed a seroprevalence study in cat populations living in 2 districts of Rio de Janeiro city with different degrees of urbanization, and molecular epidemiology studies on tissues of animals collected in Rio city, in a National Park characterized by “sky islands” and in intermediate and rural areas surrounding this park..The seroprevalence study on cats in Rio de Janeiro city allowed to show the value of blood sampling on filter-paper for performing the Modified-Agglutination-Test (MAT) for antibody detection in cats. There was a significant difference between seroprevalence observed in stray-cats from a residential district area with a relatively well-preserved natural environment (4/107- 3.74%) and in cats from a downtown public shelter (32/265-12.08%). Cat population density and other ecological factors may be involved in these differences.T. gondii DNA was detected in tissues of 8/16 cats from Rio city, 14/18 domestic and 23/33 wild animals in the area surrounding the park, and 31/38 small rodents or marsupials captured inside the National Park. DNA detection was positive in 3 tissues from wild felids found in the intermediate area surrounding the park and in feces from a Puma yagouaroundi found inside the park. This showed the role of wild felids in soil contamination in both environments.Genetic characterization using 15 microsatellite markers was successful for 6 samples, including one live strain (full genotyping for 5, and incomplete genotyping for one sample). This small sampling of strains was characterized by a large genetic diversity and revealed the presence of the main brazilian lineages, BRII and BRIII in isolated sky islands as well as in the city center of Rio de Janeiro.

Par le passé les virus influenza A ont montré leur capacité d’émergence dans la population humaine. En 2009, l’apparition d’un nouveau variant réassortant a provoqué une pandémie. Ces travaux avaient pour objectifs d’étudier la propagation de la pandémie en France et Bolivie. Premièrement en Franve avec l’étude sérologique d’une population hospitalière et la surveillance hebdomadaire mise en place grâce au programme SéroGrippeHebdo. La séroprévalence prépandémique était de plus de 20% (au1/80) chez les plus de 60ans et de moins de 10% dans les autres groupes. Il a été possible de calculer un taux d’attaque d’environ 12% au sein de la population française métropolitaine. Mais aussi d’observer la perte d’anticorps rapide après le pic d’infection. Les taux de séroconversions les plus importants étaient chez les 0-24 ans (23.4%). La deuxième partie de ce travail s’est déroulée à Santa Cruz de la Sierra, en Bolivie. Le programme CoPanFlu international en association avec le CENETROP a permis l’étude de la sérologie sur une cohorte de foyers en 2010. Par ailleurs, nous avons caractérisé les pathogènes respiratoires de 2010 à 2012 à Santa Cruz. La grippe représente entre 40 et 58% des cas chaque années, suivie des rhinovirus, des coronavirus et des VRS. L’épidémiologie moléculaire des virus influenza a mis au jour un cluster de circulation sud américain pour les virus H1N1(2009).Les sérologies pré-pandémiques montrent une séroprévalence de 23% pour les ≥60ans. Après la pandémie la distribution par tranche d’âge est différente entre les villes de haute altitude et les autres.Enfin une estimation de la séroconversion montre que les jeunes adultes entre 20-39 sont les plus touchés. / Influenza viruses A have shown their ability to emerge in the human population and in 2009, the appearance of a new variant has caused a pandemia. The objective of this work was to study the pandemia’s spread in France and in Bolivia.In France, first, with the serological study of a hospital population and the weekly supervision established with SeroGrippeHebdo. The prepandemic seroprevalence was more than 20%(au1/80) for the >sixty years, and less than 10% in the others groups. It was possible to reckon an attack rate for about 12% in the metropolitan French population, and to observe a quick loss of antibody after the infection rate. Most important seroconversion rates concerned the 0-24 years(23.4%).The second part of this work took place in Santa Cruz de la Sierra, in Bolivia, developing country in the tropical zone of South America. The international CoPanFlu in partnership with the CENETROP, has enabled to study serology among a cohort of families in 2010. Moreover, we have characterized etiologies of respiratory pathogenesis from 2010 to 2012, in Santa Cruz. Flu represented about 40 to 58% of the cases each year, followed by rhinoviruses, coronaviruses and SRV. The molecular epidemiology of influenza viruses has shown a South American circulation cluster for the H1N1 viruses(2009). The prepandemic serologies in Santa Cruz show a seroprevalence of 23% for the ≥60. After the pandemia, the distribution by age is different for the towns at high altitude and others. Finally, an estimation of the sero-conversion showed that young adults between 20 and 39 were more affected in Bolivia.

Le Virus du Nil Occidental (VNO) et le Virus de la Fièvre de la Vallée du Rift (VFVR) sont deux arbovirus transmis par le moustique Culex pipiens comprenant deux biotypes: pipiens et molestus. Au cours de ce projet, nous avons évalué la circulation du VNO au Liban dans des populations de moustiques, des humains, des chevaux et des poulets. Nous avons aussi évalué la compétence vectorielle des populations locales de Cx. pipiens à transmettre le VNO et le VFVR.Des moustiques ont été récoltés et testés pour la présence d’un gène spécifique du VNO. En plus, des sérums humains, de chevaux et de poulets ont été analysés pour rechercher des anticorps spécifiques par ELISA puis confirmés par neutralisation. En outre, des spécimens de Cx. pipiens ont été infectés avec la lignée 1 du VNO ou la souche de VFVR Clone 13. Ensuite, les taux d’infection, de dissémination et de transmission ont été déterminés à différents jours après infection des moustiques. La compétence vectorielle a été comparée entre les différents biotypes.Les résultats entomologiques ont révélé que Cx. pipiens est dominant (87.2%). Tous les moustiques analysés étaient négatifs pour le VNO. Les taux de séroprévalence étaient de 1.01% et 1.98% parmi les humains et les chevaux respectivement. De plus, Cx. pipiens s’est révélé bien plus compétent pour transmettre le VNO que le VFVR. Le biotype molestus est capable de transmettre le VNO plus tôt que celui de pipiens. Cette étude présente des preuves sur une faible circulation du VNO au Liban. Cx. pipiens s’est révélé compétent pour assurer cette transmission. Ainsi, il est essentiel d'établir des programmes de surveillance pour prévenir les éventuelles épidémies. / West Nile virus (WNV) and Rift Valley Fever virus (RVFV) are two emerging arboviruses that have never been reported in Lebanon. They can be transmitted by Culex pipiens mosquito species including two biotypes: pipiens and molestus. During this project, we assessed the circulation of WNV among mosquitoes, human, horse and chicken populations in Lebanon. Moreover, we evaluated, under experimental conditions, the capacity of local Cx. pipiens biotypes to transmit both viruses.Adult mosquitoes were collected, identified and tested to detect WNV RNA. Besides, human, horse and chicken blood samples were collected and screened for WNV antibodies using an in-house ELISA and then confirmed by neutralization assay. Moreover, local Cx. pipiens specimens were experimentally infected with WNV lineage 1 or RVFV Clone 13 strain. The viral infection, dissemination and transmission were then estimated at different days post infection.The vector competence was compared between Cx. pipiens biotypes.Entomological results revealed that 87.2% of collected adult mosquitoes were Cx. pipiens. Screened mosquitoes were negative for WNV. Seroprevalence rates were 1.01% and 1.98% among humans and horses respectively. Besides, local Cx. pipiens were highly competent for WNV transmission and to a lesser extent to RVFV. The molestus biotype was able to transmit WNV earlier than pipiens biotype.The present study provides new evidence of a low circulation of WNV among human and horses in Lebanon. Cx. pipiens is the suspected vector and is experimentally competent to ensure transmission. Therefore, there is a need to establish surveillance program to predict and prevent potential outbreaks.

Dans cette étude, la bile d’un porc canadien naturellement infecté par une souche du virus de l’hépatite E (VHE) a été utilisée afin d’inoculer deux groupes de porcelets. Dans l’étude précoce (E), 4 porcelets âgés de 4 semaines et exempts de pathogènes spécifiques (SPF), ont été suivis jusqu’à 14 jours post-inoculation (pi). Dans l’étude tardive (L), 9 porcelets ont été suivis à chaque semaine jusqu’à l’abattage, soit 120 jours pi. À la nécropsie, la présence du VHE a été évaluée dans différents organes à 7, 14 et 120 jours pi. Des porcelets témoins (E=2 et L=3) ont été inoculés par de la bile exempte de VHE. Le virus a persisté chez certains animaux jusqu’à 84 à 105 jours pi dans le sérum malgré la présence d’anticorps IgG anti-VHE dans le sang, suggérant une virémie prolongée. L’excrétion virale dans les fèces s’est étalée également sur une période de 105 jours pi chez certains animaux. De plus, la détection de l’ARN viral dans les organes évalués s’est révélée presque nulle à l’âge d’abattage à l’exception de quelques vésicules biliaires, alors qu’on retrouvait l’ARN viral dans plusieurs organes à 7 et 14 jours pi. Pour évaluer la distribution du VHE chez les porcs commerciaux du Québec, un échantillonnage de porcs de trois abattoirs a été réalisé. Environ 100 échantillons de sang, fèces, foies et bile provenant des mêmes animaux en processus d’abattage ont été prélevés dans chacun des abattoirs, sur des porcs destinés à la consommation humaine. La détection de l’ARN viral et des anticorps du VHE a été réalisée à l’aide d’une RT-PCR nichée et d’un test ELISA adapté pour déceler les anticorps porcins anti-VHE. Chez les porcs d’abattoir, 12,9 % des échantillons de bile contenaient de l’ARN viral du VHE, alors que la détection virale était moindre dans les autres organes. Une séroprévalence en IgG de 26,0 % a été obtenue pour les sérums porcins analysés. Une analyse phylogénétique des différentes souches isolées pendant l’étude a démontré qu’elles sont du génotype 3. Ces données indiquent une exposition potentielle des travailleurs de l’industrie porcine au VHE porcin, notamment par les fèces, le sang et les organes et également pour les consommateurs par le biais des foies. / In this study, a strain of porcine hepatitis E virus (HEV) isolated from the bile of a naturally-infected Canadian pig was used to inoculate two groups of piglets. In the early-phase experiment (E), 4 one month-old piglets, specific pathogen free (SPF), were monitored for 14 days. In the late-phase experiment (L) 9 piglets were monitored up to slaughter (120 days post-inoculation (pi)). Controls piglets (E=2 and L=3) were inoculated with free HEV bile. The presence of HEV was monitored routinely in their blood and feces. At necropsy, viral occurence was evaluated in organs at 7, 14 and 120 days pi. Interestingly, HEV was found to persist in the serum of some animals up to 84-105 days pi, despite the presence of IgG HEV antibodies in their blood. Fecal shedding was detected until 105 days pi for a portion of pigs. In organs, HEV RNA was detected in low amount of gallbladders at killing time, while it was detected in a large number of organs at 7 and 14 days pi. To assess the distribution of HEV in commercial finishing pig in Quebec, a sampling was realised in pigs from three slaughterhouses from Quebec. Approximately a hundred samples of feces, blood, bile and liver were collected in each slaughterhouse, on pigs intended for human consumption. A sample of each type was collected on each of the chosen pigs. Detection of HEV RNA was carried out using a nested RT-PCR on each sample and a human ELISA test was adapted for the detection of swine antibodies against HEV in swine serum samples. For pigs at slaughter, 12,9 % of the bile samples were positive to HEV RNA and a seroprevalence of IgG of 26,0 % was detected in swine. A phylogenetic analysis demonstrated that all strains of the study were in the genotype 3. All results demonstrate that porcine industry workers are potentially exposed to swine HEV by feces, blood and organs.

Parmi les phlébovirus (famille des Bunyaviridae, genre Phlebovirus), ceux qui sont transmis par les phlébotomes de l'Ancien Monde sont largement distribués dans le bassin méditerranéen. Les infections humaines causées certains de ces phlébovirus sont connues depuis longtemps, mais elles restent tout de même négligées en médecine en raison de l'absence de données épidémiologiques solides (problème des réactions croisées) et d'outils de diagnostic rapides et fiables.La première partie de cette thèse a été consacrée à l'optimisation d'un test de neutralisation du virus pour étudier la séroprévalence de 5 virus, et leur capacité respective à infecter les humains et les animaux.La deuxième partie visait à mesurer la séroprévalence de phlébovirus appartenant aux 3 complexes antigéniques transmis par les phlébotomes dans le bassin méditerranéen (Sandfly fever Naples, Sandfly fever Sicilian et Salehabad). Ces études ont été menées sur des sérums de chiens et de chats en Tunisie, Portugal, Grèce/Chypre.La troisième partie a montré la capacité de virus récemment découverts dans le serocomplexe Salehabad (Adana et Medjerda valley virus) à infecter l'homme et les animaux traduisant un potentiel pathogène à explorer par des études spécifiques.La dernière partie a démontré la présence du virus Toscana en Kabylie (Algérie du Nord), et l'exposition extrêmement élevée des populations humaines vivant dans la région, avec des prévalence 10 fois plus élevées que dans les régions les plus à risque du sud-est de la France. / Sandfly-borne phleboviruses, transmitted by phlebotomine sandflies and belonging to the genus Phlebovirus within the Bunyaviridae family are widely distributed in Mediterranean basin. Human diseases caused by infection with phleboviruses are known for a long time, but they are still neglected due to the lack of epidemiological knowledge and of diagnostic tools.The first part of this thesis was dedicated to optimize a comparative virus neutralisation test to study the seroprevalence of selected phleboviruses and to assess the capacity of each virus to infect humans and animals. The second part aimed to estimate the epidemiology of phlebovirus serocomplexes (Naples, Sicilian and Salehabad) in Mediterranean basin. In order to update the presence of these viruses and their capacity to infect animals, several serologic studies were carried out on animal blood samples in Tunisia, Portugal, Greece and Cyprus. The results demonstrated that the phleboviruses belonging to 3 distinct groups are widely circulating and capable to infect non human vertebrate at different rates in studied countries.The third part showed the capacity of newly discovered viruses (Adana and Medjerda valley viruses) belonging to Salehabad serocomplex to infect human and animal at low and high rates, respectively. These findings suggest the medical and veterinary importance of these viruses. The last part of this thesis, confirm the circulation of Toscana virus by seroprevelance study which was carried out in local population in north Algeria where Toscana virus was isolated recently. The high rate of circulate suggests that Toscana virus is heavily affecting sandfly-exposed people in Algeria.

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Les études de séroprévalence portant sur les infections au SRAS-CoV-2 doivent souvent composer avec des échantillons non-aléatoires et non-représentatifs, limitant ainsi parfois la validité externe de leurs résultats lorsque ceux-ci sont appliqués à la population générale. Dans le cadre de ce mémoire, il s’agit d’investiguer la représentativité d’une cohorte pédiatrique d’une étude longitudinale de séroprévalence (Enfants et COVID-19 : Étude de séroprévalence) et d’évaluer dans quelle mesure ses estimations de séroprévalence peuvent s’appliquer à la population pédiatrique montréalaise en général. 1 632 enfants ont fourni au point de départ un échantillon sanguin afin de déterminer leur séropositivité aux anticorps contre le SRAS-CoV-2. À l’aide d’une modélisation par régression logistique et d’un procédé de « standardisation marginale », une pondération post-stratification calculée à partir des données du recensement canadien de 2016 a été appliquée à la population d’étude. Les variations dans les estimations de séroprévalence ont finalement été évaluées. D’importantes différences dans la distribution de certaines caractéristiques sociodémographiques peuvent être observées lorsqu’on compare la population d’étude et la population générale en se basant sur les données du recensement canadien de 2016. En comparaison des estimations non-pondérées, les estimations de séroprévalence générées à partir du procédé de « standardisation marginale » montrent une variation de plusieurs points de pourcentage, allant de -0,4% à +3,2%. La pondération n’a pas induit de changement dans l’estimation de mesures relatives comme les ratios de séroprévalence. Lorsque la population d’étude est non-représentative de la population-cible, il est nécessaire de pondérer les caractéristiques sociodémographiques associées à l’issue si l’on veut appliquer les résultats plus généralement. / Prevalence studies on SARS-CoV-2 infections have often based on study populations with non-random and non-representative samples, which limits the external validity of their results when applied to the general population. The aim of this thesis was to investigate the representativeness of a pediatric cohort of a longitudinal seroprevalence study (Children and COVID-19: Seroprevalence study) and to assess to what extent its baseline estimates of seroprevalence can be applied to the Montreal pediatric population. There were 1 632 children participants who provided a blood sample at baseline, which was used to determine their seropositivity to SARS-CoV-2 antibodies. Using logistic regression modeling and a "marginal standardization" method, post-stratification weights calculated from 2016 Canadian census data were applied to the study population. Variations in seroprevalence estimates were then assessed. Significant differences in the distribution of certain sociodemographic characteristics were observed when comparing the study population and the target population based on 2016 Canadian census data. Seroprevalence estimates were generated from the “marginal standardization” approach which differed to that of the non-standardized estimates, and the differences ranges from -0,4% to +3,2%. Weighting did not change relative measures estimates, such as seroprevalence ratios. When the study population is not representative of the target population, it is necessary to weight the sociodemographic characteristics associated with the prevalence estimates, if the results will be applied more broadly.

Fin avril 2009, un nouveau virus grippal A/H1N1 d'origine porcine émerge dans le monde causant la première pandémie grippale du XXIème siècle. Les différents travaux présentés dans cette thèse retracent la gestion de cette situation au laboratoire de virologie des hôpitaux publics de Marseille. D'avril 2009 à avril 2010, nous avons analysé plus de 13 000 prélèvements issus de cas suspects. Nous avons dû adapter continuellement les moyens mis en œuvre pour effectuer le diagnostic et la mise en place d'une stratégie 'Point of Care' s'est avérée très utile. Nos résultats montrent que l'usage des tests rapides en complément de la RT-PCR en temps réel permet de réduire significativement le délai de rendu des résultats pour les patients infectés. Les données épidémiologiques sur les nombreux cas suspects dépistés ont également permis d'obtenir en temps réel des informations précieuses sur l'épidémiologie de cette pandémie comme l'estimation de l'incidence par classe d'âge, la proportion de patients hospitalisés et la mortalité. Enfin, nous avons réalisé une étude de séroprévalence qui montre qu'environ 12% de la population française a été infectée par ce nouveau virus en 2009-2010 et que les taux d'attaque les plus élevés ont été observés chez les enfants et les jeunes adultes. / In late April 2009, a new swine-origin A/H1N1 Influenza virus emerged and spread rapidly worldwide causing the first influenza pandemic of the 21st century. This work describes how we coped with this emergency situation in the virology laboratory of Marseille public hospitals. From April 2009 to April 2010, we analyzed more than 13,000 samples from suspected cases. We needed to adapt continuously the organization to maintain diagnostic capacity and the implementation of a point of care strategy revealed very useful to achieve this goal. Our results support the use of rapid Influenza detection tests in combination with real-time RT-PCR because it reduces significantly the delay from sample to result for positive cases, thus giving the opportunity to improve patient management. Epidemiological data from all suspected cases tested allowed us to obtain timely precious information about the epidemiology of this pandemic as the estimation of (i) the incidence by age group, (ii) the rate of hospitalization and (iii) the mortality rate among tested patients. Finally, we set up a serological study and showed that around 12% of the French population had been infected by this new virus in 2009-2010 with higher attack rates observed in children and young adults.